Diagnosi di Genetica Molecolare Referente di Settore: Dr ... · PDF file47 Wolfram, Sindrome...

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Mendel ELENCO DELLE INDAGINI ESEGUIBILI

DSQ 05, Rev. 11 Data 20-03-2014

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N.B.: In caso di prestazioni eseguite in regime di convenzione, gli oneri a carico dell’utente sono quelli previsti dalla legge.

Diagnosi di Genetica Molecolare Referente di Settore: Dr Alessandro De Luca

PATOLOGIA TEST GENETICO POSTNATALE TEMPI DI REFERTAZIONE

TIPOLOGIA CAMPIONE

n. nome TEST GENETICO metodo giorni

1 Acondroplasia FGFR3-SEQ PCR/SEQ 30 S.ED.

FGFR3-RE PCR/2RE 30 S.ED.

2 Epidermolisi Bollosa Ereditaria

EBE-MUT EBE-STRs

PCR/SEQ PCR/STR

15 30

S.ED S.ED.

3 Analisi forensi FOR-STRs PCR/STR 30 S.ED.

4 Angelman, Sindrome di PWS/AS-UPDcr15 PCR/STR 30 S.ED.

PWS/AS-DEL/MET MLPA 30 S.ED.

5 Atassia-teleangiectasia ATM-DEL MLPA 30 S.ED.

ATM-STRs PCR/STR 30 S.ED.

ATM-MUT PCR/SEQ 15 S.ED.

ATM-GENE PCR/SEQ 180 S.ED.

6 Atrofia muscolare spinale

SMN1-DEL SMN1-RE

SMN1-STRs

MLPA PCR/RE PCR/STR

30 30 30

S.ED. S.ED. S.ED.

7 Beckwith-Wiedemann, Sindrome di

BWS-UPDcr11 BWS -DEL/MET

PCR/STR MLPA

30 30

S.ED. S.ED.

8 Branchio-Oto-Renale, Sindrome

EYA1-GENE EYA1-MUT

PCR/SEQ PCR/SEQ

120 15

S.ED. S.ED.

9 Cardiofaciocutanea, Sindrome

BRAF-GENE BRAF-MUT

PCR/SEQ PCR/SEQ

60 15

S.ED. S.ED

10 Diabete MODY MODY2/GENE MODY3/GENE

PCR/SEQ PCR/SEQ

60 60

S.ED. S.ED.

11 Disomia Uniparentale UPDcr2-STRs UPDcr6-STRs

UPDcr14-STRs UPDcr16-STRs

UPDcr20-STRs

PCR/STR PCR/STR

PCR/STR PCR/STR

PCR/STR

30 30

30 30

30

S.ED. S.ED.

S.ED. S.ED.

S.ED.

12 Displasia OculoDentoDigitale

GJA1-SEQ GJA1-MUT

PCR/SEQ PCR/SEQ

30 15

S.ED. S.ED.

13 Distonia mioclonica SGCE-GENE SGCE-MUT

PCR/SEQ PCR/SEQ

90 15

S.ED. S.ED.

14 Distonia primaria DYT1-STR DYT6/THAP1/GENE

PCR/STR PCR/SEQ

30 30

S.ED. S.ED

15 Distrofia miotonica di Steinert

DMPK-STRs DMPK-LONG DMPK-SHORT DMPK-BLOT

PCR/STR PCR-STR PCR/STR

PCR-S.BLOT

30 60 30 60

S.ED. S.ED. S.ED. S.ED.

16 Distrofia muscolare dei cingoli di tipo 1C

CAV3-GENE CAV3-MUT

PCR/SEQ PCR/SEQ

30 15

S.ED. S.ED.

17 Ellis-Van Creveld,Sindrome di

EVC-GENE EVC2-GENE

EVC/EVC2-MUT EVC/EVC2-STRs

PCRSEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/STR

90 S.ED.

90 S.ED.

15 30

S.ED. S.ED.

18 Esostosi multiple ereditarie

EXT1-GENE EXT1-MUT EXT2-GENE EXT2-MUT

EXT1/EXT2-STRs

PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/STR

90 15 90 15 30

S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED.

