CURRICULUM SCIENTIFICO E DIDATTICO DI

ALFREDO PULVIRENTI

DATI PERSONALI

Nato a Catania il 16 novembre 1974.Codice Fiscale: PLVLRD74S16C351F.Residenza: Corso Sicilia, 52. Acireale-95024, CT.Coniugato e due figlie: Viola (nata il 12 gennaio 2011), Emma (nata l’11 gennaio2013).

AFFERENZA

Dipartimento di Medicina Clinica e SperimentaleUniversita di Cataniac/o Dipartimento di Matematica e InformaticaStanza 35 Terzo Blocco DMIViale Andrea Doria, 6Catania-95125

Tel. 095-7383087 Fax 095-330094e-mail: apulvirenti@dmi.unict.ithome-page: http://www.dmi.unict.it/˜apulvirenti/

POSIZIONI ACCADEMICHE

• Dicembre 2014: Professore associato in Informatica settore scientifico-disciplinare INF/01,Universita degli Studi di Catania.

• Marzo 2005-2014: Ricercatore confermato nel settore scientifico-disciplinare INF/01, Uni-versita degli Studi di Catania.

• Gennaio 2003 - Febbraio 2005: Assegnista di Ricerca in Informatica presso il dipartimentodi Matematica e Informatica, Universita degli Studi di Catania. Programma di ricerca:”Algoritmi efficienti di clustering e calcolo dei relativi centroidi su spazi metrici. Appli-cazioni alle range-search queries e alle reti fisse e mobili”.

1

PUBBLICAZIONI E BREVETTI

Articoli su rivista

2015

[1] G. Nigita, S. Alaimo, A. Ferro, R. Giugno, and A. Pulvirenti. Knowledge in the investi-gation of a-to-i rna editing signals. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 3(18),2015

[2] A. Pulvirenti, R. Giugno, R. Distefano, G. Pigola, M. Mongiovı, G. Giudice, V. Ven-dramin, A. Lombardo, F. Cattonaro, and A. Ferro. A knowledge-base for the vitis-viniferafunctional analysis. BMC Systems Biology, (to appear), 2015

[3] S. Alaimo, V. Bonnici, D. Cancemi, A. Ferro, R. Giugno, and A. Pulvirenti. DT-Web: aweb-based application for drug-target interaction and drug combination prediction throughdomain-tuned network-based inference. BMC Systems Biology, (to appear), 2015

2014

[1] E. Lionetti, S. Castellaneta, R. Francavilla, A. Pulvirenti, E. Tonutti, S. Amarri, M. Bar-bato, C. Barbera, G. Barera, A. Bellantoni, et al. Introduction of gluten, hla status, andthe risk of celiac disease in children. New England Journal of Medicine, 371(14):1295–1303,2014 – Journal Impact Factor 51, 658

[2] S. Alaimo, R. Giugno, and A. Pulvirenti. ncrna-disease association prediction throughtripartite network based inference. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2(71),2014

[3] V. Bonnici, F. Russo, N. Bombieri, A. Pulvirenti, and R. Giugno. Comprehensive re-construction and visualization of non-coding regulatory networks in human. Frontiers inBioengineering and Biotechnology, 2(69), 2014

[4] G. Micale, A. Pulvirenti, R. Giugno, and A. Ferro. Proteins comparison through proba-bilistic optimal structure local alignment. Frontiers in Genetics, section Bioinformaticsand Computational Biology, 5(302), 2014

[5] G. Micale, A. Continella, A. Ferro, R. Giugno, and A. Pulvirenti. GASOLINE: a Cytoscapeapp for multiple local alignment of PPI networks. F1000Research, 3(140), 2014

[6] M. Filippelli, E. Lionetti, A. Pulvirenti, A. Gennaro, A. Lanzafame, G. L Marseglia,C. Salpietro, M.L. Rosa, and S. Leonardi. New approaches in hepatitis b vaccinationfor celiac disease. Immunotherapy, 6(8):945–952, 2014

[7] F. Russo, S. Di Bella, V. Bonnici, A. Lagana, G. Rainaldi, M. Pellegrini, A. Pulvirenti,R. Giugno, and A. Ferro. A knowledge base for the discovery of function, diagnosticpotential and drug effects on cellular and extracellular miRNAs. BMC Genomics, 05/2014;15(Suppl 3):S4., 2014 – Journal Impact Factor 4, 4

2

[8] A. Lagana, M. Acunzo, G. Romano, A. Pulvirenti, D. Veneziano, L. Cascione, R. Giugno,P. Gasparini, D. Shasha, A. Ferro, and C.M. Croce. miR-Synth: a computational resourcefor the design of multi-site multi-target synthetic mirnas. Nucleic Acids Research, 2014 –Journal Impact Factor 8, 287

[9] G. Micale, A. Pulvirenti, R. Giugno, and A. Ferro. GASOLINE: a greedy and stochasticalgorithm for optimal local multiple alignment of interaction networks. PLOS ONE, 9(6):e98750, 2014 – Journal Impact Factor 3, 73

2013

[10] R. Giugno, V. Bonnici, N. Bombieri, A. Pulvirenti, A. Ferro, and D. Shasha. GRAPES:a software for parallel searching on biological graphs targeting multi-core architectures.PLOS ONE, 8(10): e76911, 2013 – Journal Impact Factor 3, 73

[11] R. Giugno, A. Pulvirenti, L. Cascione, G. Pigola, and A. Ferro. Microarray data classifi-cation by association rules and gene expression intervals. PLOS ONE, 8(8): e69873, 2013– Journal Impact Factor 3, 73

[12] A. Lagana, F. Russo, D. Veneziano, S. Di Bella, R. Giugno, A. Pulvirenti, C.M. Croce, andA. Ferro. Extracellular circulating viral micrornas: current knowledge and perspectives.Frontiers in Genetics, 4(120), 2013

[13] S. Alaimo, A. Pulvirenti, R. Giugno, and A. Ferro. Drug-target interaction predictionthrough domain-tuned network based inference. Bioinformatics, 29(16):2004–2008, 2013– Journal Impact Factor 5, 323

[14] R. Distefano, G. Nigita, V. Macca, A. Lagana, R. Giugno, A. Pulvirenti, and A. Ferro.VIRGO: Visualization of A-to-I RNA editing sites in genomic sequences. BMC Bioinfor-matics, 14(Suppl 7):S5, 2013 – Journal Impact Factor 3, 02

[15] V. Bonnici, R. Giugno, A. Pulvirenti, D. Shasha, and A. Ferro. A subgraph isomorphismalgorithm and its application to biochemical data. BMC Bioinformatics, 14(Suppl 7): S13,2013 – Journal Impact Factor 3, 02

[16] L. Cascione, P. Gasparini, F. Lovat, S. Carasi, A. Pulvirenti, A. Ferro, H. Alder, G. He,A. Vecchione, C.M. Croce, C.L. Shapiro, and K. Huebner. Integrated microRNA andmRNA signatures associated with survival in triple negative breast cancer. PLOS ONE,8(2): e55910, 2013 – Journal Impact Factor 3, 73

[17] M. Reibaldi, A. Longo, A. Reibaldi, T. Avitabile, A. Pulvirenti, G. Lippolis, F. Mininni,M.G. La Tegola, L. Sborgia, N. Recchimurzo, et al. Diathermy of leaking sclerotomies after23-gauge transconjunctival pars plana vitrectomy: a prospective study. Retina, 33(5):939–945, 2013 – Journal Impact Factor 2, 825

2012

3

[18] C. Cassisi, M. Aliotta, A. Cannata, P. Montalto, D. Patane, A. Pulvirenti, and L. Spam-pinato. Motif discovery on seismic amplitude time series: The case study of Mt Etna 2011eruptive activity. Pure and Applied Geophysics, 170(4):529–545, 2012 – Journal ImpactFactor 1, 617

[19] A. Lagana, A. Paone, D. Veneziano, L. Cascione, P. Gasparini, S. Carasi, F. Russo,G. Nigita, V. Macca, R. Giugno, A. Pulvirenti, D. Shasha, A. Ferro, and C.M. Croce.miR-EdiTar: A database of predicted A-to-I edited mirna target sites. Bioinformatics,28(23):3166–3168, 2012 – Journal Impact Factor 5, 323

[20] F. Russo, S. Di Bella, G. Nigita, V. Macca, A. Lagana, R. Giugno, A. Pulvirenti, andA. Ferro. miRandola: Extracellular circulating micrornas database. PLOS ONE, 7(10):e47786, 2012 – Journal Impact Factor 3, 73

