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ATTUALITÀ NELL’APPROCCIO ALLA GESTIONE E AL CONTROLLO DELLE
MALATTIE INFETTIVEROVIGO, 1 dicembre 2006
Applicazione delle nuove metodologie allaricerca epidemiologica
Prof. Pierlanfranco D’AgaroDipartimento Scienze di Medicina Pubblica
UCO Igiene e Medicina PreventivaUniversità degli Studi di Trieste
1953 - WATSON JD, CRICK FH, Molecular structure of nucleic acids; a structure for deoxyribose nucleic acid. Nature; 171:737-8.
DNA
2
1975 - Southern EM. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis. J Mol Biol.; 98:503-17.
Southern blot
1977 - Sanger F, Nicklen S, Coulson AR. DNA sequencing withchain-terminatinginhibitors.Proc Natl Acad Sci U S A,74: 5463-7.
Sequenziamento
1977 - Maxam AM, Gilbert W A New Method forSequencing DNA.Proc Natl Acad Sci U S A, 74: 560-664 .
3
1988 – Saiki RK, Gelfand DH, Stoffel S, Scharf SJ, et al. Primer directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase Science; 239: 487-91
PCR
La rivoluzione della PCR• Ricerca di segnali genetici di agenti non coltivabili • Aumentata importanza delle tecniche dirette• Semplificazione delle tecniche quantitative• Riduzione dei tempi delle indagini di laboratorio• Semplificazione delle tecniche di caratterizzazione
molecolare– Ibridazione– Sequenziamento
• Eliminazione/riduzione di tecniche che richiedono l’uso di sostanze radioattive (Southern blot, dotblot, sequenziamento, ecc.)
4
Agenti non coltivabili o di difficile isolamento
• HIV• HCV• HBV• HPV• JCV-BKV• SARS CoV• HHV6• CMV
• Chlamydia trachomatis• Chlamydia pneumoniae• Mycobacterium tuberculosis• Pneumocystis carinii• Rickettsia sp.• Borrelia sp.• Toxoplasma gondii
La rivoluzione della PCR• Ricerca di segnali genetici di agenti non coltivabili • Aumentata importanza delle tecniche dirette• Semplificazione delle tecniche quantitative• Riduzione dei tempi delle indagini di laboratorio• Eliminazione/riduzione di tecniche che richiedono
l’uso di sostanze radioattive (Southern blot, dotblot, sequenziamento, ecc.)
• Semplificazione delle tecniche di caratterizzazione molecolare– Ibridazione– Sequenziamento
5
Numero di sequenze di HA di virus influenzali (umani) di tipo A per anno di isolamento disponibili nel Influenza Sequence
Database
0100
200300400
500600
700800
1916
1924
1932
1940
1948
1956
1964
1972
1980
1988
1996
2004
year
Nr. s
eque
nces
Nr. Sequences
1996 – Gibson UE, Heid CA, Williams PM. A novel method for real time quantitative RT-PCR.Genome Res. 1996; 6: 995-1001.
Real TimePCR
6
Real Time PCR
• Ulteriore semplificazione delle tecniche quantitative
• Ulteriore riduzione dei tempi delle indagini di laboratorio
• Semplificazione degli studi di espressione genica
1991- Fodor SP, Read J, Pirrung MC, Stryer L, Lu AT, Solas D. Light-directed, spatially adressable parallel chemical synthesis. Science, 251: 767-731995 - Schena M, Shalon D, Davis RW, Brown PO. Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray. Science; 270: 467-70.
Microarrays•Studi di espressione•Identificazione/ tipizzazione di agenti•Ricerca di marcatori di farmacoresistenza
7
Applicazioni
• Epidemiologia molecolare
• Sorveglianza epidemiologica
8
Epidemiologia Molecolare
• Epidemiologia del cancro• Epidemiologia ambientale• Epidemiologia delle malattie infettive
EPIDEMIOLOGIA MOLECOLARE
• “L’applicazione di tecniche molecolari per descrivere le malattie e le condizioni pre-cliniche, per quantificare l’esposizione e i suoi effetti biologici e per identificare la presenza di geni di suscettibilità” (Spilberget al. J Clin Epidemiol, 1997, 50: 633-638)
METODOLOGIAEPIDEMIOLOGICA
BIOLOGIAMOLECOLARE
9
Epidemiologia molecolare dei tumori
Chen Y-C, Hunter DJ, CA Cancer J Clin, 2005, 55: 45-54Perera FP, Weinstein IP, Carcinogenesis, 2000, 21:517-524
EPIDEMIOLOGIA MOLECOLARE DELLE MALATTIE INFETTIVE
• “Identifica gli agenti responsabili di malattie infettive e determina la loro sorgente, le loro relazioni biologiche, le vie di trasmissione , i geni responsabili per la loro virulenza, gli antigeni rilevanti per la profilassi vaccinale, i fenomeni di resistenza ai farmaci.” (Levin BR et al, Science, 1999, 283: 806-9)
• “L’applicazione della biologia molecolare allo studio dell’epidemiologia delle malattie infettive.”(Tompkins LS, in Molecular genetics of bacterialpathogenesis, ASM, 1994: 63-73)
10
APPROCCIO MOLECOLARE: APPLICAZIONI NELL’EPIDEMIOLOGIA DELLE MALATTIE INFETTIVE
Sorveglianza epidemiologica - controllo delle malattie emergenti e ri-emergenti
• Caratterizzazione, Rilevamento, Diagnosi• Sorveglianza di eventi epidemici• Sorveglianza al fine di valutare i programmi di intervento
Epidemiologia molecolare• Ricerca delle origini• Studio dell’ecologia dell’agente infettivo• Studio delle vie di trasmissione e dell’interazione ospite/agente
Sorveglianza epidemiologica - controllo delle malattie emergenti e ri-emergenti
• Caratterizzazione, Rilevamento, Diagnosi• Sorveglianza di eventi epidemici• Sorveglianza al fine di valutare i programmi
di intervento
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L’ESEMPIO DELL’INFLUENZAEpidemia
Sorveglianza virologica
Caratterizzazione molecolare/antigenica
Individuazione nuove varianti
Vaccino
Rischio pandemicoSorveglianza virologica
attiva
Rapida identificazione dei casi
Contenimento della diffusione
2004
-05
Influenza – stagione 2004/05 - epidemiologia
Fig. 1 - ILI incidence in the Friuli Venezia Giulia region in the years 1999-2005
0
2
4
6
8
10
12
14
16
18
42 45 48 51 2 5 8 11 14 17 20 23
week
inci
denc
e x
1000 1999-00
2000-012001-022002-032003-042004-05
• Elevata incidenza di ILI (picco >1,6%)• Interessamento anche di adulti e anziani
Fig. 2 - Age specific ILI incidence in the 2004-05 epidemic season
05
101520
2530354045
2004-42
2004-45
2004-48
2004-51
2005-01
2005-04
2005-07
2005-10
2005-13
2005-16
2005-19
2005-22
2005-25
2005-28
2005-31year-week
inci
denc
e x
1000
0-45-1415-65> 65
12
2004
-05
Influenza – stagione 2004/05 – caratterizzazione
0
5
10
15
20
25
2004
/44
2004
/46
2004
/48
2004
/50
2004
/52
2005
/02
2005
/04
2005
/06
2005
/08
2005
/10
2005
/12
2005
/14
Year/week
Influ
enza
pos
itive
sam
ples
(num
ber)
0
2
4
6
8
10
12
14
16
18
ILI i
ncid
ence
(x 1
.000
)
A H3BA H1 Incidence ILI ‰
• Circolazione di virus di tipo A(H3) e B
Trieste4605 Trieste5005Trieste5805