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PATOLOGIA TEST GENETICO POSTNATALE TEMPI DI

REFERTAZIONE TIPOLOGIA CAMPIONE


19 Fibrosi cistica

CFTR-NLM 38 CFTR-NLM PLUS

CFTR-RDB-17+19 CFTR-RDB-17

CFTR-RDB-19 CFTR-RDB-IT

CFTR-MUT

PCR/REV DOT BLOT PCR/REV DOT BLOT PCR/REV DOT BLOT PCR/REV DOT BLOT

PCR/REV DOT BLOT PCR/REV DOT BLOT

PCR/SEQ

30 30 30 30

30 30 15

S.ED S.ED. S.ED. S.ED.

S.ED. S.ED. S.ED.

20 Hallervorden-Spatz, Sindrome di

PANK2-GENE PANK2-MUT

PCR/SEQ PCR/SEQ

60 15

S.ED. S.ED.

21 Insensibilità agli androgeni

AR-GENE AR-MUT

PCR/SEQ PCR/SEQ

60 15

S.ED. S.ED.

22 Ipocondroplasia FGFR3-SEQ PCR/SEQ 30 S.ED.

23 Joubert, Sindrome di SJ-MUT PCR/SEQ 15 S.ED.

24 Kennedy, Malattia di AR-STRs PCR/STR 30 S.ED.

25 Legius, Sindrome di SPRED1-GENE SPRED1-MUT

PCR/SEQ PCR/SEQ

60 15

S.ED. S.ED.

26 Leopard, Sindrome di PTPN11-GENE PTPN11-MUT

RAF1-GENE RAF1-MUT BRAF-GENE BRAF-MUT

PCR/SEQ PCR/SEQ

PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ

90 15

60 15 60 15

S.ED. S.ED.


27 Martin Bell,Sindrome di FMR1-S.BLOT

FMR1-STR FMR1-STR-Ab

FMR1-STRs-AmpX FMR1-mPCR AmpX

FMR1-MS-MLPA

PCR-S.BLOT

PCR/STR PCR/STR PCR/STR PCR/STR MS-MLPA

90

30 30 30 30

S.ED.


28 Microdelezioni

cromosoma Y

AZFc-PCR PCR 30 S.ED.

29 Microftalmia sindromica 3

SOX2-GENE SOX2-MUT

PCR/SEQ PCR/SEQ

60 15

S.ED. S.ED

30 Miotonia congenita di

Thomsen/Becker

CLCN1-GENE

CLCN1-MUT

PCR/SEQ

PCR/SEQ

90

15

S.ED.

S.ED.

31 Neoplasie endocrine multiple tipo 2

RET-GENE RET-MUT

PCR/SEQ PCR/SEQ

60 15

S.ED. S.ED.

32 Neurofibromatosi tipo 1

NF1-MLPA NF1-GENE NF1-MUT NF1-STRs

MLPA PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/STR

30 180 15 30


33 Noonan, Sindrome di

PTPN11-GENE

PTPN11-MUT RAF1-GENE

RAF1-MUT SOS1-GENE SOS1-MUT SHOC2-SEQ BRAF-GENE

BRAF-MUT

PCR/SEQ

PCR/SEQ PCR/SEQ

PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ

PCR/SEQ

90

15 60

15 90 15 30 60

15

S.ED.

S.ED.

S.ED.

S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED.

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PATOLOGIA TEST GENETICO POSTNATALE TEMPI DI

REFERTAZIONE TIPOLOGIA CAMPIONE


34 Norrie, Sindrome di

NDP-GENE NDP-MUT

PCR/SEQ PCR/SEQ

60 15

S.ED. S.ED.

35 Parkinson, Malattia di PARK-MLPA PARK2-GENE PARK2-MUT

LRRK2-EX41-SEQ

MLPA PCR/SEQ PCR/SEQ

PCR/SEQ

30 60 15

30

S.ED. S.ED. S.ED.

S.ED.

36 Prader Willi, Sindrome di

PWS/AS-UPD-cr15 PWS/AS-DEL/MET

PCR/STR MLPA

30 30

S.ED. S.ED.

37 Rene policistico dell’adulto

PKD1-PKD2-STRs PCR/STR 60 S.ED.

