Post on 02-May-2015
AZALEA: III riunione di formazione e operativa
del Gruppo di Ricerca
Roma (2-3 febbraio)
Gaetana CognettiBiblioteca Istituto Regina ElenaCo-coordinatore Progetto Azaleatel. 06 52662613 - tel/fax 06 52662216 g.cognetti@ifo.ithttp://crs.ifo.it/Biblioteca/Bibliotecaire/ital/default.htm
Standard: cooperazione internazionale
ed evoluzione futura
Perché gli standard in AZALEA?
L’ utilizzo di standard garantisce la interoperabilità tra i sistemi definita a livello europeo (91/250/EC) come:
“functional Interconnection and interaction”..”the ability to exchange information and mutually use the information which has been exchanged”
Quali sono i più importanti standard adottati da Azalea?
Standard descrittivi di vario materiale informativo
Standard Nazionali per l’intestazione per autori
Standard per la soggettazione in medicina
Standard per la classificatione
Metadata standard
International standard Bibliographic Description ISBD (m), (s), (er),(cm) ec
RICA: Regole Italiane Catalogazione Autori
Medical Subject Headings/Unified Medical Language System) (MESH/UMLS
National Library of Medicine Classification, LC, Dewey, CDU ecc.
Dublin Core
CRO BP CURE PALLIATIVE/AIM IRE BP WB 310/AIM 000053
Associazione Italiana Malati di Cancro Parenti ed Amici
La terapia e il controllo del dolore / Associazione Italiana Malati di Cancro Parenti ed Amici. - Roma : AIMaC, 2002. - 30 p. : ill. ; 21 cm.- (Collana del Girasole ; 25). - Disponibile anche presso il PIS "Punto di Informazione e Supporto" dell'Azienda Ospedaliera di Parma. Divisione di Oncologia
Palliative Care. Assistenza palliativa.
CRO BP DOCUMENTO ON-LINEAssociazione Italiana Malati di Cancro Parenti ed Amici
Sentirsi meglio : il controllo del dolore e di altri sintomi del cancro / Associazione Italiana Malati di Cancro Parenti ed Amici [Risorsa elettronica]. - Documento testuale on-line. - Roma : AIMaC.- (Collana del Girasole ; 12). - Disponibile anche presso il PIS "Punto di Informazione e Supporto" dell'Azienda Ospedaliera di Parma. Divisione di Oncologia. - http://www.aimac.it/informazioni/libretti/libretto.php?id=273. - Ultima verifica: 30.10.2003. - Ultimo aggiornamento: versione inglese aprile 2003
Palliative Care. Assistenza palliativa. Neoplasms. Neoplasie.
Biblioteche che catalogano o possiedono il materiale
Descrizione secondo ISBD(m)
RICA
soggetti
La comunità internazionale bibliotecaria ha elaborato tali standard per poter gestire efficacemente il filtraggio e lo scambio di milioni di informazioni derivate da libri, riviste, letteratura grigia ecc. su vari supporti (elettronico,
cartaceo, audiovisivo ecc.)
Strutturare le informazioni: i metadata“to make health data more findable”
(eEurope 2002: Quality criteria for Health related Websites)
METADATI I Metadati: Consentono di ricercare in
maniera efficace un documento evitando il rumore tipico delle ricerche su Internet. (Rossi recupera chi si chiamo Rossi e documenti sui colori rossi)
Strutturando il documento con uso di metadata sarà possibile effettuare una ricerca precisa nella parte del documento ove si trovano i nomi degli autori nell’ esempio di sopra.
