Corso ECM Pubblicare in ambito...

11

Struttura di un articolo scientifico

Corso ECMPubblicare in ambito scientifico

Roma, 25 Maggio 2017 - I ed.

Gabriella D’[email protected]

Corso ECM “Ppubblicare in ambito scientifico”Roma 24-25 Maggio 2017

mailto:[email protected]

2

Perché pubblicare?

Pubblicare è una delle fasi nel processo dellaricerca scientifica

Pubblicare è anche necessario per la costruzione di un CV e per la progressione dicarriera

33

1. Perché scrivere un articolo?2. Che tipo di articolo?3. Dove pubblicarlo?

4. Come scriverlo?

Prima di iniziare ...

44

- Perché dobbiamo comunicare qualcosa di nuovo- Per modificare la pratica (non solo studi “positivi”…)- Per promuovere la riflessione o il dibattito- Per permettere l’analisi del nostro lavoro

Perché scrivere un articolo?

55

Articoli originali (Full articles/Original articles): ricercacompleta (risultati controllati, nuovi e significativi)

Lettere (Letters/Short Communications): comunicazioniveloci e preliminari di avanzamenti della ricerca significativied originali

Revisioni della letteratura (Review/Perspectives): riassumono sviluppi recenti di un argomento specifico. Non introducono nuove informazioni.

Casi clinici (Case Reports): descrivono singoli casi clinici dipazienti di interesse per la diagnosi e/o per la terapia

Che tipo di articolo?

66

Identifica il giusto destinatario del tuo studio

• Clinico/traslazionale vs ricerca di base• Verifica l’interessa della rivista nell’argomento trattato• Rivista “Open access” vs “cartacea”

Dove pubblicarlo?

7

La scelta della rivista

� La scelta dovrebbe andare sulla rivista con massimo Impact Factor (IF) e massimo Citation Index (CI)

� Tuttavia, va considerato:

- se l’articolo è “appropriato” per il tipo e lo stile di quella rivista

- qual è il “pubblico” a cui è destinato il messaggio

8

Come scriverlo?Il testo di articoli sperimentali è generalmente diviso in parti secondo una convenzione:

TitleAuthorsAbstractKeywords

Testo principale (IMRAD)

IntroductionMethodsResultsAnd Discussion (Conclusions)

AcknowledgementsReferencesSupplementary material

9

Che cosa pubblicare:• Risultati o Metodi nuovi e originali• Reviews o riassunti di specifici argomenti• Manoscritti che incrementino le conoscenze in un

determinato campo di ricerca

Che cosa NON pubblicare:– Studi datati– Duplicazioni di studi pubblicati in precedenza– Studi incorretti/copiati

Cosa pubblicare?

10

• Contiene un messaggio scientifico chiaro, utile, e nuovo

• Scorre in maniera logica e si legge facilmente

• E’ organizzato nel modo migliore

• E’ scritto in uno stile chiaro che trasmette ilmessaggio facilmente

Un articolo è un buon articolo se:

1111

- Raccogli tutti i dati, le analisi, le tabelle, etc.

- Controlla che ci siano tutti i dati necessari: sono sufficienti, significativi, riproducibili, nuovi?

- Organizza i risultati in maniera da seguire una sequenza logica (che quasi mai rispetta l’ordine temporale in cui sono stati condotti gli esperimenti)

- Crea le figure per il manoscritto (inserisci in ogni figura 1 o piu’ pannelli utili a dare un significato al paragrafo corrispondente)

- Includi dati aggiuntivi, nelle Informazioni Supplementari

- Discuti i dati con i tuoi colleghi, annota i punti importanti durante la discussione. Talvolta gli esterni possono chiarirti degli aspetti che le persone coinvolte nel lavoro non riescono piu’ a vedere

Prima di scrivere un articolo

12

Struttura di un articolo scientifico


Testo principale (IMRAD)



13

- È il “biglietto da visita”di un articolo e deve descriverne brevemente il contenuto

- Il titolo è la parte dell’articolo che sarà più letta in assoluto

- Deve permettere ai lettori di rintracciare l’articolo nei database elettronici

Il titolo dell’articoloTitleAuthorsAbstractKeywords

14

Elencare il nome completo di tutti gli autori, gli indirizzi istituzionali e gli indirizzi e-mail

