Schema Fibrosi Cisticaold.iss.it/binary/tege4/cont/4_Risultati_CEQ_FC_2015_XI_turno.pdf · Ave...

CEQ 2015 (XI turno) ISS

Schema Fibrosi Cistica

Gruppo di valutazione

Ave Maria Baffico - Laboratorio di Genetica umana; E.O. Ospedali Galliera,

Genova

Alessandra Coiana - Dipartimento di Sanità Pubblica, Medicina clinica e

molecolare, Sezione di Scienze Biomediche e Biotecnologie; Università di Cagliari,

Cagliari

Marco Lucarelli - Dipartimento di Biotecnologie Cellulari ed Ematologia, Istituto

Pasteur Fondazione Cenci Bolognetti; Sapienza Università e Policlinico Umberto I,

Roma

Elisabetta Pelo - Genetica medica; Azienda USL, Firenze

Manuela Seia - Laboratorio di Genetica medica; Fondazione IRCCS Ca’ Granda

Ospedale Maggiore Policlinico, Milano

Presentazione a cura di: Dott. Marco Lucarelli

DATI

ANAGRAFICIDATI CLINICI GENOTIPO*

Campione 1

Sara Sancomes

nata a Varese, di

origine Italiana,

13 ottobre 1990

Paziente affetta di 25 anni con test del

sudore positivo, insufficienza

pancreatica ed infezioni ricorrenti alle

vie respiratorie. Chiede

caratterizzazione molecolare per rischio

riproduttivo di coppia. Il partner, Sig.

L. Aquintus, è clinicamente sano e non

è mai stato indagato.

c.[1521_1523delCTT];[1657C>T]

[delta]F508/R553X

Campione 2

Sofia Contriel

nata a Sondrio, da

madre indiana e

padre italiano,

10 maggio 2014

Bambina di 13 mesi con tripsinemia

neonatale e test del sudore positivo.

Due recenti episodi di infezione delle

vie aeree. Si richiede caratterizzazione

molecolare per Fibrosi Cistica

c.[1624G>T];[1624G>T]

G542X/G542X

Campione 3

Luca Aquintus

nato a Roma, da

genitori italiani,

1 aprile 1988

Soggetto maschile, in apparente buona

salute, partner della Sig.ra S. Sancomes

affetta. Chiede caratterizzazione

molecolare per rischio riproduttivo di

coppia.

c.[1657C>T];[=]

R553X eterozigote

Campione 4

Alice Ronsilin

nata a Madrid, da

madre spagnola e

padre italiano

27 agosto 1999

Probanda di 16 anni, con test del sudore

positivo, chiede caratterizzazione

molecolare.

c.[579+1G>T];[489+1G>T]

711+1G>T/621+1G>T

Casi clinici

CEQ ISS XI

15/4/2016

Criteri di valutazione (1)

CEQ ISS XI

15/4/2016

Criteri di valutazione (2)

CEQ ISS XI

15/4/2016

N. Score

1 poor

2 poor

3 poor

4 poor

5 poor

6 poor

7 poor

8 poor

9 poor

10 poor

11 10,48

12 10,72

13 10,88

14 10,98

15 11,3

16 11,6

17 11,65

18 11,8

19 11,88

20 11,95

21 12,1

22 12,45

23 12,48

24 12,5

25 12,6

26 12,62

27 12,75

28 12,75

29 12,75

30 12,82

31 12,92

32 13

33 13,25

34 13,25

35 13,28

36 13,28

37 13,3

38 13,32

39 13,4

40 13,45

41 13,5

42 13,55

43 13,6

44 13,6

45 13,7

46 13,75

47 13,8

48 13,8

49 13,8

50 13,85

51 13,85

52 13,85

53 13,9

54 13,9

55 13,9

56 13,9

57 13,9

58 13,9

59 13,95

60 13,95

61 13,95

62 13,95

63 13,95

64 13,95

65 13,95

66 13,95

67 13,95

68 13,95

69 14

70 14

La tabella a sinistra riporta tutti i

laboratori in ordine di punteggio di

valutazione, i numeri progressivi (da 1 a

70) presenti su tutti i grafici

corrisponderanno sempre ai laboratori

riportati in questa tabella.

