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Specie radicalichee stress ossidativo

Prof. Giorgio Sartor

Copyright © 2001-2017 by Giorgio Sartor.

All rights reserved.

Versione 4.3.2 – May-18

gs © 2001-2017 ver 4.3.2 Specie radicaliche e stress ossidativo - 2 -

Radicali

• Specie chimiche con elettroni spaiati• occupano da soli un orbitale atomico o

molecolare

• Molto instabili e reattivi verso le altre molecole per compensare tale squilibrio

• Autopropagazione per reazioni a catena

• Pericolosità inversamente proporzionale all’emivita

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Meccanismi di formazione di radicali

• Perdita di un elettrone:X → X•+ + e-

Chl* + A → Chl•+ + A-(•)

• Acquisto di un elettrone:X + e- → X•-

O2 + e- → O2•-

• Scissione omolitica di un legame covalente:X-Y → X• + Y•

Cl2 → 2Cl•

• Astrazione di un atomo di idrogeno (H•) da parte di un altra specie radicalica:

CH4 + Cl• → CH3• + HCl

Lipide-H + OH• → Lipide• + H2OR-SH + R-O2

•- → R-S•- + R-O2H


Ossigeno

• Orbitali molecolari dell’ossigeno

• Potenziali di riduzione

σx

πy,πx

πy*,πx

*

σx*

O2 O2.- H2O2

O21∆g

O2 O2.- H2O2

H2OOH.

e- e- + 2H+ e- + 2H+

H2O

e- + H+

-0.16v 0.94v 0.38v

2.33v

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Specie Reattive dell’Ossigeno (ROS)

• Specie non radicalicheH2O2 acqua ossigenata (perossido di idrogeno)

HOBr acido ipobromoso

HOCl acido ipocloroso

O3 ozono

O21Δg ossigeno singoletto

LOOH perossido lipidico

ONOOH perossinitrito



• Radicali prodotti per riduzione ad un elettrone

•O-O• + e- → •O-O:- anione superossidoO2

•- + •OH → ¹O2 + OH- ossigeno singoletto2O2

•- + 2H+ → H2O2 + ³O2 perossidoO2

•- + H2O → HOO• idroperossiradicaleH2O2 + e- → OH- + OH• radicale idrossido

L + O2•- → LOO•- anione lipoperossido

• Reazioni:H2O2 + Fe²+ (Cu+ ) → Fe³+ (Cu++ ) + OH- + OH•

(Fenton)H2O2 + O2

•-(Cu/Fe) → O2 + OH- + OH•

(Haber-Weiss)

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• Prodotte dalla catena respiratoria



• Prodotte dalla catena respiratoria nel complesso I

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Complesso IV

Eme aEme a3

CuB


Formazione di H2O nel complesso IV

N

N

N

N

Fe O

O

N

N

N

N

Fe OH

OH

Cu++

N

N

N

N

FeN

N

N

N

FeN

N

N

N

Fe

N

N

N

N

Fe O

O

Cu++N

N

N

N

Fe O Cu++

O+

H H

Cu+

Cu+

Cu+

2H+

e-

2H2O

e-

e-

2H+

e-

O2

+++

+++

CuB++

+++ +++ ++

+++4+

eme a

eme a eme a

eme a

eme a3

O2 + 4H+ + 4e- 2H2O

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Lipoperossidi

XY

H

HO

H

O H

C XY

XY

O

O

O2

XY

O

O H

XY

H

C XY

O O

H H

Y CH2

WCH3

O

HR

OH

+ +

Malondialdeide

4-idrossinonenale


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Specie Reattive dell’Azoto (RNS)

