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Dott.ssa Barbara Manconi
Lezione: martedì 11-14
Corso di Biochimica
Ricevimento studenti: contattare il docente
Tutori: in corso di valutazione
Lezioni secondo semestre 27 febbraio – 1 giugno 2012prima verifica intermedia 23 aprile – 28 aprile 2012seconda verifica intermedia 4 giugno – 8 giugno 2012Esami secondo semestre 11 giugno - 30 luglio 2012Esami terzo periodo 1 - 30 settembre 2012
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Chimica e propedeutica biochimica
Brown – Farrel
EdiSES
Chimica e propedeutica biochimica
Binaglia - Giardina
Mc Graw Hill
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L'aggettivo "organica" fu inizialmente legato al fattoche questa branca della chimica studiava composti più
o meno complessi estratti da organismi viventi, vegetalio animali.
Tale definizione fu abbandonata a favore di quellasopra esposta in seguito alla sintesi in laboratorio
dell'urea e di altre semplici molecole, ove si dimostròche le sostanze prodotte in laboratorio a partire dacomposti inorganici erano in tutto identiche a quelleaventi la medesima struttura isolate da organismiviventi, confutando quindi l'ipotesi vitalistica chevoleva le sostanze "organiche" in qualche modopeculiari per via della loro origine biologica.
La chimica organica si occupa delle caratteristichechimiche e fisiche delle molecole organiche. Sidefiniscono convenzionalmente composti organici icomposti del carbonio.
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Elementi più importantinella chimica organica
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La Chimica Organica è la chimica del carbonio.In chimica organica il carbonio forma sempre in totale 4legami che possono essere di varia natura, non possiede coppie
di elettroni non condivise.
C4 legami semplici
C 1 legame doppio e 2 semplici = 4 legami
C 1 legame triplo e 1 semplice = 4 legami
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In chimica organica generalmente l’ossigeno forma in totale 2legami che possono essere di varia natura
Generalmente l’azoto forma in totale 3 legami che possonoessere di varia natura
N N N
3 legami semplici 1 doppio e 1 semplice 1 legame triplo
2 legami semplici 1 legame doppio
O
O
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L’idrogeno forma 1 legame.
H
In chimica organica generalmente lo zolfo forma in totale 2legami che possono essere di varia natura
1 legame semplice
2 legami semplici 1 legame doppio
SS
In chimica organica gli alogeni (F, Cl, Br, I) formano 1
legame.
X 1 legame sempliceX= F, Cl, Br, I
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Il carbonio può formare legami di vario genere con ossigeno,azoto, idrogeno, zolfo, alogeni, altri elementi o con altricarboni.
C H C Cl
C N
H
H
C O
ATTENZIONE: in questi esempi il C ha 1 solo legame e ne deveformare altri 3, ma O, N, Cl e H hanno il massimo dei legami chepossono formare. Nel caso del C=O il carbonio forma due legamisotto forma di 1 doppio legame.
CO
H
C C
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IDROCARBURI
composti formati solo da carbonio e idrogeno
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IDROCARBURI
Alifatici
Aromatici
A catena aperta
Ciclici
Ad anello singolo
Ad anelli condensati
AlcaniAlcheniAlchini
ciclo Alcaniciclo Alcheniciclo Alchini
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Idrocarburi alifatici
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FORMANO UNA SERIE OMOLOGA, IN CUI OGNI TERMINEDIFFERISCE DAL SUCCESSIVO PER UNA QUANTITÀ COSTANTE(-CH2-).
HANNO FORMULA GENERALE Cn H
2n+2.
ALCANIIdrocaruri saturi (non possiedono doppi legami)
MetanoCH4
C
H
H
HH1 carbonio
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promozione
sp3 2s 2px py pz
C C
H HH
H
ibridazione
TETRAEDRO REGOLARE 109°5’
Alcani (idrocarburi saturi)
Ibridazione sp3
109,5°
s px py pz
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MetanoCH4
EtanoC2H6
CH3CH3
PropanoC3H8
CH3CH2CH3
ButanoC4H10
CH3CH2CH2CH3
C
H
H
HH
C
H
H
C
H
H
H C
H
H
C
H
H
C
H
H
H
C
H
H
H1 carbonio 2 carboni
3 carboni4 carboni
C
H
H
HH
C
H
H
HHC
H
H
HH
COME SCRIVIAMO LE FORMULE DI STRUTTURA DEGLI ALCANI
Formula brutaFormula razionale
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Alcuni fornellini dacampeggio usano ilbutano come
combustibile.
