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TRENTINO BIOBANK

Studio di fattibilità per la creazione di una banca di tessuti e sangue umani presso la Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari

Versione 1.0 - Trento 30 giugno 2006

Responsabile Scientifico Dr. Mattia Barbareschi

U.O. di Anatomia e Istologia Patologica

Ospedale S. Chiara di Trento

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Partecipanti allo studio:

Mattia Barbareschi Dirigente Medico U.O. Anatomia ed Istologia Patologica Ospedale S. Chiara Trento mattia.barbareschi@apss.tn.it Stefano Capri Istituto di Economia Università Carlo Cattaneo-LIUC Corso Matteotti, 22 21053 Castellanza (VA) scapri@liuc.it Sabrina Cotrupi Borsista Biologa U.O. Anatomia ed Istologia Patologica Ospedale S. Chiara Trento sabrina.cotrupi@apss.tn.it Stefano Forti Responsabile Linea di ricerca eHealth – Metodi e Modelli per la Sanità Elettronica Istituto Trentino di Cultura Povo – Trento forti@itc.it Cesare Furlanello Responsabile Linea Modelli Predittivi per Dati Biologico-Ambientali MPBA/SSI Istituto Trentino di Cultura Povo – Trento furlan@itc.it Enzo Galligioni Direttore U.O. di Oncologia Medica Coordinatore del Dipartimento di Oncologia Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari Provincia Autonoma di Trento enzo.galligioni@apss.tn.it Michele Galvagni Amministratore Unico di MTT-pro Trento galvagni@mttpro.it

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Giovanni Maria Guarrera Direzione Cura e Riabilitazione Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari Trento GiovanniMaria.Guarrera@apss.tn.it Umberto Izzo Ricercatore di Diritto Privato Comparato Università di Trento izzo@jus.unitn.it Matteo Macilotti Dottorando di Ricerca in Scienze Giuridiche Comparate ed Europee Università di Trento matteo.macilotti@email.it Andrea Sboner Ricercatore – Divisione Sistemi per il Ragionamento Automatico Istituto Trentino di Cultura Trento sboner@itc.it Giorgia Tonazzolli Ricercatore Linea di ricerca eHealth – Metodi e Modelli per la Sanità Elettronica Istituto Trentino di Cultura Povo - Trento tonazzolli@itc.it

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Schema della documentazione presentata La documentazione presentata nell’ambito del presente progetto è fornita interamente in formato elettronico ed in parte anche in formato cartaceo, ed è costituita da:

1. Documento finale di progetto 2. Procedure operative standard 3. Documento della valutazione giuridica 4. Allegati in formato solo elettronico:

a. Documentazione relativa a biobanche esistenti b. Moduli di consenso informato di altre istituzioni c. Bibliografia scientifica d. Preventivo MTT-pro per la realizzazione di un software

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INDICE

TRENTINO BIOBANK 1

1 INTRODUZIONE 11

1.1 Nascita e sviluppo del progetto 14

1.2 Obiettivo del progetto 15

1.3 Istituzioni coinvolte e loro ruolo nella stesura dello studio di fattibilità 15

1.4 Orizzonte temporale 20

1.5 Progetto aziendale e territoriale 20

1.6 Possibili ulteriori interazioni con realtà regionali 22

2 DEFINIZIONI 23

2.1 Definizione di biobanca 23

2.2 Definizione di biomateriale umano 24

3 ANALISI DELLO STATO DELL’ARTE: LE BIOBANCHE TUMORALI 26

3.1 Esperienze in campo nazionale 26

3.2 Esperienze in campo internazionale 29

4 FINALITÀ DELLA BIOBANCA 38

4.1 Finalità di ricerca scientifica 38

4.2 Finalità cliniche 38

5 BENEFICI PER LA COMUNITÀ TRENTINA 40

6 ASPETTI DI BIODIRITTO E DI BIOETICA 41

7 ASPETTI INFORMATICI 42

7.1 Individuazione architettura di riferimento della biobanca 42

7.2 Accessibilità, protezione e sicurezza 42

7.3 Formalizzazione dei flussi informativi 44

7.4 Definizione dell’architettura funzionale di un sistema per la raccolta dati 47

7.5 Standard e database per la genomica funzionale 47

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7.6 Analisi requisiti di un prototipo per la raccolta dati 50

7.7 Sistema per la gestione dei Tissue Microarray - TMABoost 57

8 ASPETTI SOCIALI 62

9 ORGANIZZAZIONE 64

9.1 Organi 64

9.2 Attività della Biobanca - Work packages 70

9.3 Metodologie di prelievo e conservazione 73

9.4 Controllo di qualità dei campioni 79

9.5 Strumentazione 80

9.6 Locali 83

9.7 Consumabili e piccola strumentazione 84

10 CRITICITÀ 86

10.1 Coinvolgimento dei sanitari 86

10.2 Coinvolgimento della popolazione 87

11 SERVIZI OFFERTI 88

11.1 Cessione dei biomateriali 88

11.2 Conservazione di biomateriali per conto terzi 90

11.3 Estrazione di componenti (DNA, RNA, Proteine) 90

11.4 Allestimento di Tissue Microarrays 90

11.5 Partecipazione alle spese 92

12 ANALISI DEI COSTI 94

12.1 Sistemi di criogenia 94

12.2 Etichettatrice e lettore di codice a barre 94

12.3 Criopreservazione 94

12.4 Strumentazione per controllo qualità dei campioni 95

12.5 Archivi per documentazione cartacea 95

12.6 Archivi per blocchetti e vetrini istologici 95

12.7 Sistema per allestimento Tissue Microarrays 95

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12.8 Supporti informatici: hardware e software 95

12.9 Consumabili 96

12.10 Personale 97

12.11 Promozione delle attività di biobanking all’interno dell’Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari 97

12.12 Divulgazione, documentazione e formazione 97

12.13 Attività interne alla Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari 97

13 POSSIBILI FONTI DI AUTOFINANZIAMENTO 99

14 HEALTH TECHNOLOGY ASSESSMENT – ANALISI FINAZIARIA 100

15 DOCUMENTAZIONE DELLE SPESE EFFETTUATE PER LA STESURA DEL PRESENTE STUDIO DI FATTIBILITÀ 110

16 FONTI BIBLIOGRAFICHE 111

17 ATTIVITÀ SVOLTE NELL’AMBITO DEL PROGETTO 118

17.1 Principali incontri operativi con i partecipanti allo studio 118

17.2 Relazioni e attività didattica del Dr. M. Barbareschi in ambito di Biobanking 119

17.3 Incontri e seminari di studio presso altre istituzioni 120

17.4 Partecipazione a seminari e congressi 120

18 MODULISTICA 121

18.1 Modulo consenso informato e informativa dati sensibili 121

18.2 Scheda campione (per raccolta dati anagrafici, trasporto, accettazione e campionamento) 126

18.3 Modulo per richiesta di materiale biologico con dettagli del progetto di ricerca 129

18.4 Modulo per richiesta Tissue microarrays 137

18.5 Scheda di valutazione del progetto 146

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1 Introduzione

Fra i nuovi obiettivi nella medicina post-genomica vi sono lo sviluppo di metodiche di prevenzione, diagnosi precoce non invasive e terapie personalizzate e mirate a specifiche vie metaboliche. La speranza della comunità scientifica è che tali obiettivi possano essere raggiunti a seguito delle applicazioni delle metodiche di biologia molecolare più sofisticate offerte dalla genomica e dalla proteomica, e in generale dai più nuovi approcci “omici” allo studio globale della biologia. Per una ottimale applicazione di tali moderne e sofisticate tecnologie di indagine è indispensabile avere a disposizione biomateriali ottenuti da soggetti sani e da pazienti affetti dalle varie forme di malattia, ottimamente raccolti e conservati, e completamente annotati, cioè associati a tutte le necessarie informazioni anamnestico/cliniche/biologiche. Inoltre tali materiali devono essere raccolti secondo norme etiche e di biodiritto che tutelino in modo completo i soggetti donatori dei tessuti.

Le finalità di una tale raccolta strutturata ed organizzata di biomateriali sono rivolte alla ricerca scientifica, ma hanno anche importanti risvolti di tipo clinico-diagnostico per il soggetti donatori. In ambito di ricerca scientifica le implicazioni sono molteplici e possono riguardare sia il mondo accademico che quello della ricerca industriale, sia per la definizione dei meccanismi molecolari determinanti le varie patologie, che per la identificazione di marcatori diagnostici o di targets terapeutici. In ambito clinico-diagnostico è prevedibile che i tessuti conservati in condizioni ottimali, possano essere uno strumento indispensabile per la identificazione di marcatori di risposta a specifiche terapie che venissero ad essere disponibili in futuro, ovvero fornire delle informazioni clinicamente utili per il donatore stesso o per i suoi famigliari, quali ad esempio la identificazione di marcatori di rischio di malattia per i suoi consanguinei, o identificazione di marcatori di risposta a specifiche terapie.

Con il presente studio ci si propone di valutare in dettaglio gli aspetti etici, legali, informatici, procedurali ed organizzativi per la creazione di una raccolta di tessuti e liquidi biologici umani, patologici e normali corredati di ogni informazione rilevante, cioè di una biobanca. Si tratta di progettare una unità di servizio alla ricerca che si ritiene imprescindibile per il futuro sviluppo della ricerca clinica in Trentino, e che rappresenterà uno stimolo alla crescita culturale e tecnologica a livello locale, permettendo inoltre interazioni con altre istituzioni accademiche o industriali a carattere biotecnologico a livello Nazionale ed Internazionale.

In estrema sintesi, dopo un approfondita analisi dello stato dell’arte, ci si propone di

definire tutte le necessità strutturali e le procedure necessarie alla realizzazione e gestione della biobanca. In particolare ci si propone di definire:

1. le caratteristiche delle infrastrutture necessarie alla conservazione dei materiali, sia per quanto riguarda gli aspetti tecnologici della criopreservazione che di quelli informatici per la gestione dei materiali e dei dati relativi

2. i protocolli necessari per rispettare la privacy dei soggetti donatori e verrà valutata la migliore formulazione del consenso informato, secondo procedure definite sulla base di considerazioni di biodiritto e bioetica, nel rispetto della normativa vigente e considerando anche le possibili novità giuridiche derivanti dalla applicazione in campo nazionale delle direttive emanate dalla Comunità Europea a riguardo

3. i protocolli per l’approvvigionamento dei biomateriali (tessuti asportati chirurgicamente e i liquidi biologici, quali sangue, urine, liquidi ascitici, etc):

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nel caso di tessuti, saranno prelevate e conservate quelle porzioni di tessuto ridondanti i fini diagnostici, senza interferire così con il processo diagnostico tradizionale

4. i protocolli di conservazione dei biomateriali: i campioni saranno in parte criopreservati, ed una porzione sarà conservata dopo trattamento con liquido fissativo, ed inclusa in paraffina

5. i protocolli per la creazione di archivi miniaturizzati secondo la tecnica “tissue microarrays”

6. i protocolli per la raccolta dei dati patologici, clinici e anamnestici rilevanti, e i dati di follow-up nel tempo

7. i protocolli per la raccolta e conservazione delle informazioni biomolecolari

8. i protocolli per la governance della biobanca, per quanto attiene all’accesso, distribuzione dei materiali e alla gestione dei biomateriali

Poiché si tratta di una attività nuova sia per il contesto locale (Azienda Provinciale

per i Servizi sanitari) sia in campo Nazionale, una delle finalità dello studio è anche la valutazione economica sia della fase di realizzazione che di gestione a regime della biobanca. Pertanto tutte le fasi e le variabili importanti saranno rilevate e controllate sotto il profilo dei costi e dell’efficienza economica.

Ci si propone inoltre di raccogliere la documentazione nazionale ed internazionale disponibile attualmente e di raccogliere tali fonti documentali su un supporto elettronico, da allegare al presente documento, per favorirne la consultazione e diffusione.

È da sottolineare inoltre che tale biobanca deve essere considerata nell’ambito più

generale delle risorse di conservazione dei biomateriali come attualmente esse vengono descritte nei vari documenti e linee guida Nazionali ed Internazionali. In particolare vogliamo fare riferimento alla definizione dei Centri di Risorse Biologiche (CRB)1 come si evince dalle “Linee guida per la certificazione delle biobanche” dell’apposito Gruppo di lavoro del Comitato nazionale per la biosicurezza e le biotecnologie presso la Presidenza del consiglio dei ministri, del dicembre 2005, che ricalca la analoga definizione formulata dall’OCSE/OECD (Organizzazione per la Cooperazione e lo Sviluppo Economico - Organisation for Economic Co-operation and Development). Si rimanda a tali documenti per una più dettagliata descrizione dei CRB, ma si vuole sottolineare che in tali documenti si sottolinea che si tratta di unità di servizio che conservano e distribuiscono biomateriali di varia natura, la cui costituzione è auspicata sia nei citati documenti che nella direttiva 2004/23/EC del Parlamento Europeo2. In tale ottica si ritiene che la biobanca oggetto del 1 “Biological resource centres are an essential part of the infrastructure underpinning life sciences and biotechnology. They consist of service providers and repositories of the living cells, genomes of organism, and information relating to heredity and the functions of biological systems. BRCs contain collections of culturable organisms (e.g. micro-organisms, plant, animal and human cells), replicable parts of these (e.g. genomes, plasmids, viruses, cDNAs), viable but not yet culturable organisms, cells and tissues, as well as databases containing molecular, physiological and structural information relevant to these collections and related bioinformatics.” (Definition based on the one adopted at the 1999 Tokyo Workshop on Biological Resource Centres, where the concept of BRCs as an outgrowth of conventional pre-genomics ex situ collections of biological materials was developed – and incorporating scientific developments since 1999.) BRCs must meet the high standards of quality and expertise demanded by the international community of scientists and industry for the delivery of biological information and materials. They must provide access to biological resources on which R&D in the life sciences and the advancement of biotechnology depends.” 2 Directive 2004/23/ec of the european parliament and of the council of 31 march 2004

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presente studio di fattibilità, può rappresentare un modulo di un CRB da costituire in sede locale e con una valenza interistituzionale e possibilmente regionale. In tale ottica un CRB trentino potrebbe essere funzionale non solo al settore delle attività biomediche, ma anche delle attività agro-alimentari, veterinarie e museali. Pertanto si sono avviati dei colloqui con le varie altre realtà provinciali e regionali possibilmente interessate, quali l’Istituto Agrario San Michele, Museo di Scienze Naturali di Trento, l’Università di Trento ed in particolare la Facoltà di Scienze, l’Accademia Europea di Bolzano (EURAC) e la U.O. di Anatomia Patologica dell’Ospedale S. Maurizio, Azienda Sanitaria di Bolzano. La costituzione di un tale CRB permetterebbe chiaramente una ottimizzazione delle infrastrutture e delle procedure, con evidenti vantaggi di scala e la possibilità di offrire un servizio per eventuali altre Istituzioni interessate alla conservazione di biomateriali.

Appare utile, in questa sede, citare alcuni esempi di tipo generale in ambito di

biobanking, che possono dare una idea generale della portata del fenomeno a livello Italiano.

Il primo è uno studio effettuato dal dr. Paolo Rebulla3 sulla capacità di stoccare materiali congelati in tre dei maggiori Istituti di Ricovero e di Ricerca dell’Area Milanese, e cioè l’Istituto Nazionale Tumori, l’Istituto C. Besta ed il Policlinico/Ospedale Maggiore. Da tale indagine si evince che attualmente tali istituti hanno la capacità di stoccare 7.800.000 campioni (di cui 2.200.000 in azoto liquido, 4.600.000 a -80°C°, e 1.000.000 a -20°) con una spesa complessiva di circa 4.600.000 €. Tale capacità è valutata attualmente come nettamente insufficiente a fare fronte alle esigenze del prossimo triennio e attualmente il Dr. Rebulla è responsabile della costituzione di una nuova Facility di Criopreservazione, la “Biobanca Italiana” a cui fanno riferimento attualmente 18 Istituzioni, con le più diverse tipologie cliniche 4. Tale “Biobanca Italiana” prevede la realizzazione di un biorepository di 1000 m2 con annessi laboratori di biologia cellulare e molecolare.

3 Centro di Medicina Trasfusionale, Terapia Cellulare e Criobiologia, Dipartimento della Medicina Rigenerativa, Fondazione IRCCS Ospedale Maggiore Policlinico, Mangiagalli e Regina Elena, Milano; relazione al Convegno “Le biobanche per la ricerca e la terapia” tenutosi a Genova il 23 e 24 marzo 2006 4 Istituzioni afferenti alla “Biobanca Italiana” Policlinico di Milano:

• Milano Cord Blood Bank (n=16.000à70.000; Lecchi) • Cell Factory ‘Franco Calori’ (n=7.000à11.000; Lazzari) • Lab Citometria (n=300à5.000; Porretti) • Malattie emolitiche (n=4.000à16.000; Zanella) • Malformazioni fetali (n=48à200; Lalatta) • Malattie genetiche (nà13.000; Coviello) • Tessuti patologici (nà100.000; Coggi, Santambrogio) • Embrioni criopreservati (nà1.000; ISS, legge 40) • Oncoproteomica Italia-USA (n=4.000à11.000; Poli, ISS) • Banca Sangue Raro RL (n=800à44.000; Marconi-Morelati) • Neurologia (nà13.000; Moggio) • Gastroenterologia (nà10.000; Bardella) • Medicina Interna (Cappellini) • Medicina Interna (Mannucci, Peyvandi) • Anatomia e Istologia Patologica (Carinelli) • Medicina del Lavoro (Bertazzi) • Ostetricia e Ginecologia (Pardi, Viganò) • Anestesia e Rianimazione (Gattinoni)

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Il secondo esempio che può esser utile richiamare è quello relativo alle attività di biobanking in ambito genetico finanziata da Telethon 5. Telethon, dal 1993, destina infatti una quota rilevante dei finanziamenti ai servizi alla ricerca, tra cui le biobanche. Finora il finanziamento complessivo per le biobanche è stato 2.000.000 € che rappresenta il 37% di tutti i finanziamenti per servizi alla ricerca. Dal 1993 sono state finanziate 15 biobanche, sette delle quali sono attualmente attive con un finanziamento complessivo annuo di 298.000€; il finanziamento annuo per singola banca è di 43.000€ (range 26-55.000€). Tali finanziamenti, della durata di 1 o 3 anni, sono destinati a coprire le spese di esercizio e mantenimento della struttura,. il miglioramento ed aggiornamento del servizio e della struttura; non comprendono invece salari per il direttore del servizio e personale strutturato, costi di attivazione del servizio e costi strutturali, spese relative ad attività diagnostiche e a progetti di ricerca.

Da tale panorama emerge chiaramente il grande interesse che la crioconservazione

di biomateriali riveste attualmente in ambito di ricerca medica.

1.1 Nascita e sviluppo del progetto Il presente progetto nasce da una progressiva presa di coscienza, da parte del

proponente del Progetto, della importanza dei tessuti umani nell’ambito della ricerca nell’era post-genomica e dal desiderio di potenziare tale ambito di ricerca nella nostra realtà sanitaria e accademica. Tale consapevolezza, maturata negli ultimi anni, è stata progressivamente condivisa da esponenti sia del mondo sanitario che di quello della ricerca. In una fase iniziale era stato presentato un progetto per la creazione di una biobanca al Fondo Unico per la ricerca della Provincia Autonoma di Trento, ma, pur avendo ricevuto una valutazione di eccellenza da parte del comitato di valutazione, il progetto non ebbe la priorità necessaria ad essere finanziato. Tuttavia, l’interesse della problematica ha permesso di stimolare la sensibilità istituzionale della Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari, che, nella persona del Direttore Generale Dr. Carlo Favaretti, ha presentato richiesta di finanziamento di uno studio di fattibilità presso la Fondazione Cassa di Risparmio di Trento e Rovereto. La Fondazione ha quindi ritenuto di finanziare il presente progetto che ha visto la attiva partecipazione della Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari con le U.O. di Anatomia Patologica, la U.O. di Oncologia Medica e la Direzione Generale con il Servizio Garanzia di Qualita' della Direzione Cura e Riabilitazione, l’ITC/Fondazione Bruno Kessler e il Dipartimento di Scienze Giuridiche dell’Università di Trento.

Nel corso della stesura del progetto si è constatato che l’interesse per tale problematica è condiviso da altre U.O. della APSS, e ad altre Istituzioni, quali l’Istituto Agrario San Michele, il Museo di Scienze Naturali di Trento, l’Università di Trento ed in particolare la Facoltà di Scienze, l’Accademia Europea di Bolzano (EURAC) e la U.O. di Anatomia Patologica dell’Ospedale S. Maurizio, Azienda Sanitaria di Bolzano.

Nell’ambito del progetto si è inoltre ritenuto necessario ottenere una Consulenza di tipo informatico da una struttura di spin-off dell’ITC/Fondazione Bruno Kessler, la M.T.T., e la consulenza del Prof. Stefano Capri, Università di Castellana, per la analisi dei costi e della sostenibilità economica. 5 La rete delle biobanche Telethon, Relazione al Convegno “LE BIOBANCHE PER LA RICERCA E LA TERAPIA”, Scuola Superiore di Oncologia e Scienze Biotecnologiche, Genova, 24 marzo 2006, Dott.ssa Lucia Monaco, Research program manager Ufficio Scientifico Telethon, Via Nino Bixio 30, Milano, lmonaco@telethon.it, +39.02.20.22.17.216

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Nella fase finale del progetto si sono interpellate anche alcune organizzazioni di Volontariato Sociale, le Istituzioni Private direttamente interessate alla ricerca scientifica (Lega Italiana per la Lotta ai Tumori, Fondazione Pezcoller, Fondazione Trentina per la Ricerca sul Cancro) al fine di estendere la comunicazione alla popolazione delle attività prevedibili quando il progetto darà vita ad una effettiva biobanca e al fine di valutare la possibilità di un coinvolgimento di alcune di tali realtà nella realizzazione della biobanca. Saranno successivamente contattate anche le Organizzazioni di Pazienti (Associazioni di Malati, Tribunale del Malato).

1.2 Obiettivo del progetto L’obiettivo è quello di fornire uno studio di fattibilità per la costituzione di una

biobanca in seno alla Azienda Sanitaria che possa mantenere, distribuire e elaborare tali biomateriali annotati di ogni informazione rilevante nel tempo. Tale strumento viene strutturato in modo tale da preparare inoltre i documenti necessari alla approvazione della biobanca da parte del Comitato per la Sperimentazione clinica della Azienda e alla certificazione della biobanca. Si sottolinea tuttavia che data la fase attuale di definizione nazionale degli standars connessi alla certificazione delle biobanche in Italia e degli aspetti giuridici connessi il presente documento dovrà essere oggetto di costante aggiornamento, soprattutto per gli aspetti etico-giuridici.

1.3 Istituzioni coinvolte e loro ruolo nella stesura dello studio di fattibilità Le varie Istituzioni, coinvolte già nella fase di stesura della proposta di progetto,

hanno partecipato alla realizzazione del progetto stesso, seguendo nella sostanza le linee delineate nel diagramma di Gannt presentato. Vengono qui riassunti per sommi capi i contributi delle varie U.O. coinvolte.

1.3.1 Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari: U.O. di Anatomia Patologica

Alla U.O. di Anatomia Patologica, nella persona del Dr. Mattia Barbareschi, è spettato il compito di coordinare il vari attori del progetto, di analizzare i vari aspetti tecnico/biomedici e di produrre i documenti relativi alle migliori procedure da adottare, e di partecipare alla definizione degli aspetti etico-giuridici ed informatici. Con il Dr. Barbareschi ha collaborato la Dr. Sabrina Cotrupi, biologa, che ha vinto la selezione per una borsa di studio sull’argomento, finanziata nell’ambito del progetto. È stato inoltre compito del Dr. Barbareschi in collaborazione con la Dr. Cotrupi stilare il presente documento finale e le procedure operative standard (SOP).

Nel corso del progetto il Coordinatore e Responsabile scientifico, Dr. Mattia Barbareschi ha partecipato a numerosi incontri Nazionali ed Internazionali sull’argomento, ha svolto attività didattica e di formazione in Convegni Nazionali. Inoltre il Dr. Barbareschi è entrato a far parte del Comitato della Società di Anatomia ed Istologia Patologica e Citologia (SIAPEC) deputato a definire i requisiti delle biobanche in campo oncologico, nel cui sito6 è stato attivata una pagina dedicata a tali problematiche.

6 www.siapec.it

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Di seguito riportiamo in sintesi i temi di maggior impegno direttamente affrontati dalla U.O. di Anatoma patologica:

• Analisi dello stato dell’arte delle attività di biobanking e raccolta della documentazione disponibile che viene allegata in formato elettronico al presente documento

• Analisi dei requisiti della Biobanca

• Definizione della infrastruttura necessaria

• Definizione di requisiti informatici

• Definizione dei requisiti tecnici in relazione agli aspetti etico-giuridici

• Stesura dei manuali di procedura

1.3.2 Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari U.O. di Oncologia Medica e Dipartimento di Oncologia

Elemento fondamentale per qualunque biobanca è la possibilità di poter correlare i dati biologici ottenuti dai tessuti, con le informazioni cliniche (evoluzione della malattia, risposta alla terapie, ecc) dei pazienti corrispondenti. L’Oncologia Medica, per sua natura e per impostazione organizzativa assicura la presa in carico continuativa dei pazienti, dal momento dell’intervento, garantendo in questo modo un follow up costante e sempre aggiornato. Inoltre, la completa informatizzazione di tutta l’attività clinica, condivisa anche dall’U. O. di Radioterapia, consente la disponibilità di dati completi e tempestivi.

Altrettanto importante è la possibilità che la raccolta dei tessuti, e dei relativi dati clinici, coinvolga la maggior parte (potenzialmente tutti) dei pazienti oncologici che afferiscono all’ospedale S. Chiara, inizialmente, e agli altri ospedali dell’azienda sanitaria successivamente. In questo contesto, la struttura e l’organizzazione del Dipartimento di Oncologia, che per la sua valenza trasversale coinvolge tutte le UU.OO. che gestiscono pazienti oncologici, è in grado di promuovere la necessaria attenzione alla biobanca e di attivare i meccanismi operativi Indispensabili per un funzionamento routinario.

1.3.3 Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari Direzione Generale Sulla base dei dati forniti relativamente ai requisiti strumentali e di personale, e alle

possibili fonti di copertura dei costi, si è valutata la sostenibilità economica del progetto, Health technology assessment, avvalendosi della collaborazione del Prof. Stefano Capri.

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1.3.4 Istituto Trentino di Cultura- Centro per la Ricerca Scientifica e Tecnologica (IRST)

1.3.4.1 Divisione SSI – Linea di ricerca Metodi e Modelli per la Sanità Elettronica

Nel corso del progetto, il compito assegnato alla Linea di Ricerca Metodi e Modelli per la Sanità Elettronica (linea eHealth) è stato l’approfondimento del concetto di biobanca come sistema di gestione per la raccolta, la conservazione e la fruizione di materiale biologico umano utilizzato per diagnosi, studi sulla biodiversità e per ricerca.

Di seguito si riportano in sintesi le tematiche di maggior interesse affrontate dalla

linea di ricerca e-Health, divisione SSI.

Individuazione architettura di riferimento della biobanca La prima tematica affrontata è stata l’individuazione di un’architettura ad alto

livello di riferimento, in linea con la strategia architetturale nazionale che sarà promossa nei prossimi anni e che mira alla costituzione di un’infrastruttura comune per la Sanità Elettronica.

La peculiarità del sistema biobanca sta nelle informazioni trattate che, pur essendo

relative a pazienti, non sono utilizzabili direttamente nella pratica quotidiana. Se da una parte quindi la biobanca presenta caratteristiche analoghe ad altre infrastrutture sanitarie, dall’altra necessita di meccanismi di accessibilità e di fruizione delle informazioni del tutto diversi.

Nell’architettura ad alto livello sono stati, ove possibile, presi in considerazione

standards internazionali oltre che nazionali.

Accessibilità, protezione , sicurezza Le problematiche di privacy e sicurezza approfondite dall’Università degli Studi di

Trento, Dipartimento di Scienze Giuridiche, si riferiscono sia all’ambiente di conservazione fisica dei biomateriali che all’ambiente di gestione delle informazioni relative ad essi.

La Linea di Ricerca Metodi e Modelli per la Sanità Elettronica si è assunta il

compito di analizzare soluzioni informatiche, utilizzando tecnologie dell’Informazione e della Comunicazione atte a garantire un accesso ed un utilizzo sicuro dei dati sensibili che da una parte rispettino le disposizioni poste dalla legge 31 dicembre 1996 n. 675 e successive integrazioni/modificazioni per la tutela delle persone rispetto al trattamento dei dati personali e dall’altra non ne vincolino l’utilizzo ai fini diagnostici e di ricerca.

Formalizzazione dei flussi informativi Nel corso del progetto sono stati definiti i flussi informativi della biobanca. Il

sistema di gestione delle informazioni di una biobanca deve comporsi di:

- un sistema di gestione della raccolta e stoccaggio dei biomateriali - un sistema di correlazione ad informazioni sanitarie relative al paziente, utili ai fini della

ricerca e raccolte dal personale sanitario durante la storia clinica del paziente

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- un sistema di interrogazione esterno alla biobanca per la ricerca di materiale fruibile per studi di ricerca

- un sistema di interrogazione interno alla biobanca sia per la ricerca di materiale per studi di ricerca sia per la gestione magazzino dei biomateriali.

Compito della linea di ricerca eHealth è stato quello di individuare i flussi informativi di un sistema di gestione della biobanca.

Definizione dell’architettura funzionale di un sistema per la raccolta dati La fase iniziale della biobanca dovrà prevedere la raccolta del materiale biologico,

raccolta che poi proseguirà parallela alle altre attività cliniche e i cui dati verranno poi resi accessibili in futuro per studi di ricerca.

In questo scenario la componente di raccolta e stoccaggio del sistema informativo gestionale sarà la prima necessità e pertanto nel progetto la linea di ricerca eHealth ha tracciato i requisiti funzionali del sistema di raccolta affinché anche i dati raccolti nell’eventuale fase preliminare di sperimentazione della biobanca possano essere utilizzati in futuro.

1.3.4.2 Divisione SRA - TMA: integrazione di un sistema già sviluppato

Nell'ambito di un progetto finanziato dal Ministero della Salute, di cui Il Dr. Mattia Barbareschi è stato il responsabile scientifico, presso l'ITC/Fondazione Bruno Kessler è stato sviluppato un sistema sperimentale per la gestione dei Tissue Microarray, denominato TMABoost 7. Il progetto, intitolato “Analisi dell'espressione e delle alterazioni geniche attraverso Tissue Microarray”, si e' svolto dal 2002 al 2004. Il sistema per la gestione dei Tissue Microarray è composto da diverse componenti software e hardware che consentono di gestire ottimamente il processo di creazione ed analisi dei TMA. In particolare, il sistema è composto da un microscopio robotizzato per l'acquisizione automatica delle immagini dei tessuti connesso ad un sistema web per la raccolta, gestione ed elaborazione di dati clinici e patologici di tali tessuti.

TMABoost può essere considerato un esempio dei possibili strumenti di indagine molecolare che possono beneficiare dello sviluppo di una biobanca di tessuti. In particolare, il sistema TMABoost di gestione dei dati è molto simile a quello che è necessario per una biobanca, contenendo informazioni sui pazienti e sui tessuti analizzati. Il sistema TMABoost estende i concetti della gestione dei dati di una biobanca, comprendendo inoltre i dati risultanti dalle indagini molecolari effettuate su tali tessuti. Per una descrizione più dettagliata si rimanda alla sezione 7.7.

7 Demichelis, A. Sboner, M.Barbareschi, R.Dell'Anna. TMABoost: an integrated system for comprehensive management of Tissue Microarray data, IEEE Trans Inf Technol Biomed, 10(1):19-27,2006 - https://bioinfo.itc.it/TMA/

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1.3.5 MTT-pro s.r.l.

La parte applicativa del progetto è stata assegnata a MTT-pro s.r.l., spin-off dell’ITC-Irst. Il compito prevedeva l’implementazione di un sistema prototipo su infrastruttura web-based che potesse soddisfare i requisiti e le esigenze espresse dal personale dell’Unità Operativa di Anatomia Patologica dell’ospedale S. Chiara di Trento. Si riportano di seguito in sintesi le tematiche di maggior interesse affrontate in questo task del progetto.

Analisi requisiti di un prototipo per la raccolta dati La prima parte della progettazione del prototipo riguarda la raccolta e l’analisi dei

requisiti da parte del personale MTT-pro assieme al personale ITC-Irst e agli utenti finali del sistema stesso (Unità Operativa di Anatomia Patologica). Per la raccolta dei requisiti si è utilizzata una metodologia che in letteratura informatica viene definita partecipatory design. Con questo termine si sta ad indicare la continua interazione tra gli sviluppatori e l’utente finale.

Sviluppo del prototipo La seconda fase del task prevede la vera e propria implementazione del prototipo. A

seguito di questa è stata effettuata una fase di test che consentisse all’utente finale di verificare le funzionalità del sistema e l’effettiva corrispondenza del prototipo con i requisiti raccolti in precedenza. In base alle osservazioni dell’utente finale il sistema prototipo è stato aggiustato e affinato in fasi successive fino alla sua release finale.

Individuazione della modalità di accesso via web alla biobanca In questo task si sono poste le basi per quello che è stato identificato come una

modalità di accesso di tipo asincrono alla biobanca. In pratica si è progettato un sito web che pubblichi al mondo, attraverso la rete Internet, i contenuti (riassunto numerico) della biobanca. Questo viene ritenuto molto importante per ogni eventuale collaborazione che si verrà ad instaurare tra la biobanca trentina e gli istituti di ricerca nazionali ed internazionali.

Analisi di software commerciale esistente per l’estensione del prototipo Sono stati valutati alcuni software esistenti attualmente sul mercato che

consentissero un’estensione del prototipo allo scopo di ridurre la possibilità di errore dovuta alla trascrizione di codici dal sistema alle provette stoccate all’interno dei freezers. In particolare sono stati valutati alcuni software che consentissero la creazione di codici attraverso la tipologia del codice a barre e ne permettessero la stampa su etichette adatte alle basse temperature.

Valutazione preliminare integrazione con i sistemi di raccolta dati già esistenti in Azienda Sanitaria

In questa fase del progetto sono state poste le basi per una eventuale integrazione del sistema biobanca con altri sistemi esistenti all’interno dei sistemi informativi della Azienda Sanitaria Locale della Provincia di Trento. I sistemi inizialmente identificati per

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l’integrazione riguardano il sistema Metafora utilizzato nell’Unità Operativa di Anatomia Patologica per la diagnosi, il SIO, ed in particolare l’anagrafica provinciale, e il sistema di oncologia.

1.3.6 Università degli Studi - Dipartimento Scienze Giuridiche

Il Dr. Umberto Izzo e il Dr. Matteo Macilotti, hanno predisposto un documento relativo alla analisi delle problematiche di biodiritto. Tale documento sarà ritenuto uno strumento per affrontare le problematiche giuridiche relative alla biobanca e per la stesura di un modulo di consenso definitivo da sottoporre a valutazione del Comitato Etico dell’Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari.

Il documento stilato dal Dr. Umberto Izzo e dal Dr. Matteo Macilotti viene allegato in forma integrale.

