La ricerca bibliografica ed

i database biomedici

• Breve introduzione

• Medline (OVID)

• Cinahl (OVID)

• Embase (OVID)

• The Cochrane Library (OVID)

• Reperire la letteratura trovata

Il Programma di oggi

Le esigenze informative di

partenza

- Tenermi aggiornato su un argomento?

- Tesi di laurea o altro lavoro scientifico?

- Relazione per un esame?

- Descrizione o gestione di casi clinici?

- Relazione sulla propria attività o su quella del reparto?

- altro… ?

I tipi di documento:

- libri monografici (trattati, manuali, raccolte di

saggi)

- periodici

- linee guida

- atti di congressi

- immagini (fisse e in movimento)

- documenti multimediali

- altro...?

I formati

- possono essere:

- cartacei

- elettronici con accesso locale (CD-ROM, Floppy disk, …)

- elettronici con accesso remoto (CD-ROM in rete, siti Internet, fulltext online)

Strumenti di ricerca

• Database bibliografici

• Cataloghi

• Subject gateways

• Motori di ricerca

• Mailing list e rispettivi archivi

• Forum di discussione

• Siti di associazioni professionali

Le fonti per la ricerca bibliografica online in ambito biomedico:

<http://www.lib.unito.it/web/tutorial/fonti.html>

Linee guida: www.guidelines.gov

Un subject gateway: INTUTE

I database: definizione

• La gestione dell’informazione è lo scopo

principale di un database

• Esso è un insieme di descrizioni standard,

strutturate e organizzate, accessibile

all'utenza attraverso interfacce che ne

permettano l'interrogazione e il recupero di

dati

Una tabella di database

• Sono visibili i campi (colonne) in verticale e i record (righe) in orizzontale

Relazione tra tabelle

• Esempio di database relazionale, in cui le tabelle

sono collegate tra loro

2 tipi principali di DB

• Bibliografici (METADATI)

• Fattuali o full text (DATI)

• …ma: occhio all’integrazione!!

Ricercare in un database

bibliografico

• Vanno distinti:

– la struttura del database

– il software di IR (= information retrieval, recupero dell’informazione)

Cosa sono i database

bibliografici?• In un database bibliografico i dati sono divisi in campi e

record

• I record rappresentano le citazioni bibliografiche che derivano dallo spoglio di articoli di riviste prese in considerazione dal database

• Per ogni articolo viene prodotta una citazione bibliografica che comprende una serie di elementi (metadati). Questi riferimenti bibliografici sono relativi alla letteratura biomedica (prevalentemente periodici)

Le singole citazioni bibliografiche sono organizzate in campi (Autore, titolo, rivista …)

Medline• Prodotto dalla National Library of Medicine in lingua

inglese

• Medicina, infermieristica, odontoiatria, medicina veterinaria …

• Comprende in parte e continua l’Index Medicus (creato nel 1879)

• 5000 riviste biomediche pubblicate negli Stati Uniti e in altri 80 paesi

• 15.000.000 di riferimenti bibliografici di articoli pubblicati su riviste dal 1966 a oggi

• Aggiornamento quotidiano

• E‘ gratuita tramite l‘interfaccia Pubmed dal 1997

Caratteristiche di MEDLINE

• Tipo di documenti indicizzati: articoli di rivista (atti di congresso compaiono solo se pubblicati su riviste).

• Copertura geografica: circa il 50% degli articoli appartiene a riviste pubblicate negli Stati Uniti, il restante 50% a riviste pubblicate in 80 altri Paesi

• Copertura linguistica: il 78% degli articoli indicizzati in MEDLINE è scritto in lingua inglese, ma questa percentuale sale all’89% per gli articoli inseriti tra 2000 e 2003

Caratteristiche di MEDLINE

• Lingua d’interrogazione: l’Inglese, anche per

reperire riferimenti ad articoli pubblicati in lingue

diverse (il titolo dell’articolo, in questi casi, è

tradotto in Inglese)

• Presenza di abstract: Tutti i riassunti presenti

sono in inglese, indipendentemente dalla lingua in

cui è scritto l’articolo

• Frequenza di aggiornamento? Quotidiana; ogni

giorno vengono aggiunti 1500 – 3500 nuovi record.

Nel 2004,sono stati aggiunti 571.000 nuovi record

Caratteristiche di MEDLINE• Quali tipi di studio si trovano?

Tendenzialmente tutti quelli pubblicati sulle riviste:

– lettere che esprimono opinioni

– report di casi singoli o di più casi

– studi qualitativi

– sperimentazioni non controllate

– studi di eziologia, studi prospettici

– sperimentazioni precliniche e cliniche controllate: studi caso-controllo, sperimentazioni randomizzate controllate, ecc.