Se tra gli autori c’è un gruppo di collaborazione elencare il Nome del Gruppo come autore

Indicate il “ corresponding author “

Il titolo dell’articolo

15

SI: Informativo e conciso SI: Descrittivo, fortemente associato al contenuto dell’articoloSI: Lunghezza raccomandata dalla rivista scelta

NO: Troppo corto, potrebbero mancare informazioni rilevantiNO: Troppo lungo, meno facile da leggere!NO: con abbreviazioni o acronimi che non sono noti alla

comunita’ specializzata


16

Semplice, attraente e che rifletta lo studio:- Frasi da evitare : Investigation, Study, Novel, etc.


Genome-wide copy number analysis reveals candidate gene loci that confersusceptibility to high-grade prostate cancerUrol Oncol

A novel SIRT1 inhibitor, 4bb induces apoptosis in HCT116 human colon carcinoma cells partially by activating p53Biochem Biophys Res Commun

Advances in systemic therapy for metastatic breast cancer: future perspectivesMed Oncol (Review)

CDC42-Interacting Protein 4 Promotes Metastasis of Nasopharyngeal Carcinoma by Mediating Invadopodia Formation and Activating EGFR Signaling

Genome-wide screen of miRNAs and targeting mRNAs reveals the negatively regulatory effect of miR-130b-3p on PTEN in bladder cancer by PI3K/AKT and integrin β1/FAK signaling pathway

17


1: chi ha fatto materialmente la maggior parte del lavoro2: chi ha contribuito all’esecuzione degli esperimenti3: chi ha contribuito con metodologie particolari

Ultimo nome: chi ha concepito lo studio, lo ha finanziato e ha scritto il lavoro.

L’ultimo nome è in genere anche il “corresponding author”, quello cio’responsabile della sottomissione di un lavoro corretto e approvato da tutti gli autori e responsabile della corrispondenza con l’Editore della rivista.

Inserire vicino all’autore l’Istituto di appartenenza (Affiliazione).

Chi è un autore?(secondo ICMJE - International Commitee of MedicalJournals Editors)

18

1) Contributo sostanziale al concepimento o al disegno del lavoro2) Acquisizione, analisi o interpretazione di dati per il lavoro3) Scrittura del lavoro e revisione critica con importanti contributi intellettuali4) Approvazione finale della versione da pubblicare e accordo(agreement) su tutti gli aspetti di accuratezza o integrita’ delle varie parti del lavoro analizzate e risolte

La “authorship” si basa su 4 criteri

Gli autori che non incontrano i 4 criteri dovrebbero essere spostati nei ringraziamenti (Acknowledgement)

19

Il “corresponding author” è chi si prende la responsabilita’ della comunicazione con la rivista durante il processo di sottomissione, peer review e pubblicazione del lavoro.

Il “corresponding author” si assicura che siano propriamente completate tutte le richieste dalla rivista (dettagli di “authorship”, approvazione del Comitato Etico, registrazione del clinical trial, documento del conflitto di interesse. Questi doveri possono essere delegati ad uno o piu’ co-autori.

Il “corresponding author” deve rendersi disponibile durante tutto il processo di sottomissione e peer review per rispondere alle richieste editoriali in tempo e dopo la pubblicazione per rispondere alle critiche e/o alla richiesta di dati originali o altre informazioni per dubbi che possano essere sorti dopo la pubblicazione.

ICMJE raccomanda che gli editori mandino copia della corrispondenza a tutti gli autori del lavoro.

Corresponding author

20

Chi non incontra i 4 criteri deve essere spostato nei Ringraziamenti.

Esempi di attivita’ che da sole (in assenza di altri contributi) non qualificano un contributo come autorship: acquisizione di fondi,

supervisione generale di un gruppo di ricerca, assistenza nello scrivere, technical editing, language editing, correzioni delle bozze.

