La rivista scientifica

Corso ECM

Come produrre documentazione

e pubblicare in ambito scientifico

Roma, 25-26 ottobre 2016 - II ed.

Alice Castelli

alice.castelli@ifo.gov.it

Corso Come produrre documentazione e pubblicare in ambito scientificoRoma 25-26 ottobre 2016

Insieme di fasi che portano alla pubblicazione

Il ricercatore scientifico

•Diffusione risultati laboratorio alla comunità •Diffusione risultati laboratorio alla comunità scientifica internazionale

•Professione

� Diffusione risultati ricerca

� Interscambio informazioni

� Impact Factor (prestigio e valore Rivista)

� H Index (Ricercatore)

Attraverso le Riviste scientifiche

� Pubblicazione articoli scientifici � Pubblicazione articoli scientifici

� Cartaceo (Print)/In linea (Online)

� Accesso aperto (Open Access)

�Numero fisso articoli

� Ritardo pubblicazione autori

� Elimina problema Spazio/Temporale

�Velocità pubblicazione e fruizione

> Responsabile linea editoriale rivista> Decide cosa pubblicare> Governa andamento rivista

> Collaborano a stretto contatto con il Responsabile scientifico> Suggeriscono argomenti di interesse (hot topic)

> Gestione editoriale rivista> Database Revisori > Corrispondenza con l’editore, gli autori e i revisori

> Supporto referaggio> Scrittura articoli o Reviews> Pubblicità rivista meeting

Processo Editoriale

� Creazione articolo scientifico

� Scelta Rivista scientifica (Istruzione agli Autori)

Invio Manoscritto alla Rivista + Lettera presentazione � Invio Manoscritto alla Rivista + Lettera presentazione (Cover Letter)

� No contemporanea sottomissione

� Suggerimento Revisori (inclusione/esclusione)

COVER LETTER

Dear Editor,

we would like to propose for publication in the Journal of Experimental and Clinical Cancer Research the attached copy of our manuscript entitled “HERV-K activation is strictly required to sustain putative CD133+ melanoma cancer stem cells”.

The main findings reported in our study are the evidences that melanoma cell phenotype switching and the sustaining of the CD133+ cancer cell with high malignant phenotype. In the last years, our group contributed in understanding the role of the retroelements, such as LINE-1 and the human endogenous retrovirus, in cancer and in neurodevelopmental diseases. Our previous paper “The activation of human endogenous retrovirus K (HERV-K) is implicated in melanoma cell malignant transformation”, that up to date has reached numerous citations, highlighted the HERV-K implication in melanoma cell malignant transformation. With the present study, we are thinking to give a new contribution on addressing the role transformation. With the present study, we are thinking to give a new contribution on addressing the role of HERV-K in melanoma etiopathogenesis.

Authors declare that the manuscript has not been published previously, except in the form of brief abstract in the proceedings of scientific meetings or unpublished academic thesis, and is not under consideration for publication elsewhere.

Suggested peer reviewers:1. Jianli Dong, e-mail: jidong@utmb.edu2. Feng Wang-Johanning, e-mail: feng.wang-johanning@SRI.com

Thank you for your attention.

Best regards

APPROVAZIONE ETICA

� From 2005 to 2011, 165 human DLBCL samples werecollected at the Guangdong General Hospital. The studywas approved by

, and written informed consentwas obtained from all the patients. The number of thewas obtained from all the patients. The number of theResearch Ethics Committee’s approval letter is

. Physical examination and laboratoryanalysis were investigated in follow-up studies. Patientswith DLBCL have been followed up for at least five yearswith a intervals of 1–3 months until July 2016.

PRIME FASI RIVISTA� OBIETTIVO RIVISTA > Pubblicare articoli scientifici

di qualità

� DECISIONE necessita della Revisione tra pari (PeerReview)

� Controllo iniziale articolo

- Comitato Etico- Comitato Etico

- Pertinenza articolo (tipologia e argomento)

- Novità risultati

- Requisiti di base (es. numero pazienti /linee cellulari)

� Inizio Ricerca Revisori per la valutazione

RICERCA REVISORI� Colleghi pari livello

� Lavorano stesso settore

� Sono esterni (appartengono ad altra struttura) e non hanno interessi personali

� Hanno 3/5 giorni di tempo per accettare o declinare l’invito dell’Editor (AGREE/DECLINE)

� In caso di accettazione hanno 15 giorni di tempo per completare la revisione (REPORT) se serve può essere prolungata scadenza (Postponed deadline)

Peer Review

REVISIONE TRA PARI

PROBLEMATICHE Revisori� Svolgono lavoro gratuitamente

(BMC 15% sconto dopo 3 revisioni completate)

� Spesso impegnati in attività istituzionali (Laboratorio,Insegnamento, Scrittura progetti, Scadenze varie) e/ovacanzevacanze

� Rari casi poca serietà > Accettano e poi non completanoReport! Ritardo risposta all’Autore (Rallentamentoprocesso revisione)

� N.B. Ogni Autore è un possibile Revisore e viceversa!