Partecipanti 70 laboratori

(su 70 iscrizioni)

Laboratori partecipanti

CEQ ISS XI

15/4/2016

Risultati dei laboratori partecipanti

espressi secondo il punteggio medio

ottenuto nella valutazione di

genotipizzazione, interpretazione e

refertazione. In ordinate è indicato il

numero di laboratori, in ascisse i punteggi

ottenuti. In blu sono riportati i laboratori

che hanno ottenuto un giudizio di

performance sufficiente, in rosso i

laboratori che hanno avuto un giudizio di

performance insufficiente.

Turno 2013. Performance dei 54 laboratori partecipanti

Perf

ins


Perf

ins


Perf

ins

Risultati generali e confronto con gli anni precedenti

CEQ ISS XI

15/4/2016

Nell’XI turno di CEQ 60 / 70 laboratori hanno avuto un giudizio di performance sufficiente.

Il giudizio di performance insufficiente è stato assegnato a 10 laboratori per i seguenti motivi:

• 4 laboratori hanno riportato nel referto il genotipo errato; in tutti i casi l’errore è stato commesso a

fronte di un dato grezzo corretto

• 6 laboratori non hanno raggiunto il valore soglia di 5/10 ottenuto dalla somma dei punteggi dei campi

relativi alla genotipizzazione e interpretazione a causa di gravi carenze in uno o più campioni (in due

di questi lab c’è anche stata assenza dell’interpretazione).

Hanno riportato nel referto il genotipo

errato a fronte di un dato grezzo corretto:

o Lab 2: nel Caso 2

o Lab 3: nel Caso 4

o Lab 4: nel Caso 4

o Lab 5: nel Caso 2

Performance insufficiente (1)

Non hanno raggiunto il valore soglia di 5 / 10 dato dalla

somma dei punteggi relativi a genotipizzazione e

interpretazione:

o Lab 1: nel Caso 1 e nel Caso 3



o Lab 8: in tutti i casi. Inoltre, in tutti i casi non ha

riportato l’interpretazione rispetto all’indicazione

clinica al test

o Lab 9: nel Caso 1. Inoltre, nel Caso 4 non ha

riportato l’interpretazione rispetto all'indicazione

clinica al test


CEQ ISS XI

15/4/2016

Performance insufficiente (2)ID FC VII turno FC VIII turno FC IX turno FC X turno FC XI turno

Anni di partecipazione

1Punteggio: 9

interpretazioni molto carenti

Punteggio: 8.6interpretazioni molto

carenti

POOR: referti carenti, assenza di interpretazione

in tutti i casi

POOR: in un caso il laboratorio non ha raggiunto il valore soglia di 5/10 dato dalla somma dei punteggi di genotipizzazione e interpretazione

POOR: nel Caso 1 e nel Caso 3 il laboratorio non ha raggiunto il valore soglia di 5/10 dato dalla somma dei

punteggi di genotipizzazione e interpretazione

11

2Punteggio: 8


Errore critico: dato grezzo di scarsa qualità e quindi

non interpretabile in tutti i casi

x Punteggio: 12.1POOR: nel Caso 2 il laboratorio ha

riportato nel referto il genotipo errato a fronte di un dato grezzo corretto

10

3 Punteggio: 8 Punteggio: 10 Punteggio: 11.5 Punteggio: 13.3POOR: nel Caso 4 il laboratorio ha


11

4Punteggio: 10


Punteggio: 11 Punteggio: 13.1 Punteggio: 13.8POOR: nel Caso 4 il laboratorio ha


9

5Errore critico:

interpretazioni assenti

Errore critico: genotipo errato per errore di

trascrizione in un caso

POOR: genotipo errato a fronte di un dato grezzo

corretto in un casox

POOR: nel Caso 2 il laboratorio ha riportato nel referto il genotipo errato a

fronte di un dato grezzo corretto5

6 x

Errore critico: interpretazione del

risultato e commento assenti

x

POOR: in tutti i casi il laboratorio non ha raggiunto il valore soglia di

5/10 dato dalla somma dei punteggi di genotipizzazione e

interpretazione


punteggi digenotipizzazione e interpretazione

4

7 x x Punteggio: 12.6 Punteggio: 13.8



3

8 x x

POOR: referto gravemente carente,

manca interpretazione in tutti casi

POOR: referto gravemente carente, manca interpretazione in tutti casi,

inoltre un caso non raggiunge la soglia di 5/10 dato dalla somma dei


POOR: in tutti i casi il laboratorio non ha raggiunto il valore soglia di 5/10 dato dalla somma dei punteggi di genotipizzazione e

interpretazione. Inoltre assenza di interpretazione rispetto all'indicazione

clinica

3

9 x x x x

POOR: nel Caso 1 e nel Caso 4 il laboratorio non ha raggiunto il valore

soglia di 5/10 dato dalla somma di genotipizzazione e interpretazione

1

10 x x x x



1

CEQ ISS XI

15/4/2016

ID 2010 (VII) ID 2012 (VIII) ID 2013 (IX) ID 2014 (X) ID 2015 (XI)