[21] C. Cassisi, A. Ferro, R. Giugno, G. Pigola, and A. Pulvirenti. Enhancing density-basedclustering: Parameter reduction and outlier detection. Information Systems, 38(3):317 –330, 2013 – Journal Impact Factor 1, 768

[22] E. Lionetti, S. Castellaneta, A. Pulvirenti, E. Tonutti, R. Francavilla, A. Fasano, C. Catassi,Italian Working Group of Weaning, and Celiac Disease Risk. Prevalence and natural his-tory of potential Celiac disease in at-family-risk infants prospectively investigated frombirth. Journal of Pediatrics, 161(5):908–14, 2012 – Journal Impact Factor 4, 035

2011

[23] S. Cristaldi, A. Ferro, R. Giugno, G. Pigola, and A. Pulvirenti. Obstacles constrainedgroup mobility models in event-driven wireless networks with movable base stations. Ad-hoc Networks, 9(3):400–417, 2011 – Journal Impact Factor 1, 957

[24] P. Romano, R. Giugno, and A. Pulvirenti. Tools and collaborative environments for bioin-formatics research. Briefings in Bioinformatics, 12(6):549–561, 2011 – Journal ImpactFactor 5, 298

[25] A. Cannata, P. Montalto, M. Aliotta, C. Cassisi, A. Pulvirenti, E. Privitera, and D. Patane.Clustering and classification of infrasonic events at mount Etna using pattern recognitiontechniques. Geophysical Journal International, 185:253–264, 2011 – Journal Impact Factor2, 42

2010

[26] E. Lionetti, R. Francavilla, P. Pavone, L. Pavone, T. Francavilla, A. Pulvirenti, R. Giugno,and M. Ruggieri. The neurology of celiac disease in childhood: what is the evidence? sys-tematic review and meta-analysis. Developmental Medicine and Child Neurology, 52:700–707, 2010 – Journal Impact Factor 2, 776

[27] R. Di Natale, A. Ferro, R. Giugno, M. Mongiovı, A. Pulvirenti, and D. Shasha. Sing:Subgraph search in non-homogeneous graphs. BMC Bioinformatics, 11:96, 2010 – JournalImpact Factor 3, 02

4

[28] M Mongiovı, R. Di Natale, R. Giugno, A. Pulvirenti, A. Ferro, and R. Sharan. Sigma: Aset-cover-based inexact graph matching algorithm. Journal of Bioinformatics and Com-putational Biology, 8:199–218, 2010. Conference version of such a paper obtained the bestpaper award at CSB 2009 Stanford, USA

[29] P. Pavone, M. Pettoello-Mantovano, A. Le Pira, I. Giardino, A. Pulvirenti, R. Giugno,E. Parano, A. Ferro, L. Pavone, and M. Ruggieri. Acute disseminated encephalomyelitis:a long-term prospective study and meta-analysis. Neuropediatrics, 41:246–255, 2010 –Journal Impact Factor 1, 192

[30] A. Lagana, F. Russo, C. Sismeiro, R. Giugno, A. Pulvirenti, and A. Ferro. Variability inthe incidence of mirnas and genes in fragile sites and the role of repeats and cpg islandsin the distribution of genetic material. PLOS ONE, 5(6): e11166, 2010 – Journal ImpactFactor 3, 73

[31] A. Lagana, S. Forte, F. Russo, R. Giugno, A. Pulvirenti, and A. Ferro. Prediction ofhuman targets for viral-encoded micrornas by thermodynamics and empirical constraints.Journal of RNAI and Gene Silencing, 6:379–385, 2010

[32] E. Lionetti, R. Francavilla, M. Ruggieri, I. Lombardo, D. De Robertis, A. Pulvirenti,and C. Catassi. Meta-analysis reviews. le complicanze neurologiche della celiachia in etapediatrica: quale evidenza? SIGENP NEWS, II:–, 2010

2009

[33] A. Lagana, S. Forte, A. Giudice, M.R. Arena, P.L. Puglisi, R. Giugno, A. Pulvirenti,D. Shasha, and A. Ferro. miRo: a mirna knowledge base. Database Journal, bap008, 2009– Journal Impact Factor 4, 2

2008

[34] A. Ferro, R. Giugno, M. Mongiovı, A. Pulvirenti, D. Skripin, and D. Shasha. Graphfind:enhancing graph searching by low support data mining techniques. BMC Bioinformatics,9(Suppl 4):S10, 2008 – Journal Impact Factor 3, 02

[35] C. Di Pietro, M. Ragusa, D. Barbagallo, L.R. Duro, M.R. Guglielmino, A. Majorana,V. Giunta, A. Rapisarda, E. Tricarichi, M. Miceli, R. Angelica, A. Grillo, B. Banelli, I. Def-ferari, S. Forte, A. Lagana, C. Bosco, R. Giugno, A. Pulvirenti, A. Ferro, K.H. GrzeschikandA. Di Cataldo, G.P. Tonini, M. Romani, and M. Purrello. Involvement of gta proteinnc2β in neuroblastoma pathogenesis suggests that it physiologically participates in theregulation of cell proliferation. Molecular Cancer, 7, 2008 – Journal Impact Factor 5, 13

2007

[36] A. Ferro, R. Giugno, G. Pigola, A. Pulvirenti, C. Di Pietro, M. Purrello, and M. Ragusa.Sequence similarity is more relevant than species specificity in probabilistic backtransla-tion. BMC Bioinformatics, 8, 2007 – Journal Impact Factor 3, 02

5

[37] A. Ferro, R. Giugno, G. Pigola, A. Pulvirenti, D. Skripin, G. Bader, and D. Shasha.Netmatch: a cytoscape plugin for searching biological networks. Bioinformatics, 23:910–912, 2007 – Journal Impact Factor 5, 323

[38] C. Di Pietro, M. Ragusa, L. Duro, M.R. Guglielmino, D. Barbagallo, A, Carnemolla, A. La-gana, P. Buffa, R. Angelica, A. Rinaldi, M. S. Calafato, I. Milicia, C. Caserta, R. Giugno,A. Pulvirenti, V. Giunta, A. Rapisarda, V, Di Pietro, A. Grillo, A. Messina, A. Ferro, K.H.Grzeschik, and M. Purrello. Genomics, evolution, and expression of tbpl2, a member ofthe tbp family. DNA and Cell Biology, 26:369–385, 2007 – Journal Impact Factor 1, 998

2006

[39] C. Di Pietro, S. Piro, G. Tabbi, M. Ragusa, V. Di Pietro, V. Zimmitti, M. Anello, U. Con-soli, E. T.Salinaro, M. Caruso, C. Vancheri, N. Crimi, M. G. Sabini, G. A. P. Cirrone,L. Raffaele, G. Privitera, A. Pulvirenti, R. Giugno, Ferro A, G. Cuttone, S. Lo Nigro,R. Purrello, F. Purrello, and M. Purrello. Cellular and molecular effects of protons: Apop-tosis induction and potential implications for cancer therapy. Apoptosis, 11:57–66, 2006 –Journal Impact Factor 3, 971

2005

[40] D. Cantone, G. Cincotti, A. Ferro, and A. Pulvirenti. An efficient approximate algorithmfor the 1-median problem in metric spaces. SIAM Journal on Optimization, 16:434–451,2005 – Journal Impact Factor 2, 086

[41] D. Cantone, A. Ferro, A. Pulvirenti, D. Reforgiato Recupero, and D. Shasha. Antipole treeindexing to support range search and k-nearest neighbor search in metric spaces. IEEETransactions on Knowledge and Data Engineering, 17:535–550, 2005 – Journal ImpactFactor 1, 892

[42] M. Purrello, C. Di Pietro, M. Ragusa, A. Pulvirenti, R. Giugno, V. Di Pietro, G. Em-manuele, S. Travali, M. Scalia, D. Shasha, and A. Ferro. In vitro and in silico cloning ofxenopus laevis sod2 cdna and its phylogenetic analysis. DNA and Cell Biology, 24:111–116,2005 – Journal Impact Factor 1, 998

2003

[43] A. Ferro, G. Pigola, A. Pulvirenti, and D. Shasha. Fast clustering and minimum weightmatching algorithms for mobile backbone wireless networks. International Journal ofFoundation of Computer Science, 14(2):223–236, 2003 – Journal Impact Factor 0, 459

2001

[44] A. Ferro, G. Gallo, R. Giugno, and A. Pulvirenti. Best-match retrieval for structuredimages. IEEE Transcations on Pattern Analysis and Machine Intelligence, 23(7):707–718,2001 – Journal Impact Factor 4, 795

