Controllo Esterno di qualità dei test genetici

Schema Citogenetica Oncologica:

Risultati CEQ 2015

Discussione dei casi che hanno portato a performance insufficiente

Barbara Crescenzi: Struttura Semplice di Genomica dei Tumori, Struttura Complessa di

Ematologia, A.O.di Perugia

Sabine Stioui: UOS Citogenetica-ASST-Ovest Milanese

Marco Mancini: UOC di Ematologia, Azienda Policlinico Umberto I, Roma

Roma 15 Aprile 2016

1.La qualità del bandeggio è insufficiente/inadeguata e non permette una

corretta ricostruzione dei cariotipi

2.Vi sono più di due errori di ricostruzione cariotipica

3.L’analisi/diagnosi citogenetica è errata

4.L’ISCN utilizzata per la formula citogenetica convenzionale e/o la formula

FISH è assente o errata e fuorviante

5.La completezza/appropriatezza dell’analisi non è adeguata o non è

valutabile

6.La descrizione del risultato è assente o errata

7.L’interpretazione è assente o errata

8.Punteggio ottenuto inferiore a 5/11.5

CRITERI 2015

PERFORMANCE INSUFFICIENTE

46,XY,der(9)[20]Sospetto diagnostico SMD

Commento: presenza di un derivativo 9 in tutte le metafasi analizzateIl risultato potrebbe essere compatibile con il sospetto diagnostico.

1.La qualità del bandeggio è insufficiente/inadeguata e non permette una

corretta ricostruzione dei cariotipi

2.Vi sono più di due errori di ricostruzione cariotipica

3.L’analisi/diagnosi citogenetica è errata

4.L’ISCN utilizzata per la formula citogenetica convenzionale e/o la formula

FISH è assente o errata e fuorviante

5.La completezza/appropriatezza dell’analisi non è adeguata o non è

valutabile

6.La descrizione del risultato è assente o errata

7.L’interpretazione è assente o errata

8.Punteggio ottenuto inferiore a 5/11.5

CRITERI 2015

Descrizione del risultato

La formula del cariotipo (ISCN 2013) deve essere descritta nella sua completezza

Specificare il numero di cellule osservate [20]

Specificare il numero di cromosomi dell’assetto

Specificare l’assetto cromosomico sessuale (opzionale)

Descrivere l’anomalia osservata (es. trisomia, delezione o traslocazione)

scrivendo i cromosomi coinvolti, i punti di rottura e i geni, soprattutto quando

confermati in FISH

Descrivere anche la formula di un cariotipo normale

“Sono state analizzate 20 metafasi in cui si osserva un assetto cromosomico

(maschile/femminile) a 46 cromosomi in cui non si sono osservate alterazioni

numeriche e strutturali”

Es.“Sono state analizzate 20 metafasi delle quali 10 rappresentano un clone

anormale caratterizzato da un assetto cromosomico (maschile/femminile) a 47

cromosomi per la presenza della trisomia di un cromosoma 8”

….a 46 cromosomi per la presenza di una traslocazione tra il braccio lungo di un

cromosoma 9 ed il braccio lungo di un cromosoma 22 rispettivamente in q34 e q11.

Interpretazione del risultato

Correlare il risultato, quando possibile con il sospetto diagnostico

Far riferimento alla patologie presenti nella WHO 2008 in caso di ritrovamento di

anomalie con significato prognostico definito

Nel caso non siano anomalie riportate nella WHO far riferimento alla letteratura

se vi è comunque una associazione sostenuta da molteplici pubblicazioni/trials

Nei casi di follow-up specificare se NON si è ritrovato il clone osservato

all’esordio, oppure se il clone osservato è il medesimo

Importante specificare la necessità di ulteriori indagini per una corretta

interpretazione del dato

Importante specificare se il tessuto di indagine non è il tessuto di elezione

Caso 1 sospetta SMD

45,XY,-7[20]/46,XY[4] interpretazione assente

La monosomia 7 identifica un sottogruppo di SMD a cattiva prognosi

(IPSS-R , Greenberg PL et al., Blood, 2012)

Il presente referto deve essere interpretato in sede di consulenza genetica

o con lo specialista che lo ha prescritto

Rimandare alla consulenza genetica non è sempre appropriato in oncoematologia

Caso 2 piastrinopenia

paziente del 1934

45,X,-Y[10]/46,XY[11]

Interpretazione assente

La perdita del cromosoma Y potrebbe essere correlata all’età del paziente. Tale

dato, in assenza di segni morfologici di displasia, non è sufficiente per una

diagnosi di SMD (WHO 2008). Se la morfologia depone per una SMD

l’IPSS-R gli assegna “very good”.

5 gruppi citogenetici

Very good 11q-,-YGood 5q, 12p-, 20q-, 5q-+1abnIntermediate 7q-, +8, +19, i(17q), any other single or indipendent clonePoor inv(3)/t(3;3)/del 3q, -7/7q-, complex 3 abnVery poor >3 abn

Caso 1: Leucemia Mieloide Acuta (prima diagnosi)

Cariotipo : 45,XX,-7[15]/46,XX[10].nuc

ish(KMT2AX2)[300],(CBFBX2)X2[300],(RUNX1,RUNX1T1)X2[300]

CONCLUSIONI: Il 60% delle metafasi analizzate (15/25) mostra

cariotipo femminile a 45 cromosomi con assenza di un cromosoma 7. A

cariotipo femminile normale le restanti metafasi. L’indagine FISH

condotta su nuclei in interfase e in ibridazioni separate non mostra

alterazioni a carico delle regioni studiate dei cromosomi 8,11,16 e 21.

Interpretazione assente

La monosomia 7 hanno un significato prognostico sfavorevole

nelle LAM

.

Anomalia cromosomica Fattore prognostico

t(8;21)(q22;q22) RUNX1-RUNX1T1 Favorevole

t(15;17)(q21;q24) PML-RARA Favorevole

inv(16)(p13q22)/t(16;16)(p13;q22) CBFB-MYH11 Favorevole

t(9;11)(p22;q23) MLLT3-MLL Intermedio

inv(3)(q21q26.2) t(3;3)(q21;q26.2) RPN1-EVI1 Sfavorevole

t(6;9)(p23;q34) DEK-NUP214 Sfavorevole

t(v;11)(v;q23) riarrangiamenti MLL Sfavorevole

Anomalie # 5, 7, 17p Sfavorevole

Cariotipo complesso Sfavorevole

Cariotipo monosomico Estremamente sfavorevole

Significato prognostico Leucemie MieloidiAcute

Da integrare con ricerca di mutazioni a carico di NPM1, FLT3 e CEPBA

Caso 1: sospetta SMD

45,X,-Y[10]/46,XY[11]

Nessuna interpretazione del risultato citogenetico

La perdita del cromosoma Y potrebbe essere correlata all’età del

paziente. Tale dato, in assenza di segni morfologici di displasia, non è

sufficiente per una diagnosi di SMD (WHO 2008). Se la morfologia

depone per una SMD l’IPSS-R gli assegna “very good”.

Caso 2: sospetta SMD

46,XY,del(13)(q14)[12]/46,XY[8]

Anomalia rara

5 gruppi citogenetici

Very good 11q-,-YGood 5q, 12p-, 20q-, 5q-+1abnIntermediate 7q-, +8, +19, i(17q), any other single or indipendent clonePoor inv(3)/t(3;3)/del 3q, -7/7q-, complex 3 abnVery poor >3 abn

Caso 1: SMD con ipoplasia midollare

45,XX,-7[18]/46,XX[7] R-IPSS (poor)

Nessuna interpretazione

Caso 2: B-CLL

45,XX,ish dic(8;17)(q11;p11)(TP53-),del(14)(q22?-qter)[15]/46,XX[3]

La FISH ha evidenziato una delezione di una copia del gene P53

Nessuna interpretazione

Anomalia Prognosi

del(17)(p13.1) TP53 Sfavorevole

del(11)(q22.3) ATM Sfavorevole

Trisomia 12 Intermedia (a-CLL)

del(13q14) DLEU Favorevole

del(6q) Intermedia

t(11;14)(q13;q32) Diagnosi differenziale con linfoma mantellare

- L’interpretazione è forviante

- Non c'è alcun riferimento alla complessità del cariotipo (+ di 3 anomalie) che, al

di là dei cromosomi e delle regioni coinvolte, è legato a cattiva prognosi

- Non si capisce se c’è delezione delle regioni critiche 5q31 e 5q34 (I-FISH)

- Referto dopo 60 giorni.

Caso 2: leucemia mieloide acuta esordio (M7)

Cariotipo: 47,XX,ins(2;5)(q33;q21q35),der(3)t(3;5)(p23;q35),der(5)del(5)(q21q35)t(3;5)(p23;q35),+19[29].ish

ins(2;5)(wcp2+,wcp5+),der(3)(TelVysion5q+,wcp5+,TelVysion3p-

,wcp3+),der(5)(wcp5+,TelVysion5q-, wcp3+,TelVysion3p+),+19(wcp19+)

Conclusioni: Sono state analizzate 29 metafasi con assetto cromosomico femminile

a 47 cromosomi con trisomia 19 e anomalie che coinvolgevano i cromosomi 2, 3 e 5.

Per definire queste anomalie si sono quindi utilizzate la tecnica multiFISH e l'analisi

FISH con le sonde per i telomeri 3p e 5q. In tutte le metafasi analizzate si e' cosi'

evidenziata la presenza di un riarrangiamento complesso, apparentemente

bilanciato, che comprende l'inserzione della regione 5q21-5q35 del cromosoma 5 nel

braccio lungo del cromosoma 2 a livello della banda 2q33 ed una traslocazione

reciproca tra il cromosoma 3 ed il cromosoma 5, coinvolto nell'inserzione, con punti

di rottura a livello delle bande 3p23 e 5q35.

