AZALEA: III riunione di formazione e operativa

del Gruppo di Ricerca

Roma (2-3 febbraio)

Gaetana CognettiBiblioteca Istituto Regina ElenaCo-coordinatore Progetto Azaleatel. 06 52662613 - tel/fax 06 52662216 g.cognetti@ifo.ithttp://crs.ifo.it/Biblioteca/Bibliotecaire/ital/default.htm

Standard: cooperazione internazionale

ed evoluzione futura

Perché gli standard in AZALEA?

L’ utilizzo di standard garantisce la interoperabilità tra i sistemi definita a livello europeo (91/250/EC) come:

“functional Interconnection and interaction”..”the ability to exchange information and mutually use the information which has been exchanged”

Quali sono i più importanti standard adottati da Azalea?

Standard descrittivi di vario materiale informativo

Standard Nazionali per l’intestazione per autori

Standard per la soggettazione in medicina

Standard per la classificatione

Metadata standard

International standard Bibliographic Description ISBD (m), (s), (er),(cm) ec

RICA: Regole Italiane Catalogazione Autori

Medical Subject Headings/Unified Medical Language System) (MESH/UMLS

National Library of Medicine Classification, LC, Dewey, CDU ecc.

Dublin Core

CRO BP CURE PALLIATIVE/AIM IRE BP WB 310/AIM 000053

Associazione Italiana Malati di Cancro Parenti ed Amici

La terapia e il controllo del dolore / Associazione Italiana Malati di Cancro Parenti ed Amici. - Roma : AIMaC, 2002. - 30 p. : ill. ; 21 cm.- (Collana del Girasole ; 25). - Disponibile anche presso il PIS "Punto di Informazione e Supporto" dell'Azienda Ospedaliera di Parma. Divisione di Oncologia

Palliative Care. Assistenza palliativa.

CRO BP DOCUMENTO ON-LINEAssociazione Italiana Malati di Cancro Parenti ed Amici

Sentirsi meglio : il controllo del dolore e di altri sintomi del cancro / Associazione Italiana Malati di Cancro Parenti ed Amici [Risorsa elettronica]. - Documento testuale on-line. - Roma : AIMaC.- (Collana del Girasole ; 12). - Disponibile anche presso il PIS "Punto di Informazione e Supporto" dell'Azienda Ospedaliera di Parma. Divisione di Oncologia. - http://www.aimac.it/informazioni/libretti/libretto.php?id=273. - Ultima verifica: 30.10.2003. - Ultimo aggiornamento: versione inglese aprile 2003

Palliative Care. Assistenza palliativa. Neoplasms. Neoplasie.

Biblioteche che catalogano o possiedono il materiale

Descrizione secondo ISBD(m)

RICA

soggetti

La comunità internazionale bibliotecaria ha elaborato tali standard per poter gestire efficacemente il filtraggio e lo scambio di milioni di informazioni derivate da libri, riviste, letteratura grigia ecc. su vari supporti (elettronico,

cartaceo, audiovisivo ecc.)

Strutturare le informazioni: i metadata“to make health data more findable”

(eEurope 2002: Quality criteria for Health related Websites)

METADATI I Metadati: Consentono di ricercare in

maniera efficace un documento evitando il rumore tipico delle ricerche su Internet. (Rossi recupera chi si chiamo Rossi e documenti sui colori rossi)

Strutturando il documento con uso di metadata sarà possibile effettuare una ricerca precisa nella parte del documento ove si trovano i nomi degli autori nell’ esempio di sopra.

I metadati sono “dati sui dati”

Es un catalogo di biblioteca,

o una bibliografia sono dati sui dati

Nel giardino dei metadati sbocciano realmente molti fiori (Kaplan).. ..ovvero la necessità di un metadata standard

per integrare i documenti…

Ogni documento ha i propri metadata

In un film: il regista In un articolo: l’

autore In un protocollo

clinico: il capo della ricerca ..

saranno i metadati relativi

alla responsabilità intellettuale

Se riconduciamo i diversi metadata al metadata comune creator avremo un metadata standard che consente di recuperare sia il film, sia l’articolo, sia il protocollo clinico della persona che ha prodotto idiversi documenti

Il Metadata Standard Dublin Core

Nato dalla comunità dai bibliotecari:

OCLC (Online Computer Library Center/ rete USA di 45.000 biblioteche)

E’ costituito da un set minimale di 15 elementi cui ricondurre i metadata più ricchi di diversi documenti con varie applicazioni e proposte anche in ambito biomedico) es cartella clinica…)

Elemento Identificatore Descrizione1 Titolo Title Un nome dato alla risorsa

2 Creatore CreatorUn’entità che ha la responsabilità principale della produzione del contenuto della risorsa

3 Soggetto Subject L’argomento della risorsa.4 Descrizione Description Una spiegazione del contenuto della risorsa

5 Editore PublisherUn’entità responsabile della produzione della risorsa, disponibile nella sua forma presente

6Autore di contributo subordinato Contributor

Un’entità responsabile della produzione di un contributo al contenuto della risorsa

7 Data DateUna data associata a un evento del ciclo di vita della risorsa

8 Tipo Type La natura o il genere del contenuto della risorsa9 Formato Format La manifestazione fisica o digitale della risorsa

10 Identificatore IdentifierUn riferimento univoco alla risorsa nell’ambito di un dato contesto

11 Fonte SourceUn riferimento a una risorsa dalla quale è derivata la risorsa in oggetto

12 Lingua Language La lingua del contenuto intellettuale della risorsa13 Relazione Relation Un riferimento alla risorsa correlata14 Copertura Coverage L’estensione o scopo del contenuto della risorsa15 Gestione dei diritti Rights Informazione sui diritti esercitati sulla risorsa

Dublin Core Metadata Element Set, versione 1.1 ISO 15836:2003

( traduzione italiana di riferimento prodotta dall’ICCU)

Dublin Core Applicazione al protocollo

Title Titolo del protocollo

Author or Creathor Capo della ricerca (protocol chair)

Subject or Keyword Schema: MESH

Description Abstract del protocollo (strutturato come in EBM)*

Publisher Chi rende disponibile il protocollo (editore commerciale o istituzionale)

Contributor Altre persone o istituzioni

che partecipano alla realizzazione del prot.

Data (Created, valid, available, issued, modified)

Data di attivazione del prot. (di approvazione del comitato etico)

Tabella elaborata da come possibileapplicazione di DCal protocollo clinico (M. Mazzieri tesi di specializzazione presso la Scuola Speciale per Archivisti e Bibliotecari- Università La Sapienza- Roma 2003)

Coverage Data di inizio e di chiusura dell’arruolamento

Identifier ID del protocollo nel database di provenienza

Language Schema: Lingua

Source Fonte da cui il prot. è tratto (database, es. PDQ…)

Relation Link ad altre risorse collegate (es. citazioni bibliografiche o altre)

Rights I diritti correlati alla ricerca scientifica

UN METADATA DA STANDARDIZZARE: Il “SOGGETTO”

L’applicazione ai documenti dell’ elemento “Subject” ci consente di fare una ricerca relativa all’ argomento nel metadata relativo e non in altri:

Ma una ricerca sull’ “AIDS” rischierebbe di restituirci sia documenti sulla malattia che documenti su “aiuti “ e rischierebbe di farci perdere i documenti ove si trova invece di Aids il termine: Acquired immunodeficiency syndrome

Per l’indicizzazione per argomento i bibliotecari hanno prodotto tesauri (dizionari di controllo concettuale)

Il MESH (Medical Subject Headings) è il tesauro standard usato per la biomedicina prodotto dalla National Library of Medicine (USA) L’UMLS (Unified Medical Language System) di cui perno centrale è il MESH ha costruito un ponte tra più di cento terminologie mediche ed infermieristiche, analizzando e mappando anche il linguaggio naturale.

