CHROMOSOME 22q11.21 DUPLICATION IN A

PATIENT WITH CONGENITAL HEART

DEFECT

CEINGE-Biotecnologie Avanzate

e

Dipartimento di Medicina Molecolare e Biotecnologie Mediche, Università degli Studi di

Napoli “Federico II”, Napoli, Italy

R.E. ♀ 2,5 anni;

A 2 mesi di vita diagnosticata una stenosi della valvola polmonare per il riscontro di un

soffio cardiaco;

A 2 anni effettuata valutazione presso il Dipartimento di Pediatria AOU “Federico II”;

Peso: 13.8 Kg (73° pc);

Lunghezza: 86 cm (57° pc);

Circonferenza cranica: 47 cm (35° pc);

Normocefalia; esotropia bilaterale, naso insellato, narici anteverse;

Cavo orale nella norma, palato intatto. Assenza di masse del collo;

Torace di forma normale; Soffio sistolico 1/6 al mesocardio.

Metodologia di screening per identificare alterazioni

genomiche

Array-Comparative Genomic Hybridization (a-CGH)

CASO CLINICO

Elevato potere risolutivo rispetto ad un cariotipo

standard;

Analisi dell’intero genoma in un unico

esperimento;

Possibilità di progettazione di vetrini custom;

Impossibilità di identificare alterazioni

bilanciate e bassi livelli di mosaicismo.

a-CGH

FLOW-CHART a-CGH

Estrazione del DNA del paziente

Digestione del DNA

Marcatura

Purificazione

Ibridazione dei campioni

Lavaggi

Scansione ed estrazione dei dati

PIATTAFORMA a-CGH AGILENT

4x180K

Richiesta d’indagine per:

Autismo

Ritardo mentale

Disturbi del comportamento e

del linguaggio

2009-2014: 847 campioni

analizzati

4 array/slide

~ 180.000 oligonucleotidi lunghi 60

mers sintetizzati in situ sul vetrino

1.714 geni analizzati con copertura

per ogni singolo esone

Spaziatura media delle sonde 13 kb

Molti geni associati a ritardo mentale,

epilessia, autismo e difetti cardiaci

Copertura completa del genoma

mitocondriale

PIATTAFORMA a-CGH AGILENT

4x180K

Analisi: WORKBENCH software Gene View Chr View Aberration View

Gene Tab

DGCR6, PRODH, DGCR5, DGCR9, DGCR10, DGCR2,

DGCR11, DGCR14, TSSK2, GSC2, SLC25A1, CLTCL1,

HIRA, MRPL40, C22orf39, UFD1L, CDC45L, CLDN5,

LOC150185, SEPT5, GP1BB, TBX1, GNB1L, C22orf29,

TXNRD2, COMT, ARVCF, C22orf25, MIR185, DGCR8,

MIR1306, TRMT2A, RANBP1, ZDHHC8, LOC150197,

RTN4R, MIR1286, DGCR6L, PI4KAP1, RIMBP3, ZNF74,

SCARF2, KLHL22, MED15, POM121L4P, TMEM191A,

PI4KA, SERPIND1, SNAP29, CRKL, AIFM3, LZTR1,

THAP7, FLJ39582, MGC16703, P2RX6, SLC7A4, P2RX6P,

LOC400891

L’analisi ha evidenziato una duplicazione di ̴ 2.56 Mbp sul

chr 22q11.21 (18,894,835- 21,454,721)

RISULTATO a-CGH

Phenotypic heterogeneity in a family with a small atypical microduplication of chromosome 22q11.2

involving TBX1.

Weisfeld-Adams JD. Eur J Med Genet. 2012 Dec;55(12):732-6.

Fattore di trascrizione coinvolto

nella formazione di tessuti e

organi

Il gene più importante nella

Sindrome di DiGeorge

Iperespressione comporta quadri

clinici simili a quelli causati da

aploinsufficienza

TBX1

Più di 50 casi descritti in letteratura

Sindrome complementare alla sindrome di DiGeorge

Quadro clinico estremamente variabile

Alcuni pazienti possono essere addirittura normali

SINDROME DA MICRODUPLICAZIONE 22q11.2

• Sequenze ripetute a basso numero di copie (LCR)

• Ricombinazione omologa non allelica (NAHR)

Molecular Mechanisms And Diagnosis Of Chromosome 22q11.2 Rearrangements.

Emanuel BS. Dev Disabil Res Rev. 2008;14(1):11-8

CONCLUSIONI

Duplicazione di ̴ 2.56 Mbp 22q11.21 in un paziente con

difetto cardiaco congenito;

La sindrome da duplicazione 22q11.2 è una sindrome

emergente con fenotipo variabile;

a-CGH come indagine di primo livello in patologie

congenite;

Combinazione tra a-CGH e NGS: potente ed efficiente

strumento diagnostico per difetti cardiaci congeniti.

Lucio Pastore

Barbara Lombardo

FrancescoVerdesca

Andrea Vitale

Carmela Fabbricatore

Luca Di Leo

Angela Saraiello

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LogRatio =

(Log2)

Intensità della fluorescenza DNA probando (Cy5)

Intensità della fluorescenza DNA controllo (Cy3)

ESTRAZIONE DEI DATI

Genomic Workbench

Feature Extraction