CH3CH2CH2CH3
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CH4
Struttura concisa Modello a sfere
R''' R'
R
R''
R'R'''
R
R''
…ma le molecole sono tridimensionali…
Struttura di Lewis
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H
H
H
H
H
H H H
HH
HH
STEREOISOMERIA CONFORMAZIONALE dell’ETANO
POSSIBILI FORME TRIDIMENSIONALI INTERCONVERTIBILIPER SEMPLICE ROTAZIONE INTORNO AL LEGAME
Sfalsata/Stellata eclissata
C
H
H
H C
H
H
H
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Isomeria di conformazione
Stellata
CH3 - CH3
stellata eclissata
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CH3
CH2
CH2
CH3
CH3
CH CH3
CH3
catena ramificata
catena lineare
butanoisobutano
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Una catena ramificata è una catena di atomi di carbonio nella quale un atomo diidrogeno è sostituito da un radicale alchilico
Per costruire il nome di un radicale alchilico si utilizza la radice dall’alcanocorrispondente per n°di atomi di carbonio e il suffisso ile
-CH3
metile
-CH2 -CH3
etile
CH4
metano
CH3 -CH3
etano
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Butano e 2-metilpropano
isobutanon butano
ISOMERI COSTITUZIONALI (ISOMERI DI STRUTTURA)Stessa formula molecolare,ma differente formula di struttura
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CH3
CH2
CH2
CH2
CH3
n pentano
CH3
CH CH3
CH2
CH3
metilbutano
CH3
CH3 C CH3
CH3
dimetilpropano
C5H12
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1) Un prefisso che indica il n° di atomi di carbonio presentinella catena
2) Un suffisso (desinenza ) –ano che indica che si tratta diun idrocarburo saturo
COME ASSEGNARE IL NOME AGLI ALCANI NON RAMIFICATI
Sitema IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry)
N° atomi di carbonio prefisso desinenza1 met ano2 et ano3 prop ano4 but ano
5 pent ano
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1) Individuare la catena lineare più lunga
2) Numerare gli atomi di carbonio
4) Dare un nome al sostituente
3) Assegnare il numero più basso possibile all’atomo di carbonioche presenta la sostituzione
COME ASSEGNARE IL NOME AGLI ALCANI RAMIFICATI
Sitema IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry)
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Nomenclatura IUPAC
1) Individuare la catena lineare più lunga
CH3
CH2
CH CH3
CH2
CH2
CH2
CH3
7 atomi di carbonio derivato dell’eptano
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2) Numerare gli atomi di carbonio
CH3 |CH2
|CH CH3
|CH2
|CH2
!CH2
|CH3
1
2
3
4
5
6
7
7
6
5
4
3
2
1
3) Assegnare il numero più basso possibile all’atomo di carbonio
che presenta la sostituzione
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Il composto è un derivato dell’eptano con una sostituzione alcarbonio n° 3 (un atomo di idrogeno è sostituito da un
gruppo –CH3)
4) Dare un nome al sostituente
-CH3
metile
Radice dall’alcano corrispondente per n°di atomi di carbonio (met)suffisso ile
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Il composto è un derivato dell’eptano con un metile legato al carbonio n° 3
CH3 |CH2
|CH CH3
|CH2
|CH2
!CH2
|CH3
3-metil-eptano
CH3 |CH CH3
|CH2 |
CH CH2 CH3|CH2
!CH2
|
CH3
2-metil-4-etil-eptano
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H
C
H
HH
metano
C
C
H
H
H H
H H
C
C
C
C H
H
H
H
H
H
H
H
C
C
C
H3
H3
H2
H2
etano
propano
butano
C
C
C
C
C H3
H3
H2
H2
H2
pentano
*
*
*
*
* atomo di carbonio primario
*
*
*
*
** atomo di carbonio secondario
CLASSIFICAZIONE DEGLI ATOMI DI CARBONIO
*
f
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CH3
CH CH3
CH3
*
* atomo di carbonio terziario
catena ramificata
isobutanoCH3
CH3 C CH3
CH3
neopentano
*
* atomo di carbonio quaternario
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Reazioni degli idrocarburi alifatici
- reazione di ossidazione
Alcani (composti saturi)- reazioni di sostituzione
CH4 + 2 O2 CO2 + 2 H2O + calore
CH4 + Cl2 alogenuri alchilici
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Il petrolio è un liquido denso,viscoso,costituito da migliaia dicomponenti, principalmenteidrocarburi, formatosi perdecomposizione di antiche speciemarine e vegetali.
