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Struttura di un articolo scientifico

Corso ECMCome produrre documentazione e pubblicare in ambito scientifico

Roma, 4-5 ottobre 2016 - I ed.25/26 ottobre 2016 - II ed.

Gabriella D’Orazigabriella.dorazi@ifo.gov.it

Corso Come produrre documentazione e pubblicare in ambito scientificoRoma 4-5 ottobre 2016

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1. Perché scrivere un articolo?2. Che tipo di articolo?3. Come scriverlo?4. Dove pubblicarlo?

Prima di iniziare ...

I risultati delle ricerche scientifiche possono essere trasmessi attraverso diversi canali di pubblicazione (articoli, comunicazioni a congressi, rapporti tecnici, etc.)

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- Perché dobbiamo comunicare qualcosa di nuovo- Per modificare la pratica (non solo studi “positivi”…)- Per promuovere la riflessione o il dibattito- Per permettere l’analisi del nostro lavoro

Perché scrivere un articolo?Diverse ragioni ...

Pubblicare è una delle fasi necessarie nel processo della ricercascientifica. Pubblicare è anche necessario per laurearsi e per la progressione di carriera.

Che cosa pubblicare:• Risultati o Metodi nuovi e originali• Reviews o riassunti di particulari soggetti• Manoscritti che incrementano le conoscenze di un determinato campo

di ricerca

Che cosa NON pubblicare:– Reports di nessun interesse scientifico– Studi datati– Duplicazioni di studi pubblicati in precedenza– Studi incorretti/copiati

Bisogna avere un BUON manoscritto per presentare il propriocontributo alla comunita’ scientifica

Perché pubblicare?

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– Articoli originali (Full articles/Original articles): sono di soliti i manoscritti piu’ importanti. Sonospesso dei pezzi completi di ricerca, sostanzialie signififcativi.

– Lettere (Letters/Short Communications): comunicazioni veloci e preliminari diavanzamenti della ricerca significativi edoriginali. Molto piu’ corti dei “full articles”.

– Revisioni della letteratura(Review/Perspectives): riassumono sviluppirecenti di un argomento specifico. Evidenzianoimportanti punti precedentementi pubblicati. Non introducono nuove informazioni. Sonospesso ad invito.

Che tipo di articolo?

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Revisioni della letteratura (Review)

- Riassumere precedenti studi per informare il lettore sullo stato attuale della ricerca

- Definire e chiarire un problema specifico

- Identificare le relazioni, le contraddizioni, le mancanze, l’inconsistenza della letteratura

Molecular or Metabolic Reprograming: What Triggers Tumor Subtypes?Katherine Eason and Anguraj SadanandamCancer Res September 15 2016 76 (18) 5195-5200

ReviewTrends and advances in tumor immunology and lung cancer immunotherapyMohanad Aldarouish and Cailian WangJECCR 29 September 2016

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Review Narrativa: Sviluppano o riassumono la letteratura recente su un argomento di interesse

Review Sistematica:Compilazione rigorosa delle evidenze in letteratura che

include e analizza criticamente tutti gli studi primari

Se utilizzano i protocolli della Cochrane Collaboration si parla di Cochrane Reviewwww. cochrane.org

La Cochrane Collaboration opera una mappatura di tutte le conoscenze disponibili e produce documenti di sintesi, denominati "revisioni sistematiche", sulla efficacia e sicurezza degli interventi sanitari di tipo preventivo, terapeutico e riabilitativo. I risultati di questi review sistematici vengono diffusi sia attraverso un database elettronico denominato "Cochrane Library", sia via Internet.

Tipologie di Review

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Sono focalizzate su un articolo precedentemente pubblicato su quella rivista

…per criticare, supportare, correggere, dare ulteriori informazioni o spiegazioni circa i risultati presentati

Sono brevi (500 parole max.) e riportano l’opinione originale dell’Autore/i (max. 4-6) su quell’argomento

Lettere all’Editore

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- Sono la forma più antica e basilare di comunicazione in medicina

- Sono focalizzati sulla descrizione di casi di pazienti di interesse per la diagnosi, il trattamento, ecc.

