Introduzione a PubMed 31 Ottobre 2019

Corso di Ricerca Bibliografica per Scienze del Farmaco 2019

Polo Bibliotecario di Scienze, Farmacologia e Scienze Farmaceutiche Corso di Ricerca Bibliografica per Scienze del Farmaco 2019

Introduzione a PubMed

31 Ottobre 2019

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Che cos’è PubMed?

E’ un sistema informativo gratuito della U.S. National Library of Medicine (NLM)

Contiene oltre 30 milioni di citazioni di articoli (record) da riviste biomediche (di tutto il mondo)

La base dati bibliografica Medline costituisce il 90% di PubMed. Sono anche presenti citazioni da

periodici (life science journals) e da libri online.

Copertura temporale: dal 1946 ad oggi

Aggiornamento: 7 giorni su 7!

Copertura disciplinare: biomedicina e salute, alcuni settori delle scienze della vita, delle scienze

comportamentali, delle scienze chimiche e della bioingegneria

Lingua: inglese (abstract anche in altre lingue)

PubMed dà accesso ad informazioni di siti web selezionati e link ad altre risorse di biologia molecolare

della NBCI (National Center for Biotechnology Information, USA)

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Come si accede a PubMed? Dal portale

Ma anche dalle pagine web della Biblioteca

Sito della biblioteca di Sc. del Farmaco > Cosa cerchi > Risorse per le Scienze del Farmaco > Pubmed

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Come si accede a PubMed (2)? Dal sito della biblioteca di Sc. del Farmaco > Cosa cerchi > Siti di interesse disciplinare > Farmaci o Piante > Pubmed e altre risorse (basi dati, siti web, ecc.)

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PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?otool=iitudplib



Come viene creata la base dati PubMed?

• Gli articoli vengono giornalmente inviati alla NLM e le citazioni controllate e rese subito visibili in

Pubmed

• Le citazioni da periodici Medline vengono indicizzate, cioè suddivise in campi con assegnazione di

termini controllati (i termini MeSH) che permettono di fare una ricerca mirata

• Tutte le citazioni sono accompagnate da un tag di status, quelle completamente indicizzate

acquisiscono lo status [Pubmed – indexed for Medline]

• Non tutte le citazioni acquisiscono lo status Medline

• Dal 2005 è iniziata la mappatura delle vecchie citazioni Pubmed ai MeSH attuali

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Citazione bibliografica – Campi

Ogni record di MEDLINE è composto da campi:

• Titolo dell’articolo

• Nomi degli autori

• Abstract

• Status: indexed for MEDLINE o altro

• Termini per la ricerca (MeSH terms), dal vocabolario MeSH dei termini

controllati/descrittori

• Titolo del periodico

• Affiliazione del primo autore

• Lingua di pubblicazione dell’articolo

• Tipo di pubblicazione

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Esempio di citazione bibliografica in PubMed

A systematic review and meta-analysis of naltrexone implants for the treatment of opioid dependence. Larney S, Gowing L, Mattick RP, Farrell M, Hall W, Degenhardt L. Drug Alcohol Rev. 2014 Mar;33(2):115-28. doi: 10.1111/dar.12095. Epub 2013 Dec 3. Review. PMID: 24299657 [PubMed - indexed for MEDLINE]

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24299657





















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La Ricerca in PubMed - Gli OPERATORI BOOLEANI

Gli operatori booleani usati in PubMed sono:

AND, OR, NOT

• Si usano quando cerchiamo più termini contemporaneamente

• Vanno sempre scritti in MAIUSCOLO per differenziarli dalle

stopwords (parole non significative del testo che il sistema ignora)

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AND

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influenza vaccination

influenza

AND

vaccination

= A

N

D

esempio: influenza AND vaccination

Cerca le citazioni che contengono entrambi i termini di ricerca



OR

OR = =

esempio: estrogeni OR progestinici

Si trovano citazioni che contengono almeno uno dei termini di ricerca

estrogeni progestinici Estrogeni

progestinici

http://www.laterza.it/bibliotecheinrete/immagini/fig02.gif



NOT

E’ utile per escludere (eliminare) dei termini da una ricerca

es: Cerco gli articoli che trattano di malattie epatiche, ma non mi interessano gli articoli sulle epatiti

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Malattie

epatiche epatiti

Malattie

epatiche

N

O

T

=



L’Uso delle Parentesi Tonde (NESTING)

• Informed consent AND (Italy OR England OR France OR Germany)

CORRETTO perché le parentesi creano un insieme dei termini

in OR e lo uniscono al primo concetto in AND

• Informed consent AND Italy OR England OR France OR Germany

NON CORRETTO perché PubMed lega il primo termine al

secondo con AND ma lascia separati i termini in OR

• Italy OR England OR France OR Germany AND Informed consent

CORRETTO perché PubMed processa per primi i termini a sinistra

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Iniziamo cercando: tamoxiflen breast cancer Mi soddisfano i risultati che trovo? Cos’ho cercato in realtà?



