Introduzione a PubMed 22 Novembre 2018
Transcript of Introduzione a PubMed 22 Novembre 2018
Corso di Ricerca Bibliografica per Scienze del Farmaco 2018
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Introduzione a PubMed
22 Novembre 2018
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Che cos’è PubMed?
E’ un sistema informativo gratuito della U.S. National Library of Medicine (NLM)
Contiene oltre 27 milioni di citazioni di articoli (record) da riviste biomediche (di tutto il mondo)
La base dati bibliografica Medline costituisce il 90% di PubMed. Sono anche presenti citazioni da
periodici (life science journals) e da libri online.
Copertura temporale: dal 1946 ad oggi
Aggiornamento: 7 giorni su 7!
Copertura disciplinare: biomedicina e salute, alcuni settori delle scienze della vita, delle scienze
comportamentali, delle scienze chimiche e della bioingegneria
Lingua: inglese (abstract anche in altre lingue)
PubMed dà accesso ad informazioni di siti web selezionati e link ad altre risorse di biologia molecolare
della NBCI (National Center for Biotechnology Information, USA)
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Come si accede a PubMed? Dal portale
Ma anche dalle pagine web della Biblioteca
Sito della biblioteca di Sc. del Farmaco > Cosa cerchi > Risorse per le Scienze del Farmaco > Pubmed
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Come si accede a PubMed (2)? Dal sito della biblioteca di Sc. del Farmaco > Cosa cerchi > Siti di interesse disciplinare > Farmaci o Piante > Pubmed e altre risorse (basi dati, siti web, ecc.)
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PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?otool=iitudplib
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Come viene creata la base dati PubMed?
• Gli articoli vengono giornalmente inviati alla NLM e le citazioni controllate e rese subito visibili in
Pubmed
• Le citazioni da periodici Medline vengono indicizzate, cioè suddivise in campi con assegnazione di
termini controllati (i termini MeSH) che permettono di fare una ricerca mirata
• Tutte le citazioni sono accompagnate da un tag di status, quelle completamente indicizzate
acquisiscono lo status [Pubmed – indexed for Medline]
• Non tutte le citazioni acquisiscono lo status Medline
• Dal 2005 è iniziata la mappatura delle vecchie citazioni Pubmed ai MeSH attuali
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Citazione bibliografica – Campi
Ogni record di MEDLINE è composto da campi:
• Titolo dell’articolo
• Nomi degli autori
• Abstract
• Status: indexed for MEDLINE o altro
• Termini per la ricerca (MeSH terms), dal vocabolario MeSH dei termini
controllati/descrittori
• Titolo del periodico
• Affiliazione del primo autore
• Lingua di pubblicazione dell’articolo
• Tipo di pubblicazione
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Esempio di citazione bibliografica in PubMed
A systematic review and meta-analysis of naltrexone implants for the treatment of opioid dependence. Larney S, Gowing L, Mattick RP, Farrell M, Hall W, Degenhardt L. Drug Alcohol Rev. 2014 Mar;33(2):115-28. doi: 10.1111/dar.12095. Epub 2013 Dec 3. Review. PMID: 24299657 [PubMed - indexed for MEDLINE]
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La Ricerca in PubMed - Gli OPERATORI BOOLEANI
Gli operatori booleani usati in PubMed sono:
AND, OR, NOT
• Si usano quando cerchiamo più termini contemporaneamente
• Vanno sempre scritti in MAIUSCOLO per differenziarli dalle
stopwords (parole non significative del testo che il sistema ignora)
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AND
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influenza vaccination
influenza
AND
vaccination
= A
N
D
esempio: influenza AND vaccination
Cerca le citazioni che contengono entrambi i termini di ricerca
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OR
OR = =
esempio: estrogeni OR progestinici
Si trovano citazioni che contengono almeno uno dei termini di ricerca
estrogeni progestinici Estrogeni
progestinici
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NOT
E’ utile per escludere (eliminare) dei termini da una ricerca
es: Cerco gli articoli che trattano di malattie epatiche, ma non mi interessano gli articoli sulle epatiti
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Malattie
epatiche epatiti
Malattie
epatiche
N
O
T
=
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L’Uso delle Parentesi Tonde (NESTING)
• Informed consent AND (Italy OR England OR France OR Germany)
CORRETTO perché le parentesi creano un insieme dei termini
in OR e lo uniscono al primo concetto in AND
• Informed consent AND Italy OR England OR France OR Germany
NON CORRETTO perché PubMed lega il primo termine al
secondo con AND ma lascia separati i termini in OR
• Italy OR England OR France OR Germany AND Informed consent
CORRETTO perché PubMed processa per primi i termini a sinistra
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MeSH – Perché usarlo?
• Il linguaggio scientifico è estremamente complesso per la coesistenza di sinonimi, forme
morfologiche diverse, etc
Quale termine è preferibile usare?
es.: si dice neoplasia? cancro? tumore? carcinoma?