Il Medical Subject Headings (MESH)

prodotto dalla NLM per il PUBMED (4.600 riviste indicizzate) e per altri archivi biomedici NLM. E’ utilizzato anche da Embase,Biosis ecc.

E’ tesauro multidisciplinare per la biomedicina (copre tutti gli ambiti)

E’ tradotto in molte lingue

Accesso gratuito via web a tutti gli strumenti del tesauro: Permuted, Annotated, Supplementary Chemical Records

Contiene: 21.973

descrittori MESH

102.346 sinonimi

132.123 Supplementary Chemical records

UMLSUnified Medical Language System

La babele terminologica biomedica:

diversi linguaggi standard: (SNOMED, ICD, TNM) (NANDA, OMAHA, NIC, NOC) (MESH, EMTREE)

diversi linguaggi naturali a secondo delle specializzazioni e dei contesti. Idem i pazienti

occorre garantire un accesso integrato alle risorse per poter scambiare informazioni (es. Cartella clinica ecc.) e per poter anche navigare nelle informazioni attraverso le connessioni concettuali

UMLS:Le fonti di conoscenza

Metathesauro: 102 fonti da vocabolari standard, tesauri, classificazioni, nomenclature utilizzate in biomedicina

(900.551 concetti e 2,5 milioni di sinonimii (luglio 2003)

Specialist Lexicon: analizza il linguaggio naturale e le varianti linguistiche (sing, plur, spelling ecc) con applicazione di metodologie di Natural Language Processing

Semantic Network: Mette in relazioni i concetti biomedici assegnando gli stessi a tipi semantici (es. l’AIDS appartiene al tipo malattia collegato al tipo Virus (HIV) da una relazione di causa effetto.

ALCOHOL ADDICTION

Alcohol abuse, unspecified drinking behavior

Disfunctional Alcohol use

Disfunctional Alcohol use

Alcohol and other drug thesaurus

Alcohol abuse, unspecified drinking behavior

ICD-9_CM e MedDRA

Semantic Network

Tipi semantici: 135

Ogni concetto è assegnato ad un tipo semantico

Relazioni: 54Ogni tipo è connesso da relazioni

raggruppate in cinque categorie principali:

Physically related to Spatially related to Temporally related to Functionally related to Conceptually related to

1999 MESH deconstrucion

Sottovoci formali e geografiche sono state rese voci autonome per consentire una economia nell’indicizzazione ed una migliore ricerca attraverso gli archivi

Esempio di connessione semantica: “related articles” in PubMed

più descrittori hanno in comune gli articolipiù sono semanticamente correlati

1: Cancer Nurs 2002 Feb;25(1):1-7 Translating instruments into other languages: development and testing processes. Hilton A, Skrutkowski M. School of Nursing, University of British Columbia, Vancouver, Canada. hilton@nursing.ubc.ca

MeSH Terms: Adult Cross-Cultural Comparison Guidelines

Human Neoplasms/psychology Neoplasms/nursing* Nursing Research*

Questionnaires/standards* Stress, Psychological

Translating*

1: Cancer Nurs 2002 Feb;25(1):1-7 Translating instruments into other languages: development and testing processes. Hilton A, Skrutkowski M. School of Nursing, University of British Columbia, Vancouver, Canada. hilton@nursing.ubc.caMeSH Terms: Adult Cross-Cultural Comparison Guidelines

Human Neoplasms/psychology Neoplasms/nursing* Nursing Research*

Questionnaires/standards* Stress, Psychological

Translating*

: Il tesauro Mesh in lingua italiana è

accessibile,tramite l’ UMLS

Il tesauro Mesh è stato tradotto da anni dal Settore Documentazione dell’ ISS ma non è disponibile ancora in Italia

E’ disponibile tramite l’UMSL insieme alle traduzioni nelle altre lingue. Basta firmare una convenzione gratuita con la NLM

Nell’ UMLS è anche disponibile un software: Metamorphosys per la personalizzazione dell’ UMLS (esclusione vocabolari, scelta terminologia preferite ecc.)