Trieste6205Trieste6705Trieste6405Trieste2305
Trieste3405Trieste2605
Trieste0505Trieste0805
Trieste6105Trieste4005Trieste4805Trieste2705Trieste2905
California704Trieste5405
Trieste3105Trieste4405
Trieste3505Trieste5105Trieste1005
Trieste3705Trieste0605
Trieste3205Trieste0205
Trieste1405Trieste3905
Trieste6505Wellington0104
Trieste1604Trieste0204Trieste0704
Trieste1904Trieste1304
Trieste0804Trieste1804
Trieste0304Trieste2204
Trieste1104Trieste0104
Trieste2104Trieste1704
Trieste0504Christchurch2803
Trieste2803Trieste2903Trieste0404
Trieste2603Wyoming0303
Trieste1003Trieste0103
Fujian41102Trieste0203
Trieste0903Trieste1803
Trieste1103Trieste0703
Trieste0603Panama200799
Moscow1099ASydney597
0.005
K145N
Y159FS227P
S189N
2004
-05
Influenza – stagione 2004/05
Composizione del vaccino:– A/New Caledonia/20/99(H1N1)-like– A/Fujian/411/2002(H3N2)-like– B/Shanghai/361/2002-like
Ceppi circolanti:– A/California/7/04–B/Teheran/80/02
Trieste0305 (n. 1)Jiangsu1003
Trieste2502Trieste1502
Trieste402Trieste0805 (n. 2)Trieste1805 (n. 1)
Shanghai36102Hongkong54700
Harbin794Trieste902Trieste2402
Trieste702Trieste2302Trieste1402Trieste1702
Trieste2702Trieste1802
Sichuan37900Beijing18493
Yamagata1688Victoria287
Trieste1902Trieste3702
Hongkong33501Shangdon797
Teheran8002Trieste0103Brisbane3202
Trieste0203Trieste1005 (n. 1
Trieste0105 (n. 21)Trieste2205 (n. 1)
0.01
Phylogenetic tree of the HA1 sequences of Influenza B viruses isolated in Friuli
Venezia Giulia in the period2002-2005
13
• 5-30 gennaio 2006: segnalati in Turchia 12 casi di influenza H5N1con 4 morti
• 15 gennaio - 2 febbraio 2006: tre casi di ILI in camionisti turchi sbarcati da un traghetto a Trieste
Influenza – stagione 2005/06
Esclusione di Influenza AviariaH5, H7 e H9 in meno di 8 ore mediante Real Time PCR e conferma dopo 24 ore mediante block PCR
Identificazione in due casi di influenza A H3 mediante Real Time PCR e block PCR
SARS• 28/04/2003: bambina cinese da sei giorni in
Italia, proveniente dalla Cina centrale, viene visitata in PS per febbre, sintomi respiratori
• rX Polmonite interstiziale • Definizione di “caso probabile” e ricovero
in Malattie infettive
14
Approccio diagnostico
• Isolamento in coltura• Test rapidi• Test molecolari• Sierologia
Ricerca altri agenti• Influenza A e B• Parainfluenza 1-4• Adenovirus• CMV• RSV• Metapneumovirus• Chlamydia pneum.• Mycoplasma pneum.• Legionella pneum.• altri
Ricerca del SARS-CoV
SARS
• Esclusione di SARS Coronavirus– Negatività Real time PCR e RT-PCR– Negatività coltura– Negatività sierologica
• Diagnosi di Parainfluenza 3– Diagnosi molecolare: RT-PCR– Isolamento in coltura LLC-Mk2– Sieroconversione
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Sorveglianza epidemiologica - controllo delle malattie emergenti e ri-emergenti
• Caratterizzazione, Rilevamento, Diagnosi• Sorveglianza di eventi epidemici• Sorveglianza al fine di valutare i programmi
di intervento
01.07.2006
01.01.2006
01.07.2005
01.01.2005
01.07.2004
01.01.2004
01.07.2003
01.01.2003
01.07.2002
01.01.2002
01.07.2001
01.01.2001
01.07.2000
01.01.2000
40
35
30
25
20
15
10
50
Casi
di ep
atite
A no
tifica
ti al S
IMI/m
ese
Incidenza di Epatite A in Liguria: casi notificati(OERMI, 2006)
Giugno 2005: 2 casiLuglio: 29 casiAgosto: 16 casiSettembre: 5 casi
65 0-140-14 anni15-24 anni
25-64 anni
>64 anni
Ansaldi F. et al.
