:,.1.7 :. \ :.-.-:-:- r': 4,_-/:-\ t : :: .:.: ::! .:l.-.\ Curriculum Vitae destinato ai fini della pubblicazione Paolo Sirabella

INFORMAZIONIPERSONALI PAOIOSiTAbCIIA

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Nazionalità ltaliana

occupMtoNE pER LAeuALE lncarico di collaborazione per attività di tutoraggio didatticoslcoNCoRRE nell'ambito del Corso di "Statistica con laboratorio (corso integrato)"

del Master in Bioinformatica - Bando n. P412015

ESPERIENZAPROFESSIONALE

2007 - oggi Dal Luglio 2007 è titolare in ruolo per I'insegnamento della Matematica e della Fisica neglilstituti Statali di lstruzione Secondaria Superiore ed e attualmente rn servizio presso il LiceoScientifico Talete dove svolge anche il ruolo di. Coordinatore del Progetto Lauree Scientifiche. Coordinatore progeito ECDL. Webmaster sito istituzionale

Liceo Scientifico Talete, Vìa G. Camozzi,2 - 00195 Roma, www.liceotalete.it

2003-oggi Neglianniaccademici da12002103a|2006107 edinuovo da|2011112a|2013114 hasvoltoattività didattica (sotto forma di contratti di lavoro autonomo) nell'ambito del Master inBioinformatica svoltosi presso l'Università di Roma "La Sapienza".

2003 -2oo7 Dalla fine del 2003 d2AO7 ha svolto attività di consulente scientifico dell'lstituto Superioredi Sanità per I'analisi di microarray da oligonucleotidi (standard Affymetrix e a doppiafluorescenza)

2005-2006 Ha insegnato, con incarichiannuali, Matematica e Fisica presso ilLiceo Scientifico StataleTalete di Roma, ove svolgeva anche il ruolo di Amministratore di rete e Responsabile deiLaboratori di lnformatica.

2002-2006 Negli anni scolastici da12002103 al 2005/06 ha ottenuto la cattedra di lnformatica e Sistemipresso diversi istituti tecnici di Roma, o alternativamente, cattedra di Matematica e Fisicaneiliceiromani.

912002-gl2}04 Titolare diAssegno di Ricerca biennale presso il Diparlimento di Fisiologia Umana eFarmacologia dell'Università di Roma "La Sapienza"

1112000 -612001 Titolare di un contratto di consulenza scientiflca per un progetto di ricerca, finanziato dallaComunità Europea e dalla Telecom ltalia S.p.A. , presso il Centro lnterdipartimentale CISBdell'Università di Roma "La Sapienza" e presso la Telecom ltalia SpA.

5I2OOO-3taoot Vincitore diconcorso riservato per l'insegnamento della Matematica e della Fisica.Vincltore d i concorso riservato per l' i nseg namento del l' I nformatica

1996 - 2004 Titolare di diversi contratti di lavoro autonomo (consulenza / collaborazione) stipulati conI'Università di Roma "La Sapienza"

i991 - 1998 Titolare di contratti a tempo determinato per I'insegnamento di Matematica e Fisica nellescuole statali di istruzione secondaria superiore.

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ISTRUZIONE E FORMAZIONE

1994i95 Dottorato di Ricerca in BiochimicaDipartimento di Scienze Biochimiche "Rossi Fanelli, Università di Roma "La Sapienza"

Ha conseguito, nel Dicembre 1996, il titolo di Dottore di Ricerca in Biochimica discutendo una Tesi daltitolo "Codifica e classificazione delle strutture proteiche", sotto la supervisione del Prof. AlfredoColosimo.Argomento della Tesi di Dottorato:A. Criteri di codifica delle strutture primarie di proteine atti ad ottenere, con I'utilizzo sia di algoritmi ditipo connessionista che di analisi multivariata, una classificazione delle strutture primarie dipendenteanche da caratteristiche tridimensionali.B. Codifica delle sequenze aminoacidiche attraverso una sequenza numerica (profilo) tale daconservare e rendere piu direttamente utilizzabile I'informazione tìsico-chimica associata alla strutturaprimaria. Cio ha consentito di sottoporre un insieme di strutture primarie, previamente normalizzateper la lunghezza attraverso un metodo appositamente sviluppato (Procust's Bed Algorithm, PBA) aiclassici algoritmi di classificazione non supervisionati, owero completamente oggettivi (SelfOrganizing Map Algorithms, SOMA).C. Validazione dei risultati ottenuti pet mezzo di un criterio di codifica e classificazione (Onion's PeelAlgorithm, OPA), appositamente sviluppato.

lssz Perfezionamento in "Metodi per I'AnalisidiSegnalied lmmagini Biomediche"Centro lnterdipa(imentale CISB, Università di Roma "La Sapienza"

Argomento della Tesi di Perfezionamento"Applicazioni biomediche di sistemi connessionisti: un progetto di parallelizzazione degli algoritmi".

