Fu primogenito dei quattro figli (tre maschi e una femmina)[3] di Domenico Colombo (Dominicus Columbus quomdam Johannis) e Susanna Fontanarossa (Sozana de Fontana Rubea), gestori dapprima di una piccola azienda tessile e successivamente, in seguito al trasferimento da Genova a Savona, di un'osteria.[4] Colombo trascorse l'infanzia seguendo i genitori nella nuova abitazione sita in vico DColombo stesso afferma, in una sua lettera, di aver cominciato a navigare a quattordici anni.[7] Durante i suoi viaggi latinizz il suo nome (com'era usanza del tempo) nelle firme che poneva su lettere e documenti; in seguito utilizz come firma anche il nome in castigliano, Cristbal Coln.[8]

House of Colon COA (primitivas).svg House of Colon COA (2).svgStemma di Colombo istituito dai sovraniritto di Ponticello,[5] mentre le informazioni sul suo conto diventano note a partire dal 1470, quando la famiglia si spost a Savona. Con molta probabilit, nacque all'interno del territorio genovese.[6]

i di Castiglia e Aragona il 20 maggio 1493[10] Stemma della famiglia Colombo adottato di propria iniziativa da Cristoforo a partire dal 1502[9]Dopo aver prestato servizio sotto Renato d'Angi, nel 1473 Cristoforo cominci l'apprendistato come mercante al servizio delle famiglie genovesi Centurione, Di Negro, Imperiali e Spinola.[11] Nel 1473 part alla volta di Chio in Grecia, navigando su di un'imbarcazione di nome Roxana, e vi rimase circa un anno.[12] In seguito giunse nel Portogallo. Nel 1476 era a Bristol, arrivato in Inghilterra presumibilmente al seguito della flotta genovese che fu attaccata da navi francesi al largo del Capo Vincenzo dove a stento, secondo le fonti, trov scampo.[13] Successivamente approd a Galway in Irlanda e nel 1477, infine, raggiunse l'Islanda.[14]