Casi clinici (Case Reports)

Case-reportUnusual cause of paraparesis in a patient with Cushing's syndromeBMJ Case Reports 21 Sep 2016

Cae ReportAirway obstruction caused by rapid enlargement of cervical lymphangioma ina five-month-old boy Junji Shimizu, Takashi Taga, et al. Clinical Case Reports 17 AUG 2016

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Sono focalizzati sul risultato di un programma di ricerca

Un programma originale di ricerca può considerarsi completo quando i risultati sono pubblicati in una rivista scientifica

Articoli originali (Full articles)

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3.Come scriverlo?

RilevanzaOriginalitàStile di scrittura chiaroInvitante per la letturaVerità…

Articoli originali (Full articles)

• Contiene un messaggio scientificochiaro, utile, e nuovo.

• Scorre in maniera logica e si leggefacilmente.

• E’ organizzato nel modo migliore.

• E’ scritto in uno stile chiaro chetrasmette il messaggio facilmente.

Un articolo è un buon articolo se:

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- Controlla che ci siano tutti i dati necessari: sono sufficienti per un articolo? Sono interessanti da essere pubblicati?

- Raccogli tutti i dati importanti, le analisi, le tabelle

- Organizza i risultati in maniera da seguire una sequenza logica (che puo’ essere o no simile all’ordine in cui sono stati condotti gli esperimenti)

- Crea le figure per il manoscritto (Limita il numero delle figuretotali; 6-8 è di solito un buon numero)

- Includi dati aggiuntivi, nelle Informazioni Supplementari

- Discuti i dati con i tuoi colleghi annota i punti importanti durante la discussione. Talvolta gli esterni possono chiarirti degli aspetti che non vedi.

Prima di scrivere un articolo

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Identifica il giusto destinatario del tuo studio

• Clinico/traslazionale vs ricerca di base• Verifica l’interessa della rivista nell’argomento trattato

– “Knock-down of mdr-1 activity in transiently transfected HEK cells” in Biochemical Pharmacology?

• locale vs internazionale?– “A bioequivalence study of ibuprofen tablets

marketed in Southern Kosovo”

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Il testo di articoli sperimentali è generalmente diviso in parti:

Struttura di un articolo scientifico

TitleAuthorsAbstractKeywords

Testo principale (IMRAD)

IntroductionMethodsResultsAnd Discussion (Conclusions)

AcknowledgementsReferencesSupplementary material

È il “biglietto da visita”di un articolo e deve descriverne brevemente il contenuto

Il titolo è la parte dell’articolo che sarà la più letta in assoluto

Deve permettere ai lettori di rintracciare l’articolo nei database elettronici e far capire la natura dell’articolo

Il titolo dell’articoloTitleAuthorsAbstractKeywords

SI: Informativo e conciso SI: Descrittivo, fortemente associato al contenuto dell’articoloSI: Lunghezza raccomandata: 10-12 parole

NO: Troppo corto …potrebbero mancare informazioni rilevanti!“Recombinant Human Antithrombin III”

NO: Troppo lungo ... meno facile da leggere!“On the discovery of a useful new laboratory researchmethod for isolating and purifying the lactose-degradingenzyme β-galactosidasefrom the economically important, yogurt- producing bacterial species Lactobacillusbulgaricus”

NO: Ironico, pomposo, con abbreviazioni o acronimi

Il titolo dell’articolo

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Semplice, attraente e che rifletta lo studio:- Frasi da evitare : Investigation, Study, Novel, Facile etc.- Evitare Acronimi che sono noti solo alla comunita’specializzata

Quale titolo vi invoglia a leggere il lavoro?

Il titolo dell’articolo

CDC42-Interacting Protein 4 Promotes Metastasis of Nasopharyngeal Carcinoma by Mediating Invadopodia Formation and Activating EGFR Signaling

Il titolo dell’articolo, esempi..

Genome-wide screen of miRNAs and targeting mRNAs reveals the negatively regulatory effect of miR-130b-3p on PTEN in bladder cancer by PI3K/AKT and integrin β1/FAK signaling pathway

FLIPL is critical for aerobic glycolysis in hepatocellular carcinoma

Functional characterization of biodegradable nanoparticles as antigen delivery system

Quale titolo è piu’ chiaro ed esplicativo del lavoro?

TitleAuthorsAbstractKeywords

1: chi ha fatto materialmente la maggior parte del lavoro2: chi ha contribuito all’esecuzione degli esperimenti3: chi ha contribuito con metodologie particolariUltimo nome: chi ha concepito lo studio, lo ha finanziato e ha scritto il lavoro.