1.4 Orizzonte temporale Il presente progetto ha avuto durata annuale e si è proposto di valutare tutte le

implicazioni per la costituzione di una biobanca in Trentino. La biobanca che potrà trarre origine dal presente progetto invece prevede di raccogliere i biomateriali nel tempo, e di conservarli a lungo termine, idealmente in modo illimitato fino al loro utilizzo ed eventuale consumo. In tale ottica i biomateriali accumulati verranno ad ingrandire progressivamente la biobanca. Le modalità di raccolta dei campioni nel tempo potranno essere modulate in funzione delle caratteristiche strutturali che la biobanca andrà assumendo nel tempo. Infatti è ipotizzabile che in una prima fase, stimabile in 3-5 anni si procederà alla raccolta di tutte le varie tipologie di campioni che si presenteranno consecutivamente all’osservazione. Successivamente, in base alle risorse potrà essere valutata l’ipotesi di una raccolta finalizzata ad implementare alcune tipologie rispetto ad altre. Potrebbe essere ritenuto più opportuno, in funzione delle risorse disponibili, raccogliere solo casi particolarmente inusuali o di cui si dispone di varie elementi costitutivi (p.es.: campioni di tumore primitivo e delle sue metastasi locoregionali e a distanza) o sottoposti a particolari trattamenti.

1.5 Progetto aziendale e territoriale Come già ricordato nella introduzione la biobanca oggetto del presente progetto può

essere considerata come un tassello nell’ambito più generale delle risorse di conservazione dei biomateriali come attualmente esse vengono descritte nei vari documenti e linee guida Nazionali ed Internazionali. In particolare essa, concretizzabile nell’ambito della Azienda Provinciale pe ri Servizi Sanitari della Provincia Autonoma di Trento può configurarsi come un nucleo attorno al quale possa costituirsi un Centro di Risorse Biologiche (CRB) a valenza territoriale, potenzialmente fruibile o integrabile da altre Istituzioni per le quali sia di importanza la crioconservazione di biomateriali.

La conservazione dei biomateriali umani con le modalità proposte nel presente progetto rappresenterà inoltre uno strumento di importanza fondamentale per potenziare la ricerca in campo biotecnologico in ambito locale . La disponibilità di tali biomateriali può essere premessa infatti di numerosi progetti che potranno vedere coinvolte varie Istituzioni locali ed attrarre altre Istituzioni Nazionali ed Internazionali ad attivare programmi di ricerca condivisi.

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1.5.1 Possibili interazioni con realtà territoriali locali

Università degli Studi di Trento Si sono avviati contatti con il Prof. Renzo Antolini e la Prof. Marina Scarpa del

Dipartimento di Fisica dell’Università degli Studi di Trento, i quali hanno manifestato interesse allo studio di biomateriali.

Ordine dei Medici

Il progetto sarà al Presidente dell’Ordine al fine di portare a conoscenza del progetto la Comunità medica Trentina, con la proposta di farne oggetto di divulgazione tramite il bollettino dell’ordine stesso.

Istituto Agrario S. Michele Si sono avviati contatti con il Dr. Riccardo Velasco e il Dr. Claudio Moser che

hanno manifestato interesse alla proposta di costituzione di un CRB, cui conferire un parte dei biomateriali conservati presso la propria Istituzione, ovvero alla condivisione di spazi all’interno dei sistemi di criopreservazione al fine di minimizzare i rischi connessi a eventuali disfunzioni dei sistemi di criopreservazione.

Istituzioni di volontariato in campo sanitario Il presente progetto è stato presentato anche nell’ambito di alcune associazioni di

volontariato in campo sanitario, al fine di promuovere la divulgazione dei contenuti del progetto alla popolazione per favorire l’accettazione del progetto stesso. È noto che per una ottimale riuscita dei progetti di biobanking è molto importante portare a conoscenza del pubblico gli obiettivi e le modalità di raccolta e trattamento dei biomateriali e dei dati relativi. Numerose istituzioni infatti sottolineano l’importanza del coinvolgimento del pubblico a tale riguardo8.

8 The Human Genetics Advisory Commission (HGAC) in the UK has emphasized the importance of public awareness of and education on genetic issues “to enable more groups in society to participate in and follow debates about complex genetic issues.” The Commission recommended a participative approach, working collaboratively with other groups such as the education sector to ensure that many groups in society “feel they are able to follow and contribute to consideration, debate and discussion of issues” (HGAC, 1998). In Denmark, where there is a high level of awareness on genetics issues, the Danish Council of Ethics and the Danish Board of Technology have played an active role in promoting public education and furthering public discussions and debate. Similar calls for public awareness have been made by the World Health Organization and the Council of Europe. Whose Genes, Whose Safe, How Safe? Publics’ and Professionals’ Views of Biobanks. The Canadian Biotechnology Advisory Committee, by Edna Einsiedel, March 2003.

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Lega Italiana per la Lotta ai Tumori

Il progetto è stato presentato al Presidente della Lega e sarà oggetto di divulgazione tramite il bollettino della Lega.

Fondazione Trentina per la Ricerca sui tumori

Il progetto è stato presentato alla Fondazione e sarà oggetto di divulgazione tramite il bollettino della Fondazione.

Associazione Ricerca Medica Trentina

Il progetto oltre ad essere stato presentato al primo convegno organizzato dalla Associazione ARMET organizzato a Comano terme in dicembre 2005, è stato portato a conoscenza a livello del consiglio direttivo e sarà oggetto di divulgazione tramite le varie attività della Associazione.

1.6 Possibili ulteriori interazioni con realtà regionali

Azienda Sanitaria Bolzano Sud - U.O. di Anatomia Patologica e di Oncologia Medica

Sono in corso contatti con il Dr. Eduard Egarter Vigl, Direttore della U.O. di Anatomia Patologica, per attivare un analogo progetto di Biobanca in seno alle U.O. di Anatomia Patologica e di Oncologia Medica dell’Azienda Sanitaria Bolzano Sud. In particolare si cercherà di uniformare le procedure di raccolta e conservazione dei biomateriali e dei dati, e di affrontare in modo uniforme le problematiche informatiche, di bioetica e di biodiritto.

Accademia europea EURAC – Bolzano - Progetto di medicina molecolare

Sono in corso contatti con il Dr. Peter Pramstraller, Direttore dell’Istituto di Medicina Genetica, e la Dr. Deborah Mascalzoni, per valutare la possibilità di collaborare sul versante etico-giuridico per la definizione di un Codice Etico al fine di garantire i pazienti che donano i campioni alla biobanca, e per integrare le attività di raccolta di campioni biologici effettuata nel contesto delle attività dell’EURAC con quella di un possibile CRB di tipo regionale.

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2 Definizioni

2.1 Definizione di biobanca La Raccomandazione del Consiglio d’Europa R(94) 1 del 14/3/94 definisce la banca

di tessuti umani una organizzazione “non-profit” che deve essere ufficialmente riconosciuta dalle autorità sanitarie competenti degli stati membri, e deve garantire il trattamento, la conservazione e la distribuzione del materiale9.

Secondo le “Regulations” previste per l’European Biobank dell’Università di Maastricht con il termine biobanca si intende un’unità operativa che fornisce un servizio di conservazione e gestione del materiale biologico e dei relativi dati clinici, in accordo con un codice di buon utilizzo e di corretto comportamento e con ulteriori indirizzi forniti da Comitati Etici e Università10.

Lo “Swedish Medical Research Council” in un documento del 1999 definisce le biobanche come raccolte di campioni di tessuti umani, la cui origine sia sempre rintracciabile, conservati per un periodo definito o indefinito per specifici progetti di studio11.

In Islanda, dove è in atto il progetto DECODE che prevede la raccolta di campioni di DNA, dei dati anagrafici e di quelli clinici di tutta la popolazione, la biobanca è costituita da una collezione di campioni biologici conservati per tempo indefinito.

L’Organizzazione per la Cooperazione e lo Sviluppo Economico (OCSE) definisce i Centri di Risorse Biologiche (in cui possono essere incluse le biobanche umane) come centri che: “Forniscono servizi di conservazione di cellule viventi, di genomi di organismi e informazioni relative a all’ereditarietà e alle funzioni dei sistemi biologici. Conservano banche di organismi coltivabili (microrganismi, cellule vegetali, animali e umane), parti replicabili di essi (genomi, plasmidi, virus, cDNA), organismi vitali ma non piu` coltivabili, cellule e tessuti, così come anche banche dati contenenti informazioni molecolari, fisiologiche e strutturali rilevanti per quelle collezioni”.

In armonia con quanto affermato anche dal documento sulle biobanche genetiche stilato dalla Società Italiana di Genetica Medica del 200312 e con le “LINEE GUIDA PER LA ISTITUZIONE E CERTIFICAZIONE DELLE BIOBANCHE” del 2006, elaborate dal Gruppo di lavoro del Comitato Nazionale per la Biosicurezza e le Biotecnologie presso la Presidenza del consiglio dei Ministri13, possiamo definire quindi biobanca, una unità di servizio, senza scopo di lucro diretto, finalizzata alla raccolta e alla conservazione di biomateriale umano, associato ai rilevanti dati clinici, utilizzabile per ricerca e diagnosi biomolecolare. La peculiarità della biobanca richiede che i campioni siano:

a) raccolti, conservati ed utilizzati secondo opportuni criteri di bioetica e biodiritto, b) prelevati e conservati secondo procedure che garantiscano la migliore

preservazione dei componenti strutturali (istologici e biochimici),

9 “Recommendation N. R(94)1 of the Committee of Ministers to member states on human tissue banks”. Council of Europe, 14 march 1994. 10 “Ethical aspects of human tissue banking”. Opinion of the European Group on Ethics in Science and New Technologies to the European Commission. N. 11, 21 July 1998 11 “Sweden sets ethical standards for use of genetics biobanks”. A. Abott. Nature, vol 400, p. 3, July 1999. 12 http://sigu.univr.it/sigu/html/documenti/index.shtml 13 Rapporto del Gruppo di lavoro Bozza 2, 19 aprile 2006, Prof. L. Santi

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c) collegabili con opportune procedure atte a tutelare i diritti e la privacy dei donatori, ai dati anagrafici, clinici e di follow-up relativi ai soggetti donatori da cui derivano i materiali depositati14,

d) associabili ai risultati delle indagini biomolecolari che verranno effettuate man mano.

2.2 Definizione di biomateriale umano Definiamo biomateriale umano i tessuti ed i liquidi biologici prelevati da soggetti sani

o affetti da malattia. Da tali materiali si possono quindi estrarre le componenti biochimiche fondamentali, quali le proteine, l’RNA ed in DNA. È quindi ovvio che i biomateriali danno accesso all’informazione contenuta nel genoma umano, con l’implicazione che da tale materiale può essere estratto un “profilo genetico” della singola persona. È pertanto essenziale che il materiale sia raccolto e conservato rispettando le normative sulla sicurezza e sulla tutela dei dati personali.

La biobanca oggetto del presente progetto non conserva materiale biologico già regolamentato da specifiche norme come gli organi per il trapianto, il sangue ed i suoi derivati a scopo trasfusionale, gli embrioni, gli spermatozoi e gli oociti per la procreazione assistita.

2.2.1 Tipologie di materiali

I biomateriali oggetto della raccolta nella biobanca “Trentino Biobank” saranno costituiti da tessuti sani e patologici, da materiali citologici e da liquidi biologici, quali sangue, urine, escreati, versamenti in cavità. Saranno raccolti e conservati:

- frammenti di tessuti solidi asportati durante interventi chirurgici volti alla cura di tali soggetti, ridondanti ai fini del percorso diagnostico, e che attualmente vengono eliminati quali rifiuti speciali (“left over tissues”)

- campioni provenienti da materiale donato per trapianto e non utilizzato

- campioni provenienti da persone decedute e sottoposte ad autopsia

- sangue, urine o altri liquidi biologici (escreati, ascite, liquidi pleurici, etc) sia degli stessi pazienti che di eventuali altri soggetti, quali ad esempio soggetti sani coinvolti in progetti di screening

- campioni citologici, prelevati sia per agospirazione che per metodiche di spazzolamento (brushing/scraping) provenienti sia da interventi su pazienti che su pezzi operatori già asportati, ma che per le piccole dimensioni non consentono di prelevare campioni tissutali per la biobanca.

14 I campioni dovranno essere identificati tramite un codice, noto solo al responsabile della biobanca ed ai suoi diretti collaboratori. La possibilità di risalire all’origine del campione si attua, in caso di risultati scientifici di utilità per il donatore, sulla base di decisioni espresse nel consenso informato scritto.

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2.2.2 Provenienza dei materiali

I biomateriali proverranno da soggetti donatori che hanno avuto accesso alle strutture sanitarie della Azienda provinciale per i Servizi Sanitari del Trentino. In particolare, per quanto riguarda soprattutto i tessuti, per l’esigenza di effettuare il prelievo e di congelare opportunamente i campioni da parte dell’anatomo-patologo responsabile della diagnosi in un tempo breve (circa 20 minuti) dopo la exeresi, si tratterà inizialmente dei pazienti afferenti all’Ospedale S. Chiara di Trento e successivamente all’Ospedale S. Maria del Carmine di Rovereto e alle altre strutture della Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari. Tutti i campioni chirurgici da cui verranno prelevati i campioni verranno quindi esaminati da un anatomo-patologo e i prelievi saranno effettuati sotto la sua responsabilità, al fine di garantire la normale procedura diagnostica. I prelievi saranno effettuati sui cosiddetti “left over tissues” cioè quelle porzioni di tessuto ridondanti che attualmente vengono scartate perché non necessarie all’iter diagnostico-terapeutico, e quindi smaltiti come rifiuti speciali.

I prelievi di campioni di sangue, urine o altri liquidi biologici saranno effettuati presso i reparti di ricovero e cura, sotto la responsabilità del medico curante.

Per ogni tipologia di biomateriale, il paziente donatore sarà informato da personale qualificato sulle finalità delle attività della biobanca e ne sarà raccolto il consenso secondo le modalità descritte nella sezione dedicata alle problematiche giuridiche.

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3 Analisi dello stato dell’arte: le biobanche tumorali Si è proceduto ad analizzare in dettaglio alcune delle più significative esperienze in

campo nazionale ed internazionale nell’ambito delle biobanche tissutali ad indirizzo tumorale. Si è raccolta la documentazione disponibile e si sono instaurati rapporti collaborativi diretti con varie Istituzioni.

3.1 Esperienze in campo nazionale

3.1.1 Network Nazionale Biobanca Oncologica degli IRCSS

Gli Istituti di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico a vocazione oncologica, sono attualmente impegnati in un progetto di armonizzazione delle biobanche/collezioni di tessuti raccolte nel passato e in fase di attuale implementazione. Il progetto, coordinato dal Prof. Angelo Paradiso e finanziato dal Ministero della Salute, vuole ottenere un sistema in rete di biobanche con caratteri omogenei. Il Dr. Mattia Barbareschi ha partecipato ad alcune riunioni operative di tale progetto. Il progetto presenta la caratteristica fondamentale di essere basato su una rete di istituzioni (gli IRCCS a vocazione oncologica) che si propongono di stabilire procedure omogenee ed un unico sistema gestionale informatico.

3.1.2 Università degli Studi di Genova/Istituto Tumori di Genova Il Dr. Mattia Barbareschi e la Dr. Sabrina Cotrupi hanno visitato la Biobanca in fase

di iniziale implementazione presso la Cattedra di Anatomia Patologica dell’Università di Genova e presso l’U.O. di Anatomia Patologica dell’Istituto Tumori di Genova.

La biobanca presso la Cattedra di Anatomia Patologica dell’Università di Genova è stat costituita con un finanziamento iniziale della Fondazione CariGe per una fase triennale di studio di fattibilità e di implementazione dell’infrastruttura, ed ha iniziato la raccolta dei campioni da inizio del 2006. Presso tale istituzione si è optato per sistemi di criopreservazione in azoto liquido con raccolta dei campioni in straws termosaldate, con etichettatura con codici a barre. Il software che gestisce la biobanca è di tipo commerciale, e contiene una serie di informazioni base per la identificazione e descrizione dei campioni e il loro stoccaggio. Tale biobanca di recente implementazione, si trova attualmente in una fase iniziale di attività. Per il suo funzionamento è attualmente previsto il coinvolgimento a tempo parziale di un medico patologo della Cattedra di Anatomia Patologica e la istituzione di una posizione a tempo pieno per un biologo/a. Fra le criticità attualmente più evidenti sono il coinvolgimento delle unità operative di chirurgia, per la raccolta del consenso e il trasporto immediato dei campioni in Anatomia Patologica.

3.1.3 Istituto Nazionale Tumori Milano Attualmente l’Istituto partecipa al Network Oncologico degli IRCCS ed è in fase

conclusiva la preparazione della nuova documentazione relativa alle procedure di consenso e informazione ai pazienti. Di tali documenti si è avuta visione confidenziale e non appena saranno approvati saranno resi disponibili.

Si è visionata la strumentazione (tanks a azoto liquido collegati con contenitore esterno) attualmente disponibile.

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3.1.4 Biorep

La Biorep è una società di servizi che mette a disposizione le proprie strutture ai centri di ricerca sia pubblici che privati per la realizzazione di Banche di Materiale Biologico per l’utilizzo nella ricerca. Biorep ha stipulato a tal fine una partnership decennale con il Coriell Institute of Medical Research, la principale banca di cellule statunitense che, in oltre 50 anni di attività, ha definito gli standard per la raccolta, la criopreservazione e la distribuzione di biomateriali a fini di ricerca. Grazie alla sua patnership con il Coriell Institute for Medical Research, la Biorep si è specializzata nella preparazione di linee cellulari, nell’estrazione degli acidi nucleici e nella loro conservazione a lungo termine (in azoto liquido (-196°C) e/o a -80°C°) utilizzando procedure e standards all’avanguardia sviluppati dal Coriell in oltre 50 anni di attività. La Biorep, grazie al software ereditato dal Coriell, è in grado di gestire il campione biologico in tutte le fasi del processo (dall’accettazione allo stoccaggio) permettendo al ricercatore, attraverso una sua pagina web dedicata, il controllo e la gestione dello stock personale di materiale biologico dato in gestione. La Biorep, oltre a laboratori di biologia cellulare e biologia molecolare, dispone di un’infrastruttura modernissima per lo stoccaggio di materiale biologico in azoto liquido, dotata di un sistema di monitoraggio e controllo basato su tecnologia PLC (Programmable Logic Controller) in grado di registrare e certificare tutti i parametri operativi delle apparecchiature critiche(incubatori, cappe, camere fredde,…) attivando, in caso di necessità, un sofisticatissimo sistema di allarmi (in funzione 24 ore/gg per 365 giorni/anno) in presenza di anomalie e/o malfunzionamenti.

La Biorep offre alle istituzioni di ricerca pubbliche e private un ampio ventaglio di servizi mettendo a disposizione le proprie strutture realizzate secondo i più alti gradi di sicurezza e affidabilità, con un approccio flessibile ed innovativo. Offre quindi la possibilità di risolvere i seguenti problemi:

1. messa in sicurezza del proprio materiale biologico attraverso l’affitto di spazi in contenitori di azoto liquido (-196°C in fase liquida o -150°C in vapori di azoto) o congelatori a -80°C°C.

2. utilizzo del software Biorep/Coriell per la gestione del campione biologico sia in forma “esclusiva” che in forma “condivisa” per eventuale scambio con altri ricercatori.

3. possibilità di ottenere servizi esclusivi di biologia cellulare (realizzazione di linee cellulari,…), biologia molecolare (estrazione di acidi nucleici, genotipizzazione,…), microbiologia (controllo contaminazione da micoplasmi,…) effettuati con procedure validate dal Coriell.

s Servizi per “conto terzi” offerti da Biorep - Affitto spazi La Biorep offre la possibilità di affittare spazi all’interno della propria struttura in contenitori di azoto liquido (-196°C in fase liquida o -150°C in vapori di azoto) o congelatori a -80°C°C. Prima dello stoccaggio, a tutti i campioni biologici viene assegnato

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un codice identificativo (bar-code) che viene annotato nel database Biorep/Coriell insieme ad eventuali altre informazioni biologiche. Il ricercatore, attraverso una pagina web dedicata, potrà controllare il suo stock e richiedere i campioni desiderati che gli verranno spediti entro 24 ore dalla richiesta. - Banca di cellule La Biorep offre la possibilità, ai centri di ricerca pubblici e privati, di realizzare la propria Banca di Cellule realizzata da collezioni di materiale biologico di pazienti affetti da particolari patologie (genetiche,…) o pazienti sani per controlli. Oltre ai servizi di criopreservazione, Biorep può offrire servizi di biologia cellulare, biologia molecolare, controllo di qualità delle linee cellulari e organizzare la raccolta dei campioni biologici. Inoltre, grazie al database Biorep/Coriell e alla pagina web dedicata, il ricercatore può gestire la sua banca di cellule in modo “esclusivo” oppure in modo “condiviso” autorizzando la distribuzione delle sue linee cellulari e/o degli acidi nucleici estratti ad altri gruppi di ricerca per studi ulteriori. - Banca di tessuti La BioRep offre la possibilità, ai centri di ricerca pubblici e privati, di realizzare la propria Banca di Tessuti realizzata da collezioni di materiale biologico di pazienti affetti da patologie tumorali. BioRep, grazie ad alcune collaborazioni internazionali, è in grado di fornire ai centri di ricerca interessati i protocolli più aggiornati per la raccolta e il congelamento dei tessuti freschi o in paraffina, incluso protocolli per la realizzazione di Tissue Arrays. Oltre ai servizi di criopreservazione, BioRep può offrire servizi di biologia cellulare, biologia molecolare, controllo qualità tessuti e organizzare la raccolta dei campioni biologici partendo dalla sala operatoria dell’ospedale. Inoltre, grazie al database BioRep/Coriell e alla pagina web dedicata, il ricercatore può gestire la sua banca di tessuti o in modo “esclusivo” oppure in modo “condiviso” autorizzando la distribuzione delle sue linee cellulari e/o degli acidi nucleici estratti, ad altri gruppi di ricerca per studi ulteriori. Biorep rappresenta quindi un partner idoneo a garantire, con riguardo ai propri laboratori, procedure, processi e metodologie, il rispetto di tutti gli standard più elevati inerenti la purezza e la corretta criopreservazione di cellule, tessuti, sangue ed altro materiale biologico, oltre che l’adeguata rintracciabilità ed etichettatura di tali materiali; Inoltre, le procedure di Biorep si conformano alla normativa italiana, europea ed internazionale in materia di consenso informato, anonimizzazione e protezione dei dati genetici e sanitari collegati al materiale biologico, costituendo in tale ambito un valido supporto al rispetto dei principi etici e delle norme vigenti.

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3.2 Esperienze in campo internazionale

3.2.1 Centro Nazionale de Investigation Oncologicas

L’esperienza del CNIO di Madrid rappresenta la più valida e consolidata

realizzazione di una rete di biobanche in ambito Europeo. Il Network di Biobanche del CNIO è certificata ISO 9001 ed è coordinata dal Dr. Manuel Moriente. Tale network rappresenta un modello molto interessante per lo sforzo di ottenere un network di biobanche cercando il massimo della qualità possibile conciliando le varie opzioni tecniche disponibili.

Al fine di approfondire la conoscenza di tale biobanca sono stati valutati in dettaglio tutti i documenti disponibili. Inoltre è stato possibile effettuare due incontri con il Dr. M. Moriente, uno in occasione di un suo soggiorno in Italia e uno con un visita diretta alla biobanca a Madrid il 17-20 giugno 2006.

In tale occasione si sono visitati i laboratori del CNIO e in particolare i biorepositories e la strumentazione utilizzata. Si sono acquisite inoltre tutte le documentazioni prodotte dalla Biobanca del CNIO sia per quanto attiene ai manuali di procedura, che a tutta la documentazione necessaria per la certificazione.

Fra le peculiarità della organizzazione del Network di Biobanche del CNIO va sottolineato che le varie biobanche afferenti al network sono tenute alle seguenti norme: accettare il coordinamento da parte del CNIO adottarne le politiche di controllo di qualità utilizzare la infrastruttura informatica fornita gratuitamente dal CNIO utilizzare le SOP

utilizzare una sistema di codifica unitario.

In particolare le SOP del network, forniteci dal Dr. Morente in forma integrale, sono caratterizzate dal fatto di offrire uno strumento omogeneo anche se non fisso per i partecipanti: per esempio le modalità di congelamento non sono definite in modo rigido, ma ne vengono definite delle modalità accettabili (congelamento in isopentano, in azoto liquido, ai vapori di azoto) e delle modalità non accettabili (congelamento in congelatore). Altro esempio, le modalità di criopreservazione : viene valutata adeguata la conservazione in freezers a - 80°C o in contenitori ad azoto, purché vengano messe in atto alcune procedure standard di sicurezza della catena del freddo (triplo sistema di allarme: locale, per evitare di surriscaldare il congelatore durante le procedure di recupero/stoccaggio dei campioni, ospedaliero: possibilità di allertare il personale addetto alla manutenzione, telefonico a distanza: per avvertire il Responsabile della Qualità e il Direttore della Biobanca al fine di attivare le migliori procedure possibili). Fra gli altri requisiti per i sistemi di criopreservazione è che essi siano in locali abbondantemente ventilati e possibilmente condizionati per scongiurare il surriscaldamento dei freezers e quindi la loro maggiore usura e suscettibilità a guasti.

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Durante la visita ai biorepositories del CNIO è stata individuata la disponibilità di strumentazione di emergenza (per eventuali guasti a quella in uso o per la manutenzione della stessa): sono disponibili usualmente 1 sistema di criopreservazione d’emergenza ogni 10 in uso. Inoltre nel locale devono essere chiaramente indicate le procedure da attuare in caso di guasto di uno dei sistemi, che siano di facile reperimento e facile lettura e adozione. In caso di sistema di criopreservazione situati in locali a rischio di allagamento, è inoltre opportuno valutare la possibilità di sopraelevare i freezers per evitare che in caso di allagamento essi possano essere danneggiati. Può essere utile il coinvolgimento di eventuali altre U.O. dell’Ospedale che abbiano problemi analoghi di sicurezza per condividere le procedure di emergenza.

Nelle SOP sono inoltre messe particolarmente in evidenza le necessità di provvedere a mantenere condizioni di sicurezza negli ambienti e per gli operatori. Tra le misure utili a migliorare la sicurezza viene posto l’accento sulla formazione continua degli operatori.

Il network si basa sull’uso di uno strumento informatico comune . Il sistema di identificazione dei casi all’interno del software è basato su un codice a 10 digits ed così composto: 2 digits per il centro ospedaliero facente parte del network 2 digits per l’anno 4 digits per il caso 2 digits per il campione/aliquota

Tale sistema, piuttosto semplice, consente di identificare fino a 99 campioni/aliquote diverse per ogni singolo caso. In tali campioni/aliquote sono comprese le porzioni di tessuto normale, peritumorale, tumorale e anche le varie componenti chimiche da essi estraibili. Tale codice viene poi tradotto in codice a barre le cui etichette vengono apposte sui contenitori dei biomateriali (NB nel caso di cryomold/cryovials è fondamentale che le etichette siano apposte prima della procedura di riempimento con OCT, congelamento e immersione in isopentano)

La codifica diagnostica dei campioni nel database si avvale del codice ICD (International Code of Disease) ottenibile con pagamento di una licenza da parte della WHO. Inoltre in alcune situazioni è anche ottenibile in via gratuita. Ciò a differenza dell’ultima edizione dello SNOMED, che essendo un sistema registrato richiede il pagamento di una licenza di rilevante valore economico.

Il direttore del programma, il Dr. Manuel Morente, si è dichiarato inoltre disponibile a fornire gratuitamente il software prodotto per la gestione del network. A tale scopo si rende necessaria unicamente una richiesta formale di cessione gratuita del pacchetto da inviare al Direttore del CNIO.

Fra gli accorgimenti tecnici, il Dr. Morente ha sottolineato che la modalità di congelamento per immersione in isopentano raffreddato è di notevole importanza per assicurare un rapido congelamento dei frammenti. Infatti l’isopentano ha una costante termica assai favorevole, superiore a quella dei vapori di azoto. La sua idoneità al congelamento rapido è invero inferiore a quella dell’azoto liquido, ma non è gravata dagli svantaggi connessi (formazione di bolle, possibili esplosioni delle cryovials, miglior preservazione della morfologia, più economico, più sicuro nella manipolazione). Le metodiche suggerite per il congelamento in isopentano si basano sull’uso di uno strumento apposito (Histobath®, Shandon) che mantiene l’isopentano a -55°C, oppure il raffreddamento in contenitori termici dell’isopentano nel freezer a -80°C.

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Durante la visita effettuata da noi presso il CNIO il Dr. Morente ha sottolineato la necessità di un disegno strategico della biobanca. Una biobanca può porsi diversi obiettivi strategici ed in relazione ad essi deve modulare i propri obiettivi. Una biobanca può essere ad ampio spettro oppure definita per progetti. Una biobanca ad ampio spettro si propone di raccogliere a tappeto tutti i biomateriali possibili, in modo consecutivo, indipendentemente dalla natura degli stessi. In tale prospettiva è prevedibile che dopo un periodo di media durata (due – tre anni a seconda della entità del bacino di raccolta) si saranno raccolte collezioni piuttosto numerose di campioni di patologie comuni. A tal punto potrà essere una opzione, in relazione alle caratteristiche di budget finanziario e di tipo infrastrutturale, quella di ridurre la collezione dei biomateriali solamente a quelle patologie meno frequenti o a quelle per le quali esiste un particolare interesse di ricerca in sede locale. Sono inoltre da preferire le raccolte di materiali con peculiari caratteristiche : ad esempio tumori di cui sia disponibile oltre al tessuto neoplastico e sano, anche quello peritumorale, metastatico in sede locoregionale ed a distanza. Una biobanca orientata per progetti ha invece un obiettivo già mirato in partenza e quindi si propone unicamente di raccogliere una specifica tipologia di biomateriali.

Per alcuni casi inoltre la disponibilità di tessuto per fini non diagnostici è particolarmente limitata o fortemente condizionata dalle esigenze di adeguata stadiazione . In tali circostanze possono essere utili alcuni accorgimenti. Per esempio, nel caso di lesioni molto piccole può essere utile effettuare un prelievo agoaspirativo o una microbiopsia con thrucut e congelare il materiale citologico ottenuto (per esempio lavando ago e siringa con soluzione fisiologica sterile e conservando tale liquido). Analogamente può essere fatto per gli aspirati midollari. In altre situazioni è fondamentale l’esame completo dei margini di un campione chirurgico, quel ad esempio la prostata. In tale situazione può essere utile marcare con china il campione come usualmente, tagliarlo a fresco ed effettuare dei punch di tessuto nelle aree sospette, senza danneggiare i margini del campione che verranno esaminato come di consueto. In tal caso, specialmente con la prostata ove l’aspetto macroscopico può essere scarsamente indicativo per la localizzazione della lesione, è fondamentale il controllo istologico della lesione e del campione istologico definitivo circostante alla sede del punch. Tali approcci possono inoltre aprire interessanti approcci anche per quanto riguarda i prelievi citologici di lesioni in vivo, per esempio in caso di prelievi pre-operatori in pazienti che andranno incontro a terapie neo-adiuvanti.

Gli indicatori di successo di una biobanca sono un ulteriore importante aspetto da valutare. È errato valutare una biobanca unicamente sulla quantità di materiali raccolti. È molto più importante valutare invece la qualità dei biomateriali e dei dati ad essi associati, quantità e qualità dei progetti presentati alla biobanca, il numero di pubblicazioni in cui la biobanca viene citata come fonte di rifornimento di biomateriali, l’impact factor cumulativo di tali riviste, i lavori in cui i membri della biobanca sono stati coinvolti come co-autori. A tale ultimo proposito, il Dr. Morente ha richiamato che il network di Biobanche del CNIO si ispira al Codice di Vancouver per la definizione delle caratteristiche per essere definito autore di una pubblicazione scientifica. In base a tale codice il solo fornire materiale non è titolo sufficiente per essere dichiarato co-autore di un lavoro scientifico, cosa che invece prevede il diretto coinvolgimento del ricercatore nel lavoro di studio oggetto di pubblicazione. In tale ottica quindi il personale sanitario coinvolto nel network delle biobanche (patologi, clinici) non è automaticamente chiamato ad essere autore dei lavori che utilizzano il materiale del network.

Fra gli aspetti di un certo interesse ricordiamo che nel progetto è contemplato un work-package relativo alla digitalizzaione delle immagini istologiche dei casi oggetto di raccolta nelle biobanche per permettere un controllo di qualità sulla diagnosi dei materiali

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stessi. Inoltre la biobanca è in stretta relazione con la struttura che, all’interno del CNIO, allestisce i preparati multitessuto con la tecnologia Tissue Microarrays.

3.2.2 Hammersmith Hospital

La biobanca dell’Hammersmith Hospital è un esempio di biobanca creata all’interno di una struttura di ricovero e cura con caratteristiche accademiche. Tale banca è stata implementata inizialmente a partire dal 1997, inizialmente sulla base di un finanziamento ottenuto tramite grants di ricerca dal Dr. Gordon Stam e dal Dr. Lalani, e condotta da tali ricercatori. Dal 2001 la biobanca è stata dotata di un manager, il Dr. T. Ryder. Dal 2002 il Research Committee dell’Hammersmith Hospital Trust ha deciso di finanziare la biobanca per tre anni, assicurando il personale e l’infrastruttura tecnologica. Dal 2005 essa ottiene un finanziamento permanente da parte dell’Hammersmith Hospital Trust, e la biobanca si estende a coprire le esigenze di tre ulteriori centri ospedalieri del Hammersmith Hospital Trust. Attualmente la biobanca raccoglie circa 600 casi anno, dispone di un organigramma costituito da 2 tecnici (con qualifica BMS3 e BMS2), un Clinical Scientist Manager a tempo parziale (circa 30% della propri attività) e di due infermiere di ricerca di cui solo una posizione è stata coperta.

La biobanca ha collaborazioni sia accademiche che con partners industriali quali Gene ligic Inc (USA) cui fornisce tessuti in cambio di dati genetici sui tessuti stessi.

I costi dei tessuti oltre a essere coperti dai fondi istituzionali sono in parte ricoperti da una percentuale fissa che viene caricata a ogni progetto di ricerca.

Inizialmente i tessuti raccolti erano prelevati in modo consecutivo senza una selezione (General tissue accrual). Poi avendo soddisfatto le necessità di raccolta dei tessuti più frequentemente operati (es.: fibromi uterini) si è proceduto a una selezione degli istotipi (Major tumour type accrual e Research specific tumor accrual) a seconda delle esigenze e delle disponibilità di tessuti. Ciò al fine di ottimizzare la raccolta e conservazione dei materiali.

Il consenso alla donazione viene raccolto tramite le infermiere di ricerca che danno al paziente una nota informativa sulle finalità e procedure della biobanca e cui fanno firmare il consenso che è parte integrante al consenso generale al trattamento chirurgico. In occasione della visita a tale biobanca il Dr. Ryder ha fornito copia del modulo di consenso e della nota informativa (patients information leaflet). Peraltro la biobanca non dispone di un proprio codice etico.

