corso di laurea specialistica magistrale Biotecnologia

aula 6a ore 14.00-16.00

corso di genomicaa.a. 2009/10

lezione 27-28 venerdì 18 Dicembre 2009

esami: 1 febbraio25 febbraio

Mouse Igh cluster Chromosome 12

Human Igh cluster Chromosome 14

12F1

14q32.33

mta1

mta1

JDV

JDV

mta1 crip2 crip1 hole

mta1 crip2 crip1 hole

a b

J D V

J D V

elk 2.1 hs4 hs1.2 hs3 20bp 1

3’1

hole elk 2.2 hs4 hs1.2 hs320bp 2

3’2

hs 4

hs 3

Bhs

1,2

hs 3

A

hs 4

hs 1

,2hs

3

hs 4

hs 1

,2hs

3

3’2 3’1

BAC199M11(AF450245)

86,035,000 86,040,000 86,045,000 86,050,000 86,055,000 86,065,000 86,070,000 86,075,00086,060,000

85,894,500 85,904,500 85,914,500 85,924,500 85,934,500 85,944,500 85,954,500

centromero telomero

trascrizione

IgH3’RR-1

IgH3’RR-2

(cloni instabili)

cluster Ig topo-uomo (duplicazione)

TOR VERGATA

se nell’uomo ci sono due 3’RR ci sarà un motivo ?

3 domande + 1:

è cambiato il sistema di regolazione rispetto al topo ?

nell’uomo si possono studiare i polimorfismi (i topi di campagna si allevano male)

- dalle diverse forme alleliche si può capire il funzionamento delle due 3’RR ?

- hanno tempi di attivazione diversi?

perchè due 3’RR ? sono ridondanti ?

- si attivano e disattivano in fasi diverse della vita del linfocita B?

TOR VERGATAU

Chromosome 14

IgH3’RR-2SF AL928742 (40 kb)

H

2

B

HS3

B

U2 U4

U5

B

R3

H

HS1,2

E

R3r U5rU1

R1

U3 U6

U7

U8r

B

U6r

HS4

Ub1 U4-5

R3 U7r

Ub2

B H

R4U9

R5

Ub3

U10

R5

U11

U12

R6

SA2.5 A2R A2F

Alu

U15 U16

H

LTR

END OF HOMOLOGY WITH ALFA1

U14U13

Ub4

H

1

B

HS3

B

U2U4

U5

B

R3

H*

HS1,2

E

R3r U5r

U1R1

Ua1

R2

U3

U6 U7 U8

B

U6r

HS4

B H

Ua2

R4

Ua3

U9 Ua4

R5U10

U11

R5

U12

R6

U13

SA2.5 A2R

Alu

U15 U16

H

LTR

END OF HOMOLOGY WITH ALFA2

K10 retrovirus

ELK2

H

U14

Ua5

A

B

centromero 3 1 2 41 2

clone CHR77 (35.616 kb)

Poly A site

Poly A site

IgH3’RR-1

TOR VERGATA

solo HS1.2 è polimorfica

gli enhancer HS3 ed HS4 non sono polimorfici

HS1.2 è centrale e sta all’interno di una duplicazione

non si conosce molto delle funzioni al di là delle regioni conservate contenenti gli enhancers

le regioni intermedie sono poco conservate nelle specie anche all’interno dei mammiferi

è possibile studiare le assoociazioni nell’uomo tra polimorfismi, funzioni e patologie

se regola la risposta immunitaria

sul topo molti lavori indicano i meccanismi in cui la 3’RR si inserisce: BCR expression, Ig germline transcription, class switch, B cell maturation (molec e cell biol, topi transgenici)

nell’uomo lavori di biologia cellulare-molecolare confermano il ruolo importante delle 3’RR, ma sono due invece di una

possibili differenze

sull’uomo si studiano i polimorfismi non possibili su topo

cosa sono i polimorfismi di HS1.2

Internal spacers

Conserved sequence Unit

Selective amplification of HS1,2-B downstream C2 (IgH3’RR-2)

H

2m

HS 3

B B H

HS 1,2

E B

SA2.5

A2R A2F

HS1,24420 bp

ALLELE 3B

ALLELE 4B

Poly A site

HPoly A site

1m

B

HS 3

B B H* B

5402 bp

SA2.5 A2R

HS1,2HS 3

Selective amplification of HS1,2-A downstream C1 (IgH3’RR-1)

