DNA - sititriveneto.itAgaro.pdf · presenza di geni di suscettibilità” (Spilberg et al. J Clin...

1

ATTUALITÀ NELL’APPROCCIO ALLA GESTIONE E AL CONTROLLO DELLE

MALATTIE INFETTIVEROVIGO, 1 dicembre 2006

Applicazione delle nuove metodologie allaricerca epidemiologica

Prof. Pierlanfranco D’AgaroDipartimento Scienze di Medicina Pubblica

UCO Igiene e Medicina PreventivaUniversità degli Studi di Trieste

1953 - WATSON JD, CRICK FH, Molecular structure of nucleic acids; a structure for deoxyribose nucleic acid. Nature; 171:737-8.

DNA

2

1975 - Southern EM. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis. J Mol Biol.; 98:503-17.

Southern blot

1977 - Sanger F, Nicklen S, Coulson AR. DNA sequencing withchain-terminatinginhibitors.Proc Natl Acad Sci U S A,74: 5463-7.

Sequenziamento

1977 - Maxam AM, Gilbert W A New Method forSequencing DNA.Proc Natl Acad Sci U S A, 74: 560-664 .

3

1988 – Saiki RK, Gelfand DH, Stoffel S, Scharf SJ, et al. Primer directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase Science; 239: 487-91

PCR

La rivoluzione della PCR• Ricerca di segnali genetici di agenti non coltivabili • Aumentata importanza delle tecniche dirette• Semplificazione delle tecniche quantitative• Riduzione dei tempi delle indagini di laboratorio• Semplificazione delle tecniche di caratterizzazione

molecolare– Ibridazione– Sequenziamento

• Eliminazione/riduzione di tecniche che richiedono l’uso di sostanze radioattive (Southern blot, dotblot, sequenziamento, ecc.)

4

Agenti non coltivabili o di difficile isolamento

• HIV• HCV• HBV• HPV• JCV-BKV• SARS CoV• HHV6• CMV

• Chlamydia trachomatis• Chlamydia pneumoniae• Mycobacterium tuberculosis• Pneumocystis carinii• Rickettsia sp.• Borrelia sp.• Toxoplasma gondii

La rivoluzione della PCR• Ricerca di segnali genetici di agenti non coltivabili • Aumentata importanza delle tecniche dirette• Semplificazione delle tecniche quantitative• Riduzione dei tempi delle indagini di laboratorio• Eliminazione/riduzione di tecniche che richiedono

l’uso di sostanze radioattive (Southern blot, dotblot, sequenziamento, ecc.)

• Semplificazione delle tecniche di caratterizzazione molecolare– Ibridazione– Sequenziamento

5

Numero di sequenze di HA di virus influenzali (umani) di tipo A per anno di isolamento disponibili nel Influenza Sequence

Database

0100

200300400

500600

700800

1916

1924

1932

1940

1948

1956

1964

1972

1980

1988

1996

2004

year

Nr. s

eque

nces

Nr. Sequences

1996 – Gibson UE, Heid CA, Williams PM. A novel method for real time quantitative RT-PCR.Genome Res. 1996; 6: 995-1001.

Real TimePCR

6

Real Time PCR

• Ulteriore semplificazione delle tecniche quantitative

• Ulteriore riduzione dei tempi delle indagini di laboratorio

• Semplificazione degli studi di espressione genica

1991- Fodor SP, Read J, Pirrung MC, Stryer L, Lu AT, Solas D. Light-directed, spatially adressable parallel chemical synthesis. Science, 251: 767-731995 - Schena M, Shalon D, Davis RW, Brown PO. Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray. Science; 270: 467-70.

Microarrays•Studi di espressione•Identificazione/ tipizzazione di agenti•Ricerca di marcatori di farmacoresistenza

7

Applicazioni

• Epidemiologia molecolare

• Sorveglianza epidemiologica

8

Epidemiologia Molecolare

• Epidemiologia del cancro• Epidemiologia ambientale• Epidemiologia delle malattie infettive

EPIDEMIOLOGIA MOLECOLARE

• “L’applicazione di tecniche molecolari per descrivere le malattie e le condizioni pre-cliniche, per quantificare l’esposizione e i suoi effetti biologici e per identificare la presenza di geni di suscettibilità” (Spilberget al. J Clin Epidemiol, 1997, 50: 633-638)

METODOLOGIAEPIDEMIOLOGICA

BIOLOGIAMOLECOLARE

9

Epidemiologia molecolare dei tumori

Chen Y-C, Hunter DJ, CA Cancer J Clin, 2005, 55: 45-54Perera FP, Weinstein IP, Carcinogenesis, 2000, 21:517-524

EPIDEMIOLOGIA MOLECOLARE DELLE MALATTIE INFETTIVE

• “Identifica gli agenti responsabili di malattie infettive e determina la loro sorgente, le loro relazioni biologiche, le vie di trasmissione , i geni responsabili per la loro virulenza, gli antigeni rilevanti per la profilassi vaccinale, i fenomeni di resistenza ai farmaci.” (Levin BR et al, Science, 1999, 283: 806-9)

• “L’applicazione della biologia molecolare allo studio dell’epidemiologia delle malattie infettive.”(Tompkins LS, in Molecular genetics of bacterialpathogenesis, ASM, 1994: 63-73)

10

APPROCCIO MOLECOLARE: APPLICAZIONI NELL’EPIDEMIOLOGIA DELLE MALATTIE INFETTIVE

Sorveglianza epidemiologica - controllo delle malattie emergenti e ri-emergenti

• Caratterizzazione, Rilevamento, Diagnosi• Sorveglianza di eventi epidemici• Sorveglianza al fine di valutare i programmi di intervento

Epidemiologia molecolare• Ricerca delle origini• Studio dell’ecologia dell’agente infettivo• Studio delle vie di trasmissione e dell’interazione ospite/agente


• Caratterizzazione, Rilevamento, Diagnosi• Sorveglianza di eventi epidemici• Sorveglianza al fine di valutare i programmi

di intervento

11

L’ESEMPIO DELL’INFLUENZAEpidemia

Sorveglianza virologica

Caratterizzazione molecolare/antigenica

Individuazione nuove varianti

Vaccino

Rischio pandemicoSorveglianza virologica

attiva

Rapida identificazione dei casi

Contenimento della diffusione

2004

-05

Influenza – stagione 2004/05 - epidemiologia

Fig. 1 - ILI incidence in the Friuli Venezia Giulia region in the years 1999-2005

0

2

4

6

8

10

12

14

16

18

42 45 48 51 2 5 8 11 14 17 20 23

week

inci

denc

e x

1000 1999-00

2000-012001-022002-032003-042004-05

• Elevata incidenza di ILI (picco >1,6%)• Interessamento anche di adulti e anziani

Fig. 2 - Age specific ILI incidence in the 2004-05 epidemic season

05

101520

2530354045

2004-42

2004-45

2004-48

2004-51

2005-01

2005-04

2005-07

2005-10

2005-13

2005-16

2005-19

2005-22

2005-25

2005-28

2005-31year-week

inci

denc

e x

1000

0-45-1415-65> 65

12

2004

-05

Influenza – stagione 2004/05 – caratterizzazione

0

5

10

15

20

25

2004

/44

2004

/46

2004

/48

2004

/50

2004

/52

2005

/02

2005

/04

2005

/06

2005

/08

2005

/10

2005

/12

2005

/14

Year/week

Influ

enza

pos

itive

sam

ples

(num

ber)

0

2

4

6

8

10

12

14

16

18

ILI i

ncid

ence

(x 1

.000

)

A H3BA H1 Incidence ILI ‰

• Circolazione di virus di tipo A(H3) e B

Trieste4605 Trieste5005Trieste5805

Trieste6205Trieste6705Trieste6405Trieste2305

Trieste3405Trieste2605


Trieste6105Trieste4005Trieste4805Trieste2705Trieste2905

California704Trieste5405


Trieste3505Trieste5105Trieste1005




Trieste6505Wellington0104







Trieste0504Christchurch2803


Trieste2603Wyoming0303


Fujian41102Trieste0203



Trieste0603Panama200799

Moscow1099ASydney597

0.005

K145N

Y159FS227P

S189N

2004

-05

Influenza – stagione 2004/05

Composizione del vaccino:– A/New Caledonia/20/99(H1N1)-like– A/Fujian/411/2002(H3N2)-like– B/Shanghai/361/2002-like