Antigeni carboidratici associati a tumori

Selezionando Other Languages abbiamo la traduzione anche in italiano

Selezionando Other Languages abbiamo la traduzione anche in italiano

Verso un’ontologia medica……..

Questo concetto di ontologia proveniente dalla filosofia identifica oggi la possibilità di utilizzare l’informazione e le conoscenze per navigare nella letteratura che costituisce un vero e proprio ambiente di ricerca ove è possibile anche effettuare scoperte scientifiche

Facilitare l’accesso ai pazienti dal loro linguaggio naturale

Analizzare il linguaggio naturale, anche attraverso il monitoraggio degli accessi) per consentire un accesso semplificato all’informazione biomedica per pazienti e cittadini e collegare ciò alla piattaforma UMLS

Diffondere l’uso del MESH/UMLS come terminologia standard per la biomedicina e settori connessi (biblioteche area sociale ecc.)

Studiare l’integrazione di tale terminologia con le altre utilizzate in ambito multidisciplinare

Verso il Web semantico: ovvero come evitare di trovare”Mickey Mouse” insieme ai topini di laboratorio.

Il contributo dei bibliotecari all’organizzazione delle conoscenze

Questo è dunque il contributo dei bibliotecari:

Tesauri (MESH/NLM ecc)

UMLS/NLM

Metadata Dublin Core

(OCLC - On line computer

library center 45.000 biblioteche

USA)

Classificazioni: NLM,

Dewey, CDU ecc.

In ambito sanitario utilizzano tali standard:

Portale NLM Varie basi dati (Embase ecc.)

OMNI/BIOME (Organising Medical Networked

Information/6000 siti) HON/HONSELECT/MESH: ENG,

FRE, SPA, POR, GER MEDCIRCLE

(Eysenbach: Germania, Francia e Spagna)

CISMEF (Catalog and Index of French-

language health resourses) In Italia: AZALEA, ELISIR e speriamo

nel futuro molti altri progetti……..

• Dati sull’ infoprovider: indirizzo e feedback

• Indirizzo e feedback forniti dall’infoprovider

con i tag Hiddel (solo livello 1)

• Dati del livello 1 + i tag inseriti dai valutatori Medcertain/Medcircle (livello 2)

• Indirizzo: Bergheimer Str. 58, 69115 Heidelberg

• e-mail: feedback@mysite.com

• <infoprovider> <feedback> <address> Bergheimer Str. 58, 69115 Heidelberg </address>

•

<email>feedback@mysite.com</email>

• </feedback> </infoprovider>

• <infoprovider> <feedback> <address> Bergheimer Str. 58, 69115 Heidelberg <checked by="medcertain">Positive</checked></address>

<email>feedback@website.com<checked by="medcertain" creator="Expert" date="22.1.2001">Negative <reason creator="MedCERTAIN">Email was bounced!</reason></checked></email> </feedback>

</infoprovider>

HIDDEL= Health Information Disclosure, Description and Evaluation La nguage

PROGETTO AZALEA POSSIBILI COLLABORAZIONI A PROGETTI INTERNAZIONALI?

Original Message ----- From: Dr. Gunther Eysenbach To: 'gaetana cognetti' Sent: Friday, December 05, 2003 8:46 PMSubject: RE: Medcircle Italian patnership?

This sounds really great. While funding for the MedCIRCLE project will in December, we are in the process of turning MedCIRCLE into a international association of interoperable gateways using a common metadata standard. You are most welcome to join us. I can send you our draft statutes and a membership form. Membership will be free. best wishes

G. Eysenbach: Medcircle, Journal of Internet Research