• Prodotti prevalentemente dallo smog fotochimico

• Specie non radicaliche– HNO2 acido nitroso

– NO+ catione nitrosile

– NO- anione nitrosile

– N2O4 tetrossido di diazoto

– N2O3 triossido di diazoto

– NO2+ nitrile

– ROONO alchilperossinitrito

– NO2Cl cloruro di nitrile

• Specie radicaliche– O2 + L-arginina → NO• + L-citrullina ossido d’azoto

– O2•ˉ + NO• → ONOOˉ perossinitrito

– ONOOˉ + CO2 → ONOOCO2ˉ nitroperossicarbonato

– ONOOCO2ˉ → NO2• + CO3

•ˉ biossido d’azoto


Ciclo dell’urea e NO

CO2

NH3 NH

2

O

OP

O

O

O

NH3+

O

O

NH3+

NH

O

O

NH3+

O

NH2

NH3+O

O

NH3+

NH

O

O

NH3+

O

NH2

N

O

N

N

OH

OH

N

NH2

O

P

OO

O

NH

O

O

NH3+

NH2+

NH

O

O

NH3+

O

NH2+

O

O

O

O

NH3+

O

O

O

O

NH3+

O

NH

NH2+

NH2O

O

O

O

O

O

NH2

NH2

NH

N

NH2

NH3+

O

O

OH

+

2ATP 2ADP + Pi

ATP

PPi

2 Pi

AMP

H2OFumarato

Urea

Ornitina(OUT)

Ornitina(IN)

Citrullina(IN)

Citrullina(OUT)

Citrullil-AMP

Argininosuccinato

Aspartato

Arginina

Argininosuccinatoliasi

EC 4.3.2.1

ArginasiEC 3.5.3.1

Argininosuccinatosintasi

EC 6.3.4.5

Argininosuccinatosintasi

EC 6.3.4.5

Trasportatoredell'ornitina

Trasportatoredella citrullinaOrnitina

trans carbamilasiEC 2.1.3.3

Malato

Ossalacetato

α-chetoacido

Aminoacido

Carbamilfosfato

Carbamil-fosfatosintasi

EC 6.3.4.16

O2 +

NADPH

H2O +

NADP+

N-ϖ-idrossi-L-arginina

NO.O2 +

0.5 NADPH

H2O +

0.5 NADP+

NO sintasiEC 1.14.13.39

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Ossido d’azoto e NOS (EC 1.14.13.39 )

NH

NH

NH2

NH3+

O

O NH

N

NH2

NH3+

O

O

OH

NH

O

NH2

NH3+

O

O

O2

H2O

NADPHNADP+L-arginina N-ω-idrossi-L-arginina

0.5 NADPH

0.5 NADP+

Ossidazione a due elettroni

Ossidazione a tre elettroni

O2

H2O

L-citrullina

+ NO.

Nitric Oxyde Sinthase


Ossido d’azoto e NOS (EC 1.14.13.39 )

NH

N

NH2

NH3+

O

O

H

NH

N

NH2

NH3+

O

O

OH

NH

O

NH2

NH3+

O

O

Fe3+

Fe2+

NH

N

NH2

NH3+

O

O

OH

Fe2+

OO

Fe2+

OO

NH

N

NH2

NH3+

O

O

O H

O

O

O

O

Fe3+

H2O

NADPHNADP+

L-argininaN-ω-idrossi-L-arginina

0.5 NADPH

0.5 NADP+

Ossidazione a

due elettroni

Ossidazione a tre elettroni

H2O

L-citrullina

+ NO.

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NO sintasi (EC 1.14.13.39)Dominio Ossidoreduttasico

1F20

NADP+ FAD

Dominio eme1FOP EME ARG


Specie reattive del cloro (RCS)

• Radicali

–Cl•

• Non radicaliche

–HOCl acido ipocloroso (ROS)

–NO2Clcloruro di nitrile (RNS)

–Cloramine

–Cl2 cloro

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Mieloperossidasi (EC 1.11.1.7)

• La mieloperossidasi (MP3+) è un enzima perossidasico presente nei granuli dei neutrofili.

• Si ritiene che produca HOCl nei fagosomi.

• Può usare anche altri ioni oltre il cloruro.

