LA RICERCA BIBLIOGRAFICA SU PUBMED: LA NUOVA INTERFACCIA

Roberto Brusotti

Nell’autunno del 2009 Pubmed ha modificato la sua impostazione grafica e apportato alcuni cambiamenti anche sostanziali nella logica generale. Vediamoli in una breve rassegna.

Ecco la nuova home page di Pubmed:

Notiamo subito alcune novità o modifiche:

1) In alto a sinistra (ovale rosso) troviamo ora dei menù a tendina interattivi con i link rispettivamente alle altre risorse nella NCBI (libri in full-text, riviste ad accesso libero di Pubmed Central, altri database biochimici etc.) e a una arricchita sezione di guida in linea (“How to”);

2) Sempre in alto ma accanto al menù a tendina col database corrente (che si può usare anche per fare una ricerca direttamente sui Mesh, le parole-chiave standardizzate), troviamo i link (ovale verde) alla pagina della ricerca avanzata, mentre di recente (febbraio 2010) è stato reintegrato anche un link diretto alla pagina dei Limits, nuovamente “scorporati” dalla pagina di ricerca avanzata;

3) Nella parte centrale della pagina trovano posto invece gli importanti links alle risorse che nella vecchia interfaccia erano collocati per lo più nella colonna sn. della home page: nella sezione “Using Pubmed” (quadrato verde) troviamo tra gli altri i links alle pagine degli help, dei tutorials e delle novità sul database (disponibili anche come feed RSS); nella parte “Pubmed Tools” si segnala soprattutto il “Single Citation Matcher”, utile per individuare un singolo articolo (ad esempio nel caso si possiedano riferimenti bibliografici errati o frammentari); nella sezione “More Resources” incontriamo i collegamenti ai Database per la ricerca dei Mesh, dei trials clinici e delle riviste.

Vedremo in seguito altre funzioni, come l’accesso a “My NCBI” etc.

Notiamo ancora che il box di ricerca è stato implementato con la funzione di completamento automatico, molto utile anche per risolvere i dubbi nella grafia di certi termini:

Passando al modo in cui vengono visualizzati i records dopo una ricerca standard, notiamo che ora nel formato summary per default i records sono articolati su 5 righe:

È l’occasione per esaminare quante informazioni ci offra già questa semplice schermata. Se la seconda riga riporta semplicemente i nomi degli autori, la prima (che contiene il titolo dell’articolo) è anche un ipertesto che punta al record nel formato abstract (plus); ricordiamo sempre che se il titolo è tra parentesi quadre (vedi qui il record n. 4) ciò significa che l’articolo è in una lingua diversa dall’inglese; l’idioma relativo viene indicato in terza riga. In questa stessa riga notiamo che, oltre ai riferimenti bibliografici, viene segnalato se il record non contiene un abstract (in verde nel record n. 2).Nella quarta riga possiamo conoscere lo status del record, ovvero se è stato già indexato dalla NLM (e contiene quindi i Mesh, le parole chiave standardizzate) oppure se è stato fornito dall’editore in una versione provvisoria.Molto ricca di informazioni è la quinta riga del record. Qui troviamo:

1) il link ai “related articles” (ovale verde), cioè agli articoli che Pubmed associa con un particolare algoritmo: una risorsa molto utilizzata per arrivare via via “a cascata” ad articoli affini, ma che va usata con prudenza, dato che gli elementi usati da Pubmed per le associazioni possono anche essere di scarso interesse per l’utente (lingua originale, presenza di abstract, etc.);

2) L’eventuale link (ovale ocra, record n. 4) che segnala la disponibilità libera dell’articolo (punta al record in formato abstract)

3) Se un record è già stato accantonato nella Clipboard (vedi oltre), viene infine segnalato in caratteri verdi sempre nella quinta riga (vedi record n. 3)

Notiamo poi che in questa nuova videata sono state implementate notizie e funzioni nella colonna dx.: articoli presenti eventualmente nella Clipboard, possibilità di filtrare gli articoli direttamente o nella pagina dedicata, elenco delle ricerche recenti.