38 Rene policistico infantile

PKHD1-STRs PCR/STR 60 S.ED.

39 Retinite pigmentosa di tipo 2

RP2-STRs RP2-GENE RP2-MUT

STR PCR/SEQ PCR/SEQ

30 60 15

S.ED. S.ED. S.ED.

40 Retinite pigmentosa di tipo 3

RPXL-STRs PCR/STR 30 S.ED.

41 Retinite pigmentosa di

tipo 7

RDS-GENE

RDS-MUT

PCR/SEQ

PCR/SEQ

60

15

S.ED.

S.ED.

42 Silver-Russell, Sindrome di

SRS_UPD-cr7 SRS-DEL/MET

PCR/STR MLPA

30 30

S.ED. S.ED.

43 Sinpolidattilia 1 HOXD13-GENE PCR/STR 60 S.ED.

44 Sordità indotta da streptomicina

MTRNR1-SEQ MTRNR1-RE MTTS1-SEQ

PCR/SEQ PCR/RE

PCR/SEQ

30 30 30

S.ED. S.ED. S.ED.

45 Sordità

neurosensoriale AR1

GJB2-GENE

GJB2-MUT

GJB2-EX1 CX26-CX30

PCR/SEQ

PCR/SEQ

PCR/SEQ PCR/STR

30

15

30 30

S.ED.

S.ED.

S.ED. S.ED

46 Trombofilia TRB-RDB-3 TRB-RDB-4 TRB-RDB-14

FV Leiden-MUT

FII – MUT MTHFRA-MUT MTHFRC-MUT

PCR-REV DOT BLOT PCR-REV DOT BLOT PCR-REV DOT BLOT

RT-PCR

RT-PCR RT-PCR RT-PCR

15 15 15 15

15 15 15


S.ED. S.ED. S.ED.

47 Wolfram, Sindrome di WFS1-GENE WFS1-MUT

PCR/SEQ PCR/SEQ

60 15

S.ED. S.ED.

N.B.: Su richiesta possono essere eseguite le diagnosi prenatali per le sopraelencate patologie, per le quali è previsto un tempo di

refertazione di 15 giorni, ad eccezione di quei test che necessitano di campione di DNA estratto da amniociti coltivati (come ad esempio, la S. di Martin Bell e l’Atrofia Muscolare Spinale).

In caso di test di screening del portatore o diagnostico su pazienti che hanno in corso una gravidanza, i tempi di refertazione sono di 21 giorni.

Se il test di screening del portatore o diagnostico è eseguito su pazienti che hanno in corso una gravidanza, ma hanno una

familiarità e/o un sospetto diagnostico o altra segnalazione del medico inviante, i tempi di refertazione sono di 15 giorni. In ogni caso è’ indispensabile un accordo preliminare con il Referente del Settore Diagnostico. LEGENDA: S.ED. da 2 a 10 ml sangue periferico in EDTA

PCR: reazione polimerasica a catena SEQ: sequenziamento automatico 2RE: restrizioni enzimatiche

STR: micro satelliti MLPA: dosaggio genico S. BLOT: Southern Blot REV DOT BLOT: Reverse Dot Blot

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DIAGNOSI CITOGENETICA Responsabile di Struttura Semplice: Dr Antonio Novelli

Indagini Citogenetiche

Campione Tipo

Quantità

Tempi di attesa

Metodo Note tecniche Valori di riferimento

Test rapido Aneuploidie

cromosomi 13, 18, 21, X, Y

Liquido amniotico

5 ml

48-72 ore

QF-PCR (Quantitative Fluorescent

Polymerase Chain Reaction)

Identificazione delle aneuploidie

numeriche dei cromosomi 13,18,21 e

XY mediante microsatelliti

Assenza/Presenza di aneuploidie dei

cromosomi 13,18,21 e XY

Cariotipo su sangue periferico

(SP)

Sangue in eparina sodica

5 ml

28 gg.*

Coltura di linfociti, bandeggio GTG(400

bande), analisi cromosomi al

microscopio ottico

Identificazione di aberrazioni

cromosomiche numeriche e strutturali

Assenza/Presenza di aneuploidie e

aberrazioni strutturali

Cariotipo su villi coriali (CVS)

Villi coriali 20 mg

7 gg. Diretta

21 gg. In coltura

Metodo diretto (mitosi spontanee) e/o indiretto [coltura

cellulare a medio e/o lungo termine] ,

bandeggio GTG(400 bande), analisi cromosomi al

microscopio ottico]





Cariotipo su liquido amniotico

(LA)

Liquido amniotico

> 16 ml

21 gg.