MP3+ + H2O2 Comp I

Comp II

Cl-HOCl

MP2+O2

O2.-

O2.-

RH

R.

Br-HOBr

I-HOI

SCN-HOSCN

NO2-HONO2


Mieloperossidasi (EC 1.11.1.7)

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Stabilità dei radicali

RADICALE TEMPO DI

VITA

Radicale idrossido ·OH 10-9 s

Radicale alcossido ·OR 10-6 s

Ossigeno

singoletto

1O2 10-5 s

Anione

perossinitrito ONOO- 0.05-1.0 s

Ossido di azoto ·NO 1-10 s

Radicale perossido ROO· 7 s

Anione

superossido O2·

- 103-104 s


Sorgenti di Radicali

• Endogene:

– Catena respiratoria,

– Fotosintesi,

– Sintesi di

prostaglandine,

– Metabolismo dei

nucleotidi

– Perossisomi,

– Autossidazione,

– Fagocitosi,

– Ossiemoglobina,

– Enzimi ossidativi…

• Esogene:

– Xenobiotici,

– Radiazioni– Ionizzanti (raggi X)

– Non ionizzanti (UV)

– Calore,

– Infezione,

– Iperossia,

– Inquinamento

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Sorgenti di Radicali

• Endogene:

– Catena respiratoria,

– Fotosintesi,

– Sintesi di

prostaglandine,

– Metabolismo dei

nucleotidi

– Perossisomi,

– Autossidazione,

– Fagocitosi,

– Ossiemoglobina,

– Enzimi ossidativi…

• Esogene:

Xenobiotici,

– Radiazioni– Ionizzanti (raggi X)

– Non ionizzanti (UV)

– Calore,

– Infezione,

– Iperossia,

Inquinamento


Invecchiamento

Diminuzione delle difese antiossidanti

UV

Aumento dello stress ossidativo

AUMENTATA PRODUZIONE DI

ROS

Accumulazione dimutazioni del DNA

Stimolazione delle vie di trasduzione del

segnale

Modificazione di proteine

Alterazione della struttura genica

Alterazione dell’attività genica

Alterazione della struttura e della

funzione delle proteine

Perdita della regolazione dell’omeostasi intracellulare ed extracellulare

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Stress ossidativo

Danni al DNA

Attivazione di Poli ADP riboso sintasi

Riduzione diNAD(H)

Inibizione dellasintesi di ATP Danni diretti

alle proteine

Aumento di Ca++

intracellulare

Danni al citoscheletro

Perossidazionelipidica

Aumento di Fe+++, Cu++, eme-proteine liberi

Attivazione diNOS

Formazione di perossinitrito

Alterazione delle membrane

Perossidazione delle membrane

Aumentato danno a DNA,

proteine e lipidi

Rilascio di ioni, eme-proteine perossidi ecc.

Diminuzione eossidazione di GSH


Danni al DNA

• Danni endogeni – ROS prodotti dal metabolismo, portano alla

deaminazione ossidativa

• Danni esogeni da:– Radiazioni: UV (200-400 nm), Raggi X, Raggi

γ– Idrolisi e degradazione termica

– Tossine vegetali

– Composti mutageni di origine antropica (intercalanti)

– Virus

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Tipi di danno

• Ossidazione delle basi: formazione di 8-osso-7,8-diidroguanine (8-oxoG)

• Alchilazione delle basi (in genere metilazione) con formazione di 7-metilguanina, 1-metiladenina, 6-O-Metilguanina

• Idrolisi delle basi (deaminazione,depurinazione e depirimidinazione)

• Formazioni di addotti con IPA e derivati

• Formazione di cross-link tra citosine e timine adiacenti formano dimeri di pirimidina da UV

• Depurinazione da temperatura


• Perdita di basi: il legame glicosidico è labile sotto condizione fisiologiche (formazione di un sito AP).

• Deamminazione ossidativa: i gruppi amminici primari sono a volte instabili e possono venire convertiti in chetoni.