Ceppi circolanti:– A/California/7/04–B/Teheran/80/02

Trieste0305 (n. 1)Jiangsu1003


Trieste402Trieste0805 (n. 2)Trieste1805 (n. 1)

Shanghai36102Hongkong54700

Harbin794Trieste902Trieste2402

Trieste702Trieste2302Trieste1402Trieste1702


Sichuan37900Beijing18493

Yamagata1688Victoria287


Hongkong33501Shangdon797

Teheran8002Trieste0103Brisbane3202

Trieste0203Trieste1005 (n. 1

Trieste0105 (n. 21)Trieste2205 (n. 1)

0.01

Phylogenetic tree of the HA1 sequences of Influenza B viruses isolated in Friuli

Venezia Giulia in the period2002-2005

13

• 5-30 gennaio 2006: segnalati in Turchia 12 casi di influenza H5N1con 4 morti

• 15 gennaio - 2 febbraio 2006: tre casi di ILI in camionisti turchi sbarcati da un traghetto a Trieste

Influenza – stagione 2005/06

Esclusione di Influenza AviariaH5, H7 e H9 in meno di 8 ore mediante Real Time PCR e conferma dopo 24 ore mediante block PCR

Identificazione in due casi di influenza A H3 mediante Real Time PCR e block PCR

SARS• 28/04/2003: bambina cinese da sei giorni in

Italia, proveniente dalla Cina centrale, viene visitata in PS per febbre, sintomi respiratori

• rX Polmonite interstiziale • Definizione di “caso probabile” e ricovero

in Malattie infettive

14

Approccio diagnostico

• Isolamento in coltura• Test rapidi• Test molecolari• Sierologia

Ricerca altri agenti• Influenza A e B• Parainfluenza 1-4• Adenovirus• CMV• RSV• Metapneumovirus• Chlamydia pneum.• Mycoplasma pneum.• Legionella pneum.• altri

Ricerca del SARS-CoV

SARS

• Esclusione di SARS Coronavirus– Negatività Real time PCR e RT-PCR– Negatività coltura– Negatività sierologica

• Diagnosi di Parainfluenza 3– Diagnosi molecolare: RT-PCR– Isolamento in coltura LLC-Mk2– Sieroconversione

15



di intervento

01.07.2006

01.01.2006

01.07.2005

01.01.2005

01.07.2004

01.01.2004

01.07.2003

01.01.2003

01.07.2002

01.01.2002

01.07.2001

01.01.2001

01.07.2000

01.01.2000

40

35

30

25

20

15

10

50

Casi

di ep

atite

A no

tifica

ti al S

IMI/m

ese

Incidenza di Epatite A in Liguria: casi notificati(OERMI, 2006)

Giugno 2005: 2 casiLuglio: 29 casiAgosto: 16 casiSettembre: 5 casi

65 0-140-14 anni15-24 anni

25-64 anni

>64 anni

Ansaldi F. et al.

16

20 virus Cluster epidemico Luglio-Settembre 20051a-it-bar00-Puglia200001

1a-it-sch00-Puglia2000011a-neth-adam055-omosex1

1a-it-mull00-Puglia2000011a-it-carina-l07708

1a-it-bia01-Puglia200001tun-31-03-dq380524

tun-148-03-ay875650tun-216-04-ay875668

it-DR-8-20051a-neth-adam121-frommoroccoit-PG-5-2006

1a-urug-uru3-aj437166delet1a-urug-uru6-ajaj309232

1a-chile-chile5-aj3063761a-chile-chile11-aj30638111a-thay-ay352221-EpBangkok1a-neth-adam071-omosex4it-LM-7-20061a-it-sib01-Puglia200001