Il tessuto all’atto del prelievo viene identificato con codice e tale codice (alfanumerico con anno- due digits, numero caso- 4 digits, campione- una lettera progressiva: YY/NNNNL) viene riportato sia sul modulo cartaceo che nel database. Nel database è inoltre disponibile anche nome cognome e data nascita del paziente: tale dato è visibile solo da parte del responsabile della biobanca e il database è protetto con un triplo sistema di sicurezza con User name e password. I campioni sono congelati in isopentano raffreddato in azoto liquido, dopo essere stati avvolti senza OCT in un foglio di alluminio, sul quale viene apposta l’etichetta. Solo in casi particolari si utilizza il liquido preservante OCT15. L’etichetta viene scritta a mano e reca il codice alfanumerico descritto. I campioni avvolti in alluminio e con la etichetta vengono raccolti in contenitori di alluminio che

15 OCT-compound, Tissue-Tek 4583

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recano sul tappo i dati identificativi del caso (in ogni contenitore ci sono tutti i frammenti del singolo caso). I contenitori sono stoccati in freezers a -80°C. Tali freezers non sono dotati di allarmi a distanza, ma sono alimentabili con CO2 per le emergenze. Contestualmente al prelievo a fresco viene effettuato uno o più prelievi di materiale per fissazione e inclusione in paraffina. Dei casi “chiusi” dal punto di vista diagnostico, viene raccolto materiale fissato per inclusione in paraffina: tale evento si verifica generalmente a 30 – 40 gg dalla data del prelievo.

Sistema gestionale . I dati relativi ai tessuti e a i pazienti sono gestiti con un programma in Access compilato dal Dr. Ryder. Tale database è situato all’interno del network ospedaliero, accessibile con tre successivi livelli di autorizzazione. In tale database i pazienti sono completamente identificabili con nome e cognome. Quando i dati vengono esportati per essere forniti assieme ai tessuti ai ricercatori essi vengono anonimizzati. Tale procedura viene adottata in quanto il gestore della biobanca è ritenuto il “guardiano” dei tessuti.

La biobanca esegue come controllo di qualità, esclusivamente il controllo

istologico dei campioni prelevati e fissati. Il controllo sulla qualità dell’RNA è un servizio che offre la ditta Gene Logic Inc. con cui vi è una collaborazione: la biobanca fornisce loro dei campioni e la company fornisce alcuni servizi

Le modalità per la richiesta di materiale da parte dei ricercatori, prevedono

delle procedure che seguono il seguente iter: 1. richiesta informale di disponibilità del materiale 2. Richiesta formale con una parte in cui il ricercatore riporta il parere del

proprio comitato etico alla ricerca in atto e una in cui si impegna a seguire alcune norme della biobanca

3. approvazione da parte del “Comitato esecutivo” della biobanca: tale approvazione per i casi di particolare semplicità viene data per acquisita sulla base di una valutazione del Responsabile gestionale della Biobanca

La biobanca esclude pazienti di età inferiore a 18 anni, materiali infetti e quelli

ottenuti dopo 12 ore dalla devitalizzazione. Il carico di lavoro della biobanca è di circa 600 casi anno con un carico di campioni

di circa 3000 campioni anno. La Human Tissue Authority è l’ente istituito con lo Human Tissue Act, a cui chi

vuole istituire una biobanca deve rivolgersi. Dopo accettazione della domanda, la HTA concede la autorizazione alla istituzione della biobanca. Nei documenti disponibili 16 17 viene affrontato il problema nella sua interezza e negli aspetti pragmatici. Incluso l’uso dei materiali già raccolti senza consenso prima del 1 settembre 2006.

16 http://www.hta.gov.uk/download/HTA%20leaflet%20final.pdf 17 http://www.hta.gov.uk/download/Code%20of%20Practice%205%20Removal,%20storage%20and%20disposal%20of%20human%20..pdf

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3.2.3 Consorzio Tubafrost

Il consorzio Tubafrost è il risultato di un progetto europeo che ha visto coinvolte numerose Istituzioni che hanno messo a confronto le proprie esperienze e hanno prodotto un interessante studio su come organizzare ed armonizzare varie biobanche facenti capo a Istituzioni assai diverse fra loro. Il consorzio per ora è sostanzialmente allo stato di studio di fattibilità. Il risultato principale di tale studio sono una serie di documenti, da noi acquisiti e che possono essere visionati nell’allegato CD. Tali documenti contemplano i vari aspetti delle biobanche, da quelli squisitamente tecnici a quelli di carattere più generale. Lo studio di tale documentazione ha fornito una delle basi per la stesura del presente documento.

Al consorzio ha partecipato anche il C.R.O. di Aviano, e abbiamo avuto modo di

discutere dei risultati del progetto con il Dr. Antonino Carbone, che durante lo svolgersi del progetto era Direttore della U.O. di Anatomia Patologica del C.R.O., ora Direttore del Dipartimento di Anatomia Patologica dell’Istituto Tumori di Milano.

Fra le varie caratteristiche del progetto vi è quella della organizzazione in rete

delle biobanche che costituisce un paradigma importante per il futuro di tali organizzazioni. È infatti attraverso la condivisione dei biomateriali che sarà possibile in futuro ottenere quelle casistiche necessarie a studiare in modo approfondito e definitivo i vari aspetti molecolari delle malattie umane. Nella architettura del progetto, i vari Istituti mantengono la propria biobanca e mettono in condivisione i dati essenziali, in modo che un sistema informativo centralizzato possa gestire in modo unitario la grande quantità di biomateriali che così possono venire raccolti.

Fra gli aspetti di un certo interesse ricordiamo che nel progetto è contemplato un work-package relativo alla digitalizzaione delle immagini istologiche dei casi oggetto di raccolta nelle biobanche per permettere un controllo di qualità sulla diagnosi dei materiali stessi.

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3.2.4 IARC – Lione

Allo IARC di Lione vi è un importante CRB, prevalentemente dedicato a campioni ematici. Tali campioni sono distribuiti in 45 freezers -80°C e -20°C, e 37 grandi tanks ad azoto liquido. In tale CRB sono contenuti 3x106 campioni dello studio epidemiologico internazionale EPIC18 e ulteriori 45x104 campioni di altri studi di coorte. Di tali materiali i tessuti rappresentano circa il 5%, mentre i restanti sono in prevalenza ematici. I campioni ematici raccolti per il progetto EPIC sono costituiti da 30 ml di sangue per paziente, da cui vengono ottenute 28 aliquote da 500µl conservate in straw (12 di plasma, 8 di siero, 4 di buffy coat e 4 di eritrociti).

Sul sito dello IARC sarà presto disponibile (verosimilmente da settembre 2006) un database contenente un elevato numero di fonti documentali di tipo operativo ed etico/legislativo, ad uso dei ricercatori.

3.2.5 Swegene

Si tratta di un progetto di biobanche, iniziato nel 2000, che vede coinvolte varie

Istituzioni del sud della Svezia. E’ sorta grazie ad un finanziamento fornito dalla Fondazione Knut & Alice

Wallemberg per la costituzione di 2 consorzi, il Wallemberg Consortium North (WCN), che copre il Nord e il Centro della Svezia, e Swegene che copre il Sud. I criteri ispiratori sono sostanzialmente analoghi a quelli di altri consorzi e/o progetti già analizzati (CNIO, Tubafrost).

Un ruolo fondamentale nella realizzazione di questo progetto è da attribuire alle biobanche svedesi già esistenti sul territorio da alcune decine di anni (p.es. Fresh Frozen Tissue Bank dagli anni ’70). Per fare in modo che queste biobanche potessero rientrare in un progetto di biobanking nazionale, i due consorzi hanno cercato di aumentarne la qualità e l’utilità. L’obbiettivo principale di questo programma è di sviluppare un sistema che assicuri un’elevata qualità nei processi di raccolta, ma nipolazione, stoccaggio dei campioni biologici e raccolta dei dati ad essi correlati, oltre ad accrescere una consapevolezza etica e l’istituzione di nuove norme e regolamentazioni da parte delle autorità competenti. Per dare alle biobanche svedesi una credibilità a livello internazionale e per facilitare lo sviluppo di progetti di ricerca che possano utilizzare il materiale presente nelle biobanche, un gruppo di esperti internazionali si è riunito per fornire una valutazione critica delle biobanche svedesi già esistenti e delle attività di coordinamento fino ad ora intraprese e per proporre raccomandazioni per ulteriori miglioramenti.

18 http://www.iarc.fr/epic

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Data la presenza di biobanche specifiche per alcune patologie, ci si trova in presenza di campioni biologici eterogenei; il problema principale da affrontare risulta quindi essere il passaggio da un insieme relativamente disparato e staccato di programmi individuali ad un unico programma, con protocolli uniformati per il trattamento e la gestione dei campioni e dei dati ad essi correlati, che possa dare agli scienziati una possibilità di accesso relativamente facile alle informazioni mediante l’utilizzo di database interrogabili. Inoltre uno dei work-packages della biobanca è la funzione di allestire blocchetti multitessuto con la tecnologia Tissue Microarrays.

3.2.6 National Biospecimen Network – US19

Il National Cancer Instiute investe annualmente una rilevante quota del proprio budget, stimabile in circa 50 milioni di USD per mantenere ed implementare l’attività di biobanking in USA 20. Da uno studio delle varie realtà oggetto di tali finanziamenti sono emerse numerose variabilità organizzative, procedurali, strutturali, etico/legislative. È nato così un progetto nazionale per omo geneizzare i vari aspetti dell’attività e per ottimizzarne la fruibilità. Il risultato di tale studio è stato oggetto di pubblicazione di una serie di linee guida di tipo operativo, che sono state recentemente pubblicate e sono disponibili per consultazione da parte del pubblico. Fino alla data del 1 luglio tali linee guida sono soggette a possibili commenti dai quali trarre spunto per una loro migliore definizione, dopodiché saranno adottate in modo definitivo. Tali linee guida, reperibili peraltro sul web, sono allegate al presente documento nella sezione dedicata alla documentazione.

3.2.7 UK biobank NTRAC21

L’iniziativa di creare un sistema nazionale di biobanche è stata presa dal National Cancer Research Institute (NCRI) – che rappresenta il corpo di coordinamento tra il Governo, il Consiglio di Ricerca Medica (MRC), la Ricerca sul Cancro del Regno Unito ed altri istituti di beneficenza per la lotta al cancro. L’NCRI ha quindi chiesto al National

19 http://biospecimens.cancer.gov/index.asp 20 First-Generation Guidelines for NCI-Supported Biorepositories (2005) The NCI invests conservatively more than $50 million annually in biorepository programs, not including biorepositories supported through individual investigator grants. The 125 programs included in the study collected, maintained, and/or stored approximately 4 million human biospecimens in FY 2003. 21 http://www.ntrac.org.uk/

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Translational Cancer Research Network (NTRAC) di sviluppare questa strategia a livello nazionale. Attualmente fanno parte del network 14 centri di ricerca sul cancro. Questo obbiettivo viene realizzato attraverso la costituzione del NCRI National Cancer Tissue Resource, un network costituito da:

- un’Unità di Coordinamento per supportare e sovrintendere l’operato del NCTR; questa Unità svolge quindi la funzione di controllare l’accesso dei campioni associati ai trias clinici già esistenti, il controllo qualità, la valutazione dell’osservanza degli accordi contrattuali da parte dei centri coinvolti, il coordinamento delle attività di formazione e aggiornamento del personale, la fornitura di consulenze in campo tecnico, etico e legale, i rapporti tra tutte le figure coinvolte, quali i pazienti, i medici,…;

- un network di Tissue Acquisition Resource Centres selezionati che si impegnano ad aderire alle procedure operative standard relative alla raccolta dei campioni biologici e delle informazioni cliniche;

- un network di Processing Resource Centres selezionati che si impegnano ad aderire alle procedure operative standard per l’estrazione di DNA e RNA dai campioni e per la produzione di tissue microarrays;

- gli uffici per le sperimentazioni cliniche e il National Cancer Research Network (NCRN)22 che si occupano del reclutamento dei pazienti per i trials clinici;

- un sistema informatico che permetta di collegare tra loro: (i) i dati relativi a raccolta, processamento, distribuzione e analisi dei campioni; (ii) i dati istopatologici; (iii) le informazioni cliniche; (iv) i risultati delle ricerche effettuate.

Un finanziamento per la prima fase della biobanca tumori è stato approvato per cinque anni e dato dal Department of Health (£500,000 all'anno), dal Cancer Research UK (£250,000 all'anno) e dal Consiglio di Ricerca Medica (£250,000 all'anno). Il Welsh Assembly Government ha inoltre finanziato una Welsh Tumor Bank che verrà sviluppata in associazione con il National Cancer Tissue Resource.

22 Il National Cancer Research Network (NCRN) è stato istituito dal Department of Health il 1 aprile 2001 con l’obbiettivo di raddoppiare il numero di pazienti malati di cancro che entrano nei trials clinici in Inghilterra; l’NCRN ha raggiunto questo obbiettivo con successo nel 2003.

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4 Finalità della Biobanca Le finalità della biobanca sono rivolte alla ricerca scientifica, ma hanno anche rilevanti implicazioni di tipo clinico-diagnostico. Implementare una banca di tessuti congelati, oggi, significa garantire lo studio e l’utilizzo futuro del tessuto stoccato avvalendosi di biotecnologie innovative che prossimamente potranno essere disponibili a beneficio sia della ricerca scientifica che del paziente donatore.

4.1 Finalità di ricerca scientifica Le finalità di ricerca di una biobanca sono da considerarsi come una attività fondamentale di “servizio”23, in cui la biobanca non svolge direttamente attività di ricerca, ma fornisce ai ricercatori i materiali indispensabili alla ricerca stessa (dati clinico-patologici, dati tissutali, etc.). Il gestore della biobanca si trova quindi in una posizione intermedia tra i donatori ed i ricercatori (concetto dell’“honest broker”) che garantisce ai donatori le garanzie dei loro diritti e ai ricercatori la elevata qualità dei dati (dati clinico-patologici e tissutali) su cui lavorare.

La disponibilità di biomateriali di ampie collezioni di casistiche ben caratterizzate dal punto di vista istopatologico (diagnosi istopatologica, espressione di marcatori, stadiazione accurata, etc) e clinico (anamnesi, terapia primaria chirurgica, terapie adiuvanti e sopravvivenza) e raccolti e conservati nel rispetto di norme etiche e di qualità sono infatti indispensabili ai ricercatori ad esempio per: - indagini di biologia molecolare sia di tipo classico che di genomica e di proteomica

allo scopo di identificare per esempio: • aspetti biologici intrinseci delle varie entità nosologiche • specifiche entità nosologiche • diversi profili di rischio di recidiva e morte dei pazienti • profili di sensibilità a specifiche terapie,

- permettere indagini di epidemiologia molecolare - favorire lo studio di malattie con basi genetiche sia complesse che mono-oligo-fattoriali - sviluppare e validare metodiche diagnostiche innovative (p.es.: test di screening su

sangue per patologie neoplastiche). È inoltre da considerare che, data la natura ancora estremamente innovativa del concetto e realizzazione delle biobanche e la attuale assenza di una precisa normativa in merito, la elaborazione del presente progetto possa fornire indicazioni utili per guidare la realizzazione di banche analoghe in altri contesti del sistema sanitario nazionale e per partecipare al dibattito culturale e normativo a riguardo.

4.2 Finalità cliniche Fra le finalità di tipo clinico rivolte ai pazienti donatori possiamo ricordare la possibilità di utilizzare i tessuti per una diagnostica molecolare differita, intesa come una attività diagnostica non ipotizzabile ora, ma che potrà presentarsi in futuro a beneficio del singolo donatore. È possibile infatti che i biomateriali conservati, possano essere utili in

23 Lucia Monaco, Ufficio Scientifico Telethon , Convegno di Genova “LE BIOBANCHE PER LA RICERCA E LA TERAPIA” 24 marzo 2006

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futuro ai singoli donatori per fornire informazioni utili al loro ottimale trattamento. Infatti su tali materiali si potrà, ad esempio, valutare la presenza di possibili obiettivi terapeutici, qualora nel tempo si rendessero disponibili nuove metodiche terapeutiche utilizzabili solo sulla base di specifiche analisi biomolecolari. È pertanto importante che, nei limiti della disponibilità fisica dei campioni, i donatori possano avere accesso ai loro tessuti conservati, qualora vi fosse la necessità clinica di analizzarli. Analogamente è possibile che le attività di ricerca svolte sui biomateriali conferiti alla biobanca possa portare alla identificazioni di alterazioni molecolari la cui conoscenza può essere di beneficio ai donatori stessi o alla loro progenie. Per esempio può essere possibile che durante le indagini si evidenzino alterazioni genetiche che possano determinare una maggiore suscettibilità allo sviluppo di neoplasie nei parenti del donatore: in tal caso possono essere messe in atto delle procedure di screening dei parenti al fine di effettuare una diagnosi precoce e/o una prevenzione della malattia. Per tali ragioni è indispensabile che i biomateriali, distribuiti in forma anonima ai ricercatori, possano essere identificabili dal responsabile della biobanca, pur nel rispetto delle opportune procedure di garanzia della privacy dei donatori e nel rispetto della volontà dei donatori stessi.

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5 Benefici per la comunità trentina Oltre alle possibili ricadute di tipo clinico diretto per i pazienti donatori (diagnostica molecolare differita), di cui si è accennato al punto 4.2, la creazione di un biobanca potrà avere una serie di ulteriori ricadute per la comunità trentina. Per quanto attiene alla ricerca in ambito biomedico in sede locale, la biobanca rappresenterà uno stimolo alla crescita culturale e tecnologica, permettendo inoltre interazioni con altre Istituzioni a carattere biomedico e biotecnologico sia nazionali che internazionali. È prevedibile infatti che i biomateriali conservati presso la biobanca possano essere di interesse per diversi gruppi di ricerca, da cui potranno nascere progetti di studio collaborativi. Tale finalità verrà infatti perseguita dalla biobanca mediante il collegamento ad altre biobanche analoghe sul territorio nazionale (concetto di rete di biobanche) e mediante la pubblicazione sul proprio sito delle tipologie di biomateriali disponibili. Vengono infatti definite nell’ambito del presente studio delle procedure volte a rendere possibile l’accesso ai biomateriali anche a ricercatori di altre Istituzioni, tramite la presentazione di progetti di ricerca, per i quali si provvederà a garantire una valutazione scientifica adeguata, prevedendo inoltre come elemento prioritario di valutazione il coinvolgimento diretto o indiretto (progetti collaborativi) della comunità medico-scientifica trentina. Nell’ambito delle procedure di biobanking, ed in special modo l’aspetto di controllo di qualità dei biomateriali, è inoltre prevedibile la necessità di implementare le competenze di tipo biotecnologico già esistenti nell’ambito della comunità medica trentina, ed in particolare del Laboratorio di Biologia Molecolare dell’Azienda Sanitaria per i Servizi Sanitari. Sia lo sviluppo di programmi di ricerca cooperativi con altre istituzioni che il miglioramento delle competenze biotecnologiche in sede locale potranno avere importanti ricadute diagnostico-terapeutiche. Infatti ci si aspetta da un lato che la crescita culturale derivante da tali progetti possa agire da stimolo sulla comunità medica trentina ad approfondire sempre di più gli attuali sviluppi della medicina. Inoltre data la caratteristica peculiare della popolazione trentina (scarsa mobilità sanitaria e relativa omogeneità della popolazione) è possibile che da tali studi possano derivare importanti informazioni per migliorare il livello di cura dei pazienti stessi.

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6 Aspetti di biodiritto e di bioetica Gli aspetti di biodiritto sono stati accuratamente valutati dal Dr. Umbro Izzo e Dr. Matteo Macilotti, e i risultati sono presentati nell’allegato documento. Si prevede inoltre di approfondire la problematica con il Dr. Fabio Cembrani, Direttore della U.O. di Medicina Legale della APSS. È indubbio che nella fase attuale in Italia ci si trova in carenza di riferimenti legislativi certi, come sta peraltro accadendo in tutta Europa. Tuttavia sulla base degli strumenti attualmente disponibili, si è delineata una cornice entro la quale operare e si è definito un modello di consenso informato da presentare al Comitato Etico dell’Ospedale S. Chiara per una sua valutazione ed eventualmente approvazione.

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7 Aspetti informatici

7.1 Individuazione architettura di riferimento della biobanca Il sistema informativo per la gestione della biobanca dovrà prevedere un applicativo centrale per la memorizzazione delle informazioni relative ai biomateriali e al loro stoccaggio. Vi è poi la necessità di correlare tali informazioni alle informazioni cliniche, patologiche e genetiche del paziente, gestite prevalentemente da sistemi legacy nella stessa Unità Operativa di Anatomia Patologica o in altre Unità Operative. La banca dei tessuti dovrà essere vista all’occorrenza come l’unitarietà di tali informazioni. Gli standards a disposizione dal punto di vista informatico sono sicuramente HL7 come protocollo di interscambio di informazioni cliniche fra applicativi legacy (dati patologici, clinici, ecc..) e database dei biomateriali stoccati. XML dovrà essere preferibilmente lo standard per lo scambio di informazioni e documenti in particolar modo per la pubblicazione di dati riassuntivi e anonimizzati via web.

Figura 1 - Architettura ad alto livello

7.2 Accessibilità, protezione e sicurezza Il codice regolamenta le misure minime di sicurezza dei sistemi informativi relativamente ai seguenti aspetti:

Database Materiali stoccati

CRB Centro Risorse Biologiche

. . .

Database Dati Clinici

Database Dati Patologici

Biomateriali di natura umana

Biomateriali di altra natura (animale/vegetale)

Altri Databases (epidemiologici,

genetici ..)

HL7 - XML Soap

HL7 - XML Soap

Banca Dei Tessuti

HTTP – HTML -

XML

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- sicurezza di accesso agli elaboratori - sicurezza di trasferimento delle informazioni - autenticazione e autorizzazione degli accessi

La sicurezza di accesso agli elaboratori si intende accesso fisico agli elaboratori adibiti alle applicazioni lato server. Nel corso del progetto non sono state formulate ipotesi per garantire una sicurezza di accesso fisico a tali elaboratori poiché questo è strettamente correlato ovviamente alla loro locazione. Tuttavia politiche di sicurezza di accesso fisico ai server sono già adottate dall’Azienda Sanitaria e quindi anche dall’ospedale S. Chiara, siano essi server in custodia diretta presso l’Azienda o server in custodia presso aziende esterne (ad esempio Informatica Trentina). Per quanto riguarda i server della biobanca, questi dovranno soggiacere alle stesse politiche. Le informazioni sono accedute in ambiente controllato, all’interno della lan ospedaliera, ma in futuro potrebbe essere necessario garantire un accesso al mondo esterno usufruendo della rete Internet, per poter consultare ad esempio le informazioni da postazioni o istituzioni remote. Nel caso di accesso al mondo esterno devono essere adottate misure forti di controllo del trasferimento delle informazioni, di autenticazione degli accessi e di successivo rilascio dell’autorizzazione. Una soluzione informatica a garanzia della sicurezza a livello di trasferimento dei dati dall’elaboratore centrale (Server Web) all’applicativo utente (Web Browser) potrebbe prevedere, per l’implementazione del canale di trasmissione, il protocollo SSI (Secure Socket Layer) implementato dalla Microsoft per la crittografia a 128 bit, basata su certificato server e chiave asimmetrica. I certificati sono emessi da un’infrastruttura di PKI composta dalla Certification Authority Microsoft Certificate Server con CSP (Criptographic Service Provider) su Token PRO Aladdin. Il protocollo SSL (ora TLS) è stato originariamente progettato da Netscape Communications Corporation per realizzare comunicazioni cifrate su Internet. Come mostrato nella figura sottostante, il protocollo SSL è inserito tra i protocolli di comunicazione (HTTP, SMTP, FTP, Gopher e NNTP) e il protocollo di connessione TCP/IP.

Figura 2 - Protocollo SSL

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E’ utilizzato dalla connessione in protocollo HTTPS per cifrare i messaggi in protocollo HTTP. SSL è basato su un meccanismo a coppia di chiavi asimmetriche e certificato rilasciato da una CA ad un Web Server, mediante il quale il client genera e cifra con la chiave pubblica dal server una chiave di sessione da utilizzare per cifrare la comunicazione. L’autenticazione dell’utente esterno si baserà su firma digitale apposta dall’utente su dispositivi di autenticazione, quali possono essere token o smart card, in possesso dell’utente stesso. In questa ipotesi la procedura di autenticazione non inizia fino a quando l’utente non inserisce il dispositivo di sicurezza nell’apposito slot (lettore di smart card o porta USB del pc). Se il dispositivo è estratto dal proprio alloggiamento prima che la sessione sia terminata, questa verrà chiusa immediatamente dall’applicazione. L’autorizzazione all’accesso dovrà essere effettuata lato server il quale controllerà credenziale, validità del certification e permessi dell’utente in relazione alle informazioni che sta richiedendo.

Figura 3 - Framework di sicurezza

7.3 Formalizzazione dei flussi informativi Nella figura 4 lo schema mostra quali tipologie di informazioni, relative ad un paziente, vengono coinvolte nella gestione di una biobanca.

Nello schema sono mostrate le seguenti tipologie di informazioni:

- informazioni direttamente correlate al biomateriale: sono le classi Prelievo, Campione, Aliquota e Dati di Utilizzo. Tali informazioni sono gestite nel

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sistema di raccolta e stoccaggio. Descrivono le informazioni minimali sull’origine del materiale (data e ora di arrivo in laboratorio, tipologia, organo di prelievo, quantità, ...), le informazioni sulla conservazione del materiale (tipo di manipolazione, coordinate all’interno dei contenitori di conservazione, modalità di stoccaggio, ...) e registrano i dati di utilizzo (identificativi dell’istituzione e del progetto di studio che ne ha richiesto l’utilizzo, modalità di stoccaggio, richiesta, ...);

- dati patologici relativi al biomateriale: allo stato attuale sono informazioni

contenute nel sistema Armonia® (diagnosi istologica, TNM e grading, marcatori immunoistochimici e biomarcatori, ...);

- anagrafici e dati sensibili: sono dati associati al paziente che permettono i primi l’identificazione della sorgente del campione, in casi autorizzati e speciali, e i secondi studi mirati di popolazione sui campioni (ad esempio a seconda della prevalente attività lavorativa);

- dati clinici relativi al biomateriale: rappresentano potenzialmente qualsiasi dato

raccolto nel corso della storia clinica del paziente, associabile al biomateriale, utilizzabile ai fini della ricerca. Sono dati clinici ad esempio le diagnosi e i decorsi patologici. I dati clinici sono attualmente raccolti dalle cartelle cliniche specialistiche, come ad esempio la cartella clinica oncologica nel caso di pazienti oncologici.

Figura 4 - Tipologie di informazioni Nella figura 5 è schematizzato il flusso informativo che coinvolge il donatore del biomateriale dal momento del suo ingresso nella struttura ospedaliera in poi. Il donatore può acconsentire o meno alla donazione di biomateriale alla biobanca. Nel caso sia stato rilasciato il consenso dovrà essere effettuata l’accettazione del paziente e del relativo pezzo

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operatorio, e l’iter di analisi e stoccaggio proseguirà parallelo, ma indipendente dal normale percorso di cura del paziente.

Figura 5 - Flussi di informazioni

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7.4 Definizione dell’architettura funzionale di un sistema per la raccolta dati

Come già introdotto nei paragrafi precedenti, la componente di raccolta e stoccaggio del sistema informativo gestionale della biobanca sarà una necessità di primaria importanza per il progetto poiché garantisce la registrazione della storia del materiale prelevato e conservato.

Di seguito vengono riportati i requisiti minimi di un sistema per la gestione della raccolta di biomateriali. Il sistema di raccolta deve:

- permettere la correlazione, su richiesta, fra materiale conservato e donatore - registrare la fonte di origine del materiale: interventi diagnostici o terapeutici,

donazione spontanea ai fini della ricerca, materiale proveniente da autopsie o donato per trapianti

- memorizzare i dettagli del materiale in termini di tipologia di materiale (tessuto, sangue, ...) e tipo di campione (tessuto normale, tumorale, ...)

- registrare le coordinate del materiale rispetto al luogo di conservazione: freezer, colonna, scatola, ...

- assegnare un identificativo univoco al materiale attraverso una codifica a barre - registrare i movimenti del materiale: quantità prelevate per studio, finalità e

identificativo dello studio - permettere una correlazione fra informazioni cliniche, patologiche ed

eventualmente molecolari e il materiale conservato. Il sistema di raccolta deve inoltre:

- permettere una rapida interrogazione della sua base dati per verifiche e selezione di materiale di studio

- pubblicare periodicamente la consistenza della biobanca per permettere ad altre istituzioni di usufruire del materiale per motivi di studio

- garantire un elevato livello di sicurezza attuando politiche di protezione sia all’interno dell’istituzione che, e soprattutto, all’esterno.

7.5 Standard e database per la genomica funzionale

Gli studi di genomica funzionale sono tra le principali finalità della raccolta strutturata ed organizzata di biomateriali. Materiale biologico e dati associati sono utilizzati per la ricerca di relazioni tra fenotipi (condizioni biologiche osservate) e misure high-throughput (dati descritti da vettori ad altissima dimensione) ricavate da metodi quali la spettrometria di massa, i DNA microarrays, SNP arrays, profili metabolici e molti altri ancora. La disponibilità di piattaforme tecnologiche differenti ed in continuo innovarsi portano ad un progressivo e rapido miglioramento di qualità e quantità delle misure, moltiplicando le possibili domande biologiche attaccabili grazie alle biobanca. E’ tuttavia opinione largamente condivisa tra i ricercatori che il progresso della genomica funzionale richieda l’adozione di un sistema di standard e di strumenti per rispondere al fondamentale principio scientifico della condivisione della conoscenza e della sua riusabilità. Sia per quanto riguarda gli studi basati su dati provenienti da donatori

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umani, che per quelli ricavabili da linee cellulari o da altre collezioni di dati da organismi non umani, è indispensabile poter disporre di descrizioni non ambigue su dati e metadati oggetto della ricerca per rendere comprensibili ad altri scienziati e potenzialmente riproducibili i risultati raggiunti.

In questa sezione del documento focalizziamo l’attenzione sui principali sforzi internazionali dedicati a definire standard e strumenti di riferimento nel settore della genomica funzionale. Non è in genere necessario che i dati scientifici generati dai ricercatori a partire da materiale biologico debbano essere inclusi nella biobanca. Secondo le specifiche del recente documento “First-Generation Guidelines for NCI-Supported Biorepositories” (Aprile 2006), tutte le biobanche associate devono però essere dotate di sistemi interoperabili con i processi di di generazione delle misure (ad esempio genomiche o proteomiche) in modo da assicurare l’integrazione tra sorgenti multiple di dati. E’ quindi indispensabile che un progetto di biobanca preveda l’adozione degli standard internazionali di riferimento esistenti ed in corso di sviluppo. E’ cioè necessario che tutte le informazioni descrittive dei campioni, della loro preparazione e della loro conservazione, nonché tutte le annotazioni che li accompagnano siano predisposte e rese accessibili con sistemi che garantiscano l’interoperabilità con le specifiche tecniche di tali schemi internazionali.

Tra i principali riferimenti, segnaliamo i risultati raggiunti dall’associazione scientifica internazionale MGED (Microarray Gene Expression Data) e la Proteomics Standards Initiative (PSI), sponsorizzata dalla Human Proteome Organization (HPO). Inizialmente una comunità dedicata agli studi dell’espressione genica, dal 1999 MGED promuove la definizione e l’adozione di standard nell’area di espansione della ricerca in genomica funzionale. Come evidenziato da un recentissimo editoriale in Nature Methods (Giugno 2006), MGED e altre simili organizzazioni hanno tre obiettivi principali nella loro agenda:

1. Lo sviluppo di formati compatibili con la maggior parte degli output degli strumenti e dei software di analisi

2. L’adozione di standard descrittivi che contengano in maniera esplicita una informazione minima adeguata a descrivere i campioni e le procedure di preparazione e sperimentazione.

3. La codifica di queste descrizioni attraverso vocabolari controllati in cui termini ben definiti sono raggruppati gerarchicamente (ontologie).

Tra gli standard descrittivi si è affermato MIAME (Minimal Information About a Microarray Experiment), ora richiesto dalle principali riviste del settore per la pubblicazione e per l’archiviazione dei dati . Lo standard MIAME è stato pubblicato nel Dicembre 2001 ed adottato a metà 2002 da riviste quali Nature, Lancet, Science, Bioinformatica, EMBO e molti altre Oltre all’adozione di questo standard, molte riviste hanno inoltre richiesto che tutti i dati sperimentali vengano messi a disposizione in archivi centralizzati pubblici. Tra le principali istituzioni internazionali che hanno adottato gli standard MIAME, devono essere segnalati il principale archivio mondiale di dati di espressione genica presso gli istituti NIH di Bethesda (GEO: Gene Expression Omnibus, National Center for Biotechnology Information) ed il suo corrispondente europeo ArrayExpress, gestito dall’European Bioinformatics Institute dell European Molecular Biology Laboratory (EBI-EMBL; http://www.ebi.ac.uk) .

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Lo standard MIAME è stato motivato dalla necessità di disporre di dettagli descrittivi ed annotazioni tra loro consistenti dei dati contenuti nelle repository. I formati standard e l’adesione ad una checklist minima sono necessari allo sviluppo di sistemi software a loro volta consistenti tra loro, in grado di garantire la combinazione di risorse a livello nazionale ed internazionale. Per quanto riguarda i dati di espressione genica, è stato creato nel 2002 un modello di oggetto specifico (MAGE-OM: ‘microarray gene expression object model’, Spellman et al 2002) , ed il formato di interscambio XML (MAGE-XL). Con l’approvazione da parte dell’Object Management Group (OMG, http://www.omg.org), MAGE è divenuto uno standard industriale e ne è iniziata l’adozione dai principali produttori di software ed hardware del settore. Per quanto riguarda l’indirizzo verso lo sviluppo di un’ontologia, database quali GenBank e la Protein Data Bank hanno dimostrato i vantaggi di un tale approccio per ai fini della condivisione delle informazioni. Le indicazioni di NCI già citate includono comunque esplicitamente il supporto di un set minimo di query comuni che, usando un sistema di descrizioni comuni debbano essere applicabili a tutti i sistemi informativi di biorepository. Per il futuro, tutte le repository cofinanziate dal NCI dovranno garantire l’esecuzione di tali query in interoperabilità su risorse diverse. La MGED Ontology (MO) è la terza componente degli standard MGED. Descritta in (Stoeckert and Parkinson, 2003), la MO fornisce la terminologia necessaria a descrivere il design sperimentale, condizioni, protocolli, reagenti ed i materiali biologici, ed è disponibile come ‘web ontology language’ (OWL). Altre ontologie disponibili per essere utilizzate per la genomica funzionale sono la Gene Ontology (GO) ed altre elencate presso il sito Open Biomedical Ontologies (OBO; http://obo.sourceforge.net/). Di particolare interesse per la genomica funzionale, è la recente iniziativa internazionale per lo sviluppo di FuGO (Functional Genomics Investigation Ontology; http://fugo.sf.net) un’ontologia indipendente dallo specifico dominio biologico o tecnologico. Grazie ad una stretta collaborazione tra le iniziative attive nella transcriptomica, proteomica e metabolomica, l’obiettivo di questa iniziativa è quello di essere inclusiva nel descrivere struttura sperimentale, protocolli, strumenti, tipi di analisi, materiali di input e di output. FuGO dovrebbe permettere di organizzare e descrivere ricerche possibilmente automatizzate nei database e nella letteratura. In FuGO dovrebbero confluire parte delle risorse definite nel settore proteomico dalla HUPO (The Human Proteome Organization; http://www.hupo.org) con la sua Proteomics Standards Iniziative (HUPO-PSI; http://psidev.sourceforge.net/). Sono stati definiti workgroup di HUPO-PSI in cui sono trattati come ambiti specifici l’interazione tra proteine, la spettrometria di massa, la definizione di standard generali per la proteomica, la elettroforesi di gel, la modifica di proteine, e le piattaforme software dedicate alla informatica per la proteomica. E’ importante osservare come PSI sia orientata a definire i descrittori di interesse non in modo isolato ma come parte di un processo complessivo. La stessa convergenza è prevista con la struttura standard (SMRS) in corso di sviluppo da parte della Metabolomics Society (http://www.smrsgroup.org/). Un modello per la biologia dei sistemi in tossicogenomica (SysBio-OM) è stato inoltre proposto. La società MGED sta ora definendo una nuova versione di MAGE-OM estensibile a questi ambiti. Complessivamente, l’entità dello sforzo internazionale rivolto all’unificazione dei sistemi di descrizioni e metadati associati ai dati biologici ed agli esperimenti per la

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genomica funzionale è tale da ritenere indispensabile che una nuova biobank o biorepository territoriale dovrebbe aderire a tali standard. Infine, la costruzione di una nuova repository per dati utilizzabili in studi di genomica funzionale dovrebbe dotarsi di una base tecnologica in grado di distribuire dati e metadati secondo tali standard e comunque secondo standard definiti dalle principali direttive internazionali. Tra gli esempi da ricordare di software completi per la gestione dei differenti aspetti della gestione di dati e metadati, deve essere citato il sistema Open Source GUS di UPenn, oltre ai già nominati ExpressArray e GEO.