Le raffinerie producono compostiutili dalle migliaia di differentiidrocarburi presenti nella miscela.Il processo di separazione nella
raffinazione è rappresentato dauna distillazione frazionata.
DA DOVE OTTENIAMO GLI ALCANI
Le frazioni sono le seguenti:
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Le frazioni sono le seguenti:1) I gas che bollono al di sotto dei 20
°C e sono idrocarburi come propano,butano e isobutano che possono
essere liquefatte a t.a. e raccolte inbombole (GPL che si usa in cucina oper riscaldare ambienti).
2) Le nafte, idrocarburi con p.e. 20-
200 °C (che rappresenta la fonteprincipale della benzina).3) Il cherosene, idrocarburi da C9 a C15
con p.e. 175-275 °C.
4) L’ li b tibil id b i d
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4) L’olio combustibile, idrocarburi daC15 a C18 con p.e. 250-400 °C. E’il carburante per i motori diesel.
5) L’olio lubrificante e combustibilepesante °C idrocarburi p.e. superioria 350 °C.
6) L’asfalto è il residuo nero, catramosoche si ottiene dopo rimozione di
tutte le frazioni volatili.
La benzina è una miscela complessa diidrocarburi da C6 a C12
CICLOALCANI C H
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CICLOALCANI CnH2n
Ciclopropano Ciclobutano Ciclopentano Cicloesano
C
C C
HH
H
H H
H
C
C C
C
H
H
H
H
H
HH
H
C C
C
C
C
H
H
H
HH
H
H
H
H H
C
C
C
C
C
C
H H
H
H
H
H
H H
H
H
H
H
Desinenza: ciclo -ano
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La tetrodotossina è formata da
una serie di cicli prevalentementedi carboni. La tetradotossina siaccumula nei tessuti del pescepalla, che vive nell’OceanoPacifico, che la usa come sistema
di difesa. I giapponesi amanomangiarlo ma per cucinarlo civogliono cuochi con patentinispeciali perché bisogna saperlo
pulire per non morire avvelenati.I sintomi di intossicamento sonoindebolimento, paralisi e morte.
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C2H5H
H
HH
H
HH
H
H3C
H
H
1
23
4
5 6
Si tratta di un cicloesano disostituito. La nomenclatura ufficiale
prevede che si faccia precedere al termine cicloesano la lista
dei gruppi alchilici legati e la loro posizione, usando i numeri
più piccoli possibile.
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Conformazioni del cicloesano
1
2
3 4
5
6
1
2 3
4
56
12
3
456
a b c
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IDROCARBURI ALIFATICI INSATURI
(ALCHENI E ALCHINI)
ALCHENI
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ALCHENI
C C
H
H
H
H
CH2 CH2
H
H
H
H
Gli alcheni sono idrocarburi che contengono lungo lacatena uno o più doppi legami carbonio-carbonio. Perquesto motivo gli alcheni sono classificati comeidrocarburi insaturi.
Formula generale: CnH2n con n=2,3,4…
Etene
C2H4
Desinenza: -ene
Alcheni
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xy xy
s
p
H
H H
H
z z z
promozione ibridazione
sp2
s px py pz s px py pz
Trigonale planare 120°
Ibridazione sp2Alcheni
La foschia bluastra che sovrasta le
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La foschia bluastra che sovrasta lecime boscose nei periodi estivi è dovutoa una grande presenza nell’aria diisoprene. La foschia è causata dalladispersione della luce da parte di unaerosol prodotto dalla foto-ossidazionedell’isoprene e altri idrocarburi.L’isoprene è prodotto dalle piante e la
quantità prodotta è generalmente legataagli aumenti di temperatura.
H2C C
CH3
CH
CH2
Isoprene
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L'etilene è il gas che famaturare la frutta, e unfrutto maturo emettequesto gas, che agiràsu frutto acerbo. Così,un pomodoro maturo
collocato in unsacchetto sigillato conpomodori verdicontribuirà a loro
maturazione.
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Il carotene e composti simili sonopresenti in natura insieme alle
clorofille con il compito dicatturare la luce solare. In autunnole molecole verdi della clorofillasono distrutte e si osserva il giallo
e il rosso del carotene.Il colore rosso del pomodoro derivadal licopene. Quando un pomodoromatura la sua clorofilla è distruttae il colore verde è rimpiazzato dalcolore rosso del licopene.
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Licopene (pomodori)
b-carotene (provitamina A)
Nomenclatura degli alcheni (IUPAC)
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Indicare la posizione del doppio legame
Nomenclatura degli alcheni (IUPAC)
Numerare gli atomi di C della catena più lunga
Il doppio legame deve avere il numero più basso nella
catena
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CH2
CH
CH2
CH2
CH3
CH3
CH
CH
CH2
CH3
CH2
C
CH2
CH3
CH3CH2
CH
CH
CH3
H3C
1-pentene
2-pentene
2-metil-1-butene
3-metil-1-butene
CH3
CH
C
CH3
CH3
2-metil-2-butene
ISOMERI DI POSIZIONE (DEL DOPPIO LEGAME)E DI CATENA (DELLA RAMIFICAZIONE) DEL PENTENE
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HH CH3 H
C C
CH3 H3C H
C C
H3C
cis butene trans butene
Isomeria cis-transSTEREOISOMERIA GEOMETRICA
ALCHINI
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ALCHINI
Gli alchini sono caratterizzati dalla presenza di uno opiù tripli legami carbonio-carbonio e sono anch’essi
classificati come idrocarburi insaturi.
Formula generale: CnH2n-2 con n=2,3,4…
HC CH
1 2
12
HC CCH3
1 2 3
Etino Propino
Desinenza: -ino
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p
xz
p xy
HC CH s
promozione ibridazione
sp
s px py pz s px py pz
Ibridazione sp
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I due alchini più semplici
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Idrocarburi aromatici
Un composto con uno o più anelli strutturalmente simili ad un compostodi riferimento chiamato benzene
I i b i d l b h ib id i
2
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H
HH
H
H H
I sei orbitali 2pz paralleli non ibridati di ciascuno dei seiatomi di carbonio contengono un elettrone
I sei carboni del benzene hanno ibridazione sp2
BENZENE C6H
6
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H
HH
H
H
H H
H
HH
H
H
Il benzene risuona fra le due forme limite.
Il passaggio dall’una forma all’altra si verifica
per semplice spostamento di cariche elettriche.
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Gli elettroni sono dispersi in maniera omogenea nell’orbitale p
H
HH
H H
H
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CH3 CH2CH3 CHCH3H3C CH CH2
metilbenzene
(toluene) etilbenzene 2-propilbenzene etenilbenzene
(stirene)
IDROCARBURI POLICICLICI AROMATICI
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IDROCARBURI POLICICLICI AROMATICI
Naftalene
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I 10 atomi di carbonio del naftalene sono tutti ibridati sp2 eciascuno di essi contribuisce con 1 elettrone alla aromaticitàdell’idrocarburo
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naftalene antracene fenantrene
pirene
R i i d li id b i ti i
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Reazioni degli idrocarburi aromatici
Hanno una reattività più simile agli alcani che agli alcheni
REAZIONI DI SOSTITUZIONE
ETEROCICLICI
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ETEROCICLICI
Aromatici
Composti ciclici con
uno o più eteroatomi
Non aromatici
Es semiacetaliciclici, esteri
ciclici (lattoni)
ETEROCICLICI AROMATICI : sono composti ciclici con l’anello formato non solo da atomidi C e H ma con eteroatomi es O,N,S
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N
N
H
imidazolo
, ,
Eterociclici con anello a 5 atomi
pirimidina4
1
2
3 5
6 N
N
Eterociclici con anello a 6 atomi
piridina
N
H
Eterociclici con anelli condensati
Benzene+pirrolo = INDOLO
Pirimidina + Imidazolo = PURINAN
N N
N
H
importante
importante
importante
importante
Timportante
triptofano
t i li t t i i
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eterocicli penta-atomici
pirrolo furano tiofene
ON
H
S
N
N
H
ImidazoloSi trova nell’istidina
1 eteroatomo
2 eteroatomiSi trova nell’eme
Anello degli zuccheri a 5 atomi
tiofeni sono importanti composti
eterociclici utilizzati nella sintesi
farmaceutica per produrre molecole più
complesse
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