L’ultimo nome è in genere anche il “corresponding author”, quello cio’responsabile della sottomissione di un lavoro corretto e approvato da tutti gli autori e responsabile della corrispondenza con l’Editore della rivista.

Inserire vicino all’autore l’Istituto di appartenenza (Affiliazione).

Elenco degli autori

Ci possono essere piu’ autori che hanno contribuito egualmentecome primo autore: #These authors equally contributed

Ci possono essere piu’ autori che hanno contribuito egualmentecome ultimo autore

Elenco degli autori

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È spesso l’unica parte dell’articolo accessibile elettronicamente

Deve riflettere accuratamente il contenuto dell’articolo

Vene scritto di solito dopo che l’articolo è stato completato, per evitare contraddizioni con il contenuto del testo

AbstractTitleAuthorsAbstractKeywords

Abstract

Questo è l’abstract

Struttura dell’abstract

L’abstract e’ strutturato secondo le richieste della rivistaSeguire sempre le Istruzioni agli autori

Descrivere iI background dello studio, gli scopi e le procedure (selezione dei partecipanti, metodi osservazionalio analitici), risultati (non tutto, alcuni dati soltanto), conclusioni

Enfatizzare aspetti nuovi e importanti dello studio

Deve essere un breve riassunto del lavoro

Normalmente è previsto un limite di parole (200-250 parole)

Scriverlo in maniera semplice e informativa

Abstract strutturatoBackground: Activation of wild-type p53 in response to genotoxic stress occurs throughdifferent mechanisms including protein conformation, posttranslational modifications, and nuclear localization, leading to DNA binding to sequence-specific promoters. Zinc ion playsa crucial role in stabilizing p53/DNA binding to induce canonical target genes. Mutant p53 proteins undergo protein misfolding that can be counteracted by zinc. However, whetherzinc supplementation might have a beneficial antitumor effect in wild-type p53-carrying cells in combination with drugs, has not been addressed so far.Methods: In this study we compared the effect of two antitumor treatments: on the onehand wild-type p53-carrying colon cancer cells were treated with low and high doses ofchemotherapeutic agent Adriamycin and, on the other hand, Adriamycin was used in combination with ZnCl2. Biochemical and molecular analyses were applied to evaluate p53 activity and biological outcomes in this setting. Finally, the effect of the differentcombination treatments were applied to assess tumor growth in vivo in tumor xenografts.Results: We found that low-dose Adriamycin did not induce p53 activation in wtp53-carrying colon cancer cells, unless in combination with ZnCl2. Mechanistically, ZnCl2 was a key determinant in inducing wtp53/DNA binding and transactivation of target genes in response to low-dose Adriamycin that used alone did not achieve such effects. Finally, in vivo studies, in a model of wtp53 colon cancer xenograft, show that low-dose Adriamycindid not induce tumor regression unless in combination with ZnCl2 that activatedendogenous wtp53.Conclusions: These results provide evidence that ZnCl2 might be a valuable adjuvant in chemotherapeutic regimens of colorectal cancer harboring wild-type p53, able to bothactivate p53 and reduce the amount of drugs for antitumor purposes.

Abstract NON strutturatoMitogen-activated protein kinase kinase 3 (MAP2K3, MKK3) is a member of the dualspecificity protein kinase group that belongs to the MAP kinase kinase family. This kinase is activated by mitogenic or stress-inducing stimuli and participates in the MAP kinase-mediated signaling cascade, leading to cell proliferation and survival. Several studieshighlighted a critical role for MKK3 in tumor progression and invasion, and we previouslyidentified MKK3 as transcriptional target of mutant (mut) p53 to sustain cell proliferationand survival, thus rendering MKK3 a promising target for anticancer therapies. Here, wefound that targeting MKK3 with RNA interference, in both wild-type (wt) and mutp53-carrying cells, induced endoplasmic reticulum stress and autophagy that, respectively, contributed to stabilize wtp53 and degrade mutp53. MKK3 depletion reduced cancer cellproliferation and viability, whereas no significant effects were observed in normal cellularcontext. Noteworthy, MKK3 depletion in combination with chemotherapeutic agentsincreased tumor cell response to the drugs, in both wtp53 and mutp53 cancer cells, asdemonstrated by enhanced poly (ADP-ribose) polymerase cleavage and reducedclonogenic ability in vitro. In addition, MKK3 depletion reduced tumor growth and improvedbiological response to chemotherapeutic in vivo. The overall results indicate MKK3 as a novel promising molecular target for the development of more efficient anticancertreatments in both wtp53- and mutp53-carrying tumors.

