Università degli Studi di PadovaC.L. Biologia MolecolareA.A. 2010/2011

Corso di Biologia Molecolare 2

Studentessa: Silvia Bacco

Relazione di Laboratorio

È un tool di Expasy; permette di ricercare motivi proteici nel

database di Prosite; si può utilizzare nelle modalità: Quick Scan

o Advanced Scan; è disponibile all’indirizzo web:

http://expasy.org/tools/scanprosite/

Si inseriscono da 1 a un massimo di 8 sequenze per riga in formato FASTA UniprotKB oppure il CA identificativo o la carta d’identità nell’apposito spazio.

Dopodiché si può avviare la ricerca contro i motivi di

Prosite premendo

- Sequenza in formato FASTA- codice identificativo della sequenza AC o ID- un profilo di Prosite tramite codice identificativo dello stesso (AC o ID)- inserire sequenze multiple una sotto l’altra (fino ad un massimo di otto se confrontate con tutti i profili Prosite o fino a 16 se confrontate con più di un profilo e 1000 se confrontate con un solo profilo)

- Sequenza in formato FASTA- codice identificativo della sequenza AC o ID- un profilo di Prosite tramite codice identificativo dello stesso (AC o ID)- inserire sequenze multiple una sotto l’altra (fino ad un massimo di otto se confrontate con tutti i profili Prosite o fino a 16 se confrontate con più di un profilo e 1000 se confrontate con un solo profilo)

Per inserire sequenze proteiche bisogna considerare l’apposito box dell’interfaccia del programma e attenersi alle regole indicate in

(per Default si escludono i motivi con alta probabilità di occurrence;

si può anche scegliere di non scansionare profili)

-inserire il pattern (usando la convenzione di Prosite)-inserire i profili multipli uno dopo l’altro con il proprio AC/ID o pattern compilato a mano (al massimo 8 se li cerco in riferimento a un database oppure 16 se contro una proteina)

-inserire il pattern (usando la convenzione di Prosite)-inserire i profili multipli uno dopo l’altro con il proprio AC/ID o pattern compilato a mano (al massimo 8 se li cerco in riferimento a un database oppure 16 se contro una proteina)

Se dobbiamo inserire pattern bisogna considerare l’altro box dell’interfaccia come indicato in

1

2

1

2

Nella sezione Protein Database(s) è possibile selezionare database

diversi (come UniprotKB/Swiss-Prot,

UniProtKB/trEMBL, PDB) nei quali effettuare la ricerca e si possono

eventualmente includere le varianti di risposta

dovute a splicing alternativo (ed escludere

i frammenti).

Randomize database: (no per Default) nel caso in cui abbiamo inserito dei pattern da confrontare con le

banche dati si può utilizzare per avere un riscontro di maggiore accuratezza tramite la modalità reverse di

sequenze o tramite la modalità shuffle.

Nella sezione Filter(s) si

possono inserire dei filtri di ricerca sulla tassonomia

o sulla descrizione. Per

Default sono inseriti quelli per

UniProtKB.

Nella sezione Pattern si può

ridurre il campo di ricerca a hits che sono stati

trovati al massimo un

numero X di volte (per Default è uguale a 1).

Il Match mode permette di compiere delle ricerche scegliendo la combinazione di queste tre opzioni a seconda del nostro interesse:

greedy che estende gli elementi alle lunghezze più variabili dei pattern; overlap che considera zone di sovrapposizione; includes

che considera i match di riscontro di zone sovrapposte.

Se abilitato inserisce le informazioni complete

della proteina di partenza accanto ai

risultati

Permette di ricevere le informazioni richieste direttamente nella propria

casella di posta (soprattutto quando i riscontri sono più di quelli

stabiliti per Default)

È possibile inserire un numero massimo di riscontri ottenibili e

stabilire una soglia di hits per escludere quelli meno probabili

che hanno punteggio basso.

Il formato può essere quello selezionato con rappresentazione grafica oppure simple HTML; plain

text output; plain text FASTA output

Mostra risultati con punteggi più bassi rispetto al

valore soglia

Passando col mouse sopra il dominio TDH si evidenzia in giallo la parte di sequenza

associata al dominio

Passando col mouse sopra il dominio TDH si evidenzia in giallo la parte di sequenza

associata al dominio

La prima parte dell’output riguarda la ricerca di hits by profiles

La prima parte dell’output riguarda la ricerca di hits by profiles

La seconda parte dell’output riguarda la ricerca di hits by patterns.

La seconda parte dell’output riguarda la ricerca di hits by patterns.

Ancora una volta passando col mouse sopra ADH_ZINC si evidenzia in giallo la parte

di sequenza associatagli.

Ancora una volta passando col mouse sopra ADH_ZINC si evidenzia in giallo la parte

di sequenza associatagli.

In entrambi i casi cliccando sopra il dominio evidenziato dal riscontro degli hits (sia per i profiles che per i patterns) si apre una nuova schermata…

In entrambi i casi cliccando sopra il dominio evidenziato dal riscontro degli hits (sia per i profiles che per i patterns) si apre una nuova schermata…

… con la descrizione di struttura, funzioni, relazioni evolutive della proteina e i relativi link ad altre

fonti…

… con la descrizione di struttura, funzioni, relazioni evolutive della proteina e i relativi link ad altre

fonti…

… la scheda tecnica in cui possiamo visualizzare ad

esempio i consensus pattern, le strutture che si possono visualizzare

con PDB…

… la scheda tecnica in cui possiamo visualizzare ad

esempio i consensus pattern, le strutture che si possono visualizzare

con PDB…

… con le referenze su autori che hanno

studiato l’argomento e relativi link.

… con le referenze su autori che hanno

studiato l’argomento e relativi link.

Per ulteriori informazioni è disponibile il manuale d’uso on-line all’indirizzo: http://expasy.org/tools/scnpsit3.html