7.6 Analisi requisiti di un prototipo per la raccolta dati Questa fase del progetto prevede la raccolta e l’analisi dei requisiti per consentire la progettazione e l’implementazione di un prototipo del sistema biobanca. La raccolta dei requisiti è avvenuta grazie a degli incontri periodici con gli utenti finali del sistema. I requisiti sono stati classificati in:

- requisiti utente: cioè quei requisiti identificati direttamente dall’utente per specificare le proprie esigenze e le proprie attese dal sistema. Vengono descritti ed esplicati con la stesura del database utilizzando il formalismo entità-relationship

- requisiti funzionali: sono le funzioni identificate in accordo con l’utente.

7.6.1 Progettazione base di dati Qui di seguito proponiamo la progettazione del db nelle varie fasi: logica, concettuale e fisica.

Progettazione concettuale Lo scopo di questa fase è quello di descrivere, con un opportuno linguaggio (nel nostro caso il formalismo Entity-Relationship), ciò che il sistema dovrà trattare e quale dovrà essere il suo comportamento. Tale descrizione coinvolge i seguenti aspetti: ontologico, epistemologico, pragmatico e linguistico.

Aspetto ontologico L’aspetto ontologico descrive ciò che esiste nel mondo reale osservato e che alla fine della progettazione concettuale deve generare il diagramma entity-relationship. Nel progetto vanno quindi descritte la conoscenza concreta, la conoscenza astratta e la conoscenza procedurale. Conoscenza concreta Nella descrizione della conoscenza concreta si devono elencare le entità rilevate nella modellazione del sistema. Le entità vengono identificate negli elementi del mondo reale che compongono il sistema che si va a modellare, nel nostro caso quindi le entità si possono riassumere in:

paziente: è l’entità che identifica il paziente “donatore”; risulta essere elemento fondamentale del sistema.

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pezzo operatorio: identifica la parte che viene asportata chirurgicamente e sulla quale vengono effettuate una serie di analisi. Ai fini del sistema risulta essere l’entità principale senza la quale il sistema non può funzionare. campione: il pezzo operatorio viene diviso in campioni che vengono raccolti e conservati con opportune procedure. aliquota: questa entità identifica una ulteriore suddivisione (a livello fisico) del campione per l’utilizzo della stessa in studi di ricerca o esami particolari.

Le entità sono collegate tra di loro dalle Associazioni con la seguente cardinalità:

paziente (1,n) à pezzo operatorio (1,1) pezzo operatorio (1,n) à campione (1,n) campione (1,n) à aliquota (1,n)

Conoscenza astratta La conoscenza astratta riassume i possibili vincoli a cui è soggetta la conoscenza concreta. Qui di seguito riportiamo i vincoli di integrità della base dati.

L’entità paziente, per essere tale deve avere un codice fiscale, un codice paziente.

L’entità pezzo operatorio deve avere un codice pezzo operatorio, una data ed un’ora di exeresi

L’entità campione deve avere una quantità

L’ entità aliquota non ha vincoli di integrità

Conoscenza procedurale La conoscenza procedurale raccoglie tutti quei dati che vengono ricavati in modo automatico dal sistema e vengono memorizzati nella base dati; qui di seguito riportiamo l’elenco dei vincoli procedurali con riportata nella parentesi l’entità a cui fanno riferimento.

Intervallo dal prelievo (entità campione): memorizza il periodo, espresso in minuti, che trascorre dal momento delle exeresi al momento in cui il campione viene stoccato in freezer.

Materiale esaurito (entità campione, e aliquota): memorizza lo stato di disponibilità del campione o dell’aliquota. Viene calcolato in automatico dal sistema tenendo presente ogni singolo utilizzo o prelievo del campione o dell’aliquota.

Schema concettuale della base dati secondo il formalismo entity-relationship Tutte le informazioni raccolte generano così il diagramma E/R (entity-relationship) riportato nella figura qui di seguito.

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Figura 6 - schema entity-relationship

HA/ APPARTIENE

PAZIENTE

CAMPIONE

HA/ APPARTIENE

HA/ APPARTIENE

PEZZO OPERATORIO

UTILIZZO

ALIQUOTA

HA / APPARTIENE HA /

APPARTIENE

DATI CLINICI

HA / APPARTIENE

CONSENSO INFORMATO

E’DATO/ FORNISCE

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Progettazione logica In questa fase di progettazione vengono descritte in dettaglio le entità del modello E/R descrivendo gli attributi principali che sono stati previsti per queste, senza fare particolare attenzione al modello di base di dati scelto e al prodotto che si andrà ad utilizzare. Qui di seguito viene riportata la programmazione logica delle entità del prototipo, nella colonna descrizione viene fornita la descrizione dei campi che non risultano ovvi dal nome. Entità paziente:

Nome campo Descrizione/note CENTRO Centro da cui proviene il paziente PROGRESSIVO PAZIENTE Codice dell’escursionista composto da caratteri alfanumerici

TIPO PAZIENTE

Specifica la tipologia del paziente e può assumere i valori PAZIENTE ESTERNO DONATORE SANO NON DEFINITO

NOME COGNOME DATA DI NASCITA SESSO CITTA’ di NASCITA Città di nascita del paziente CITTA’ di RESIDENZA Città di residenza del paziente PROVINCIA Provincia di residenza del paziente OCCUPAZIONE Occupazione principale del donatore

Entità pezzo operatorio:

Nome campo Descrizione/note CODICE PEZZO OPERATORIO Codice univoco DATA EXERESI Data del prelievo del pezzo operatorio ORA EXERESI Ora del prelievo del pezzo operatorio

DATA ARRIVO Data di arrivo del pezzo operatorio all’U.O. di Anatomia Patologica

ORA ARRIVO Ora di arrivo del pezzo operatorio all’U.O. di Anatomia Patologica

MATERIALE

Specifica la tipologia del materiale e può assumere i valori TESSUTO CITOLOGICO PER SCRAPING CITOLOGICO PER AGOASPIRATO CITOLOGICO DA VERSAMENTO SANGUE INTERO PLASMA URINE SIERO

ORGANO Riporta da che organo è stato prelevato il pezzo operatorio TIPO INTERVENTO Tipo di intervento a cui il pezzo è stato sottoposto IMMAGINE Path dell’immagine (se disponibile)

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Entità campione:

Nome campo Descrizione/note CODICE CAMPIONE Codice univoco DATA CAMPIONE Data del prelievo del campione ORA CAMPIONE Ora del prelievo del campione QUANTITA’ Quantità che compone il campione

INTERVALLO Intervallo di tempo (espresso in minuti) trascorso tra l’exeresi e l’arrivo del pezzo operatorio

TIPO CAMPIONE

Specifica la tipologia del campione e può assumere i valori NORMALE PERITUMORALE TUMORE PRIMITIVO METASTASI LOCOREGIONALE METASTASI A DISTANZA

MANIPOLAZIONE

Specifica la tipologia del tipo di manipolazione subita dal campione e può assumere i valori

CONG. AI VAPORI DI AZOTO CONG. IN ISOPENTANO CONG. PER IMMERSIONE IN AZOTO

LIQUIDO CONG. IN OCT PER IMMERSIONE IN AZOTO

LIQUIDO CONG. IN OCT AI VAPORI DI AZOTO CONG. IN OCT IN ISOPENTANO FISSAZIONE IN FORMALINA TAMPONATA

MODALITA’ STOCCAGGIO Specifica la locazione dello stoccaggio specificando in quale freezer viene inserito il campione, in quale colonna e in che scatola (numero e tipo).

MATERIALE ESAURITO Flag che segnala la disponibilità del materiale

Entità aliquota:

Nome campo Descrizione/note CODICE ALIQUOTA Codice univoco DATA ALIQUOTA Data del prelievo dell’aliquota ORA ALIQUOTA Ora del prelievo dell’aliquota QUANTITA’ Quantità che compone l’aliquota

MATERIALE OTTENUTO

Specifica la tipologia di materiale ottenuto dalla manipolazione e può assumere i valori

DNA DA TESSUTO CONGELATO DNA DA TESSUTO FISSATO IN FORMALINA RNA DA TESSUTO CONGELATO RNA DA TESSUTO FISSATO IN FORMALINA FRAZIONE PROTEICA COMPONENTE SUBCELLULARE

MODALITA’ STOCCAGGIO Specifica la locazione dello stoccaggio specificando in quale freezer viene inserito il campione, in quale colonna e in che scatola (numero e tipo).

MATERIALE ESAURITO Flag che segnala la disponibilità del materiale

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7.6.2 Sviluppo del prototipo Lo sviluppo del prototipo comprende l’ultima parte della progettazione della base di dati, identificata come progettazione fisica. Qui di seguito vengono quindi riportati gli ulteriori elementi (in forma di tabella) che completano la base dati del sistema. Questi elementi di fatto non possono essere considerati delle vere e proprie entità visto che non esistono in modo tangibile nel mondo reale. Dati patologici

Nome campo Descrizione/note DATA DIAGNOSI DIAGNOSI ISTOLOGICA ESTESA

DIAGNOSI CODIFICATA SNOMED-P

DIAGNOSI CODIFICATA SNOMED-T

DIAGNOSI CODIFICATA SNOMED-M

TNM GRADING MARCATORI IMMUNOISTOCHIMICI TTF1 / CDX1

BIOMARCATORI ER / PGR / MIB / HER2 / EGFR Dati clinici

Nome campo Descrizione/note DATA STADIAZIONE TNM Valori della codifica TNM DATA ULTIMO AGGIORNAMENTO DATI

STATUS DEL PAZIENTE

Specifica lo status attuale del paziente e può assumere i valori: VIVO SENZA MALATTIA VIVO CON MALATTIA DECEDUTO PER MALATTIA DECEDUTO PER ALTRE CAUSE COMPARSA DI ALTRA NEOPLASIA

FAMILIARITA’

Specifica la presenza di familiarità della patologia del paziente e può assumere i valori:

SI NO

TIPO DI FAMILIARITA’

TIPO TERAPIA

Specifica il tipo di terapia seguita e può assumere i valori: CHEMIOTERAPIA ORMONOTERAPIA RADIOTERAPIA

DATA ULTIMO FOLLOW-UP DATA PRIMA RECIDIVA/METASTASI TIPO RECIDIVA/METASTASI SEDE RECIDIVA/METASTASI DATA MORTE

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DATA ALTRO TUMORE Dati utilizzo

Nome campo Descrizione/note DATA UTILIZZO Data ISTITUTO UTILIZZATORE Nome dell’istituto che utilizza il campione o l’aliquota NUMERO PROGETTO STUDIO Numero identificativo del progetto ACRONIMO PROGETTO STUDIO Acronimo del progetto

UNITÀ OPERATIVA UTILIZZATORE Nome dell’unità che utilizza il campione o l’aliquota

PERSONA RESPONSABILE UTILIZZO

RECAPITO TELEFONICO RESPONSABILE

MATERIALE ESAURITO Flag che segnala la disponibilità del materiale Dati molecolari

Nome campo Descrizione/note GENE ANALIZZATO

ANALISI DNA

può assumere i valori: SSCP ANALISI MUTAZIONALE LOH MSI SNP

ANALISI mRNA

può assumere i valori: NORTHERN BLOT RT-PCR REAL TIME PCR

ANALISI ESPRESSIONE PROTEICA

può assumere i valori: WESTERN BLOT ESPRESSIONE IMMUNOISTOCHIMICA ELETTROFORESI BIDIMENSIONALE

7.6.3 Individuazione della modalità di accesso via web alla biobanca In questa fase del progetto si è cercato di stabilire e progettare una modalità per la pubblicazione dei dati (in termini numerici) contenuti nella biobanca a tutte le persone interessate. A questo scopo si è deciso di utilizzare come mezzo un sito internet, che oltre a contenere una descrizione delle attività svolte dall’unità operativa inerenti al contesto della biobanca, possa permettere, a chiunque lo consulti, di conoscere il tipo di materiale disponibile all’interno della biobanca, gli studi effettuati, i progetti accettati e un riassunto numerico dei pezzi operatori analizzati. Nel sito inoltre si prevede di inserire una procedura automatica di richiesta dei campioni. Attraverso un’apposita form gli istituti interessati ad ottenere i biomateriali per i loro studi ed analisi possono inoltrare alla direzione della biobanca formale richiesta.

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7.6.4 Analisi di software commerciale esistente per l’estensione del prototipo

A margine del prototipo Mtt-pro, su indicazione del personale dell’unità operativa di Anatomia Patologica, ha analizzato e valutato alcuni software che potrebbero servire per l’estensione e l’evoluzione del sistema. Sono stati analizzati principalmente software di due tipi:

che permettessero la stampa di etichette “speciali” che resistano alle basse temperature

che consentissero la creazione di etichette con ID stampati con codice a barre con la conseguente gestione del lettore di codice a barre.

Software di questo tipo sul mercato sono disponibili in varie modalità e da varie ditte; tutti quelli analizzati e visionati soffrono però della limitazione di essere software che in gergo corrente vengono definiti “chiusi”. Con questa dicitura si intendono software che non consentono di essere personalizzati oppure riutilizzati all’interno di altri applicativi/sistemi. A nostro avviso questo risulta essere un limite perché non permettono l’integrabilità all’interno del sistema biobanca, complicando di molto l’utilizzo e aumentando la possibilità di errore.

7.6.5 Valutazione preliminare integrazione con i sistemi di raccolta dati già esistenti in Azienda Sanitaria

Un altro aspetto che doveva essere verificato dal personale MTT-pro riguarda la possibile integrazione del sistema biobanca con altri sistemi/software presenti in azienda. I sistemi che si sono identificati come passibili di integrazione risultano essere:

sistema Armonia® prodotto da Metafora servizio di anagrafica provinciale sistema di oncologia

Per i primi due sistemi MTT-pro ha già avuto occasione di effettuare alcune integrazioni quindi garantisce la piena riuscita e conosce già le modalità e le potenzialità. Per il sistema Metafora, dalla analisi effettuata ne deriva che l’integrazione è possibile, da definire modalità, costi e tempi con la ditta Armonia proprietaria del sistema.

7.7 Sistema per la gestione dei Tissue Microarray - TMABoost Il sistema TMABoost, ed in particolare la componente web del sistema, prevede la raccolta delle informazioni cliniche e patologiche dei tessuti che verranno successivamente utilizzati per lo sviluppo di tissue microarrays. Il sistema poi consente la raccolta delle analisi biomolecolari svolte su tali tessuti. Il sistema TMABoost perciò contiene informazioni che possono essere suddivise in più livelli. Un primo livello è quello relativo al paziente. Le informazioni riguardano principalmente i dati demografici quali età all'intervento, stato della malattia, ecc. Informazioni che riguardano il paziente nella suo complesso. Un secondo livello è quello riguardante il tessuto oggetto di indagine. A tale livello possono essere incluse le informazioni clinico-patologiche rilevanti per la sua descrizione come, ad esempio, la diagnosi istologica, i dati TNM, la modalità di conservazione del campione tissutale, ecc. Il terzo livello riguarda gli specifici campioni di tessuto, o cores, che sono utilizzati nelle

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indagini con TMA, come la posizione del core nel blocco TMA, i risultati dell'analisi biomolecolare, ecc. I diversi livelli sono legati fra loro da una relazione 1 a molti, ovvero ad ogni informazione del livello superiore corrisponde una o più informazioni del livello inferiore, come indicato in Figura 1. Ad ogni blocco di ciascun livello corrispondono diverse informazioni che possono provenire da diverse fonti.

Figura 7: Esempio dei diversi livelli informativi

Come si può comprendere, tale ricchezza e complessità informativa richiede una gestione dei dati attraverso opportuni strumenti informatici che garantiscano, da un lato, l'organizzazione di tali dati, e dall'altro la loro accessibilità e fruibilità. L'esempio illustrato in figura 1 può essere utilizzato per la descrizione dei requisiti di integrazione di una biobanca con strumenti di indagine molecolare. In particolare si possono evidenziare due aspetti: − Le informazioni di primo e secondo livello, cioè quelle riguardanti il paziente ed i

campioni tessutali, sono le informazioni di base condivise con una biobanca; − Le indagini scientifiche su richiedono che le informazioni di terzo livello siano

collegate con quelle dei livelli superiori. Si evidenziano perciò due livelli di integrazione delle informazioni fra biobanca e sistemi di indagine molecolare: − da biobanca a sistema di indagine:

− si possono ulteriormente dividere in due fasi connesse allo sviluppo della ricerca scientifica:

1. nell'ambito di ideazione dell'esperimento i dati della biobanca di primo e secondo livello sono utilizzati per la selezione dei campioni e la progettazione dello stesso.

2. Nell'ambito dell'analisi statistica, i dati della biobanca sono fondamentali per lo studio delle correlazioni con fra i dati prodotti dagli apparati sperimentali di indagine molecolare ed i dati a livello tessutale e di intero organismo.

− da sistema di indagine a biobanca:

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− al fine di ottimizzare l'utilizzo dei campioni, i risultati delle indagini sperimentali devono essere disponibili alla biobanca. In questo modo i ricercatori possono beneficiare dei risultati ottenuti da altri sperimentatori e, nello stesso tempo, si possono evitare sprechi di campioni utilizzati per studi simili.

Nelle sezioni seguenti, il sistema TMABoost viene utilizzato come esempio di sistema di indagine molecolare integrato con la biobanca, evidenziandone alcuni aspetti che dovranno essere tenuti in considerazione per consentire una più facile integrazione con strumenti di indagine non ancora disponibili. Database La complessità e la numerosità dei dati derivanti da esperimenti molecolari, che riguardano il terzo livello informativo (figura 1), richiedono la loro gestione attraverso database relazionali. Si possono distinguere due tipi di informazione:

1. Informazioni riguardanti i campioni: sia il loro collegamento con i dati di più alto livello, sia i dati risultanti dagli esperimenti

2. Informazioni legate all'esperimento: ad esempio, nel caso dei TMA, il sistema racchiude i dati relativi allestimento dell'esperimento come le dimensioni dell'ago utilizzato per i prelievi dei campioni tissutali, la distribuzione dei tessuti nella matrice, la loro disposizione spaziale, ecc.

Per l'integrazione con la biobanca il dato più importante riguarda la correlazione fra il campione di tessuto utilizzato e le informazioni di più alto livello. Nel sistema TMABoost, queste informazioni sono messe in relazione attraverso la descrizione della “mappa del block array”. In questa “mappa” si descrive la posizione logica di ogni campione tessutale all'interno della matrice sperimentale. Così si ha che ad ogni cella matriciale, individuata da un numero di riga e colonna, si associa sia il campione di tessuto (blocco donatore), attraverso un codice univoco che lo identifica, sia il blocco TMA che lo contiene. Questa soluzione presenta due vantaggi principali: − l'utilizzo di questa “mappa” di conversione consente allo sperimentatore assoluta libertà

nell'allestimento del TMA. Le informazioni specifiche dell'esperimento (spaziatura dei cores, dimensioni dell'ago, ecc.) sono infatti contenute in altre tabelle del database;

− l'utilizzo di codici univoci consente di mettere in relazione le informazioni dei diversi livelli ed i risultati dell'indagine non sono legati allo specifico esperimento svolto. Infatti, in fase di analisi dei risultati, è possibile considerare le indagini sperimentali svolte su diversi TMA come appartenenti ad un unico esperimento virtuale.

La separazione fra le informazioni di primo e secondo livello e quelle di terzo livello consente perciò sia di utilizzare in modo indipendente gli apparati sperime ntali sia di disporre di un unico punto di “contatto” che consente quindi di ridurre al minimo la possibilità di introduzioni di errori dovute alle possibili ridondanze dei dati. Gestione Immagini La gestione delle immagini dipende dall'apparato sperimentale utilizzato. Nel caso dei TMA si possono prevedere l'uso di due tipi di immagini digitali: l'immagine panoramica dell'intero vetrino a basso ingrandimento e le diverse immagini dei singoli tessuti a più alto ingrandimento. Secondo il sistema software utilizzato, l'immagine panoramica può essere utilizzata sia in modo automatico, come in TMABoost, sia manualmente dallo sperimentatore, come negli altri sistemi disponibili, per la successiva analisi dei singoli cores che contengono l'informazione principale dell'indagine molecolare.

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Le immagini dei cores contengono invece l'informazione che viene utilizzata per le analisi scientifiche. Possono essere utilizzate sia per le valutazioni manuali da parte degli sperimentatori oppure tramite analisi automatica con sistemi di elaborazione automatica. L'immagine panoramica dell'intero vetrino deve essere collegata alle informazioni che descrivono l'esperimento. Si deve prevedere la possibilità di avere più di un'immagine panoramica per esperimento. In questo modo si può tener conto di acquisizioni di immagine in differenti modalità: diversi ingrandimenti, in campo oscuro, diversa luminosità, ecc. La relazione perciò è di tipo 1 a molti, per cui le informazioni sperimentali riguardanti un singolo vetrino sono associate a 1 o più dati riguardanti le diverse immagini. Ad ogni immagine dovranno inoltre essere associate tutte le informazioni del contesto dell'acquisizione che consentano il loro successivo utilizzo: ingrandimento, diaframma, luminosità, ecc. Un discorso analogo vale per le immagini dei singoli cores. In questo caso le immagini devono essere collegate alle informazioni del tessuto cui si riferiscono. Nel caso di TMBoost questa relazione si ottiene tramite la “mappa del block array”. Quindi e' sufficiente legare i dati dell'immagine al codice univoco della core section nella mappa. Inoltre, siccome l'immagine digitale della core section costituisce la base per la valutazione del biomarcatore, i dati tecnici riguardanti la specifica acquisizione risultano essere particolarmente rilevanti per la successiva analisi. Si deve perciò prevedere di associare tali informazioni (luminosità della lampada, ingrandimento, ecc.) alla singola acquisizione oltre ai dati veri e propri riguardanti l'analisi biomolecolare. L'utilizzo di immagini digitali richiede generalmente notevoli quantità di memoria. Vi sono diverse soluzioni disponibili a questo scopo. Non e' possibile definire a priori la soluzione ottimale in quanto vi è una forte dipendenza dalla strumento utilizzato per la loro acquisizione. Nel caso del TMABoost, il sistema di acquisizione di immagine è un microscopio robotizzato, opportunamente adattato a tale scopo. Le immagini panoramiche e le immagini dei singoli cores sono dapprima acquisite e memorizzate sull'elaboratore che gestisce il microscopio. Successivamente, tali immagini sono inviate al server in modo da renderle disponibili attraverso l'interfaccia web a tutti gli utenti del sistema. Specificatamente, le immagini sono memorizzate direttamente all'interno del database relazionale. Altre soluzioni sono possibili, secondo il tipo e la modalità dell'acquisizione e gestione delle immagini. Risultati delle analisi I risultati dell'analisi, sia essa manuale o automatica, devono essere legati ai dati dei singoli tessuti. Nel caso dei tissue microarrays i dati di espressione del biomarcatore sono associati sia alla singola core section (singolo tessuto) sia alla modalità di valutazione. Ovvero, se la valutazione è svolta in maniera manuale, si registra anche il codice del valutatore; mentre se la valutazione e' automatica si registra il tipo di elaborazione di immagine utilizzata. In questo modo, per quanto riguarda la valutazione manuale si possono avere più valutazioni dello stesso tessuto da parte di più sperimentatori. Per quanto riguarda la valutazione automatica si possono utilizzare diversi algoritmi di elaborazione immagine (analisi della membrana, dei nuclei, ecc.) a partire dalla stessa immagine di base. La molteplicità dell'acquisizione di immagine (vedi paragrafo precedente) consente inoltre di analizzare diverse immagini dello stesso caso, acquisite tramite diverse modalità, con lo stesso algoritmo di elaborazione. TMABoost consente la gestione degli esperimenti di tissue microarray. L'analisi statistica successiva è demandata allo sperimentatore. Una caratteristica importante del sistema è che

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i dati provenienti da più esperimenti possono essere considerati come appartenenti ad un unico esperimento virtuale e facilitare così la loro analisi. Dal punto di vista dell'utente della biobanca è importante conoscere a quali studi il campione di interesse è stato sottoposto. E' inoltre auspicabile che i risultati delle analisi precedenti siano rese disponibili. Si possono distinguere due scenari:

1. i risultati dello studio sono stati pubblicati su riviste scientifiche: in questo caso risulta importante fornire il riferimento alla pubblicazione o una sua copia elettronica (compatibilmente con le leggi sul diritto d'autore).

2. lo studio è ancora in corso ed i risultati non sono stati ancora pubblicati: si dovrebbero fornire le informazioni necessarie che descrivono lo studio e le indagini che vengono svolte su quel campione.

In questo modo l'utente della biobanca che volesse richiedere dei campioni per un particolare studio sarebbe a conoscenza dell'utilizzo di quei campioni. Inoltre, nel caso in cui lo studio sia stato pubblicato è possibile prevedere che anche i dati utilizzati siano resi pubblici e possibilmente inclusi a corredo delle informazioni del campione. In questo caso, che va ben oltre lo scopo della biobanca, si devono prevedere strumenti di controllo della qualità dei dati inseriti, l'utilizzo di eventuali standard per il formato dei dati che siano disponibili, la gestione dell'accesso a tali dati. Quest'ultima soluzione costituisce certamente una caratteristica preziosa per la biobanca, ma la sua realizzazione richiede un sforzo economico, progettuale ed implementativo di grande rilevanza.

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8 Aspetti sociali L’attività di biobanking presuppone come dato fondamentale la partecipazione dei cittadini in veste di donatori. Tale presupposto comporta che, al di là delle ovvie necessità di illustrazione del progetto ai pazienti e alla raccolta del loro consenso alla donazione dei propri biomateriali, il pubblico in generale sia informato sulla natura della attività di biobanking e sulle sue finalità24. Infatti si ritiene importante che tale attività, che in ultima analisi rappresenta un beneficio per la comunità in senso generale, sia effettivamente percepita come tale dal cittadino, prima ancora che dal paziente. Infatti il paziente, soprattutto se affetto da una patologia di tipo oncologico, è in sostanza un soggetto in uno stato psicologico assai particolare in cui egli vede minacciata la propria integrità fisica se non addirittura la propria esistenza. In tale situazione l’atto della donazione, pur spontaneo e offerto dopo adeguata informazione, è effettuato in un momento assai delicato della propria esistenza, in cui altri sono i motivi di preoccupazione del soggetto. Riteniamo quindi che sia eticamente corretto dare la possibilità a tutti i soggetti della comunità di conoscere almeno nelle linee essenziali le finalità della attività di biobanking e le garanzie offerte al cittadino da parte della biobanca. A tal fine è importante poter portare tale informazioni al pubblico attraverso i mezzi di comunicazione sia rivolti direttamente ai singoli cittadini, sia quelli rivolti alla comunità medica in generale che se ne faccia poi tramite verso i propri pazienti. Si tratta di una modalità di comunicazione necessaria ed utile peraltro non solo ai fini della specifica attività di biobanking, come descritta nel presente progetto, ma anche al fine di fare conoscere e valutare dal pubblico tutte la varie attività connesse con lo sviluppo delle biotecnologie nei vari campi, comprese non solo quelle biomediche25 ma anche ad esempio quelle di tipo agroalimentare 26.

La prospettiva del pubblico e il ruolo della informazione Numerosi dati indicano che, quando vi è una corretta informazione sulle finalità e sulle garanzie offerte, vi è generalmente una ottima risposta del pubblico nei confronti delle attività di ricerca condotte sui biomateriali. È importante sottolineare che la raccolta dei biomateriali potrà da un lato portare dei benefici sia al soggetto donatore che alla sua famiglie e in ultima analisi all’intero corpo sociale, e dall’altro che le informazioni derivanti dalla analisi dei biomateriali non comporteranno alcun danno ai donatori. Il cittadino deve essere quindi essere informato sul fatto che le analisi condotte sui campioni non potranno determinare forme di discriminazione, e che per contro potranno essere fonte di benefici per sé e per la società. A tale scopo è importante portare l’informazione corretta ai cittadini. Ciò può essere fatto sia tramite i mezzi di comunicazione (articoli su giornali, conferenze, …), sia tramite la predisposizione di materiale informativo diretto alla popolazione in generale, sia tramite gli organi delle associazioni di pazienti.

24 Whose Genes, Whose safe, How safe? Publics’ and professionals’ Views of Biobanks. The Canadian Biotechnology Advisory Committee, Edna Einsiedel, Marzo 2003; si veda il capitiolo Communicating with publics; il documento è disponibile nell’allegato CD e consultabile sul sito www.cbac-cccb.ca 25 Biotechnology and Health Innovation: Opportunities and Challenges A Discussion Document from the Canadian Biotechnology Advisory Committee 26 Dialogue Tool Kit 2005, Canadian Biotechnology Advisory Committee, disponibile nell’allegato CD e consultabile sul sito www.cbac-cccb.ca

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Un ruolo importane spetta anche ai medici di famiglia, che siano debitamente informati e abbiano gli strumenti per rispondere a eventuali quesiti posti loro dai pazienti. A tale scopo si prevede sia di presentare il presente progetto con un articolo sul bollettino dell’Ordine dei Medici che di organizzare un Convegno che possa illustrare gli spetti scientifici della attività di biobanking.

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9 Organizzazione La Biobanca deve esser intesa come un unità di servizio, che quindi ha necessità di una sua struttura organizzativa autonoma. L’organizzazione della biobanca dovrà tener presenti gli assetti istituzionali e le indicazioni programmatorie in ambito sanitario. I modelli teorici a cui si può ipotizzare di fare riferimento possono essere i seguenti:

la biobanca è una unità semplice nell’ambito delle articolazioni di una struttura complessa della area di Anatomia Patologica

la biobanca è una struttura con un rapporto di dipendenza gerarchica diretta con una Direzione di Area o di Ospedale o con un Dipartimento strutturale/funzionale

La Biobanca potrebbe trovare sede in Anatomia Patologica dell’Ospedale S. Chiara e avere una integrazione funzionale e strutturale con il Laboratorio di Biologia Molecolare. Infatti varie attività analitiche sia nella fase di controllo di qualità che in quella di preparazione di componenti (estrazione di DNA, RNA, analisi di acidi nucleici,…) sono comuni ad entrambe le attività. Per il funzionamento della biobanca è opportuno infatti identificare spazi e budget autonomi, alcuni organi funzionali e personale dedicato. Occorre inoltre definire quali sono le principali attività che vi avranno luogo. Di tali attività sono inoltre disponibili una prima stesura di procedure operative standard, che saranno verificate e aggiornata entro un anno dall’inizio dell’operatività della biobanca.

9.1 Organi

9.1.1 Direzione La direzione deve spettare a un Dirigente Sanitario con specifico interesse e competenze in ambito di biobanking. Di seguito si riportano le competenze della Direzione

Coordinamento delle strutture coinvolte e contatti istituzionali Alla direzione della biobanca compete il coordinamento delle varie U.O. coinvolte nel progetto sia in fase di inizio che nel suo sviluppo nel tempo. È quindi compito della direzione mantenere i contatti con i responsabili della U.O. di Anatomia Patologica e dei vari Dipartimenti della Azienda per i Servizi Sanitari, quali il Dipartimento di Chirurgia, le Chirurgie Specialistiche, il Dipartimento di Oncologia, il Dipartimento di Laboratorio, il Dipartimento di Medicina Trasfusionale. Tale attività sarà volta a definire le modalità migliori di raccolta, trattamento e conservazione delle informazioni e dei materiali. Le attività della biobanca potranno portare a collaborazioni con varie Istituzioni presenti sul territorio Provinciale, quali ad esempio ITC/Fondazione Kessler e Università di Trento. Pertanto è opportuno che tali collaborazioni possano trovare dei canali istituzionali di attuazione che avverranno tramite il Direttore della Biobanca su delega e approvazione del Direttore Generale della Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari. Nella fase di studio di fattibilità si sono già sondate alcune possibili interazioni di cui si è già fatto cenno nella introduzione. Al fine di affrontare i vari aspetti critici della attività di biobanking, il Direttore può avvalersi della collaborazione di un nucleo di ricercatori con specifica capacità e

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competenza. Tali esperti potranno essere interpellati nelle fasi di strutturazione della biobanca. Attualmente hanno dato la propria disponibilità a far parte dell’advisory board i seguenti ricercatori:

- Dr. Manuel Morente, Direttore CNIO Tumor Bank Network, Madrid - Dr. Antonino Carbone, Direttore Anatomia Patologica, Istituto Tumori di Milano, e membro del network Europeo delle biobanche TUBAFROST - Dr. Claudio Doglioni, Direttore Anatomia Patologica, Ospedale S. Raffaele, Milano Prof. Antonio Marchetti, Direttore Laboratorio di Patologia Molecolare, Università G. d’Annunzio, Chieti - Dr. Mauro Truini, Direttore Anatomia Patologica, Istituto Tumori di Genova

Stesura e adeguatezza delle procedure di biobanking Le procedure (Standard Operating Procedures) stilate nell’ambito del presente progetto di fattibilità sono ovviamente relative all’attuale stato delle conoscenze e delle caratteristiche organizzative delle Unità Operative coinvolte. È prevedibile la necessità di adeguare la procedure nel tempo e quindi sarà necessaria la loro revisione periodica. Si può prevedere che esse debbano essere riviste almeno con una frequenza triennale. A tale scopo il Direttore si avvale della attività del Responsabile Qualità. Il Direttore è responsabile dell’adesione delle procedure stesse a criteri di eticità.

Valutazione dei progetti di ricerca presentati alla biobanca I progetti di ricerca che verranno presentati alla Biobanca dovranno essere inizialmente valutati dal Direttore della Biobanca, come attualmente avviene presso il sistema di network di biobanche del CNIO. Per le necessità di salvaguardare i diritti dei donatori si ritiene necessario che i progetti presentati alla Biobanca abbiano la approvazione di un Comitato Etico che verifichi che le varie attività e di ricerca vengano effettuate nel rispetto del codice etico delle biobanca. Il Direttore sarà responsabile della adesione del progetto al rispetto del codice etico e alla corrispondenza dell’utilizzo dei campioni in modo conforme alle volontà espresse dal paziente all’atto del consenso. L’accettazione di un progetto e quindi la cessione dei biomateriali sarà quindi subordinata alla sua approvazione sulla base della adesione ai criteri del codice etico della biobanca e sulla base di una graduatoria tecnico-scientifica dei progetti presentati. Il Direttore consentirà l’utilizzo dei biomateriali secondo tale graduatoria. In linea di massima, la graduatoria terrà presenti vari elementi dei progetti, cui verrà dato un punteggio numerico, e la somma finale costituirà l’elemento per stilare la graduatoria (cfr Modulo di richiesta e accettazione biomateriali in Appendice). I biomateriali, a parità di valore scientifico del progetto presentato, saranno prioritariamente concessi ai progetti presentati da Unità Operative della Azienda per i Servizi sanitari e da Istituzioni locali ovvero da progetti presentati da Istituzioni diversa ma che prevedano una attiva partecipazione cooperativa al progetto stesso di Unità Operative della Azienda per i Servizi sanitari e di Istituzioni locali.

Gli elementi oggetto di valutazione saranno:

• validità scientifica del proponente

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interesse della ricerca proposta

originalità della ricerca proposta

adeguatezza dei metodi (tecnologici/statistici) e delle risorse (economiche/logistiche) a rispondere agli obiettivi delle ricerca

A tal fine si predispone un modulo per la presentazione dei progetti, che sarà disponibile sia in Italiano che in Inglese, e sarà scaricabile in formato elettronico dal sito web della biobanca. Sul sito saranno inoltre disponibili in modo trasparente sia i criteri di valutazione dei progetti, sia l’elenco dei progetti approvati. Sul sito saranno inoltre disponibili dei report sui risultati ottenuti dai vari progetti.

Il Direttore della Biobanca in relazione alle necessità di valutazione dei progetti presentati potrà avvalersi di esperti esterni (advisory board) cui sottomettere i progetti. A tale scopo, anche al fine di ridurre i costi, saranno possibilmente utilizzati strumenti informatici che rendano possibile la comunicazione per via telematica.

Qualora, nella progressiva implementazione della raccolta ed attività della biobanca, la entità e complessità dei progetti di ricerca presentati fosse tale da rendere necessaria una attività continuativa e rilevante nella loro valutazione, si renderà necessario istituire e definire un Comitato scientifico. Tale comitato si potrà avvalere di esperti della Azienda Provinciale per i Servizi sanitari, della Fondazione Kessler/ITC, dell’Università degli Studi di Trento e di esperti di riconosciuta esperienza in ambito di ricerca scientifica.

Controllo di gestione Tutte le spese inerenti la gestione ed implementazione della Biobanca dovranno essere valutate e approvate dal Direttore, cui spetta il compito di agire nel rispetto della maggiore economicità in relazione alla qualità necessaria al buon funzionamento della biobanca.

Gestione del personale È compito del Direttore la gestione del personale necessario alla ottimale attività della biobanca, al fine di armonizzare le attività delle varie figure professionali coinvolte e di armonizzare tali attività con quelle degli operatori sanitari della varie U.O. con cui dovranno interagire.

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9.1.2 Comitato scientifico

Come già accennato, qualora la entità e complessità dei progetti di ricerca presentati alla Biobanca fosse tale da rendere necessaria una attività continuativa e rilevante nella loro valutazione, sarà necessario istituire e definire un Comitato Scientifico. Tale comitato scientifico avrà la funzione di coadiuvare il direttore nelle procedure di valutazione dei progetti ed eventualme nte anche nella valutazione delle revisioni delle SOP.

Il comitato scientifico dovrebbe avere come membri il Direttore della Biobanca, con funzione di presidente del comitato stesso, e rappresentanti della Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari e delle Istituzioni Locali e di esperti di riconosciuta esperienza in ambito di ricerca scientifica. Tale comitato si riunirà periodicamente con frequenza da definirsi in relazione alle necessità di valutazione dei progetti presentati e potrà anche avvalersi di strumenti informatici per la collaborazione a distanza.

9.1.3 Staff Tutto il personale dedicato in parte o a tempo pieno alle attività della Biobanca deve essere in possesso di una specifica competenza. A tale scopo è necessario una adeguata formazione ottenibile sia con modalità di tutoraggio che con la realizzazione di appositi eventi formativi. Lo staff potrà essere implementato in funzione della progressiva attività della biobanca. Nella sua strutturazione finale occorre prevedere una figura professionale di laureato in scienze biologiche con funzioni di responsabile della qualità, di un tecnico di laboratorio, di un infermiere/a di ricerca. È ipotizzabile che nella fase di piena operatività della Biobanca, possa anche essere necessaria una posizione di personale part-time di tipo amministrativo. Nella fase iniziale di attività, la figura del responsabile della qualità potrà essere vicariata dal Direttore.

9.1.3.1 Responsabile della Qualità

Si tratta di una figura professionale quale un biotecnologo ad indirizzi biomedico con laurea specialistica di secondo livello, ovvero, laddove le risorse lo consentissero, di laureato in medicina-chirurgia/scienze biologiche con laurea almeno quadriennale con preferenza a corso di laurea in biologia molecolare, cui spetta il controllo su: qualità delle procedure, identificazione dei donatori, controllo dei campioni e della strumentazione, analisi dei campioni e coordinamento del personale. Nel caso di un laureato in medicina o in scienze biologiche si avrebbe a disposizione una risorsa di maggior competenza ed autonomia che può rappresentare un valore aggiunto nella programmazione, gestione ed offerta di servizi della biobanca. La figura del responsabile della qualità è espressamente prevista dalle linee guida OCSE. Di seguito si riportano le competenze del responsabile qualità.

Qualità e aggiornamento delle procedure operative standard (SOP) di biobanking Le procedure stilate nell’ambito del presente progetto di fattibilità sono ovviamente relative all’attuale stato delle conoscenze e delle caratteristiche organizzative delle Unità Operative Coinvolte. È tuttavia prevedibile la necessità di adeguare la procedure nel tempo e quindi sarà necessaria la loro revisione periodica. Si può prevedere che esse debbano

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essere riviste dal Responsabile Qualità almeno con una frequenza triennale. Il Responsabile Qualità coadiuverà in tale operazione il Direttore della Biobanca.

Organizzazione, raccolta e conservazione del consenso

Il consenso alla donazione dei tessuti e liquidi biologici deve essere raccolto precedentemente all’intervento chirurgico nei reparti di degenza. In tale fase è indispensabile che il paziente donatore venga informato adeguatamente sulla natura della donazione da parte del Responsabile Qualità, o di un suo delegato (infermiere di ricerca). La identificazione del donatore da parte del Responsabile Qualità, o di un suo delegato della biobanca, avverrà tramite le liste operatorie che giungono alla U.O. di Anatomia Patologica il giorno antecedente agli interventi; il Responsabile Qualità, o di un suo delegato, si farà quindi carico di raccogliere il consenso, di archiviarlo e di accettare il donatore nel software gestionale e predisporre le procedure di prelievo.

Qualità dei campioni Al Responsabile Qualità spetta il compito di effettuare analisi a campione sui materiali conservati per assicurarsi della ottimale preservazione delle componenti biochimiche. Si prevede che vengano effettuati analisi sulla qualità dell’RNA messaggero su circa il 2% dei campioni raccolti durante i primi due anni e successivamente sull’1% se non si osservano significativi aspetti di degradazione dell’RNA. Inoltre il Responsabile Qualità sarà deputato alla valutazione della idoneità dei prelievi (assenza di necrosi, cellularità), avvalendosi della collaborazione di un medico patologo della U.O. di Anatomia Patologica.

Controllo delle apparecchiature e sistema gestionale Tutti i sistemi di crioconservazione e le apparecchiature di analisi dedicate alle attività di biobanking devono essere controllate periodicamente dal Responsabile Qualità. Il Responsabile di Qualità conserverà la documentazione relativa al funzionamento della strumentazione. Inoltre il Responsabile Qualità, assieme al Direttore della Biobanca, sarà collegato via telefono ai sistemi di controllo della temperatura dei sistemi di criopreservazione al fine di essere tempestivamente informato di ogni guasto che dovesse verificarsi. Per le necessità di adeguamento e assistenza del sistema informativo il Responsabile Qualità si avvarrà di personale esterno alla biobanca.

Diffusione dei risultati e mantenimento del sito web La diffusione dei risultati di raccolta dei biomateriali rappresenta un elemento fondamentale per condividere il materiale con le varie Istituzioni di ricerca. A tal fine è necessario che il sito web della biobanca sia costantemente aggiornato e funzionale. A tal fine il Responsabile Qualità deve avere la possibilità di avvalersi di consulenza da parte di personale specializzato. Il Responsabile della Qualità sarà inoltre deputato alla creazione degli archivi di immagini o dei vetrini virtuali e alla loro implementazione nel tempo.

Gestione del personale

Il personale tecnico della biobanca deve assicurare la continuità del lavoro, e a tal fine deve condividere con il personale tecnico della U.O. di Anatomia Patologica alcune conoscenze di base per la gestione delle attività routinarie. Al responsabile della qualità è devoluto il compito di coordinare e mantenere la formazione continua di tale personale.

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9.1.3.2 Responsabili tecnico-operativi

Le figure professionali che possono farsi carico di questa attività sono quella di un/a infermiere/a di ricerca (laurea triennale) e di un/a tecnico/a di laboratorio biomedico, con un impegno orario graduato in funzione della attività della biobanca. Sono necessarie due posizioni stabili per garantire la continuità del lavoro. I compiti saranno i seguenti.

All’infermiere/a professionale con compiti non assistenziali spetterà principalmente il compito di coadiuvare il Responsabile Qualità per:

controllare preventivamente le liste operatorie del giorno successivo,

raccogliere il consenso dei pazienti donatori

prelevare/organizzare/manipolare i campioni di sangue e urine

controllare l’attività delle sale operatorie durante l’operatività chirurgica al fine di assicurare il tempestivo e corretto trasporto dei materiali presso la sede di prelievo della biobanca

raccogliere le notizie cliniche

aggiornare il database con le informazioni patologiche e cliniche

Al tecnico/a di laboratorio biomedico/biotecnologo spetterà principalmente il compito di coadiuvare il Responsabile Qualità nel:

1.Assistere il medico anatomo-patologo nel campionamento dei pezzi operatori

2. Congelare e archiviare il materiale da criopreservare ed effettuare sezioni al criostato dei materiali inclusi in OCT laddove necessario

3. Includere e archiviare il materiale fissato ed eseguire sezioni istologiche di tali campioni

4. Aggiornare il database con le informazioni patologiche e cliniche

5. Controllo della strumentazione con possibilità di essere rintracciabili telefonicamente dal sistema di controllo della temperatura, al fine di attivare le procedure necessarie alla risoluzione dei possibili guasti.

6. Controllo di qualità dei biomateriali

7. Allestire dei Tissue Microarrays con i materiali fissati

8. Recuperare il materiale criopreservato o fissato e predisporne la confezione in caso di spedizione

9. Effettuare estrazioni di componenti biochimiche dei vari materiali

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9.2 Attività della Biobanca - Work packages Le attività svolte dalla Biobanca sono rivolte sia alla raccolte che alla gestione dei biomateriali. Sono inoltre descritte in dettaglio nelle SOP.

9.2.1 Raccolta e conservazione del consenso alla donazione Sarà raccolto il consenso dei pazienti donatori previa consegna di una nota informativa sulle finalità e criteri etici della biobanca. Tale operazione sarà svolta in accordo con le strutture di degenza e sarà affidata a personale della biobanca, o in alternativa, ove possibile, al personale dei reparti di degenza.

9.2.2 Raccolta e conservazione dei biomateriali Due sono le tipologie di biomateriali raccolti: tessuti e liquidi biologici. I biomateriali tessutali saranno raccolti dopo che il patologo avrà espletato le manovre diagnostiche necessarie; il patologo responsabile del campionamento fornirà i frammenti tessutali ritenuti non utili ai fini diagnostici (left-over tissues) al personale della biobanca per la loro conservazione. Tali frammenti potranno comunque essere recuperati al percorso diagnostico qualora ciò sia ritenuto necessario da parte del patologo. I tessuti devono essere congelati il prima possibile, l’ideale è entro 30 minuti dall’excisione; è per questo motivo che è importante registrare l’ora in cui è avvenuta la rimozione del campione dal paziente e il tempo trascorso fino al congelamento. Se si superano i 45-60 minuti la qualità del campione è minore e non consente tutte le possibili indagini, ma può comunque essere utilizzato per scopi specifici. Se non è possibile rispettare questi tempi il tessuto dovrebbe essere messo in ghiaccio fino alla dissezione; in questo caso il ritardo di tempo deve essere registrato. I campioni, debitamente identificati mediante un’etichetta con caratteri alfanumerici e/o codice a barre, verranno congelati utilizzando due sostanziali metodiche, una che prevede l’utilizzo di cryovials e una che prevede l’utilizzo di cryomolds e di liquido conservante OCT, mediante immersione in un mezzo altamente criogenico che ne permetterà il congelamento rapido. In caso di impossibilità di effettuare entrambe le modalità di congelamento, si privilegerà la modalità in cryomold. Il mezzo ideale per il congelamento rapido è l’isopentano raffreddato fino al suo punto di congelamento (-160°). Per ottenere questo occorre immergere il recipiente che contiene l’isopentano in un altro contenente l’azoto liquido. L’appropriato punto di congelamento per il tessuto corrisponde approssimativamente al momento in cui iniziano a formarsi gocce opache nell’isopentano. Il processo di raffreddamento dell’isopentano viene facilitato mantenendolo/conservandolo in un congelatore a -80°C. L’immersione diretta in isopentano raffreddato a -80°C (conservato nel congelatore) o a temperature intorno ai -50°C (Histobath® o similari) rappresentano metodi ugualmente validi e di maggior semplicità.

Il congelamento per immersione diretta in azoto liquido è un metodo valido, sebbene sia maggiormente lesivo per il tessuto e renda più difficoltoso l’esame microscopico a posteriori, soprattutto quando si vogliano applicare tecniche di microdissezione, in quanto provoca un’alterazione dell’originale morfologia del tessuto. L’azoto liquido si vaporizza nel momento in cui entra in contatto con il tessuto, provocando un congelamento irregolare dello stesso. Al contrario l’isopentano permane nello stato liquido evitando così questi artefatti, inoltre il fatto di essere altamente crioconduttore permette un congelamento molto rapido.

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E’ da evitare, nella forma più assoluta, il congelamento lento mediante posizionamento del tessuto in frigorifero, congelatore o criostato, poiché risulta essere molto difficile la realizzazione a posteriori di tagli al criostato di buona qualità a causa della formazione di cristalli di ghiaccio.

Nel caso in cui occorra produrre colture cellulari dai tessuti, bisognerà seguire disposizioni e protocolli specifici a seconda del tipo di tessuto.

Porzioni speculari di tessuto saranno fissate e incluse come routinariamente avviene per i materiali di uso diagnostico.

Per i liquidi biologici si raccoglieranno routinariamente sangue e urine dei pazienti

di cui si raccoglieranno i tessuti. Il sangue sarà prelevato processato, aliquotato e congelato. Le urine saranno

centrifugate e il sopranatante congelato e conservato in aliquote.

I campioni saranno conservati in freezers a -80°C con adeguate misure di protezione degli accessi e di controllo della temperatura. Si opta per questa modalità di crioconservazione in quanto dai dati di letteratura e sulla base di alcune personali esperienze, appare che tale temperatura sia sufficiente a conservare in modo ottimale i campioni e i loro componenti. Inoltre presenta caratteristiche di semplicità di impianto e un sufficiente grado di sicurezza funzionale. In tal modo inoltre si eliminano alcuni problemi di sicurezza degli ambienti di lavoro connessi all’utilizzo di azoto liquido (monitoraggio della tensione di ossigeno, ustioni da contatto con azoto,…)

9.2.3 Raccolta dei dati clinici Saranno raccolti alcuni dati clinici essenziali per l’implementazione del database. Inoltre saranno adottate le procedure ottimali per raccogliere le informazioni cliniche prospettiche.

9.2.4 Sistema di qualità Il sistema qualità prevede sia alcune attività di controllo della qualità dei materiali e delle procedure sia un costante aggiornamento del personale, tramite modalità di tutoraggio e di formazione.

Il controllo di qualità deve valutare tutti gli aspetti delle procedure di biobanking, comprese:

a) Una della prerogative di una biobanca è che i biomateriali tissutali raccolti siano verificati dal punti di vista diagnostico istopatologico. Tale attività, che rappresenta un cardine della qualità dei materiali (di cui si discute più oltre), deve essere compito di un medico con competenze istopatologiche.

b) Controllo istologico delle caratteristiche dei tessuti raccolti con quantificazione della presenza di eventuale necrosi (scala semiquantitativa: assente, focale, estesa) e cellularità (scala semiquantitativa: assente, focale, estesa)

c) Verifiche di qualità dei tessuti congelati, con valutazione dei componenti cellulari mediante verifica dell’RNA estratto e eventualmente mediante quantificazione di alcuni geni housekeeping su campioni tissutali selezionati, da effettuare con periodicità annuale. Si prevede che vengano effettuati analisi sulla qualità dell’RNA messaggero su circa il 2% dei campioni raccolti durante i primi due anni e successivamente sull’1% se non si osservano significativi aspetti di degradazione dell’RNA.

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d) Controllo dell’associazione tra campioni biologici e dati clinico-anamnestici: saranno effettuati controlli a campione sull’1% dei campioni

e) Controllo della corretta allocazione dei campioni nei sistemi di criopreservazione: saranno effettuati controlli a campione sull’1% dei campioni

f) Controllo della strumentazione, compresa la documentazione della temperatura dei sistemi di criopreservazione

Le procedure operative relative alle varie fasi delle attività della biobanca predisposte nella attuale formulazione saranno monitorate e adattate alle reali situazioni operative durante il primo anno do operatività della biobanca e poi saranno sottoposte a revisione ed eventualmente ad aggiornamento con cadenza triennale.

9.2.5 Estrazione di componenti cellulari In alcuni casi può esservi la necessità di estrarre componenti biochimiche dai campioni, sia per le esigenze di controllo qualità che per eventuali necessità di stoccaggio. Nel caso tale operazione sia richiesta da una Istituzione esterna a fini di ricerca sarà concordato se tale attività si configurerà come partecipazione attiva al progetto stesso oppure come un servizio offerto, per il quale sarà stabilito un costo (si veda il punto sui Servizi offerti dalla biobanca).

9.2.6 Creazione di archivi di immagini o casi virtuali Per alcuni tipi istologici di tessuti potrà essere utile disporre di immagini digitali se non addirittura di vetrini virtuali da associare ai dati dei tessuti. In tal modo, soprattutto per le patologie rare, i ricercatori possono visualizzare l’istotipo dei materiali conservati. Tale modulo operativo è da ritenersi un corollario, e non un modulo operativo indispensabile della biobanca.

9.2.7 Allestimento di Tissue Microarrays Dei campioni in paraffina saranno allestiti dei TMA secondo le procedure descritte e i dati relativi ai TMA costruiti saranno archiviati in un software dedicato. L’architettura dei TMA sarà decisa dal Direttore della Biobanca in relazione alle tipologie di campioni disponibili e alle esigenze di eventuali progetti di ricerca. La disponibilità di TMA sarà resa pubblica sul sito della biobanca. Nel caso la costruzione di TMA sia richiesta da una Istituzione esterna a fini di ricerca sarà concordato se tale attività si configurerà come partecipazione attiva al progetto stesso oppure come un servizio offerto, per il quale sarà stabilito un costo (si veda il punto sui Servizi offerti dalla biobanca).

9.2.8 Sito web della biobanca È già stato registrato il dominio www.biobanca.it e il dominio www.tissuebank.eu che potranno venire utilizzati per la creazione del sito della biobanca. Tali domini sono stati registrati tramite la associazione non lucrativa O.R.S.A., fondata dai medici della U.O. di Anatomia Patologica al fine di supportare le proprie attività di formazione e ricerca. Si tratta ora di costruire il sito e di mantenerlo attivo, aggiornandolo e implementandolo. Sul sito saranno presenti:

1. informazioni generali sulla biobanca 2. le note informative per i pazienti 3. il codice etico della biobanca 4. i biomateriali disponibili (qualità e quantità di biomateriali)

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5. i progetti di ricerca attualmente in atto con i materiali della biobanca 6. i documenti essenziali delle procedure operative 7. i moduli per richiedere i campioni e presentare i progetti di ricerca 8. i contatti per comunicare con i responsabili 9. le fonti di finanziamento

9.3 Metodologie di prelievo e conservazione

9.3.1 Procedure per la raccolta dei biomateriali Si raccoglieranno tessuti e liquidi biologici. I campioni chirurgici devono essere immediatamente raccolti dopo la escissione in sala operatoria ed inviati nel più breve tempo possibile presso la U.O. di Anatomia Patologica. I campioni devono essere inviati privi di fissativo, preferibilmente refrigerando il pezzo mediante aggiunta di ghiaccio triturato. Il tempo intercorrente tra la escissione sarà riportato sul modulo “Scheda Campione” di cui in appendice viene riportato un fac-simile. Per ottimizzare tale tempo di trasporto è necessario avere a disposizione del personale in grado di monitorare l’attività della sala operatoria, ed eventualmente sollecitare il trasporto del materiale. Il tempo intercorrente tra la exeresi completa dei campioni chirurgici e il congelamento sarà ridotto al minimo. Il tempo ottimale in base ai dati di letteratura è di circa 15-20 minuti (Spruessel et a. 200427, Huang et al. 200128); tuttavia tempi maggiori possono essere accettabili (Dash et al. 200229), ma il dato deve comunque essere registrato per poter tracciare comunque i dati. I campioni di sangue e di urine devono essere raccolti il giorno antecedente all’intervento e successivamente potranno essere raccolti durante il successivo iter terapeutico del paziente. I campioni saranno poi immediatamente processati, congelati e conservati.

27 A study by Spruessel et al (2004) to determine the impact of ischemia on gene and protein expression profiles of healthy and malignant colon tissue discovered that initial changes of gene and protein expression profiles were already observed 5–8 min after colon resection. Fifteen minutes after surgery, 10%–15% of molecules, and after 30 min, 20% of all detectable genes and proteins, respectively, differed significantly from the baseline values. 28 Research by Huang et al (2001), also on human colon cancer specimens, aimed to quantitate the effects of warm ischemia – aliquots of tissue were frozen at times 5, 10, 15, 20, 40 and 60 minutes after excision. The conclusions that can be drawn from the microarray data presented is that ischemic times of less than 20 minutes provide relatively stable gene expression profiles, and that an ischemic time of more than 40 minutes results in significant deviations from baseline. 29 A time-course study on the differential gene expression of prostate tissue by Dash et al (2002) focussed on the fact that genes that appear up- or down-regulated could represent an artefact of RNA degradation with prolonged warm ischemia time. In the Departments of Urology and Pathology at University of Michigan most surgical specimens are routinely processed within 30 minutes of surgical extirpation, however 1 hour was taken as a realistic time frame for snap freezing. Experimental data showed that less than 0.6% of the more than 9000 genes tested were affected by an ischemic time of 1 hour at room temperature. However, some prostate cancer genes might be more susceptible to ischemia and all attempts should be made to process tissue rapidly to ensure that the microarray gene profile accurately reflects the state of the cells.

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9.3.2 Procedure per il prelievo di tessuti

Esame del pezzo operatorio chirurgico Il pezzo operatorio sarà gestito esclusivamente dal medico anatomo-patologo responsabile per la diagnosi. Il patologo deciderà se è possibile separare uno o più frammenti per la biobanca senza che questa azione interferisca con la correttezza e completezza della diagnosi patologica. Tali frammenti verranno forniti al personale della biobanca che provvederà alla loro gestione.

Prelievo dei campioni Si preleveranno tessuto normale, perilesionale e lesionale. Saranno raccolti campioni che verranno congelati in cryomolds con OCT e in cryovials, e campioni per fissazione in formalina e inclusione in paraffina. La quantità di materiale sarà funzione della quantità di tessuto “left-over”. In condizioni ottimali il frammento scelto per essere congelato deve essere sufficiente per generare due o più frammenti delle dimensioni di 1,5 x 1,5 x 0,4 centimetri. Quelle aree che presentano fenomeni ischemici e/o necrotici voluminosi devono essere evitate. Per ogni frammento congelato sarà selezionato, in continuità con il materiale congelato, un frammento da fissare in formalina che fornirà le informazioni relative alla quantità e natura di cellule presente nel blocco e servirà per studi immunoistochimici e eventualmente molecolari laddove si possa procedere all’utilizzo di tale materiale. Questo intero processo deve essere effettuato nelle condizioni più asettiche possibili. In alcune situazioni particolari, ad es.: pezzi operatori di prostata, si potrà procedere al prelievo di frammenti tissutali utilizzando dei punch, in modo tale da non danneggiare/compromettere l’esame accurato dei margini di resezione. Per neoplasie particolarmente piccole si potrà procedere al prelievo di materiale citologico, che verrà raccolto mediante pulitura dell’ago in soluzione fisiologica sterile e congelamento di tale liquido di lavaggio. In caso di impossibilità a ottenere tessuto normale si potrebbe richiedere la raccolta di muco orale come fonte del tessuto normale fresco.

Procedure di congelamento

Si prevede di congelare materiale con due sostanziali metodiche, una che prevede l’utilizzo di cryovials e una che prevede l’utilizzo di cryomolds e di liquido conservante OCT. Si prevede di effettuare campioni multipli di tessuto patologico, perilesionale e normale con entrambe le metodiche descritte. In condizioni ottimali di quantità di tessuto disponibile è opportuno raccogliere almeno in duplicato ciascun tipo di materiale. In caso di impossibilità di effettuare entrambe le modalità di prelievo, si privilegerà la modalità in cryomold.

I tessuti saranno congelati per immersione in isopentano (2-metil butano) precedentemente raffreddato. L’isopentano è un ottimo crioconduttore e permette un congelamento rapido; inoltre, rispetto all’azoto liquido, provoca meno danni durante il congelamento dal momento che rimane in uno stato liquido, limitando così la formazione di crioartefatti.

L’isopentano sarà raffreddato con stoccaggio di appositi contenitori termici in freezer a – 80°C ovvero mantenuto in temperatura da strumento dedicato (Histobath®, Shandon).

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Congelamento in cryovials

I campioni tessutali sono raccolti in cryovials con tappo a vite e contrassegnati con codice della biobanca (inizialmente potrà essere un codice alfanumerico, poi sostituito da codice a barre stampato su etichetta apposita per resistere alle basse temperature). Le cryovials devono venire chiuse e quindi poste nel contenitore con l’isopentano raffreddato che sarà posizionato sul tavolo ove vengono effettuati i prelievi. Il congelamento sarà effettuato dal patologo, ovvero dal biologo responsabile ovvero da un tecnico opportunamente addestrato.

Successivamente i campioni saranno stoccati nei sistemi di criopreservazione nelle scatole dedicate e contrassegnate con il numero del freezer e un numero progressivo. Si procederà allo stoccaggio con modalità tali da suddividere le aliquote in scatole diverse residenti in almeno due sistemi diversi. I dati relativi al congelamento, tipologia di tessuto e sede di stoccaggio saranno riportate sulle schede cartacee di accettazione e poi trasferiti nel database della biobanca.

Congelamento in cryomolds

I tessuti da raccogliere sono posti in cryomolds sulle quali saranno state apposte le etichette con codice della biobanca; inizialmente potrà essere un codice alfanumerico, poi sostituito da codice a barre stampato su etichetta apposita per resistere alle basse temperature; successivamente i frammenti saranno ricoperti con liquido conservante OCT e congelati in isopentano. Successivamente le cryomolds potranno essere incapsulate in appositi contenitori ovvero avvolte in foglio di alluminio e raccolte nelle apposite scatole da criopreservazione. Di tali materiali potrà essere effettuata una sezione istologica al criostato per valutazione morfologica ove ritenuto necessario.

Successivamente i campioni saranno stoccati nei sistemi di criopreservazione nelle scatole dedicate e contrassegnate con il numero del freezer e un numero progressivo. Si procederà allo stoccaggio con modalità tali da suddividere le aliquote in scatole diverse residenti in almeno due sistemi diversi. I dati relativi al congelamento, tipologia di tessuto, e sede di stoccaggio saranno riportate sulle schede cartacee di accettazione e poi trasferiti nel database della biobanca.

Tumore

Tessuto peritumorale

Tessuto normale

Cryovials CryomoldsOCT

Formalina 10%

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Figura 8: Schematizzazione della raccolta dei campioni tissutali: l’esempio riguarda un tumore polmonare di cui si effettuano campioni di tessuto normale, peritumorale e tumorale, fissato e tessuto congelato, quest’ultimo con le due modalità in cryomolds e cryovials.

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Procedura di fissazione

Il tessuto normale e neoplastico, selezionato per la fissazione e l'inclusione in paraffina sarà diviso in frammenti che saranno fissati in formalina al 10% per un minimo di 16 ore ed un massimo di 48 ore dopodiché, saranno inclusi in paraffina seguendo le tecniche convenzionali. Da tali tessuti inclusi verranno effettuate sezioni istologiche per il controllo della tipologia dei tessuti, della cellularità e della eventuale presenza di necrosi.

9.3.3 Procedure per il prelievo di liquidi biologici I campioni di sangue verranno prelevati e processati in modo da separare e conservare i diversi componenti. I campioni, una volta processati, aliquotati e congelati, saranno conservati in freezers a -80°C. Le urine saranno centrifugate e il surnatante congelato e conservato in aliquote in freezers a -80°C. Sia i campioni di sangue che di urina verranno conservati in aliquote poste in due freezers separati.

9.3.4 Procedure per il prelievo di materiali citologici In casi selezionati si potrà procedere alla raccolta di campioni citologici. Tali campioni saranno prelevati direttamente dal paziente o dal tumore escisso, seguendo le usuali manovre di aspirazione con ago sottile. Il materiale citologico prelevato sarà raccolto mediante lavaggio della siringa e dell’ago con soluzione fisiologica sterile. Il liquido di lavaggio sarà congelato in cryovials in isopentano.

9.3.5 Identificazione dei campioni Ogni campione da inserire nella biobanca verrà immediatamente identificato con un codice alfanumerico con riferimento al tipo di tessuto (normale o patologico). Questa identificazione deve essere automatizzata, per quanto possibile, per una maggiore chiarezza dei riferimenti. L'identificazione finale dei campioni sarà quindi effettuata usando un doppio sistema di codici a barre e di caratteri alfanumerici per la generazione delle etichette per identificare i campioni, le preparazioni, i rapporti, ecc. Per assicurare l'identificazione corretta di ogni campione e per evitare gli errori umani nella trascrizione dei riferimenti, questi funzionamenti saranno effettuati meccanicamente usando un generatore/lettore di codici a barre.

9.3.6 Procedure per l’allestimento dei Tissue Microarrays I tissue arrays verranno allestiti utilizzando i biomateriali tissutali conservati in paraffina. Sulla base della progettazione dell’array (tipologia dei tessuti, numerosità dei campioni, dimensioni dell’ago di prelievo e architettura generale dell’array) verranno selezionati i campioni da utilizzare sulal base delal diagnosi e dell’analisi dei preparati istologici. Sui preparati istologici verranno identificate le aree di tessuto da cui prelevare i frammenti da includere nell’array. Tali frammenti, o “cores” verranno prelevati e assemblati nei tissue array block utilizzando uno strumento manuale. Da tali blochhettti

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verranno quindi effettuate sezioni istologiche per indagini di espressione/alterazione genica in situ. Saranno allestiti vari TMA in funzione dei biomateriali raccolti, quali ade esempio arrays con panels di tessuti sani, panels di neoplasie a varia istogenesi, sets di neoplasie omogenee con corrispettivi tessuti normali, etc. Tali TMA potranno essere utilizzati all’interno della biobanca in funzione di controllo di qualità di preservazione antigenica, ovvero potranno essere messi a disposizione dei ricercatori, i quali potranno accedervi con modalità analoghe a quelle per accedere ai biomateriali congelati. Inoltre è prevedibile la possibilità di allestire TMA ad hoc in funzione delle richieste dei ricercatori (si veda modulistica allegata).

9.3.7 Sicurezza della conservazione dei campioni e dei dati relativi La sicurezza di conservazione appropriata dei campioni è un processo a più livelli: da un lato vi sono i requisiti strumentali e dall’altro le procedure di conservazione. Inizialmente si avranno a disposizione tre freezers a -80°C. I freezers a -80°C saranno:

1. alimentati da linea elettrica protetta con possibilità di mantenimento della tensione elettrica mediante gruppo elettrogeno (cd gruppo di continuità)

2. dotati di possibilità di alimentazione con CO2, che garantisca un periodo di temperatura costante per un periodo di circa 24 ore

3. dotati di sistemi di registrazione della temperatura (grafici o computerizzati) per documentare la temperatura nel tempo

4. dotati di controllo della temperatura con allarme locale per allertare gli operatori locali, soprattutto in caso di caduta della temperatura durante le manovre di stoccaggio/recupero dei biomateriali

5. dotati di controllo della temperatura con allarme a distanza che allerta personale costantemente presente in ospedale (nel caso dell’Ospedale S. Chiara la centrale elettrica)

6. dotati di controllo della temperatura con allarme con combinatore telefonico, che avvisi i responsabili della biobanca

7. situati in un locale climatizzato per prevenire il surriscaldamento ambientale a causa della attività dei freezers stessi

8. situati in un locale ad accesso controllato, le cui chiavi saranno in possesso del personale della biobanca e del personale della centrale elettrica dell’ospedale, presente 24 ore su 24

Inoltre sarà disponibile un freezer aggiuntivo (freezer di emergenza) non in uso, per stoccare i materiali in caso di guasto in uno dei freezers e per consentire le operazioni di manutenzione dei freezers in uso.

Le procedure di conservazione prevedranno che aliquote differenti provenienti dallo stesso campione vengano stoccate in freezers diversi, per ridurre il rischio di perdita totale dei materiali di un caso in caso di guasto a uno dei freezers. Nel locale freezer saranno affisse le procedure operative da mettere in atto in caso di situazione di emergenza: si tratterà di istruzioni semplici e di facile attuazione tali da consentire l’operatività di personale anche non della biobanca.

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9.3.8 Procedure per la spedizione di campioni I campioni da inviare presso altre istituzioni saranno spediti in contenitori coibentati e con ghiaccio secco, oppure spediti in appositi contenitori con azoto liquido. Le procedure di spedizione avverranno nel rispetto delle norme nazionali per il trasporto di biomateriali e in casi di trasporto aereo in accordo con le norme IATA.

9.4 Controllo di qualità dei campioni Si è gia descritto come si intende affrontare in generale il sistema di controllo qualità della biobanca. Qui si vogliono unicamente definire le procedure di controllo di integrità dell’RNA dei campioni criopreservati e dell’antigenicità dei campioni fissati. Annualmente sarà identificato in modo casuale il 2% (dopo un anno l’1%) dei nuovi campioni congelati (tessuti e frazione cellulare del sangue) e raccolti nell’anno precedente, ne sarà estratto l’RNA e ne verrà valutata l’integrità, e quindi la qualità, analizzando il rapporto tra le frazioni ribosomiali di RNA. Sarà ritenuto ottimale un rapporto di 2 +/- 0.2 e accettabile un rapporto entro una variazione di +/- 0.4. Saranno inoltre effettuate delle indagini immunoistochimiche su campioni tissutali fissati per verificare che la antigenicità sia preservata, utilizzando anticorpi contro molecole ubiquitarie (p.es.: vimentina e CD34).