– Revisioni narrative e sistematiche

– Linee guida

MEDLINE IN OVID• Esistono diverse piattaforme per interrogare il database

MEDLINE:

• Gratuite : Entrez PUBMED<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMe

d>

• A pagamento: OVID <http://www.medicina-

servizi.unito.it/ovid/ovidweb.4.1.1/inizio.cgi>

• In OVID insieme a MEDLINE sono interrogabili anche altre

banche dati.

*OVID è accessibile da tutti i PC aziendali e universitari e da casa

attraverso la piattaforma e-learning

Struttura di una citazione / 1

• I record (le singole citazioni bibliografiche) sono organizzati in campi. Ecco i principali:

• autore (fino a 25 cognomi);

• titolo dell'articolo (e parole del titolo);

• descrittori di soggetto (sono detti MeSH, ovvero "Medical Subject Headings") rappresentano l'argomento di ogni singolo articolo;

• abstract (riassunto);

Struttura di una citazione / 2

• fonte bibliografica (titolo della rivista in forma abbreviata, anno, volume, fascicolo, pagine);

• ente di appartenenza e indirizzo del primo degli autori dell'articolo;

• lingua originale in cui l'articolo è stato pubblicato;

• tipo di pubblicazione (ad es. lettera, editoriale, rassegna).

I descrittori di soggetto:

I MeSH, ("Medical Subject Headings")

• MeSH è l'acronimo di Medical Subject Headings, ovvero intestazioni di soggetto per la medicina.

• Ne esistono circa 23000 e sono scelti da specialisti di ogni area della biomedicina.

I descrittori di soggetto:

I MeSH, ("Medical Subject Headings")

• Si tratta di un tesauro… quindi:

– i termini sono in forma normalizzata (tutti i sinonimi sono ricondotti ad un unico termine accettato. Es: tumor, cancer, cancers…� “Neoplasms”)

– i termini sono collegati con una rete di rinvii. In particolare:

• “vedi”: rinvio da voce non accettata a voce accettata: es.: “cancer” � vedi Neoplasms

• “Vedi anche”: per i termini, entrambi accettati, che hanno una relazione importante. es.: Surgery, operative vedi anche intraoperative complications operating rooms

– i termini sono disposti in una gerarchia “ad albero”, in cui i “broader terms” (termini più generali) contengono i “narrower terms”, termini più ristretti)

• Le 15 categorie principali del MeSH :• 1. Anatomy [A]

• 2. Organisms [B]

• 3. Diseases [C]

• 4. Chemicals and Drugs [D]

• 5. Analytical, Diagnostic and Therapeutic Techniques and Equipment [E]

• 6. Psychiatry and Psychology [F]

• 7. Biological Sciences [G]

• 8. Physical Sciences [H]

• 9. Anthropology, Education, Sociology and Social Phenomena [I]

• 10. Technology and Food and Beverages [J]

• 11. Humanities [K]

• 12. Information Science [L]

• 13. Persons [M]

• 14. Health Care [N]

• 15. Geographic Locations [Z]

Conoscere la struttura dei MeSH può essere molto utile per

elaborare una ricerca efficace

• Ogni articolo indicizzato riceve un certo numero di descrittori MeSH che definiscono il suo intero contenuto semantico

• Alcune voci di soggetto hanno una particolare rilevanza (indicate, nei record bibliografici, con l'asterisco (*)).

• Queste voci si ricercano specificando come qualificatore [MAJR].

I MeSH

PRIMA DI INIZIARE LA RICERCA

FORMULARE IL QUESITO USANDOIL PICO

• Patient group(s)

Il quesito riguarda chi?

• Intervention

Che cosa è stato fatto o succede ai pazienti?

• Comparison(s)

Che cosa potrebbe essere fatto in alternativa?

• Outcome(s)

Come influisce l’intervento sulla popolazione/pazienti?

Inserisco un nuovo termine per la ricerca

il DB suggerisce a quali termini MeSH si lega,

e seleziono il termine che mi interessa

Il MeSH Browser

L’albero MeSH

I MeSH in Pubmed: accorgimenti

• I MeSH non sono disponibili su:

– premedline

– “record as supplied by publisher”

• I MeSH non vengono creati per argomenti che ricorrono raramente

• I MeSH non esistono ancora per i termini “nuovi”

• N.B. In tutti questi casi usare la ricerca libera con operatori logici.

I SUBHEADINGS

• Le "sotto-intestazioni" rappresentano un aspetto particolare del singolo descrittore MeSH a cui si applicano. Sono utili per rendere efficace una strategia di ricerca.