1a-thay-ay352225-EpBangkok1a-nig-tk002-l20553

1a-thay-l07720-Bangkok19871a-chi-l7715-1985

it-DV-6-20051a-it-zam01-Puglia200001

1a-cub-cu26-aj2455231a-neth-adam069-omosex3it-MB-4-2006

it-CD-4-2006it-VA-4-2006

1a-it-bon00-Puglia2000011a-neth-cluster amsterdam MSM1a-usa-l07679-1990

1a-mex-mex1-l076851a-usa-ca86-l076781a-bra-rdj-l07681

1a-swiz-kmv1-l07692it-AS-6-2006

1a-bra-braz88-l076861a-urug-uru13-aj309229it-FR-5-2006it-RD-10-2005it-MP-10-2005

1b-it-lom-ay294049-EpBari20021b-ned-brab27fromturkey

1b-ned-brab16epidned1b-ned-brab25fromturkey

1b-mbb-m20273 it-IZ-10-20061b-ned-brab26frommarrocco

1b-nedbrab106fromarroccoit-MA-4-2006

89

53

5253

67

54

50

8253

89

59

5671

56

6374

91

1

Epatite A in Liguria 2005-2006

Giu-Settembre 2005Ottobre 2005Aprile 2006Maggio-Luglio 2006Ottobre 2006 Ansaldi F. et al.

Quale è la provenienza del virus “epidemico” ?E’ un’epidemia da fonte comune?

01.07.2006

01.01.2006

01.07.2005

40

35

30

25

20

15

10

50

Casi

di ep

atite

A no

tifica

ti al S

IMI/m

ese

20 virus Cluster epidemico Luglio-Settembre 20051a-it-bar00-Puglia200001

1a-it-sch00-Puglia2000011a-neth-adam055-omosex1

1a-it-mull00-Puglia2000011a-it-carina-l07708

1a-it-bia01-Puglia200001tun-31-03-dq380524

tun-148-03-ay875650tun-216-04-ay875668

it-DR-8-2005 Nord Africa1a-neth-adam121-frommoroccoit-PG-5-2006

1a-urug-uru3-aj437166delet1a-urug-uru6-ajaj309232

1a-chile-chile5-aj3063761a-chile-chile11-aj30638111a-thay-ay352221-EpBangkok1a-neth-adam071-omosex4it-LM-7-20061a-it-sib01-Puglia200001

1a-thay-ay352225-EpBangkok1a-nig-tk002-l20553

1a-thay-l07720-Bangkok19871a-chi-l7715-1985

it-DV-6-2005 Viaggio S-E Asia

89

53

5253

67

54

59

Ansaldi F. et al.

17



di intervento

GENOTIPIZZAZIONE MORBILLO

• Nei paesi con morbillo ancora endemico:il maggior numero dei casi è dovuta a uno o pochi genotipi circolanti con una discreta variabilitàintra-genotipo

• Nei paesi che hanno eliminato il morbillo o lo stanno eliminando:i pochi casi sono dovuti a genotipi diversi con minima variabilità intra-genotipo

• I genotipi hanno una distribuzione geografica caratteristica che consente di individuare i casi importati

• Tutti i ceppi vaccinali sono di tipo A

18

DQ779218.1MVs.Tetouane.MOR/31.04/2

DQ267520.1 gA MVi.Lyon.FRA/20.04/2

AY523577.1 gA MVs/Minsk.BLR/11.03/1

AF266288 gA Edmonston

AF504045.1 MVs/Belfast1.UNK/1956-SSPE

DQ267524.1 gB2 MVi.Libreville.GAB/84(...