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9.5 Strumentazione

9.5.1 Sistema di criogenia Al fine di ottimizzare il congelamento dei campioni è utile avere a disposizione un sistema di congelamento in isopentano a -55°C quale quello offerto dalla ditta Shandon, Histobath®. Tale strumento è da considerare una priorità nell’acquisto. In assenza di tale strumento e situazioni particolari si può prevedere l’uso di contenitori termici contenenti isopentano raffreddato a –80°C, conservati nei freezers a bassa temperatura e utilizzabili nell’arco di breve tempo dall’estrazione dal freezer.

9.5.2 Etichettatrice e lettore di codice a barre Si tratta di due indispensabili strumenti per la corretta identificazione dei campioni. Si prevede di acquisire la strumentazione migliore sul mercato al fine di assicurare la tenuta dell’etichetta e degli inchiostri quando sottoposti alle basse temperature.

9.5.3 Sistemi di criopreservazione Dopo una valutazione delle necessità e delle caratteristiche degli strumenti si opta, per la realizzazione della biobanca oggetto del presente progetto, di utilizzare sistemi di criopreservazione elettrica, cioè dei freezer a –80°C. Si opta per questa modalità di crioconservazione in quanto dai dati di letteratura e sulla base di alcune personali esperienze, appare che tale temperatura sia sufficiente a conservare in modo ottimale i campioni e i loro componenti. Inoltre presenta caratteristiche di semplicità di impianto e un sufficiente grado di sicurezza funzionale. In tal modo inoltre si eliminano alcuni problemi di sicurezza degli ambienti di lavoro connessi all’utilizzo di azoto liquido (monitoraggio della tensione di ossigeno, ustioni da contatto con azoto,…). Inizialmente è necessario disporre di tre unità di crioconservazione, di cui due in uso e una in caso di emergenza. Tale dotazione strumentale potrà garantire la possibilità di raccolta di biomateriali per diversi anni (11 anni circa se si stima una raccolta di circa 500 casi anno – si veda al punto 9.5.3.1). Una unità (freezer -80°C verticale) di recente acquisizione è attualmente disponibile presso la U.O. di Anatomia patologica dell’Ospedale S. Chiara. E’ inoltre disponibile una ulteriore unità (freezer -80°C orizzontale) che tuttavia è in uso da oltre 10 anni. È quindi necessario acquisire due ulteriori unità freezer di analoga capacità. A riempimento di due delle unità di criopreservazione si procederà all’acquisto di altre due unità. Il rapporto tra unità di criopreservazione in uso e unità a disposizione per le situazioni di emergenza sarà di 10:1. Lo spazio necessario per ogni unità verticale è stimabile in circa 3 m2. Le unità devono essere collegate al sistema elettrico sotto gruppo di continuità, devono essere dotate di sistema di allarme triplo (locale acustico, a distanza presso centro di controllo intra-ospedaliero, telefonico) e di sistema di monitoraggio della temperatura. I locali inoltre devono avere adeguata ventilazione ed eventualmente essere climatizzati per prevenire il surriscaldamento. Ogni sistema deve essere inoltre fornito delle opportune suddivisioni interne dello spazio al fine di raccogliere in modo ordinato i campioni (racks in acciaio).

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Stima riempimento freezer e necessità di implementazione della strumentazione di criopreservazione nel tempo Si ipotizza la raccolta di 2 casi/giorno. Ogni caso sarà costituito, dove possibile, da: § 2 campioni di tessuto neoplastico in cryovial § 2 campioni di tessuto peritumorale in cryovial § 2 campioni di tessuto normale in cryovial § 2 campioni di tessuto neoplastico congelate in cryomold OCT § 2 campioni di tessuto peritumorale congelate in cryomold OCT § 2 campioni di tessuto normale congelate in cryomold OCT § 14 campioni di sangue in cryovial § 4 campioni di urine in cryovial Le aliquote di ogni campione verranno conservate in 2 freezer distinti, in modo da avere, in ogni freezer: § 1 campione di tessuto neoplastico in cryovial § 1 campione di tessuto normale in cryovial § 1 campione di tessuto peritumorale in cryovial § 1 campione di tessuto neoplastico congelata in cryomold OCT § 1 campione di tessuto peritumorale congelata in cryomold OCT § 1 campione di tessuto normale congelata in cryomold OCT § 7 campioni di sangue in cryovial § 2 campioni di urine in cryovial Il freezer conterrà: § 336 scatole per cryovials § 168 scatole per cryomolds con pezzo congelato in OCT Totale campioni in cryovial Ogni scatola per cryovials contiene 100 cryovials ð 100x336 = 33600 cryovials totali; considerando di raccogliere, per ogni caso, tessuto neoplastico, peritumorale e normale, sangue e urine ð 33600/12 = 2800 casi Totale campioni in cryomold Ogni cryobox senza divisori interni può contenere 50 cryomolds ð 168x50 = 8400 cryomolds totali; considerando di raccogliere, per ogni caso, tessuto neoplastico, peritumorale e normale ð 8400/3 = 2800 casi Ipotizzando quindi la raccolta di 2 casi/giorno ð verranno inseriti in un freezer: 2 casi/giorno 250 giorni x 2 casi/giorno = 500 casi/anno Stima tempo riempimento freezer: 2800 casi totali/500 casi anno = 5.6 anni In conclusione due unità di criopreservazione offriranno la possibilità di criopreservare biomateriali tissutali per 5-6 anni.

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Garanzia di intervento d’emergenza

È indispensabile garantire che in caso di guasto delle apparecchiature di criopreservazione vi sia personale reperibile 24 h su 24h in grado di trasferire i biomateriali dai sistemi in avaria a quelli di riserva. A tal fine saranno disponibili nei locali ove sono localizzati i freezer le procedure scritte da seguire in caso di emergenza. Tali procedura saranno improntate a criteri di completezza e facilità d’uso e attuazione.

9.5.4 Strumentazione per controllo qualità dei campioni Per documentare la qualità dei materiali si prevede di analizzare l’integrità dell’RNA presente negli stessi, utilizzando un sistema che valuta quantitativamente e qualitativamente le subunità ribosomiali dell’RNA stesso. A tale scopo è necessario acquisire lo strumento Bioanalyzer, della ditta Agilent Biotechnologies.

9.5.5 Sistemi di archiviazione dei materiali biologici fissati e inclusi e dei vetrini

Blocchetti in paraffina Sulla base di una raccolta di 500 campioni anno si può prevedere un massimo di 1500 blocchetti in paraffina che debbono essere archiviati in appositi raccoglitori. Quelli usualmente disponibili consentono la archiviazione di 1800 blocchetti, e quindi si rende necessario l’acquisto di 4-5 raccoglitori per soddisfare le necessità dei primi 5 anni.

Vetrini istologici Sulla base di una raccolta di 500 campioni anno si può prevedere un massimo di 4000 preparati istologici derivanti sia dai campioni inclusi in paraffina che dai campioni criopreservati in OCT. I vetrini debbono essere archiviati in appositi raccoglitori. Quelli usualmente disponibili consentono la archiviazione di 6500 vetrini, e quindi si rende necessario l’acquisto di 3 raccoglitori per soddisfare le necessità dei primi 5 anni.

9.5.6 Archivio documentazione cartacea Data la natura sensibile delle informazioni contenute nella documentazione cartacea che accompagna i campioni nella fase di accettazione degli stessi, è indispensabile che essa sia custodita in armadio metallico con serratura. Tale armadio sarà inoltre localizzato nel locale ad accesso controllato ove saranno localizzati i freezers.

9.5.7 Sistema per allestimento Tissue Microarrays Attualmente nella U.O. di Anatomia Patologica è disponibile uno strumento per l’allestimento di Tissue Microarrays. Tuttavia si tratta di uno strumento obsoleto e con necessità di interventi di manutenzione frequente. Pertanto si ritiene indispensabile programmare l’acquisto di uno strumento di nuova generazione semiautomatico, con associato sistema di gestione dei dati.

9.5.8 Sistema per la creazione di archivi digitali delle immagini Per casi selezionati può essere utile disporre di sistemi per la creazione di archivi virtuali di immagini relative ai campioni archiviati. Tali archivi sono attualmente implementabili con due diverse modalità:

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a. statica: creazione di gallerie di immagini utilizzando fotografie digitali ad alta definizione b. dinamica: creazione di casi virtuali utilizzando scanner di vetrini che consentono la creazione di vetrini virtuali I due sistemi comportano la necessità inoltre di avere a disposizione uno spazio su un server per la archiviazioni delle immagini. La strumentazione nei due casi è differente, in quanto per il sistema dinamico è necessario un microscopio di alta qualità dotato di apposita macchina fotografica e di schermo ad alta definizione, mentre nel secondo caso è necessario uno scanner digitale, quale quello fornito dalla ditta Aperto. Questa seconda opzione risulta preferibile per la possibilità di avere una visione totale del preparato istologico e inoltre il sistema è dotato di software di analisi di immagine che può essere applicato anche alla analisi di preparati istologici ottenuti con la tecnica di tissue microarrays.

9.6 Locali

9.6.1 Sede delle attività di direzione e segreteria Nella prevedibile strutturazione della biobanca come dal presente progetto, la Direzione avrà sede presso la U.O. di Anatomia Patologica della APSS. Analogamente le attività di segreteria potranno essere intergrate con le attività di segreteria della U.O. di Anatomia Patologica.

9.6.2 Sede dei sistemi di criopreservazione Attualmente i sistemi di criopreservazione della U.O. di Anatomia Patologica sono situati in un locale al piano terra del Corpo Stellare dell’Ospedale S. Chiara di Trento. Tale locale è tuttavia insufficiente ad accogliere gli ulteriori sistemi di criopreservazione da acquisire per la Biobanca e inoltre non presenta le condizioni di ventilazione e climatizzazione necessari all’ottimale funzionamento degli apparecchi. Nella ristrutturazione della U.O. di Anatomia Patologica è prevista la allocazione di uno spazio per la biobanca nei locali attualmente adibiti a studi/laboratori, verosimilmente nella porzione iniziale ovest dell’attuale sede. Si tratta di locali climatizzati, utili a garantire la miglior funzionalità dei freezers. Si prevede l’uso di un locale di circa 30 mq.

9.6.3 Sede degli archivi cartacei e della strumentazione informatica Gli archivi cartacei saranno conservati in armadio metallico con serratura, che a sua volta sarà posto nel locale sede dei criocontenitori della biobanca. Nello stesso locale saranno posti un personal computer collegato in rete con la LAN ospedaliera e la stampante per etichette.

9.6.4 Sede degli archivi di blocchetti e vetrini e della strumentazione per allestimento di TMA e per la creazione di casi virtuali.

Gli schedari di archivio di blocchetti e vetrini saranno conservati in archivi dedicati, che a loro volta saranno posti nel locale sede dei criocontenitori della biobanca. Analogamente la strumentazione per creare i tissue microarrays e i casi virtuali potranno trovare sede nello stesso locale. Sulla base delle previsioni fatte (utilizzo di 3 freezers).

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9.7 Consumabili e piccola strumentazione

Piccola strumentazione per raccolta e conservazione dei materiali Le modalità di prelievo e manipolazione dei campioni differiscono da quelle usuali per il campionamento dei pezzi chirurgici e quindi è necessario disporre di

Bisturi con lame sterili Pinzette Punchs Telini in materiale adeguato alle necessità di prelievo in condizioni di pulizia

Cryovials, cryomolds e straws Si tratta dei contenitori, a tubo o a cassettina, in cui conservare i campioni. Si tratta di contenitori in materiali adeguati a contenere i campioni a basse temperature. Dopo analisi della strumentazione disponibile si opta di acquisire cryovials con tappo a vite esterno quali quelle fornite dalla ditta Nalgene. Per le cryomolds si opta di acquisire tre diversi modelli con diversa capacità di contenimento dei campioni per adeguarsi alle possibili diverse forme dei frammenti da conservare. Le cryomolds sono prodotte e distribuite da Cryobiosystems; tale produttore, unico sul mercato, sta studiando la possibilità di modificare l’attuale modello (privo di coperchio) con un modello più adeguato alle nostre esigenze (chiudibile in modo simile alle biocassette). Per i campioni di liquidi biologici si opta per la conservazione in cryovials ed eventualmente straws. Analogamente le straws che verranno utilizzate per i campioni di sangue e liquidi biologici, sono prodotte dalla Cryobiosystems. Si prevede di utilizzare 11000 (tessuti+sangue+urine) cryovials, 3000 cryomolds per anno.

Scatole per conservazione in freezer Si tratta dei contenitori in cui conservare cryovials, cryomolds e straws. Dopo analisi della strumentazione disponibile si opta di acquisire scatole in materiale plastico quali quelle fornite da dalla ditta Nalgene. Si prevede di utilizzare 170 scatole per anno.

Biocassette, lame monouso e vetrini istologici e allestimento dei preparati istologici Si tratta dei contenitori per i frammenti tissutali da processare secondo i protocolli routinari (formalina e inclusione in paraffina), delle lame per microtomo necessarie a tagliare i blocchetti e dei vetrini istologici per montare le sezioni. Si prevede di utilizzare 7500 biocassette, 1500 lame e 4000 vetrini per anno. Nell’insieme tali materiali verranno utilizzati nell’attuale Laboratorio di Istologia della U.O. di Anatomia Patologica sfruttando la strumentazione base del laboratorio stesso (processatori per tessuti, centraline di inclusione e microtomi). Si può prevedere che le attività della Biobanca incidano per un 1% sull’attività della U.O. di Anatomia Patologica.

Aghi per Tissue microarrays La costruzione di tissue array blocks, cioè dei blocchetti in paraffina contenenti numerosi frammenti tissutali, richiede, oltre alla disponibilità dello strumento, di una

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notevole perizia tecnica e l’uso di specifiche coppie di aghi che hanno una certa usura. Si può prevedere di utilizzare circa 10 coppie di aghi anno.

Kits di estrazione di RNA Per le procedure di controllo della integrità dell’RNA è necessario acquisire dei kits di estrazione specifici sia per quanto attiene ai tessuti che alla frazione corpuscolata del sangue.

Sistemi di prelievo, raccolta e manipolazione di sangue Per il prelievo del sangue occorre utilizzare provette specifiche con e senza anticoaugulanti a seconda della tipologia di materiale che si vuole raccogliere (sangue intero o siero). Una volta prelevato, il sangue viene separato nelle sue componenti che vengono aliquotate in cryovials. Si può prevedere di utilizzare circa 1500 provette anno per il prelievo e 6500 cryovials anno per lo stoccaggio del sangue.

Sistemi di prelievo, raccolta e manipolazione di urine Per il prelievo delle urine occorre utilizzare contenitori sterili. Una volta prelevate, le urine vengono centrifugate e il surnatante viene aliquotato in cryovials. Si può prevedere di utilizzare circa 500 contenitori sterili anno per la raccolta e 1500 cryovials anno per lo stoccaggio delle urine.

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10 Criticità Il progetto presenta caratteristiche innovative sia per la propria natura scientifica che per il coinvolgimento di vari attori. Tale ultimo aspetto comporta il coinvolgimento di operatori in campo sanitario e dei pazienti/donatori, che se non adeguatamente informati e motivati possono pregiudicare la buona riuscita della raccolta dei biomateriali.

10.1 Coinvolgimento dei sanitari Varie sono le figure di operatori sanitari coinvolti, la cui motivazione è fondamentale per la ottimale raccolta di biomateriali e dei dati. In prima istanza vi sono il personale medico e sanitario dei reparti di degenza, ed in particolare delle U.O. di Chirurgia. Infatti sarà prevalentemente quella la sede del reclutamento dei donatori di tessuti, che dovranno essere debitamente informati prima della raccolta del consenso ed il loro nominativo segnalato al personale addetto alla Biobanca. È ipotizzabile che nella fase di avvio della raccolta dei biomateriali si proceda con una certa gradualità, attivando le procedute inizialmente su ambiti limitati, per coinvolgere progressivamente un maggior numero di operatori. Ad esempio, nella fase di finale del presente studio di fattibilità si è proceduto alla raccolta di alcuni tipologie di biomateriali (sangue e tessuti di polmone e colon di pazienti operati per patologia neoplastica), sfruttando alcuni progetti di ricerca già avviati e approvati dal Comitato Etico dell’Ospedale S. Chiara di Trento. Tale fase di prova, ha consentito di avviare alcune procedure che ora possono essere definite come acquisite e funzionali, e che potranno venir estese ad altri ambiti. Si è anche constata la necessità di supportare le attività di raccolta del consenso tramite personale dedicato della biobanca. Di grande importanza è successivamente la partecipazione del personale di sala operatoria: qui deve essere attivata una procedura di rapido trasferimento dei campioni presso la U.O. di Anatomia Patologica, ove saranno effettuati i campioni. Per ottenere il massimo di affidabilità in questa fase è necessario che il personale addetto alla biobanca possa avere a disposizione in anticipo le liste operatorie, così come avviene attualmente per il personale della U.O. di Anatomia Patologica. In tal modo il personale stesso può attivarsi al fine di facilitare il trasporto immediato dei campioni, facilitando il lavoro del personale di sala e assicurando il tempestivo trasporto dei biomateriali. Una volta giunto il campione nella U.O. di Anatomia Patologica è compito dei Patologi effettuare un esame dei campioni operatori giunti per valutare se e come effettuare i campioni da conservare nella biobanca. Tale attività deve potersi svolgere senza interferire con le procedure e la tempistica della diagnostica routinaria. I Patologi devono essere motivati ad effettuare i campioni con le modalità (tempistica e “pulizia” dei prelievi) descritte nella sezione delle procedure del presente progetto. Si tratta di un aggravio delle usuali procedure diagnostiche effettuate dal personale della U. O. di Anatomia Patologica, che necessita di un suo tempo ed impegno, e pertanto è di fondamentale importanza disporre di personale di supporto della biobanca, per la manipolazione dei campioni e la gestione dei dati. Infine è molto importante che siano adeguatamente motivati i clinici cui spetta il compito di fornire le informazioni cliniche (terapeutiche e di follow-up) dei pazienti/donatori.

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10.2 Coinvolgimento della popolazione Per ottenere la massima adesione dei pazienti alla donazione dei tessuti, è importante offrire la massima informazione possibile alla popolazione nel suo insieme, come già accennato al punto ( del presente progetto. Come si è detto è utile a tal fine intervenire sulle organizzazioni di volontariato e su quelle rappresentative delle istanze dei pazienti e possibilmente anche sui mezzi di comunicazione. Brevi articoli sui bollettini delle associazioni e sui giornali locali, possono far conoscere e spiegare gli obiettivi della biobanca, favorendo quindi una “cultura della donazione”, ed impedendo il crearsi di immotivate paure o prese di posizione contrarie alla raccolta dei biomateriali. Analogamente può svolgere un ruolo importante il sito web della biobanca, che può rappresentare una via di informazione aggiornata e di facile reperimento per chiunque voglia approfondire le problematiche connesse alla attività di biobanking. Si ritiene importante inoltre dare visibilità ai risultati che verranno ottenuti, al fine di rendere trasparente e manifesta l’utilità della biobanca e delle sue attività.

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11 Servizi offerti La raccolta dei biomateriali e la loro conservazione sono da intendersi principalmente come un “servizio” alla ricerca. Pertanto è fondamentale valutare come tale attività possa svolgersi in modo ottimale, attraverso una gamma di servizi. Tali servizi saranno offerti in prima istanza alle U.O. della Azienda Sanitaria per i Servizi Sanitari di Trento. Per tali fruitori non è previsto alcun costo. Per le istituzioni esterne che vorranno fruire di tali servizi, si può prevedere una doppia modalità. Una modalità è in forma di collaborazione scientifica con una U.O. della Azienda Sanitaria per i Servizi Sanitari di Trento, e quindi in tale ottica gratuita; l’altra modalità sarà in forma di esclusiva fornitura di un servizio, e pertanto gravata da un costo che verrà imputato sulla base delle caratteristiche e delle quantità dei biomateriali richiesti.

Tali servizi, come più sotto specificato, saranno comunque forniti a seguito di una richiesta scritta secondo un modulo predisposto.

11.1 Cessione dei biomateriali I biomateriali saranno utilizzabili a fini di ricerca sia da Laboratori della Azienda Provinciale per i Servizi sanitari sia da altre Istituzioni. Data la limitatezza, il valore scientifico intrinseco ed il costo di conservazione dei biomateriali, il loro utilizzo dovrà essere opportunamente regolato.

11.1.1 Modalità di accesso ai materiali I biomateriali saranno messi a disposizione solo su presentazione di un progetto di ricerca. Non sarà possibile la cessione dei materiali senza una precisa definizione del loro utilizzo. Potranno accedere ai biomateriali sia Istituzioni di carattere scientifico/accademico pubbliche o private strutture di tipo industriale. Sarà ritenuto un elemento prioritario di valutazione il fatto che il progetto sia presentato da parte di Istituzioni sanitarie o di ricerca provinciali. Analogamente sarà ritenuto un elemento prioritario di valutazione il fatto che il progetto presentato da Istituzioni diverse, preveda il coinvolgimento attivo di Istituzioni sanitarie o di ricerca provinciali (progetti cooperativi). Saranno privilegiati inoltre gli studi che, per il loro disegno e risultati attesi, potranno portare a benefici per la popolazione trentina. Le istituzioni interessate ad accedere ai biomateriali dovranno presentare una domanda al Comitato Scientifico della Biobanca, corredata di una descrizione del progetto di ricerca che intendono svolgere sul materiale stesso. Nella domanda dovrà essere specificato il ricercatore responsabile del progetto, con un suo curriculum vitae, descritto il progetto secondo le usuali prassi (background, metodi di indagine, risultati attesi), descritta la casistica che si intende richiedere, e sottoscritto un impegno a riconoscere in una eventuale pubblicazione la provenienza dei biomateriali. Sarà richiesto un impegno a non utilizzare i biomateriali a scopi commerciali, né di cederli a terzi con tali finalità. Sarà inoltre richiesta ai ricercatori di restituire ogni eventuale biomateriale residuo dopo lo studio e sarà richiesto di comunicare i risultati principali delle analisi da loro effettuate, al fine di poter implementare il database dei dati disponibili per i biomateriali conservati. Il contributo dei sanitari della Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari coinvolti nella Biobanca dovrà essere riconosciuto in modo corretto ed esplicito in una eventuale pubblicazione dei risultati dello studio in accordo con le norme “Uniform

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requirements for Manuscript as Submitted to Biomedical Journals”, prodotte dall’International Committee of Manuscript Journal Editors30.

Valutazione dei progetti I progetti di ricerca che verranno presentati alla Biobanca dovranno essere valutati dal Direttore della Biobanca con l’eventuale ausilio di un advisory board e di un Comitato scientifico. La accettazione di un progetto e quindi la cessione dei biomateriali sarà subordinata alla approvazione sulla base della adesione ai criteri del codice etico della biobanca e sulla base di una graduatoria basata su criteri di validità scientifica dei progetti presentati. Il Direttore consentirà l’utilizzo dei biomateriali secondo tale graduatoria. In linea di massima, la graduatoria terrà presenti vari elementi dei progetti, cui verrà dato un punteggio numerico, e la somma finale costituirà l’elemento per stilare la graduatoria (cfr Modulo di richiesta e accettazione biomateriali in Appendice). Il Direttore sarà responsabile della adesione del progetto al rispetto del codice etico e alla corrispondenza dell’utilizzo dei campioni in modo conforme alle volontà espresse dal paziente all’atto del consenso. Gli elementi oggetto di valutazione saranno:

validità scientifica del proponente

interesse della ricerca proposta

originalità della ricerca proposta

adeguatezza dei metodi (tecnologici/statistici) e delle risorse (economiche/logistiche) a rispondere agli obiettivi delle ricerca.

I biomateriali, a parità di valore scientifico del progetto presentato, saranno prioritariamente concessi ai progetti presentati da Unità Operative della Azienda per i Servizi sanitari e da Istituzioni locali ovvero da progetti presentati da Istituzioni diversa ma che prevedano una attiva partecipazione cooperativa al progetto stesso di Unità Operative della Azienda per i Servizi sanitari e di Istituzioni locali.

A tal fine si predispone una bozza di modulo per la presentazione dei progetti, che sarà disponibile sia in Italiano che in Inglese, e sarà scaricabile in formato elettronico dal sito web della biobanca. Sul sito saranno inoltre disponibili in modo trasparente sia i criteri di valutazione dei progetti, sia l’elenco dei progetti approvati. Sul sito saranno inoltre disponibili dei report sui risultati ottenuti dai vari progetti.

Il Direttore della Biobanca in relazione alle necessità di valutazione dei progetti presentati, si avvarrà di esperti esterni cui sottomettere i progetti. A tale scopo, anche al fine di ridurre i costi, saranno possibilmente utilizzati strumenti informatici che rendano possibile la comunicazione per via telematica.

Qualora, nella progressiva implementazione della raccolta ed attività della biobanca, la entità e complessità dei progetti di ricerca presentati fosse tale da rendere necessaria una attività continuativa e rilevante nella loro valutazione, si renderà necessario istituire e definire un Comitato scientifico. Tale comitato si potrà avvalere di esperti designati dalla

30 Annals of Internal Medicine 1988, 108, 258-304

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Azienda Provinciale per i Servizi sanitari, dalla Fondazione Kessler/ITC, dall’Università degli Studi di Trento e di esperti esterni di riconosciuta esperienza in ambito di ricerca scientifica.

Alle Istituzioni cui verranno concessi i biomateriali sarà richiesto di restituire i biomateriali non utilizzati, di fornire informazioni relativamente a dati emersi dalla ricerca che possano essere di significato clinico per i pazienti donatori, di fornire informazioni dettagliate sui risultati della ricerca sui singoli biomateriali, di preparate un report finale sui risultati globali della ricerca, secondo un modello che verrà predisposto.

11.2 Conservazione di biomateriali per conto terzi È ipotizzabile che la biobanca possa svolgere una attività di crioconservazione di biomateriali per conto di altre Istituzioni.

11.3 Estrazione di componenti (DNA, RNA, Proteine) La Biobanca si potrà dotare nel tempo delle strumentazioni necessarie ad una processazione dei biomateriali, al fine di poterne estrarre le componenti biochimiche, per i fini istituzionali della biobanca e per le procedure di controllo di qualità. Nella fase iniziale tali attività saranno svolte in accordo con il Laboratorio di Patologia Molecolare della U.O. di Anatomia Patologica dell’Ospedale di Trento. Presso tale Laboratorio sono infatti attualmente disponibili le capacità tecnologiche e di risorse umane in grado di effettuare estrazioni di DNA e RNA. Qualora tali procedure di estrazione fossero richieste da Istituzioni esterne alla biobanca, il loro relativo costo sarà imputato al progetto presentato, sulla base di un rapporto di cessione di prestazione da concordare in base alla entità della prestazione con gli organi preposti della Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari.

11.4 Allestimento di Tissue Microarrays I materiali raccolti e fissati potranno essere utilizzati per l’allestimento di Tissue Microarrays. Questa tecnologia consente di studiare facilmente l’espressione genica in grandi serie di tessuti umani con metodiche di analisi in situ per molteplici marcatori biomolecolari, quali la immunoistochimica o le metodiche di ibridazione degli acidi nucleici. Il metodo TMA si basa sul prelievo di piccoli frammenti di tessuto tumorale fissato ed incluso in paraffina con un sistema di “carotaggio” e di allineare tali frammenti in un aggregato a struttura matriciale in un nuovo blocchetto di paraffina appositamente costruito, mantenendo chiaramente identificabili i frammenti tessutali e associandoli in modo univoco ai relativi dati di tipo patologico e clinico. In tal modo si possono analizzare contemporaneamente diverse centinaia di frammenti tumorali con notevoli vantaggi di economia (di tempo, reattivi e tessuti) e di riproducibilità degli esperimenti.

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Figura 9: tipico aspetti di blocchetti per TMA

L’interesse per la tecnologia TMA nasce dalla necessità di poter consentire il più rapido ed efficace trasferimento alla analisi in situ sui tessuti dei risultati ottenuto dalle tecnologie ad alta densità di informazione di genomica e proteomica. Infatti nell’ambito del progetto genoma umano del National Human Genome Research Institute (http://www.nhgri.nih.gov) esiste uno specifico progetto di TMA (Tissue Microarray Project) per consentire l’integrazione dei dati genomici con quelli tessutali. Nella nostra personale esperienza, abbiamo già intensamente lavorato con tale tecnologia, inizialmente con un progetto sostenuto dalla Lega Italiana per la Lotta ai Tumori – Progetto Trentino Oncologia e poi con un progetto sostenuto dal Ministero della Salute, di cui Il Dr. Mattia Barbareschi è stato il responsabile scientifico 31. In tale ambito si è acquisita la strumentazione base (peraltro ora in fase di obsolescenza per la comparsa di strumentazioni più funzionali), la capacità tecnica di allestire i Tissue Blocks e di analizzarli, e si è sviluppato un sistema di archiviazione e gestione dei dati raccolti. Il sistema è composto da un sistema web per la raccolta e la condivisione di dati multimediali riguardanti esperimenti con tecnica Tissue Microarray (https://bioinfo.itc.it/TMA) e da un sistema per l’acquisizione e la valutazione automatica dei preparati Tissue Microarray32. Nell’ambito del presente progetto, l’allestimento di Tissue arrays è ritenuta una delle attività di interesse prioritario: essa si configura come una delle attività di controllo di qualità in quanto è possibile effettuare controlli sulla preservazione della antigenicità di numerosi campioni utilizzando un unico blocchetto TMA, sia come attività di servizio che di ricerca. Qualora tali procedure di allestimento e taglio di blocchetti TMA fossero richieste da Istituzioni esterne alla biobanca, il loro relativo costo sarà imputato al progetto presentato, sulla base di un rapporto di cessione di prestazione da concordare in base alla entità della prestazione con gli organi preposti della Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari. Si predispone un modulo ad hoc per la richiesta di sezioni di TMA e per la costruzione di TMA secondo esigenze personalizzate.

31 “Analisi di espressione e alterazioni geniche mediante tecnica di “Tissue Microarray”, Progetto finanziato nell’ambito dei “Programmi speciali” – art. 12 bis, comma 6, d.lgs. 229/99 32 “I progetti di ricerca sanitaria finalizzata in Trentino”, Punto Omega, anno VI, n. 15/2004, pag 77

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11.5 Partecipazione alle spese

I campioni saranno messi a disposizione gratuitamente per tutti i progetti che vedano attivamente coinvolti i Sanitari della Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari. Alle altre Istituzioni proponenti un progetto di ricerca sarà richiesto un contributo economico per la cessione dei campioni. Tale contributo non rappresenterà una valorizzazione commerciale dei campioni stessi, ma unicamente una partecipazione alle spese di gestione della biobanca. Tale contributo sarà valutato sulla base dei campioni richiesti, sulla base delle caratteristiche dei campioni stessi (campioni preservati per un tempo maggiore avranno un costo maggiore) e sulla base dei dati patologici/clinici/molecolari richiesti. È inoltre ipotizzabile una differenziazione dei costi in funzione delle caratteristiche della Istituzione proponente (accademica vs. industriale). Le spese di trasporto dei biomateriali saranno invece sempre a carico delle Istituzioni richiedenti i biomateriali.

Per una quantificazione del contributo che verrà richiesto per singolo campione, può essere opportuno valutare quali sono i costi di analoghi servizi offerti da biobanche attualmente esistenti. Il progetto TUBAFROST ha approfondito l’argomento nel documento 6.333. Secondo tale analisi il costo per campione dovrebbe essere tra i 70 e 100€ per i campioni congelati, 20 dei quali verosimilmente da utilizzare per il mantenimento del network. Il consorzio Tubafrost prevede inoltre un costo di 7 – 15€ per le sezioni istologiche di campioni in paraffina.

Nello studio statunitense descritto nel National Biospecimen Network Blueprint 34 si ipotizza che il costo che i ricercatori ritengono adeguato per compensare i costi dei gestione

33 TUBAFROST Deliverable D 6.3: On the basis of the sample turnover and number of requests made in these two years a contribution can be based on samples and requests made at the TuBaFrost Central database facility. In order to establish a price for each requested sample, compensation costs both for collectors and the TuBaFrost network should be considered. In this sense, we defined, what concepts need to be included in the estimation of the direct and indirect costs generated by the processing of stored samples. These consist of: Handling of the sample (compensation for collector): - Sample processing in accordance with to the TuBaFrost Standard Operating Procedures (SOP)1, 2, from when the sample arrives at the department of pathology until it is stored in the tissue repository. - Maintenance of the sample in the repository. - Distribution of the tissue to the requestor institutes. It was decided that this concept should not be included in the estimation costs because as was stated by the TuBaFrost consortium: “The collector institutes will be responsible for organizing the sample transportation to the requestor institute. However, the requestor will assume the total costs”3, 4. - Diagnosis of the sample. It was considered that this would not to be included in the final cost because it is a task that is necessarily done in the context of the clinical management of the patients. TuBaFrost infrastructure (compensation for TuBaFrost Network): - Web server maintenance. - Central office management. - Virtual tumor bank database. Hence, taking into account the estimated direct and indirect costs of the collector and the network, as well as the competition in the field, it was concluded that the estimated price would range from € 70 to € 100 per sample [] In the case that paraffin blocks are requested …extra charges for cutting may range from € 7 to € 15 per block. 34 National Biospecimen Network Blueprint, Andrew Friede, Ruth Grossman, Rachel Hunt, Rose Maria Li, and Susan Stern, eds. (Constella Group, Inc.,Durham, NC, 2003) Willingness to Pay. The cost of accessing the NBN resource should not be prohibitively high. The results of the NDC-NCI questionnaire administered at AACR showed that 85.3 percent of respondents would be willing to pay between $20 to $100 per specimen for well-characterized biospecimen samples with definitive associated patient clinical data.

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dei biomateriali possa variare da 20$ a 100$, quando i biomateriali siano associati a dati clinici accurati, giungendo fino a 500$ se ai dati clinici si aggiungono dati molecolari.

La biobanca del CNIO di Madrid richiede un contributo di 15€ a campione, mentre per ogni altre attività richiesta viene concordato un valore appropriato alla attività stessa.

Per quanto attiene alla valorizzazione delle sezioni di blocchetti di TMA si può fare riferimento ai prezzi di tali sezioni in ambito commerciale. Vi sono numerose ditte che commercializzano tali arrays: i costi sono generalmente elevati, con incrementi esponenziali in rapporto ai dati che vengono forniti assieme ai tessuti. Ad esempio la ditta US Biomax35, distribuita in Italia da DBA (http://www.dbaitalia.it) offre sezioni di TMA da 45 a 225$ per sezione, a seconda del numero e tipologia dei campioni. Analogamente la ditta Tissue arrays.net36 offre sezioni di TMA a costi compresi tra 30 e 350 $ per sezione. Ovviamente si tratta di situazioni di tipo commerciale, non paragonabili direttamente a quelle di una istituzione quale quella di una biobanca come prospettata nel presente progetto, ma rendono comunque una idea della importanza e interesse per tali materiali, che potrebbero essere comunque ceduti alle Istituzioni richiedenti, dietro versamento di un corrispettivo adeguato. È da notare che il costo piuttosto elevato di tali sezioni deriva da un lato dalla difficoltà di reperire tali materiali e dall’altra dalla difficoltà tecnica di allestirli adeguatamente. Peraltro, facendo riferimento ad una struttura non commerciale, il Tissue Array Research Program (TARP) del National Cancer Institute statunitense, offre sezioni di TMA, senza informazioni cliniche relative, al costo di 50 dollari l’una 37.