Questi contributi possono essere ringraziati singolarmente o in gruppo (e.g. "Clinical Investigators" or "Participating Investigators"), e il loro

contributo dovrebbe essere specificato (e.g., "served as scientificadvisor," "critically reviewed the study proposal," "collected data," "provided and cared for study patients", "participated in writing or

technical editing of the manuscript").

Contributi non-autorali

Ci possono essere piu’ autori che hanno contribuito egualmente come primo o ultimo autore:

#These authors equally contributed

21

È spesso l’unica parte dell’articolo accessibile elettronicamente

Deve riflettere accuratamente il contenuto dell’articolo

Vene scritto di solito dopo che l’articolo è stato completato, per evitare contraddizioni con il contenuto del testo

AbstractTitleAuthorsAbstractKeywords

Riassume brevemente i principali risultati del lavoro in una sequenza logica e consequenziale

22

Struttura dell’abstract

L’abstract deve essere ascritto secondo le richieste della specifica rivista

Seguire sempre le Istruzioni agli autori

Descrive iI background dello studio, gli scopi e le procedure (selezione dei partecipanti, metodi osservazionali o analitici), risultati (senza dettagli sperimentali), conclusioni

Enfatizza aspetti nuovi e importanti dello studio

Deve essere un breve riassunto del lavoro

Normalmente è previsto un limite di parole (200-300 parole)

Non si citano referenze nell’abstract

Scriverlo in maniera semplice e informativa

23

Cytotoxic chemotherapy agents (e.g., cisplatin) are the first-line drugs to treatnon-small cell lung cancer (NSCLC) but NSCLC develops resistance to the agent, limiting therapeutic efficacy. Despite many approaches to identifying the underlying mechanism for cisplatin resistance, there remains a lack of effectivetargets in the population that resist cisplatin treatment. In this study, we soughtto investigate the role of cytoplasmic RAP1, a previously identified positive regulator of NF-κB signaling, in the development of cisplatin resistance in NSCLC cells. We found that …… compared with a normal pulmonary epithelial cell line, ….. further increase of cytoplasmic RAP1 in A549 cells; ….. The RAP1-mediated cisplatin resistance was associated with the activation of NF-κB signaling and the upregulation of the antiapoptosis factor BCL-2. Intriguingly, in the small portionof RAP1-depleted cells that survived cisplatin treatment, no induction of NF-κB activity and BCL-2 expression was observed. Furthermore, in establishedcisplatin-resistant A549 cells, RAP1 depletion caused BCL2 depletion, caspaseactivation and dramatic lethality to the cells. Hence, our results demonstratethat the cytoplasmic RAP1–NF-κB–BCL2 axis represents a key pathway tocisplatin resistance in NSCLC cells, identifying RAP1 as a marker and a potentialtherapeutic target for cisplatin resistance of NSCLC.

Cytoplasmic RAP1 mediates cisplatin resistanceof non-small cell lung cancer

Es.

24

Abstract strutturatoBackground: Activation of wild-type p53 in response to genotoxic stress occurs throughdifferent mechanisms including protein conformation, posttranslational modifications, and nuclear localization, leading to DNA binding to sequence-specific promoters. Zinc ion playsa crucial role in stabilizing p53/DNA binding to induce canonical target genes. Mutant p53 proteins undergo protein misfolding that can be counteracted by zinc. However, whetherzinc supplementation might have a beneficial antitumor effect in wild-type p53-carrying cells in combination with drugs, has not been addressed so far.Methods: In this study we compared the effect of two antitumor treatments: on the onehand wild-type p53-carrying colon cancer cells were treated with low and high doses ofchemotherapeutic agent Adriamycin and, on the other hand, Adriamycin was used in combination with ZnCl2. Biochemical and molecular analyses were applied to evaluate p53 activity and biological outcomes in this setting. Finally, the effect of the differentcombination treatments were applied to assess tumor growth in vivo in tumor xenografts.Results: We found that low-dose Adriamycin did not induce p53 activation in wtp53-carrying colon cancer cells, unless in combination with ZnCl2. Mechanistically, ZnCl2 was a key determinant in inducing wtp53/DNA binding and transactivation of target genes in response to low-dose Adriamycin that used alone did not achieve such effects. Finally, in vivo studies, in a model of wtp53 colon cancer xenograft, show that low-dose Adriamycindid not induce tumor regression unless in combination with ZnCl2 that activatedendogenous wtp53.Conclusions: These results provide evidence that ZnCl2 might be a valuable adjuvant in chemotherapeutic regimens of colorectal cancer harboring wild-type p53, able to bothactivate p53 and reduce the amount of drugs for antitumor purposes.