16
20 virus Cluster epidemico Luglio-Settembre 20051a-it-bar00-Puglia200001
1a-it-sch00-Puglia2000011a-neth-adam055-omosex1
1a-it-mull00-Puglia2000011a-it-carina-l07708
1a-it-bia01-Puglia200001tun-31-03-dq380524
tun-148-03-ay875650tun-216-04-ay875668
it-DR-8-20051a-neth-adam121-frommoroccoit-PG-5-2006
1a-urug-uru3-aj437166delet1a-urug-uru6-ajaj309232
1a-chile-chile5-aj3063761a-chile-chile11-aj30638111a-thay-ay352221-EpBangkok1a-neth-adam071-omosex4it-LM-7-20061a-it-sib01-Puglia200001
1a-thay-ay352225-EpBangkok1a-nig-tk002-l20553
1a-thay-l07720-Bangkok19871a-chi-l7715-1985
it-DV-6-20051a-it-zam01-Puglia200001
1a-cub-cu26-aj2455231a-neth-adam069-omosex3it-MB-4-2006
it-CD-4-2006it-VA-4-2006
1a-it-bon00-Puglia2000011a-neth-cluster amsterdam MSM1a-usa-l07679-1990
1a-mex-mex1-l076851a-usa-ca86-l076781a-bra-rdj-l07681
1a-swiz-kmv1-l07692it-AS-6-2006
1a-bra-braz88-l076861a-urug-uru13-aj309229it-FR-5-2006it-RD-10-2005it-MP-10-2005
1b-it-lom-ay294049-EpBari20021b-ned-brab27fromturkey
1b-ned-brab16epidned1b-ned-brab25fromturkey
1b-mbb-m20273 it-IZ-10-20061b-ned-brab26frommarrocco
1b-nedbrab106fromarroccoit-MA-4-2006
89
53
5253
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54
50
8253
89
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5671
56
6374
91
1
Epatite A in Liguria 2005-2006
Giu-Settembre 2005Ottobre 2005Aprile 2006Maggio-Luglio 2006Ottobre 2006 Ansaldi F. et al.
Quale è la provenienza del virus “epidemico” ?E’ un’epidemia da fonte comune?
01.07.2006
01.01.2006
01.07.2005
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di ep
atite
A no
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IMI/m
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20 virus Cluster epidemico Luglio-Settembre 20051a-it-bar00-Puglia200001
1a-it-sch00-Puglia2000011a-neth-adam055-omosex1
1a-it-mull00-Puglia2000011a-it-carina-l07708
1a-it-bia01-Puglia200001tun-31-03-dq380524
tun-148-03-ay875650tun-216-04-ay875668
it-DR-8-2005 Nord Africa1a-neth-adam121-frommoroccoit-PG-5-2006
1a-urug-uru3-aj437166delet1a-urug-uru6-ajaj309232
1a-chile-chile5-aj3063761a-chile-chile11-aj30638111a-thay-ay352221-EpBangkok1a-neth-adam071-omosex4it-LM-7-20061a-it-sib01-Puglia200001
1a-thay-ay352225-EpBangkok1a-nig-tk002-l20553
1a-thay-l07720-Bangkok19871a-chi-l7715-1985
it-DV-6-2005 Viaggio S-E Asia
89
53
5253
67
54
59
Ansaldi F. et al.
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Sorveglianza epidemiologica - controllo delle malattie emergenti e ri-emergenti
• Caratterizzazione, Rilevamento, Diagnosi• Sorveglianza di eventi epidemici• Sorveglianza al fine di valutare i programmi
di intervento
GENOTIPIZZAZIONE MORBILLO
• Nei paesi con morbillo ancora endemico:il maggior numero dei casi è dovuta a uno o pochi genotipi circolanti con una discreta variabilitàintra-genotipo
• Nei paesi che hanno eliminato il morbillo o lo stanno eliminando:i pochi casi sono dovuti a genotipi diversi con minima variabilità intra-genotipo
• I genotipi hanno una distribuzione geografica caratteristica che consente di individuare i casi importati
• Tutti i ceppi vaccinali sono di tipo A
18
DQ779218.1MVs.Tetouane.MOR/31.04/2
DQ267520.1 gA MVi.Lyon.FRA/20.04/2
AY523577.1 gA MVs/Minsk.BLR/11.03/1
AF266288 gA Edmonston
AF504045.1 MVs/Belfast1.UNK/1956-SSPE
DQ267524.1 gB2 MVi.Libreville.GAB/84(...