• Se cerchiamo, ad esempio, una sostanza farmacologica,

potremmo essere interessati a circoscrivere i risultati della ricerca all'aspetto tossicologico, oppure agli effetti collaterali, al

suo uso diagnostico o terapeutico, al suo assorbimento e metabolizzazione da parte dell'organismo, agli avvelenamenti,

alla posologia, e via dicendo.

• Non tutti i subheadings sono applicabili a tutti i MESH

Subheading: visualizzazione dettagliata

Come limitare una ricerca: Limits

• Conviene partire sempre da una ricerca piùampia e restringerla, ad es. per:

– gruppi d’età (attenzione alle definizioni!)

– data di pubblicazione dell’articolo

– data d’inserimento del record nel database (Entrez date, per le novità)

I limiti metodologici

• Indicano il tipo di pubblicazione, es.:

–Clinical Trial

–Editorial

–Randomized Controlled Trial

• Servono a individuare il livello di evidenza presentato in uno studio

• Lista rapida: sotto “limits”

L’uso degli operatori boleani: AND,

OR, NOT• Per una buona strategia di ricerca utilizzando i

MeSH è necessario l’uso metodico degli operatori logici boleani.

• La combinazione di AND, OR e NOT per associare più termini nella stessa ricerca, permette di risolvere il problema dei risultati con troppi record (è sbagliata l’idea che tanti articoli recuperati equivalgano ad una buona ricerca)

Come si impiegano gli

operatori boleani?• Per comprendere l'"algebra" booleana (AND,

OR e NOT) si tengano presenti le seguenti relazioni grafiche:

• L'AND "restringe" l'insieme ai risultati comuni ad un secondo insieme

• a AND b

• l'OR lo "allarga" sommandovi il secondo insieme

• a OR b

• il NOT elimina dal primo quanto appartiene anche al secondo.

• a NOT b

• In pratica:

• l’AND equivale ad un'intersezione;

• l'OR ad una sommatoria;

• il NOT ad una sottrazione.

CINAHL : che cosa contiene?

• Il Cumulative Index to Nursing & Allied Health è un database comprendente riferimenti bibliografici da pubblicazioni appartenenti alle discipline infermieristiche e alle scienze alleate come ad es.:

– Le varie specialità dell’infermieristica: Assistenza medica

• chirurgia Nutrizione e dietetica

• chirurgia plastica Fisioterapia e riabilitazione

• gastroenterologia Tecnica radiologica

• ginecologia Optometria

• medicina cardiovascolare Servizio sociale

• oncologia nella cura della salute

• pediatria Terapia occupazionale

• pronto soccorso Tecnica chirurgica

– http://www.cinahl.com/whatsnew/whatsnew.htm

CINAHL

• Copertura temporale: dal 1982 in poi

• Copertura geografica: Africa, Asia, Australia, Canada, Europa, Sud America, Regno Unito e Irlanda, Stati Uniti

• Indicizza 2,593, di cui 1,798 includono il riassunto

dell’autore;– inoltre: tesi, linee guida (a volte in testo completo), atti di

congressi, materiali audiovisivi, software e libri

• Sono presenti 1,311,386 record (dato ott. 2006)

• Il database è indicizzato con un tesauro. Il 70% del CINAHL subject headings (12,212) corrisponde ai MeSHdel MEDLINE; gli altri termini sono specifici per l’infermieristica e le scienze alleate

CINAHL: contenuti

Embase: che cosa contiene?

EMBASE

•Banca Dati bibliografica che copre i settori della medicina, con particolare riguardo alla farmacologia e alla tossicologia

•Piú di 10.000.000 records a partire dal 1974

•4.500 riviste, di prevalenza europea

•aggiornamenti giornalieri• Europa

• Thesauro: EMTREE

• A pagamento

Paragone tra EMTREE e MeSH

The Cochrane Library

La Cochrane Library é una pubblicazione elettronica finalizzata a rendere disponibile la migliore evidenza per le domande terapeutiche

Storia

1972 Archie Cochrane (Epidemiologo) sosteneva l‘importanza di creare un registro centrale internazionale di studi clinici

La „Cochrane Collaboration“

La Cochrane Collaboration é una rete internazionale di

scienziati e medici. Il fine di questa istituzione é di

produrre revisioni sistematiche per poter valutare

terapie, tenerle aggiornate e diffonderle

Le revisioni vengono prodotte da diversi gruppi di

revisione

La Cochrane Collaboration è un organizzazione senza

scopo di lucro

Esempi di gruppi di revisione

Anaesthesia GroupBack GroupBone, Joint and Muscle Trauma GroupBreast Cancer GroupChildhood Cancer GroupColorectal Cancer GroupConsumers and Communication GroupCystic Fibrosis and Genetic Disorders GroupDementia and Cognitive Improvement GroupDepression, Anxiety and Neurosis GroupDevelopmental, Psychosocial and Learning Problems GroupDrugs and Alcohol Group