• Medline ha superato l’ostacolo linguistico creando un Thesaurus (MEDICAL SUBJECT HEADINGS).
• Il MeSH è un vocabolario strutturato di termini utili al reperimento di informazioni, che possono
usare una terminologia variabile per esprimere gli stessi concetti (sinonimi e varianti grafiche dei
termini)
• Corrisponde a un sistema di parole-chiave che, rappresentando i concetti fondamentali della
letteratura biomedica, permette di eseguire ricerche mirate
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La ricerca con linguaggio libero in PubMed
Inseriamo uno o più termini del linguaggio naturale nella «Search box» della pagina di accesso a PubMed
Si usa quando:
non esiste/non si riesce ad individuare nel vocabolario MESH un descrittore/termine
controllato per definire un concetto
quando il termine presente nel vocabolario MeSH non è sufficientemente specifico
Quando si cercano articoli che ancora non hanno i termini MESH (ad es. i record: PubMed
as supplied by publisher, PubMed-in process, PubMed–OLDMEDLINE) e in particolare i più
recenti, quelli annunciati dagli editori ma non ancora pubblicati (tag Epub ahead of print)
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La ricerca con linguaggio libero in PubMed–Come Funziona?
Ricerca di uno o più termini:
PubMed attiva una mappatura automatica del/i termine/i (ATM-Automatic Term Mapping) e lo/li cercherà in:
• una tabella di termini MESH
• una tabella di nomi delle riviste
• un indice di nomi di autori e ricercatori
Inoltre cercherà il/i termine/i in:
• tutti i campi del record,
(esclusi quelli del luogo di pubblicazione e del titolo traslitterato)
Esempio: "topotecan"[MeSH Terms] OR "topotecan"[All Fields] (trova articoli con status/tag [Epub ahead of print])
Ricerca di una frase, ATM cercherà sia la frase, che i singoli termini che la compongono collegandoli con l’operatore
AND
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Ricerca con parola libera VS ricerca con Mesh – Criticità
Cerchiamo: tamoxiflen breast cancer
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Ricerca con parola libera VS ricerca con Mesh – Criticità
Cerchiamo: "Tamoxifen"[Mesh] AND "Breast Neoplasms"[Mesh]
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La ricerca con linguaggio libero in PubMed – strategie
Per cercare una frase esatta o un termine composto è possibile mettere l’espressione tra virgolette
es. : “myocardial infarction”
Senza “…..” Pubmed inserisce l’operatore AND tra i due termini
Per cercare termini che hanno la stessa radice iniziale, si può usare il simbolo * che sostituisce zero o
più caratteri di un termine
es.: risk* per cercare
risk, high-risk, risks, risk-taking,
risk-factors, etc.
N.B. Sia l’uso delle virgolette che l’uso dell’ asterisco disattivano la mappatura automatica (Automatic Term Mapping) dei termini!!
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Mappatura automatica – Esempio 1
1. Search: ebola virus
Search Details: "ebolavirus"[MeSH Terms] OR "ebolavirus"[All Fields] OR ("ebola"[All Fields] AND "virus"[All Fields]) OR "ebola virus"[All Fields] (5508 results)
2. Search: “ebola virus”
Search Details: "ebola virus"[All Fields] (4147 results)
3. Search: ebola virus*
Search Details: ebola virus[All Fields] OR ebola virusepidemia[All Fields] OR ebola viruses[All Fields] (4229 results)
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Mappatura automatica – Esempio 2
1. Search: in silico AND toxicology
Search Details:
("computer simulation"[MeSH Terms] OR ("computer"[All Fields] AND "simulation"[All Fields]) OR "computer simulation"[All Fields] OR "silico"[All Fields] OR "in silico"[All Fields]) AND ("toxicology"[MeSH Terms] OR "toxicology"[All Fields]) 1917 record
2. Search: (in silico) AND toxicology
("computer simulation"[MeSH Terms] OR ("computer"[All Fields] AND "simulation"[All Fields]) OR "computer simulation"[All Fields] OR "silico"[All Fields] OR "in silico"[All Fields]) AND ("toxicology"[MeSH Terms] OR "toxicology"[All Fields]) 1917 record
3. Search: “in silico” AND toxicology
Search Details:
"in silico"[All Fields] AND ("toxicology"[MeSH Terms] OR "toxicology"[All Fields]) 956 record
4. Search: in silico* AND toxicology
Search Details:
(in silico[All Fields] OR in silicomethods[All Fields] OR in silicon[All Fields] OR in silicone[All Fields]) AND ("toxicology"[MeSH Terms] OR "toxicology"[All Fields]) 958 record
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Esempio di ricerca libera in PubMed
Cosa succede se scrivo questa frase? Contamination and adulteration of herbal medicinal products
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Esempio di ricerca in PubMed – analisi del record
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RICERCA NOMI DELLE SOSTANZE CHIMICHE Per cercare in PubMed usando la nomenclatura chimica, eliminare parentesi tonde e quadrate e sostituirle un trattino (se non è già presente). Parentesi quadre e parentesi tonde hanno un significato specifico nella stringa di ricerca in PubMed. Non togliere virgole o i simboli (') nella nomenclatura chimica Esempi di ricerche corrette in PubMed:
Per i caratteri dell’alfabeto Greco (e.s., α o β), si può scrivere il simbolo o traslitterarlo Esempio: interleukin-1β interleukin-1beta sono due stringhe equivalenti per la ricerca in PubMed Dal giugno 2018, saranno visibili le formule presenti nei titoli e negli abstract dei record di PubMed
Systematic name Search in PubMed
1-[(3,5-dichloro)-2,6-dihydroxy-4-methoxyphenyl]-1-hexanone
1-3,5-dichloro-2,6-dihydroxy-4-methoxyphenyl-1-hexanone
2,2-(2-chlorophenyl-4'-chlorophenyl)-1,1-dichloroethene
2,2-2-chlorophenyl-4'-chlorophenyl-1,1-dichloroethene
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I Filtri per i dati di PubMed
Attenzione! I filtri sono termini MeSH!