I metadati sono “dati sui dati”
Es un catalogo di biblioteca,
o una bibliografia sono dati sui dati
Nel giardino dei metadati sbocciano realmente molti fiori (Kaplan).. ..ovvero la necessità di un metadata standard
per integrare i documenti…
Ogni documento ha i propri metadata
In un film: il regista In un articolo: l’
autore In un protocollo
clinico: il capo della ricerca ..
saranno i metadati relativi
alla responsabilità intellettuale
Se riconduciamo i diversi metadata al metadata comune creator avremo un metadata standard che consente di recuperare sia il film, sia l’articolo, sia il protocollo clinico della persona che ha prodotto idiversi documenti
Il Metadata Standard Dublin Core
Nato dalla comunità dai bibliotecari:
OCLC (Online Computer Library Center/ rete USA di 45.000 biblioteche)
E’ costituito da un set minimale di 15 elementi cui ricondurre i metadata più ricchi di diversi documenti con varie applicazioni e proposte anche in ambito biomedico) es cartella clinica…)
Elemento Identificatore Descrizione1 Titolo Title Un nome dato alla risorsa
2 Creatore CreatorUn’entità che ha la responsabilità principale della produzione del contenuto della risorsa
3 Soggetto Subject L’argomento della risorsa.4 Descrizione Description Una spiegazione del contenuto della risorsa
5 Editore PublisherUn’entità responsabile della produzione della risorsa, disponibile nella sua forma presente
6Autore di contributo subordinato Contributor
Un’entità responsabile della produzione di un contributo al contenuto della risorsa
7 Data DateUna data associata a un evento del ciclo di vita della risorsa
8 Tipo Type La natura o il genere del contenuto della risorsa9 Formato Format La manifestazione fisica o digitale della risorsa
10 Identificatore IdentifierUn riferimento univoco alla risorsa nell’ambito di un dato contesto
11 Fonte SourceUn riferimento a una risorsa dalla quale è derivata la risorsa in oggetto
12 Lingua Language La lingua del contenuto intellettuale della risorsa13 Relazione Relation Un riferimento alla risorsa correlata14 Copertura Coverage L’estensione o scopo del contenuto della risorsa15 Gestione dei diritti Rights Informazione sui diritti esercitati sulla risorsa
Dublin Core Metadata Element Set, versione 1.1 ISO 15836:2003
( traduzione italiana di riferimento prodotta dall’ICCU)
Dublin Core Applicazione al protocollo
Title Titolo del protocollo
Author or Creathor Capo della ricerca (protocol chair)
Subject or Keyword Schema: MESH
Description Abstract del protocollo (strutturato come in EBM)*
Publisher Chi rende disponibile il protocollo (editore commerciale o istituzionale)
Contributor Altre persone o istituzioni
che partecipano alla realizzazione del prot.
Data (Created, valid, available, issued, modified)
Data di attivazione del prot. (di approvazione del comitato etico)
Tabella elaborata da come possibileapplicazione di DCal protocollo clinico (M. Mazzieri tesi di specializzazione presso la Scuola Speciale per Archivisti e Bibliotecari- Università La Sapienza- Roma 2003)
Coverage Data di inizio e di chiusura dell’arruolamento
Identifier ID del protocollo nel database di provenienza
Language Schema: Lingua
Source Fonte da cui il prot. è tratto (database, es. PDQ…)
Relation Link ad altre risorse collegate (es. citazioni bibliografiche o altre)
Rights I diritti correlati alla ricerca scientifica
UN METADATA DA STANDARDIZZARE: Il “SOGGETTO”
L’applicazione ai documenti dell’ elemento “Subject” ci consente di fare una ricerca relativa all’ argomento nel metadata relativo e non in altri:
Ma una ricerca sull’ “AIDS” rischierebbe di restituirci sia documenti sulla malattia che documenti su “aiuti “ e rischierebbe di farci perdere i documenti ove si trova invece di Aids il termine: Acquired immunodeficiency syndrome
Per l’indicizzazione per argomento i bibliotecari hanno prodotto tesauri (dizionari di controllo concettuale)
Il MESH (Medical Subject Headings) è il tesauro standard usato per la biomedicina prodotto dalla National Library of Medicine (USA) L’UMLS (Unified Medical Language System) di cui perno centrale è il MESH ha costruito un ponte tra più di cento terminologie mediche ed infermieristiche, analizzando e mappando anche il linguaggio naturale.
Il Medical Subject Headings (MESH)
prodotto dalla NLM per il PUBMED (4.600 riviste indicizzate) e per altri archivi biomedici NLM. E’ utilizzato anche da Embase,Biosis ecc.
E’ tesauro multidisciplinare per la biomedicina (copre tutti gli ambiti)
E’ tradotto in molte lingue
Accesso gratuito via web a tutti gli strumenti del tesauro: Permuted, Annotated, Supplementary Chemical Records
Contiene: 21.973
descrittori MESH
102.346 sinonimi
132.123 Supplementary Chemical records
UMLSUnified Medical Language System
La babele terminologica biomedica:
diversi linguaggi standard: (SNOMED, ICD, TNM) (NANDA, OMAHA, NIC, NOC) (MESH, EMTREE)
diversi linguaggi naturali a secondo delle specializzazioni e dei contesti. Idem i pazienti
occorre garantire un accesso integrato alle risorse per poter scambiare informazioni (es. Cartella clinica ecc.) e per poter anche navigare nelle informazioni attraverso le connessioni concettuali
UMLS:Le fonti di conoscenza
Metathesauro: 102 fonti da vocabolari standard, tesauri, classificazioni, nomenclature utilizzate in biomedicina
(900.551 concetti e 2,5 milioni di sinonimii (luglio 2003)
Specialist Lexicon: analizza il linguaggio naturale e le varianti linguistiche (sing, plur, spelling ecc) con applicazione di metodologie di Natural Language Processing
Semantic Network: Mette in relazioni i concetti biomedici assegnando gli stessi a tipi semantici (es. l’AIDS appartiene al tipo malattia collegato al tipo Virus (HIV) da una relazione di causa effetto.
ALCOHOL ADDICTION
Alcohol abuse, unspecified drinking behavior
Disfunctional Alcohol use
Disfunctional Alcohol use
Alcohol and other drug thesaurus
Alcohol abuse, unspecified drinking behavior
ICD-9_CM e MedDRA
Semantic Network
Tipi semantici: 135
Ogni concetto è assegnato ad un tipo semantico
Relazioni: 54Ogni tipo è connesso da relazioni
raggruppate in cinque categorie principali:
Physically related to Spatially related to Temporally related to Functionally related to Conceptually related to
1999 MESH deconstrucion
Sottovoci formali e geografiche sono state rese voci autonome per consentire una economia nell’indicizzazione ed una migliore ricerca attraverso gli archivi
Esempio di connessione semantica: “related articles” in PubMed
più descrittori hanno in comune gli articolipiù sono semanticamente correlati
1: Cancer Nurs 2002 Feb;25(1):1-7 Translating instruments into other languages: development and testing processes. Hilton A, Skrutkowski M. School of Nursing, University of British Columbia, Vancouver, Canada. hilton@nursing.ubc.ca
MeSH Terms: Adult Cross-Cultural Comparison Guidelines
Human Neoplasms/psychology Neoplasms/nursing* Nursing Research*
Questionnaires/standards* Stress, Psychological
Translating*
1: Cancer Nurs 2002 Feb;25(1):1-7 Translating instruments into other languages: development and testing processes. Hilton A, Skrutkowski M. School of Nursing, University of British Columbia, Vancouver, Canada. hilton@nursing.ubc.caMeSH Terms: Adult Cross-Cultural Comparison Guidelines
Human Neoplasms/psychology Neoplasms/nursing* Nursing Research*
Questionnaires/standards* Stress, Psychological
Translating*
: Il tesauro Mesh in lingua italiana è
accessibile,tramite l’ UMLS
Il tesauro Mesh è stato tradotto da anni dal Settore Documentazione dell’ ISS ma non è disponibile ancora in Italia
E’ disponibile tramite l’UMSL insieme alle traduzioni nelle altre lingue. Basta firmare una convenzione gratuita con la NLM
Nell’ UMLS è anche disponibile un software: Metamorphosys per la personalizzazione dell’ UMLS (esclusione vocabolari, scelta terminologia preferite ecc.)