ALLELE 1AHS1,2

P3Frw D3Rev

EcoRI

ALLELE 2A

ALLELE 3A

ALLELE 4A

HS 1,2

A B

BE

Core of enhancer HS1,2 External element - 31 bp

Repeated element - 38 bpExternal element -17 bp

EcoRI

EcoRI

EcoRI

Ua1

R1 R2

U1 U5

U4U2

U3 R3 rR3

U6 U7

U8 U1 R1

U2

Ub1

UU3 4

U5

U6

R3 R3U8 r

U4-5

U7r R3r

U6r U5r

Ub2

R4

14bp 16bp 20bp

P3Frw

HS1,2

D3Rev

EcoRI

EcoRI

i polimorfismi

TOR VERGATA

6 alleli Figure 3 polymorphism of HS1,2A

Sites for : SP1; IK2; MZF1

Sites for :CEBP; CETS1P54 (-); CMYB; HSF; MEF2; OCT1; SR-Y; STAT; TH1E47; YY1 (-)

Sites for : AP4; E47; MYOD; E5

Sites for : NF-kB

Sites for : CMYB

ALLELE *4

20bp Sp.

17bp El. END HS1,2

CORE enhancer17bp El. 38bp Rp

14bp Sp.

ALLELE *1A 287

ALLELE *2A 339

472

16bp Sp. ALLELE *2B 360

ALLELE *3A

31bp El

393

31bp El 20bp Sp.

14bp Sp

ALLELE *3B

31bp El

414

20bp Sp

17bp El

20bp Sp

TOR VERGATA

Immunology 2001, 103: 35-40

Polymorphism of the human a1 immunoglobulin gene 3’ enhancer HS1,2 and its relation to gene expression

TOR VERGATAU

M2M1

ALLELE 1

ALLELE 4ALLELE 3ALLELE 2

G RR-1 RR-2 G RR-1 RR-2

CM11 CM 4 CM 5

G RR-1 RR-2

100 bp

400 bp

200 bp

300 bp

gel genomico e selettivo degli alleli

amplificazione G=genomica o selettiva RR-1; RR-2

nell’amplificazione genomica si vedono gli alleli delle 2 regioni senza PCR selettiva applicata invece per amplificare selettivamente A o B.

TOR VERGATAU

i due alleli *2a, *2b e *3a, *3B

QuickTime™ and aTIFF (LZW) decompressor

are needed to see this picture.

avevamo visto che nel locus 3’RR-B l’allele *3 aveva l’elemento 31mer rispetto al 17mer del locus 3’RR-Aadesso abbiamo (ho) visto che anche l’allele *2 esiste nelle due forme con il 17mer ed il 31mer, cambiano le consensus!

allele *4allele *3allele *2aallele *2ballele *1

465 bp393 bp360 bp339 bp287 bp

amplificazioni da DNA genomico dalle due 3’RR senza selezione

Evoluzione di HS1,2in diverse specie dimammifero e di primati

il core dell’enhancer è più conservata (rosa) ed il 31mer (arancio) potrebbe essere la forma ancestrale

stiamo cercando di clonare le forme polimorfiche di altre specie (topo macaco, scimpanzè) per confrontare la funzionalità in cellule di topo e uomo

allineamentiTOR VERGATAU

conservazione in altre specie

Homo s.; Gorilla; Orango; Homo s. allele 4; Cavia; Macaca;Callitrix; Canis; Equus; Felis; Pteropus; Rattus; Mus; Bos; Sus; Callicebus; Monodelphis (opossum);Capra; Gallus.

platirrine - catarrine 40 Mya

QuickTime™ and aTIFF (LZW) decompressor

are needed to see this picture.

evoluzione della IgH 3’RR

strutture conservate di HS1.2

species core 17bp (5')31bp (5') 38 bp 17bp (3')low similarity

(wrong sequence)allele 1 (Homo sapiens) x x x x

Cavia porcellus x x x x

Monodelphis domestica x x x

Macaca mulatta x x x x

Bos taurus x x

Callicebus moloch x x

Callithrix jacchus x x x x

Canis familiaris x x x x

Capra hircus x x x

Equus caballus x x x x

Felis catus x x x x

Gallus gallus x x x

Gorilla gorilla x x x x

Mus musculus x

Pan troglodytes x x x x

Pteropus vampyrus x

Rattus norvegicus x

Sus scrofa x x

manca la sequenza di Panda uscita il 13 Dicembre 2009

quali altre analisi ?il polimorfismo si può studiare dal punto di vista funzionale

struttura e modelli in “silicio” (transcr. fact.; 3D models)

