Gen pop6drift
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Genetica di popolazioni 6:Deriva genetica
Programma del corso
1. Diversità genetica
2. Equilibrio di Hardy-Weinberg
3. Inbreeding
4. Linkage disequilibrium
5. Mutazione
6. Deriva genetica
7. Flusso genico e varianze genetiche
8. Selezione
9. Mantenimento dei polimorfismi e teoria neutrale
10. Introduzione alla teoria coalescente
11. Struttura e storia della popolazione umana
+ Lettura critica di articoli
Deriva genetica significa che c’è una componente
casuale nel successo riproduttivo
Riproduzione asessuata; N costante; ogni individuo lascia 1 discendente
Riproduzione asessuata; N costante; numero variabile di discendenti
Se gli individui portano alleli differenti: fissazione degli alleli
Esperimento di Buri (1956)
bw bw = occhi bianchibw75 bw = occhi aranciobw75 bw75 = occhi marrone
109 popolazioni8 maschi, 8 femmine
Inizialmente, tutti eterozigotibw75 bw
Esperimento di Buri (1956)
Anche l’eterozigosi si riduceattraverso le generazioni
Buri P. (1956) Gene frequency in small populations of mutant Drosophila. Evolution 10:367-402
Condizioni dell’esperimento di Buri
• Organismo diploide, riproduzione sessuata
• Generazioni non sovrapposte
• Unione casuale
• Popolazione grande
• Mutazione trascurabile
• Migrazione trascurabile
• Mortalità indipendente dal genotipo
• Fertilità indipendente dal genotipo
Simulazione di derivagenetica in popolazionidiploidi di 9 e 50 individui
Simulazione di deriva genetica in popolazioni diploidi di10000 e 4 individui
La deriva riduce la variabilità entro popolazioni e aumenta quella fra popolazioni
Tre simulazioni dideriva genetica in popolazione diploide di50 individui
La frequenza allelica iniziale influenza il probabile esito finale
La frequenza allelica iniziale influenza il probabile esito finale
Vediamo se ci siamo capiti
Nei tre grafici abbiamo la variazione di frequenze alleliche nel tempo per effetto della deriva, in tre serie di esperimenti, ciascuno effettuato su popolazioni di dimensioni uguali. In quale serie le popolazioni erano più grandi, e in quale più piccole?
Vediamo se ci siamo capiti
Alla luce delle simulazioni qui riportate, quale di queste affermazioni è sbagliata?
a. La deriva tende a far fissare o a far perdere gli alleli;
b. La deriva ha effetti solo in popolazioni molto piccole;
c. La deriva agisce indipendentemente nelle diverse popolazioni;
d. La deriva produce indifferentemente fluttuazioni verso l’alto o verso il basso delle frequenze alleliche.
Perché è importante la derivagenetica?
• Importanza evolutiva: cambiamento non adattativo, specie in piccole popolazioni
• Importanza per la conservazione: perdita di diversitàgenetica, specie in piccole popolazioni
• Importanza biomedica: alleli patologici altrove raripossono essere comuni in piccole popolazioni
La deriva in teoria
La deriva in teoria (modello di Wright-Fisher)
• Ci sono molte sottopopolazioni isolate, ciascuna di dimensionicostanti, N, di cui ½ maschi e ½ femmine
• L’accoppiamento è casuale
• Ogni individuo ha la stessa probabilità di trasmettere I suoi geni allagenerazione successiva
• Le generazioni non si sovrappongono
La deriva in teoria
– 2 alleli, A1 e A2
– Xt = numero di alleli A1 al tempo t
– pij = Pr {Xt+1 = j | Xt = i}
– Campionamento binomiale
pi0 = 1 x fr(A1)0 x fr(A2)2N = fr(A2)2N
per j = 0, pij corrisponde alla probabilità di campionare 2N volte A2
La deriva in teoria
P4,6 = x (0.6)4 x (0.4)6104
P (4 blu) P (6 rossi)
= 210 * 0.004096 * 0.1296 == 210 * 0.0053 = 0.111
Distribuzione delle frequenze alleliche secondo Wright e Fisher