Antigeni carboidratici associati a tumori
Selezionando Other Languages abbiamo la traduzione anche in italiano
Selezionando Other Languages abbiamo la traduzione anche in italiano
Verso un’ontologia medica……..
Questo concetto di ontologia proveniente dalla filosofia identifica oggi la possibilità di utilizzare l’informazione e le conoscenze per navigare nella letteratura che costituisce un vero e proprio ambiente di ricerca ove è possibile anche effettuare scoperte scientifiche
Facilitare l’accesso ai pazienti dal loro linguaggio naturale
Analizzare il linguaggio naturale, anche attraverso il monitoraggio degli accessi) per consentire un accesso semplificato all’informazione biomedica per pazienti e cittadini e collegare ciò alla piattaforma UMLS
Diffondere l’uso del MESH/UMLS come terminologia standard per la biomedicina e settori connessi (biblioteche area sociale ecc.)
Studiare l’integrazione di tale terminologia con le altre utilizzate in ambito multidisciplinare
Verso il Web semantico: ovvero come evitare di trovare”Mickey Mouse” insieme ai topini di laboratorio.
Il contributo dei bibliotecari all’organizzazione delle conoscenze
Questo è dunque il contributo dei bibliotecari:
Tesauri (MESH/NLM ecc)
UMLS/NLM
Metadata Dublin Core
(OCLC - On line computer
library center 45.000 biblioteche
USA)
Classificazioni: NLM,
Dewey, CDU ecc.
In ambito sanitario utilizzano tali standard:
Portale NLM Varie basi dati (Embase ecc.)
OMNI/BIOME (Organising Medical Networked
Information/6000 siti) HON/HONSELECT/MESH: ENG,
FRE, SPA, POR, GER MEDCIRCLE
(Eysenbach: Germania, Francia e Spagna)
CISMEF (Catalog and Index of French-
language health resourses) In Italia: AZALEA, ELISIR e speriamo
nel futuro molti altri progetti……..
• Dati sull’ infoprovider: indirizzo e feedback
• Indirizzo e feedback forniti dall’infoprovider
con i tag Hiddel (solo livello 1)
• Dati del livello 1 + i tag inseriti dai valutatori Medcertain/Medcircle (livello 2)
• Indirizzo: Bergheimer Str. 58, 69115 Heidelberg
• e-mail: feedback@mysite.com
• <infoprovider> <feedback> <address> Bergheimer Str. 58, 69115 Heidelberg </address>
•
<email>feedback@mysite.com</email>
• </feedback> </infoprovider>
• <infoprovider> <feedback> <address> Bergheimer Str. 58, 69115 Heidelberg <checked by="medcertain">Positive</checked></address>
<email>feedback@website.com<checked by="medcertain" creator="Expert" date="22.1.2001">Negative <reason creator="MedCERTAIN">Email was bounced!</reason></checked></email> </feedback>
</infoprovider>
HIDDEL= Health Information Disclosure, Description and Evaluation La nguage
PROGETTO AZALEA POSSIBILI COLLABORAZIONI A PROGETTI INTERNAZIONALI?
Original Message ----- From: Dr. Gunther Eysenbach To: 'gaetana cognetti' Sent: Friday, December 05, 2003 8:46 PMSubject: RE: Medcircle Italian patnership?
This sounds really great. While funding for the MedCIRCLE project will in December, we are in the process of turning MedCIRCLE into a international association of interoperable gateways using a common metadata standard. You are most welcome to join us. I can send you our draft statutes and a membership form. Membership will be free. best wishes
G. Eysenbach: Medcircle, Journal of Internet Research