Queste anomalie non sono incluse nelle anomalie citogenetiche con

significato prognostico nei casi di leucemia acuta mieloide (LAM)

Anomalia cromosomica Fattore prognostico

t(8;21)(q22;q22) RUNX1-RUNX1T1 Favorevole

t(15;17)(q21;q24) PML-RARA Favorevole

inv(16)(p13q22)/t(16;16)(p13;q22) CBFB-MYH11 Favorevole

t(9;11)(p22;q23) MLLT3-MLL Intermedio

inv(3)(q21q26.2) t(3;3)(q21;q26.2) RPN1-EVI1 Sfavorevole

t(6;9)(p23;q34) DEK-NUP214 Sfavorevole

t(v;11)(v;q23) riarrangiamenti MLL Sfavorevole

Anomalie # 5, 7, 17p Sfavorevole

Cariotipo complesso Sfavorevole

Cariotipo monosomico Estremamente sfavorevole

Significato prognostico Leucemie MieloidiAcute

Da integrare con ricerca di mutazioni a carico di NPM1, FLT3 e CEPBA

Le delezioni del braccio lungo del cromosoma 7 definiscono un sottogruppo

preciso di SMD a prognosi intermedia (IPSS-R 2012)

Caso 1 sospetta SMD

46,XY,del(7)(q22) 11/46,XY

Interpretazione assente

Caso 2

46,XY,t(9;22)(q34;q11)

Traslocazione reciproca tra le bande 9q34 e 22q11, non

viene menzionato il Cromosoma Filadelfia

Esordio??? Follow-up????

Caso 1: LAM

47,XY,del(13)(q15),+mar[21].nuc ish(D7Z1)X2 mar

[200].RUNX1T1x2,RUNX1T1x3~7 [160/200],(D11Z1)x2

[200],(D13S319,LAMP)x1[139/180]

3-7 copie di AML1 nel cromosoma marker (hight level amplifications)

Significato prognostico definito nelle B-ALL (iAMP21-cattiva prognosi)

Nelle SMD/LAM stretta associazione con i cromosomi marker

Rara, pochi casi descritti, difficile correlare con la prognosi

Caso1: SMD/LAM

47-51,XY,del(5)(q13q34)[20],+del(5)(q13q34)[3],+8 [23],-21[23],+22

[20],+22x2 [3],+r(?)[7],+1~5mar [14],1~10dmin [cp23]

Solo descrizione delle anomalie, interpretazione assente

Cariotipo complesso quindi prognosi sfavorevole sia nelle SMD che LAM

1.La qualità del bandeggio è insufficiente/inadeguata e non permette una

corretta ricostruzione dei cariotipi

2.L’analisi/diagnosi citogenetica è errata

3.Vi sono più di due errori di ricostruzione cariotipica

4.L’ISCN utilizzata per la formula citogenetica convenzionale e/o la formula

FISH è assente o errata e fuorviante

5.La completezza/appropriatezza dell’analisi non è adeguata o non è

valutabile

6.La descrizione del risultato è assente o errata

7.L’interpretazione è assente o errata

8.Punteggio ottenuto inferiore a 5/11.5

CRITERI 2015

Caso 1: leucemia mieloide cronica

3 errori di ricostruzione in uno due cariotipi inviati per la valutazione

Caso 2: leucemia linfoblastica acuta (LAL)

(età paziente 2 anni)

46,XY[8]/48,XY,+21,+21,t(12;21)(p13;q22)[2].nuc ish

12p13(TELX3),21q22(AML1x5)(AML1con TELx2)[40/200],

8q24(MYCx2),14q32(IGHx2),11q23 (MLLx2),9q34(BCRx2),22q11.2

(ABLx2)[200]

Solo descrizione delle anomalie

Interpretazione assente

B-ALL PROGNOSIS

Cytogenetic findings Genetic alteration Prognosis

t(9;22)(q34;q11) BCR/ABL Unfavourable

t(4;11)(q21;q23) AF4/MLL Unfavourable

t(1;19)(q23;p13) PBX/E2A Unfavourable

t(12;21)(p13;q22) TEL/AML1 Favourable

der(21) iAMP21 amp RUNX1 Unfavourable

11q23 MLL rearrangements partners

t(17;19)(q22;p13) HLF-TCF3 Unfavourable

Hyperdiploid>50 Favourable

Hypodiploidy Unfavourable

t(12;21) e anomalie addizionali (del ETV6, +21, +der(21)t(12;21))Moorman AV, Blood ASH Abstract 2008

Barbany et al, Leukemia Research 2012

Riferimenti