La probabilità si fissi ciascun allele è pari alla loro frequenza; quindiprobabilità che un nuovo allele arrivi a fissarsi = 1/2N
Colli di bottiglia
Colli di bottiglia e alleli rari
Effetto del fondatore
Gli effetti di fondatore generano linkage disequilibrium
D’ = 0 D’ = 1, LD completo
Effetti del fondatore nell’evoluzione
umana
Effetti del fondatore nell’evoluzione umana
Effetti del fondatore nell’evoluzione umana
Effetti della deriva
Corea di Huntigton nella regionedi Maracaibo: Effetto del fondatore (Maria Concepcion Soto)
Gruppi sanguigni in amerindiCollo di bottiglia
Effetti della deriva: gruppo sanguigno AB0
Races A B O AB
Un. States 42% 10% 45% 3%
Chinese 31% 28% 34% 7%
Blackfoot 76% ----- 24% -----
Navajo 24% ----- 76% -----
Variabilità genetica nel ghepardo
Acinonyx Jubatus Jubatus
(S. Africa) 2,500 (Namibia) 1,500 (Botswana) 1,500 (Kenya/Tanzania)
Acinonyx Jubatus Rainey
(E. Africa) less than 1,000
Acinonyx Jubatus Hecki
(N. Africa) less than 1,000
Acinonyx Jubatus Venaticus
(Asia) virtually extinct
Acinonyx Jubatus Raddei
(Iran/Turkestan) approx. 200
Livelli di eterozigosi per marcatori VNTR
Menotti-Raymond & O’Brien 1993Bottleneck datato al Pleistocene
N H media
A. jubatus jubatus 7 0.280
A. jubatus raineyi 9 0.224
Felis catus 17 0.460
Panthera Leo (Serengeti) 76 0.481
Panthera Leo (Ngorongoro) 6 0.435
I livelli di eterozigosi osservati per il ghepardo a livello di allozimisottostimano la variabilità genetica presente nella specie
Però i problemi restano: nei leoni di Gir soprattutto
NB: i valori di eterozigosi differiscono da quelli visti in precedenza (0.224; 0.280) perché qui sono calcolati come media di 3 studi
E forse sappiamo anche perché
Mentre i ghepardi sembra che se la passino meglio
Meccanismi di speciazione
Deriva genetica e speciazione
La probabilità che una nuova specie sia polimorfica dipende dalle frequenzealleliche nella popolazione fondatrice e dal numero di fondatori (non imparentati)
Dimensioni effettive: Ne
• Ne è il numero di individui per il quale ci si attende un effetto delladeriva pari a quello osservato
• Problema: Si può misurare Ne per la generazione in corso o per alcunegenerazioni, ma quello che conta è il suo valore nel lungo periodo(long-term Ne), che si può solo stimare
• Ne dipende dalla struttura d’età della popolazione; nell’uomo è comune approssimarlo ad 1/3 della popolazione censita
Ne: stime nell’uomo
Atkinson, Gray e Drummond (2008) mtDNA variation predicts population size in humans and reveals a major Southern Asian chapter in human prehistory. Mol Biol Evol 25:468-474
Cosa succede quando
Ne fluttua nel corso del tempo (es. Lince canadese)?
L’effetto di deriva è forte e non viene espresso dalla media aritmetica ma dalla media armonica dei valori di Ne.
Esempio:
Cosa succede quando
Il rapporto-sessi non è 1 femmina : 1 maschio?
Un esempio: I babbuini di San Antonio
300 30 = 330
Ne = (4 x 30 x 300) / (30 + 300) = 109
Sintesi• La deriva genetica riduce la diversità entro popolazioni e aumenta
quella fra popolazioni
• La deriva genetica dipende dalla variazione casuale del successoriproduttivo, ed è amplificata da fenomeni quali collo di bottiglia, effetto del fondatore, fluttuazioni periodiche della popolazione e rapporto-sessi sbilanciato
• L’effetto principale della deriva genetica è legato alla perdita o allafissazione di alleli, il che può contribuire a fenomeni di speciazione
• Per ogni allele, la probabilità di fissazione è pari alla sua frequenza
• L’effetto della deriva genetica è stimato dalla dimensione effettivadella popolaione, Ne
• Fluttuazioni delle dimensioni della popolazione, o rapporti-sessisbilanciati, abbassano sensibilmente il valore medio di Ne