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MeSH – Perché usarlo?

• Il linguaggio scientifico è estremamente complesso per la coesistenza di sinonimi, forme

morfologiche diverse, etc

Quale termine è preferibile usare?

es.: si dice neoplasia? cancro? tumore? carcinoma?

• Medline ha superato l’ostacolo linguistico creando un Thesaurus (MEDICAL SUBJECT HEADINGS).

• Il MeSH è un vocabolario strutturato di termini utili al reperimento di informazioni, che possono

usare una terminologia variabile per esprimere gli stessi concetti (sinonimi e varianti grafiche dei

termini)

• Corrisponde a un sistema di parole-chiave che, rappresentando i concetti fondamentali della

letteratura biomedica, permette di eseguire ricerche mirate

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Esempio di ricerca nel mesh:

TRIAZOLAM nel trattamento dell’ INSONNIA

- effetti avversi -



Quanti records bibliografici trovo? Sono attinenti all’argomento? Ho scelto le corrette parole chiave? Ho utilizzato i subheadings?

Effetti avversi di TRIAZOLAM nel trattamento dell’ INSONNIA



TRIAZOLAM nel trattamento dell’ INSONNIA:

posso fare questa ricerca anche con parola libera

- insomnia AND triazolam –

ma troverò più risultati e generici

Proviamo…



La ricerca con linguaggio libero in PubMed

Inseriamo uno o più termini del linguaggio naturale nella «Search box» della pagina di accesso a PubMed

Si usa quando:

non esiste/non si riesce ad individuare nel vocabolario MESH un descrittore/termine

controllato per definire un concetto

quando il termine presente nel vocabolario MeSH non è sufficientemente specifico

Quando si cercano articoli che ancora non hanno i termini MESH (ad es. i record: PubMed

as supplied by publisher, PubMed-in process, PubMed–OLDMEDLINE) e in particolare i più

recenti, quelli annunciati dagli editori ma non ancora pubblicati (tag Epub ahead of print)

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La ricerca con linguaggio libero in PubMed–Come Funziona?

Ricerca di uno o più termini:

PubMed attiva una mappatura automatica del/i termine/i (ATM-Automatic Term Mapping) e lo/li cercherà in:

• una tabella di termini MESH

• una tabella di nomi delle riviste

• un indice di nomi di autori e ricercatori

Inoltre cercherà il/i termine/i in:

• tutti i campi del record,

(esclusi quelli del luogo di pubblicazione e del titolo traslitterato)

Esempio: "topotecan"[MeSH Terms] OR "topotecan"[All Fields] (trova articoli con status/tag [Epub ahead of print])

Ricerca di una frase, ATM cercherà sia la frase, che i singoli termini che la compongono collegandoli con l’operatore

AND

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Utilizzo del farmaco Milasen nel trattamento di una rara

malattia genetica (Batten disease)



Ricerca con parola libera VS ricerca con Mesh – Criticità

Cerchiamo: tamoxiflen breast cancer

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Ricerca con parola libera VS ricerca con Mesh – Criticità

Cerchiamo: "Tamoxifen"[Mesh] AND "Breast Neoplasms"[Mesh]

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La ricerca con linguaggio libero in PubMed – strategie

Per cercare una frase esatta o un termine composto è possibile mettere l’espressione tra virgolette

es. : “myocardial infarction”

Senza “…..” Pubmed inserisce l’operatore AND tra i due termini

Per cercare termini che hanno la stessa radice iniziale, si può usare il simbolo * che sostituisce zero o

più caratteri di un termine

es.: risk* per cercare

risk, high-risk, risks, risk-taking,

risk-factors, etc.

N.B. Sia l’uso delle virgolette che l’uso dell’ asterisco disattivano la mappatura automatica (Automatic Term Mapping) dei termini!!

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Mappatura automatica – Esempio 1

1. Search: ebola virus

Search Details: "ebolavirus"[MeSH Terms] OR "ebolavirus"[All Fields] OR ("ebola"[All Fields] AND "virus"[All Fields]) OR "ebola virus"[All Fields] (6121 results)

2. Search: “ebola virus”

Search Details: "ebola virus"[All Fields] (4625 results)

3. Search: ebola virus*

Search Details: ebola virus[All Fields] OR ebola virusepidemia[All Fields] OR ebola viruses[All Fields] (4710 results)

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Esempio di ricerca libera in PubMed

Cosa succede se scrivo questa frase? Contamination and adulteration of herbal medicinal products

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Esempio di ricerca in PubMed – analisi del record

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RICERCA NOMI DELLE SOSTANZE CHIMICHE Per cercare in PubMed usando la nomenclatura chimica, eliminare parentesi tonde e quadrate e sostituirle un trattino (se non è già presente). Parentesi quadre e parentesi tonde hanno un significato specifico nella stringa di ricerca in PubMed. Non togliere virgole o i simboli (') nella nomenclatura chimica Esempi di ricerche corrette in PubMed:

