Istituto Superiore di Sanità -...

Versione 1.1 1

Istituto Superiore di Sanità

Riversamento dati in DSpace ISS

(Versione 1.1)

Generalità Il file oggetto di trasmissione telematica dovrà essere un file XML conforme alle specifiche

tecniche descritte nello schema. I file che non rispettino tali specifiche verranno scartati.

File XML Per file XML si intende un file codificato secondo la codifica UTF-8, conforme alle specifiche

dell’Extensible Markup Language (XML) 1.1 (http://www.w3.org/XML/) e allo schema

dspaceiss.xsd (versione x.y) disponibile sul sito Internet DSpace ISS all’indirizzo

http://dspace.iss.it/XMLSchema/1.1/dspaceiss.xsd.

Schema XML Il nome del file di schema attualmente in produzione è dspaceiss.xsd (versione 1.1).

Il seguente codice, scaricabile dal sito DSpace ISS, identifica il contenuto e la struttura del

file XSD.

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>

<xs:schema

xmlns="http://dspace.iss.it/dspace/XMLSchema/1.1"

xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"

targetNamespace="http://dspace.iss.it/dspace/XMLSchema/1.1"

elementFormDefault="qualified"

attributeFormDefault="unqualified" version="1.1">

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Versione 1.1 2

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<xs:maxLength value="500"/>

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Versione 1.1 3




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<xs:enumeration value="Conference Paper"/>

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Versione 1.1 4

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<xs:complexType name="parolechiaveType">

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<xs:simpleType name="linguaType">


Versione 1.1 5

<xs:enumeration value="it"/>

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<xs:simpleType>

Versione 1.1 6




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</xs:simpleType>

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<xs:element name="date" minOccurs="0">

<xs:simpleType>




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<xs:element ref="classificazione" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>

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<xs:element name="lingua” type=“linguaType"/>

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Versione 1.1 7

Esempio di XML Il seguente esempio riporta un frammento XML relativo a due tipologie di pubblicazioni

(Article e Conference Paper) prodotte dal personale di ricerca dell’Istituto Superiore di

Sanità (ISS). La versione integrale del documento può essere scaricata dal sito Internet

DSpace ISS.

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>

<documenti xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"

xmlns="http://dspace.iss.it/dspace/XMLSchema/1.1"

xsi:schemaLocation="http://dspace.iss.it/dspace/XMLSchema/1.1

http://dspace.iss.it/XMLSchema/1.1/dspaceiss.xsd">

<documento>

<titolo>La carta del rischio cardiovascolare globale</titolo>

<citazione>

Giampaoli S, Palmieri L, Chiodini P, Cesana G, Ferrario M, Panico S, Pilotto L,

Sega R, Vanuzzo D, Gruppo di ricerca del progetto CUORE. La carta del rischio

cardiovascolare globale. Italian heart journal. Supplement. 2004;5(3):177-185.