CHIP chromosome immuno-precipitation

EMSA electrophoretic mobility shift assay:-incubazione della sonda con le consensus con estratti nucleari-corsa elettroforetica-competizione con anticorpi o con consensus che sottraggono la formazione del complesso e fanno sparire il segnale

mappatura tramite competizione con “gel shift” EMSA

Probe (allele *2A) + + + + + + + +NE (Fleb cells) - + + + + + + +Competitor - - + + + + + +

Probe (allele*2A)

Competitor (alele*1A)

Competitor (* 2A - fragment 1)

Competitor (* 2A - fragment 2)

Competitor (* 2A - fragment 3)

SP1 compete banda BNF-kB “ banda C

1 2 3 4 5 6 7

8

Alle

le *

1A

ab

c

d

Oct

*2A

frg

1

*2A

-frg

2

*2A

-frg

3

NF-

B

* *

frgm 1 ≈ allele *1A comp B (+D) frgm 2 comp C (+D) ≈ NF-kBfrgm 3 “ B (-D)

*

** ** * **

***

*

electrophoresis mobility shift assay with allele *1 and *2DNA binding experiment with nuclear proteic extracts

Allele *2

Allele *1

Fragm 2

Fragm 1

Fragm 3

competitors

Fra

gm 1

-18

Fra

gm 1

-40

Fragm 1

Fragm 1 -18

Fragm 1 -40

Fragm 18

Mutated 18

+ + + + + + + + + + + + + + + + +PROBE + + + + + + + + +

- + + + + + + + - + + +NE (Fleb Cells) - + + + + + + + +- - + + + + + + - - + + + - - + +Competitor - - + + + + + + +

a

c

ba

18m

erm

ut 1

8mer

Alle

le *

2F

ragm

1F

ragm

2F

ragm

3N

F-k

BSp

1O

ct1

Fra

gm 1

Alle

le *

1F

ragm

1F

ragm

2F

ragm

3N

F-k

BO

ct1

NF-kB consensusOct 1 consensusanti Sp1 antiboby

1 2 3 4 5 6 7 8 1 2 3 4 5 1 2 3 41 2 3 4 5 6 7 8 9

Probe (allele*2)

Probe (alele*1)

Probe (allele*2)

Probe (allele*2)

- + + + +

A B C D

EMSA

Consensus for Sp1 and NF-kB in HS1,2-A allele*1 and *2

spacer 17mer38mer repeatspacer 14mer

Allele *1 -----GGGCACATGCAAATGGTTGTTTGTTCCACACCGAAAACATGTTTCTTGCCCTCTGAGGCTGTTTCCAGAAATAllele *2 -----GGGCACATGCAAATGGTTGTTTGTTCCACACCGAAAACATGTTTCTTGCCCTCTGAGGCTGTTTCCAGAAAT

Oct1

NF-B (c )spacer 17mer

38mer repeat

Allele *1 ----------- AGCGTGGCCAGGCTGGCTCAGGCCTCCAGATTCGGGGACACCCGCCCCCTCCCCCAGGACAGGCCCAC--Allele *2 CACCACAGCGTGGCCAGGCTGGCTCAGGCCTCCAGATTCGGGGACACCCGCCCCCTCCCCCAGGACAGGCCCAC--

Sp1 (b)Allele *1 AGCTTGCACGATTCTCCCGCCCCCTCCCCC---------------------------------------------------------------------------------------------Allele *2 AGCTTGCACGATTCTCCCGCCCCCTCCCCCAGCGTGGCCAGGCTGGCTCAGGCCTCCAGATTCGGGGACACCCCCC

Sp1 (b)

ALLELE *2A 339 bp

EcoRI

Oct1 Sp1(b) Sp1(b)

NF-B (c)

ALLELE *1A 287 bp

EcoRI

Sp1(b)Oct1enhancer HS1,2

22 43 1 1 3’RR-A 3’RR-B

HS4BHS3B HS1,2BHS4AHS3A HS1,2A

A

B core

SNPs haplotype map

HS3

U4

U5 R3

HS1,2A

U1

U2 U3

U6 U7

U8

K10 retrovirus

R1 R2

HS4

R3i U6i

Ua2 R5

Ua3

U10 Ua4

U11

Alu

LTR ELK2R4 U9

U7i

R6 U12

R7

U13

R8 U14 U15 U16

SA2.5 A2R

SA2.5

U5U3 HS3 U4 R3U6 U7 U8R4 U9HS1.2A

3 1 2 41 2

RR-1HS3 HS3

HS1,2A HS1,2B

HS4 HS4

crip1hole crip2mta1

RR-2

centromere

*

T/C

(8750*)

*

C/G

(8705)

*

G/A

(8339)

*

T/C

(8283)

Me Me

* * * * * * * * * *A/G

(5159)

G/C

(5077)

A/G

(4811)

C/T

(4690)

A/C

(4566)

C/A

(4231)

T/C

(3906)

G/A

(7697)

C/T

(7662)

C/T

(7570)

C/G

(7548)

A/G

(7547)

G/A

(7538)

G/C

(7519)

G/C

(7362)

G/C

(7265)Me Me Me Me Me Me MeG/C

(7159)

Me Me Me Me Me Me Me

** * * ** * *C/T

(4088)

le frequenze degli aplotipi

0

0.2

0.4

0.6

0.8

1 2

*1Ctr *1PS

Reg (A+B)

Aplo1

Aplo9

Aplo12

00.10.20.30.40.5

1 2

*2Ctr *2Ps

Reg(A+B)

Aplo1

Aplo9

Aplo12

le frequenze degli aplotipi più frequenti per l’allele *1 sono uguali nel contrl. e nella Psoriasi P = 0.65

per l’allele *2 sono diverse nei contrl e nella psoriasiP = 0.028campione piccolo n.30

frequenze alleliche ed epidemiologia

un regolatore delle Ig polimorfico che frequenze ha nelle popolazioni

world HS1,2 allelic frequencies

0

0.1

0.2

0.3

0.4

0.5

0.6

0.7

0.8

Benin

CameroonBurkinaMarrocTuareg

Libia

MongoliaSiberiaLaddack

Corea

China (Pekin)

TibetCayapasColorado

Native

UK Immigrants

IcelandBulgariaSerbiaTurkySpain

Italy (central)

Serie1

Serie2

Serie3

Serie4

Africa Asia Amer Austr Europe

TOR VERGATAU

frequenze in 11 località italiane

CITTA' N°

CAMPIONE fr. ALLELE 1 fr. ALLELE 2 fr. ALLELE 3 fr. ALLELE 4 Udine 100 0,340 + 0,033 0,580 + 0,035 0,035 + 0,013 0,045 + 0,015

Padova 94 0.314 ± 0.034 0.425 ± 0.036 0.085 ± 0.020 0.176 ± 0.028 Brescia 71 0,338 ± 0.040 0,535 ± 0,042 0,014 ± 0,010 0,113 ± 0,027

valle d'Aosta 116 0,397 ± 0.032 0,495 ± 0.033 0,065 ± 0.016 0,043 ± 0.013 Massa Carrara 59 0,356 ± 0,044 0,474 ± 0,046 0,051 ± 0,020 0,119 ± 0,030

Perugia 62 0,298 + 0,041 0,572 + 0,044 0,016 + 0,011 0,113 + 0,028 Roma 133 0,410 + 0,030 0,399 + 0,030 0,026 + 0,009 0,165 + 0,023 Bari 114 0,399 + 0,032 0,517 + 0,033 0,009 + 0,006 0,075 + 0,017

Cosenza 108 0,343 + 0,032 0,528 + 0,034 0,055 + 0,015 0,074 + 0,018 Sicilia 100 0,500 + 0,035 0,365 + 0,034 0,070 + 0,018 0,065 + 0,017

Oristano 60 0,267 ± 0,040 0,591 ± 0,045 0,017 ± 0,012 0,125 ± 0,030 Tot Sardi 116 0,284 ± 0,030 0,595 ± 0,032 0,009 ± 0,006 0,112 ± 0,021

I livelli delle Ig nel plasma

Table II. Number and % of subjects with normal or altered values of Ig. General population compared to the Schizophrenic patients (*two tails X2)

Normal Ig+ Ig - Ig+/Ig- Tot altered Subjects General population (%) 41 (30.8) 44 (33.1) 41 (30.8) 7 (5.3) 92 (68) 133

Schizophrenic (%) 17 (19.3) 30 (34.1) 25 (28.4) 16 (18.2) 71 (80) 88 p* 0.187 0.978 0.889 0.012 0.528

Note - Ig+ or Ig- refer to Ig plasma levels increase or decrease above/below the standard values

(%)

alterazione delle Ig

Table III. HS1,2-A allelic frequencies in general population and schizofrenia Allele* *1 *2 *3 *4

N

Normal 0.512±0,055 0.268±0,049 0.049±0,024 0.171±0,041 41 Ig+ 0.295±0,048 0.546±0,053 0.023±0,016 0.136±0,036 44 Ig- 0.463±0,055 0.342±0,052 0.012±0,012 0.183±0,043 41

General population

Tot 0.410±0,030 0.399±0,030 0.026±0,009 0.165±0,023 133 Normal 0.382±0.083 0.560±0.085 0.029±0.029 0.029±0.029 17 Ig+ 0.333±0,061 0.450±0,064 0 0.217±0,053 30 Ig- 0.660±0,067 0.300±0,065 0 0.040±0,028 25

Schizophrenia

Tot 0.437±0,037 0.443±0,037 0.006±0.006 0.114±0,024 88

alterazione e frequenze alleliche

Table IV. Statistical testing of the variation of allele *1/*2 frequencies among Ig+ and Ig- subjects

Groups

Ig+ Ig- 2 * p 95% C.I. O.R.**

*1 *2 *1 *2

General population 26 48 38 28 6.204 .013 1.27-4.96 2.50

Schizophrenia 20 27 33 15 5.588 .018 1.28-6.89 2.97

General population + Schizophrenia

46 75 71 43 12.870 .0003 1.59-4.56 2.69

TABLE I . HS1.2 allelic frequencies of the IGAD patients and control population.

Genotypes Controls IgA defect

Observed % Expected Observed % Expected P value

1/1 15 14.85 12 34 38.64 22.5 0.0004 2/2 25 24.75 26 24 27.27 14.7 NS 3/3 - - - - - 0.02 NS 4/4 - - 2 - - 0.4 NS

1/2 33 32.67 35 15 17.05 36 0.0218

1/3 1 0.99 0.7 2 2.27 1.5 NS 1/4 6 5.94 9 4 4.54 6 NS 2/3 - - 1 1 1.14 1.2 NS

2/4 20 19.80 14 8 9.09 4.8 NS

3/4 1 0.99 0.3 - - - NS

Alleles Frequencies Observed Frequencies Observed 2 TEST

*1 0.346 ± 0.033 70 0.506 ± 0.037 89 2 = 18.541

*2 0.509 ± 0.035 103 0.409 ± 0.037 72 d.f. 4

*3 0.009 ± 0.006 2 0.017 ± 0.009 3 Pvalue = 0.001 *4 0.133 ± 0.023 27 0.068 ± 0.018 12

A

B

difetto di IgA

V.Giambra et al. J.Imm. vol 183 n.12; 15 Dic.2009

livelli di Ig nel difetto di IgATABLE II. HS1.2 frequencies in IGAD patients of the 30th percentile with low or high values of IgM and IgG in the serum.

Genotypes IgM IGAD IgG IGAD

Low values (30%) High values (30%) Low values (30%) High values (30%)

Obs % Exp Obs % Exp Obs % Exp Obs % Exp

1/1 27 45.8 18.4 7 25 4 13 45 7.7 12 41.3 9.3 2/2 15 25.5 7.8 9 32.1 7 8 27.6 4.5 7 24.1 4.2 3/3 - - - - - - - - - - - - 4/4 - - - - - - - - - - - - 1/2 8 13.6 24 7 25 10.6 3 10.3 12 7 24.1 12.5 1/3 2 3.5 1.7 - - - - - - 1 3.5 0.6 1/4 2 3.5 3.3 1 3.6 1.5 1 3.4 2 1 3.5 1.2 2/3 1 1.8 1 - - - 1 3.4 0.4 - - - 2/4 4 7 2 4 14.3 2 3 10.3 1.5 1 3.5 0.7 3/4 - - - - - - - - - - - -

Alleles Frequencies Obs Frequencies Obs Frequencies Obs Frequencies Obs

*1 0.559 ± 0.045 66 0.379 ± 0.063 22 0.517 ± 0.065 30 0.568 ± 0.065 33

*2 0.364 ± 0.044 43 0.500 ± 0.065 29 0.396 ± 0.064 23 0.379 ± 0.063 22

*3 0.025 ± 0.014 3 0.001 ± 0.001 0 0.017 ± 0.016 1 0.017 ± 0.016 1

*4 0.050 ± 0.020 6 0.068 ± 0.033 4 0.068 ± 0.033 4 0.034 ± 0.023 2

IgM: 2 = 4.257; Pvalue (two sided) = 0.0391; OR (95% CI) = 2.023 (1.031-3.971) IgG: 2 test is not significative

A

B

come stanno i CD19

χ2 = 7,090; P value = 0,0289; OR = 3,604

TABLE III. HS1.2 frequencies in IgAD patients with low or high levels of CD19+ cells, normal range 15-25%

B CD19+ alleles low values (<15%) observed high values (>25%) observed

*1 0,527 ± 0,081 20 0,200 ± 0,089 4 *2 0,395 ± 0,079 15 0,650 ± 0,106 13 *4 - 0 0,050 ± 0,009 1 *4 0,078 ± 0,014 3 0,100 ± 0,046 2 tot 38 20

troppo pochi

se il polimorfismo condiziona

nella macchina interattiva del linfocita B quale può essere il ruolo del polimorfismo di HS1,2

per ora sappiamo che interagisce in modo diverso coni complessi di SP1 ed NF-kB

nella risposta immunitaria e nelle patologie immunologiche svolge un ruolo che condiziona le normali funzioni

ma ci possono essere altri polimorfismi associati

la 3’RR sta ad un incrocio della regolazione non più soltanto del linfocita B

CLL chronic B-lymphocytic leukemia

Controls N=248

Chronic Lymphocytic Leukemia

N=101

P

HS1,2A,

n(%)

1/1 52 (21.0) 5 (5.0) <0.001

2/2 37 (14.9) 24 (23.8) 0.05

3/3 2 (0.8) 1 (1.0) 1.00

4/4 4 (1.6) 1 (1.0) 1.00

1/2 84 (33.9) 40 (39.6) 0.31

1/3 12 (4.8) 2 (2.0) 0.37

1/4 18 (7.3) 4 (4.0) 0.33

2/3 13 (5.2) 2 (2.0) 0.25

2/4 25 (10.1) 21 (20.8) 0.01

3/4 1 (0.8) 1 (1.0) 1.00

Allele

frequency

Controls N=248

Chronic Lymphocytic Leukemia

N=101

P

Allele*1 0.440 0.277 <0.001

Allele*2 0.395 0.549 <0.001

Allele*3 0.061 0.035 0.17

Allele*4 0.105 0.139 0.20

nella risposta immune

infection susceptibility

0

0.1

0.2

0.3

0.4

0.5

0.6

controlHCV+ inf.

HCV+ cleared

HIV progr

HIV non progrHIV+ CD4<300HIV+ CD4>700

W Africa subsahar

*1

*2

*3

*4

esiste una diversa risposta a seconda delle freq. alleliche

** Swaziland

**

** Roma

***

*** Bengasi

cosa succede nelle patologie ?immuno-alteration

0

0.1

0.2

0.3

0.4

0.5

0.6

0.7

0.8

cntr RCUCeliachCrohn

Derm HerpPsor Arth

Rheum Arth

Syst Scl

Lupus Eryth

Chr Lymph Leuk

Ig increaseIg decreaseIgA defect

*1

*2

*3

*4

165 64 65 58 37 42 233 135 135 101 44 41 86

come combiano le frequenze alleliche di HS1,2 (* Roma)

*

SNPs haplotype map

HS3

U4

U5 R3

HS1,2A

U1

U2 U3

U6 U7

U8

K10 retrovirus

R1 R2

HS4

R3i U6i

Ua2 R5

Ua3

U10 Ua4

U11

Alu

LTR ELK2R4 U9

U7i

R6 U12

R7

U13

R8 U14 U15 U16

SA2.5 A2R

SA2.5

U5U3 HS3 U4 R3U6 U7 U8R4 U9HS1.2A

3 1 2 41 2

RR-1HS3 HS3

HS1,2A HS1,2B

HS4 HS4

crip1hole crip2mta1

RR-2

centromere

*

T/C

(8750*)

*

C/G

(8705)

*

G/A

(8339)

*

T/C

(8283)

Me Me

* * * * * * * * * *A/G

(5159)

G/C

(5077)

A/G

(4811)

C/T

(4690)

A/C

(4566)

C/A

(4231)

T/C

(3906)

G/A

(7697)

C/T

(7662)

C/T

(7570)

C/G

(7548)

A/G

(7547)

G/A

(7538)

G/C

(7519)

G/C

(7362)

G/C

(7265)Me Me Me Me Me Me MeG/C

(7159)

Me Me Me Me Me Me Me

** * * ** * *C/T

(4088)