Diamo un’occhiata invece alla nuova schermata relativa al formato Abstract:

Notiamo subito che l’”etichetta” che punta al testo pieno dell’articolo è ora situata in alto a destra (freccia rossa); subito sotto (freccia verde) sono elencati i “Related articles” considerati più attinenti.Altra importante novità è che le parole-chiave standardizzate sono ora integrate direttamente nel record (non esiste infatti più il formato “citation”), richiamabili “esplodendo” la voce “Mesh terms” mediante un clic sull’icona col “+”:

Cliccando sulle singole parole-chiave, poi, è possibile (vedi il link “esploso”) attivare direttamente una ricerca, portarsi sulla descrizione del termine nel Mesh browser, oppure inviarlo al box di ricerca per operazioni successive (“Add to search”: l’opera-zione è ripetibile direttamente per più Mesh). Ricordiamo che l’asterisco che segue eventualmente una parola chiave indica che essa è considerata principale (Majr).

LA RICERCA AVANZATA

Passiamo ora a vedere le opzioni di ricerca avanzata presentate nelle corrispondenti pagine dedicate. Dopo un primo periodo in cui Limits e altre opzioni avanzate erano state integrate in un’unica pagina, da febbraio 2010 esse sono state di nuovo scorporate; vi si accede, come abbiamo visto nella prima immagine, cliccando sugli ipertesti subito al di sopra del Search Box. Vediamo per prima la schermata dei Limits:

I filtri di ricerca sono fondamentalmente quelli tradizionali: si può determinare il range cronologico della ricerca, limitarla per tipo di articolo, per lingua originale, età e sesso dei soggetti, richiamare soltanto articoli con presenza di abstract o rimando all’articolo completo; segnalo infine (cornice verde) la possibilità di limitare la ricerca a un campo determinato, ad esempio il titolo dell’articolo oppure le parole-chiave (di default la ricerca viene effettuata su tutti i campi).Come si vede nella schermata dei risultati qui sotto, i filtri così selezionati per la ricerca vengono evidenziati in giallo: ATTENZIONE perché rimangono attivi anche per eventuali ricerche successive.

La presenza della ricerca per campo nella pagina dei Limits e in generale il depennamento di questi ultimi dalla pagina “Advanced Search” ha un poco depotenziato quest’ultima risorsa, che nondimeno andiamo subito a vedere: ricordiamo che può essere richiamata cliccando sull’apposito link al di sopra del Search box (vedi saetta rossa nell’immagine precedente).

La prima risorsa presentata è il “Search Builder”: rappresenta in pratica la possibilità di costruire una ricerca avanzata tramite operatori booleani e differenziando i campi di ricerca senza doversi preoccupare della sintassi. Approfitto dell’esempio per ricordare l’uso del carattere di troncamento “*”, che consente nel caso specifico di richiamare articoli che contengano nel titolo sia l’espressione “pancreatic adenocarcinoma” sia “adenocarcinoma of the pancreas”.La seconda risorsa è la “Search History”; si tratta in pratica dell’archivio delle ricerche più recenti (viene azzerata allo spegnimento del computer), e può essere utile per richiamare ricerche pregresse (se ad esempio si chiude inavvertitamente il browser o ci si rende conto di essere finiti in tentativi successivi su un binario morto); è possibile utilizzare la History anche per combinare ricerche già effettuate: cliccando sul numero della ricerca, in blu a sn., viene aperta una piccola videata che consente di inviare la ricerca corrispondente nel box di ricerca con gli operatori AND – OR – NOT, di richiamare la ricerca (il che si ottiene anche cliccando sul numero dei records, all’estrema destra della riga), di mostrare i dettagli (sintassi) della ricerca, di

salvarla in MyNCBI (vedi oltre). Il numero delle ricerche visualizzate si può incrementare a ritroso cliccando su “More History” (“tasto” grigio).Un terzo gruppo della pagina di ricerca avanzata rimanda invece ad altri strumenti, tra cui il Mesh database: In questa pagina (Mesh Browser) non ci sono novità rispetto al passato, per cui sorvoliamo sull’argomento, pur suggerendo vivamente di utilizzare la risorsa delle parole chiave normalizzate, che consente di effettuare ricerche molto precise evitando di perdere tempo nell’esaminare records non pertinenti.Approfittiamo invece della pagina che presenta i risultati della ricerca abbozzata qui sopra per esaminare le possibilità di gestione delle ricerche:

Il menù Display Settings permette di gestire la lista di records ottenuta, ad esempio aumentando il numero degli articoli visualizzati in una pagina (sono 20 per default), di cambiare ordinamento, ad esempio per rivista (altrimenti vengono presentati in ordine cronologico dal più recente), soprattutto di visualizzare i record in formato abstract. Le opzioni di visualizzazione possono valere per l’intera ricerca ovvero per i soli records selezionati tramite lo spunto nell’apposito piccolo box a sn. del titolo. Segnaliamo che adesso è stata spostata in questo menù (anziché in “Send to”) la possibilità di visualizzare i records in formato solo testo per una stampa più economica (vedi freccette rosse), sia con i soli riferimenti bibliografici che con l’abstract, ottenendo una schermata di questo tipo (Summary (text)):

Cliccando invece su “Send to”, sempre subito sotto il box di ricerca di Pubmed, possiamo approdare a ulteriori possibilità di gestire la nostra ricerca.

