corso di laurea specialistica magistrale Biotecnologia

aula 6a ore 14.00-16.00

corso di genomicaa.a. 2009/10

lezione 27-28 martedì 15 Dicembre 2009

lezione tenuta dal prof. Pietro d’Addabbo

Bioinformatica

per la Genetica e la Genomica

Operazioni classichecon differente punto di vista:

1) Ricerca di informazioni nelle banche dati

2) Analisi di dati nuovi ed originali

3) Meta-analisi di dati noti

Bioinformatica per la Genomica

Carrellata di strumentiper la ricerca di informazioni

Entrez

PubMed

OMIM e OMIA

2) Analisi di dati originali

preparazione degli esperimenti

analisi (multiallineamento) dei risultati

Sequence Manipulation Site

Blast2seq

ClustalW

Primer3

Primer3

Sequence Manipulation Suite

ClustalW

Blast2seq

Blast2seq

è sufficiente per confrontare genomi???

Genalyzer

MauveMauve

Meta-analisi

3) Meta-analisi

Analizzare dati disponibiliestraendone nuovi risultati...

con metodi rapidi!!!

BLAST

EMBL, Ensembl, UCSC Genome Browser...

BLAST siete certi di conoscerlo???

BLAST siete certi di conoscerlo???

GenBank: un mito...

siete certi di conoscerlo???è ancora omnicomprensivo?

Nucleotide Sequence Databases

* nr All GenBank + RefSeq Nucleotides + EMBL + DDBJ + PDB sequences

(excluding HTGS0,1,2, EST, GSS, STS, PAT, WGS). No longer "non-redundant". * refseq_rna RNA entries from NCBI's Reference Sequence project * refseq_genomic Genomic entries from NCBI's Reference Sequence project * est Database of GenBank + EMBL + DDBJ sequences from EST Divisions * gss Genome Survey Sequence, includes single-pass genomic data, exon-trapped sequences, and

Alu PCR sequences. * htgs Unfinished High Throughput Genomic Sequences: phases 0, 1 and 2 (finished, are in nr) * pat Nucleotides from the Patent division of GenBank. * pdb Sequences derived from the 3-dimensional structure from Brookhaven Protein Data Bank * month All new or revised GenBank + EMBL + DDBJ + PDB sequences released in the last 30 days. * dbsts Database of GenBank+EMBL+DDBJ sequences from STS Divisions . * chromosome A database with complete genomes and chromosomes from the NCBI Reference Sequence

project. * wgs A database for whole genome shotgun sequence entries. * env_nt Nucleotide sequences from environmental samples.

TRACES Archive

EMBL Genome Browser

Ensembl Genome Browser

Ensembl Genome Browser

1000 Genomes Browser

UCSCGenome Browser

}Sezione grafica (Genome viewer)

Scelta delle annotazioni visualizzate:

mRNA and EST

Expression and Regulation (CpG)

Comparative Genomics (mouse, chimp)

ENCODE (functional DNA)Variation and Repeats

Mapping and Sequencing (gap, STS)

Genes and Gene Prediction (RefSeq)

Posizione sul genoma

STS markers

Geni Genbank

Geni RefSeq

mRNA (Full-length)

Predizione genica

EST umane

Geni di altre specie

Conservazione interspecie

Repeats (Alu, satellite)

Differenti specie, differenti tracks

Comparative genome track

Visualizzazione delle “BAC ends”: