Personal Branding - L'identità digitale nel mondo del lavoro 3.0
ESERCITAZIONE ALLINEAMENTI. CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIE---NEDGNEDH---VR Calcolare l'identità...
-
Upload
bertrando-bellucci -
Category
Documents
-
view
216 -
download
0
Transcript of ESERCITAZIONE ALLINEAMENTI. CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIE---NEDGNEDH---VR Calcolare l'identità...
ESERCITAZIONEALLINEAMENTI
CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIE---NEDGNEDH---VR
Calcolare l'identità e la percentuale di identità
CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA | | || || | | ||ACISTIE---NEDGNEDH---VR
Percentuale di identità = 10*2 / (23+17) = 0.50
CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIL---NEDGNEDH---VC
Inserimento gap = -6Estensione gap = -2
Calcolare il punteggiodi similarità usando unavera matrice di sostituzione
A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
A 2 -2 0 0 -4 1 -1 -1 -1 -2 -1 0 1 0 -2 1 1 0 -6 -3 AC -2 12 -5 -5 -4 -3 -3 -2 -5 -6 -5 -4 -3 -5 -4 0 -2 -2 -8 0 CD 0 -5 4 3 -6 1 1 -2 0 -4 -3 2 -1 2 -1 0 0 -2 -6 -4 DE 0 -5 3 4 -5 0 1 -2 0 -3 -2 1 -1 2 -1 0 0 -2 -6 -4 EF -4 -4 -6 -5 8 -5 -2 1 -5 2 0 -4 -5 -5 -4 -3 -3 -1 0 6 FG 1 -3 1 0 -5 5 -2 -3 -2 -4 -3 0 -1 -1 -3 1 0 -1 -6 -5 GH -1 -3 1 1 -2 -2 6 -2 0 -2 -2 2 0 3 2 -1 -1 -2 -3 0 HI -1 -2 -2 -2 1 -3 -2 5 -2 2 2 -2 -2 -2 -2 -1 0 4 -5 -1 IK -1 -5 0 0 -5 -2 0 -2 5 -3 0 1 -1 1 3 0 0 -2 -3 -4 KL -2 -6 -4 -3 2 -4 -2 2 -3 6 4 -3 -3 -2 -3 -3 -2 2 -2 -1 LM -1 -5 -3 -2 0 -3 -2 2 0 4 6 -2 -2 -1 0 -2 -1 2 -4 -2 MN 0 -4 2 1 -4 0 2 -2 1 -3 -2 2 -1 1 0 1 0 -2 -4 -2 NP 1 -3 -1 -1 -5 -1 0 -2 -1 -3 -2 -1 6 0 0 1 0 -1 -6 -5 PQ 0 -5 2 2 -5 -1 3 -2 1 -2 -1 1 0 4 1 -1 -1 -2 -5 -4 QR -2 -4 -1 -1 -4 -3 2 -2 3 -3 0 0 0 1 6 0 -1 -2 2 -4 RS 1 0 0 0 -3 1 -1 -1 0 -3 -2 1 1 -1 0 2 1 -1 -2 -3 ST 1 -2 0 0 -3 0 -1 0 0 -2 -1 0 0 -1 -1 1 3 0 -5 -3 TV 0 -2 -2 -2 -1 -1 -2 4 -2 2 2 -2 -1 -2 -2 -1 0 4 -6 -2 VW -6 -8 -6 -6 0 -6 -3 -5 -3 -2 -4 -4 -6 -5 2 -2 -5 -6 17 0 WY -3 0 -4 -4 6 -5 0 -1 -4 -1 -2 -2 -5 -4 -4 -3 -3 -2 0 10 Y
A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIL---NEDGNEDH---VC
Punteggio di similarità = 42 - 28 = 14
12+2+2+1+5-3+2+4+3+5+3+6+4-4=42-6-2-2-6-2-6-2-2 = -28
CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIE---NEDGNEDH---VR
Rappresentare il seguente allineamentosu di una matrice
C L S S I E Q K S N E E G E H G P E V R E D A
A
C
I
S
T
I
E
N
E
D
G
N
E
D
H
V
R
Dedurre l'allineamentorappresentato nella seguente matrice
E I A N S P E E A I S L A T F D E A M A D L H
I
L
N
S
C
N
L
A
K
Q
A
F
D
E
A
E
L
EIANSPEEAISLA--TFDEAMADLH ILNS----CNLAKQAFDEA--EL
Soluzione:
N W H N N L C R H WCWYMCGKQN
Fare l'allineamento locale delle 2 sequenzeutilizzando la matrice di sostituzione e gaps = -5