Laurea in Fisica,1991 Dipartimento di Fisica "Enrico Fermi", Università di Roma "La Sapienza"

Votazione di 110/110 - Tesi sperimentale dal titolo "Reti neuronali e sistemi percettivi: unarealizzazione a multiprocessore", preparata presso il Laboratorio di ElettronicaAppllcata delDipartimento di Fisica sotto la supervisione del Prof. Maurizio Bonori.Argomento della Tesi di l-aurea:A. Approfondimento teorico di un modello neuronale ad auto-organizzazione biologicamenteplausibile con sviluppo di diversi esperimenti di simulazione, particolarmente indirizzati aproblematiche inerenti il riconoscimento e classificazione automatici di dati complessi (nel casospecifico, del linguaggio parlato)

;

B. Progettazione e realizzazione hardware di un sistema multiprocessore (basato su processori di

segnali digitali DSPs 56001) ad architettura parallela modulare e del firmware di gestione (inASSEMBLER e ad alto livello) tali da permettere la realizzazione elettronica di un generico modelloneuronale.

COMPETENZE PERSONALI

Lingua madre ltaliano

Altre lingue CoMpRENStoNE r pnnrnro pRoDUZtoNE SCRTTTA

Ascolto Lettura lnterazione Produzione orale

lnglese B1 C1 82 82 82

fiueffi.nf Z Livello base - B1/2 Livello intermedio - C112 Livello avanzatoQuadro Comune Europeo di Riferimento delle Lingue

Competenze comunicative . Possiede ottlme competenze comunicative acquisite in 25 anni di esercizio della ricerca e delladidattica.

Competenze organizzative e Possiede buone competenze organizzative e gestionali, acquisite nel lungo esercizio della funzione digestionali coordinatore di dipartimento, e di responsabile di numerosi progetti didattici.

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<-.irfi, Curriculum Vitae destinato aifini della pubblicazione Paolo Sirabella

Competenze informatiche ' Nel corso della ventennale attività di ricerca ha acquisito, tra I'altro, una notevole esperienzanell'efficace gestione di tutte le risorse disponibili su rete lntemet per I'lnformation Retrieval e, nelcaso speciflco, utili allo studio della struttura delle proteine.

' Al tempo stesso, ha raggiunto una solida esperienza nella gestione e amministrazione di sistemi dicalcolo e networking in diversi ambienti (Windows gx/NTr(P, MacOS, Unix, Linux, MSDOS).

' E'profondo conoscitore degli strumenti fondamentali del Desktop Publishing e del Web Publishing,così come della programmazione in diversi linguaggi (C, C++, Fortran, Visual Basic, Pascal, LaTeX,HTML, Java, Javascript, Awk, Perl, CGl, ASP, MySaL) e ambienti di analisi statistica e matematica(Statistica-StatSoft, Matlab, R, Mathematica, SPSS, Systat, ADE, MuPAD, Un|STAT)

' Ha approfondito Ia conoscenza e I'utilizzo dei diversi software di analisi dei microanays di cDNA eoligonucleotidi (MAS 5, dChip, SAM, PAM, Biomnductor, MAExplorer, TIGR MAE-TMev)sia nellostandard Affymetrix che in quello a doppia fluorescenza.

' Ha approfondito la sua competenza nella realizzazione e amministrazione di siti web finalizzali, nelcaso specifico, alla distribuzione di documentazione scientifica in tempo reale e alla gestione di basidi dati. Ha svolto per diversi anni funzioni di webmaster del Centro lnterdipartimentale di Ricerca perI'Analisi dei Modelli e dell'lnformazione nei Sistemi Biomedici dell'Università di Roma "La Sapienza"(http:/Av3.uniroma f . iUC lS B).

' E'autore di numerosi programmi e parchetti software di pubblico dominio per l'analisi di dati di variotipo (strutture proteiche, serie temporali, matrici).