• Metilazione con formazioni di O-metilderivati

O P O

R

O P OH

O

NO

N

OO

NH2

P OH

O

O

OO

OH

H

NO

N

N

O

N

NH2

O

O P O

O

R

Sito AP

R

O P OH

O

NO

N

OO

O

H

O P O

R

NH3

R

O P OH

O

NO

N

OO

NH2

O P O

R

O2

Citidina Uracile

N

NH

N

NNH2

OCH3

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Danni Fisici: Radiazioni Ionizzanti

• Danni diretti: Single Strand Break,Double Strand Break, Mismatched bases.

• Danni indiretti: produzione di ROS.


Danni Fisici: Radiazioni UV

• Stress ossidativo: foto-carcinogenesi e foto-invecchiamento (UV-B)

• Foto-dimerizzazione: formazione di CPD e 6-4PP (UV-C).

O P O

R

O P O

R

O

O NNH

O

O

CH3

P OH

OO

O

OO

N

NO

O

CH3

O P O

R

O P O

R

O

O

P OH

OO

O

OO

N

NO

O

CH3H

N

N

O

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Danni chimici: ROS

• Causano ossidazione delle basi e amplificanodeamminazioni e depurinazioni.

o Un esempio di composto ossidato è OH8dG: causa trasversioni delle basi GC → TA

RO

O

RO

N

N

N

NH

O

NH2

RO

O

RO

N

N

N

NH

O

NH2

O HROS

deossiGuanosina 8-ossi-deossiGuanosina (OH8dG)


Danni chimici: inquinanti Organici

• Genotossici: danno diretto al DNA tramite formazione di addotti (alchilanti in posizioni nucleofile).

N N

NN

NH2

R

N

NH

O

O

CH3

R

N

N

O

NH2

R

N N

NNH

O

NH2

R

Guanina

Adenina Timina

Citosina

OOH

OH

OH

OH

O

OH

OH

OH

NN N

NN

O

H

H

DNA

(+)-7,8-diidro-benzo[a]pirene-7,8-ossidobenzo[a]pirene

(-)-trans-7,8-diidro-benzo[a]pirene-7,8-diolo

(+)-anti-7,8-diidro-benzo[a]pirene-7,8-diol-9,10-ossido

addotto con il DNA

monoossigenasi epossido-idrolasi

monoossigenasi

• Epigenetici: danno indiretto al DNA attraverso stress ossidativo o l’attivazione di composti pericolosi. Es. IPA.

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Riparazione del danno single-strand

• Enzimi di riparazione del danno Single-strand (Uracil-DNA glicosilasi EC 3.2.2.)

• Uso dell’altro strand come templato

• Base excision repair (BER) rimuove il danno da alchilazione, ossidazione, idrolisi, deaminazione. La base danneggiata è rimossa da una DNA glicosidasi. La base mancante è risintetizzata da una DNA polimerasi e reinserita da una DNA ligasi

• Nucleotide excision repair (NER), riconosce distorsioni dell’elica come la formazioni di dimeri di pirimidina

• Mismatch Repair (MMR) corregge errori di replicazione e ricombinazione dovuti a errori nell’accoppiamento delle basi non danneggiate.


Uracil-DNA glicosilasi (EC 3.2.2.X)

• Ripara il danno ossidativo C → U

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Riparazione del danno double-strand

• Non-homologous end joining (NHEJ), microhomology-mediated end joining (MMEJ) e ricombinazione omologa

• L’enzima DNA ligasi ripristina il legame tra nucleotidi con la formazione di un legame estereo tra il fosfato e il nucleotide

• In NHEJ, DNA Ligasi IV, è una DNA ligasi specifica che forma un complesso con una proteina (XRCC4) che è coinvolta nelle interazione con i promotori.


Antiossidanti

• Gli antiossidanti non sono, in genere, dei radicali liberi. Quindi quando un antiossidante agisce si forma un radicale derivato dall’antiossidante.