Additionally, a demand for research data provided along with specimens was noted, as stated above. Approximately 69 percent of respondents were willing to pay between $100 to $500 per specimen for wellcharacterized biospecimen samples with definitive associated patient data accompanied by standardized gene expression by DNA microarray data. Costs. The estimated cost of a sample varies by how much information accompanies it. There will also be economies of scale: A full freezer costs as much to operate as one that is one-quarter full. Experience has shown that collecting human specimens for research can cost between $70 and $2,000 per specimen shipped, depending on the degree of annotation. Determining the precise cost per specimen is difficult since there are many complexities. A single case (patient specimen) can yield multiple research samples. Providing 250,000 samples at $200 each would have an annual cost of roughly $50 million (exclusive of start-up costs). The cost would of course scale if the marginal cost of specimens were greater than $200. By comparison, approximately $40 million per year is allocated currently by the NIH to extramural programs for “tissue banks.” Charge for Use. Some of the costs for annotation, storage, and distribution could be recaptured through charges to researchers. Note that what is charged or paid by the user may be more or less than cost. Charges could also be used to provide incentives for certain behaviors. For example, researchers at academic institutions who provide specimens and data to the NBN could be charged a lower amount for usage. Similarly, users who provide their research data might be charged a lower fee than those who do not. Charges might be higher for more intensive users of data, or for those who use harder-to-obtain or more desirable samples. Whether the charges to industry and academia should be identical, cost-recovery considerations, and final pricing for general and subsets of NBN biospecimens, remain to be determined. 35 http://www.biomax.us/tissue-array.php?gclid=CKi2loyM7oUCFSNJQgodJFkSxg#typelegend 36 http://tissue-array.net/tissue-arrays.php 37 http://dtp.nci.nih.gov/tarp.html

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12 Analisi dei costi Di seguito riportiamo una breve descrizione dei costi previsti per la attivazione e gestione della biobanca. Tale analisi è stata utilizzata per la “Valutazione dei costi – Health technology assessment.”

12.1 Sistemi di criogenia Si prevede l’acquisto di sistema di congelamento in isopentano a -55°C quale quello offerto dalla ditta Shandon, Histobath®. Tale strumento è da considerare una priorità nell’acquisto. Costo dello strumento: 7.200 €. Esiste una versione per il mercato americano di costo inferiore di cui si sta valutando l’utilizzabilità nel nostro contesto.

12.2 Etichettatrice e lettore di codice a barre Si prevede l’acquisto di sistema di etichettatrice con inchiostri resistenti alle basse temperature, quale quella fornita dalla ditta SIGMA. Si prevede anche l’acquisto di due lettori per codici a barre. Tale strumenti sono da considerare prioritari nell’acquisto.

12.3 Criopreservazione

12.3.1 Sistemi di criopreservazione dei materiali in relazione ai volumi di raccolta previsti

La U.O. di Anatomia ed Istologia Patologica dell’Ospedale S. Chiara dispone già di due unità di criopreservazione freezer a -80°C, una delle quali, a disposizione verticale, di recente acquisizione e l’altra, a disposizione orizzontale, con oltre 10 anni di esercizio. E necessario l’acquisto di due unità di criopreservazione freezer a -80°C, uno dei quali da acquisire all’atto dell’attivazione della biobanca e l’altro nel corso del tempo per sostituire lo strumento di ormai lunga usura. Il costo di ogni singola unità di criopreservazione completa di suddivisione interne e allarmi è stimabile in 15.000 €. L’acquisto del primo freezer è da considerare una priorità nell’acquisto. Con tale dotazione strumentale si prevede di essere operativi per circa 5 anni (vedi stima riempimento freezer).

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12.3.2 Criopreservazione in appalto

Una possibilità di criopreservazione dei materiali è quella offerta dalla ditta Biorep di Milano (www.biorep.it). Abbiamo chiesto una proiezione di costi per lo stoccaggio di campioni presso tale struttura. L’ipotesi di spesa per 1000 aliquote/anno è di 5.800€ per il primo anno, 8.600€ per il secondo, 11.400€ per il terzo, 14.200€ per il quarto e 17.000€ per il quinto anno, per un costo complessivo per 5 anni di 57.000€.

Nella attuale ipotesi di attivazione della biobanca, non si è ritenuto di voler perseguire questa ipotesi, in quanto nettamente più onerosa rispetto alla implementazione del sistema presso l’U.O. di Anatomia Patologica, pur presentando tale ipotesi degli interessanti aspetti riguardanti la sicurezza della catena del freddo. Potrebbe essere considerata una opzione interessante per la conservazione di particolari biomateriali, di rilevante interesse di cu isi desiderasse disporre di un deposito di back-up.

12.4 Strumentazione per controllo qualità dei campioni È necessario acquisire lo strumento Bioanalyzer della ditta Agilent Biotechnologies, il cui costo è di 15600€. Tale strumento è da considerare una priorità nell’acquisto.

12.5 Archivi per documentazione cartacea Un armadio metallico con serratura del costo di 300€.

12.6 Archivi per blocchetti e vetrini istologici Sulla base delle esigenze previste per i primi 5 anni di attività della biobanca si ritiene necessario acquisire 4-5 raccoglitori per blocchetti in paraffina e 3 per vetrini istologici, il costo di tali raccoglitori è di 365€ per ciascun modulo di raccolta per i blocchetti in paraffina e di 255€ per ciascun modulo di raccolta dei vetrini istologici.

12.7 Sistema per allestimento Tissue Microarrays Presso la U.O. di Anatomia Patologica si dispone di uno strumento per la costruzione di TMA, che tuttavia è obsoleto e talora impreciso. Si ritiene utile programmare l’acquisto di uno strumento per la costruzione di TMA di nuova generazione semiautomatico. Tali strumenti hanno un costo di circa 50.000€ e ve ne sono di vari tipi in commercio, ciascuno con caratteristiche particolari, per esempio della ditta Aphelion e Biorep, che ne rendono particolarmente agevole l’uso. Si ritiene che tali strumenti possano avere una priorità media di acquisto.

12.8 Supporti informatici: hardware e software

Per la versione prototipale del sistema sarà sufficiente un PC connesso alla rete ospedaliera, il cui acquisto è già stato effettuato. Nella versione definitiva, il sistema gestionale sfrutterà un sistema di server, all’interno della rete ospedaliera. Si riportano in sintesi gli estremi del preventivo per la costruzione del sistema definitivo proposta di M.T.T., che si allega.

12.8.1 Acquisto di software e hardware Lato software: si deve considerare l’acquisto del server Db Oracle con licenze adeguate all’applicativo che si andrà a sviluppare. Questi sono esempi di due tipi di licenze: q licenza Named User Plus (minimo 5 client): 125,00€ per utente

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q licenza collegata al processore del server: 4.192,00€ a processore La scelta della licenza dipende molto dall’utilizzo che si intende proporre del sistema; nel caso di pochi e ben determinabili utenti è sicuramente consigliabile la licenza Named User Plus, mentre se gli utenti non risultassero ben identificabili si deve giocoforza ripiegare sulla seconda. Noi prevediamo di acquistare 5 licenze di tipo Named User Plus per una spesa totale di 625,00€. Si prevede inoltre l’acquisto di un server dedicato, il cui valore è stimabile in circa 4000€.

12.8.2 Creazione di un software dedicato alla gestione della biobanca

Nell’ambito della documentazione presentata si allega un preventivo di spesa relativo alla creazione e interfacciamento di un sistema di gestione della biobanca. Tale sistema è previsto nella configurazione ottimale, con una serie di interfacciamene con i sistemi informatici già esistenti presso le Unità Operative coinvolte.

12.8.3 Sito web È già stato registrato il dominio www.biobanca.it e il dominio www.tissuebank.eu che potranno venire utilizzati per la creazione del sito della biobanca. Tali domini sono stati registrati tramite la associazione non lucrativa O.R.S.A., fondata dai medici della U.O. di Anatomia Patologica al fine di supportare le proprie attività di formazione e ricerca. Si tratta ora di costruire il sito e di mantenerlo attivo, aggiornandolo e implementandolo.

12.8.4 Mantenimento/implementazione Per la implementazione ci si potrà avvalere avvarrà della consulenza di M.T.T. Per la gestione ordinaria del sistema informatico non si ritiene necessaria alcuna figura professionale dedicata, bensì si ravvisa la necessità della usuale assistenza tecnica che viene attualmente fornita da Informatica Trentina e dai Sistemi informativi della APSS.

12.9 Consumabili

Cryovials, vacutainer, cryomolds, isopentano, provette per prelievo sangue, … Per i primi 5 anni di attività si prevede di utilizzare: - 15000 cryovials per la raccolta e lo stoccaggio dei tessuti - 15000 cryomolds per la raccolta e lo stoccaggio dei tessuti congelati in OCT - 7500 provette per il prelievo di sangue - 2500 contenitori sterili per la raccolta delle urine - 32500 cryovials per lo stoccaggio del sangue - 7500 cryovials per lo stoccaggio delle urine - 7500 biocassette - 20000 vetrini - 20 litri di isopentano

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12.10 Personale

12.10.1 Responsabile qualità Nella ipotesi descritta la situazione ottimale prevede un laureato in medicina-chirurgia/scienze biologiche con laurea almeno quadriennale con preferenza a corso di laurea in biologia molecolare ovvero un biotecnologo ad indirizzi biomedico con laurea specialistica di secondo livello.

12.10.2 Responsabili tecnico-operativi Nella ipotesi attuale la situazione ottimale prevede un infermiere/a di ricerca e un tecnico/a di laboratorio biomedico a tempo pieno.

12.10.3 Segreteria Una attività segretariale part time potrà essere necessaria in una fase più avanzata della attività della biobanca. Nella fase iniziale non si ritiene necessaria.

12.11 Promozione delle attività di biobanking all’interno dell’Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari

Per l’ottimale funzionamento della biobanca sarebbe auspicabile che essa potesse essere considerata nell’ambito di un progetto obiettivo delle U.O. coinvolte. Tale ipotesi potrebbe ottenere il massimo coinvolgimento dei sanitari che a vaio livello potranno interagire con la biobanca.

12.12 Divulgazione, documentazione e formazione L’attività della biobanca può essere fatta conoscere sia ai sanitari che alla popolazione anche tramite alcune pubblicazioni e o convegni a carattere scientifico-divulgativo. Inoltre per mantenere elevato lo standard qualitativo si può prevedere l’organizzazione di alcuni eventi formativi indirizzati sia al personale medico che al personale tecnico. Il primo evento che è in corso di progettazione è una sessione per tecnici sulle problematiche della biobanca da effettuarsi in autunno 2006, che sarà finanziato dalla Associazione O.R.S.A., associazione senza scopo di lucro, gestita dai medici della U.O. di Anatomia Patologica dell’Ospedale S. Chiara di Trento, con finalità di formazione in ambito biomedico. Il secondo evento, diretto alla comunità scientifica nazionale ed internazionale, è previsto per il periodo febbraio-marzo 2007 e dovrebbe durare di due giorni con la partecipazione di relatori italiani e stranieri.

12.13 Attività interne alla Azienda Provinciale per i Servizi Sanitari Occorre inoltre considerare che vi sono una serie di attività che verranno effettuate nell’ambito della Azienda per i Servizi Sanitari, e che possono essere considerate come co-finaziamento delle attività della biobanca, quali - attività di identificazione dei campioni da conservare ad opera di un medico specialista

in Anatomia Patologica - attività di controllo della funzionalità dei freezers da parte del Nucleo Gestione Impianti

elettrici - disponibilità di locali adeguati con condizionamento dell’aria e dispositivi di continuità

di energia elettrica

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- assistenza tecnica di tipo informatico per la gestione ordinaria della strumentazione - consumo di energia elettrica dei dispositivi di criopreservazione (21 kW/24 ore per

singolo freezer)

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13 Possibili fonti di autofinanziamento Fra le possibili fonti di autofinanziamento della attività di biobanking, possono essere identificate le seguenti: - introiti derivanti dalle attività di cessione materiali - introiti derivanti da fornitura di servizi (estrazioni di componenti,

allestimento/sezionamento di TMA, ..) - conservazione di biomateriali per conto per conto terzi - partecipazione diretta a progetti di ricerca su base competitiva, ove venga definita una

quota di risorse per la gestione dei biomateriali

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14 Health technology assessment – analisi finaziaria La realizzazione e la gestione di una biobanca vengono valutate dal punto di vista economico sotto due profili: in quanto struttura che assorbe risorse e in quanto tecnologia che produce benefici. Nel primo caso si tratta di evidenziare i fattori e conseguentemente i costi necessari per la Trentino Biobank (TB), mentre nel secondo occorre individuare l’intero processo di technology assessment. Quest’ultimo può essere sintetizzato come segue.

Disegno dello studio In relazione a:

• tipologia della Tecnologia • i suoi impieghi • i dati ritenuti disponibili • gli obiettivi dello studio (ad esempio possono essere considerati i costi per la struttura

sanitaria, oppure per l’intero SSN, oppure per la società) • la durata dello studio

si individua:

• lo strumento di analisi (Costo-Efficacia, Costo-Beneficio, Costo-Utilità) • la tecnica di raccolta dei dati (retrospettiva o prospettica) • il campione • gli indicatori di risultato (di efficacia) • la stima dei costi • l’orizzonte temporale per le proiezioni • il modello di simulazione • l’analisi statistica

Nel caso di TB, per mancanza di dati disponibili soprattutto per quanto riguarda i benefici attesi di una biobanca, nonché per l’impossibilità di effettuare uno studio sul campo riguardante l’impatto organizzativo di una struttura di questo tipo (all’interno dell’ospedale, nei rapporti con gli altri servizi della ASL e con gli altri interlocutori sul territorio, ad esempio medici specialisti, potenziali istituzioni richiedenti servizi, ecc.), il disegno è un’Analisi dei Costi, con una integrazione di stima dei possibili ritorni economici in termini di entrate per TB.

Raccolta dei dati e visita esplorativa presso le strutture Si predispone una scheda per la raccolta dei dati presso le strutture sanitarie. I dati principali (sia in termini di risorse - ad esempio la quantità di ore/tecnico per il funzionamento, materiali, ecc- sia in termini di costo - costo del personale tecnico dedicato) sono:

• Costi di acquisto • Costi di funzionamento

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• Costi di manutenzione • Personale dedicato e costo • Ciclo di vita della Tecnologia • Utilizzo della Tecnologia (numero di prestazioni/periodo e tipologie di prestazioni) • Dati di efficacia (in base all’indicatore prescelto, si raccolgono dati sull’impatto della

tecnologia su 1) outcomes clinici 2) salute dei pazienti 3) efficienza produttiva dello staff medico-infermieristico-tecnico)

• Dati relativi alla situazione senza la Tecnologia, cioè con la tecnologia precedentemente in uso:

• Costi della struttura per fornire prestazioni analoghe o sostitutive • Personale impiegato • Prestazioni/periodo • Dati di efficacia

Nel caso di TB, si è esplorata una biobanca privata, con finalità commerciali, orientata prevalentemente alla conservazione dei campioni, senza servizi di ricerca. Una biobanca esterna a strutture di ricerca e cura, quindi, organizzata come struttura di “conservazione”, ancorché ad elevata tecnologia, per conto terzi. Ciò ha permesso di verificare possibili prezzi applicabili nell’ipotesi di vendita di parte dei servizi di TB, ma poco o nulla è servito per comprendere la struttura della funzione di produzione di una biobanca. Utile invece è stato confrontarsi con le tipologie di attrezzature impiegate, in quanto ciò ha permesso di confermare la dotazione prevista per TB come plausibile in relazione al volume di attività previsto e alla qualità da offrire.

Analisi economica In relazione al disegno dello studio viene effettuata l’analisi economica prescelta. In sintesi le fasi dell’analisi sono:

• Calcolo dei costi (per la Tecnologia e per quella precedentemente utilizzata- oppure per l’assenza di tecnologia: ad esempio una procedura chirurgica manuale)

• Calcolo dell’efficacia (benefici) (per la Tecnologia e per quella precedentemente utilizzata)

• Costruzione della simulazione temporale (generalmente per il ciclo di vita della tecnologia)

• Stima degli indicatori medi ed incrementali di costo-efficacia o di costo-beneficio

• Analisi statistica • Analisi di sensibilità

Nel caso di TB, si tratta di una Tecnologia che andrebbe confrontata con la “assenza di tecnologia, o in altri termini con il “non fare niente”. Si dovrebbe cioè stimare quali costi e quali benefici si hanno oggi senza TB nell’attività di ricerca e in parte in quella di diagnosi e confrontare la stima dei costi e dei benefici derivanti dalla attività di TB. La letteratura è carente sotto questo profilo poiché vengono descritte le attività delle biobanche, talvolta alcun costi di gestione e le dotazioni di apparecchiature, ma non vi è alcun riferimento all’impatto che un biobanca avrebbe sulla produzione di ricerca e tanto meno sul

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miglioramento dell’attività diagnostica. Si può intuire che la disponibilità di tessuti di un paziente a distanza di anni dal primo evento possa favorire una migliore comprensione dell’evoluzione della malattia, ma i dati ad oggi non sono disponibili. Probabilmente la diffusione di biobanche e il consolidamento di archivi di tessuti nel tempo permetterà l’esecuzione di studi volti anche a comprendere l’impatto di questa tecnologia sulla ricerca e sulla diagnostica.

Pertanto ci si è qui limitati al conto economico, indicando le tipologie dei fattori produttivi e le quantità nel tempo, su un orizzonte di 5 anni.

Si è infatti considerato tale orizzonte temporale quello necessario per raggiungere un volume di campioni utile per rispondere ad esigenze di ricerca (ad esempio poter fornire un numero congruo di casi di un determinato tumore con date caratteristiche).

Stesura del report Il report può contenere, in aggiunta all’illustrazione dettagliata dello studio economico, una serie di informazioni e considerazioni relative al ruolo della Tecnologia nelle singole strutture indagate.

In particolare, sia attraverso il questionario ed eventuali interviste presso le strutture sia per mezzo di rassegne della letteratura scientifica, ed ovviamente utilizzando i risultati della valutazione economica, si definisce il profilo della Tecnologia rispetto alle seguenti caratteristiche (indicate soltanto come esempi):

• Riduce il rischio di malattie/complicanze • Accorcia la durata della malattia • Migliora la prognosi della malattia • Aumenta la sopravvivenza • Aumenta la qualità dell’assistenza • Facilita l’accesso alle cure o alla diagnosi • Incrementa l’efficienza ospedaliera (maggiori prestazioni per unità di

tempo; maggiori prestazioni per unità di risorse) • Aumenta la sicurezza degli operatori (rischio professionale)

Anche per questa parte della valutazione, per TB non vi sono dati in grado di sostenere tale analisi. La presente valutazione è quindi da intendersi più propriamente come una valutazione dei costi con differenti scenari di attività di una biobanca. E’ il presupposto per poter valutare successivamente la tecnologia TB, qualora venisse realizzata, raccogliendo prospetticamente dati di attività.

Elementi dell’analisi Per avere a disposizione biomateriali ottenuti da soggetti sani e da pazienti, ben raccolti e crioconservati e completi delle annotazioni rilevanti ai fini scientifici e di cura (cioè tutte le necessarie informazioni anamnestico/cliniche), è indispensabile realizzare un processo produttivo del servizio di biobank altamente qualificato. La raccolta e la conservazione

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richiedono attrezzature e personale altamente qualificati, mentre la produzione di informazione e la fornitura di servizi (conservazione dei campioni, predisposizione di parti dei campioni per studi e analisi, diffusione di informazioni sui singoli campioni e casi) rendono necessaria la disponibilità anche di una struttura organizzativa affidabile fondata su procedure e controlli su base informatizzata. Per questi motivi, a fianco delle professionalità specifiche coinvolte nel progetto, gli altri elementi costitutivi sono alcune apparecchiature e hardware e software dedicati.

Costi di biobanche esistenti Va ricordato che i dati economici sulle biobanche presenti in Italia e in altri paesi sono di difficile reperimento quando siano richiesti nella forma di un conto economico e soprattutto non sono direttamente confrontabili. Le tipologie e i diritti di proprietà sono infatti diversi: si va da biobanche private con finalità commerciali con servizi di sola conservazione a biobanche pubbliche con finalità di ricerca scientifica senza servizi a pagamento. Tuttavia, appare utile ricordare alcuni dati relativi ad alcune esperienze La prima è uno studio effettuato dal dr. Paolo Rebulla sulla capacità di stoccare materiali congelati in tre dei maggiori Istituti di Ricovero e di Ricerca dell’Area Milanese, e cioè l’Istituto Nazionale Tumori, l’Istituto C. Besta ed i Policlinico/Ospedale Maggiore. Da tale indagine si evince che attualmente tali istituti hanno la capacità di stoccare 7.800.000 campioni (di cui 2.200.000 in azoto liquido, 4.600.000 a -80°, e 1.000.000 a -20°) con una spesa complessiva di circa 4.600.000 €. La seconda è rappresentata dalle attività di biobanking in ambito genetico finanziata da Telethon che ha ricevuto dal 1993 ad oggi un finanziamento di €2.000.000 (il 37% di tutti i finanziamenti per servizi alla ricerca) per finanziare 15 biobanche, sette delle quali sono attualmente attive con un finanziamento complessivo annuo di €298.000; il finanziamento annuo per singola banca è di €43.000 (€26.000-55.000). Tali finanziamenti, della durata di 1 o 3 anni, sono destinati a coprire le spese di esercizio e mantenimento della struttura,. il miglioramento ed aggiornamento del servizio e della struttura; non comprendono invece salari per il direttore del servizio e personale strutturato, costi di attivazione del servizio e costi strutturali, spese relative ad attività diagnostiche e a progetti di ricerca.

Prendendo un esempio straniero, una biobanca gallese (Wales Cancer Bank, UK Children’s Cancer Study Group) ha stimato in €175-250 i costi per un singolo caso, comprensivo di tutte le fasi (raccolta, conservazione, utilizzo del campione per tutte le esigenze connesse alla ricerca). Pertanto, applicando tali costi a TB, si ottiene un costo totale della struttura nei cinque anni pari a €35.000-50.000 nel primo, €105.000-150.000 nel secondo, €210.000-300.000 nel terzo, €315.000-450.000 nel quarto e €420.000-600.000 nel quinto. Evidentemente i valori cha vanno qui presi a riferimento sono quelli del quarto anno, quando il volume di casi in entrata è a regime. Si ha così un valore valori pari a €315.000-450.000, sensibilmente inferiore a quanto stimato per TB (si veda qui di seguito il Conto economico), sia prendendo a confronto il primo anno in cui si effettuano gli investimenti per le attrezzature, qui depurati dagli ammortamenti, (€208.029) sia prendendo a riferimento il quarto anno senza tenere conto degli ammortamenti (€191.024)

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Variabili di costo e ricavo Le variabili costitutive di TB e qui di seguito prese in considerazione per la valorizzazione economica sono:

• Locali (in affitto o di proprietà) • Personale • Apparecchiature e beni strumentali • Utenze e servizi • Materiali di consumo

I locali In termini di cassa, i locali non rappresentano un costo in quanto verranno utilizzate strutture già occupate per altre attività o nuove strutture già finanziate per altri scopi. Nel conto economico quindi i locali non compaiono e tale voce va considerata pari a zero. Successivamente alla messa in opera di TB sarà possibile quantificare il costo opportunità degli spazi occupati da TB. La sede di TB coinciderà con lo studio del Dirigente Sanitario della U.O. di Anatomia Patologica della APSS. Anche l’attività si segreteria sarà svolta all’interno della segreteria della U.O. di Anatomia Patologica. La sede dei sistemi di criopreservazione verrà individuata all’interno dei locali previsti nella ristrutturazione della U.O. di Anatomia Patologica, nei locali attualmente adibiti a studi/laboratori.

La sede degli archivi cartacei sarà rapprsentata da un armadio metallico con serratura, che a sua volta sarà posto nel locale sede dei criocontenitori della biobanca. La sede degli archivi di blocchetti e vetrini sarà un insieme di contenitori posti nel locale sede dei criocontenitori di TB. Il personale La partecipazione dei sanitari all’attività di biobanking non viene qui quantificata se non per il personale direttamente coinvolto nella TB. Vi è il personale medico e sanitario dei reparti di degenza, ed in particolare delle U.O. di Chirurgia che svolgerà attività reclutamento dei donatori di tessuti (che dovranno essere debitamente informati prima della raccolta del consenso ed il loro nominativo segnalato al personale addetto a TB). È ipotizzabile che nella fase di avvio della raccolta dei biomateriali si proceda con una certa gradualità, attivando le procedute inizialmente su ambiti limitati, per coinvolgere progressivamente un maggior numero di operatori. Ciò comporterà dei costi opportunità che in questa sede non sono stati valutati per carenza di informazioni. Poiché anche i benefici, come già ricordato, non sono stati stimati, si può prudentemente assumere che i costi opportunità in termini di tempo speso dai sanitari per partecipare alle fasi di produzione di TB (raccolta consensi, trasferimento dei campioni dalla sala operatoria, ecc.) possano essere bilanciati dai benefici derivanti dal miglioramento delle diagnosi. Il personale direttamente operativo nella TB è rappresentato da quattro figure il cui utilizzo nel tempo è graduale. Nella tabelle qui di seguito si vede in termini di quota lavorata per qualifica il carico di personale nei 5 anni.

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anno 1 anno 2 anno 3 anno 4 anno 5Personale (unità)

Direttore (dirigente medico) 0,1 0,1 0,1 0,1 0,1Biologo 0,5 0,5 0,5 0,5 0,5Infermiere 0,5 1,0 1,0 1,0 1,0Tecnico 1,0 1,0 1,0 1,0 1,0

Per il calcolo dei costi annuali del personale si sono utilizzati i costi annuali lordi delle figure professionali, desunti dal bilancio dell’Ospedale S.Chiara:

costo annuale (1)Figura professionale

DIRIGENTE MEDICO 131.109 COLLABORATORE TECNICO PROF. 43.896 COLLAB. PROF. SANITARIO - PERS. INFERM. 45.501 COLLAB. PROF. SANITARIO - PERS. TEC. SANIT. 43.396

(1) anno 2006 L’incremento negli anni del tempo infermieristico è dovuto all’accresciuto numero di pazienti e relative procedure. Attrezzature e beni durevoli Le attrezzature necessarie per realizzare TB e i beni durevoli sono riportati qui di seguito.

anno 1 annno 2 annno 3 annno 4 annno 5

Attrezzature e beni durevoliContenitori da banco per azoto (1L) 197 - - - - LABPAL printer 935 - - - - Lettori per codici a barre 600 - - - - Armadio con serratura per documentazione 300 - - - - Hardware informatico: server - 4.000 - - Software MTT 95.000 - - - - Freezer -80 15.000 15.000 - - - Apparecchiatura per Tissue Microarrays - 52.000 - - - Allarmi telefonici per freezer 350 350 - - - Byoanalyzer per CQ - 15.600 - - - Histobath 7.200 - - - -

Totale 119.582 86.950 - - -

E’programmabile l’acquisto di un modulo Virtual Slide, sistema per l’acquisizione di immagini e vetrini virtuali attraverso sofware che analizzano l’immagine, ma tale acquisto potrà essere rinviato di alcuni anni senza alterare la funzionalità di TB. Il costo di acquisizione è oggi stimato in €136.000. Tuttavia, si sottolinea come tra qualche anno i

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prezzi di apparecchiatura di questo tipo cadranno sensibilmente, seguendo un andamento consueto nel settore delle apparecchiature altamente informatizzate. Beni di consumo I beni di consumo sono stati calcolati sui 5 anni e poi ripartiti in proporzione al volume di casi raccolti

Quantità Costo unitario Costo totaleBeni di consumo (in 5 anni)

Nastro per LABPAL printer 78 25/m 1.950 Cryoracks 9 140 1.260 Scatole per cryovials 17 69/10 621 Scatole per cryomolds 168 7,53 1.265 Cryovials 110 175/500 19.250 Cryomolds 15 109,14/1000 1.637 OCT 1 75/12 75 cassettiere per vetrini e blocchetti 1.450 materiale di segreteria 1.500 isopentano 500 Lymphoprep 30 70/500ml 2.100 Kit per estrazione RNA 3 885/250 2.565 provette EDTA 7500 0,84 6.300 1% spese Budget per beni di consumo dell' U.O. Anatomia Patologica (1) 20.000

Totale 60.473

(1) biocassette, coloranti, solventi, lame microtomo, …

anno 1 anno 2 anno 3 anno 4 anno 5casi raccolti 200 400 600 600 600

costo beni di consumo (€) 5.498 10.995 16.493 16.493 16.493

I ricavi La sostenibilità economica di TB non è ritenuta indispensabile in quanto si tratterebbe di una struttura di ricerca inserita all’interno di un ospedale pubblico, con finalità sia di ricerca sia di diagnosi per la cura. Tuttavia appare interessante simulare possibili attività remunerabili che TB potrebbe svolgere nel tempo, cioè fornendo servizi a pagamento a strutture e soggetti terzi. E’ ipotizzabile una domanda di servizi di biobanca attualmente inespressa dato il basso numero di biobanche in Italia. L’aumento dell’offerta determinato da TB potrebbe nel tempo, quindi a pieno regime di funzionamento, cioè dopo il terzo anno, attrarre richieste di conservazione e servizi di informazioni e campioni da soggetti privati e pubblici (laboratori, ospedali, imprese farmaceutiche, università). Applicando prezzi di mercato per le singole prestazioni, si può immaginare un flusso di entrate in grado di coprire parte dei costi di gestione di TB.

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Difficile risulta prevedere l’andamento dei prezzi di questi servizi così come il volume della domanda: pertanto in questo progetto ci si è limitati al breve orizzonte temporale dei 5 anni, ipotizzando l’inizio di entrate per TB nell’ultimo anno, e mantenendo i prezzi di oggi nonché i costi dei fattori di produzione. Considerando uno stock di 1.800 casi all’inizio del quinto anno, ipotizzando di fornire a pagamento i servizi qui di seguito riportati si ottiene un flusso di entrate nell’anno pari a circa €135.000, cioè il 94% dll’intero costo di esercizio di TB nel quinto anno.

Per una quantificazione del contributo che verrà richiesto per singolo campione, può essere opportuno valutare quali sono i costi di analoghi servizi offerti da biobanche attualmente esistenti. Il progetto TUBAFROST ha approfondito l’argomento nel documento 6.3. Secondo tale analisi il costo per campione dovrebbe essere tra i 70 e 100€ per i campioni congelati, 20 dei quali verosimilmente da utilizzare per il mantenimento del network. Il consorzio Tubafrost prevede inoltre un costo di 7 – 15€ per le sezioni istologiche di campioni in paraffina.

Nello studio statunitense descritto nel National Biospecimen Network Blueprint si ipotizza che il costo che i ricercatori ritengono adeguato per compensare i costi dei gestione dei biomateriali possa variare da 20$ a 100$, quando i biomateriali siano associati a dati clinici accurati, giungendo fino a 500$ se ai dati clinici si aggiungono dati molecolari.

Ad esempio la ditta US Biomax offre sezioni di TMA da 45 a 225$ per sezione, a seconda del numero e tipologia dei campioni. Analogamente la ditta Tissue arrays.net offre sezioni di TMA a costi compresi tra 30 e 350 $ per sezione.

prezzo unitario quantitàServizi offerti a pagamento

cessione dei materiali 70 300Tissue MicroArray (TMA) 132 300Estrazione di DNA 250 300

anno 1 anno 2 anno 3 anno 4 anno 5Entrate da servizi venduti

cessione dei materiali - - - - 21.000 Tissue MicroArray (TMA) - - - - 39.600 Estrazione di DNA - - - - 75.000

Totale 135.600

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Conto economico Il primo anno vede la concentrazione dell’acquisto di gran parte delle attrezzature e dei beni durevoli, mentre il personale operativo è al minimo. Gli investimenti sono qui considerati finanziati interamente nel periodo di acquisto delle attrezzature e pertanto contribuiscono interamente ai coti totali di ciascun anno. Tuttavia si riporta qui di seguito, a fini di analisi contabile, l’impatto di tali investimenti in termini di anmortamenti, evidenziando così il ridotto costo annuale in termini di analisi di bilancio:

anno 1 annno 2 annno 3 annno 4 annno 5Investimenti 119.582 86.950 - - - Ammortamenti (5 anni) 24.041 41.431 41.431 41.431 41.431 Totale costi con ammortamenti 126.765 171.778 177.276 177.276 177.276 Con il secondo anno il costo del personale aumenta, mentre con il terzo anno cessa l’acquisto di beni durevoli. I costi totali comprensivi dell’intero ammontare annuo dell’acquisto di beni durevoli passano da €231.210 del primo anno a €226.201 del secondo per stabilizzarsi a €144.749 partire dal terzo fino al quinto. Come ricordato, in un’ipotesi di vendita di servizi a partire dal quinto anno, si ottiene una sostenibilità finanziaria del 96% dell’intera struttura di costi di TB.

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anno 1 annno 2 annno 3 annno 4 annno 5RicaviCessione dei materiali - - - - 21.000 Tissue MicroArray (TMA) - - - - 39.600 Estrazione di DNA - - - - 75.000

- - - - 135.600

PersonaleDirettore 13.111 13.111 13.111 13.111 13.111 Biologo 21.948 21.948 21.948 21.948 21.948 Infermiere 22.751 45.501 45.501 45.501 45.501 Tecnico 43.396 43.396 43.396 43.396 43.396

101.205 123.956 123.956 123.956 123.956 Spese generaliTelefonia fissa 300 300 300 300 300 Spese viaggi 3.000 3.000 3.000 3.000 3.000 Abbonamenti e libri 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 Contenitori da banco per azoto (1L) 197 - - - - LABPAL printer 935 - - - - Lettori per codici a barre 600 - - - - Armadio con serratura per documentazione 300 - - - - Hardware informatico: server - 4.000 - - Licenze software 625 - - - - Software MTT 95.000 - - - - Apparecchiatura per Tissue Microarrays - 52.000 Freezer -80 15.000 15.000 - - - Allarmi telefonici per freezer 350 350 - - - Byoanalyzer per CQ - 15.600 - - - Histobath 7.200 - - - - Materiali di consumo 5.498 10.995 16.493 16.493 16.493

130.005 102.245 20.793 20.793 20.793 Investimenti 119.582 86.950 - - - Ammortamenti (5 anni) 24.041 41.431 41.431 41.431 41.431 Totale costi con ammortamenti 135.544 180.557 186.055 186.055 186.055

Totale costi 231.210 226.201 144.749 144.749 144.749

Ricavi-costi -231.210 -226.201 -144.749 -144.749 -9.149 -100% -100% -100% -100% -6%

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15 Documentazione delle spese effettuate per la stesura del presente studio di fattibilità Durante le varie fasi del progetto si sono affrontate varie spese, fra cui la attivazione di due rapporti di convenzione con le Istituzioni coinvolte, Università di Trento e ITC, una borsa di studio, una consulenza con la ditta M.T.T. per la realizzazione di un prototipo del sistema gestionale della biobanca e una consulenza con il Prof. Stefano Capri per la valutazione dell’aspetto finanziario. Il rendiconto finanziario definitivo sarà trasmesso alla Fondazione Caritro non appena espletate le ultime formalità di raccolta dei dati dai vari uffici competenti.