FC VII FC VIII FC IX FC

FC IX FC

FC

FC

FC

FC VII FC VIII FC IX



FC VIII FC IX

FC VIII FC IX

FC IX

FC IX

FC IX

FC IX

FC VII FC VIII

FC VII FC VIII

FC VII FC VIII

FC VII FC VIII

FC VII FC VIII

FC VII FC VIII

FC VIII

FC VIII

FC VIII

FC VIII

FC VIII

FC VII

FC VII

FC VII

FC VII

FC VII

FC VII

FC VII

Performance insufficiente (3)

CEQ ISS XI

15/4/2016

DATI

ANAGRAFICIDATI CLINICI GENOTIPO*

Campione 1

Sara Sancomes

nata a Varese, di

origine Italiana,

13 ottobre 1990

Paziente affetta di 25 anni con test

del sudore positivo, insufficienza

pancreatica ed infezioni ricorrenti

alle vie respiratorie. Chiede

caratterizzazione molecolare per

rischio riproduttivo di coppia. Il

partner, Sig. L. Aquintus, è

clinicamente sano e non è mai stato

indagato.

c.[1521_1523delCTT];[1657C>T]

[delta]F508/R553X

Campione 2

Sofia Contriel

nata a Sondrio,

da madre

indiana e padre

italiano,

10 maggio 2014

Bambina di 13 mesi con tripsinemia

neonatale e test del sudore positivo.

Due recenti episodi di infezione

delle vie aeree. Si richiede


Fibrosi Cistica

c.[1624G>T];[1624G>T]

G542X/G542X

Campione 3

Luca Aquintus

nato a Roma, da

genitori italiani,

1 aprile 1988

Soggetto maschile, in apparente

buona salute, partner della Sig.ra S.

Sancomes affetta. Chiede


rischio riproduttivo di coppia.

c.[1657C>T];[=]

R553X eterozigote

Campione 4

Alice Ronsilin

nata a Madrid,

da madre

spagnola e padre

italiano

27 agosto 1999

Probanda di 16 anni, con test del

sudore positivo, chiede

caratterizzazione molecolare.

c.[579+1G>T];[489+1G>T]

711+1G>T/621+1G>T

12,33 /14

4,65/5 genotipizzazione

6poor (tutte per il non

raggiungimento della

soglia)

3,92/5 interpretazione

3,76/4 refertazione

12,71 /14


4 poor (2 per genotipo

errato, 2 per il non


soglia)


3,71/4 refertazione

12,57 /14


4 poor (tutte per il non


soglia)


3,67/4 refertazione

12,76 /14

4,5/5 genotipizzazione 4 poor (2 per genotipo

errato, una per il non


soglia e una per errata

interpretazione)


3,72/4 refertazione

Risultati per caso clinico

CEQ ISS XI

15/4/2016

0

1

2

3

4

5

1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 55 57 59 61 63 65 67 69

Genotipizzazione - Sancomes

media genotip. su max 5

4,65

6 poor (tutte per somma punti)


4,464 poor (2 per somma punti,

due per genotipo errato)


4,64



4,503 poor (una per somma punti,

due per genotipo errato)

0

1

2

3

4

5

1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 55 57 59 61 63 65 67 69

Genotipizzazione - Contriel

0

1

2

3

4

5

1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 55 57 59 61 63 65 67 69

Genotipizzazione - Aquintus

0

1

2

3

4

5

1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 55 57 59 61 63 65 67 69

Genotipizzazione - Ronsilin

Le frecce rosse indicano i lab che non hanno raggiunto il valore soglia di 5/10

CEQ ISS XI

15/4/2016

Performance insufficiente sulla genotipizzazione

Gli errori di genotipizzazione sono stati tutti commessi a causa di errata lettura o trascrizione del dato grezzo corretto

o Lab 2: nel Caso 2

o Lab 3: nel Caso 4

o Lab 4: nel Caso 4 (errore causato dalla chiave di lettura non allineata con le strip)

o Lab 5: nel Caso 2 (sul foglio di lavoro la mutazione è riportata correttamente comeomozigote, ma nel referto è riportata come eterozigote)