6

Brevetti

2014

[45] A. Lagana, M. Acunzo, G. Romano, A. Pulvirenti, D. Veneziano, L. Cascione, R. Giugno,P. Gasparini, D. Shasha, A. Ferro, and C.M. Croce. miR-Synth: a computational resourcefor the design of multi-site multi-target synthetic mirnas, sdf313081, pending

Capitoli di Libro

2014

[46] A. Lagana, D. Veneziano, F. Russo, A. Pulvirenti, R. Giugno, C.M. Croce, and A. Ferro.Methods in Molecular Biology, chapter Computational Design of Artificial RNA MoleculesFor Gene Regulation. Springer-Verlag, In press

2013

[47] L. Cascione, A. Ferro, R. Giugno, G. Pigola, and A. Pulvirenti. Biological Knowledge Dis-covery Handbook, chapter Microarray Data Analysis: From Preparation to Classification,pages 657–674. John Wiley & Sons, Inc., GBR, 2013

[48] L. Cascione, A. Ferro, R. Giugno, A. Lagana, G. Pigola, A. Pulvirenti, and D. Veneziano.MicroRNA Cancer Regulation: Advanced Concepts, Bioinformatics and Systems BiologyTools, volume 774, chapter Elucidating the Role of microRNAs in Cancer Through DataMining Techniques. Springer-Verlag, 2013

[49] A. Lagana, R. Giugno, A. Pulvirenti, and A. Ferro. From Linear Operators to Compu-tational Biology, chapter Computational Approaches to RNAi and Gene Silencing, pages169–194. Springer London, 2013

2012

[50] C. Cassisi, P. Montalto, M. Aliotta, A. Cannata, and A. Pulvirenti. Advances in DataMining Knowledge Discovery and Applications, chapter Similarity Measures and Dimen-sionality Reduction Techniques for Time Series Data Mining. InTech, 2012

2011

[51] A. Ferro, R. Giugno, A. Pulvirenti, and D. Shasha. Graph Data Management: Techniquesand Applications, chapter Efficient Techniques for Graph Searching and Biological NetworkMining, pages 89–111. IGI-GLOBAL, Hershey, Pennsylvania – USA, 2011

2005

[52] Di Pietro, A. Ferro, G. Pigola, A. Pulvirenti, M. Purrello, M. Ragusa, and D. Shasha. DataMining in Bioinformatics, chapter AntiClustAl: Multiple Sequence Alignment by AntipoleClustering, pages 43–57. Springer-Verlag, LONDON – GBR, 2005. Chapter 3

7

Editoriali su Riviste

2013

[53] C. Gissi, P. Romano, A. Ferro, R. Giugno, A. Pulvirenti, A. Facchiano, and M. Helmer-Citterich. Bioinformatics in Italy: BITS 2012, the ninth annual meeting of the ItalianSociety of Bioinformatics. BMC bioinformatics, 14(Suppl 7):S1, 2013 – Journal ImpactFactor 3, 02

[54] A. Ferro, R. Giugno, and A. Pulvirenti. Editorial, Special Issue SISAP 2011. InformationSystems, 38:998, 2013 – Journal Impact Factor 1, 768

2012

[55] A. Ferro, R. Giugno, A. Pulvirenti, D. D’Elia, M. Helmer-Citterich, and P. Romano. Pref-ace - bits 2012: Ninth annual meeting of the bioinformatics italian society. EMBNETNEWS, 18, 2012

2011

[56] P. Romano, R. Giugno, and A. Pulvirenti. Editorial, Special Issue NETTAB 2009. Briefingsin Bioinformatics, 12(6):547–548, 2011 – Journal Impact Factor 5, 298

Abstract su Riviste

2012

[57] R. Giugno, F. Abate, N. Bombieri, M. Delledonne, A. Ferrarini, E. Ficarra, A. Pulvirenti,and A. Acquaviva. Integrated cloud environment for characterization of genotype specifictranscriptome from next generation sequencing data. EMBNET NEWS, 18, 2012

[58] G. Micale, A. Pulvirenti, R. Giugno, and A. Ferro. A greedy and stochastic algorithm formultiple local alignment of interaction networks. EMBNET NEWS, 18, 2012

[59] A.M. Pappalardo, F. Guarino, A. Messina, A. Pulvirenti, R. Giugno, A. Ferro, and V. DePinto. A knowledge base for fish and fishery products. EMBNET NEWS, 18, 2012

[60] V. Bonnici, R. Giugno, A. Pulvirenti, D. Shasha, and A. Ferro. Core algorithms to searchin biological structured data. EMBNET NEWS, 2012

[61] A. Pulvirenti, R. Giugno, S. Di Bella, G. Nigita, V. Macca, A. Giummarra, D. Garofalo,G. Caruso, V. Bonnici, and A. Ferro. An integrated system for mining relations amongmicrornas, drugs and phenotypes. EMBNET NEWS, 18, 2012

[62] R. Distefano, G. Nigita, V. Macca, R. Giugno, A. Pulvirenti, and A. Ferro. VIRES:visualization and identification of a-to-i rna editing sites in genomic sequences. EMBNETNEWS, 18, 2012

8

[63] F. Russo, S. Di Bella, G. Nigita, V. Macca, A. Lagana, R. Giugno, A. Pulvirenti, andA. Ferro. miRandola: extracellular circulating micrornas database. EMBNET NEWS, 18,2012

[64] C.L. Shapiro, L. Cascione, P. Gasparini, F. Lovat, S. Carasi, A. Pulvirenti, A. Ferro, andK. Huebner. Use of microrna (miR) expression profiling to identify distinct subclasses oftriple-negative breast cancers (TNBC). Journal of Clinical Oncology, 30, 2012

Atti di Conferenze

2011

[65] M. Aliotta, A. Cannata, C. Cassisi, R. Giugno, P. Montalto, and A. Pulvirenti. Dbstrata:a system for density-based clustering and outlier detection based on stratification. InSISAP ’11 Proceedings of the Fourth International Conference on SImilarity Search andAPplications, pages 107–108. Association for Computing Machinery, Inc. (ACM), June 30- July 1, 2011

2010

[66] V. Bonnici, A. Ferro, R. Giugno, A. Pulvirenti, and D. Shasha. Enhancing graph databaseindexing by suffix tree structure. In Pattern Recognition in Bioinformatics - 5th IAPR In-ternational Conference, PRIB 2010, volume 6282, pages 195–203. Springer, 22-24 Septem-ber, 2010

[67] A. Ferro, R. Giugno, P.L. Puglisi, and A. Pulvirenti. Mysql data mining: Extending mysqlto support data mining primitives (demo). In Knowledge-Based and Intelligent Informationand Engineering Systems - 14th International Conference, KES 2010, Proceedings, PartIII, volume 6278, pages 438–444. Springer, 2010

[68] A. Ferro, R. Giugno, P.L. Puglisi, and A. Pulvirenti. An efficient duplicate record detectionusing q-grams array inverted index. In Proceedings of DaWak 2010. Data Warehousingand Knowledge Discovery, volume 6263, pages 309–323. Springer, August 30 - September2, 2010

2009

[69] M. Mongiovı, R. Di Natale, R. Giugno, A. Pulvirenti, A. Ferro, and R. Sharan. A set-cover-based approach for inexact graph matching. In CSB2009, Proceedings of the 8th AnnualInternational Conference on Computational Systems Bioinformatics, August 10-12, 2009.Recipient of the Best Paper Award at CSB’09. http://www.csb2009.org/awards.html

[70] A. Ferro, R. Giugno, P.L. Puglisi, and A. Pulvirenti. Bitcube: A bottom-up cubing en-gineering. In Lecture Notes In Computer Science. Proceedings of the 11th InternationalConference on Data Warehousing and Knowledge Discovery, DaWak 2009, volume 5691,pages 189–203. Springer, August 31-September 2, 2009

9

[71] A. Ferro, R. Giugno, A. Lagana, M. Mongiovı, G. Pigola, A. Pulvirenti, G. Bader, andD. Shasha. mirscape: A cytoscape plugin to annotate biological networks with micrornas.In Network Tools and Applications in Biology (Nettab), Focused on Technologies, Toolsand Applications for Collaborative and Social Bioinformatics Research and Development.Liberodiscrivere Editore, June 10-13, 2009

[72] A. Ferro, R. Giugno, M. Mongiovı, and A. Pulvirenti. Distributed randomized algorithmsfor low-support data mining. In Proceedings of the 23rd IEEE International Symposiumon Parallel and Distributed, IPDPS 2009. 10th Workshop on Parallel and DistributedScientific and Engineering Computing, pages 1–7, May 23-29, 2009

2007

[73] A. Ferro, R. Giugno, M. Mongiovı, A. Pulvirenti, D. Skripin, and D. Shasha. Graphblast:multi-feature graphs database searching. In A Semantic Web for Bioinformatics: Goals,Tools, Systems, Applications. Nettab 2007. Liberodiscrivere Editore, 2007

2006

[74] A. Ferro, R. Giugno, M. Mongiovı, G. Pigola, and A. Pulvirenti. Distributed clusteringand closest-match motion planning algorithms for wireless ad-hoc networks with movablebase stations. In Med-Hoc-Net 2006, pages 53–59, 2006

[75] A. Ferro, R. Giugno, M. Mongiovı, G. Pigola, and A. Pulvirenti. Distributed antipoleclustering for efficient data search and management in euclidean and metric spaces. In 20thIEEE Parallel and Distributed Processing Symposium, 2006. IPDPS 2006, 25-29 April,2006

[76] A. Ferro, R. Giugno, A. Pulvirenti, R. Gueli, M. Mongiovı, and G. Marati. Time seriesdata mining: techniques for anomalies detection in water supply network analysis. In 7thInternational Conference on Hydroinformatics, Nice, France, September, 2006

2005

[77] D. Cantone, A. Ferro, R. Giugno, G. Lo Presti, and A. Pulvirenti. Multiple-winners ran-domized tournaments with consensus for optimization problems in generic metric spaces.In Proceedings of 4th International Workshop on Experimental and Efficient Algorithms,volume 3503, pages 265–276, 2005

[78] R. Giugno, A. Pulvirenti, and D. Reforgiato Recupero. Clustered trie structures for approx-imate search in hierarchical objects collections. In Pattern Recognition and Data Mining,Third International Conference on Advances in Pattern Recognition, ICAPR 2005, volume3686, pages 63–70, 22-25 August, 2005. ICAPR

2004

[79] R. Giugno, A. Pulvirenti, M. Ragusa, L. Facciola, L. Patelmo, V. Di Pietro, C. Di Pietro,M. Purrello, and A. Ferro. Locally sensitive backtranslation based on multiple sequencealignment. In CIBCB ’04. Proceedings of the 2004 IEEE Symposium on ComputationalIntelligence in Bioinformatics and Computational Biology, pages 231–237. IEEE ComputerSociety, 2004

10

[80] A. Ferro, R. Giugno, A. Pulvirenti, R. Gueli, M. Mongiovı, A. Elia, and D. Pamparone.Probabilistic apriori and episode mining techniques for intelligent management of watersupply networks. In Proceedings of International Conference on Hydroinformatics, pages1727–1734. World Scientific Publishing Co., 2004. International Conference on Hydroin-formatics. Liong, Phoon, Babovic (eds.)

2003

[81] C. Di Pietro, V. Di Pietro, G. Emmanuele, A. Ferro, T. Maugeri, E. Modica, G. Pigola,A. Pulvirenti, M. Purrello, M. Ragusa, M. Scalia, and D. Shasha. Anticlustal multiplesequence alignment by antipole clustering and linear approximate-median computation.In CSB 2003, pages 326–336, 2003. IEEE Computer Society Computational SystemsBioinformatics (CSB 03). Augus 11-14, Stanford, CA, USA

[82] A. Ferro, R. Giugno, and A. Pulvirenti. Efficient boundary values generation in generalmetric spaces for software component testing. In Verification: Theory and Practice 2003,volume 2772, pages 318–331. Ed. Springer-Verlag Berlin., 2003

[83] S. Battiato, A. Pulvirenti, and D. Reforgiato Recupero. Antipole clustering for fast texturesynthesis. In WSCG: Winter School of Computer Graphics, February 3-7, 2003

2001

[84] G. Gallo, G. Grasso, S. Nicotra, and A. Pulvirenti. Remote sensed images segmentationthrough shape refinement. In Proceedings of ICIAP 2001, pages 137–144, USA, 26-28September, 2001. IEEE Computer Society

Abstract in Atti di Conferenze

2014

[85] S. Di Bella, F. Russo, G. Nigita, A. Pulvirenti, R. Giugno, and A. Ferro. miMETA: anonline meta-analysis tool for the mirandola database. In Bioinformatics Italian Society(BITS) Annual Meeting, Rome, 2014

[86] A. Privitera, F. Russo, A. Ferro, A. Pulvirenti, and R. Giugno. OCDB: the first overalldatabase collecting genes, mirna and drugs for obsessive-compulsive disorder. In Bioinfor-matics Italian Society (BITS) Annual Meeting, Rome, 2014

[87] S .Alaimo, V. Bonnici, D. Cancemi, A. Ferro, R. Giugno, and A. Pulvirenti. DT-Hybridweb: a web-based application for drug-target interaction prediction through domain-tunednetwork-based inference. In Bioinformatics Italian Society (BITS) Annual Meeting, Rome,2014

[88] S. Alaimo, A. Pulvirenti, R. Giugno, and A. Ferro. TuNDRA: a tripartite network baseddrug repositioning algorithm. In Bioinformatics Italian Society (BITS) Annual Meeting,Rome, 2014

11

[89] A. Pulvirenti, R. Giugno, R. Distefano, G. Pigola, M. Mongiovı, G. Giudice, V. Ven-dramin, A. Lombardo, F. Cattonaro, and A. Ferro. A knowledge-base for the vitis-viniferafunctional analysis. In Bioinformatics Italian Society (BITS) Annual Meeting, Rome, 2014

2013

[90] S. Alaimo, A. Pulvirenti, R. Giugno, and A. Ferro. MITHrIL: Mirna enriched pathwayimpact analysis. In Bioinformatics Italian Society (BITS) Annual Meeting, Rome, 2013

[91] F. Russo, S. Di Bella, V. Bonnici, A. Lagana, R. D’Aurizio, M. Pellegrini, A. Pulvirenti,R. Giugno, and A. Ferro. Biological network annotation tool with cellular and extracellularmirna data. In 10th Annual Network Biology Symposium & Cytoscape Workshop, InstitutPasteur, Paris, 2013

[92] G. Nigita, V. Macca, R. Distefano, F. Russo, A. Paone, A. Lagana, R. Giugno, A. Pul-virenti, and A. Ferro. A method for finding sequence signals characterizing a-to-i rnaediting. In Bioinformatics Italian Society (BITS) Annual Meeting, Udine, 2013

[93] S. Di Bella, F. Russo, V. Bonnici, A. Pulvirenti, R. Giugno, and A. Ferro. Cellular andextracellular micrornas: a systematic comparison of expression profiles and the role of drugsin circulating mirna levels. In Bioinformatics Italian Society (BITS) Annual Meeting,Udine, 2013

[94] F. Russo, S. Di Bella, G. Nigita, V. Macca, A. Lagana, R. Giugno, A. Pulvirenti, andA. Ferro. The miRandola Database: Function and diagnostic potential of extracellularmicrornas. In The 6th International Biocuration Conference, Churchill College, Cambridge,UK, 2013

2010

[95] A. Lagana, A. Giudice, S. Forte, D. Veneziano, F. Russo, V. Catania, R. Giugno, A. Pul-virenti, D. Shasha, and A. Ferro. The miRo project: towards a unified resource for mirnaresearch. In Bioinformatics Italian Society (BITS) Annual Meeting, Bari, 2010

[96] A. Lagana, F. Russo, R. Giugno, A. Pulvirenti, and A. Ferro. Transposable elements aspotential mirna targets. In RNAi2010: Gene Regulation by Small RNAs. J RNAi GeneSilencing, 2010

2009

[97] A. Lagana, S. Forte, R. Giugno, A. Pulvirenti, D. Shasha, and A. Ferro. Prediction ofhuman targets for viral encoded micrornas by thermodynamics and empirical constraints.In RNAI 2009 - ncRNAs: Bridging Biology and Therapy, March 18-19, 2009

[98] A. Lagana, S. Forte, A. Papa, R. Giugno, A. Pulvirenti, D. Shasha, and A. Ferro. Design ofhighly specific synthetic mirnas. In Bioinformatics Italian Society (BITS) Annual Meeting,Genova, March 18-20, 2009

2007

12

[99] A. Lagana, S. Forte, A. Papa, R. Giugno, A. Pulvirenti, D. Shasha, and A. Ferro. miR-Synth: a tool for designing highly specific synthetic mirnas. In European Conference onSynthetic Biology (ECSB 2007), November 24-29, 2007

[100] A. Ferro, R. Giugno, G. Pigola, A. Pulvirenti, C. Di Pietro, M. Purrello, and M. Ragusa.Sequence similarity is more relevant than species specificity in probabilistic backtransla-tion. In Italian Proteomic Association, Annual National Conference, 2007

[101] C. Bosco, A. Ferro, R. Giugno, M. Mongiovı, G. Pigola, A. Pulvirenti, D. Skripin, G. Bader,and D. Shasha. Algorithms and techniques for large biological networks analysis. In ItalianProteomic Association, Annual National Conference Proceedings, 2007

[102] S. Forte, A Lagana, R. Giugno, A. Pulvirenti, and A. Ferro. Supervised classificationof gene expression profiles through data mining techniques. In Functional Genomics &Systems Biology, October 10-13, 2007

[103] A. Ferro, S. Forte, R. Giugno, A Lagana, A. Pulvirenti, D. Barbagallo, C. Di Pietro,A. Majorana, M. Purrello, M. Ragusa, D. Bonci, R. De Maria, and A. Pagliuca. Predictionof human targets for viral encoded micrornas by thermodynamics and empirical constraint.In Bioinformatics Italian Society (BITS) Annual Meeting, Naples, April, 2007

2006

[104] I. Buffa, A. Lagana, M. Ragusa, R. Giugno, A. Pulvirenti, C. Di Pietro, M. Purrello, andA. Ferro. miRfinder: a tool for the prediction of eukaryotic microrna specific binding sites.In SIMAI, 2006

[105] C. Di Pietro, M. Ragusa, L. Duro, V. Dagostino, P. Triberio, D. Barbagallo, A. Di Cataldo,G. Li Destri, A. Lagana, S. Forte, S. Pernagallo, S. Valenti, M.R. Guglielmino, T. Mani-scalchi, R. Giugno, A. Pulvirenti, M. Santagati, G. Russo, M. Scalia, R. Bernardini,L. Pavone, S. Stefani, A. Ferro, K.H. Grzeschik, and M. Purrello. The apoptotic ma-chinery as a biological complex system: An omics analysis and identification of candidategenes for breast adenocarcinoma, thyroid carcinoma and neuroblastoma. In IX Congressodella Associazione Italiana di Biologia e Genetica generale e molecolare (AIBG), 2006

[106] C. Di Pietro, M. Ragusa, L. Duro, V. Dagostino, P. Triberio, D. Barbagallo, A. Di Cataldo,G. Li Destri, A. Lagana, S. Forte, S. Pernagallo, S. Valenti, M.R. Guglielmino, T. Mani-scalchi, R. Giugno, A. Pulvirenti, M. Santagati, G. Russo, M. Scalia, R. Bernardini, S. Guc-cione, L. Pavone, S. Stefani, A. Ferro, K. H. Grzeschik, and M. Purrello. Complex systemsbiology: Structural, functional and pathological genomics of the apoptotic machinery andidentification of candidate genes for breast adenocarcinoma, thyroid carcinoma and neu-roblastoma. In SIMAI, 2006

2005

[107] C. Di Pietro, A. Ferro, R. Giugno, A. Lagana, G. Pigola, A. Pulvirenti, M. Purrello, andM. Ragusa. Anticlustal: Multiple sequence alignment by antipole clustering. In CNB7 -7th National Biotechnology Congress, 2005

13

[108] C. Di Pietro, M. Ragusa, M.S. Calafato, C. Caserta, A. Carnemolla, M.R. Guglielmino,D. Barbagallo, R. Angelica, A. Grillo, L. Duro, I. Tandurella, V. Giunta, M. Scalia,M. Vento, P. Buffa, A. Messina, A. Lagana, R. Giugno, A. Pulvirenti, K.H. Grzeschik,R. Roeder, A. Ferro, and M. Purrello. Genomica strutturale e funzionale dell’apparatogenerale di trascrizione: Espressione tessuto-specifica dei GTF negli ovociti. In VIII Con-gresso AIBG (Associazione Italiana di Biologia e Genetica Generale e Molecolare), 2005

[109] C. Di Pietro, M. Ragusa, A. Lagana, D. Barbagallo, I. Tandurella, L. Duro, R. Giugno,A. Pulvirenti, S. Pernagallo, S. Valenti, M. S. Calafato, V. Di Pietro, M.R. Guglielmino,R. Angelica, C. Caserta, M. Santagati, R. Bernardini, L. Pavone, S. Stefani, A. Ferro,and M. Purrello. Genomica strutturale e funzionale del macchinario apoptotico: Identifi-cazione di geni candidati per malattie genetiche degenerative. In VIII Congresso AIBG(Associazione Italiana di Biologia e Genetica Generale e Molecolare), 2005

2004

[110] M. Ragusa, V. Di Pietro, A. Carnemolla, I. Tandurella, R. Giugno, A. Pulvirenti, A. Ferro,S. Stefani, C. Di Pietro, A. Messina, and M. Purrello. Structural and functional genomicsof the apoptotic machinery: identification of new candidate genes for parkinson disease.In Proceedings of the 7-th International Symposium on Molecular Medicine, Creta, 14-16October, 2004

[111] C. Di Pietro, A. Ferro, R. Giugno, A. Lagana, G. Pigola, A. Pulvirenti, M. Purrello, andM. Ragusa. Anticlustal: multiple sequence alignment by antipole clustering. In Atti delVII Congresso Nazionale delle Biotecnologie, Catania, September, 2004

[112] C. Di Pietro, M. Ragusa, A. Carnemolla, V. Di Pietro, R. Giugno, A. Pulvirenti, A. Ferro,K. H. Grzeschik, and M. Purrello. Structure, expression and evolution of tpg, a newmember of the tbp family. In Atti del VII Congresso Nazionale delle Biotecnologie, Catania,September, 2004

2003

[113] M. Ragusa, C. Di Pietro, A. Pulvirenti, E. Modica, R. Giugno, G. Pigola, V. Zimmitti,V. Di Pietro, K.H. Grzeschik, R. Roeder, A. Ferro, and M. Purrello. Identificazione edanalisi evolutiva di THG, un gene umano caratterizzato da elevata omologia a TBP, medi-ante un approccio combinato di biologia sperimentale e biologia computazionale. In SestoCongresso Associazione Italiana Biologia e Genetica Generale e Molecolare (AIBG), pages1–8, 1-4 October, 2003

[114] M. Purrello, C. Di Pietro, M. Ragusa A. Pulvirenti, G. Pigola, R. Giugno, E. Modica,T. Maugeri, G. Emmanuele, S. Travali, M. Scalia, D. Shasha, and A. Ferro. In vitroand in silico cloning of xenopus laevis sod2 demonstrates very high aminoacid sequenceconservation during evolution. In First European Conference: Functional Genomics andDisease, Prague, 14-17 May, 2003

14

SOFTWARE

Parte delle pubblicazioni sopracitate sono state accompagnate dallo sviluppo di sistemi soft-ware distribuiti con licenza Open-Source (Creative Commons o MIT) ampiamente usati dallacomunita scientifica:

• Network analysis

– GASOLINE:Allineamento multiplo locale di reti biologichehttp://ferrolab.dmi.unict.it/gasoline/gasoline.htmlCytoscape app: http://apps.cytoscape.org/apps/gasoline

– PROPOSALAllineamento multiplo locale di strutture 3D di proteine:http://ferrolab.dmi.unict.it/proposal/proposal.html

– DT-HybridPredizione di interazione tra drug e target:http://alpha.dmi.unict.it/dtweb/dthybrid.php

– DT-WebDrug combination e drug-target prediction web tool:http://alpha.dmi.unict.it/dtweb/

– RIAlgoritmo per il subgraph isomorphismhttp://ferrolab.dmi.unict.it/ri/ri.html

– GRAPES Subgraph isomorphism parallelo in database di grafi:http://ferrolab.dmi.unict.it/GRAPES/grapes.html

– SIGMASubgraph matching approssimato:http://ferrolab.dmi.unict.it/sigma.html

– GraphGrepSx, SINGGraph searching in database of graphs:http://ferrolab.dmi.unict.it/graphgrepsx/graphgrepsx.htmlhttp://ferrolab.dmi.unict.it/sing.html

– NetMatchCytoscape app per il subgraph isomorphism in reti biologiche:http://ferrolab.dmi.unict.it/netmatch.html

• Sistemi per l’analisi di mRNA

– MIDClassTool per la classificazione di dati di espressione genica:http://ferrolab.dmi.unict.it/MIDClass.html

15

– mirScapeCytoscape app per il mapping di microRNA su reti biologiche:http://ferrolab.dmi.unict.it/mirscape.html

– miRiammicroRNA targeting toolhttp://ferrolab.dmi.unict.it/miriam.html

– VIRGO, miR-EdiTarBanche dati per lo studio dell’RNA Editing su scala genomica:http://atlas.dmi.unict.it/virgo/http://microrna.osumc.edu/mireditar

– miRoBanca dati annotazione funzionale di microRNAhttp://ferrolab.dmi.unict.it/miro/index.php

– miRandola Base di dati per l’analisi di microRNA Circolantihttp://atlas.dmi.unict.it/mirandola/

– BIOWINESistema per l’analisi di dati NGS di Vitis Viniferahttp://alpha.dmi.unict.it/biowine

– MithrilSistema per l’analisi della pertubazione dell pathwayhttps://sites.google.com/site/mirnapathwayimpactfactor/

– LBT, EasyBackProtein back translationhttp://ferrolab.dmi.unict.it/backtranslation.htmlhttp://ferrolab.dmi.unict.it/easyback.html

– AntiClustAl, AntiClustal++Allineamento multiplo di sequenze:http://ferrolab.dmi.unict.it/anticlustalinput.htmlhttp://alfredo.dmi.unict.it/ac2/

• Sistemi per il mining di dati:

– BitCubeSistema per la materializzazione di cubi multidimensionalihttp://ferrolab.dmi.unict.it/bitcube.html

– DBStrataTool per il Density Based Clusteringhttp://ferrolab.dmi.unict.it/DBStrata/index.html

– ClosestMatchSistema Matching bipartito sul pianohttp://ferrolab.dmi.unict.it/closest.html

• Altri sistemi sono disponibili su richiesta direttamente agli autori.

16

SINTESI DELLA RICERCA CONDOTTA

Alfredo Pulvirenti dal 2005 al 2010 ha svolto attivita di ricerca inerente i problemi di ottimiz-zazione su spazi metrici e loro applicazioni nell’ambito della bioinformatica e delle reti presso ilDipartimento di Matematica e Informatica. La sua ricerca si e svolta prevalentemente in ambitointerdisciplinare, con colleghi di varie facolta (italiani e stranieri), focalizzandosi maggiormentenel settore della bioinformatica e della biomedicina; cio lo ha portato al trasferimento nel dipar-timento di Bio-Medicina Clinica e Molecolare per favorire il progetto culturale intrapreso. Negliultimi anni i principali argomenti su cui concentra la sua ricerca sono: lo studio del subgraphmatching e del network mining; l’allineamento di network biologiche e compressione di grafi at-traverso metodi Monte Carlo Markov Chain; lo sviluppo di metodi computazionali e banche datiper l’analisi dei microRNA (algoritmi di targeting e design di microRNA sintetici); lo sviluppoe l’applicazione di metodi di data mining e statistici per l’analisi dei dati.

L’attivita di ricerca stata corredata dallo sviluppo di sistemi, distribuiti con licenza Open-Source, ampiamente usati dalla comunit scientifica.

COLLABORAZIONI SCIENTIFICHE

Alfredo Pulvirenti svolge ampia parte delle sue tematiche di ricerca in collaborazione con colleghidi universita italiane e straniere, tra cui:

• Prof. Dennis Shasha (New York University), subgraph matching e microRNA design.

• Prof. Charles E. Lawrence (Brown University), algoritmi probabilistici basati su HiddenMarkov Model per il microRNA targeting e design.

• Prof. Carlo Croce (Ohio State University), metodi in silico per il design di microRNAartificiali.

• Prof. Kay Huebner (Ohio State University), metodi statitici e bayesiani per l’analisi diprofili microRNA.

• Prof. Nicola Valeri (The Institute of Cancer Research, London, UK), estrazione di retibayesiane per dati di espressione di microRNA per la sottoclassificazione di pazienti affettida cancro all’intestino.

• Prof. Roded Sharan (Tel Aviv University), subgraph matching approssimato.

• Prof. Gary Bader (Toronto University), biological network querying e network annotation.

• Prof. Carlo Catassi (Universita di Ancona), data mining per la classificazione di pazientiaffetti dai sintomi della celiachia.

Annualmente e visiting researcher per brevi periodi presso la New York University e l’Ohio StateUniversity.Infine, Alfredo Pulvirenti, collabora attivamente con l’Istituto di Nazionale di Geofisica e Vul-canologia (INGV), sezione di Catania, nell’ambito dell’analisi di segnali sismici e vulcanici at-traverso algoritmi di data mining.

17

TUTOR DOTTORATO DI RICERCA

• E’ stato tutor presso il dottorato di ricerca in Informatica dell’Universita degli studi Cata-nia dei dottori di ricerca in Informatica: Carmelo Cassisi, Marco Aliotta e Giovanni Nigita;

• E’ tutor presso il dottorato di ricerca in Informatica dell’Universita degli Studi di Cataniadel dott. Salvatore Alaimo;

• E’ co-tutor presso il dottorato di Ricerca in Informatica dell’Universita di Pisa del Dott.Giovanni Micale.

PROGETTI DI RICERCA

• PON04A2 A - PRISMA - PiattafoRme cloud Interoperabili per SMArt-government (D.D.n. 32 84/Ric del 2/03/2012, D.D. n. 255/Ric del 30/05/2012, D.D. n. 370/Ric del26/06/2012). Durata: 32 mesi. Ruolo: Partecipante.

• PON01 SIGMA, Sistema integrato di sensori in ambiente cloud per la gestione multirischioavanzata (Decreto Direttoriale prot. n. 678/Ric. del 15 ottobre 2012). Durata: 36 mesi.Ruolo: Coordinamento e Ricerca.

• PO. FESR 2007-2013 - Sicilia - Linea di Intervento 4.1.1.2. BIOWINE Approccio multidis-ciplinare per il miglioramento della qualita della produzione vitivinicola (DDG n. 5761/3del 13/12/2011). Durata: 18 mesi. Ruolo: Coordinamento e Ricerca.

• Laboratorio Pubblico Privato DM20919 Wyeth/CNR. Tecniche di Data Mining per l’analisidi profili di espansione genica ed arricchimento funzionale su pathway. Durata: 18 mesi.Ruolo: CO-Investigator.

• POR 3.14 (GURS n.15 8/4/2005). Ricerca e Sviluppo suite di programmi per l’analisibiologica, denominata: BIOWARE. Durata: 18 mesi. Ruolo: Coordinamento e Ricerca.

• Misura 2, P.I.A. Pacchetto Integrato di Agevolazioni del PON Sviluppo Imprenditoriale lo-cale: ”BALANCE SCORECARD” (2006-2008). Durata: 24 mesi. Ruolo: Coordinamentoe Ricerca.

• Progetto Legge 297 (GURI 17/11/2004). Tecniche di Data Cleaninig e Data Mining viaClustering e loro applicazioni alla Business Intelligence. Durata: 24 mesi. Ruolo: Coordi-namento e Ricerca.

• FIRB ITALIA-ISRAELE n. RBIN04BYZ7 003: Algoritmi per il pattern discoveri e re-trieval in strutture discrete con applicazioni alla Bioinformatica. Durata: 24 mesi. Ruolo:Partecipante.

• POR 3.14 (decreto n. 1752 del 18.11.2004). Realizzazione di un sistema di localizzazionesatellitare su mezzi mobili per l’ottimizzazione della funzione della logistica distributiva.Durata: 12 mesi. Ruolo: Coordinamento e Ricerca.

18

• PRIN2003 Area 09 Unita di Catania - Ingegneria industriale e dellinformazione Tecnichedi Randomizzazione e Indicizzazione per Clustering e Query Approssimate Efficienti suGrandi Basi di Dati con Applicazioni alla Biologia Durata: 24 mesi. Ruolo: Partecipante.

• Progetto di Internazionalizzazione, INTERLINK INT01AB7BE (2001-2003), ConvenzioneCatania-New York tra Universita’ per il Dottorato in Informatica (Computer Science)Triennale con New York University e Columbia University. Durata: 36 mesi. Ruolo:Partecipante.

• Progetto Legge 297, QUALIA Progetto di Formazione (2005-2006) Formazione di ricer-catori e tecnici di ricerca per il progetto ”QUALIA”. Responsabile ACSE SPA Carate-Catania. Durata: 6 mesi. Ruolo: Partecipante.

• Programmi per l’incentivazione del processo di internazionalizzazione del sistema univer-sitario collaborazioni interuniversitarie internazionali (D.M. 5 agosto 2004 n. 262 - art,23) From benchwork to bedside:analisi molecolare e bioinformatica di fenotipi patologici.Programmazione 2004-2006 prot. ii04c9775h Durata: 32 mesi. Ruolo: Partecipante.

• Responsabile del progetto di ricerca dal titolo Algoritmi di ottimizzazione su spazi Metricied applicazioni al Networking ed alla Biologia Computazionale, Progetto Giovani Ricerca-tori 2002.