N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8
W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17
Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0
M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4
C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8
G 0 -6 -2 0 0 -4
K 1 -3 0 1 1 -3
Q 1 -5 3 1 1 -2
N 2 -4 2 2 2 -3
Esercizio Usare Gap penalty -5
A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
A 2 -2 0 0 -4 1 -1 -1 -1 -2 -1 0 1 0 -2 1 1 0 -6 -3 AC -2 12 -5 -5 -4 -3 -3 -2 -5 -6 -5 -4 -3 -5 -4 0 -2 -2 -8 0 CD 0 -5 4 3 -6 1 1 -2 0 -4 -3 2 -1 2 -1 0 0 -2 -6 -4 DE 0 -5 3 4 -5 0 1 -2 0 -3 -2 1 -1 2 -1 0 0 -2 -6 -4 EF -4 -4 -6 -5 8 -5 -2 1 -5 2 0 -4 -5 -5 -4 -3 -3 -1 0 6 FG 1 -3 1 0 -5 5 -2 -3 -2 -4 -3 0 -1 -1 -3 1 0 -1 -6 -5 GH -1 -3 1 1 -2 -2 6 -2 0 -2 -2 2 0 3 2 -1 -1 -2 -3 0 HI -1 -2 -2 -2 1 -3 -2 5 -2 2 2 -2 -2 -2 -2 -1 0 4 -5 -1 IK -1 -5 0 0 -5 -2 0 -2 5 -3 0 1 -1 1 3 0 0 -2 -3 -4 KL -2 -6 -4 -3 2 -4 -2 2 -3 6 4 -3 -3 -2 -3 -3 -2 2 -2 -1 LM -1 -5 -3 -2 0 -3 -2 2 0 4 6 -2 -2 -1 0 -2 -1 2 -4 -2 MN 0 -4 2 1 -4 0 2 -2 1 -3 -2 2 -1 1 0 1 0 -2 -4 -2 NP 1 -3 -1 -1 -5 -1 0 -2 -1 -3 -2 -1 6 0 0 1 0 -1 -6 -5 PQ 0 -5 2 2 -5 -1 3 -2 1 -2 -1 1 0 4 1 -1 -1 -2 -5 -4 QR -2 -4 -1 -1 -4 -3 2 -2 3 -3 0 0 0 1 6 0 -1 -2 2 -4 RS 1 0 0 0 -3 1 -1 -1 0 -3 -2 1 1 -1 0 2 1 -1 -2 -3 ST 1 -2 0 0 -3 0 -1 0 0 -2 -1 0 0 -1 -1 1 3 0 -5 -3 TV 0 -2 -2 -2 -1 -1 -2 4 -2 2 2 -2 -1 -2 -2 -1 0 4 -6 -2 VW -6 -8 -6 -6 0 -6 -3 -5 -3 -2 -4 -4 -6 -5 2 -2 -5 -6 17 0 WY -3 0 -4 -4 6 -5 0 -1 -4 -1 -2 -2 -5 -4 -4 -3 -3 -2 0 10 Y
A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4
N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4
00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00
00
00
00
00
00
00
00
00
00
N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4
00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00
00 00 00 00
00 00 1717 1212
00 00 1212 1717
00
00
00
00
00
00
N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4
00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00
00 00 00 00 00 00
00 00 1717 1212 77 22
00 00 1212 1717 1212 77
00 00 77 1212 1515 1010
00 00 22 77 1010 1111
00
00
00
00
N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4
00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00
00 00 00 00 00 00 00
00 00 1717 1212 77 22 00
00 00 1212 1717 1212 77 22
00 00 77 1212 1515 1010 1111
00 00 22 77 1010 1111 66
00 00 00 22 77 1010 77
00
00
00
N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4
00 00 00 00 00 00 00 00
00 00 00 00 00 00 00 1212
00 00 1717 1212 77 22 00 77
00 00 1212 1717 1212 77 22 22
00 00 77 1212 1515 1010 1111 66
00 00 22 77 1010 1111 66 2323
00 00 00 22 77 1010 77 1818
00 11 00 00 33 88 77 1313