DQ267521.1 gB3.1 MVi.Caen.FRA/04

DQ665363.1 gB3 MVs/Stuttgart.DEU/04.06

AF410989.1 gE MVi/Montreal.CAN/11.87

AF410987.1 gC1 MVi/Montreal.CAN/5.79

DQ267531.1 gC2 MVi/Temara.MOR/24.03/1

DQ398079.1 gG3 MVs/Victoria.AU/28.04

AY055851.1 MVs/Vic.AU/47.99

AF481494.1 gG2 MVs/Victoria.AU/26.00

AY160181.1 gH1 MVs/Halifax.CAN/51.00

AY523579.1 gD6 MVs/Minsk.BLR/11.03/3

MVi/FVG.ITA/08.05/1

AY738086.1 gD5 MVs/Taichung.TWN/45.03

AY160183.1 gD3 MVi/Vancouver.CAN/45.01

DQ099555.1 gD4 MVi/Pudukkottai.IND/38.03

GrossetoITA-a205-06

AB186908.1 D9 MVs/Yamagata.Jpn/7.04/2

AF280804 UK160/94

AY841168.1 gD8 MVS.Nilwande.IND/10.04

d7GenoaITA-7-03

DQ190373.1 gD7 MVs/Dundee.UNK/82

0.01

Caso di morbillo

(05/02/2005) in pz di 52aa

madre di pz di 33aa

ammalatosi il 29/01/2005 al ritorno di un viaggio in Tailandia

Distribuzione geografica dei genotipi

VietnamH2Cina, CoreaH1Timor Est, Indonesiag3 n.g.Indonesia, MalesiaG2Indonesia, Venezuelad9 n.g.Etiopia, Nepal, IndiaD8Germania, SpagnaD7Russia, Brasile, Argentina, Bolivia, Ita, Tur, Ger, Pol, SpaD6Giappone, TailandiaD5India, Pakistan, Iran, Kenia, Russia, Etiopia, Sud AfricaD4Giappone, Taiwan, FilippineD3Sud africa, ZambiaD2

Marocco, Europa occidentale, Repubblica CecaC2Africa centrale e occidentaleB3

Paesi con morbillo endemico o identificati come sorgentegenotipo

19

LA POLIOMIELITE

• L’avvento avverso di maggior importanza associato all’OPV è la paralisi flaccida vaccino associata (VAPP)Incidenza: 1/2.400.000 dosi; 1/750.000 prime dosi

• Ricerca dei marcatori di attenuazione e di neurovirulenza

• Sorveglianza della circolazione dei virus vaccinali e dei Poliovirus derivati da Vaccino (VDPV)

Casi di poliomielite in Italia

0100020003000400050006000700080009000

1950

1954

1958

1962

1966

1970

1974

1978

1982

1986

1990

1994

1998

anno

casi casi

Vaccino orale attenuato

20

Polio in Italia: 1981-2001

16 casi:• Un caso di importazione dalla Libia• Due dall’Arabia Saudita• Uno dall’Iran• Dodici casi di VAPP (con i tipi 2 o 3)

OPVDifferenze tra ceppo selvaggio e vaccinale

• Tipo 1: 56 nucleotidi (480 nella regione 5’ terminale, 65 nel gene VP4, 225 nel VP3, 134 nel VP1)

• Tipo 2: 23 nucleotidi (481 nella regione 5’ terminale, nel 2908 VP1)

• Tipo 3: 10 nucleotidi (2-3 critici) (472 nella regione 5’terminale, 2034 nel VP3)

• 480, 481 e 472 si trovano nella regione corrispondente a IRES (Internal Ribosome Entry Site), elemento cruciale per avviare la traduzione virus-specifica

21

VDPV• Isolati che presentano una divergenza

nucleotidica superiore o uguale all’1% rispetto ai ceppi vaccinali per VP1:– Eliminati da soggetti con immunodeficienza

congenita che diventano portatori cronici dopo esposizione al vaccini OPV (rari).