ORGANIZZAZIONE DI CONVEGNI, SCUOLE, COMITATI EDI-TORIALI

• Co-organizzatore di FUN WITH ALGORITHMS 2014 Lipari, Italy, 1-3 Luglio 2014.

• Co-organizzatore e co-chair di BITS (Convegno della Societa Italiana di Bioinformatica)2012, Catania, Italy, 2-4 Maggio 2012.

• Co-organizzatore di SISAP 2011, Lipari, Italy. 30 Giugno - 1 Luglio 2011.

• Co-chair NETTAB 2009, Catania, Italy. 10-13 Giugno, 2009.

• Membro del Comitato Scientifico della J. T. Schwartz International School for ScientificResearch (Lipari school).

• Co-direttore dal 2009 dell’International School in Bioinformatics and Computational Bio-logy.

• Co-direttore dal 2009 della Computational Social Sciences.

• Membro del comitato scientifico di BIOKDD 2010, 2011, 2012, 2013, 2014.

• Membro del comitato scientifico di NETTAB 2013

• Membro del comitato scientifico di KDIR 2013, 2014.

19

• Membro del comitato scientifico di iCBEB 2013, 2014.

• Membro del comitato tecnico Pattern Recognition for Bioinformatics di IAPR TC20.

• Membro del comitato organizzatore di SeqAheads Bari 2013 COST Workshop.

• Membro del comitato scientifico di BITS 2014.

Ha curato come co-editor le seguenti special issue:

• Guest Editor di BMC Bioinformatics, special issue del Convegno BITS 2012.

• Guest Editor di Information Systems (Elsevier), special issue di SISAP 2011.

• Guest Editor di Briefings in Bioinformatics, Special Issue di Nettab 2009.

E’ membro dei comitati editoriali delle seguenti riviste:

• (Editorial Board) ISRN Bioinformatics - ISSN: 2090-7346

• (Editorial Board) Advances in Biology - (subject area: Bioinformatics) - ISSN: 2314-756307/2013

• (Editorial Board) New Journal of Science - (subject area: Bioinformatics)

• (Editorial Board) International Scholarly Research Notices - (subject area: Bioinformatics)

SERVIZI ACCADEMICI

Ha svolto servizio come revisore per le seguenti conferenze e riviste:

• ACM SAC 2003, 2004

• MobiHoc, 2006

• ICIC, 2004-2013

• CIBCB 2004, 2005, 2006

• ACM SIGMOD, 2009

• SISAP 2008, 2009, 2010, 2012

• ICTCS 2014

• Computer Networks Journal

• IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,

• BMC Research notes

• Briefings in Bioinformatics

20

• PLOS Computational Biology

• Information Processing Letters

• Theoretical Computer Science

• Pharmacogenomics

• Bioinformatics

• Journal of Graph Algorithms and Applications

• PLOS ONE

• Nucleic Acids Research

• Software: Practice and Experience, Wiley

• Open Journal of Semantic Web

• Entropy

• F1000 Research

Ha svolto servizio come revisore di progetti di ricerca per:

• Estonian Science Foundation.

PREMI E RICONOSCIMENTI

• Best Paper Award: Misael Mongiovı, Raffaele Di Natale, Rosalba Giugno, Alfredo Pul-virenti, Alfredo Ferro and Roded Sharan. A Set-cover-based Approach for Inexact GraphMatching. 8th Annual International Conference on Computational Systems Bioinformatics(CSB2009). Stanford University, CA, USA. August 10-12, 2009.

• Primo classificato per l’attribuzione di n. 2 borse di studio annuali del valore di Lit.30.000.000 per la formazione di eccellenza all’estero bandite dall’Universita di Catania.

SEMINARI

• COST Workshop, Computational techniques for RNA-based gene regulation: ArtificialmiRNA design, miRNA targeting, miRNA knowledge bases, and A-to-I RNA editing,Bari 2013.

• INGV Catania, Data Mining on High Dimensional Data, Ottobre 2009.

• Wyeth Research, Catania, Italia: Classificazione di dati di espressione genica, Ottobre2007.

21

• ITALIA-ISRALE, FIRB meeting, High-Precision Multiple Sequence Alignment, 5-6 feb-braio, 2007, Pisa, Italia.

• Wyeth Research Boston, High precision Multiple Sequence Alignment, Maggio 2006.

• Bud Mishra Bioinformatics Lab, New York University, High precision Multiple SequenceAlignment, Giugno 2006.

• Anticlustal: Multiple Sequence Alignment by Antipole Clustering, Workshop PRIN2003,rendicontazione annuale. Lipari, giugno 2004.

• Anticlustal: Multiple Sequence Alignment by Antipole Clustering, International Workshopon Non Linear Dynamics and Noise in Biological Systems, Torino, aprile 2004.

PARTECIPAZIONE A GRUPPI SCIENTIFICI

• Membro ordinario dal 2009 della Societa Italiana di Bioinformatica (BITS)

• Membro dal 2014 dellInternational Society for Computational Biology (ISCB)

• Iscritto al Gruppo Nazionale per il Calcolo Scientifico (GNCS)

• Iscritto al GRuppo di INformatica (GRIN)

ATTIVITA DIDATTICA

CORSI UNIVERSITARI

• Corso di studi in Informatica (laurea triennale)

– Basi di dati 9 c.f.u (a.a. 2012/’13 - 2013/’14 - 2014/’15)

– Introduzione all’Analisi dei Dati (a.a. 2010/’11 - 2011/’12 - 2012/’13)

– Programmazione 2 (a.a. 2006/’07 - 2007/’08 - 2008/’09)

– Basi di dati (esercitazioni, a.a. 2004/’05 - 2005/’06 - 2006/’07 - 2007/’08)

• Corso di studi in Medicina (laurea magistrale)

– Informatica (a.a. 2012/’13 - 2013/’14 - 2014/’15)

• Corso di studi in Tecniche per la riabilitazione Psichiatrica (laurea triennale)

– Informatica (a.a. 2012/’13 - 2013/’14 - 2014/’15)

– Statistica Medica (a.a. 2012/’13 - 2013/’14 - 2014/’15)

• Corso di studi in Informatica (laurea magistrale)

– Analisi e Gestione dei Dati (a.a. 2009/’10 - 2010/’11 - 2011/’12 - 2012/’13)

22

• Corso di studi in Informatica (laurea specialistica)

– Data Analysis and Management (a.a. 2007/’08 - 2008/’09 )

– Algoritmi per la Bioinformatica (a.a. 2007/’08)

• Corso di studi in Informatica Applicata (laurea triennale, sede distaccata Comiso (RG))

– Basi di Dati I (a.a. 2005/’06 - 2006/’07 - 2007/’08)

– Basi di dati II (a.a. 2006/’07 - 2007/’08 - 2008/’09)

• Corso di studi in Fisica (laurea specialistica)

– Metodi Informatici per la Fisica (a.a. 2005/’06)

• Corso di studi in Tecnologie e Pianificazione per il Territorio e l’Ambiente (laurea triennale)

– Informatica con Applicazioni alla Grafica Computerizzata (a.a. 2005/’06)

• Corso di studi in Scienze del Governo e dell’Amministrazione (laurea triennale, Facolta diScienze Politiche, sede distaccata Modica (RG))

– Informatica I (a.a.2003/’04 - 2004/’05 - 2005/’06 - 2006/’07 - 2007/’08)

– Informatica II (a.a.2003/’04 - 2004/’05 - 2005/’06 - 2006/’07 - 2007/’08)

• Corso di studi in Scienze dell’Amministrazione (laurea triennale, Facolta di Scienze Politiche)

– Informatica (a.a. 2003/’04)

• Istituto Superiore di Catania per la Formazione di Eccellenza

– Introduzione alle basi di dati (a.a. 2002/’03 - 2003/’04 - 2012/’13 - 2013/’14 -2014/’15)

Esercitazioni e laboratorio

• Laurea quinquennale in informatica

– Laboratorio di Basi di Dati (Access/MySQL/PHP/JAVA) per i corsi di Basi di DatiI, Basi di Dati I/II (a.a 2003/’04).

– Corso Oracle 8i avanzato, nell’ambito del corso di Basi di Dati II (a.a. 1999/’00-2000/’01-2001/’02-2002/’03-2003/’04).

– Corso Oracle 8i nell’ambito del corso di Basi di Dati I (a.a. 1999/’00-2000/’01-2001/’02-2002/’03).

TESISTI

• E’ stato Relatore e Correlatore di oltre 80 tesisti iscritti ai corsi di laurea in Informaticatriennale, Informatica Magistrale, Informatica Specialistica e Informatica Quinquennale.