00
00
N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4
00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00
00 00 00 00 00 00 00 1212 77 22 00
00 00 1717 1212 77 22 00 77 1414 99 1919
00 00 1212 1717 1212 77 22 22 99 1414 1414
00 00 77 1212 1515 1010 1111 66 44 99 1010
00 00 22 77 1010 1111 66 2323 1818 1313 88
00 00 00 22 77 1010 77 1818 2020 1616 1111
00 11 00 00 33 88 77 1313 2121 2020 1515
00 11 00 33 11 44 66 88 1616 2424 1919
00 22 00 22 55 33 11 33 1111 1919 2020
N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4
00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00
00 00 00 00 00 00 00 1212 77 22 00
00 00 1717 1212 77 22 00 77 1414 99 1919
00 00 1212 1717 1212 77 22 22 99 1414 1414
00 00 77 1212 1515 1010 1111 66 44 99 1010
00 00 22 77 1010 1111 66 2323 1818 1313 88
00 00 00 22 77 1010 77 1818 2020 1616 1111
00 11 00 00 33 88 77 1313 2121 2020 1515
00 11 00 33 11 44 66 88 1616 2424 1919
00 22 00 22 55 33 11 33 1111 1919 2020
N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4
00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00
00 00 00 00 00 00 00 1212 77 22 00
00 00 1717 1212 77 22 00 77 1414 99 1919
00 00 1212 1717 1212 77 22 22 99 1414 1414
00 00 77 1212 1515 1010 1111 66 44 99 1010
00 00 22 77 1010 1111 66 2323 1818 1313 88
00 00 00 22 77 1010 77 1818 2020 1616 1111
00 11 00 00 33 88 77 1313 2121 2020 1515
00 11 00 33 11 44 66 88 1616 2424 1919
00 22 00 22 55 33 11 33 1111 1919 2020
N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4
00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00
00 00 00 00 00 00 00 1212 77 22 00
00 00 1717 1212 77 22 00 77 1414 99 1919
00 00 1212 1717 1212 77 22 22 99 1414 1414
00 00 77 1212 1515 1010 1111 66 44 99 1010
00 00 22 77 1010 1111 66 2323 1818 1313 88
00 00 00 22 77 1010 77 1818 2020 1616 1111
00 11 00 00 33 88 77 1313 2121 2020 1515
00 11 00 33 11 44 66 88 1616 2424 1919
00 22 00 22 55 33 11 33 1111 1919 2020
N W H N N L C R H WC -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8W -4 17 -3 -4 -4 -2 -8 2 -3 17Y -2 0 0 -2 -2 -1 0 -4 0 0M -2 -4 -2 -2 -2 4 -5 0 -2 -4C -4 -8 -3 -4 -4 -6 12 -4 -3 -8G 0 -6 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 -6K 1 -3 0 1 1 -3 -5 3 0 -3Q 1 -5 3 1 1 -2 -5 1 3 -5N 2 -4 2 2 2 -3 -4 0 2 -4
00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00
00 00 00 00 00 00 00 1212 77 22 00
00 00 1717 1212 77 22 00 77 1414 99 1919
00 00 1212 1717 1212 77 22 22 99 1414 1414
00 00 77 1212 1515 1010 1111 66 44 99 1010
00 00 22 77 1010 1111 66 2323 1818 1313 88
00 00 00 22 77 1010 77 1818 2020 1616 1111
00 11 00 00 33 88 77 1313 2121 2020 1515
00 11 00 33 11 44 66 88 1616 2424 1919
00 22 00 22 55 33 11 33 1111 1919 2020
WHNNLC-RHWY--MCGKQ