Esame Prenatale Non Invasivo del Cariotipo Fetale

Esempi di casi clinici

Esempio di un recente caso clinico (Caso 1)

Paziente di 31 anni

5

Risultato Negativo

Anomalie fetali ecografiche(ipoplasia del cervelletto; ventricolomegalia)

Rianalisi con Amniocentesi

20^ settimana di gestazione

12^ settimana di gestazione

Del5p15.33-13.2

Chr. 5Chr. 5

PrenatalSafe® KaryoArray-CGH

cfDNALiquido

Amniotico

34 Mb

Identifica una delezione 5p confermata con array-CGH

Paziente di 32 anni

5

Risultato Negativo

Anomalie fetali ecografiche

Amniocentesi

21^ settimana di gestazione

13^ settimana di gestazione

(difetto interventricolare, piede torto, intestino iperecogeno, dismorfismo facciale, arteria ombelicale unica)

Esempio di un recente caso clinico (Caso 2)

Del18p11.32-p11.31

Chr. 18

PrenatalSafe® KaryoArray-CGH

cfDNALiquido

Amniotico

3,8 Mb

Del18q21.32-q2321,3 Mb

Identifica due delezioni (18p e 18q) confermate con array-CGH

Chr. 18

Paziente di 32 anniPortatrice di traslocazione reciproca 46,XX,t(7;9)(p15;q22)

Gravidanza ottenuta con PMA

Risultato Patologicorilevato cariotipo fetale con traslocazione sbilanciata

Anomalie fetali ecografiche

Villocentesi

12^ settimana di gestazione

11^ settimana di gestazione

(labiopalatoschisi; idrocefalia tetraventricolare, ipoplasia cuore)

Chr. 7

Chr. 9

Esempio di un recente caso clinico (Caso 3)

Risultato confermato

PrenatalSafe® KaryoArray-CGHcfDNAVilli Coriali

PrenatalSafe® KaryoArray-CGHVilli Coriali

Dup7p22.3p21.2 15 Mb Dup9p24.3-q31.1 107.5 Mb

cfDNA

Identifica una traslocazione sbilanciata confermata con array-CGH

Paziente di 35 anni

Amniocentesi(cariotipo tradizionale)

13^ settimana di gestazione

Risultato Negativo(Cariotipo fetale 46, XY)

Esempio di un recente caso clinico (Caso 4)

Anomalie fetali ecografiche(Sospetta Sindrome di DiGeorge)

20^ settimana di gestazione

Sindrome di DiGeorge

Amniocentesi

PrenatalSafe® KaryoArray-CGH

cfDNALiquidoAmniotico

Del22q11.21Sindrome di DiGeorge

Identifica una gravidanza con sindrome di DiGeorgePlus

4 Mb

Chr.22

Paziente di 33 anni(non consapevole di essere portatrice di traslocazione cromosomica)

Risultato Patologicorilevato cariotipo fetale con delezione 13q33.1q34 di 11.4 Mb

Anomalie fetali ecografiche

Villocentesi

15^ settimana di gestazione

12^ settimana di gestazione

(Igroma Cistico e Sacci Giugulari)

Esempio di un recente caso clinico (Caso 5)

Paziente portatrice di traslocazione reciproca

46,XX,t(13;20)(q33;q13.3)

Risultato confermato

Chr. 13 Chr. 20

(cfDNA)

Del13q33.1q34 11.4 Mb

Identifica una traslocazione sbilanciata di origine materna

Dup20q13.33 1.9 Mb

Array-CGH(CVS)

Chr. 13 Chr. 20

(cfDNA)Array-CGH

(CVS)PrenatalSafe® KaryoPrenatalSafe® Karyo

Paziente di 40 anni

Risultato Patologicorilevata duplicazione 18p

Villocentesi

12^ settimana di gestazione

11^ settimana di gestazione

Esempio di un recente caso clinico (Caso 6)

Risultato confermato

Identifica una duplicazione 18p confermata con array-CGH

Chr. 18

Paziente di 38 anni

Risultato Patologicorilevata duplicazione 11p

Amniocentesi

16^ settimana di gestazione

10^ settimana di gestazione

Esempio di un recente caso clinico (Caso 7)

Risultato confermato

Chr. 11

PrenatalSafe® KaryoArray-CGH

cfDNALiquido

Amniotico

Dup11p15.4p15.1

16 Mb

Dup11p15.4p15.1

16 Mb

Identifica una duplicazione 11p confermata con array-CGH

Paziente di 35 anni

Risultato Patologicorilevata Delezione Xp

Amniocentesi

16^ settimana di gestazione

12^ settimana di gestazione

Esempio di un recente caso clinico (Caso 8)

Risultato confermato

PrenatalSafe® KaryoArray-CGH

cfDNALiquido Amniotico

delXp22.33p11.1

58.5 Mb

Identifica una Delezione Xpconfermata con array-CGH

delXp22.33p11.1

58.5 Mb

Paziente di 40 anni

NIPT(screening 5 cromosomi)

Trisomia 21 non rilevataRilevata CNV materna

Identificata causa del risultato Falso Positivo riportato dal

test eseguito da altro laboratorio

13^ settimana di gestazione

Risultato PositivoAlto Rischio per Trisomia 21

Esame eseguito da altro laboratorio

Esempio di un recente caso clinico (Caso 9)

Riduce il rischio di falsi positivi determinati da CNV materni

PrenatalSafe® KaryocfDNA

Array-CGHPrelievo ematico gestante

Riduce il rischio di falsi positivi determinati da CNV materni

Chudova et al., 2016 NEJM

Riduce il rischio di falsi positivi determinati da CNV materni

Strom et al., 2017 NEJM

Paziente di 42 anni

Risultato Patologicorilevata Trisomia 9

Amniocentesi

16^ settimana di gestazione

14^ settimana di gestazione

Esempio di un recente caso clinico (Caso 10)

Risultato confermato

Trisomia 9 a mosaico (20%)

Identifica una Trisomia 9 a mosaico confermata con cariotipo

PrenatalSafe Karyo®

Chr. 9

L’esito di PrenatalSafe Karyo® e dello studio del cariotipo tradizionale concordano su una Trisomia 9 (a mosaico)

46,XX[80]/47,XX,+9[20]

Paziente di 40 anni

Risultato Patologicorilevata Trisomia 22

Amniocentesi

16^ settimana di gestazione

10^ settimana di gestazione

Esempio di un recente caso clinico (Caso 11)

Risultato confermato

Trisomia 22 a mosaico (16%)

Identifica una Trisomia 22 a mosaico confermata con cariotipo

PrenatalSafe Karyo®

Chr.22

L’esito di PrenatalSafe Karyo® e dello studio del cariotipo tradizionale concordano su una Trisomia 22 (a mosaico)

46,XY[42]/47,XY,+22[8]

Paziente di 31 anni

Risultato Patologicorilevata Trisomia 7

Amniocentesi

16^ settimana di gestazione

12^ settimana di gestazione

Esempio di un recente caso clinico (Caso 12)

Risultato confermato

Trisomia 7 a mosaico (4%)

Identifica una Trisomia 7 a mosaico confermata con cariotipo

PrenatalSafe Karyo®

Chr. 7

L’esito di PrenatalSafe Karyo® e dello studio del cariotipo tradizionale concordano su una Trisomia 7 (a mosaico)

46,XX[48]/47,XX,+7[2]

Studio Prospettico

Fiorentino et al., submitted

Background Conventional cfDNA-based NIPT approaches focus on detection of common

trisomies and sex-chromosome aneuploidies.

This leaves a gap of approximately 17% of clinically relevant chromosomal/subchromosomal abnormalities that would go undetected.

Previous studies have shown the potential of extending conventional NIPT to detect fetal microdeletion syndromes from maternal plasma (Peters et al., 2011; Srinivasan et al., 2013).

Other studies showed how genome-wide cfDNA testing can contribute in lowering the incidence of false positive results generated by maternal copy number variants (Snyder et al., 2015; Chudova et al., 2016).

At present, there are limited data available on the potential of genome-wide screening to detect rare autosomal trisomies and structural chromosome anomalies in a general population of pregnant women.

Aim of the study

From December 2015 through May 2016, genome-wide cell-free fetal DNA(cfDNA) testing was offered to pregnant women undergoing conventionalcfDNA-based non-invasive prenatal testing (NIPT) for common fetalaneuploidy.

We aimed to compare the performance of the two test in a general obstetricalpopulation.

Demographic and pregnancy characteristics

Characteristics n

No. of eligible patients 12.114

Maternal age-yr- Mean ±SD 35.3±4.1

- Min-max 20-58

Gestational age at sample collection -wk- Mean ±SD 12.3±2.1

- Min-max 10-29

Indications for NIPT

- Parental Anxiety 3804 (31.4%)- Advanced maternal agea 4446 (36.7%)- Positive prenatal screen 1199 (9.9%)- Fetal ultrasound abnormality 472 (3.9%)- Prior pregnancy with fetal aneuploidy 157 (1.3%)- More than one indication 2035 (16.8%)

Results of samples tested

Total

No. of patients analyzed 12.114

Samples with a call - no. (%) 12.078 (99.7)

Total cancellations - no. (%) 182 (1.5)

- Samples with low FF - no. (%) 145 (1.2)

- Samples with assay failure - no. (%) 36 (0.3)

Samples with a conclusive result - no. (%) 11.932 (98.5)

Chromosomally abnormal results

- Genome-wide cfDNA screening - no. (%) 196 (1.6)

- Conventional cfDNA screening - no. (%) 166 (1.4)

Pregnancies confirmed as chromosomally abnormal - no. (%)

- Genome-wide cfDNA screening - no. (%) 169 (1.4)

- Conventional cfDNA screening - no. (%) 151 (1.3)

Clinically relevant chromosomal abnormalities classes detected by genome-wide cfDNA analysis

Types of chromosome anomalies detected by conventional and genome-wide cfDNA testing

^ Clinically relevant chromosomal abnormalities, not detected by conventional cfDNA screening, potentially resulting in the birth of babies with chromosomal anomalies, have been considered as false negative.

§ A P-value of less than 0.05 was considered to indicate statistical significance (**).

Performance of conventional cfDNA screening vs. genome-wide analysis

Conventional cfDNA

screening

Genome-wide cfDNAscreening

P-value§

No. of pregnancies assessed 11.932 11.932Clinical relevant chromosomal abnormalities detected - no. (%)

166 196

Pregnancies confirmed as chromosomally abnormal - no. (%)

151 169

False Positive 15 27

False Negative 12* 0

True Positive 151 169

True Negative 11.754 11.736

Sensitivity 92.64% 100.00% <0.001

Specificity 99.87% 99.77% 0.064

Positive Predictive Value (PPV) 90.96% 86.22% 0.161

Negative Predictive Value (NPV) 99.90% 100.00% <0.001

Performance of the Genome-wide cfDNA screening

Conclusion

The clinical utility of expanding NIPT to cover the entire genome iscontroversial, especially in low-risk pregnancies. In fact, it pertains a risk ofoverdiagnosis with a higher number of false positives because ofchromosomal rearrangements which are confined to the placenta, potentiallyleading to an increase in unnecessary invasive testing.

The results of this study demonstrate that a high specificity may bemaintained while extending the screen to all chromosomal abnormalities.