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L’Opzione della RICERCA AVANZATA
PubMed Advanced Search Builder
Permette di:
• Vedere le ricerche più recenti in PubMed (svolte nelle ultime 8 ore)
• gestire le ricerche effettuate combinandole in nuove strategie
• Ricercare mediante qualificatori di campo (Title, Author, Title/Abstract ecc.)
usando il Search builder
• Consultare l’Index
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Novità in PubMed Dalla pagina dei risultati:
Scegli Sort by: Best match
Esempio ricerca con termini del linguaggio naturale
Uso dell’ecstasy nella sindrome PTSD (acronimo per Posttraumatic Stress Disorders)
(C’è il termine MeSH nel tesauro?)
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Novità in PubMed
Dalla pagina dei risultati:
Linkout
Permette di vedere il link ad archivi istituzionali o governativi di articoli e dati o altre fonti informative
Esempio ricerca di articolo:
Rainsford KD. Ibuprofen: from invention to an OTC therapeutic mainstay. Int J Clin Pract Suppl. 2013 Jan;(178):9-20. doi: 10.1111/ijcp.12055. Review. PubMed PMID: 23163543
oppure
Iyer S, Naganathan V, McLachlan AJ, Le Couteur DG. Medication withdrawal trials in people aged 65 years and older: a systematic review. Drugs Aging. 2008;25(12):1021-31. doi: 10.2165/0002512-200825120-00004. Review. PubMed PMID: 19021301
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Ancora in PubMed
PubMed aggiunge agli abstract dei suoi record le iconcine dei Social media, Facebook, Twitter, Google+)
MeSH on Demand, un motore che analizza porzioni di testo (fino a 10000 termini) e identifica i probabili
termini MeSH. Attenzione, è un utile ausilio, ma è pur sempre l'analisi di un motore e non di un esperto
della disciplina!
https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand
Searching Drugs and Chemicals in PubMed, un tutorial aggiornato per imparare a cercare in modo
corretto e efficace i record che riguardano i farmaci e le sostanze chimiche.
https://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/drugs/intro.html
PubMed - Condividere le strategie di ricerca in un blog: http://pubmedsearches.blogspot.com
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Esercizi per PubMed
1. Cercare studi clinici randomizzati sull’uso della curcumina nell’artrite reumatoide. Usare il MeSH
Vedere anche Linkout (brevetti LENs, TOXNET, PubChem compounds ecc.)
2. Per la pianta Moringa Oleifera ci sono studi su interazioni con i farmaci? Usare il MeSH
3. Studio epidemiologico in Lancet sulla mortalità collegata al consumo di alcol nella popolazione
mondiale. Usare la ricerca con termini MeSH
Articolo recente (no Mesh) si deve ricercare con parola libera:
C. Losasso et al., Assessing antimicrobial resistance gene load in vegan, vegetarian and omnivore human gut microbiota, International Journal of Antimicrobial Agents (2018), https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2018.07.023
(in press, corrected proofs) Accessed October 18, 2018
PubMed – PubMed Tools – Topic-Specific Queries https://www.nlm.nih.gov/bsd/special_queries.html
Nella pagina troviamo alcune risorse utili per la ricerca di informazioni:
Subsets (stringhe di ricerca precostruite per sottoinsiemi di dati):
Complementary Medicine
Dietary Supplements
Developmental and Reproductive Toxicology (DART)
Toxicology
Altre fonti informative (Banche dati, strategie di ricerca, risorse della NLM ecc.)
ALTBIB
CAM on PubMed
TOXNET
MedlinePlus Health Topics
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PubMed – PubMed Tools – Clinical Queries https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/clinical
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PubMed – More Resources – Clinical trials
https://clinicaltrials.gov/
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MeSH traduzione italiana https://old.iss.it/site/Mesh/
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Europe PubMed Central
http://europepmc.org/
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