DQ267521.1 gB3.1 MVi.Caen.FRA/04
DQ665363.1 gB3 MVs/Stuttgart.DEU/04.06
AF410989.1 gE MVi/Montreal.CAN/11.87
AF410987.1 gC1 MVi/Montreal.CAN/5.79
DQ267531.1 gC2 MVi/Temara.MOR/24.03/1
DQ398079.1 gG3 MVs/Victoria.AU/28.04
AY055851.1 MVs/Vic.AU/47.99
AF481494.1 gG2 MVs/Victoria.AU/26.00
AY160181.1 gH1 MVs/Halifax.CAN/51.00
AY523579.1 gD6 MVs/Minsk.BLR/11.03/3
MVi/FVG.ITA/08.05/1
AY738086.1 gD5 MVs/Taichung.TWN/45.03
AY160183.1 gD3 MVi/Vancouver.CAN/45.01
DQ099555.1 gD4 MVi/Pudukkottai.IND/38.03
GrossetoITA-a205-06
AB186908.1 D9 MVs/Yamagata.Jpn/7.04/2
AF280804 UK160/94
AY841168.1 gD8 MVS.Nilwande.IND/10.04
d7GenoaITA-7-03
DQ190373.1 gD7 MVs/Dundee.UNK/82
0.01
Caso di morbillo
(05/02/2005) in pz di 52aa
madre di pz di 33aa
ammalatosi il 29/01/2005 al ritorno di un viaggio in Tailandia
Distribuzione geografica dei genotipi
VietnamH2Cina, CoreaH1Timor Est, Indonesiag3 n.g.Indonesia, MalesiaG2Indonesia, Venezuelad9 n.g.Etiopia, Nepal, IndiaD8Germania, SpagnaD7Russia, Brasile, Argentina, Bolivia, Ita, Tur, Ger, Pol, SpaD6Giappone, TailandiaD5India, Pakistan, Iran, Kenia, Russia, Etiopia, Sud AfricaD4Giappone, Taiwan, FilippineD3Sud africa, ZambiaD2
Marocco, Europa occidentale, Repubblica CecaC2Africa centrale e occidentaleB3
Paesi con morbillo endemico o identificati come sorgentegenotipo
19
LA POLIOMIELITE
• L’avvento avverso di maggior importanza associato all’OPV è la paralisi flaccida vaccino associata (VAPP)Incidenza: 1/2.400.000 dosi; 1/750.000 prime dosi
• Ricerca dei marcatori di attenuazione e di neurovirulenza
• Sorveglianza della circolazione dei virus vaccinali e dei Poliovirus derivati da Vaccino (VDPV)
Casi di poliomielite in Italia
0100020003000400050006000700080009000
1950
1954
1958
1962
1966
1970
1974
1978
1982
1986
1990
1994
1998
anno
casi casi
Vaccino orale attenuato
20
Polio in Italia: 1981-2001
16 casi:• Un caso di importazione dalla Libia• Due dall’Arabia Saudita• Uno dall’Iran• Dodici casi di VAPP (con i tipi 2 o 3)
OPVDifferenze tra ceppo selvaggio e vaccinale
• Tipo 1: 56 nucleotidi (480 nella regione 5’ terminale, 65 nel gene VP4, 225 nel VP3, 134 nel VP1)
• Tipo 2: 23 nucleotidi (481 nella regione 5’ terminale, nel 2908 VP1)
• Tipo 3: 10 nucleotidi (2-3 critici) (472 nella regione 5’terminale, 2034 nel VP3)
• 480, 481 e 472 si trovano nella regione corrispondente a IRES (Internal Ribosome Entry Site), elemento cruciale per avviare la traduzione virus-specifica
21
VDPV• Isolati che presentano una divergenza
nucleotidica superiore o uguale all’1% rispetto ai ceppi vaccinali per VP1:– Eliminati da soggetti con immunodeficienza
congenita che diventano portatori cronici dopo esposizione al vaccini OPV (rari).
– Emergenti e circolanti in comunità con bassi livelli di immunizzazione
– Originati da processi di ricombinazione tra ceppi vaccinali e virus selvaggi (anche enterovirus non polio)
cVDPV
Type 2 1988-9330 cases
Type 2 1988-9330 cases
Type 2 1988-9330 cases
Type 1 2000-0121 cases
Type 2 2002
5 cases
Type 1 2001
3 cases
22
Sorveglianza virologica
• Classificazione degli isolati:– Poliovirus selvaggi, ceppi importati– OPV (VAPP)– cVDPV
“Epidemiologia molecolare”
• Ricerca delle origini• Studio dell’ecologia dell’agente infettivo• Studio delle vie di trasmissione e
dell’interazione ospite/agente
23
Classificazione HIV-1
• Due tipi: HIV 1 e 2• Tre gruppi HIV1
– M (Major)– O (Outlier)– N (non M non O)
• Nove sottotipi M (A, B, C, D, F, G. H, J, K)
• Ricombinanti inter sottotipo– Almeno 21 Circulating
Recombinant Forms (CRF)– numerosi Unique Recombinant
Forms (URF)
MN
O
Prevalenza globale e distribuzione
• Il sottotipo C è responsabile di circa il 50% delle infezioni da HIV-1 nel mondo
• I virus con la prevalenza più alta appartengono ai sottotipi A, B, C, D, and CRF01_AE, CRF02_AG
• Molte epidemie regionali sono caratterizzate da una miscela di sottotipi mentre altre sono dominate da un solo sottotipo o CRF.
• I pattern epidemiologici regionali sono diversi, complessi e dinamici.
24
Source: Los Alamos National Laboratory
Distribuzione dei sottotipi HIV-1
Analisi della sequenza 7918
BootstrapAlbero filogenetico
DCD83NDKDCD83ELI
DCD8484ZR085
BUS83RF
BUS90WEAU160
BUS86JRFL
F2CM95MP257F2C
M195M
P255
F1F
R96M
P411
F1B
E93
VI850
HC
F90
90C
F05
6
HBE
93V
I997
HBE193VI991
CBW9696BW
0502
CET86ETH2220
CBR9292BR025
A2CY9494CY01741
A2CD9797CDKTB48
A1UG9292UG037A1UG85U455
GNG9292NG083
GBE96DRCBL
GFI93H
H8793121
5734
KC
M96M
P535
KCD97EQ
TB11C
JSE94SE7022
JSE93SE7887
0.01
25
“Epidemiologia molecolare”
• Ricerca delle origini• Studio dell’ecologia dell’agente infettivo• Studio delle vie di trasmissione e
dell’interazione ospite/agente
PREVALENZA DI BORRELIA b. PER SITO
PREVALENZA ELEVATA (>30%)PREVALENZA INTERMEDIA (15-30%)PREVALENZA BASSA (<15%)
13%8Chiaranda
38%16Amaro
20%10Paluzza
-2Paularo
31%13Imponzo
25%8Enemonzo
30%30Roveredo
30%33Pontebba
11%36Forni di S.
19%129Raccolana
7%14Ovaro
41%22Montenars
%Ninfe+Adsede
26
Albero filogeneticocostruito con
sequenze del gene Fla di BorreliaBurgdorferi s.l.
L42876 B. burgdorferi Austria 1995
L42881 B. burgdorferi Austria 1995
borr 5-1-2-2
borr 19-6-2-3 (n. 3)
DQ490970 B. garinii Slovacchia 2006
borr 18-16-2-41
borr 5-13-2-1
DQ650331 B. garinii Polonia 2006
borr 5-12-3-1 (n. 4)
borr 11-5-3-1
DQ016621 B. garinii Polonia 2005
DQ111032 B. garinii Francia 2005
X75203 B.garinii Svezia 1993
borr 5-13-2-5
borr 18-16-2-45 (n. 2)
B. Garinii
71%
AY270021 B. burgdorferi Grecia 2003
borr 3-8-3-6 (n. 8)
DQ111037 B. valaisiana Francia 2006
borr 14-14-2-19
DQ016624 B. valaisiana Polonia 2005
B. Valaisiana
9%
borr 15-14-2-6
DQ016620 B. burgdorferi Polonia 2005
AF386506 B burgdorferi Francia 2001
borr 3-8-3-1 (n. 2)
AB189460 B.burgdorferi Serbia 2004
borr 18-17-3-2F
AF127531 B.burgdorferi Svizzera 1999
AF386505 B. burgdorferi Francia 2001
B. burgdorferisensu stricto
4%
DQ111033 B. afzelii Francia 2006
X69597 B.burgdorferi Germania 1993
borr 1-1-2-1 (n. 63)
AB253530 B. afzelii Slovacchia 2006
AB189459 B. afzelii Serbia 2004
DQ016619 B. afzelii Polonia 2005
borr 11-1-2-5
AB091808 B. afzelii Turchia 2002
AB178780 B. afzelii Russia 2004
borr 5-5-2-1 (n. 2)
borr 11-1-2-3
B. Afzelii
16%
0.01
• classificazione di agenti di difficile isolamento
• Distribuzione delle specie circolanti
• Confronto con ceppi di aree vicine
Austria U27491
Rep Ceca DQ153877
Lituania DQ112086 LithT413
Lituania DQ112090 LithT250
Finlandia AJ298322 Gaeta
Finlandia AJ298321 Kumlinge
Finlandia AJ298323 Isosaari
FVG 21-3-3-3Austria U27495 Neudoerfl
FVG 12-4-2-1Austria U39292 Hypr
Svezia AY601108 Toro
Sottotipo Europeo
Y07863 Louping-ill
Cina AY182009 Senzhang
Cina AY217093 MDJ-01
Russia DQ862460 Glybinnoe
Giappone AB062064
Giappone AB062064 Sofjin-HO
Sottotipo Asiatico
Russia AF527415 Zausaev
Russia DQ486861 EK-328
Finlandia DQ451299 Kokkola-9
Finlandia DQ451297 Kokkola-4
Finlandia DQ451305 Kokkola-84
Finlandia DQ451307 Kokkola-86
Sottotipo siberiano
AY323489 Omsk-hemorrhagic-fever Bogolubovka
0.02
Albero filogenetico costruito con sequenze del gene NS5 di TBE
27
Prevalenza di Borrelia b., Rickettsia sp. e TBE nel biennio 2005-06 (2006: dati preliminari)
0.33%3000.25%397TBE
5.8%2406.5%397RICKETTSIA sp.
12.1%24024%397BORRELIA b.
% POSN°% POSN°
20062005
“Epidemiologia molecolare”
• Ricerca delle origini• Studio dell’ecologia dell’agente infettivo• Studio delle vie di trasmissione e
dell’interazione ospite/agente
28
CURVA EPIDEMICA RIFERITA A 23 CASI DI HCV VERIFICATISI IN PZ DIALIZZATI NEL PERIODO MAGGIO ‘96 - APRILE ‘97
Pari/MattinaDispari/MattinaDispari/ PomeriggioPari/Pomeriggio
MAG GIU LUG AGO SET OTT NOV DIC GEN FEB MAR APR
Turni di dialisi:(il numero indica la stanza)
41°2°211335
5222213
2
4
2
2
4
5
55
• 23 sieroconversioni: sequenziati: 12• 14 soggetti positivi al 5/96: sequenziati: 14• Sequenziamento della regione 5’UTR
– Genotipo 1b: 6 pre e 7 SC– Genotipo 2a/c: 6 pre e 4 SC– Genotipo 4c-d: 1 pre e 1 SC– Genotipo 1b*: 1 pre
• Turno Dispari/Pomeriggio: 4 seq
Ansaldi F. et al.
STANZA 1 STANZA 2 STANZA 3 STANZA 4 STANZA 5
2a/c 9 acces 1b Paz. 2
1b Paz. 15 1b Paz. 16
4cd, Paz.17
2a/c 9 acces 2a/c 9 acces
1b Paz. 5 1b BE113 4cd,Paz. 7 1b Paz. 18
2a/c 9 access
CEPPI ISOLATI NEI PAZIENTI DEL TURNO DISPARI/POMERIGGIO
LEGENDA: in grassetto e corsivo le varianti isolate nei pazientisieroconvertiti nel corso dell’epidemia, in stile normale le varianti dei soggetti già anti-HCV positivi nel maggio ‘96
Ansaldi F. et al.
29
Conclusioni• Le nuove tecniche molecolari forniscono un supporto
straordinario allo studio dell’epidemiologia delle malattie infettive:– Investigazione epidemica– Sorveglianza epidemiologica– Valutazione del rischio infettivo ambientale
• Sono tecniche caratterizzate da elevata sensibilità e presentano rischi elevati di contaminazione– Devono essere effettuate in strutture controllate da personale
esperto nella esecuzione delle stesse e nella interpretazione dei risultati
UCO Igiene e Medicina Preventiva Università degli Studi di Trieste
Dir. Prof. Cesare CampelloLaboratorio di Virologia
• Dal Molin G.• Comar M.• Biagi C.• Petronio F.• Samar E. • Rossi T.• Santon D.• Martinelli E.
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