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Cambon-Thomsen A, Ducournau P, Gourraud PA, Pontille D, Biobanks for genomics and genomics for biobanks, Comp Funct Genom 2003; 4: 628–634. van Diest PJ, No consent should be needed for using leftover body material for scientific purposes, BMJ. 2002 Sep 21; 325(7365):648-51. Elger BS, Caplan AL, Consent and anonymization in research involving biobanks: Differing terms and norms present serious barriers to an international framework, EMBO Rep. 2006 Jul; 7(7):661-6. Hakimian R, Korn D, Ownership and use of tissue specimens for research, JAMA. 2004 Nov 24; 292(20):2500-5. Hirtzlin I, Dubreuil C, Preaubert N, Duchier J, Jansen B, Simon J, Lobato De Faria P, Perez-Lezaun A, Visser B, Williams GD, Cambon-Thomsen A; EUROGENBANK Consortium., An empirical survey on biobanking of human genetic material and data in six EU countries, Eur J Hum Genet. 2003 Jun; 11(6):475-88. International Committee of Medical Journal Editors, Uniform requirements for manuscripts submitted to biomedical journals, Ann. Intern. Med.1988; 108:258-265. Liddell K, Hall A, Beyond Bristol and alder hey: the future regulation of human tissue, Med Law Rev. Summer 2005; 13: 170-223. National Consultative Ethics Committee for Health and Life Science, Opinion n.77-Ethical issues raised by collections of biological material and associated information data: ”biobanks” ”biolibraries”. Oosterhuis JW, Coebergh JW, van Veen EB, Tumour banks: well-guarded treasures in the interest of patients, Nat Rev Cancer. 2003 Jan; 3(1):73-7. Sankar P, Genetic Privacy, Annu Rev Med. 2003; 54:393-407. Somiari SB, Somiari RI, Hooke J, Garguilo G, Mittal V, Hu H., Bronfman L, Bombatch J, Deyarmin B, Heckman C, Russell S, Malicki L, Kush M, Lubert S, Papcunik D, Preuss A, Williamson E, Rosendale D, Ahern S, Jacobs FN, Harpner A, Liebman MN, Shriver CD, Establishment and management of a comprehensive biorepository for integrated high throughput genomics and proteomics research, TIBETS 2004; 1:131-143.

117

Appendici

118

17 Attività svolte nell’ambito del Progetto

17.1 Principali incontri operativi con i partecipanti allo studio

1. 16 giugno 2005: incontro di inizio delle attività inerenti al progetto presso Direzione Generale A.P.S.S. Sono presenti fra gli altri il Direttore generale della A.P.S.S. Dr. Carlo Favaretti, il Dr. GM. Guarrera, il Direttore del Dipartimento di Oncologia Dr. E. Galligioni, il Presidente dell’Istituto Trentino di Cultura Prof. A. Canotti con la Dr. Graif.

2. 25 novembre 2005: incontro presso Presidenza dell’Istituto Trentino di Cultura. Sono presenti fra gli altri il Direttore della U.O. di Anatomia patologica dell’Ospedale S. Chiara, Dr. P. Dalla Palma, il Presidente dell’Istituto Trentino di Cultura Prof. A. Zanotti e il Dr. M. Anderle responsabile del progetto sulla riorganizzazione delle attività relative alle Scienze della Vita presso ITC.

3. 10 gennaio 2006: Incontro presso ospedale S. Chiara in presenza dell’Ing. De Blasio (Biorep). Presentazione delle attività di Biorep. All’incontro partecipano anche il Dr. S. Forti, il Dr. A. Sboner, il Dr. P. Dalla Palma, il Dr. U. Izzo.

4. 18 gennaio 2006: incontro presso ospedale S. Chiara. Sono presenti fra gli altri il Direttore del Dipartimento di Oncologia Dr. E. Galligioni, il Dr. S. Forti. E’ stata definita la data del 30 giugno 2006 come temine ultimo per la presentazione del progetto.

5. 25 gennaio 2006: incontro presso U.O. Anatomia Patologica S. Chiara. Sono presenti il Direttore della U.O. di Anatomia patologica dell’Ospedale S. Chiara, Dr. P. Dalla Palma, il Dr. S. Forti, il Dr. Galvagni M., la Dr.ssa Tonazzolli G. .

6. 30 gennaio 2006: incontro presso ITC per definire i contenuti del prototipo della biobanca. Sono presenti Dr. Galvagni M., Dr.ssa Tonazzolli G.

7. 6 febbraio 2006: Incontro presso U.O. Anatomia Patologica con Dr. U. Izzo per: a. analisi dello stato dell’arte sul piano giuridico b. consenso informato da presentare con il progetto e al comitato etico c. richiesta al comitato etico per utilizzo di materiali già archiviati negli anni

precenti. d. analisi delle problematiche giuridiche connesse al sistema informatico di

gestione dei dati. 8. 8 febbraio 2006: Incontro presso U.O. Anatomia Patologica con Dr.ssa G.

Tonazzolli, Dr. Galvagni M., Dr. A. Eccher: sono state riviste e integrate le informazioni da inserire nel prototipo.

9. 2 marzo 2006: Incontro presso U.O. Anatomia Patologica con Dr. U. Izzo, G. Tonazzolli, Dr. Galvagni M per analisi requisiti di legge del software di biobanca

10. 6 marzo 2006: incontro presso U.O. Anatomia Patologica con Dr.ssa G. Tonazzolli, Dr. Galvagni M. per definizione parametri per preventivo spesa del software per la biobanca.

11. 10 marzo 2006: incontro con Dr. Manuel Morente in occasione di convegno su biobanking a Firenze: definizione di una visita presso CNIO di Madrid, programmazione convegno finale e impostazione advisory board.

12. 16 marzo 2006: incontro presso Direzione Generale APSS con Prof. Stefano Capri, Dr Giovanni Guarrera, per definizione della consulenza di valutazione dei costi e sostenibilità nel tempo.

119

13. 4 aprile 2006: incontro presso U.O. Anatomia Patologica con Dr. Giorgia Tonazzolli e rappresentanti delle Ditta PBI per valutazione soluzioni tecniche di codifica dei campioni

14. 13 aprile 2006: incontro con Dr. Giorgia Tonazzolli e Dr. Michele Galvagni 15. 3 maggio 2006: incontro presso U.O. Anatomia Patologica con Dr. U. Izzo e Dr.

Macilotti, per discussione elaborato di Biodiritto 16. 9 maggio 2006: incontro presso U.O. Anatomia Patologica di tutti i rappresentanti

delle U.O. coinvolte nel progetto per definizione obiettivi finali e predisposizione del manoscritto

17. 15 giugno 2006: incontro presso ITC del Dr. Mattia Barbareschi e della Dr. Sabrina Cotrupi con il Michele Galvagni per valutazione del prototipo del sistema informatico di gestione della biobanca.

18. 16 giugno 2006: incontro a Milano del Dr. Mattia Barbareschi e della Dr. Sabrina Cotrupi con il prof. S. Capri per la definizione degli elementi utili per la valutazione della sostenibilità economica

19. 21 giugno 2006: incontro presso U.O. Anatomia Patologica con Dr. Macilotti, per discussione elaborato di Biodiritto

20. 23 giugno 2006: incontro presso U.O. Anatomia Patologica con Dr. Macilotti, Dr. Giorgia Tonazzolli e Dr. Michele Galvagni per discutere la conformità dei dati da inserire nel prototipo con la normativa giuridica

21. 27 giugno 2006: incontro presso U.O. Anatomia Patologica con Dr. U. Izzo e Dr. Macilotti, per discussione elaborato definitivo di Biodiritto

22. 27 giugno 2006: riunione Dr. M. Barbareschi e Dr. Enzo Galligioni per valutazione del documento presso sede Fondazione Caritro e discussione delle modalità di presentazione del prgetto stesso

23. 28 giugno 2006: riunione Dr. M. Barbareschi e Dr. Paolo Dalla Palma per valutazione del documento di progetto e definizione delle interazioni tre la biobanca e la U.O. di Anatomia Patologica

24. 30 giugno 2006: riunione Dr. M. Barbareschi e Dr. Giovanni Maria Guarrera per valutazione del documento di progetto e definizione delle interazioni tre la biobanca e la Azienda Provinciale per i Servizi sanitari

17.2 Relazioni e attività didattica del Dr. M. Barbareschi in ambito di Biobanking

1. Relazione al Congresso Nazionale S.I.A.P.E.C.-I.A.P. Chieti nella sessione “Banche tissutali: organizzazione di una rete nazionale”. La relazione aveva per titolo “Esperienze organizzative”

2. Relazione “Le banche tessuti come banche dati” al 9. Congresso Nazionale di Telepatologia – 18 novembre ’05 - Bari

3. Corso per tecnici di laboratorio presso ospedale S. Chiara, “Banche tessuti”, 14 dicembre 2005

4. Corso per tecnici di laboratorio presso Ospedale di Belluno, “Banche tessuti” 1 dicembre 2005

5. Relazione convegno A.R.Me.T Comano terme 16 Dicembre 2005, con descrizione del progetto Trentino Biobanking

6. Relatore a convegno “La Telepatologia” Brescia, Università degli studi, 8 Giugno 2006, con relazione: Le biobanche: un tesoro di campioni e dati da condividere

120

17.3 Incontri e seminari di studio presso altre istituzioni 1. 17-20 maggio 2006: Dr. . Barbareschi e Dr. S. Cotrupi: periodo di studio presso

CNIO Madrid, per la valutazione e analisi del sistema nazionale spagnolo e organizzazione di un corso da tenere a Trento nel 2007

2. 1-2 giugno 2006: Dr. Barbareschi: periodo di studio presso Hammersmith Hospital, per la valutazione e analisi del sistema del trust e progettazione di un corso da tenere a Trento nel 2007

17.4 Partecipazione a seminari e congressi 1. 21 novembre 2005 Biorep – Milano. All’incontro partecipano anche il Dr. S. Forti,

il Dr. C. Eccher e il dr. A. Sboner. 2. 28 novembre 2005 Incontro presso Istituto Europeo di Oncologia sul progetto

nazionale di network delle biobanche degli IRCCS 3. 3 febbraio 2006 – Policlinico Umberto I - Roma. Incontro con direttivo della

SIAPEC-IAP, Prof. L. Spagnoli in qualità di membro della Commissione per la Certificazione delle Biobanche della Comitato di Biosicurezza e Biotecnologie della Presidenza del Consiglio dei Ministri, e con esperti Italiani in ambito di attività di biobanking. Viene deciso di procedere alla costituzione di un Coordinamento Nazionale Biobanche della SIAPEC-IAP, per il quale vengono identificati 6 ambiti di lavoro. Il dr. Mattia Barbareschi viene indicato come il referente nazionale per le problematiche di tipo etico-legale connesse alle attività di biobanking.

4. 7 marzo Partecipazione a convegno "Biobanks for functional genomics: integrating data, integrating models", Trento March 7, 2006, presso ITC

5. 23-24 marzo 2006 – Partecipazione al convegno “Le Biobanche per la ricerca e la terapia”, Genova, presso il Centro Congressi Castello Simon Boccanegra

6. 16 giugno 2006: partecipazione al convegno “International guidelines for biobanks”, Milano, presso Biorep.

121

18 Modulistica

18.1 Modulo consenso informato e informativa dati sensibili

122

DICHIARAZIONE DI CONSENSO INFORMATO PER LA CONSERVAZIONE, AI FINI DI RICERCA SCIENTIFICA, DI

MATERIALE BIOLOGICO NELLA BIOBANCA …………..

Biobanca dell’Ospedale S.Chiara di Trento COD. CAMPIONE/I:…………………………

Gentile Signore/a, le Biobanche contenenti materiali biologici umani e dati ad essi collegati rappresentano oggi un’insostituibile fonte di risorse per la diagnosi e per la ricerca di numerose malattie. I nuovi obiettivi nella lotta a molteplici gravi patologie risiedono principalmente nella diagnostica precoce e nello sviluppo di terapie mirate. La speranza della comunità scientifica è che tali obiettivi possano essere raggiunti a seguito delle applicazioni cliniche delle metodiche di indagine. Per effettuare tali indagini, sia a fini di ricerca che di personalizzazione della terapia, è necessario disporre di campioni di tessuti malati e normali e di liquidi biologici (sangue, urine, saliva etc.). Con la presente siamo pertanto a chiederLe la sua gentile collaborazione e il suo consenso per poter conservare alcuni frammenti di tessuti che Le verranno asportati chirurgicamente ed eventualmente per raccogliere liquidi biologici (urine, sangue, saliva, ecc.), premettendo che tali prelievi non interferiranno assolutamente con il corretto trattamento clinico del Suo caso così come la Sua mancata autorizzazione non modificherà assolutamente l'atteggiamento dei medici nei Suoi riguardi.

NOTA INFORMATIVA PARTE PRIMA Nel caso Lei acconsentisse alla conservazione del suo tessuto a scopo di ricerca, tale materiale biologico sarà soggetto alle seguenti modalità di utilizzo:

• il materiale biologico prelevato sarà conservato presso la Biobanca ………., e solo in caso Lei acconsentirà potrà essere trasferito presso altre Biobanche o Centri di ricerca che dovranno conformarsi nell’utilizzo alle regole stabilite dalla presente Biobanca ed in particolare dovranno rispettarne il CODICE ETICO allegato al presente modulo;

• il campione sarà conservato mediante l’attuazione di tutte le procedure idonee a garantirne la sua idoneità;

• il materiale biologico potrà essere utilizzato solo in conformità al CODICE ETICO DELLA BIOBANCA ……….. , allegato al presente modulo;

• il campione potrà essere utilizzato solo per le ricerche scientifiche approvate dal COMITATO ETICO che vigila al fine di assicurare la salvaguardia dei diritti, dell’integrità e del benessere dei soggetti coinvolti nelle sperimentazioni;

• il campione potrà essere utilizzato ad esclusivo scopo di ricerca scientifica, mai a fini di lucro diretto e/o commerciali;

• saranno garantiti l’anonimato e la riservatezza sulla provenienza del campione e le relative indagini. L’associabilità del tessuto con la cartella clinica del soggetto a cui tale tessuto appartiene sarà possibile solo previo consenso.

• in ogni momento Lei potrà comunicare eventuali cambiamenti di opinione in merito a quanto dichiarato; in tal caso il campione verrà distrutto e non sarà utilizzato per future ricerche. Tale scelta non avrà porterà alcun pregiudizio sulla trattamento sanitario a Lei assicurato.

• la Biobanca non si ritiene responsabile per eventuali danni o incidenti che possano verificarsi sui campioni conservati e si riserva la facoltà di eliminare in qualsiasi momento, il campione ed i dati ad esso relativi, ove opportuno.

123

PARTE SECONDA Nel caso Lei acconsentisse alla conservazione del suo tessuto a scopo di ricerca, i dati personali ricavati da tale materiale biologico saranno soggetti alle seguenti modalità di utilizzo:

• I dati saranno gestiti in forma anonima e potranno essere a Lei associati solo nel caso in cui:

1. sia necessario per condurre il progetto di ricerca e vi sia il Suo consenso scritto;

2. sia necessario per assicurare la incolumità fisica e la salute Sua, di un terzo o della collettività, previa autorizzazione del Garante per la protezione dei Dati personali;

• i dati saranno trattati solo dal personale autorizzato della Biobanca; • saranno adottate tutte le misure tecnologiche idonee a prevenire la diffusione dei

dati personali o il loro utilizzo da parte di soggetti non autorizzati; • i dati personali saranno utilizzati a solo scopo di ricerca scientifica mai a fini di

lucro diretto e/o commerciali; • la diffusione dei dati avverrà solo in forma anonima e/o aggregata per finalità

scientifiche; • i dati potranno essere messi in relazione con la Sua cartella clinica solo previo

consenso scritto, altrimenti verranno utilizzati in forma anonima; • in ogni momento Lei potrà avere accesso ai suoi dati personali; • in ogni momento Lei potrà comunicare eventuali cambiamenti di opinione in merito a

quanto dichiarato; in tal caso i suoi dati personali verranno eliminati e non saranno utilizzati in futuro;

• ex art. 13 del D. Lsg. 196 del 2003 (Codice della Privacy) il responsabile del trattamento dei dati personali della Biobanca è __________________________ .

IMPORTANTE: Lei potrà accedere, in qualsiasi momento, alla documentazione relativa alla sperimentazione in corso sul Suo campione ed al parere espresso al riguardo dal Comitato Etico. Potrà inoltre contattare direttamente il Comitato Etico per segnalare ogni eventuale difformità tra ciò che avviene e ciò che le è stato comunicato.

• vi è la possibilità che il materiale biologico da Lei concesso alla Biobanca, a causa delle ricerche su di esso condotte, si esaurisca. In tal caso non potrà più vantare alcun diritto su di esso.

Biobanca dell’Ospedale S.Chiara di Trento COD. CAMPIONE/I:…………………………

CONTATTI Il Responsabile della Biobanca è il dott. ___________________________________ Per qualsiasi informazione Lei potrà rivolgersi ai: Il responsabile Dott.: ____________________________________ tel. __________________ Dott : ____________________________________ tel. __________________

124

Biobanca dell’Ospedale S.Chiara di Trento COD. CAMPIONE/I:…………………………

Sanitario che ha raccolto il consenso: Cognome e nome:……………………………………………………………………………………………… Istituto ……………………………………………………………….. Tel./Fax.: ………………………………

MODULO DEL CONSENSO PER LA CONSERVAZIONE DI MATERIALE BIOLOGICO NELLA BIOBANCA

DELL’………………………

Il sottoscritto/a ________________________________nato/a_______________________, il ___/___/____ residente in ______________________________________ provincia________________ CAP__________ Via _______________________________________________ n._____ Tel. _________________________ Dopo aver ricevuto copia del “Codice Etico della Biobanca ………….” e della “Nota informativa”, avendo letto e compreso quanto in esse contenuto e dopo aver altresì ottenuto qualsiasi altra informazione richiesta dal personale medico competente, DICHIARA DI AUTORIZZARE la CONSERVAZIONE, nella suddetta BIOBANCA, del materiale biologico qui sotto specificato, per le RICERCHE SCIENTIFICHE che rispettino il CODICE ETICO della Biobanca: ______________________________________________________________________________________ Appartenente a: c se stesso c altri ___________________________ di cui il sottoscritto è ____________________ e segnatamente di : 1. c AUTORIZZARE c NON AUTORIZZARE L’eventuale trasferimento del campione presso altre biobanche, che assicurino il medesimo grado di tutela e rispettino il Codice Etico della presente Biobanca, secondo quanto previsto dalla Nota Informativa. 2. c VOLERE c NON VOLERE Che i campioni possano essere associati ai dati anagrafici del soggetto a cui i campioni appartengono. 3. c VOLERE c NON VOLERE Che i campioni possano essere associati ai dati clinici, anche di stampo genetico, del soggetto a cui i campioni appartengono. 4. c VOLERE c NON VOLERE Essere informato di eventuali risultati derivanti dai suddetti studi o ricerche compiute sul campione, utili alla salute del titolare del campione e della sua famiglia. 5. c AUTORIZZARE c NON AUTORIZZARE L’utilizzo dei dati genetici derivanti dall’analisi del tessuto in oggetto ai soli fini di ricerca scientifica, secondo le modalità indicate nella Nota Informativa e nel rispetto del Codice Etico della Biobanca. DATA _________________________ FIRMA ___________________________________

125

Biobanca dell’Ospedale S.Chiara di Trento COD. CAMPIONE/I:…………………………

EVENTUALI RESTRIZIONI AL CONSENSO PRESTATO

Data………………. Firma…………………………

126

18.2 Scheda campione (per raccolta dati anagrafici, trasporto, accettazione e campionamento)

127

Trentino BioBank Registrazione, prelievo e stoccaggio campioni U.O. di ……………………………………………………………………………… Cognome ……………………….. Nome ……………………………… Data nascita ? ?/? ?/? ??? Sesso M F Consenso TBB: si Data ? ?/? ?/? ??? Ora del prelievo: ore __ minuti __ A cura della Anatomia Patologica Numero Armonia ? ????-?-? ? Codice � ????7 %% Ora del congelamento ______________ Materiale : ? tessuti solidi ? sangue ? urine ? altro: Organo: ? mammella ? colon ? ovaio ? polmone ? altro: Modalità congelamento ? azoto ? isopentano raffreddato in azoto CAMPIONI E LORO STOCCAGGIO (scatole con codice di sede e progressivo) Tessuto normale SC N SC N SC N SC N SC N Cryovials NC/1 NC/2 NC/3 NC/4 NC/5 OCT NO/1 NO/2 NO/3 NO/4 NO/5 Paraffina NP/1 NP/2 NP/3 NP/4 NP/5 Tessuto tumorale SC N SC N SC N SC N SC N Cryovials TC/1 TC/2 TC/3 TC/4 TC/5 OCT TO/1 TO/2 TO/3 TO/4 TO/5 Paraffina TP/1 TP/2 TP/3 TP/4 TP/5 Liquidi biologici SC N SC N SC N SC N SC N Liquido pleurico

LP/1 LP/2 LP/3 LP/4 LP/5

Liquido ascitico

LA/1 LA/2 LA/3 LA/4 LA/5

AgoAspirato AA/1 AA/2 AA/3 AA/4 AA/5 Altro …………

A/1 A/2 A/3 A/4 A/5

128

Trentino BioBank Registrazione, prelievo e stoccaggio campioni ematici e urine U.O. di …………………………………………………………………………. Cognome ……………………….. Nome ………………………………. Data nascita ? ?/? ?/? ??? Sesso M F Consenso TBB: si

Data ? ?/? ?/? ??? Ora del prelievo __ __ Codice � ????7 %% Ora del congelamento _______________ Materiale : ? sangue ? urine ? altro: ………………… CAMPIONI E LORO STOCCAGGIO SC N SC N SC N SC N SC N Sangue intero

S/1 S/2 S/3 S/4 S/5

Plasma P/1 P/2 P/3 P/4 P/5 Siero Sr/1 Sr/2 Sr/3 Sr/4 Sr/5 Linfociti L/1 L/2 L/3 L/4 L/5 Globuli rossi

GR/1 GR/2 GR/3 GR/4 GR/5

Urine U/1 U/2 U/3 U/4 U/5

129

18.3 Modulo per richiesta di materiale biologico con dettagli del progetto di ricerca

130

PRESENTAZIONE DEL PROGETTO DI RICERCAPER ACCEDERE AI BIOMATERIALI DI TRENTINO BIOBANK

Titolo del progetto:

TIPOLOGIA E QUANTITÀ DI MATERIALI RICHIESTI1:

TessutiOrgano:Istotipo:

Sangue:

SieroPlasmaFrazione cellulare

TumoraliSaniCoppie tessuti sani e tumorali di stessi pazienti

Numero campioni:

Congelati in OCTCongelati in cryovialsFissati in formalina

Modalità di conservazione dei campioni

1 Specificare il numero di campioni richiesti

PRESENTAZIONE DEL PROGETTO DI RICERCAPER ACCEDERE AI BIOMATERIALI DI TRENTINO BIOBANK

Titolo del progetto:Titolo del progetto:

TIPOLOGIA E QUANTITÀ DI MATERIALI RICHIESTI1:

TessutiOrgano:Istotipo:

Sangue:

SieroPlasmaFrazione cellulare

TumoraliSaniCoppie tessuti sani e tumorali di stessi pazienti

Numero campioni:

Congelati in OCTCongelati in cryovialsFissati in formalina

Modalità di conservazione dei campioni

1 Specificare il numero di campioni richiesti

131

Responsabile scientifico:

Responsabile amministrativo:

Istituzione proponente:

Curriculum vitae del responsabile scientifico con elenco delle pubblicazioni degli ultimi 5 anni:

Responsabile scientifico:

Responsabile amministrativo:

Istituzione proponente:

Curriculum vitae del responsabile scientifico con elenco delle pubblicazioni degli ultimi 5 anni:

132

Riassunto del progetto:Riassunto del progetto:

133

Razionale e background del progetto:

Materiali e metodi:

Razionale e background del progetto:

Materiali e metodi:

134

Risultati attesi:Risultati attesi:

135

Istituzioni coinvolte, loro ruolo e loro dotazioni strumentali ai fini del progetto:Istituzioni coinvolte, loro ruolo e loro dotazioni strumentali ai fini del progetto:

136

Allegare report del Comitato Etico e certificato della conformità della ricercarispetto ai criteri stabiliti dal codice etico.

Il ricercatore si impegna a:

1. citare Trentino Biobank come fonte del materiale di studio in ogni pubblicazione dei dati

2. fornire a Trentino Biobank ogni informazione che possa essere clinicamente rilevante per il donatore dei biomateriali in esame

3. fornire a Trentino Biobank i dati conclusivi della propria ricerca, eventualmente dopo che essi siano stati pubblicati, al fine di implementare il database relativo alle caratteristiche biologiche dei biomateriali conservato

4. non utilizzare in alcun modo i campioni o le componenti da esso estratte a scopo commerciale, nè a distribuirli a terzi con finalità commerciali

Firma del ricercatore

Il progetto è stato approvato dal Comitato Etico della propria istituzione? Si No

L’utilizzo dei campioni è conforme al Codice Etico della biobanca? Si No

Si No

Si No

Si No

Si No

Allegare report del Comitato Etico e certificato della conformità della ricercarispetto ai criteri stabiliti dal codice etico.

Il ricercatore si impegna a:

1. citare Trentino Biobank come fonte del materiale di studio in ogni pubblicazione dei dati

2. fornire a Trentino Biobank ogni informazione che possa essere clinicamente rilevante per il donatore dei biomateriali in esame

3. fornire a Trentino Biobank i dati conclusivi della propria ricerca, eventualmente dopo che essi siano stati pubblicati, al fine di implementare il database relativo alle caratteristiche biologiche dei biomateriali conservato

4. non utilizzare in alcun modo i campioni o le componenti da esso estratte a scopo commerciale, nè a distribuirli a terzi con finalità commerciali

Firma del ricercatore

Il progetto è stato approvato dal Comitato Etico della propria istituzione? Si NoSi No

L’utilizzo dei campioni è conforme al Codice Etico della biobanca? Si NoSi No

Si NoSi No

Si NoSi No

Si NoSi No

Si NoSi No

137

18.4 Modulo per richiesta Tissue microarrays

138

PRESENTAZIONE DI PROGETTO DI RICERCAPER RICHIEDERE ALLESTIMENO/SEZIONI DI TISSUE MICROARRAYS

DI TRENTINO BIOBANK

Titolo del progetto:

TIPOLOGIA E QUANTITÀ DI MATERIALI RICHIESTI:

Sezioni di TMA già allestiti1:Numero di codice del TMA:Numero di sezioni richieste:

1 La tipologia di TMA già disponibili ed i numeri di riferimento dei blocchetti TMA può essere controllato sul sito web della biobanca2 Le precise caratteristiche del blocchetto saranno concordate direttamente tra il ricercatore ed il personale della biobanca; il blocchetto allestito su richiesta rimarrà proprietà della Biobanca e, a conclusione della ricerca, potrà venir utilizzato per altre ricerche

Progettazione, allestimento e taglio di sezioni di TMA2:Tipologia dei dati associati ai campioni:

diagnosi istologicastadiazionefollow-upterapie effettuatemarcatori biomolecolari standard per patologia (es.: recettori ER e

PgR per ca Mammella)

Tipologia tessuti:NormaliNeoplastici

PrimitiviSecondari

Neoplastici primitivi con corrispondente tessuto sanoNeoplastici primitivi con corrispondente metastasiNeoplastici primitivi con corrispondente metastasi e tessuto sano

PRESENTAZIONE DI PROGETTO DI RICERCAPER RICHIEDERE ALLESTIMENO/SEZIONI DI TISSUE MICROARRAYS

DI TRENTINO BIOBANK

Titolo del progetto:Titolo del progetto:

TIPOLOGIA E QUANTITÀ DI MATERIALI RICHIESTI:

Sezioni di TMA già allestiti1:Numero di codice del TMA:Numero di sezioni richieste:

1 La tipologia di TMA già disponibili ed i numeri di riferimento dei blocchetti TMA può essere controllato sul sito web della biobanca2 Le precise caratteristiche del blocchetto saranno concordate direttamente tra il ricercatore ed il personale della biobanca; il blocchetto allestito su richiesta rimarrà proprietà della Biobanca e, a conclusione della ricerca, potrà venir utilizzato per altre ricerche

Progettazione, allestimento e taglio di sezioni di TMA2:Tipologia dei dati associati ai campioni:

diagnosi istologicastadiazionefollow-upterapie effettuatemarcatori biomolecolari standard per patologia (es.: recettori ER e

PgR per ca Mammella)

Tipologia tessuti:NormaliNeoplastici

PrimitiviSecondari

Neoplastici primitivi con corrispondente tessuto sanoNeoplastici primitivi con corrispondente metastasiNeoplastici primitivi con corrispondente metastasi e tessuto sano

Tipologia tessuti:NormaliNeoplastici

PrimitiviSecondari

Neoplastici primitivi con corrispondente tessuto sanoNeoplastici primitivi con corrispondente metastasiNeoplastici primitivi con corrispondente metastasi e tessuto sano

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Istotipo/i: Misti:Omogenei:

Numero campioni:NormaliNeoplastici

PrimitiviSecondari

Neoplastici primitivi con corrispondente tessuto sanoNeoplastici primitivi con corrispondente metastasiNeoplastici primitivi con corrispondente metastasi e tessuto sano

Schema del TMA:diametro cores (mm): 0,6 1 1,5 numero repliche per campione: struttura della matrice: 5x5 10x10numero cores totali: 25 50 100 125 150

Istotipo/i: Misti:Omogenei:

Numero campioni:NormaliNeoplastici

PrimitiviSecondari

Neoplastici primitivi con corrispondente tessuto sanoNeoplastici primitivi con corrispondente metastasiNeoplastici primitivi con corrispondente metastasi e tessuto sano

Schema del TMA:diametro cores (mm): 0,6 1 1,5 numero repliche per campione: struttura della matrice: 5x5 10x10numero cores totali: 25 50 100 125 150

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Responsabile scientifico:

Responsabile amministrativo:

Istituzione proponente:

Curriculum vitae del responsabile scientifico con elenco delle pubblicazioni degli ultimi 5 anni:

Responsabile scientifico:

Responsabile amministrativo:

Istituzione proponente:

Curriculum vitae del responsabile scientifico con elenco delle pubblicazioni degli ultimi 5 anni:

141

Riassunto del progetto:Riassunto del progetto:

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Razionale e background del progetto:

Materiali e metodi:

Razionale e background del progetto:

Materiali e metodi:

143

Risultati attesi:Risultati attesi:

144

Istituzioni coinvolte, loro ruolo e loro dotazioni strumentali ai fini del progetto:Istituzioni coinvolte, loro ruolo e loro dotazioni strumentali ai fini del progetto:

145

Allegare report del Comitato Etico e certificato della conformità della ricercarispetto ai criteri stabiliti dal codice etico.

Il ricercatore si impegna a:

1. citare Trentino Biobank come fonte del materiale di studio in ogni pubblicazione dei dati

2. fornire a Trentino Biobank ogni informazione che possa essere clinicamente rilevante per il donatore dei biomateriali in esame

3. fornire a Trentino Biobank i dati conclusivi della propria ricerca, eventualmente dopo che essi siano stati pubblicati, al fine di implementare il database relativo alle caratteristiche biologiche dei biomateriali conservato

4. non utilizzare in alcun modo i campioni o le componenti da esso estratte a scopo commerciale, nè a distribuirli a terzi con finalità commerciali

Firma del ricercatore

Il progetto è stato approvato dal Comitato Etico della propria istituzione? Si No

L’utilizzo dei campioni è conforme al Codice Etico della biobanca? Si No

Si No

Si No

Si No

Si No

Allegare report del Comitato Etico e certificato della conformità della ricercarispetto ai criteri stabiliti dal codice etico.

Il ricercatore si impegna a:

1. citare Trentino Biobank come fonte del materiale di studio in ogni pubblicazione dei dati

2. fornire a Trentino Biobank ogni informazione che possa essere clinicamente rilevante per il donatore dei biomateriali in esame

3. fornire a Trentino Biobank i dati conclusivi della propria ricerca, eventualmente dopo che essi siano stati pubblicati, al fine di implementare il database relativo alle caratteristiche biologiche dei biomateriali conservato

4. non utilizzare in alcun modo i campioni o le componenti da esso estratte a scopo commerciale, nè a distribuirli a terzi con finalità commerciali

Firma del ricercatore

Il progetto è stato approvato dal Comitato Etico della propria istituzione? Si NoSi No

L’utilizzo dei campioni è conforme al Codice Etico della biobanca? Si NoSi No

Si NoSi No

Si NoSi No

Si NoSi No

Si NoSi No

146

18.5 Scheda di valutazione del progetto

147

SCHEDA DI VALUTAZIONE DEL PROGETTO

Eticamente corretto SI NO

validità scientifica del proponente 1 2 3 4 5

interesse della ricerca proposta 1 2 3 4 5

originalità della ricerca proposta 1 2 3 4 5

adeguatezza dei metodi (tecnologici/statistici) 1 2 3 4 5

(punteggio: 1: inadeguato, 2: scarso, 3: sufficiente, 4: buono, 5: ottimo)

Giudizio globale

Accettabile con score:

Necessita di ulteriori approfondimenti:

Non accettabile

Numero di campioni disponibili:

Costo complessivo dei campioni1:(escluso spedizione a carico del richiedente)

1Il costo dei campioni rappresenta unicamente un rimborso parziale per le spese sostenute dalla Biobanca per la conservazione dei biomateriali e NON rappresenta in alcun modo una loro valorizzazione commerciale.

SCHEDA DI VALUTAZIONE DEL PROGETTO

Eticamente corretto SI NO

validità scientifica del proponente 1 2 3 4 5

interesse della ricerca proposta 1 2 3 4 5

originalità della ricerca proposta 1 2 3 4 5

adeguatezza dei metodi (tecnologici/statistici) 1 2 3 4 5

(punteggio: 1: inadeguato, 2: scarso, 3: sufficiente, 4: buono, 5: ottimo)

Eticamente corretto SI NO

validità scientifica del proponente 1 2 3 4 5

interesse della ricerca proposta 1 2 3 4 5

originalità della ricerca proposta 1 2 3 4 5

adeguatezza dei metodi (tecnologici/statistici) 1 2 3 4 5

(punteggio: 1: inadeguato, 2: scarso, 3: sufficiente, 4: buono, 5: ottimo)

Giudizio globale

Accettabile con score:

Necessita di ulteriori approfondimenti:

Non accettabile

Numero di campioni disponibili:Numero di campioni disponibili:

Costo complessivo dei campioni1:(escluso spedizione a carico del richiedente)

1Il costo dei campioni rappresenta unicamente un rimborso parziale per le spese sostenute dalla Biobanca per la conservazione dei biomateriali e NON rappresenta in alcun modo una loro valorizzazione commerciale.

Costo complessivo dei campioni1:(escluso spedizione a carico del richiedente)

1Il costo dei campioni rappresenta unicamente un rimborso parziale per le spese sostenute dalla Biobanca per la conservazione dei biomateriali e NON rappresenta in alcun modo una loro valorizzazione commerciale.

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