Genotipizzazione

Turno 2013 Turno 2014

Performance insufficiente 2 su 216 genotipizzazioni

Performance insufficiente 6 (più 5 per somma punti) su 236 genotipizzazioni

Media punteggio genotipizzazione: 4.67 su 5 Media punteggio genotipizzazione: 4.54 su 5

Turno 2015

Performance insufficiente 4 (più 13 per somma punti) su 280 genotipizzazioni

Media punteggio Genotipizzazione: 4.56 su 5

CEQ ISS XI

15/4/2016

Esempio di errata lettura del dato grezzo corretto

per chiave di lettura non allineata con le strip

CEQ ISS XI

15/4/2016

Esempio di errata trascrizione del dato grezzo corretto

Sul foglio di lavoro lamutazione è riportatacorrettamente comeomozigote, ma nelreferto è riportatacome eterozigote.

CEQ ISS XI

15/4/2016

Carenze più frequenti nella genotipizzazioneLa versione dell'accession number citata nel referto non è aggiornata, quella corretta e aggiornata è NM_000492.3

7 lab

Ricerca inappropriata del poly-T 7 lab

Assenza accession number 3 lab

Qualità dei dati grezzi scarsa o non ottimale 4 lab

Campione 1 La nomenclatura classica della mutazione [delta]F508 è riportata in modonon corretto: non aggiornata, nonostante sia citato il Cystic FibrosisMutation Database (http://www.genet.sickkids.on.ca/app), in cui lanomenclatura tradizionale è aggiornata

24 lab

Detection rate non corretta 5 lab

Campione 2Detection rate non corretta 9 labLa detection rate non tiene conto della popolazione indiana 21 lab

La detection rate della popolazione indiana è bassa, ma non ignota 8 lab

Campione 3

Detection rate non corretta 4 lab

Campione 4Detection rate non corretta 3 labLa detection rate non tiene conto della madre spagnola 22 lab

Carenze nella genotipizzazione

CEQ ISS XI

15/4/2016

Detection rate India e Spagna

CEQ ISS XI

15/4/2016

0

1

2

3

4

5

1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 55 57 59 61 63 65 67 69

Interpretazione - Contriel

0

1

2

3

4

5

1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 55 57 59 61 63 65 67 69

Interpretazione - Sancomes

0

1

2

3

4

5

1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 55 57 59 61 63 65 67 69

Interpretazione - Aquintus

0

1

2

3

4

5

1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 55 57 59 61 63 65 67 69

Interpretazione - Ronsilin

media interpret. su max 5

3,92



4,26



4,542 poor (una per somma punti, una per assenza

interpretazione)

2 non valutati


4,54

2 poor (tutti per somma punti)

2 non valutati

Le frecce rosse indicano i lab che non hanno raggiunto il valore soglia di 5/10

Le frecce blu indicano i lab non valutati (perché in poor performance nella genotipizzazione)

CEQ ISS XI

15/4/2016

Interpretazione


Performance insufficiente 15su 215 interpretazioni (1 interpretazione non valutata)

Performance insufficiente 3 (più 5 per somma punti) su 230 interpretazioni (6 interpretazione non valutate)

Media punteggio interpretazione: 3.77 su 5 Media punteggio interpretazione: 4.35 su 5

Turno 2015

Performance insufficiente 1 (più 13 per somma punti) su 276 interpretazioni (2 interpretazioni non valutate)

Media punteggio Interpretazione: 4.32 su 5

Performance insufficiente sull’interpretazione

Lab 9: Nel Caso 4 non ha riportato l’interpretazione rispetto all'indicazione clinica al test

CEQ ISS XI

15/4/2016

Campione 1Conferma genotipo genitori assente 18 lab

Rischio riproduttivo assente / errato 7 lab / 8 lab

Rimando consanguinei assente 10 lab

Rimando alla possibilità di diagnosi prenatale assente 13 lab

La formula HGVS non è scritta come non conclusiva 25 lab

Formula HGVS non accurata / assente 18 lab/ 5 lab

Il partner è studiato presso lo stesso laboratorio ! 28 lab

La diagnosi prenatale non si consiglia, se ne riferisce la possibilità 3 lab

Carenze nell’interpretazione (1)

Campione 3Non viene riportato che il soggetto è portatore sano o eterozigote 17 lab

