Epidemiologia della Epidemiologia della tubercolosi in Toscanatubercolosi in Toscana

Il questionarioIl questionario

La rete dei laboratoriLa rete dei laboratori

Laboratori di I livelloLaboratori di I livello– Invio dei campioni al rispettivo laboratorio di II livello per Invio dei campioni al rispettivo laboratorio di II livello per

l’esecuzione della coltural’esecuzione della coltura Laboratori di II livelloLaboratori di II livello

– Conservazione di tutti i ceppi di Conservazione di tutti i ceppi di M. tuberculosisM. tuberculosis complex complex– Raccolta delle notizie epidemiologicheRaccolta delle notizie epidemiologiche– Invio di ceppi e schede al Laboratorio di III livelloInvio di ceppi e schede al Laboratorio di III livello

Laboratorio di III livelloLaboratorio di III livello– Esecuzione o completamento dell’identificazioneEsecuzione o completamento dell’identificazione– Eventuale esecuzione dell’antibiogrammaEventuale esecuzione dell’antibiogramma– Conservazione dei ceppi Conservazione dei ceppi – Elaborazione dei dati epidemiologici Elaborazione dei dati epidemiologici – Studio dei ceppi a livello molecolare (Univ. Pisa)Studio dei ceppi a livello molecolare (Univ. Pisa)

Gli aderentiGli aderenti

Tutte le Aziende dell’area fiorentinaTutte le Aziende dell’area fiorentina Microbiologia Ospedale di ArezzoMicrobiologia Ospedale di Arezzo Microbiologia Ospedale di GrossetoMicrobiologia Ospedale di Grosseto Microbiologia Ospedale di LuccaMicrobiologia Ospedale di Lucca Microbiologia Università di PisaMicrobiologia Università di Pisa Malattie Infettive Ospedale di PistoiaMalattie Infettive Ospedale di Pistoia Malattie Infettive Ospedale di PratoMalattie Infettive Ospedale di Prato Microbiologia Università di SienaMicrobiologia Università di Siena Microbiologia Ospedale di EmpoliMicrobiologia Ospedale di Empoli

Pazienti per classe di etàPazienti per classe di età

0 10 20 30

fino a 10 a.

11-20 a.

21-30 a.

31-40 a.

41-50 a.

51-60 a.

61-70 a.

oltre 70 a.

Distribuzione in base al Distribuzione in base al sessosesso

43%

57%

Femmine

Maschi

Le resistenze 1Le resistenze 1

0 2 4 6 8

Isoniazide

Pirazinam.

Etambutolo

Rifampicina

Le resistenze 2Le resistenze 2

02468

1012

ISO ETA PIR RIF

I taliani

Stranieri

Sede della malattiaSede della malattia

82%

17% 1%

Polmonare Extra-polmonare Dissemimata

Paese di originePaese di origine

0 10 20 30 40

Cina

Romania

Perù

Marocco

Senegal

Somalia

A lbania

Nigeria

Filippine

Brasile

Pakistan

I ndia

Yugoslavia

Etiopia

Eritrea

Tunisia

Ecuador

Costa d'avorio

Bangladesh

Ukraina

Sri Lanka

59%

41%

Italiani

Stranieri

HIV-statusHIV-status

3% 3%

71%

23%

AIDS HIV-pos HIV-neg non noto

Isolamenti per provinciaIsolamenti per provincia

0 100 200 300

Firenze

Prato

Lucca

Pistoia

Siena

Pisa

Arezzo

Massa Carrara

Livorno

Grosseto

http//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htm

Epidemiologia molecolareEpidemiologia molecolare

Ricerca di marcatori, all’interno del Ricerca di marcatori, all’interno del genoma del microorganismo, dotati di genoma del microorganismo, dotati di specificità di ceppo specificità di ceppo

Permette di ricostruire i flussi Permette di ricostruire i flussi epidemiciepidemici

Permette di raggruppare i ceppi in Permette di raggruppare i ceppi in grandi “famiglie” che riflettono il grandi “famiglie” che riflettono il cammino dell’evoluzionecammino dell’evoluzione