Coltura di amniociti (in situ e/o in fiasca),

bandeggio GTG(livello di risoluzione 400


microscopio ottico





Cariotipo su materiale abortivo

(MA o POC)

Materiale abortivo

Villi

20 mg 30 gg.

Coltura cellulare (dal sacco amniotico, dal

trofoblasto, dai tessuti propri del feto) ,

bandeggio GTG(livello di risoluzione 400


microscopio ottico





Studio dei riarrangiamenti cromosomici

Liquido

amniotico:

Ibridazione in situ fluorescente (FISH)

Analisi di

microdelezione o

microduplicazione

mediante citogenetica

molecolare (sonda

locus-specifica, sonde

subtelomeriche)

Assenza/Presenza di microdelezione o microduplicazioni

1. nuclei

in interfase

5 ml 7gg.

2. metafa

si fissate

su vetrino

2 vetrini

7gg. Caratterizzazione di riarrangiamenti

strutturali (sonde painting)

Studio aneuploidie mediante sonde alfoidi

Assenza/presenza segnale di ibridazione

anomalo

Numero dei segnali di ibridazione

3. metafa

si da

coltura di

amniociti

10-15ml

21gg

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Indagini

Citogenetiche Campione

Tipo

Quantità

Tempi di attesa


Studio dei riarrangiamenti cromosomici

Villi coriali Analisi di

microdelezione o

microduplicazione

mediante citogenetica

molecolare (sonda

locus-specifica, sonde

subtelomeriche)

Caratterizzazione di riarrangiamenti

strutturali (sonde painting)

Studio aneuploidie mediante sonde alfoidi

Assenza/Presenza di microdelezione o micro duplicazioni

Assenza/presenza segnale di ibridazione

anomalo


1. metafa

si fissate

su vetrino

2 vetrini 7gg

2. metafa

si da

coltura di

villo coriale

20 mg 21 gg

Sangue in

eparina

sodica

5ml 21 gg*

Analisi su preparati fissati in paraffina

Tessuto incluso in paraffina

5 fettine di

inclusi in

paraffina

dallo

spessore

di 20μ

cadauno

21 gg.

Ibridazione in situ fluorescente (FISH)

Analisi di microdelezione o microduplicazione

mediante citogenetica molecolare (sonda

locus-specifica)


Studio aneuploidie mediante

sonde alfoidi


Allestimento di linee linfoblastiche mediante EBV (Epstein Barr Virus)


> 10 ml

30 gg.

EBV (Epstein Barr Virus)

Separazione dei linfociti da sangue periferico mediante

Ficoll dopo centrifugazione

Osservazione di proliferazione cellulare

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Indagini

Citogenetiche Campione

Tipo

Quantità

Tempi di attesa



+

Sangue in EDTA

5 ml

5ml

120 gg. *§

CGH Array (Comparative

Genomic Hybridization)

Risoluzione da 10 Kb a1,0 Mb

Analisi di microdelezione o microduplicazione mediante microarray


Studio dei riarrangiamenti

genomici ad alta risoluzione

Liquido

amniotico

10 ml 7 gg lavorativi

1 Coltura di liquido

Amniotico

21gg

2. .Flask a confluenza

7 gg lavorativi

Villi coriali

1.frustolo di

villo

2.coltura

cellulare di

villo

20 mg 7 gg. lavorativi

21 gg.

Materiale abortivo

20 mg 30gg

* Quando l’analisi viene eseguita in regime di URGENZA I tempi di refertazione saranno ridotti a 7 giorni di

calendario § I tempi di refertazione potranno subire variazioni in caso di necessità di approfondimenti sul paziente o sui

familiari: più 21 gg per approfondimento tramite FISH più 30 gg per approfondimento tramite RT-PCR

N.B.: in casi particolari, possono essere utilizzate anche altre tecniche di bandeggio.

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