Rischio riproduttivo assente / errato 5 lab / 6 lab


Rimando alla possibilità di diagnosi prenatale assente 11 lab

Formula HGVS non accurata / assente 4 lab /10 lab

Il partner è studiato presso lo stesso laboratorio ! 32 lab


CEQ ISS XI

15/4/2016

Campione 4Conferma genitori genotipo assente 5

Rischio riproduttivo dei genitori assente 16 lab


Rimando alla possibilità di diagnosi prenatale per i genitori assente 16 lab

La formula HGVS va scritta come non conclusiva 24 lab



Carenze nell’interpretazione (2)

Campione 2Conferma genotipo genitori assente 11 lab

Rischio riproduttivo genitori assente 15 lab


Rimando alla possibilità di diagnosi prenatale per i genitori assente 12 lab

La formula HGVS non è scritta come non conclusiva 20 lab



CEQ ISS XI

15/4/2016

Somma deipunteggi ottenuti

dalla valutazione

della

genotipizzazione e interpretazione

Evidenziati in giallo

i laboratori con

performance

insufficiente per

non aver raggiunto

un punteggio di

almeno 5/10

Lab 1: Caso 1 e Caso 3



Lab 8: Caso 1, Caso2,

Caso 3 e Caso 4

Lab 9: Caso 1


CEQ ISS XI

15/4/20160

5

10

1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 55 57 59 61 63 65 67 69

Soglia - Ronsilin

0

5

10

1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 55 57 59 61 63 65 67 69

Soglia - Aquintus

0

5

10

1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 55 57 59 61 63 65 67 69

Soglia - Contriel

0

5

10

1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 55 57 59 61 63 65 67 69

Soglia - Sancomes

media refertaz. su max 4

3,76

6 non valutati


3,71

4 non valutati


3,67

4 non valutati


3,72

4 non valutati

0

1

2

3

4

1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 55 57 59 61 63 65 67 69

Refertazione - Sancomes

0

1

2

3

4

1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 55 57 59 61 63 65 67 69

Refertazione - Contriel

0

1

2

3

4

1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 55 57 59 61 63 65 67 69

Refertazione - Aquintus

0

1

2

3

4

1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 55 57 59 61 63 65 67 69

Refertazione - Ronsilin

Le frecce blu indicano i lab non valutati (perché in poor performance nella genotipizzazionee/o interpretazione e/o somma dei due non superiore a 5)

CEQ ISS XI

15/4/2016

Refertazione


16 referti non valutati su 216 14 referti non valutati su 236

Media punteggio refertazione: 3.55 su 4 Media punteggio refertazione: 3.91 su 4

Turno 2015

18 referti non valutati su 280

Media punteggio refertazione: 3.72 su 4

Carenze più frequenti nella refertazione

Assenza o inappropriatezza del titolo del referto 8 lab

Campione analizzato errato o assente 11 lab

Indicazione all'indagine non riportata in modo corretto o completo 10 lab

Nomenclatura obsoleta riportata sulla lista di mutazioni ricercate Quasi il 50% dei lab

Lab 9: referto non adeguato

CEQ ISS XI

15/4/2016

Esempi di referto – Caso 1 e Caso 3

CEQ ISS XI

15/4/2016

Esempio di referto – Caso 2 e Caso 4

CEQ ISS XI

15/4/2016

Raccomandazioni per la partecipazione al CEQ

E’ importante che il referto inviato sia quello originale reso anonimo.

L’anonimizzazione deve riguardare le voci che possono far individuare il

laboratorio ai valutatori, ma dovrebbero rimanere leggibili i campi e la

struttura, al fine di poterne valutare la completezza (in allegato al manuale

d’uso è presente un esempio di referto anonimo).

Per la partecipazione al CEQ è importante inviare la chiave di lettura dei dati

grezzi al fine di poterne verificare la correttezza. A tale scopo si raccomanda

di non inviarla in un file separato che non ne permette l’uso.

Nel caso del sequenziamento è opportuno inviare un elettroferogramma che

comprenda almeno 100 bp a monte e valle della mutazione di entrambe le

sequenze, sia in forward che reverse. Inoltre è richiesto di segnalare il punto

della mutazione.

Le immagini inviate per i dati grezzi devono essere a colori e con una

risoluzione tale da poter essere valutate.

CEQ ISS XI

15/4/2016

Schema Fibrosi Cisticaold.iss.it/binary/tege4/cont/4_Risultati_CEQ_FC_2015_XI_turno.pdf · Ave...

Documents

Transcript of Schema Fibrosi Cisticaold.iss.it/binary/tege4/cont/4_Risultati_CEQ_FC_2015_XI_turno.pdf · Ave...