Risposte REVISORE

FASE 1

�Accettazione (ACCEPT)

�Revisione maggiore (MAJOR REVISION)REVISION)

�Revisione minore (MINOR REVISION

�Rifiuto (REJECT)

Decisione Finale� Il responsabile scientifico, letti i 2 report dei revisori,

prende la decisione finale sul manoscritto.

� Si può avvalere di un altro parere consultando un terzo revisore o un membro dello staff editoriale

Chiede una REVISIONE all’Autore

RIFIUTA l’articolo

Modifiche articolo

� L’Autore modifica l’articolo seguendo i suggerimenti dei revisori (ha una tempistica stabilita)

� Tipologie modifiche: aggiunta esperimenti, correzione testo, Revisione inglese..

� Evidenzia nel testo le correzioni

� Allega una lettera (Cover Letter) dove include la risposta alle osservazioni sollevate da revisori (Point-by-point response/Rebuttal)

� Risottomette l’articolo come versione rivisitata

� Dear Editor,We would like to thank you and the reviewers for the helpful and constructive comments on our manuscript entitled “Hepatitis B virus X protein promotes interleukin-7 receptor expression via NF-κB and Notch1 pathway to facilitate proliferation and migration of hepatitis B virus-related hepatoma cells” (JECC-D-16-00458). The manuscript has been improved by the suggestions of you and the reviewers. Please find a point-by-point response to the comments below.

Reviewer #1:

Major comments:1. The authors showed the expressions of IL-7R gene and protein were decreased in hepatoma cells transfected with HBV mutant deficient for HBx gene. Based on this observation, the authors only evaluated the effect of HBx gene in further analyses. I understand at least HBx is involved in this regulation. However, it is better to evaluate the possible involvement of all four HBV genes (HBx, HBs, Core and Pol genes) in regulation of IL-7R expression, because not only HBx gene but other HBV genes may be also affected by the deficiency of HBx gene.

Answer: We thank the reviewer for bringing this issue to our attention. According to the reviewer’s suggestion, the genes of HBS, preS1, preS2, HBC, HBe, and HBP proteins, encoded by 3 overlapping open reading frames (S, C, and P) of HBV genome, were amplified by polymerase chain reaction (PCR) based on pUC18-HBV1.2 plasmid and cloned into the pcDNA3.1 vectors using Nhel and EcoRI sites or HindIII and EcoRI sites. The sequences of genes of different viral proteins in the pcDNA3.1 vectors were verified by sequencing. The details of primers for the genes of different viral proteins could be found in page 7 and 8, from line 137 to line 155.

2. The authors showed that HBx activates IL-7R expression via NF-kB and Notch signaling and that HBxenhances cell proliferation and migration via IL-7R. However, they only evaluated these in HBx-expressing cells but not in HBV infection model. It is also important to examine in the context of HBV infection.

Answer: We thank the reviewer very much for the suggestion. According to the reviewer’s comments, we further tested whether HBV could increase the expression of IL-7R through NF-κB and Notch 1 pathway.

Risposte REVISORE

FASE 2

� L’articolo viene inviato nuovamente agli stessi revisori che controllano le modifiche eseguite ed esprimono nuovamente il loro giudizio

� Hanno 7 giorni di tempo per completare la nuova � Hanno 7 giorni di tempo per completare la nuova revisione

� Possono accettare o respingere la revisione (Autore ha risposto in maniera soddisfacente?)

� Se necessario può esserci una FASE 3 (Ulteriore revisione – Dipende dalle riviste)

Pubblicazione articolo

� Nel caso in cui la seconda revisione venga accettata dal revisore, l’articolo viene approvato ed inviato all’editore (Publisher) per la pubblicazione

� A fronte del pagamento (APC Charge) l’articolo � A fronte del pagamento (APC Charge) l’articolo viene pubblicato e indicizzato su PubMed e altre banche dati internazionali (Scopus, WoS, Google Scholar) per la libera fruizione

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Journal of Experimental & Clinical

Cancer Research – (JECCR)

� 1982 Nascita Rivista JECCR (PRINT)

1986 Organo di stampa ufficiale Istituto Nazionale � 1986 Organo di stampa ufficiale Istituto Nazionale Tumori “Regina Elena”

� 2008 passaggio a BioMed Central - Open access(ONLINE) www.jeccr.com

� IMPACT FACTOR 2015 >

Grazie per l’attenzione!