lezione 27-28 marted 15 Dicembre 2009corso di laurea specialistica magistrale Biotecnologiaaula 6a ore 14.00-16.00corso di genomicaa.a. 2009/10lezione tenuta dal prof. Pietro dAddabbo

Bioinformatica

per la Genetica e la Genomica

Operazioni classichecon differente punto di vista:

Ricerca di informazioni nelle banche dati Analisi di dati nuovi ed originali

Meta-analisi di dati notiBioinformatica per la Genomica

Carrellata di strumentiper la ricerca di informazioni

Entrez

PubMed

OMIM e OMIA

2) Analisi di dati originali

preparazione degli esperimenti

analisi (multiallineamento) dei risultati

Sequence Manipulation SiteBlast2seqClustalWPrimer3

Primer3

Sequence Manipulation Suite

ClustalW

Blast2seq

Blast2seq sufficiente per confrontare genomi???

Genalyzer

Mauve

Meta-analisi3) Meta-analisiAnalizzare dati disponibiliestraendone nuovi risultati...con metodi rapidi!!!

BLAST

EMBL, Ensembl, UCSC Genome Browser...

BLASTsiete certi di conoscerlo???

BLASTsiete certi di conoscerlo???

GenBank: un mito...siete certi di conoscerlo??? ancora omnicomprensivo?

Nucleotide Sequence Databases

* nr All GenBank + RefSeq Nucleotides + EMBL + DDBJ + PDB sequences (excluding HTGS0,1,2, EST, GSS, STS, PAT, WGS). No longer "non-redundant". * refseq_rna RNA entries from NCBI's Reference Sequence project * refseq_genomic Genomic entries from NCBI's Reference Sequence project * est Database of GenBank + EMBL + DDBJ sequences from EST Divisions * gss Genome Survey Sequence, includes single-pass genomic data, exon-trapped sequences, and Alu PCR sequences. * htgs Unfinished High Throughput Genomic Sequences: phases 0, 1 and 2 (finished, are in nr) * pat Nucleotides from the Patent division of GenBank. * pdb Sequences derived from the 3-dimensional structure from Brookhaven Protein Data Bank * month All new or revised GenBank + EMBL + DDBJ + PDB sequences released in the last 30 days. * dbsts Database of GenBank+EMBL+DDBJ sequences from STS Divisions . * chromosome A database with complete genomes and chromosomes from the NCBI Reference Sequence project. * wgs A database for whole genome shotgun sequence entries. * env_nt Nucleotide sequences from environmental samples.

TRACES Archive

EMBL Genome Browser

Ensembl Genome Browser

Ensembl Genome Browser

1000 Genomes Browser

UCSCGenome Browser }Sezione grafica (Genome viewer)Scelta delle annotazioni visualizzate:

Differenti specie, differenti tracks

Comparative genome track

Visualizzazione delle BAC ends: