Modalità di utilizzo dei server di calcolo del C.E.D. di Frascati

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Sevizio Centralizzato Informatica e Reti

Frascati, 14.04.2005

Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico

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Modalità di utilizzo dei server di calcolo del C.E.D. di Frascati

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Macchine per lavori interattivi e batch

sp3-1 sp3-2sp4-1onyx2cedbw305-1bw305-2

Nome macch. Arc. Sist. Oper. N° cpu RAM Freq.

Power III “Power IVR14000Pentium 4 “

AIX 5.1.3 “ “IRIX 6.5Red Hat 9 “

16 “32 8 1 “

16 GB “

32 GB8 GB1 GB “

375 MHz “1100 MHz600 MHz2.4 GHz “

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Macchine riservate per lavori batch

sp4-2 sp4-3sp4-414 x bw305

Nome macch. Arc. Sist. Oper. N° cpu RAM Freq.

Power IV “ “Pentium 4

AIX 5.2.4 “ “Red Hat 9

32 “ “ 1

32 GB “ “

1 GB

1500 MHz1900 Mhz “2.4 GHz

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sp3 sp4 linux

Suddivisione delle Risorse di calcolo

32 nodiPower III

128 nodiPower IV

16 nodiPentiun

4

sgi

8 nodiR14000

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Modalità di accesso alle risorse

Si può utilizzare il commando ssh o telnet. Oppure il software Citrix (Ica Client) selezionando l’applicazione INFOGRID tra quelle pubblicate dal software (MetaFrame Presentation server).

Ex. ssh –l enea sp3-1telnet sp3-1 (solo dalla rete ENEA)

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Comando per controllare lo stato delle risorse

lsload –R nome delle risorsa frascati (report delle macchine di una specifica risorsa)lsload frascati (report delle macchine appartenenti a tutte le risorse di Frascati)

Ex. lsload –R linux frascati

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Compilatori e ambienti paralleli

I compilatori disponibili sono:

IBM Fortran e C su sp3 e sp4 PGI Fortran su linux MPICH Fortran e C su sp3, sp4, i386_linux e sgi GNU (gcc g77) su linux SILICON GRAPHICS Fortran e C su sgi

Gli ambienti paralleli disponibili sono: MPI POE su sp3 e sp4 PVM e MPICH su sp3, sp4, linux e sgi SMP OpenMP su sp3, sp4 e sgi OpenMP + MPI su sp3 e sp4 (parallelo misto)

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Esempi di compilazione

Seriale: xlf –o pippo pippo.f IBM Fortran pgf77 –o pippo pippo.f PGI Fortran f77 –o pippo pippo.f SILICON GRAPHICS Fortran

Parallelo: mpxlf –o pippo pippo.f IBM Fortran MPI xlf90_r –o pippo –qsmp=omp pippo.f IBM Fortran OpenMP mpicc –o pippo pippo.f MPICH i386_linux

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Run di un job seriale batch

Scheduler LSFComando bsub

Dal prompt della Shell (KSH o C) di una macchina interattiva scrivere:

bsub –R* nome della risorsa* * –q nome della coda ** * my_programm dove: * -R può essere sostituito con –m nome della macchina * * nome della risorsa può essere uguale a (“ sp3, sp4, sgi o linux ”) *** nome della coda può essere uguale a (“ small_10m, medium_2h, large ”).

Ex. bsub –R sp3 –q medium_2h pippobsub –m sp4-2 –q large pippo

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Run di un job parallelo batch (solo SP3 o SP4)

Scheduler LSF + LOADLEVELERScript poe.bsubRichiede il file .rhosts


poe.sub my_programm nome della risorsa* -inp my_input –out my_out –err my_error –queue nome della coda ** -procs n***dove: * nome della risorsa può essere uguale a (–sp3 o –sp4) ** nome della coda può essere uguale a (small_10m, medium_2h, large).

*** n = 2÷32 per sp3 , 2 ÷128 per sp4

Ex. poe.sub pippo –sp3 –inp pippo.inp –out pippo.out –err pippo.err –queue medium_2h –procs 16

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Run di un job parallelo PVM batch

Scheduler LSFScript mcnp.bsub

Richiede il file .rhosts


mcnp.sub i=my_programm nome della risorsa* queue nome della coda ** tasks n***x1

dove: * nome della risorsa può essere uguale a (sp3,sp4 o sgi ) ** nome della coda può essere uguale a (small_10m, medium_2h, large) *** n = 2÷32 per sp3 , 2÷128 per sp4, 8 per sgi

Ex. mcnp.sub i=pippo sp3 queue medium_2h tasks 16*1

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Run di un job parallelo interattivo (I386_linux) MPI

Parallel environment MPICH

Richiede il file .rhosts

Dal prompt della Shell (KSH o C) di una macchina linux scrivere:

mpirun –np n* -machinefile my_machinefile ** pippo

dove: * n= 2÷16 ** my_machinefile è un file che contiene l’elenco delle macchine

Ex. mpirun –np 8 –machinefile hostfile pippo

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Comandi per controllare lo stato dei jobs sottomessi

bjobs lista dei propri jobs in esecuzione o in coda d’attesa bjobs –u all lista di tutti i jobs bkill cancella un job in coda bpeek lista dello standard output

Per ottenere ulteriori informazioni sull’utilizzo dei comandi digitare:man nome del comando

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