I DB della Cochrane Library

Riassumendo :

• Ricerca avviene in modo tematico

• Ad ogni articolo viene assegnato un certo numero di

soggetti, che descrivono il suo contenuto

• Esistono Major und Minor Subjects

– Major subject: si riferiscono al tema centrale dell‘articolo

– Minor Subjects: il tema viene solo accennato

• Le "sotto-intestazioni“ (subheadings) rappresentano

un aspetto particolare del singolo descrittore

Revisioni sistematiche, studi

clinici

Articoli di riviste

Articoli di riviste, libri, tesi,

audiovisivi

Articoli di riviste

Parola liberaEMTREE keywords

CINAHL headingsMeSH

TerapieBiomedicina, farmaci e

farmacologia

Infermieristica e scienze affini

Biomedicina, infermieristica,

odontoiatria, medicina

veterinaria

internazionaleeuropeainternazionaleangloamericana

Fonti diverse4.500 riviste2.600 riviste4.800 riviste

594.55910.000.000

Ab 1974

1.312.000

Ab 1982

15.000.000

Ab 1950

CHOCHRANE

LIBRARY

(in OVID)

EMBASE

(in OVID)

CINAHL

(in OVID)

Medline

(in OVID)

• Sono accessibili via OVID circa 40 libri, di

cui 22 di argomento infermieristico

OVID: manuali

I cataloghi delle biblioteche

• Come recuperare la documentazione scientifica selezionata?– Nei cataloghi cartacei e in linea delle biblioteche

biomediche trovo principalmente i riferimenti

bibliografici a libri, periodici cartacei ed elettronici

• Attraverso il sito:<http://www.lsmolinette.unito.it/biblioteca/biblioteca.htm/>accesso a: Catalogo periodici e dei libri della Biblioteca del Rosmini e al Catalogo periodici Biblioteche biomediche Università di Torino (OCAP)

I cataloghi delle biblioteche

• Ulteriori strumenti di recupero

dell’informazione:

• CATALOGO ITALIANO DEI PERIODICI (ACNP) <http://acnp.cib.unibo.it/cgi-ser/start/it/cnr/fp.html>

• LibrinLinea (SBN - Catalogo collettivo delle

biblioteche della Regione Piemonte)<http://www.regione.piemonte.it/opac/index.htm>

• SBN-ONLINE nazionale<http://sbnonline.sbn.it/zgw/homeit.html>

I Periodici elettronici

• Il periodico elettronico, in alternativa al formato cartaceo, fornisce il testo completo di un documento (solitamente per leggere a video un articolo è preferibile usare il formato HTML e per la stampa il formato PDF)

• Strumento utile per reperire i loro siti è la lista alfabetica del PEB (Periodici Elettronici Biomedici) creata da bibliotecari biomedici <http://www.aib.it/aib/commiss/cnur/peb/peb.htm3>

• Medbioworld: si trovano i link delle riviste infermieristiche giàselezionate e quelli con articoli e libri gratuiti

http://www.medbioworld.com/cgi-bin/displaycontents.cgi? table=med&type=Journals&filecode=(M)%20Nursing

I Periodici elettronici

• Possibilità d’accesso al full-text (testo integrale):

• Free - es.BMJ (Vedi lista dei periodici elettronici biomedici ad accesso gratuito Free Medical Journal<http://www.freemedicaljournals.com/htm/index.htm>)

• A pagamento con licenza o abbonamento* • Nella nostra realtà è disponibili la lista:

– delle riviste elettroniche biomediche disponibili attraverso licenze con gli editori e della condivisione dei periodici elettronici in abbonamento <http://biblio.med.unito.it/periodici.shtml> [link presente nel sito della Biblioteca del Rosmini alla voce “Riviste online”]

* Per accedere ai FT dei periodici ellettronici occorre andare in biblioteca, oppure consultarli dai computer dell’Università e dell’Azienda Molinette o utilizzare la piattaforma e-learning (per questi ultimi due l’accesso è solo al testo integrale di OVID FULL TEXT)

RISORSE INTERNET

SELEZIONATE

• ELISIR :Electronic Library of International Selected Internet Resources <http://www.lib.unito.it/database/elisir.html>

• (Catalogo italiano di risorse Internet biomediche)