23

CORSI POST-LAUREA

[1] Docente di ”Metodi Monte Carlo per l’analisi dei dati” nell’ambito del progetto PONKM3NeT ”Conoscenze dei metodi di analisi dati utilizzati in telescopi sottomarini” tenutopresso l’INFN di Catania (2014).

[2] Docente di Basi di Dati nell’ambito del corso di alta formazione PON VULCAMED ”Laricerca geofisica e vulcanologica per il monitoraggio dei rischi naturali e ambientali per latutela e la fruizione delle risorse del territorio” tenuto presso l’INGV di Catania (2013-2014).

[3] Docente di Binformatica e tutor nell’ambito del progetto Nuove figure di specialisti ditecnologie avanzate per l’identificazione e analisi di biomarcatori nel settore oncologico(2013). Progetto PON01 02418, partner: Universita di Catania, Nerviano, IOM ricerca.

[4] Lipari School on Computational Social Science: Computational Social Science: Big Data.Lipari 20-27 luglio, 2013. Titolo del Tutorial: Tools and techniques for data mining

[5] Lipari International Summer School on BioInformatics and Computational Biology: Sta-tistical and Machine Learning Methods in Computational Biology. Lipari 12-19 giugno,2010. Titolo del Tutorial: Two and Multiple Sequence Alignment

[6] Lipari International Summer School on BioInformatics and Computational Biology: RNAs:structure, function and therapy. Lipari 13-20 giugno, 2009. Titolo del Tutorial: Algorithmsfor RNA structure alignment

[7] Lipari International School on Computational Social Sciences: Computational Models ofPolitical and Social Events. Lipari 18-25 luglio, 2009. Titolo del Tutorial: Data miningusing Weka

[8] Lipari International Summer School on BioInformatics and Computational Biology: Bi-ological Networks: Evolution, Interaction and Computation. Lipari 14-21 giugno, 2008.Titolo del Tutorial: Sequence Alignment Algorithm

[9] Docenza (Informatica I/II) nell’ambito del progetto di Formazione del ”Laboratorio Pub-blico Privato DM20919 Wyeth/CNR.” Gennaio-Aprile, 2008.

[10] Lipari International Summer School on BioInformatics and Computational Biology: Ad-vanced Computational Proteomics: Structure, Imaging and Control. Lipari, 16-23 Giugno,2007. Titolo del Tutorial: Advanced Topics in Sequence Alignment

[11] International School on Advanced BioMedicine and BioInformatics: Molecular BioMedicine,Medical Genomics and BioInformatics. Pantelleria, 18-25 giugno, 2005 Titolo del Tutorial:Sequence Alignment

[12] International School on Advanced BioMedicine and BioInformatics: Molecular and Com-putational Analysis of Human Phenotype. Lipari, 29 maggio - 5 giugno, 2004 Titolo delTutorial: Sequence Alignment

24

[13] Teacher Assistant (TA) dalla 15 alla 34 Lipari School for Scientific Research (2003-2011).

[14] Introduzione ai Database Relazionali, Master in E-Business, Universita di Catania, feb-braio 2004 - aprile 2004;

[15] Introduzione ai Database Relazionali, Master in E-Business 2003. Universita di Catania,gennaio 2003;

[16] Corso Informatica di base presso il Centro Orientamento e Formazione (COF Catania)nell’ambito del Master per la formazione di Esperti in Valutazione di Disastri in Agraria.Novembre 2002-Aprile 2003.

[17] Introduzione ai Database Relazionali, Master in Biotecnologie 2002 Universita di Catania,ottobre-dicembre 2002;

[18] Tutor di Basi di Dati nell’ambito del corso ”Formazione di Assistenti di Progetto perattivita innovative di gestione e monitoraggio del territorio mediante uso di tecnologieinformatiche”. Universita di Catania, INFORM s.r.l. Giugno-Settebre 2002.

[19] Corso Oracle 8i nell’ambito del Master in E-Business 2001. Universita di Catania, Maggio2001;

CORSI DI FORMAZIONE

[1] Corso di Formazione ”Uso e sviluppo di strumenti multimediali ed ipertestuali, anche inambiente web, per il supporto alla didattica rivolta ad allievi dei 2 cicli di istruzione, anchediversamente abili” sede Paterno LSPP F. De Sanctis, presentato dal Centro Orientamentoe Formazione, Universita di Catania. Maggio-Giugno, 2010.

[2] Corso avanzato Access, per i dipendenti della regione Sicilia, (tenuto negli anni 2007, 2008,2009, 2010).

[3] Attivita didattica nell’ambito del F.S.E.- PON ”La scuola per lo sviluppo” 2000-2006.Misura I, Azione I, Sviluppo di competenze di Base e Trasversali nella scuola ”Il villaggioglobale” presso l’I.I.S. ”Gorgia” di Lentini, SR. Aprile, 2006.

[4] Docenza corso ”Informatica Applicata e Tecniche di Meccanizzazione degli Archivi” nell’am-bito del corso ”Esperto archiviazione dei Bene culturali” presso l’ISVI (Istituto di For-mazione e ricerca sui problemi sociali e dello sviluppo), L.R. 27/91, prog. N. 447. Settem-bre, 2005.

[5] Corso di basi di dati e linguaggi per il web nell’ambito di un progetto P.O.N. per laformazione di esperti alla realizzazione di siti web dinamici. Istituto Tecnico CommercialeA. Majorana Acireale. Febbraio-Maggio 2005.

[6] Dal 2003 docente ECDL presso il corso di laurea in Scienze del Governo e dell’Amministra-zione, Facolta di Scienze Politiche, Universita degli studi di Catania, sede distaccata Mod-ica.

25

[7] Tutor nell’ambito di corsi di alta formazione organizzati dall’Universita degli Studi diCatania per i dipendenti della Provincia Regionale di Catania. Settembre 2001-Febbraio2002.

26

FORMAZIONE

TITOLI DI STUDIO

• Gennaio 2003: Dottorato di ricerca in Informatica (XV ciclo) presso Universita di Catania.Tesi dal titolo: ”Data structures and algorithms for optimization problems and advancedsearch in high-dimension metric spaces”, tutor Prof. Alfredo Ferro (Universita di Catania).Durante il dottorato ha trascorso diversi periodi di studio presso la New York Universityper collaborare con il prof. Dennis Shasha che ha poi co-supervisionato la tesi.

• Marzo 1999: Laurea in Scienze dell’Informazione presso l’Universita degli Studi di Catania,voto 110/110 e lode. Tesi di laurea svolta all’estero presso la New York University sottola supervisione del prof. Dennis Shasha.

SCUOLE DI SPECIALIZZAZIONE

• 16a International School for Computer Science Researchers (Universita di Catania) MobileNetworks: Algorithms and Systems. Lipari 11-24 luglio 2004.

• 15a International School for Computer Science Researchers (Universita di Catania) Algo-rithmics for Data Mining and Pattern Discovery. Lipari 13-26 luglio 2003.

• 13a International School for Computer Science Researchers (Universita di Catania) Foun-dations of Wide Area Network Programming. Lipari 1-14 luglio 2001.

• 12a International School for Computer Science Researchers (Universita di Catania) E-Commerce and On-line Algorithms. Lipari 9-22 luglio 2000;

• SNDIS 2000 (Universita di Bologna) Scuola Nazionale dei Dottorati di Informatica delleFacolta di Scienze tenutasi a Bertinoro (Forlı) 22 maggio-2 giugno 2000;

• 11a International School for Computer Science Researchers (Universita di Catania) Com-putational Biology. Lipari 20 giugno-3 luglio 1999;

27

ATTIVITA PROFESSIONALE

• Comunicando s.p.a. Consulenza per il tuning di un DBMS Oracle 9i su piattaforma SUNSolaris per sistemi TLC in pseudo-realtime (2003 - 2004).

• Docente di ruolo di Informatica (vincitore di concorso bandito dal ministero nel 1999),presso l’ITC A. Majorana Acireale, ottobre 2002 - gennaio 2003;

• Consulente per la CORE s.r.l. nell’ambito dello sviluppo di un software integrabile inun SIT (Sistema Informativo Territoriale) per il problema dell’accorpamento di aree dicensimento del comune di Bologna (2001). Progetto coordinato per l’Universita di Cataniadal Prof. Alfredo Ferro.

• Consulente per la Mestor s.n.c. per il design e lo sviluppo di un tool per l’identificazionedi aree di interesse in immagini satellitari nell’ambito del progetto europeo DUP-ITAL-SCAR. Progetto coordinato per l’Universita di Catania dal Prof. Giovanni Gallo.

Si autorizza il trattamento dei dati personali ai sensi della legge 675/96 e successive modifiche.

28