Possiamo ad esempio inviare via e-mail la nostra ricerca (ovvero: tutti i record, oppure quelli selezionati tramite lo spunto) alla Biblioteca di riferimento, affinché recuperi gli articoli che non si è riusciti a scaricare direttamente; cliccando sul piccolo box circolare vicino alla voce “E-mail”, in questo caso, si apre una finestra di dialogo in cui indicare la forma con la quale si vuole inviare la lista di articoli, l’indirizzo e-mail del destinatario, e aggiungere un breve testo: è ESSENZIALE utilizzarlo per identificarsi, altrimenti il destinatario non capirà da chi proviene la richiesta (la mail arriva anonima come “Sent by Pubmed” e con oggetto “Pubmed Search Results).Se invece riteniamo di avere ottenuto soltanto delle risposte parziali alla nostra ricerca, o se ne vogliamo impostare una differente senza perdere gli articoli già individuati, possiamo usare il menù “Send to” per accantonare i records nella Clipboard. Si tratta in pratica di uno spazio provvisorio che può contenere fino a 500 articoli e che rimane attivo a lungo (viene azzerato dopo otto ore di inattività); come abbiamo visto in precedenza, gli articoli accantonati nella clipboard rimangono identificati da una segnalazione in verde nella quinta riga del record in formato summary; la Clipboard può essere richiamata in qualunque momento (e gestita esattamente come qualsiasi altra schermata di risultati) cliccando sul link che d’ora in poi comparirà in alto a dx nello schermo (vedi immagine a p. 4).Se vogliamo salvare la ricerca in maniera permanente, occorre invece cliccare (sempre dalla finestrina richiamata cliccando su “Send to”) su “File”, che apre una nuova finestrina all’interno del quale si può scegliere il formato del file e il metodo di ordinamento; se invece la si vuole salvare su uno spazio virtuale, è possibile cliccare su “Collection”, che dà la possibilità di salvare la lista su un proprio spazio identificato all’interno del Server della NCBI. Per fare questo però occorre registrarsi preventivamente su “My NCBI”, sempre in alto a dx di qualsiasi schermata di Pubmed (vedi ellissi verde nell’immagine precedente).

MY NCBI

Pubmed offre infatti la possibilità di personalizzare certi parametri di ricerca e appunto di salvare e aggiornare le proprie ricerche in un apposito spazio riservato agli utenti registrati. La registrazione è gratuita ed estremamente semplice: basta inserire username e password ed eventualmente un indirizzo e-mail (opzionale: serve per ricevere aggiornamenti via e-mail). Una volta registrati, si può effettuare il “Sign in” ad inizio sessione (il link è sempre in alto a dx.) o soltanto quando serve.Con NCBI è possibile anche salvare non solo i risultati, ma direttamente le ricerche (utilizzando il link “save search” direttamente a dx del search box). Salvare una ricerca rende possibile attivare una serie di vantaggi, come la possibilità di poter essere avvertiti via e-mail periodicamente di eventuali novità sugli argomenti. Comunque ogni volta che si visualizzano le “vecchie” ricerche salvate c’è la possibilità di controllare se ci sono nuovi record relativi (Clicca su “What’s new for selected”). Vediamo di seguito la schermata di “Sign in” e quella conseguente a un clic su “Save searches” (sottolineata in rosso l’opzione di aggiornamento tramite e-mail).

Tutte le ricerche possono essere richiamate ed aggiornate dalla home page di “MyNCBI” (freccia rossa):

Da MyNCBI si possono inoltre modificare una serie di preferenze di default, come per esempio aggiungere dei filtri personalizzati tra le scorciatoie che appaiono costantemente nella colonna dx. a ogni ricerca effettuata (normalmente vengono proposti soltanto un filtro per le Reviews e uno per gli articoli con Full-text gratuito), aggiungendo ad esempio gli articoli in inglese o i records che contengono un abstract: