ESERCITAZIONE ALLINEAMENTI. CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIE---NEDGNEDH---VR Calcolare l'identità...

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ESERCITAZIONEALLINEAMENTI

CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIE---NEDGNEDH---VR

Calcolare l'identità e la percentuale di identità

CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA | | || || | | ||ACISTIE---NEDGNEDH---VR

Percentuale di identità = 10*2 / (23+17) = 0.50

CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIL---NEDGNEDH---VC

Inserimento gap = -6Estensione gap = -2

Calcolare il punteggiodi similarità usando unavera matrice di sostituzione

A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y

A 2 -2 0 0 -4 1 -1 -1 -1 -2 -1 0 1 0 -2 1 1 0 -6 -3 AC -2 12 -5 -5 -4 -3 -3 -2 -5 -6 -5 -4 -3 -5 -4 0 -2 -2 -8 0 CD 0 -5 4 3 -6 1 1 -2 0 -4 -3 2 -1 2 -1 0 0 -2 -6 -4 DE 0 -5 3 4 -5 0 1 -2 0 -3 -2 1 -1 2 -1 0 0 -2 -6 -4 EF -4 -4 -6 -5 8 -5 -2 1 -5 2 0 -4 -5 -5 -4 -3 -3 -1 0 6 FG 1 -3 1 0 -5 5 -2 -3 -2 -4 -3 0 -1 -1 -3 1 0 -1 -6 -5 GH -1 -3 1 1 -2 -2 6 -2 0 -2 -2 2 0 3 2 -1 -1 -2 -3 0 HI -1 -2 -2 -2 1 -3 -2 5 -2 2 2 -2 -2 -2 -2 -1 0 4 -5 -1 IK -1 -5 0 0 -5 -2 0 -2 5 -3 0 1 -1 1 3 0 0 -2 -3 -4 KL -2 -6 -4 -3 2 -4 -2 2 -3 6 4 -3 -3 -2 -3 -3 -2 2 -2 -1 LM -1 -5 -3 -2 0 -3 -2 2 0 4 6 -2 -2 -1 0 -2 -1 2 -4 -2 MN 0 -4 2 1 -4 0 2 -2 1 -3 -2 2 -1 1 0 1 0 -2 -4 -2 NP 1 -3 -1 -1 -5 -1 0 -2 -1 -3 -2 -1 6 0 0 1 0 -1 -6 -5 PQ 0 -5 2 2 -5 -1 3 -2 1 -2 -1 1 0 4 1 -1 -1 -2 -5 -4 QR -2 -4 -1 -1 -4 -3 2 -2 3 -3 0 0 0 1 6 0 -1 -2 2 -4 RS 1 0 0 0 -3 1 -1 -1 0 -3 -2 1 1 -1 0 2 1 -1 -2 -3 ST 1 -2 0 0 -3 0 -1 0 0 -2 -1 0 0 -1 -1 1 3 0 -5 -3 TV 0 -2 -2 -2 -1 -1 -2 4 -2 2 2 -2 -1 -2 -2 -1 0 4 -6 -2 VW -6 -8 -6 -6 0 -6 -3 -5 -3 -2 -4 -4 -6 -5 2 -2 -5 -6 17 0 WY -3 0 -4 -4 6 -5 0 -1 -4 -1 -2 -2 -5 -4 -4 -3 -3 -2 0 10 Y

A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y

CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIL---NEDGNEDH---VC

Punteggio di similarità = 42 - 28 = 14

12+2+2+1+5-3+2+4+3+5+3+6+4-4=42-6-2-2-6-2-6-2-2 = -28

CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIE---NEDGNEDH---VR

Rappresentare il seguente allineamentosu di una matrice

C L S S I E Q K S N E E G E H G P E V R E D A

A

C

I

S

T

I

E

N

E

D

G

N

E

D

H

V

R

Dedurre l'allineamentorappresentato nella seguente matrice

E I A N S P E E A I S L A T F D E A M A D L H

I

L

N

S

C

N

L

A

K

Q

A

F

D

E

A

E

L

EIANSPEEAISLA--TFDEAMADLH ILNS----CNLAKQAFDEA--EL

Soluzione:

N W H N N L C R H WCWYMCGKQN

Fare l'allineamento locale delle 2 sequenzeutilizzando la matrice di sostituzione e gaps = -5

N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8

W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17

Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0

M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4

C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8

G 0 -6 -2 0 0 -4

K 1 -3 0 1 1 -3

Q 1 -5 3 1 1 -2

N 2 -4 2 2 2 -3

Esercizio Usare Gap penalty -5

A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y

A 2 -2 0 0 -4 1 -1 -1 -1 -2 -1 0 1 0 -2 1 1 0 -6 -3 AC -2 12 -5 -5 -4 -3 -3 -2 -5 -6 -5 -4 -3 -5 -4 0 -2 -2 -8 0 CD 0 -5 4 3 -6 1 1 -2 0 -4 -3 2 -1 2 -1 0 0 -2 -6 -4 DE 0 -5 3 4 -5 0 1 -2 0 -3 -2 1 -1 2 -1 0 0 -2 -6 -4 EF -4 -4 -6 -5 8 -5 -2 1 -5 2 0 -4 -5 -5 -4 -3 -3 -1 0 6 FG 1 -3 1 0 -5 5 -2 -3 -2 -4 -3 0 -1 -1 -3 1 0 -1 -6 -5 GH -1 -3 1 1 -2 -2 6 -2 0 -2 -2 2 0 3 2 -1 -1 -2 -3 0 HI -1 -2 -2 -2 1 -3 -2 5 -2 2 2 -2 -2 -2 -2 -1 0 4 -5 -1 IK -1 -5 0 0 -5 -2 0 -2 5 -3 0 1 -1 1 3 0 0 -2 -3 -4 KL -2 -6 -4 -3 2 -4 -2 2 -3 6 4 -3 -3 -2 -3 -3 -2 2 -2 -1 LM -1 -5 -3 -2 0 -3 -2 2 0 4 6 -2 -2 -1 0 -2 -1 2 -4 -2 MN 0 -4 2 1 -4 0 2 -2 1 -3 -2 2 -1 1 0 1 0 -2 -4 -2 NP 1 -3 -1 -1 -5 -1 0 -2 -1 -3 -2 -1 6 0 0 1 0 -1 -6 -5 PQ 0 -5 2 2 -5 -1 3 -2 1 -2 -1 1 0 4 1 -1 -1 -2 -5 -4 QR -2 -4 -1 -1 -4 -3 2 -2 3 -3 0 0 0 1 6 0 -1 -2 2 -4 RS 1 0 0 0 -3 1 -1 -1 0 -3 -2 1 1 -1 0 2 1 -1 -2 -3 ST 1 -2 0 0 -3 0 -1 0 0 -2 -1 0 0 -1 -1 1 3 0 -5 -3 TV 0 -2 -2 -2 -1 -1 -2 4 -2 2 2 -2 -1 -2 -2 -1 0 4 -6 -2 VW -6 -8 -6 -6 0 -6 -3 -5 -3 -2 -4 -4 -6 -5 2 -2 -5 -6 17 0 WY -3 0 -4 -4 6 -5 0 -1 -4 -1 -2 -2 -5 -4 -4 -3 -3 -2 0 10 Y

A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y

N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4

N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4

00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00

00

00

00

00

00

00

00

00

00

N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4

00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00

00 00 00 00

00 00 1717 1212

00 00 1212 1717

00

00

00

00

00

00

N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4

00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00

00 00 00 00 00 00

00 00 1717 1212 77 22

00 00 1212 1717 1212 77

00 00 77 1212 1515 1010

00 00 22 77 1010 1111

00

00

00

00

N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4

00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00

00 00 00 00 00 00 00

00 00 1717 1212 77 22 00

00 00 1212 1717 1212 77 22

00 00 77 1212 1515 1010 1111

00 00 22 77 1010 1111 66

00 00 00 22 77 1010 77

00

00

00

N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4

00 00 00 00 00 00 00 00

00 00 00 00 00 00 00 1212

00 00 1717 1212 77 22 00 77

00 00 1212 1717 1212 77 22 22

00 00 77 1212 1515 1010 1111 66

00 00 22 77 1010 1111 66 2323

00 00 00 22 77 1010 77 1818

00 11 00 00 33 88 77 1313

00

00

N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4

00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00

00 00 00 00 00 00 00 1212 77 22 00

00 00 1717 1212 77 22 00 77 1414 99 1919

00 00 1212 1717 1212 77 22 22 99 1414 1414

00 00 77 1212 1515 1010 1111 66 44 99 1010

00 00 22 77 1010 1111 66 2323 1818 1313 88

00 00 00 22 77 1010 77 1818 2020 1616 1111

00 11 00 00 33 88 77 1313 2121 2020 1515

00 11 00 33 11 44 66 88 1616 2424 1919

00 22 00 22 55 33 11 33 1111 1919 2020

N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4

00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00

00 00 00 00 00 00 00 1212 77 22 00

00 00 1717 1212 77 22 00 77 1414 99 1919

00 00 1212 1717 1212 77 22 22 99 1414 1414

00 00 77 1212 1515 1010 1111 66 44 99 1010

00 00 22 77 1010 1111 66 2323 1818 1313 88

00 00 00 22 77 1010 77 1818 2020 1616 1111

00 11 00 00 33 88 77 1313 2121 2020 1515

00 11 00 33 11 44 66 88 1616 2424 1919

00 22 00 22 55 33 11 33 1111 1919 2020

N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4

00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00

00 00 00 00 00 00 00 1212 77 22 00

00 00 1717 1212 77 22 00 77 1414 99 1919

00 00 1212 1717 1212 77 22 22 99 1414 1414

00 00 77 1212 1515 1010 1111 66 44 99 1010

00 00 22 77 1010 1111 66 2323 1818 1313 88

00 00 00 22 77 1010 77 1818 2020 1616 1111

00 11 00 00 33 88 77 1313 2121 2020 1515

00 11 00 33 11 44 66 88 1616 2424 1919

00 22 00 22 55 33 11 33 1111 1919 2020

N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4

00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00

00 00 00 00 00 00 00 1212 77 22 00

00 00 1717 1212 77 22 00 77 1414 99 1919

00 00 1212 1717 1212 77 22 22 99 1414 1414

00 00 77 1212 1515 1010 1111 66 44 99 1010

00 00 22 77 1010 1111 66 2323 1818 1313 88

00 00 00 22 77 1010 77 1818 2020 1616 1111

00 11 00 00 33 88 77 1313 2121 2020 1515

00 11 00 33 11 44 66 88 1616 2424 1919

00 22 00 22 55 33 11 33 1111 1919 2020

N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4

00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00

00 00 00 00 00 00 00 1212 77 22 00

00 00 1717 1212 77 22 00 77 1414 99 1919

00 00 1212 1717 1212 77 22 22 99 1414 1414

00 00 77 1212 1515 1010 1111 66 44 99 1010

00 00 22 77 1010 1111 66 2323 1818 1313 88

00 00 00 22 77 1010 77 1818 2020 1616 1111

00 11 00 00 33 88 77 1313 2121 2020 1515

00 11 00 33 11 44 66 88 1616 2424 1919

00 22 00 22 55 33 11 33 1111 1919 2020

WHNNLC-RHWY--MCGKQ

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