Gramicidina S

2 Phe, 2 Orn, 2 Pro, 2 Leu, 2 Val VOLFP

NOESY

TOCSY

1) fingerprint

NH

Ha

2) Correlazioni tra protoni alifatici

COSY: cross-picchi evidenziano solo le correlazioni tra protoni connessi da non più di tre legami

VOLFP

Protoni

VOLFPRegione amidica: ci si aspettano 4 correlazioni NH-H

9.1 8.7 8.3 7.2

Regione fingerprint

4.364.414.57

4.77

8.68 8.349.1 7.23

4.364.32HP5

1(1.46)

2(1.94)

H(2.48)

H(3.59)

Sistema di spin della prolina

In giallo lo spettro TOCSY dove si vedono correlazioni scalari a più di tre legami

HH

HH

HH

HH

HH

Non sembrano esserci ulteriori correlazioni oltra H-H

1 2.98 22 .88

L’unico a.a. della sequenza che non ha protoni oltre i beta è PheHp: sistema di spin della Phe H 4.36

H

H

H

H

Non ho correlazione con i metili a campi alti, quindi può essere solo O

Sistema di spin dell’ornitina

H

P

O

Questi due protoni alfa devono essere quelli di Val e Leuche si distinguono perché la valina ha un sistema di spin più corto

F

H

H

H

Sistema di spin della valina

La correlazione rimasta inassegnata nella regione fingerprint a 8.34 e 4.57 deve essere la Leu

H

H

Regione fingerprint

4.364.41 V4.57

4.77

8.68 8.349.1 7.23

F

L

O

Typical NOE intensities

F

O

L

F

Sovrapposizione dello spettro COSY e NOESY (rosso)

VOLFP

iNi

iNi+1

Nii-1

HL-HNF

HV-HNO

HO-HNL

F

H

VOLFP

HL

Rosso: noesy, azzurro: tocsy

F

VOLFP

HL

HL

HLHO

O

HV

HV

HFHar-HF

HNV-HP

NH2O

Correlazione 12P è un picco sia TOCSY che NOESYSi può usare per calibrare le distanze

Azzurro: TOCSY Rosso: NOESY

HP-HF

HP-HF

Il software ne calcola l’integrale (volume) in modo automatico

Nella dimensione F1 c’è poca risoluzione, quindi i picchi non sono ben separati

La regione simmetrica ha molta più risoluzione

Object Integral [abs] ν(F2) ν(F1) Integral 1 151810000.00 1.9440 1.4917 12 Pro 1.8 Å Integral 2 36027000.00 9.0926 4.5819 Leu-NHPheIntegral 3 45930000.00 8.6721 4.4108 Val-NHOrnIntegral 4 54024000.00 8.3249 4.7702 Orn-NHLeuIntegral 5 54753000.00 4.7604 8.3298 Orn-NHLeu 2.16 ÅIntegral 6 42051000.00 4.5722 9.0999 Leu-NHPhe 2.27 ÅIntegral 7 49753000.00 4.4010 8.6818 Val-NHOrn 2.20 ÅIntegral 8 6340100.00 4.572 8.329 Leu-NHLeu 3.12 Å

NOE12= k/r612 NOEOrn-NHLeu = k/r6Orn-NHLeu

Axx

x

r

r

NOE

NOENHlLeuaOrn

NHlLeuaOrn

16.23477.2

8.154753000

151810000

6

6

621

621

Restraints list