Il progetto MIRRI: ruolo delle collezioni di microorganismi nello sviluppo delle

biotecnologie italiane.

Mycotheca Universitatis Taurinensis

Dept. Life Science and Systems Biology

www.mut.unito.it

Info.mut@unito.it

European Strategy Forum on European Strategy Forum on Research Infrastructures (ESFRI)Research Infrastructures (ESFRI)

ESFRI è uno strumento EU per :•sviluppare l'integrazione scientifica in Europa;•rafforzare la sua proiezione internazionale.

Il progetto MIRRI è stato ideato nell’ambito dell’ES FRIEd è entrato nella Road Map europea nel 2010

Construzione di nuove Infrastrutture di Ricerca (RI )•Fase preparatoria (3 anni)

•Fase esecutiva (3 anni)

Struttura legale della RI• European Research Infrastructure

Consortium - ERIC

European Strategy Forum on Research European Strategy Forum on Research InfrastructuresInfrastructures

Attraverso la costituzione di un ERIC si passa alla fase operativa

• Almeno 3 Stati della EU• Ogni governo paga per la sua struttura (90%)

Costruire una Infrastruttura di Ricerca Pan –Europea

•Fornire serviziper facilitare l'accesso a microrganismi di alta qualità, loro derivati e dati associati per favorire la ricerca, lo sviluppo e la bioeconomia;

•Connettere le Collezioni microbiche, i ricercatori e i politiciper fornire le risorse e i servizi in modo più efficace ed efficiente per soddisfare le esigenze di innovazione nel settoredelle biotecnologie.

� Semplice� Efficiente, veloce� Multiuso, multi-utenti� Economicamente sostenibile

> per conservare e rendere disponibile in materiale biologico evitando inutili sovrapposizioni;

> per gestire e sfruttare le informazioni;> condividere e diffondere la conoscenza.

Condividere non sono il materiale biologico, ma anche l’esperienza dei differenti centri

implementando gli strumenti a disposizione della comunità scientifica e delle aziende.

Il network deve essere:

Partners

•Core group (16)• Collaborating parties

(including ECCO members)

Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen - DSMZ Germany

CAB International UK

Institut Pasteur France

Belgian Science Policy Office Belgium

Koninklijke Nederlandse Akademie voor wetenschappen KNAW-CBS Netherlands

Goeteborgs Universitet Sweden

Universitat de Valencia Spain

Universiteit Gent Belgium

Institut National de la Recherche Agronomique France

Jacobs University Bremen Germany

Universidade do Minho Portugal

Universita Degli Studi di Torino Italy

Consejo Superior de Investigaciones Cientificas Spain

Institute of Biochemistry and Physiology of Microorganisms - VKM Russian Federation

Instytut Biotechnologi Przemyslu Rolno Spozywczego Poland

Azienda Ospedaliera Universitaria San Martino- Insti tuto Nazionale per la Ricerca sul Cancro – USMI

Italy

Lo scopo della MUT Lo scopo della MUT èè ll ’’acquisizione, acquisizione, ll ’’ identificazione, la caratterizzazione, la identificazione, la caratterizzazione, la

conservazione e la distribuzione di colture di conservazione e la distribuzione di colture di funghi per supportare la ricerca e la funghi per supportare la ricerca e la

bioeconomia.bioeconomia.

Attualmente preserva circa 5300 isolati Attualmente preserva circa 5300 isolati appartenenti a 1100 specieappartenenti a 1100 specie

Dal 2008 la MUT è membro del:

European Culture Collections' Organisation (ECCO);

World Federation Culture Collections (WFCC).

Certificazione ISO 9001 dal 2006

La MUT è una collezione di servizio che offre servizi di:

• isolamento e identificazione (con tecniche convenzionali e

molecolari) di funghi da differenti substrati;

• distribuzione di colture fungine a scopo di ricerca o per

applicazioni commerciali;

• Deposito di colture fungine di pubblico accesso o garantite;

• screening e caratterizzazione di colture per proprietà utili;

• liofilizzazione di microorganismi;

• corsi di formazione;

• consulenza.

Strategie delle CC per affrontare i vincoli socio-economici e diventare BRCs

Culture Collections ���� Biological Resources Centers

� Assicurare la sostenibilità finanziaria

� Gestione delle Risorse biologiche

� Gestione dei dati & Comunicazione

� Fornire informazioni e servizi affidabili

� Operare in conformità con le leggi

€

Immortalised Animal and Human CellsBacterial viruses

Plant viruses

Animal/human viruses

Plasmids , DNA, RNA

Dedifferentiated Plant Cells

Microscopic Algae

Bacteria

Fungi

Protozoa

Yeasts

Archaea

Fig. 1 Spectrum of Holdings of Microbial Resource Centres

Immortalised Animal and Human CellsBacterial viruses

Plant viruses

Animal/human viruses

Plasmids , DNA, RNA

Dedifferentiated Plant Cells

Microscopic Algae

Bacteria

Fungi

Protozoa

Yeasts

Archaea

Immortalised Animal and Human CellsBacterial viruses

Plant viruses

Animal/human viruses

Plasmids , DNA, RNA

Dedifferentiated Plant Cells

Microscopic Algae

Bacteria

Fungi

Protozoa

Yeasts

Archaea

Fig. 1 Spectrum of Holdings of Microbial Resource Centres

WP1 gestione del progetto MIRRI nella fase preparatoria

WP2 progettazione dell'infrastruttura di ricerca e delle risorse distribuite

WP3 Struttura di governance del network, status giuridico e operativo

WP4 Piano finanziario

WP5 Comunicazione, diffusione e sensibilizzazione

WP6 Organizzazione e sviluppo dei servizi, creazione di programmi interdisciplinari

WP7 Organizzazione delle strutture, istruzione e formazione

WP8 Gestione dei dati

WP9 Inquadramento giuridico per l'accesso alle risorse microbiche

WP10 Approcci innovativi

1. Definire la forma di governance e lo status legale di questa struttura;

2. Identificare e coinvolgere i centri di ricerca, le aziende con vocazione biotech e i politici;

3. Definire lo scopo, i programmi di lavoro e il piano finanziario per il funzionamento sostenibile del network;

4. Definire gli standard minimi per i centri affiliati a MIRRI;

5. Sviluppare pacchetti didattici per garantire una formazione adeguata dei ricercatori e del personale BRC;

6. Connessione con paesi extra-europei;

7. Garantire l'interoperabilità dei dati sistemi informativi innovativi.

WP5: Outreachand commu -nication

WP4: Financial and businessplans

WP3: Governancestructure , legal status , operational practice

WP2: Organisa -tional structure , defining services

WP10: Imple-mentinginnovation

WP7: Capacitybuilding , educationand training

WP8: Information resource and database

WP6: Developingservices and programmes

WP9: Legal ope-rational frameworkfor access

Building the Research Infrastructure

Research Infrastructure OutputsA

dvis

ory

Boa

rd

WP

1: M

anag

emen

t an

d C

oord

inat

ion

Ste

erin

gC

omm

ittee

ExpertGroup

ExpertGroup

ExpertGroup

WP5: Outreachand commu -nication

WP4: Financial and businessplans

WP3: Governancestructure , legal status , operational practice

WP2: Organisa -tional structure , defining services

WP10: Imple-mentinginnovation

WP7: Capacitybuilding , educationand training

WP8: Information resource and database

WP6: Developingservices and programmes

WP9: Legal ope-rational frameworkfor access

Building the Research Infrastructure

Research Infrastructure OutputsA

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ExpertGroup

ExpertGroup

ExpertGroup

• MIRRI garantirà una copertura più ampia delle risorse biologiche e dei servizi forniti attraverso un ‘approccio coordinato che garantisca una migliore utilizzazione delle competenze e un programma di sviluppo delle risorse umane.

• Accesso facilitato alle infrastrutture di ricerca, ai dati e alle infrastrutture.

• Verrà istituita una piattaforma di esperti nei differenti settori.

• Verranno istituite procedure operative comuni che permettano di lavorare in accordo con le normative vigenti a livello internazionale.

• Favorirà un dialogo per gestire le esigenze scientifiche e le politiche governative (consulenze per la classe dirigente a livello nazionale ed euroeo).

• Maggiore efficienza del sistema e più facile accesso ai dati legati al materiale microbico in accordo con le normative internazionali.

• Una maggiore trasparenza e tracciabilità del flusso di materiale microbico (Nagoya Protocol).

• Trasferimento tecnologico al tessuto industriale

Questionario

x aziende

agriculture,

environment

health,

hygiene

energy,

climate

Microbial Resource Research Infrastructure (MIRRI)

Enhanced research in academia and industry, e.g.

energy & climatebiotech environment innovationhealthagriculture

increase

food

production

new sources

for biofuels

clearing of

ecological

desaster

industry

industrial

products

academia

sustainable

agriculture,

food security

health &

wellbeing

secure, clean &

efficient energy

smart & green

transport

climate action,

resource efficiency

& raw material

inclusive,

innovative &

secure societiesHorizon 2020

R&D functional

food

biodiversity

antagonists

against

pathogens

fighting

climate change

fighting crop

failure

Nel 2030 circa 1/3 della produzione industriale deri verà dalle biotecnologie e dalle bioenergie (OECD Report, 2012).