Fingerprinting in base al ISFingerprinting in base al IS61106110

Alcuni pattern RFLPAlcuni pattern RFLP

RFLP: anno 2002RFLP: anno 2002

Ceppi raccolti: 245Ceppi raccolti: 245 Pattern RFLP: 215Pattern RFLP: 215 ClusterCluster

– di 2 ceppi: 19di 2 ceppi: 19– di 3 ceppi: 3di 3 ceppi: 3– di 4 ceppi: 1di 4 ceppi: 1

Nessun focolaio epidemicoNessun focolaio epidemico Tre contaminazioni di laboratorioTre contaminazioni di laboratorio

Il locus DR (direct repeat)Il locus DR (direct repeat)

Da 9 a 50 sequenze ripetute di 36 bp (DR) inframmezzate Da 9 a 50 sequenze ripetute di 36 bp (DR) inframmezzate da sequenze non ripetute di 35-41 bp (spaziatori)da sequenze non ripetute di 35-41 bp (spaziatori)

DRDR DR DR DR DR DR1

1

2

2

4

4

5

5

6

6

H37Rv3

3

1 5 10 15 20 25 30 35 40

1

1

2

2

4

4

5

5

6

6

DR DR DR DR DR DR BCG

spaziatore

DR

Il locus DRIl locus DR

SpoligotypingSpoligotyping

5 10 15 20 25 30 35 40

BCG

H37Rv

X

I ceppi BeijingI ceppi Beijing

I ceppi della famiglia Beijing hanno I ceppi della famiglia Beijing hanno soltanto gli spaziatori 35-43soltanto gli spaziatori 35-43

Individuati 7 ceppi Beijing pari al 3%Individuati 7 ceppi Beijing pari al 3%

H37Rv

Beijing

5 10 15 20 25 30 35 40

I ceppi BeijingI ceppi Beijing

1 5 10 15 20 25 30 35 40

804

836

763

952

669

884

974

I ceppi Beijing toscaniI ceppi Beijing toscani

SSSSSSSSn.t.n.t.PolmonarePolmonare--CineseCinese974974

SSSSSS RRn.t.n.t.PolmonarePolmonare--ItalianoItaliano952952

SSSSSSSSn.t.n.t.ExtrapolmonareExtrapolmonare++ItalianoItaliano884884

SSSSSSSSn.t.n.t.PolmonarePolmonare--CineseCinese836836

SSSSSSSSn.t.n.t.PolmonarePolmonare--CineseCinese804804

SSSSSSSSSSPolmonarePolmonare--CineseCinese763763

SSSSSSSSSSPolmonarePolmonare--CineseCinese669669

PZAPZAETHETHRIFRIFINHINHSTRSTR

Farmaco-resistenzaFarmaco-resistenzaTubercolosiTubercolosiHIVHIV

EtàEtà

SessoSessoPazientePaziente

IsolatoIsolato

No.No.

40/M

27/F

39/F

28/F

34/M

23/F

42/M

RFLP e spoligotypingRFLP e spoligotyping

RFLP: interessa l’intero cromosomaRFLP: interessa l’intero cromosoma– Alto potere discriminanteAlto potere discriminante– Impossibile l’impiego dell’amplificazioneImpossibile l’impiego dell’amplificazione

Spoligotyping: interessa una porzione Spoligotyping: interessa una porzione limitata de genomalimitata de genoma– Ceppi diversi possono avere identico spoligotipo Ceppi diversi possono avere identico spoligotipo – Possibilità di ricorso all’amplificazionePossibilità di ricorso all’amplificazione

Possibile compromesso: esecuzione dello Possibile compromesso: esecuzione dello spoligotyping su tutti i ceppi e spoligotyping su tutti i ceppi e approfondimento mediante RFLP su quelli approfondimento mediante RFLP su quelli risultati identici o “interessanti”risultati identici o “interessanti”

Raccomandazioni finaliRaccomandazioni finali

Centralizzazione dell’esame colturale Centralizzazione dell’esame colturale nei Laboratori di II livellonei Laboratori di II livello

Coinvolgimento dei Laboratori che non Coinvolgimento dei Laboratori che non hanno ancora aderito allo studio hanno ancora aderito allo studio epidemiologicoepidemiologico

Esecuzione dell’antibiogramma su Esecuzione dell’antibiogramma su tutti i nuovi isolatitutti i nuovi isolati