Cell Death and Disease (2015) 6, e1621; doi:10.1038/cddis.2014.591; published online 29 January 2015

Parole chiave (Keywords)

Sono la targhetta del vostro manoscritto e importanti per una corretta indicizzazione e citazione. Non devono essere troppo generiche

Usare solo abbreviazioni stabilite. e.g. DNA

Controllare le Istruzioni agli Autori!

TitleAuthorsAbstractKeywords

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La struttura IMRAD

Non è una scelta arbitraria, ma riflette direttamente il processo di scoperta scientifica

Ogni sezione risponde a domande scientifiche specifiche

IntroductionMethodsResultsAnd Discussion (Conclusions)

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Le domande scientifiche sezione per sezione …

Introduzione: perché abbiamo fatto lo studio

Metodi: come abbiamo fatto lo studio

Resultati: cosa abbiamo trovato

Discussione: che cosa può significare?

Introduzione

Perché abbiamo fatto lo studio?

l’importanza dello studio in questo campo della ricerca

cosa è stato fatto prima (breve descrizione)

cosa è stato necessario per lo studio

ipotesi e scopi dello studio

IntroductionMethodsResultsAnd Discussion (Conclusions)

– E’ la vostra occasione di convincere il lettoredell’importanza del vostro lavoro..

– Descrivete il problema. Ci sono soluzioni? Quali sono I limiti principali? Che cosa sperate di ottenere?

– Descrivete solo problematiche che saranno affrontate nel presente lavoro.

– Esponete il problema in linea con la natura della rivistaa cui lo sottoponete.

– Citate le principali pubblicazioni su cui si basa il vostrolavoro, includendo anche Review recenti.

Introduzione

– Troppo prolissa• Non usare mai piu’ parole del necessario.• Non fare in questa sezione una lezione di

storia; I lettori potrebbero perdere l’interesse.

– Un misto di Introduzione con risultati, discussione e conclusioni.

• Mantenere sempre le varie sezioni separate per assicurarsi che il monoscritto scorra in modo logico da una sezione all’altra.

– Uso eccessivo di espressioni: “novel”, “first time”, “first ever”, “paradigm-changing” (usarle di tantoin tanto!)

Problemi con l’Introduzione

Materiali e Metodi

Come abbiamo condotto lo studio?

Disegno dello studio

Numero dei soggetti inclusi

Criteri di inclusione/esclusione

Tipo di intervento applicato

Analisi statistica (calcolo della numerosità campionaria)

Principi etici e consenso

IntroductionMethodsResultsAnd Discussion (Conclusions)

IntroductionMethodsResultsAnd Discussion (Conclusions)

Risultati

Cosa abbiamo trovato?

I dati andrebbero presentati in forma chiara, concisa, ponendo l’accento su cosa è rilevante

I risultati andrebbero presentati tutti (incluso quelli negativi o non significativi …)

Il testo dovrebbe descrivere la ricerca

Le tabelle dovrebbero far risaltare le evidenze

Le figure/grafici dovrebbero illustrare i punti salienti

IntroductionMethodsResultsAnd Discussion (Conclusions)

Discussione

Cosa potrebbero significare i nostri risultati?

Forza dello studio

Comparazione con altri studi

Limiti della ricerca

Significato dei risultati

Domande irrisolte

E’ la sezione piu’ importante del vostro articolo. Qui avete l’opportunita’ di “vendere” I vostri dati! Molti manoscritti vengono rigettati perche’ la Discusisone è

debole

La Discussione deve corrispondere ai Risultati. ..ma non ripetere i risultati

Dovete comparare i vostri risultati con quelli gia’pubblicati. Non ignorate lavori in disaccordo con il vostro, ma fate un

confronto onesto e date la vostra spiegazione.