• Se un radicale libero perde o guadagna un elettrone non è più un radicale libero:

NO• → e- + NO+

NO• + e- → NO-

• La reazione tra specie radicaliche porta alla perdita netta di radicali

O2•- + NO• → ONOO-

• nello specifico lo ione perossinitrito può generare radicale idrossile.

ONOOH → OH• + NO2•

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Acido ascorbico (Vit. C)

O

H

OH O

OH

H

OH

H O

H

H

+

+O

H

OH OH

OH

H

OH


Acido ascorbico (Vit. C)

Published in: Stanislav A. Pshenichnyuk; Alberto Modelli; Eleonora F. Lazneva; Alexei S. Komolov; J. Phys. Chem. A 2016, 120, 2667-2676.DOI: 10.1021/acs.jpca.6b02272Copyright © 2016 American Chemical Society

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A mechanistic study of the reduction of quinones by ascorbic acid


Referenze sul WEB• Vie metaboliche

– KEGG: http://www.genome.ad.jp/kegg/

• Degradazione degli xenobiotici: http://www.genome.ad.jp/kegg/pathway/map/map01196.html

• Struttura delle proteine:

– Protein data bank (Brookhaven): http://www.rcsb.org/pdb/

– Hexpasy

• Expert Protein Analysis System: http://us.expasy.org/sprot/

• Prosite (protein families and domains): http://www.expasy.org/prosite/

• Enzyme (Enzyme nomenclature database): http://www.expasy.org/enzyme/

– Scop (famiglie strutturali): http://scop.berkeley.edu/

• Enzimi:

– Nomenclatura - IUBMB: http://www.chem.qmw.ac.uk/iubmb/

– Proprietà - Brenda: http://www.brenda.uni-koeln.de/

– Expasy (Enzyme nomenclature database): http://www.expasy.org/enzyme/

• Database di biocatalisi e biodegradazione: http://umbbd.ahc.umn.edu/

• Citocromo P450: http://www.icgeb.org/~p450srv/

• Metallotioneine: http://www.unizh.ch/~mtpage/MT.html

• Tossicità degli xenobiotici: Agency for Toxic Substances and Disease Registry http://www.atsdr.cdc.gov

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Crediti e autorizzazioni all’utilizzo• Questo materiale è stato assemblato da informazioni raccolte dai seguenti testi di Biochimica:

– CHAMPE Pamela , HARVEY Richard , FERRIER Denise R. LE BASI DELLA BIOCHIMICA [ISBN 978-8808-17030-9] – Zanichelli

– NELSON David L. , COX Michael M. I PRINCIPI DI BIOCHIMICA DI LEHNINGER - Zanichelli

– GARRETT Reginald H., GRISHAM Charles M. BIOCHIMICA con aspetti molecolari della Biologia cellulare - Zanichelli

– VOET Donald , VOET Judith G , PRATT Charlotte W FONDAMENTI DI BIOCHIMICA [ISBN 978-8808-06879-8] - Zanichelli

• E dalla consultazione di svariate risorse in rete, tra le quali:

– Kegg: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.ad.jp/kegg/

– Brenda: http://www.brenda.uni-koeln.de/

– Protein Data Bank: http://www.rcsb.org/pdb/

– Rensselaer Polytechnic Institute: http://www.rpi.edu/dept/bcbp/molbiochem/MBWeb/mb1/MB1index.html

• Il materiale è stato inoltre rivisto e corretto dalla Prof. Giancarla Orlandini dell’Università di Parma alla quale va il mio sentito ringraziamento.

Questo ed altro materiale può essere reperito a partire da: http://www. gsartor.org/pro

• Il materiale di questa presentazione è di libero uso per didattica e ricerca e può essere usato senza limitazione, purché venga riconosciuto l’autore usando questa frase:

Materiale ottenuto dal Prof. Giorgio Sartor

Università di Bologna

Giorgio SartorUfficiale: [email protected]

Personale: [email protected]

Aggiornato il 12/05/2018 00:47:40

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