BIOINFO3 - Lezione 341 INTERAZIONE CON UN SERVER MYSQL Quando abbiamo parlato dei database...

BIOINFO3 - Lezione 34 11

INTERAZIONE CON UN SERVER MYSQLINTERAZIONE CON UN SERVER MYSQL

Quando abbiamo parlato dei database relazionali SQL vi avevo già accennato che l’interazione (invio di comandi e ricezione di risultati) poteva avvenire in due modi:

•Direttamente attraverso un client interprete di comandi.

Ed è quanto abbiamo fatto finora a lezione e nelle esercitazioni, richiedendo, dalla linea di comando UNIX, l’esecuzione del client mysql. I comandi sono digitati direttamente e il programma client colloquia, attraverso la rete, con il server, utilizzando il protocollo TCP/IP (il protocollo standard per comunicare attraverso internet)

•Attraverso il cosiddetto “embedding” in un linguaggio di programmazione.

In questo caso si utilizza l’intermediazione di “librerie” del linguaggio, che permettono al programma di colloquiare con il server. Il programma chiede l’esecuzione di alcune funzioni fornendo loro il comando SQL da eseguire sotto forma di stringa di testo.


MODULI DI PERL (es. BIOPERL)MODULI DI PERL (es. BIOPERL)

Per il Perl esiste un gran numero di librerie (dette “moduli”) anche per molte altre cose, ad esempio anche per la BIOINFORMATICA (il cosiddetto BIOPERL). Suggerisco a chi ne fosse interessato e alla fine del corso volesse approfondire l’argomento di consultare il sito www.bioperl.org.

Questa libreria aggiunge al Perl la possibilità di svolgere in modo semplice le più comuni (e ripetitive) operazioni che normalmente si effettuano in programmi bioinformatici: esecuzione di programma (BLAST, PSI-BLAST, GENSCAN…), interpretazione dei risultati ed estrazione di informazioni (il cosiddetto “PARSING” o, italianizzato, “PARSERIZZAZIONE”), gestione di database di sequenze, tipicamente a flat-file, conversione tra vari formati dei dati


EMBEDDING DI MySQL in PERLEMBEDDING DI MySQL in PERL

Ma torniamo al modulo di Perl per MySQL.

Per avvalersi di questa libreria, che aggiunge al linguaggio alcune funzioni per interagire con server MySQL è necessario utilizzare l’istruzione:

use Mysql;

Molti moduli vengono già distribuiti insieme al Perl, altri si possono installare successivamente, scaricandoli dal sito di chi li ha realizzati.

Bisogna precisare che i moduli non vanno a modificare il linguaggio aggiungendo nuove istruzioni, ma utilizzano degli strumenti evoluti forniti dal linguaggio stesso (abbiamo già accennato a funzioni o ad esempio utilizzando la programmazione ad oggetti, di cui però non parleremo in questo corso)


CONNESSIONE AL SERVERCONNESSIONE AL SERVER

Una volta dichiarato che si intende usare la libreria del Perl per MySQL è necessario collegarsi al server MySQL desiderato ed a un database specifico gestito dal server. L’istruzione è del tipo

Mysql->connect(server,database,user,password);

Server. L’indirizzo del server. Ad esempio nelle esercitazioni avete usato e userete sibilla.cribi.unipd.it. Si può scrivere semplicemte “sibilla” se il programma verrà eseguito in un computer della sottorete in cui il server sibilla è conosciuto. Se invece il programma gira in un computer fuori dalla sottorete si deve indicare l’indirizzo completo “sibilla.cribi.unipd.it” o anche l’indirizzo IP (“147.162.3.226”). Se il programma è sulla stessa macchina che ospita il server si può usare “localhost”.

Database. Il nome del database (es. “btbm-1”).

User e password. Questi vengono decisi dall’amministratore del database per consentire l’accesso al database solo agli utenti autorizzati. Nel nostro caso non sono stati definiti per cui si usa “” in entrambi i casi



L’istruzione di connect restituisce un “puntatore” al database che dovrà essere assegnato ad una variabile per poter successivamente operare con quel database.

E’ possibile aprire più connessioni contemporaneamente a database diversi (anche su server diversi) ed ovviamente in ciascun caso si farà riferimento ad una variabile diversa.

$db=Mysql->connect(“sibilla”,”test”,””,””);

$db2=Mysql->connect(“sibilla”,”btbm-2”,””,””);



Vediamo un esempio di connessione fallita…

In questo caso non esisteva il database “test20” sul server cronos!



… ed una connessione riuscita.