' E'contitolare di un brevetto internazionale, depositato a cura del Rush Medical College di Chicago,USA, per I'utilizzo dell'analisi quantitativa di ricorrenze nel campo delle immagini (biomediche,satellitari, ..) e nel campo dello studio dell'attività cerebrale per mezzo della risonanza magneticafunzionale (fMRl)

ULTERIORI INFORMAZIONI w

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ilurrieuii-r*"r llitne *e*tinat* ai fini **lla {suls?s*r:*flr*ne

Pubblicazioni Pubblicazionicomeeditorl.Medical Data analysis - Lecture Notes in Computer Science 2526 - Proeedings del "Thirdlnternational Symposium - ISMDA 2002 - Roma October 2002", Springer. Editors: A.Colosimo, A.Giuliani, P. SirabellaArticoli su riviste soggette a referee:'l . A. Colosimo, P. Sirabella - "Novel approaches to the prediction of higher structures in proteins", ltal.J. Biochem., 42, 1, Jan-Feb 1993.

2. A. Giuliani, A.M. Mancini, O. Ghirardi, M.T. Ramacci, T. Voronina, P. Sirabella, A. Colosimo (1996) -"Micro- and macrostructure of leaming in active avoidance: a quantitative approach.", Neurobiology ofLeaming and Memory,65, p. 82-903. P. Sirabella, A. Colosimo (1999) - "Coding and classifying primary and tertiary structures ofproteins.", Progress in Biophysics & Molecular Biology, 65 - Suppl. 1, p. 384. A. Giuliani, R. Benigni, P Sirabella, J.P Zbilut, A. Colosimo (2000) - "Nonlinear Methods in theAnalysis of Proteins Sequences: A Case §udy in Rubredoxlns", Biophysical Joumal, 2000, 78, p.136-1485. A. Giuliani, P. Sirabella, R. Benigni, A. Colosimo (2000) "Mapping protein sequence spaces byrecurrence quantification analysis: a case study on chimeric structures.", Protein Engineering, 13, p.

671-6786. P. Sirabella, A. Giuliani, A. Colosimo, J.W. Dippner (2001) - "Deconvolving climate effects on codrecruitment by principal component analysis and canonical conelation", Marine Ecology ProgressSeries, 216, p.213-2227. P Sirabella, A. Giuliani, J.P Zbilut, A. Colosimo (2001) - "Nonlinear dynamical analysis of proteinsequences: a conceptual link to the medicinal chemistry approach", Recent res. Devel. Protein Eng.,1:261-2758. R. Piacentini, P. Sirabella, P Montanari, A. Colosimo (2001) - "lndividualità psicologica e fisiologicain una popolazione di operatori di call center. ISPESL - Prevenzione oggi, Xlll, 4, p. 91-1069. H.O. Portner, B. Berdal, R. Blust, O. Brix, A. Coloslmo, B. De Wachter, A. Giuliani, T. Johansen, T.Fischer, R. Knust, G. Lannig, G. Naevdal, A. Nedenes, G. Nyhammer, F.J. Sartoris, l. Serendero, PSirabella, S. Thorkildsen, M. Zakhartsev (2001) - Climate induced temperature eflects on groMhperformance, fecundi§ and recruitment in marine fish: developing a hypothesis for cause and effectrelationships in Atlantic cod (Gadus morhua) and common eelpout (Zoarces viviparus), ContinentalShelf Research, 21, pp. 1975-199710. J.P Zbilut, P Sirabella,A. Giuliani, C. Manetti,A. Colosimo, C. L. WebberJr. (2002) "Reviewofnonlinear analysis of protein through recurrence quantification", Cell. Biochemistry and Biophysics, 36:67_87

11. A. Giuliani, R. Benigni, J.P Zbilut, C. L. Webber Jr., P. Sirabella, A. Colosimo (2002) "Non linearsignal analysis methods in the elucidation of protein sequence/structure relationships", ChemicalReviews, May 2002, 102,5, p.1471-149212. M. Bianciardi, P Sirabella, G E. Hagberg, A. Giuliani, J. P Zbilut, and A. Colosimo (2007) "Model-free analysis of brain fMRl data by recunence quantifcation", Neurolmage, August 2007 ,37 ,489 -50313. Parlato S, Romagnoli G Spadaro F, Canini l, Sirabella fl Borghi P, Ramoni C, Filesi l, Biocca S,Gabriele L, Belardelli F. (2010) "LOX-1 as a natural IFN-alpha-mediated signal for apoptotic celluptake and antigen presentation in dendritic cells", Blood, 2010 Feb 25,115(8):1554-63.Capitoli di libri e dispense:1. P.Sirabella eA.Colosimo - "Le reti neurali artificiali e loro applicazioni d'interesse biologico",Quademi Didattici del Corso di Perfezionamento in Metodi di Elaborazione di Segnali e lmmaginiBiomediche, Univ. di Roma "La Sapienza", Roma, Maggio 1993, pagg. 1-75.2. PSlrabella - "A Transputer-based Parallel Architecture for Classification of Complex Pattems by SelfOrganizing Maps", in "§atitical Tools in Human Biology'', World ScientiJic, Singapore, 1994 , p. 128-138.

3. P Sirabella, S. Pascarella, and A. Colosimo - "Looking for efficient algorithms for the structuralclassification of proteins" ", (Progetto Speciale "Bioinformatica", CNR), Università di Camerlno, 9-11Giugno 19%, (1995), p.248-257.4. P. Sirabella - "ll ruolo della bellezza nella scoperta scientiflca", Atti del convegno "Arte e Scienza",MUSIS - Università di Roma "La Sapienza" -Aprile 19955. A. Giuliani, P Sirabella, A. Colosimo - "Quantifying qualitative information by distance-matrices: aposslble application in Molecular Biology", (Progetto Speciale "Bioinformatica", CNR), Università diCamerino,9-11 Giugno 19%, (1995), p.240-248.6. C. Cipolla, A. Giuliani, P. Sirabella and A. Colosimo 'A statistical study on the correlation betweenhydrophobicity and shape in proteins", Quademi CISB, Univ. di Roma La Sapienza, Dic. 1996, p. 1-26.

',;,v'*§ Curriculum Vitae destinato aifini della pubblicazione Paolo Sirabella

Su Proceedings di convegni e congressi:1. A.Colosimo e PSirabella - "Combining connectionist algorithms to predict higher proteins'structure",(37" Congr. Naz. S.l.B. - Perugia, Settembre 1992), ltalian Biochemical SocietyTransactions (IBST),.3, t72 (1992)2. A.Colosimo e P.Sirabella - "Kohonen networks as protein classifiers: coding schemes for theprimary structure", Congresso "PROTEINE'93", 82, 38, (1993)3. Colosimo e P. Sirabella -'A preliminary study on proteins' classification by Self Organizing Maps",Workshop: "Elaborazione di dati biomedici", CISB, Univ. di Roma "La Sapienza" (19%), p. 35-544. Colosimo, P Sirabella, A. Giuliani (1996) - "Recunence plot analysis : a case study on proteinssequences.", Workshop: "Elaborazione di dati biomedici, ll", CISB, Univ di Roma "La Sapienza"(1996) p. a9-59.5. PMontanari, A.Colosimo, P.Sirabella "TheApplication of a GeneticAlgorithm to the Protein FoldingProblem", Proc. of the lnt. ICC Symposium on Engineering of lntelligent Systems (EIS '98), Vol.1,(1e98)

6. A. Colosimo, F. Maranghi, P. Sirabella "Non linear statistical analysis of proteins' primarystructures". Proteine '99 - Univ. di Roma 'Tor Vergata' (giugno 1999)7. P Sirabella "Automatic classification of proteins 3D structures", pubblicaio in: Proceedings of 4thlnt. Congress of the Eur. Soc. of Mathematical and Theoretical Biology: "Theory and Mathematics inBiology and Medicine", Amsterdam, De Vrije Universitat, July (1999) p. 4758. F. Maranghi, P. Sirabella, A. Giuliani, A. Colosimo - "Functional interpretations of clusters of fishproteins icientifed by RQA parameters" - Proteine 2002, Settembre2002, Sicilia, ltalia9. S. Parlato, L. Gabriele, P. Sirabella, l. Canini, D. Avitabile - "Molecular signature of human dendriticcells generated after exposure of GM-CSF treated monocytes to IFN-alpha" - lnternational meeting oncancer vaccines, lstituto Superiore di Sanità - Roma - ISTISAN Congressi 04/C1 ISSN 03935620 p.

99 (Aprile 20M)10.S. Parlato, L. Gabriele, P Sirabella, l. Canini, F. Belardelli - "Molecular mechanisms activated byIFN-alpha during the DC activationi differentiation process: a microanay study''- lntemational MeetingComplexi§ in the Living 20C4 - Università di Roma "La Sapienza" - CISB, Settembre 200411. M. Bianciardi, P. Sirabella, G. Hagberg, A. Giuliani, J. Zbilut, A. Colosimo - "Analyzing SpatialDistributions of fMRl BOLD Signals by RQA Variables" - lntemational Meeting Complexity in theLiving 2004 - Università di Roma "La Sapienza" - CISB, Settembre 2004

1. College on Neurophyisics : Object Recognition by Man and Machine", Trieste, lnternationalCentre of Theoretical Physics, Mazo 1992.

2. "37'Congr. Naz. Società ltaliana di Biochimica", Perugia, Univ. di Perugia, Settembre 1992(Poster)

3. "8" Congresso Nazionale PROTEINE 93", Parma, Univ. di Parma, Maggio 1993. (Poster)4. "PVM: Parallel Virtual Machine", Roma, CASPUR-Un|v. di Roma "La Sapienza", Luglio 19935. lnternational School of Mathematics, 17th Course: "S:tatitical Tools in Human Biology", Erice fl-P),

Ettore Majorana Centre for Scientific Culture, Settembre 1993. (Poster)6. "Elaborazione di dati biomedici", Roma, Università di Roma "La Sapienza", Centro

lnterdipartimentale di Ricerca per I'Analisi dei Modelli e dell'lnformazione nei Sistemi Biomedici -CISB - Università di Roma "La Sapienza", Mazo 1994. (Poster)

7. Scuola Nazionale di Biofisica, Bressanone - Università degli Studi di Trento, "Struttura delleproteine", Ottobre 1994

8. "Elaborazione di dati biomedici", Roma, Università di Roma "La Sapienza", Centrolnterdipartimentale di Ricerca per l'Analisi dei Modelli e dell'lnformazione nei Sistemi Biomedici -CISB - Università di Roma "La Sapienza", Aprile '1996 . (Relazione Orale)

9. Xllth lntem. Biophysics Congress IUPAB 96,Amsterdam, The Netherlands, 11-16Agosto 1996.(Poster)

10. Xlll Congresso della Società di Biofisica Pura eApplicata (SIBPA), Padova, Università degli §udi,8-12 Settembre 1996. (PosteQ

11. lV lnternational Congress of the Society of Mathematical Biology, "Theory and Mathematics inBiology and Medicine, Amsterdam, The Netherlands, 29 Giugno- 3 Luglio 1999. (Relazioneorale)

12. Ada Biophysica Romana 2000, Università di Roma "Tor Vergata". (Relazione orale)13. Ha inoltre svolto, su incarico del MUSIS, una lezione monografica sul tema "ll ruolo della bellezza

nella scoperta scientifica" nell'ambito del ciclo di Conferenze "Arte e Scienza" svoltesi nell'Aprile1995 presso la Sala della Protomoteca in Campidoglio, Roma. Gli atti di tali Conferenze sonostati pubblicati a cura del MUSIS e del Ministero dell'Università e della Ricerca Scientifica.

Pubblicazioni (segue)

Conferenze

ii f-l,lìine *ur+rit;t . ZAr2-3t13: ìlilptilatrÒpsrs.{:adeìù[.e,r,r]L1a i!J

':q\L,, .,. i i.ri.'ì r"r,-).:' .: .::. t, *urri*ulum Vit** ***tina?"rs ai fir* d*lla **l.t*li**zi#fr* 7a*1* *ira?s*l|a

Riconoscimenti e premi . Premio ENEA per larealizzazione della tesi dal titolo'Applicazioni biomediche di sistemiconnessionisti: un progetto di parallelizzazione degli algoritmi ", svolta nell'ambito del Corso diPerfezionamento in Metodi per I'Analisi di Segnali ed lmmagini Biomediche (1992).. Borsa di studio per la partecipazione alla Scuola Nazionale di Biofisica "Struttura delle proteine"tenutasi a Bressanone e organizzala dall'Università degli Sludi di Trento (1994).. Borsa di studio per la partecipazione al corso "Bioinformatics: Computer Methods in MolecularBiology", (ICGEB, Trieste), non utilizzata per la contemporaneità con il periodo di ricerca svolto allaUniversità Humboldt di Berlino. (1995). Borsa di studio per la partecipazione al Xll Congresso della Società internazionale di Biofisica(IUPAB 96), svoltosi ad Amsterdam nell'Agosto 96, dove ha presentato gli ultimi risultati del suo lavorodi ricerca a conclusione del mrso di Dottorato in Biochimica. (1996)

Dati personali Autorizzo il trattamento dei miei dati personali ai sensi del Decreto Legislativo 30 giugno 2003, n. 196"Codice in materia di protezione dei dati personali".

Roma,2610112015 ^ Paolo Sirabella'f-ULÀY6*t\

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