Discussione – significato dei risultati

Gli articoli dovrebbero concludersi con pochi risultati chiave

Le conclusioni dovrebbero essere chiare e forti e …ben supportate dai risultati!!

È utile concludere suggerendo che tipo di ricerca sviluppare in futuro

Conclusioni

Dite come, allo stato dell’arte, il vostro lavoro aggiungaqualcosa al campo di ricerca.

In assenza di conclusioni chiare i revisori e i lettori avrannodifficolta’ a giudicare il lavoro e a decidere se merita o no la pubblicazione.

Non ripetete l’Abstract o la lista dei risultati.

Conclusioni

Conclusioni

AcknowledgementsReferencesSupplementary material

Chi ha provveduto a sostenere la ricerca tramite finanziamenti, farmaci, attrezzature

Le persone che hanno aiutato nella stesura dell’articolo, delle tabelle o delle figure

Ringraziamenti

AcknowledgementsReferencesSupplementary material

Lista dei lavori, in coda all’articolo, citati nel testo a supporto delle enunciazioni dell’autore.

L’Autore è responsabile dell’accuratezza dei riferimenti bibliografici

Una bibliografia approssimata si riflette negativamente sull’articolo

Controllare che il formato della bibliografia rispetti le richieste della rivista (Harvard o Vancouver style…)!

Bibliografia (References)

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Vancouver system

Utilizza riferimenti numerati in apice all’interno del testo

La bibliografia è riportata nell’ordine con cui appare nel testo

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Harvard systemUtilizza il nome del primo autore e la data di pubblicazione

La bibliografia è riportata in ordine alfabetico

Linguaggio Scientifico

• Presente per fatti noti e per ipotesi :“The average life of a hony bee is 6 weeks”

• Passato per gli esperimenti che avete fatto:“All the honey bees were maintained in an environment with a consistent temperature of 23 degrees centigrade…”

• Passato per descrivere i risultati di un esperimento:“The average life span of bees in our contained environment was 8 weeks…”

Ricorda…

La stesura di un articolo scientificoNON è scrittura creativa .

Sii conciso, logico e preciso.

Se la chiarezza si ottiene con n parole, non usare mai n+1.

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Uniform Requirements

L’ICMJE ha definito dei requisiti di uniformità per gli articoli, fornendo raccomandazioni specifiche di pubblicazione e stile

Lo scopo è di aiutare gli autori e gli editori nel preparare articoli su studi biomedici che siano accurati, chiari e facilmente accessibili

Principi etici legati al processo di valutazionee pubblicazione dell’articolo

Aspetti tecnici della preparazione e invio dell’articolo

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La scelta della rivistaLa scelta dovrebbe andare sulla rivista con massimo Impact Factor (IF) e massimo CitationIndex (CI)

Tuttavia, va considerato:

- se l’articolo è “appropriato” per il tipo e lo stile di quella rivista

- qual è il “pubblico”a cui è destinato il messaggio

4. Dove pubblicarlo?

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Potrebbe essere utile …

Leggere attentamente le linee guida per gli autori della rivista scelta(es.:Un manoscritto non ha una lunghezza standard, ma dipende

dalle Istruzioni agli autori della rivista presa in considerazione)

Andarsi a vedere i numeri recenti per capire qual è il tipo di articoli che viene normalmente pubblicato

Scegliere la rivista prima di iniziare a scrivere l’articolo …

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Conflitto di interesse

Si ha quando un reviewer o un editor ha interessi finanziari, personali, commerciali, politici o accademici che potrebbero influenzarne le azioni

Tutti i partecipanti al processo di pubblicazione devono dichiarare relazioni che potrebbero presentare / essere viste come un potenziale conflitto di interesse

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Chiedete a un collega di leggere l’articolo per assicurarci che sia comprensibile

Il collega dovrebbe leggere criticamente e appuntare le debolezze dell’articolo come farebbe un revisore

Tenete l’articolo da parte per qualche giorno e rileggetelo: troverete un numero sorprendente di errori!

Prima di spedire l’articolo..

Importante da ricordare

• Sottoponi alla giusta rivista (scopo, prestigio e pertinenza)

• Sottoponi ad una sola rivista

• Controlla l’Inglese

• Controlla la struttura

• Controlla le istruzioni agli autori della rivista

• Sii onesto con i tuoi dati e le spiegazioni

Spedizione e Revisione