1. Identificare il ruolo dei microrganismi nella gestione sostenibile del territorio;

2. Aumentare l'offerta alimentare e ridurre la fame nel mondo attraverso una riduzione delle perdite dovute a parassiti e malattie;

3. Fornire le risorse per migliorare le procedure sanitarie e fitosanitarie in ottemperanza alla richiesta WTO;

4. Supportare i processi di formazione di microbiologi, biotecnologi e sistematici;

5. Supportare i progetti sanitari e in particolare la scoperta di nuovi farmaci;

6. Identificare nuovi prodotti microbici da inserire nel mercato come ed esempio probiotici;

7. Fornire nuovi strumenti per la produzione di energia e biocombustibil .

Fuel/Energy

Food and food

additivesAntibiotics

Taxonomicreferences

EnzymesBioremediation

DrugsBiocontrol

Agriculture

Genomics

Food and Beverage Industry

Cosmetics

Biotechnology

Systems Biology

Biochemicals / Kits

PharmaceuticalIndustry

Diagnostics

Basic Reseach

POTENTIAL FOR COOPERATION AND OUTPUT: COORDINATED SCREENING

MIRRI Microorganism holdings :uses and properties

Fig. 8 Examples for Uses and Applications of Microorganisms

Fuel/Energy

Food and food

additivesAntibiotics

Taxonomicreferences

EnzymesBioremediation

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Agriculture

Genomics

Food and Beverage Industry

Cosmetics

Biotechnology

Systems Biology

Biochemicals / Kits

PharmaceuticalIndustry

Diagnostics

Basic Reseach

POTENTIAL FOR COOPERATION AND OUTPUT: COORDINATED SCREENING

MIRRI Microorganism holdings :uses and properties

Fuel/Energy

Food and food

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Taxonomicreferences

EnzymesBioremediation

DrugsBiocontrol

Agriculture

Genomics

Food and Beverage Industry

Cosmetics

Biotechnology

Systems Biology

Biochemicals / Kits

PharmaceuticalIndustry

Diagnostics

Basic Reseach

POTENTIAL FOR COOPERATION AND OUTPUT: COORDINATED SCREENING

MIRRI Microorganism holdings :uses and properties

Fig. 8 Examples for Uses and Applications of Microorganisms

- Costituzione di gruppi di esperti

- Dalle BRCs e da centri di ricerca esterni e dal mondo industriale su

argomenti diversi (alimenti, agricoltura,ibioindustria,medicina)

- Con competenza in tassonomia, controllo di qualità, questioni legali e

di sostenibilità.

- Gli esperti saranno disponibili attraverso un One-Stop-Consultation

Platform

Sarà organizzato un „help desk“ per tutte le

BRCs affiliate a MIRRI

- Offrire specifici corsi di formazione per Microbial Resource Centre

(MRC), Culture Collection (CC) staff, ricercatori e personale tecnico

- Argomenti sia scientifici che legali e di gestione

- training will be offered in a distributed curriculum, depending on

collection strength to broaden the scope of offered courses

- development of a Master Curriculum to attract students

22

Prevenire la perdita di competenze nella sistematica

die microorganismi e nella gestione delle collezioni

degli stessi.

- Possibilità di depositare ceppi di collezioni non pubbliche in collezioni

pubbliche. Importante soprattuto per „orphan collections“ o in pericolo.

- Accesso facilitato alle risorse genetiche di MIRRI

- Conservazione ex situ del materiale in modo adeguadato

- Programmi coordinati per l‘isolamento di nuovo materile biologico

- Sviluppo di strategie per obbligare il deposito del materiale pubblicato in

collezioni pubbliche (< 1%)

aumento della credibilità della scienza e delle nuove

opportunità di sfruttamento

(Trusted collections concept according to EU)

- l'accesso fisico alle strutture all'interno di MIRRI per promuovere la

collaborazione e formazione tra i partner MRC e gli utenti

- possibilità di utilizzare strumentazioni/ metodi che sono

attualmente finanziariamente fuori portata nelle proprie strutture.

opportunità di collaborare utilizzando una

crescente gamma di apparecchiature che porterà

ad aumento del numero di pubblicazioni e/o

ricadute industriali

- supporto nel raggiungimento della conformità con il protocollo di

Nagoya

- Access and Benefit Sharing Policy (ABS)

- Prior Informed Consent (PIC)