In questo caso il programma non muore con l’istruzione die, ma stampa il valore della variabile $db, giusto per farvi vedere come essa viene gestita internamente dal Perl. Il numero è un indirizzo di memoria ove il programma organizza in una struttura dati opportuna (oggetto) tutte le informazioni che gli servono per gestire questa connessione.


OPERAZIONI SUL DATABASEOPERAZIONI SUL DATABASE

Avendo a disposizione la variabile che rappresenta la connessione con il DB ora è possibile inviare al database qualunque comando SQL semplicemente scrivendolo in una stringa ed invocando la funzione query su quella variabile, usando tale stringa come parametro

$db->query(“…comando SQL…”);

Ad esempio le istruzioni

$query=“insert into enzimir values(‘EcoRI’,’GAATTC’,1)”;

$db->query($query);

effettuano l’inserimento di un record nella tabella enzimir.

Il procedimento è identico per le istruzioni di update e delete.


OPERAZIONI DI SELECTOPERAZIONI DI SELECT

Finora abbiamo visto le operazioni di SQL che non restituiscono risultati. Vediamo cosa succede con l’operazione di select, che invece restituisce una tabella di risultati, formata in generale da diverse righe.

$q=“select * from enzimir”;

$r=$db->query($q);

Tutte le righe di risultato restituite dal server sono assegnate alla variabile $r, che sarà a sua volta un puntatore ad una zona di memoria dove Perl gestirà opportunamente questo oggetto complesso. Non dovrete assolutamente preoccuparvi del valore di $r, così come di quello di $db, che, ripeto, sono gestiti dal Perl, ma semplicemente usare questa variabile nel modo che tra poco vedremo.

$r


RISULTATO DI UNA SELECTRISULTATO DI UNA SELECT

Ancora il valore è un puntatore ad un “oggetto” (struttura dati complessa) contenuta ad un certo indirizzo di memoria


ESTRAZIONE DEI RISULTATIESTRAZIONE DEI RISULTATI

I risultati vengono “estratti” dalla variabile $r usando una funzione chiamata “fetchhash”. Ogni volta che viene invocata questa funzione restituisce la riga successiva di risultati. Quindi la prima volta che viene chiamata, fetchhash restituisce la prima riga di risultati, la seconda volta la seconda riga e così via fino all’ultima riga.

La funzione fetchhash restituisce in un array associativo (ancora loro…) la riga di risultati. L’array associativo ha come chiavi i nomi delle colonne della tabella restituita dalla query e come valori i valori corrispondenti in quella riga.

%f=$r->fetchhash;

nome sitotagliosequenza

EcoRI GAATTC 1%f


CICLO DI ESTRAZIONE RISULTATICICLO DI ESTRAZIONE RISULTATI

Tipicamente si effettua un ciclo per estrarre tutte le righe di risultati

while (%f=$r->fetchhash;){# UTILIZZO DELLA RIGA CORRENTE DI RISULTATI (%f)

}

Il ciclo continua fino a quando la fetchhash riesce ad estrarre righe di risultati da $r assegnandole a %f. Se la select non restituisce nessuna riga non si entra nemmeno nel while. Esaurite le righe di risultati la fetchhash restituisce un array associativo vuoto a %f e pertanto la condizione %f che controlla il while diventa falsa, facendolo terminare.


Notare come ad ogni ciclo venga estratta una riga diversa dei risultati. Nell’ultimo ciclo la fetchhash resituisce un array associativo vuoto che fa terminare il while


Join di tabelle

select orfconsensus.name , orfconsensus.chromStart, orfconsensus.chromEnd, orfannotation.description from orfconsensus, orfannotation where orfconsensus.name='PBPRA0671' and orfconsensus.name=orfannotation.name

$q=“select orfconsensus.name as name , orfconsensus.chromStart as Start, orfconsensus.chromEnd as End, orfannotation.description as descriptionfrom orfconsensus, orfannotation where orfconsensus.name='PBPRA0671' and orfconsensus.name=orfannotation.name”;

$r=$db->query($q);while(%f= $r->fetchhash){

$nome=$f{‘name’};$Start=$f{‘Start’};$End=$f{‘End’};$Description=$f{‘description’};

}


ESEMPIOESEMPIO

Si vuole scrivere un programma Perl eseguito via WEB (CGI) che stampi in una tabella HTML tutti i record della tabella degli enzimi di restrizione


ESEMPIOESEMPIO


ESEMPIOESEMPIOVediamo cosa succede se il programma non trova server o database


ESEMPIOESEMPIOProviamo a scrivere anche una pagina web da cui richiamare, clickando su un link ipertestuale, l’esecuzione della pagina


RIEPILOGORIEPILOGO

•Moduli (librerie) del Perl

•Embedding di MySQL in Perl

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