Per i caratteri dell’alfabeto Greco (e.s., α o β), si può scrivere il simbolo o traslitterarlo Esempio: interleukin-1β interleukin-1beta sono due stringhe equivalenti per la ricerca in PubMed Dal giugno 2018, saranno visibili le formule presenti nei titoli e negli abstract dei record di PubMed

Systematic name Search in PubMed

1-[(3,5-dichloro)-2,6-dihydroxy-4-methoxyphenyl]-1-hexanone

1-3,5-dichloro-2,6-dihydroxy-4-methoxyphenyl-1-hexanone

2,2-(2-chlorophenyl-4'-chlorophenyl)-1,1-dichloroethene

2,2-2-chlorophenyl-4'-chlorophenyl-1,1-dichloroethene



I Filtri per i dati di PubMed

Attenzione! I filtri sono termini MeSH!

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L’Opzione della RICERCA AVANZATA

PubMed Advanced Search Builder

Permette di:

• Vedere le ricerche più recenti in PubMed (svolte nelle ultime 8 ore)

• gestire le ricerche effettuate combinandole in nuove strategie

• Ricercare mediante qualificatori di campo (Title, Author, Title/Abstract ecc.)

usando il Search builder

• Consultare l’Index

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Novità in PubMed Dalla pagina dei risultati:

Scegli Sort by: Best match

Esempio ricerca con termini del linguaggio naturale

Uso dell’ecstasy nella sindrome PTSD (acronimo per Posttraumatic Stress Disorders)

(C’è il termine MeSH nel tesauro?)

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Novità in PubMed

Dalla pagina dei risultati:

Linkout

Permette di vedere il link ad archivi istituzionali o governativi di articoli e dati o altre fonti informative

Esempio ricerca di articolo:

Rainsford KD. Ibuprofen: from invention to an OTC therapeutic mainstay. Int J Clin Pract Suppl. 2013 Jan;(178):9-20. doi: 10.1111/ijcp.12055. Review. PubMed PMID: 23163543

oppure

Iyer S, Naganathan V, McLachlan AJ, Le Couteur DG. Medication withdrawal trials in people aged 65 years and older: a systematic review. Drugs Aging. 2008;25(12):1021-31. doi: 10.2165/0002512-200825120-00004. Review. PubMed PMID: 19021301

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Ancora in PubMed

PubMed aggiunge agli abstract dei suoi record le iconcine dei Social media, Facebook, Twitter, Google+)

MeSH on Demand, un motore che analizza porzioni di testo (fino a 10000 termini) e identifica i probabili

termini MeSH. Attenzione, è un utile ausilio, ma è pur sempre l'analisi di un motore e non di un esperto

della disciplina!

https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand

Searching Drugs and Chemicals in PubMed, un tutorial aggiornato per imparare a cercare in modo

corretto e efficace i record che riguardano i farmaci e le sostanze chimiche.

https://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/drugs/intro.html

PubMed - Condividere le strategie di ricerca in un blog: http://pubmedsearches.blogspot.com

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http://www.nlm.nih.gov/mesh/MeSHonDemand.html




http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/drugs/intro.html










Esercizi per PubMed

1. Cercare studi clinici randomizzati sull’uso della curcumina nell’artrite reumatoide. Usare il MeSH

Vedere anche Linkout (brevetti LENs, TOXNET, PubChem compounds ecc.)

2. Per la pianta Moringa Oleifera ci sono studi su interazioni con i farmaci? Usare il MeSH

3. Studio epidemiologico in Lancet sulla mortalità collegata al consumo di alcol nella popolazione

mondiale. Usare la ricerca con termini MeSH

Articolo recente (no Mesh) si deve ricercare con parola libera:

C. Losasso et al., Assessing antimicrobial resistance gene load in vegan, vegetarian and omnivore human gut microbiota, International Journal of Antimicrobial Agents (2018), https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2018.07.023

(in press, corrected proofs) Accessed October 18, 2018

https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2018.07.023

PubMed – PubMed Tools – Topic-Specific Queries https://www.nlm.nih.gov/bsd/special_queries.html

Nella pagina troviamo alcune risorse utili per la ricerca di informazioni:

Subsets (stringhe di ricerca precostruite per sottoinsiemi di dati):

Complementary Medicine

Dietary Supplements

Developmental and Reproductive Toxicology (DART)

Toxicology

Altre fonti informative (Banche dati, strategie di ricerca, risorse della NLM ecc.)

ALTBIB

CAM on PubMed

TOXNET

MedlinePlus Health Topics

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PubMed – PubMed Tools – Clinical Queries https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/clinical

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PubMed – More Resources – Clinical trials

https://clinicaltrials.gov/

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MeSH traduzione italiana https://old.iss.it/site/Mesh/

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Europe PubMed Central

http://europepmc.org/

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http://europepmc.org/

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