- sostegno per l'attuazione del codice di condotta sulla biosicurezza

per BRCs

- Supporto per incrementare l‘utilizzo del MTA (core ECCO)

- questioni giuridiche import / export

Maggior rispetto delle regolamentazioni da parte dei

curatori e degli scienziati

The “ABS Regulation” has now been approved by both the European Parliament and the Council. A press release can be found here:

http://www.consilium.europa.eu/uedocs/cms_data/docs/pressdata/en/envir/142185.pdf)

- Opportunità di integrare i tuoi dati in un pan-European database

- integration into a given infrastructure

- supported by MIRRI experts

- Garantire open access ai vostri dati

- Armonizzare la condivisione dei dati facilitare la visibilità dei propri dati

pubblicati

Incrementare l‘accesso a dati affidabili

Structure of MIRRI in the Implementation Phase

Nella fase di attuazione MIRRI sarà aperto a nuovi partners, purchèabbiamo gli standard minimi richiesti.

- definition of criteria for membership is under development (WP2.2)

- criteria should reflect at least the requirements already established

for BRCs and for RIs, concerning

- open access of microbial material

- management

- quality

- data provision

- science component

- (…)

This preparatory phase project will have a catalytic and stimulating effect in many different ways.

Governments should develop national road maps for BRCs ensuring the pan-European strategy can be implemented.

•Great opportunity to develop an national network in Italy;

•To create, from the experience of already existing BRCs, new centres able to handle different kind of organisms;

•To support the academic research;

•To support the bio-based economy and the transfer-technology in different regions.

The Italian Situation is not optimal.

What do Italy needs to join MIRRI in the executive phase?

1. To convince the government to accede to MIRRI and found the Italian participation (Italian Road Map)

2. List all collections of microorganisms present in Italy and check the quality of the material and of the relative dataset ;

3. Staff training on technical and legal aspects for the establishment of common operational procedures within a legal framework;

4. Ensuring funding management of the collections;5. Development of National website for easy access to material

and information.

MIRRI è cominciato nel Novembre 2012: i partner chiave sono stati identificati nei principali paesi europei. Questa fase preparatori sicuramente avrà un effetto catalizzatore e stimolante per tutte le collezioni di microorganismi.

I singoli governi dovranno sviluppare delle strategie n azionali per le BRCs del loro paese per assicurare lo sviluppo del network Pan-Europeo.

(SITUAZIONE ITALIANA DISASTROSA).

•La maggioranza delle collezioni sono “di laboratorio”;

• Non sono collezioni di servizio con staff permanente

• Nella maggior parte dei casi non ottemperano alle normative internazionali relative alla biodiversità, nonché allo scambio di microorganismi;

• Non hanno un “Quality Managment System” e non sono certificate.

•Non sappiamo esattamente quali e quante sono che materiale conservano e in quali condizioni

MIRRI deve diventare lo stimolo per cominciare a lavo rare ad un sistema di collezioni a livello nazionale che sicur amente raggrupperà collezioni diverse.Cominciare a lavorare in modo collaborativo e senza ca mpanilismi(finanziamenti per depositi sui progetti finanziati…)

•Grande opportunità per sviluppare un network di collezioni italiano;

•Creare nuove BRCs in grado di gestire differenti tipi di organismi;

•Sostenere la ricerca accademica;

•Sostenere lo sviluppo della bioeconomia in diverse aree creandosinergia tra università e SMEs.

Cosa dobbiamo fare perché l’Italia entri nella fase esecutiva di MIRRI?

1. Adattare le nuove strutture acquisite per erogare servizi secondo gli standard più elevati;

2. Garantire l’assunzione a tempo indeterminato di personale esperto;

3. Garantire il finanziamento a lungo termine della collezione.

MUT

1. Mappare le collezioni esistenti, il materiale conservato e le procedure utilizzate;

2. Formare il personale delle CC sugli aspetti legali e tecnici;

3. Garantire il finanziamento delle collezioni che vogliono diventare BCR.

4. Website nazionale per reperire materiale e informazioni.

ITALY

MIRRI – Europe

Operational Unit

MIRRI – Europe

Operational Unit

National Node HubNational

Node Hub National Node HubNational

Node Hub

National Node HubNational

Node Hub

PLAVITPLAVIT

DISAFA

DISAFA CRA-

ENOCRA-ENO

DISAFA

DISAFA

IZS-PLVIZS-PLV

National Node Hub

MUT

National Node Hub

MUT

MICRONEP

Le collezioni microbiche piemontesi: creazione di un network evalorizzazione delle risorse biologiche - MICRONEP

Thank you!!!!

Info.mut@unito.it