</citazione>

<chiaveinterna>15952</chiaveinterna>

<datapubblicazione>

<giorno></giorno>

<mese></mese>

<anno>2004</anno>

</datapubblicazione>

<pubblicazione>Italian heart journal. Supplement</pubblicazione>

<editore>CEPI </editore>

<issn>1129-4728</issn>

<isbn/>

<uri/>

<url>http://www.iss.it</url>

<doi/>

<tipologia>Article</tipologia>

<entiautore>

<ente>Gruppo di ricerca del progetto CUORE</ente>

</entiautore>

<abstract/>

<files/>

<soggetti>

<soggetto>

<valore>Prevention</valore>

<lingua>en</lingua>

</soggetto>

<soggetto>

<valore>Stroke</valore>

<lingua>en</lingua>

</soggetto>

</soggetti>

<terminimesh>

<mesh>

<valore>Infarto miocardico</valore>

<lingua>it</lingua>

</mesh>

<mesh>

<valore>Myocardial Infarction</valore>

<lingua>en</lingua>

</mesh>

<mesh>

<valore>Fattori di rischio</valore>

<lingua>it</lingua>

</mesh>

<mesh>

<valore>Risk Factors</valore>

<lingua>en</lingua>

Versione 1.1 8

</mesh>

</terminimesh>

<autori>

<autore>

<cognome>Palmieri</cognome>

<nome>Luigi</nome>

<affiliazione>

Istituto superiore di sanità. Laboratorio di epidemiologia e

biostatistica

</affiliazione>

</autore>

<autore>

<cognome>Chiodini</cognome>

<nome>Paolo</nome>

<affiliazione>

Università degli studi di Milano-Bicocca Milano. Facoltà di

scienze statistiche

</affiliazione>

</autore>

<autore>

<cognome>Cesana</cognome>

<nome>Giancarlo</nome>

<affiliazione>

Università degli studi di Milano-Bicocca Monza (MI).

Dipartimento medicina clinica prevenzione e biotecnologie

</affiliazione>

</autore>

<autore>

<cognome>Ferrario</cognome>

<nome>Marco</nome>

<affiliazione>



</affiliazione>

</autore>

<autore>

<cognome>Panico </cognome>

<nome> Salvatore</nome>

<affiliazione>

Università degli studi di Napoli Federico II Napoli. Dipartimento

di medicina clinica e sperimentale

</affiliazione>

</autore>

<autore>

<cognome>Pilotto</cognome>

<nome>Lorenza</nome>

<affiliazione>

Centro di prevenzione per le malattie cardiovascolari Udine

</affiliazione>

</autore>

<autore>

<cognome>Sega</cognome>

<nome>Roberto</nome>

<affiliazione>



</affiliazione>

</autore>

<autore>

<cognome>Vanuzzo</cognome>

<nome>Diego</nome>

<affiliazione>

Centro di prevenzione per le malattie cardiovascolari Udine

</affiliazione>

</autore>

</autori>

<curatori/>

Versione 1.1 9

<congresso/>

<classificazioni>

<classificazione>

<valore>Laboratorio di epidemiologia e biostatistica</valore>

<lingua>it</lingua>

</classificazione>

</classificazioni>

<lingua>it</lingua>

</documento>

<documento>

<titolo>

Chylomicron remnants containing lycopene enhance lipid accumulation in THP-1

macrophages

</titolo>

<citazione>

Bravo E, Moore EH, Botham KM, Avella M, Napolitano M. Chylomicron remnants

containing lycopene enhance lipid accumulation in THP-1 macrophages. In:

44.International Conference on the Bioscience of Lipids (ICBL). Abstracts;

September 7-11,2003;Oxford.2003.p.20.

</citazione>

<chiaveinterna>14164</chiaveinterna>

<datapubblicazione>

<giorno></giorno>

<mese></mese>

<anno>2003</anno>

</datapubblicazione>

<pubblicazione>

44.International Conference on the Bioscience of Lipids (ICBL). Abstracts

</pubblicazione>

<editore/>

<issn/>

<isbn/>

<uri/>

<url>http://www.iss.it</url>

<doi/>

<tipologia>Conference Paper</tipologia>

<entiautore/>

<abstract/>

<files/>

<soggetti/>

<terminimesh>

<mesh>

<valore>Chylomicron Remnants</valore>

<lingua>en</lingua>

</mesh>

<mesh>

<valore>Chilimicroni remnant</valore>

<lingua>it</lingua>

</mesh>

<mesh>

<valore>Lipids</valore>

<lingua>en</lingua>

</mesh>

<mesh>

<valore>Lipidi</valore>

<lingua>it</lingua>

</mesh>

<mesh>

<valore>Macrophages</valore>

<lingua>en</lingua>

</mesh>

<mesh>

<valore>Macrofagi</valore>

<lingua>it</lingua>

</mesh>

</terminimesh>

<autori>

Versione 1.1 10

<autore>

<cognome>Bravo</cognome>

<nome>Elena</nome>

<affiliazione>

Istituto superiore di sanità. Laboratorio di metabolismo e

biochimica patologica

</affiliazione>

</autore>

<autore>

<cognome>Moore</cognome>

<nome>Elizabeth H</nome>

<affiliazione>

Royal Veterinary College London (UK). Department of

Veterinary Basic Sciences

</affiliazione>

</autore>

<autore>

<cognome>Botham</cognome>

<nome>Kathleen M</nome>

<affiliazione>



</affiliazione>

</autore>

<autore>

<cognome>Avella</cognome>

<nome>Michael</nome>

<affiliazione>



</affiliazione>

</autore>

<autore>

<cognome> Napolitano</cognome>

<nome>Mariarosaria</nome>

<affiliazione>

Istituto superiore di sanità. Laboratorio di metabolismo e

biochimica patologica

</affiliazione>

</autore>

</autori>

<curatori/>

<congresso>

<titolo>

44.International Conference on the Bioscience of Lipids (ICBL)

</titolo>

<luogo>Oxford</luogo>

<date>September 7-11,2003</date>

</congresso>

<classificazioni>

<classificazione>

<valore>Laboratorio di metabolismo e biochimica patologica</valore>

<lingua>it</lingua>

</classificazione>

</classificazioni>

<lingua>it</lingua>

</documento>

</documenti>

Versione 1.1 11

Guida alla compilazione del file XML

ELEMENTO FORMATO ESEMPIO

<titolo>(*) Stringa alfanumerica di max 500 caratteri

Alcuni aspetti di etica in sanità pubblica

<citazione> Stringa alfanumerica Greco D, Petrini C. Alcuni aspetti di etica in sanità pubblica. Annali dell'Istituto Superiore di Sanità. 2004;40(03):363-371.

<chiaveinterna> Stringa alfanumerica di max 50

caratteri

10922

<giorno> GG (giorno pubblicazione) 31

<mese> MM (mese pubblicazione) 03

<anno> (*) AAAA (anno pubblicazione) 2004

<pubblicazione> (*) Stringa alfanumerica di max 256 caratteri

(titolo di rivista, monografia, rapporto

tecnico, ecc.)

Annali dell'Istituto Superiore di Sanità

<editore> Stringa alfanumerica di max 256 caratteri

Istituto Superiore di Sanità

<issn> XXXX-YYYY

In caso di periodico con ISSN della

versione a stampa e ISSN della versione

elettronica, riportare solo il primo

1549-1277

<isbn> [HHH-]XX-YYY-ZZ-WWW

(ISBN-10 oppure ISBN-13)

88-080-13-12X

oppure

978-88-04-57714-0

<uri> Stringa alfanumerica di max 256 caratteri

Un URI (Uniform Recodice sorgente

Identifier) è una stringa che identifica

univocamente una risorsa generica che può

essere un indirizzo web, un documento,

un'immagine, un file, un servizio, un

indirizzo di posta elettronica, ecc.

http://dspace.iss.it/dspace/

oppure

[email protected]

<url> Stringa alfanumerica di max 256 caratteri

Un URL (Uniform Resource Locator) è una

sequenza di caratteri che identifica

univocamente l'indirizzo di una risorsa in

Internet, come un documento o

un'immagine.

http://dspace.iss.it/dspace/

<doi> Stringa alfanumerica di max 256 caratteri

DOI (Digital Object Identifier) è uno

standard che consente di identificare

persistentemente, all'interno di una rete

digitale, qualsiasi oggetto di proprietà

intellettuale e di associarvi i relativi dati di

riferimento, i metadati, secondo uno

schema strutturato ed estensibile.

doi:10.1016/j.ypmed.2008.07.002

http://it.wikipedia.org/wiki/World_Wide_Web

http://it.wikipedia.org/wiki/Metadati

Versione 1.1 12

<tipologia> (*) Deve essere uno dei seguenti valori:

Article; Letter; Abstract; Book; Edited Book; Book Chapter;

Coference Proceedings; Conference Paper; Technical Report; Other.

Article

<ente> Stringa alfanumerica di max 256 caratteri

Entità collettiva che si qualifica come

autore di una pubblicazione

Gruppo di ricerca del progetto CUORE

oppure

HERMES Collaboration

<abstract> Stringa alfanumerica di max 2500 caratteri

Viene dapprima analizzato il significato del binomio “etica” e

“sanità pubblica”, premettendo necessarie definizioni dei termini…

<nome> Stringa alfanumerica di max 50 caratteri, senza spazi vuoti, in cui i

primi due caratteri devono corrispondere all’anno di pubblicazione seguito da _ e da un identificativo univoco

Denominazione del file allegato (full text di

un articolo)

04_0021-2571-40-03-363-371

(anno, issn, vol, fasc e pag)

<formato> Deve essere uno dei seguenti valori:

pdf;txt;rtf;doc;ppt;xml;htm;html; na.

Il valore di default è na (not-available).

Formato del file allegato

pdf

<valore> Stringa alfanumerica di max 100 caratteri

Riferito a soggetti, termini MeSH,

classificazioni (intestazioni assegnate per

raggruppare documenti di una stessa

collezione)

Valutazione etica

oppure

Ethical evaluation

<lingua>(*) Deve essere uno dei seguenti valori:

it; en; fr; es; de; ja; zh; other.

Va specificato per: documento, soggetti,

termini MeSH, classificazioni (intestazioni

assegnate per raggruppare documenti di una

stessa collezione)

it

oppure

en

<nome> Stringa alfanumerica di max 100 caratteri

Riferito ad autore e a curatore

Se si conosce solo l’iniziale del nome,

riportarla non puntata

Donato

<cognome> Stringa alfanumerica di max 100 caratteri


Greco

<affiliazione> Stringa alfanumerica di max 500

caratteri


In caso di affiliazioni multiple, riportare

Istituto superiore di sanità Roma.

Centro nazionale di epidemiologia sorveglianza e promozione della

salute

Versione 1.1 13

solo la prima.

<titolo> Stringa alfanumerica di max 500 caratteri da utilizzare quando la tipologia è Conference Paper o

Conference Proceedings

Riferito al titolo di un congresso

2. Convegno della Federazione italiana scienze della vita (FISV)

oppure

44. International Conference on the Bioscience of Lipids (ICBL)

<luogo> Stringa alfanumerica di max 100 caratteri da utilizzare quando la tipologia è Conference Paper o Conference Proceedings

Riferito al luogo di un congresso

Riva del Garda

oppure

Oxford

<date> Stringa alfanumerica di max 50 caratteri da utilizzare quando la

tipologia è Conference Paper o Conference Proceedings

Riferito alla data di un congresso

30 settembre - 4 ottobre 2000

oppure

September 7-11, 2003

(*) dato obbligatorio

Lo schema di record in XML riporta i campi relativi a tutte le possibili tipologie di

pubblicazione previste per il riversamento dei dati in DSpace ISS: Article, Letter (tipo di

articolo) Abstract (tipo di articolo), Book, Edited Book, Book Chapter, Conference

Proceedings, Conference Paper, Technical Report e Other.

Per inserire la citazione delle diverse tipologie lavori, si propone di adottare lo stile di

citazione di cui agli esempi in Appendice, redatti, con alcune variazioni, in conformità alle

Uniform Requirements for Manuscript Submitted to Biomedical Journals (note come

Vancouver style, http://www.nlm.nih.gov/bsd/uniform_requirements.html).

Ai fini di assicurare la qualità delle descrizioni da riversare, si raccomanda di procedere

all’inserimento completo dei dati richiesti nello schema di record, con particolare

riferimento al campo Citazione.

http://www.nlm.nih.gov/bsd/uniform_requirements.html

Versione 1.1 14

Validazione dei file XML

Prima di trasmettere i dati all’ISS occorre validare i file XML compilati, poiché quelli che

risulteranno non conformi alle specifiche di codifica dei dati non saranno presi in

considerazione per il riversamento in DSpace ISS.

