Definizioni:

•genoma

•trascrittoma

•proteoma

Struttura del genoma eucariotico

•Sequenze ripetute

•Geni interrotti

•DNA non codificante

Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright ©

2006

Cariotipi di due specie di Ranuncolaceae

Paradosso del valore C

• Eccesso di DNA rispetto alla complessità

• Variazioni di valore C per complessità simili

SEQUENZE UNICHE E SEQUENZE RIPETUTE NEL GENOMA

Uniche(1-10 volte)50-70%

Mediamente ripetute(da centinaia a migliaiadi volte)10-30%

Altamente ripetute(da decine di migliaiaa milioni di volte)5-25%

Maggior parte dei geni

Alcune sequenze regolative

Alcune sequenze a funzione speciale(centromeri, origini, etc.)

intersperse

in tandemGeni reiterati(rRNA, 5S RNA, tRNA, Istoni etc.)

DNA satellitisequenze semplici

geni per: rRNA (300)tRNA (1300)5S RNA (2000)istoni (20)

sequenze ripetute interspersesequenza Alu: 300 nt (x 300.000)

sequenze semplici o satelliti: 2-10 nt (x 2-100 copie in tandem x 1-100 blocchi interspersi)

Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

•Le proporzioni relative delle componenti del DNA variano nei diversi genomi eucariotici

•Il contenuto assoluto di DNA non ripetitivo aumenta con le dimensioni del genoma, ma raggiunge un plateau a circa 2 x 109 bp.

Organismo

batterio

lievito

verme

moscerino

riccio di mare

topo

rana

pianta superiore

tritone

Specie

E.coli

S.cerevisiae

C.elegans

D.melanogaster

S.purpuratus

M.musculus

X.laevis

N.tabacum

T.cristatus

Grandezzadel genoma

4.2 x 106

1.3 x 107

8.0 x 107

1.4 x 108

8.6 x 108

2.7 x 109

3.1 x 109

4.8 x 109

2.2 x 1010

Complessità delDNA non ripetitivo

4.2 x 106

1.3 x 107

6.7 x 107

1.0 x 108

4.3 x 108

1.5 x 109

1.7 x 109

5.0 x 108

4.7 x 109

100

100

83

70

50

58

54

33

47

Percentuale

La percentuale di DNA non ripetitivo tende a diminuire con l'aumentare della grandezza del genoma

Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

Gene per il collagene 12 di pollo

Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

•Esoni: sequenze rappresentate nell’RNA maturo

•Introni: sequenze rimosse dal trascritto primario

Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

•L’ordine degli esoni è lo stesso nel genoma e negli mRNA

•Gli introni dei geni nucleari hanno codoni di terminazione in tutti gli schemi di lettura