– Emergenti e circolanti in comunità con bassi livelli di immunizzazione

– Originati da processi di ricombinazione tra ceppi vaccinali e virus selvaggi (anche enterovirus non polio)

cVDPV

Type 2 1988-9330 cases




Type 2 2002

5 cases

Type 1 2001

3 cases

22

Sorveglianza virologica

• Classificazione degli isolati:– Poliovirus selvaggi, ceppi importati– OPV (VAPP)– cVDPV

“Epidemiologia molecolare”

• Ricerca delle origini• Studio dell’ecologia dell’agente infettivo• Studio delle vie di trasmissione e

dell’interazione ospite/agente

23

Classificazione HIV-1

• Due tipi: HIV 1 e 2• Tre gruppi HIV1

– M (Major)– O (Outlier)– N (non M non O)

• Nove sottotipi M (A, B, C, D, F, G. H, J, K)

• Ricombinanti inter sottotipo– Almeno 21 Circulating

Recombinant Forms (CRF)– numerosi Unique Recombinant

Forms (URF)

MN

O

Prevalenza globale e distribuzione

• Il sottotipo C è responsabile di circa il 50% delle infezioni da HIV-1 nel mondo

• I virus con la prevalenza più alta appartengono ai sottotipi A, B, C, D, and CRF01_AE, CRF02_AG

• Molte epidemie regionali sono caratterizzate da una miscela di sottotipi mentre altre sono dominate da un solo sottotipo o CRF.

• I pattern epidemiologici regionali sono diversi, complessi e dinamici.

24

Source: Los Alamos National Laboratory

Distribuzione dei sottotipi HIV-1

Analisi della sequenza 7918

BootstrapAlbero filogenetico

DCD83NDKDCD83ELI

DCD8484ZR085

BUS83RF

BUS90WEAU160

BUS86JRFL

F2CM95MP257F2C

M195M

P255

F1F

R96M

P411

F1B

E93

VI850

HC

F90

90C

F05

6

HBE

93V

I997

HBE193VI991

CBW9696BW

0502

CET86ETH2220

CBR9292BR025

A2CY9494CY01741

A2CD9797CDKTB48

A1UG9292UG037A1UG85U455

GNG9292NG083

GBE96DRCBL

GFI93H

H8793121

5734

KC

M96M

P535

KCD97EQ

TB11C

JSE94SE7022

JSE93SE7887

0.01

25




PREVALENZA DI BORRELIA b. PER SITO

PREVALENZA ELEVATA (>30%)PREVALENZA INTERMEDIA (15-30%)PREVALENZA BASSA (<15%)

13%8Chiaranda

38%16Amaro

20%10Paluzza

-2Paularo

31%13Imponzo

25%8Enemonzo

30%30Roveredo

30%33Pontebba

11%36Forni di S.

19%129Raccolana

7%14Ovaro

41%22Montenars

%Ninfe+Adsede

26

Albero filogeneticocostruito con

sequenze del gene Fla di BorreliaBurgdorferi s.l.

L42876 B. burgdorferi Austria 1995

L42881 B. burgdorferi Austria 1995

borr 5-1-2-2

borr 19-6-2-3 (n. 3)

DQ490970 B. garinii Slovacchia 2006

borr 18-16-2-41

borr 5-13-2-1

DQ650331 B. garinii Polonia 2006

borr 5-12-3-1 (n. 4)

borr 11-5-3-1

DQ016621 B. garinii Polonia 2005

DQ111032 B. garinii Francia 2005

X75203 B.garinii Svezia 1993

borr 5-13-2-5

borr 18-16-2-45 (n. 2)

B. Garinii

71%

AY270021 B. burgdorferi Grecia 2003

borr 3-8-3-6 (n. 8)

DQ111037 B. valaisiana Francia 2006

borr 14-14-2-19

DQ016624 B. valaisiana Polonia 2005

B. Valaisiana

9%

borr 15-14-2-6

DQ016620 B. burgdorferi Polonia 2005

AF386506 B burgdorferi Francia 2001

borr 3-8-3-1 (n. 2)

AB189460 B.burgdorferi Serbia 2004

borr 18-17-3-2F

AF127531 B.burgdorferi Svizzera 1999

AF386505 B. burgdorferi Francia 2001

B. burgdorferisensu stricto

4%

DQ111033 B. afzelii Francia 2006

X69597 B.burgdorferi Germania 1993

borr 1-1-2-1 (n. 63)

AB253530 B. afzelii Slovacchia 2006

AB189459 B. afzelii Serbia 2004

DQ016619 B. afzelii Polonia 2005

borr 11-1-2-5

AB091808 B. afzelii Turchia 2002

AB178780 B. afzelii Russia 2004

borr 5-5-2-1 (n. 2)

borr 11-1-2-3

B. Afzelii

16%

0.01

• classificazione di agenti di difficile isolamento

• Distribuzione delle specie circolanti

• Confronto con ceppi di aree vicine

Austria U27491

Rep Ceca DQ153877

Lituania DQ112086 LithT413

Lituania DQ112090 LithT250

Finlandia AJ298322 Gaeta

Finlandia AJ298321 Kumlinge

Finlandia AJ298323 Isosaari

FVG 21-3-3-3Austria U27495 Neudoerfl

FVG 12-4-2-1Austria U39292 Hypr

Svezia AY601108 Toro

Sottotipo Europeo

Y07863 Louping-ill

Cina AY182009 Senzhang

Cina AY217093 MDJ-01

Russia DQ862460 Glybinnoe

Giappone AB062064

Giappone AB062064 Sofjin-HO

Sottotipo Asiatico

Russia AF527415 Zausaev

Russia DQ486861 EK-328

Finlandia DQ451299 Kokkola-9




Sottotipo siberiano

AY323489 Omsk-hemorrhagic-fever Bogolubovka

0.02

Albero filogenetico costruito con sequenze del gene NS5 di TBE

27

Prevalenza di Borrelia b., Rickettsia sp. e TBE nel biennio 2005-06 (2006: dati preliminari)

0.33%3000.25%397TBE

5.8%2406.5%397RICKETTSIA sp.

12.1%24024%397BORRELIA b.

% POSN°% POSN°

20062005




28

CURVA EPIDEMICA RIFERITA A 23 CASI DI HCV VERIFICATISI IN PZ DIALIZZATI NEL PERIODO MAGGIO ‘96 - APRILE ‘97

Pari/MattinaDispari/MattinaDispari/ PomeriggioPari/Pomeriggio

MAG GIU LUG AGO SET OTT NOV DIC GEN FEB MAR APR

Turni di dialisi:(il numero indica la stanza)

41°2°211335

5222213

2

4

2

2

4

5

55

• 23 sieroconversioni: sequenziati: 12• 14 soggetti positivi al 5/96: sequenziati: 14• Sequenziamento della regione 5’UTR

– Genotipo 1b: 6 pre e 7 SC– Genotipo 2a/c: 6 pre e 4 SC– Genotipo 4c-d: 1 pre e 1 SC– Genotipo 1b*: 1 pre

• Turno Dispari/Pomeriggio: 4 seq

Ansaldi F. et al.

STANZA 1 STANZA 2 STANZA 3 STANZA 4 STANZA 5

2a/c 9 acces 1b Paz. 2

1b Paz. 15 1b Paz. 16

4cd, Paz.17

2a/c 9 acces 2a/c 9 acces

1b Paz. 5 1b BE113 4cd,Paz. 7 1b Paz. 18

2a/c 9 access

CEPPI ISOLATI NEI PAZIENTI DEL TURNO DISPARI/POMERIGGIO

LEGENDA: in grassetto e corsivo le varianti isolate nei pazientisieroconvertiti nel corso dell’epidemia, in stile normale le varianti dei soggetti già anti-HCV positivi nel maggio ‘96

Ansaldi F. et al.

29

Conclusioni• Le nuove tecniche molecolari forniscono un supporto

straordinario allo studio dell’epidemiologia delle malattie infettive:– Investigazione epidemica– Sorveglianza epidemiologica– Valutazione del rischio infettivo ambientale

• Sono tecniche caratterizzate da elevata sensibilità e presentano rischi elevati di contaminazione– Devono essere effettuate in strutture controllate da personale

esperto nella esecuzione delle stesse e nella interpretazione dei risultati

UCO Igiene e Medicina Preventiva Università degli Studi di Trieste

Dir. Prof. Cesare CampelloLaboratorio di Virologia

• Dal Molin G.• Comar M.• Biagi C.• Petronio F.• Samar E. • Rossi T.• Santon D.• Martinelli E.

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