Per validare i file XML da inviare all’ISS si può utilizzare un qualunque editor XML, per

esempio xmlcopyeditor. E’ un software gratuito distribuito sotto la GNU GPL e scaricabile

dal sito Internet all’indirizzo http://xml-copy-editor.sourceforge.net/ sia per piattaforma

Windows e sia per piattaforma Linux.

La validazione è costituita da due fasi la prima verifica se il file XML è ben formato e la

seconda se è valido rispetto allo schema XSD fornito.

Nel caso si utilizzi xmlcopyeditor, per verificare se un file XML è ben formato bisogna

aprirlo con l’editor XML e utilizzare segno di spunta blu presente nella barra degli strumenti

(Figura 1).

Figura 1 - Esempio di documento XML “ben formato”.

Versione 1.1 15

Successivamente, per verificare se un file XML è valido bisogna, una volta posizionato il file

XML nella stessa cartella del file di schema (dspaceiss.xsd), aprirlo con l’editor XML e

utilizzare il segno di spunta verde presente nella barra degli strumenti (Figura 2).

Figura 2 - Esempio di file XML “valido”.

Versione 1.1 16

Appendice - Corrispondenza Tipologia/Citazione

Article (con Autori)

Greco D, Petrini C. Alcuni aspetti di etica in sanità pubblica. Annali dell'Istituto Superiore di Sanità. 2004;40(03):363-371.

Article (con Autori ed EnteAutore)

Giampaoli S, Palmieri L, Chiodini P, Cesana G, Ferrario M, Panico S, Pilotto L, Sega R, Vanuzzo D, Gruppo di ricerca del progetto CUORE. La carta del rischio cardiovascolare globale. Italian heart journal. Supplement. 2004;5(3):177-185.

Article (con EnteAutore)

HERMES Collaboration. Nuclear polarization of molecular hydrogen recombined on a non-metallic surface. European physical journal D. 2004;29(1):21-26.

Letter (tipo di articolo)

Preventive medicine. 2008;47(4):454-455| Gallus S, Tramacere I, Zuccaro P, Colombo P, Boffetta P, La Vecchia C. Attitudes and perceptions towards increasing of cigarette price: a population-based survey in Italy [letter]. Preventive medicine. 2008;47(4):454-455.

Abstract (tipo di articolo)

Vanacore N, Da Cas R, Bianchi C, Sorrentino C, Raschetti R, The OSMED Study Group. A descriptive analysis of use of antiparkinsonian drugs in Italy in the period 2000-2007 [abstract].Neuroepidemiology. 2008;31(4):215.

Book

Vecchia P, Tirelli U, Spezia U. Campi elettromagnetici e salute: dai miti alla realtà. Milano: 21mo Secolo; 2001.

Edited Book (monografia con curatori)

Macchia T, Giannotti CF, Taggi F, ed. I servizi e le sostanze ricreazionali. Una rilevazione clinica in Italia. Milano: Franco Angeli; 2004.

Book Chapter

Migliaccio G, Novelli G, Cancellieri E. Le nuove frontiere della ricerca clinica. In: Tomino C, ed. Manuale tecnico-pratico sulla sperimentazione clinica dei medicinali. Roma: Critical medicine publishing; 2004. p. 335-389.

Conference Proceedings

Bedetti C, Guerrera D, ed. Seminario Recenti tematiche in medicina. 9. Settimana della cultura scientifica e tecnologica. Atti. Roma: Istituto Superiore di Sanità; 2000.

Conference Paper

Bravo E, Moore EH, Botham KM, Avella M, Napolitano M. Chylomicron remnants containing lycopene enhance lipid accumulation in THP-1 macrophages. In: 44. International Conference on the Bioscience of Lipids (ICBL). Abstracts; September 7-11, 2003; Oxford. 2003. p. 20.

Technical Report

Michael B, Sideris E, Frankenberg D, Heimgartner E, Cherubini R, Belli M, Darroudi F, Kiefer J, Carlsson J. Experimental data for the induction of cancer by radiation of different

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