25

Parole chiave (Keywords)

Da 3 a 10 e devono rappresentare il contenuto principale dell’articolo

Sono importanti per una corretta indicizzazione e citazione del lavoro Non devono essere troppo generiche

Usare solo abbreviazioni stabilite e.g. DNA


Benserazide, a dopadecarboxylase inhibitor, suppresses tumor growth by targeting hexokinase 2

KeywordsBenserazide, Colorectal cancer, Drug repurposing, HK2 inhibitor, Structure-based virtual ligand screening

Elevated Gab2 induces tumor growth and angiogenesis in colorectal cancer through upregulating VEGF levelsKeywordsGab2, Colorectal cancer, Angiogenesis,VEGF, EMT

2727

La struttura IMRAD

Non è una scelta arbitraria, ma ogni sezione risponde a domande scientifiche specifiche


2828

Le domande scientifiche sezione per sezione …

- Introduzione: perché abbiamo fatto lo studio

- Metodi: come abbiamo fatto lo studio

- Resultati: cosa abbiamo trovato

- Discussione: che cosa può significare?

29

Introduzione

- Perché abbiamo fatto lo studio?

- l’importanza dello studio in questo campo della ricerca

- cosa è stato fatto prima (breve descrizione) (background)

- cosa è stato necessario per lo studio (metodi)

- ipotesi e scopo dello studio


30

– E’ l’occasione di convincere il lettore dell’importanza del nostro lavoro

– Descrivere il problema. Ci sono soluzioni? Quali sono I limiti principali? Che cosa sperate di ottenere?

– Descrivere solo problematiche che saranno affrontate nel presente lavoro.

– Esporre il problema in linea con la natura della rivistadove viene sottomesso.

– Citare le principali pubblicazioni su cui si basa il lavoro, includendo anche Review recenti.

Introduzione

In genere si assume che il lettore sia a conoscenza delle principali problematiche affrontate dallo studio, quindi bisognerebbe assere abbastanza concisi anche se non totalmente tecnici. L’Introduzione deve essere breve e informativa con un breve background dell’argomento affrontato.

31

– Troppo prolissa• Non dilungarsi e ripetere i concetti• Non fare in questa sezione una lezione di storia; i

lettori potrebbero perdere l’interesse.

– Un misto di Introduzione con risultati, discussione e conclusioni.

• Mantenere sempre le varie sezioni separate per assicurarsi che il monoscritto scorra in modo logicoda una sezione all’altra.

Problemi con l’Introduzione

32

Questa sezione dovrebbe contenere sufficienti dettagli da permettere la ripetizione da parte di terzi, di tutte le procedure sperimentali (controllare sempre le Istruzioni agli autori).

I Metodi che sono stati gia’ pubblicati possono non essere ripetuti ma brevemente accennati con specifiche referenze.

Gli Autori dovrebbero scrivere il nome delle case di produzione e del luogo per i materiali usati e gli strumenti e i farmaci dovrebbero essere identificati col loro nome farmaceutico e commerciale se rilevante.

Includere, dove appropriato, il tipo di analisi statistica usata.

Materiali e Metodi IntroductionMethodsResultsAnd Discussion (Conclusions)

33

Materiali e Metodi

Come abbiamo condotto lo studio?

- Disegno dello studio

- Numero dei soggetti inclusi

- Criteri di inclusione/esclusione

- Tipo di intervento applicato

- Analisi statistica (calcolo della numerosità campionaria)

- Principi etici e consenso


34


RisultatiCosa abbiamo trovato?

La sezione dei risultati dovrebbe presentare i dati sperimentali nel testo, figure o tabelle.

I dati andrebbero presentati in forma chiara, concisa, ponendo l’accento su cosa è rilevante

I risultati andrebbero presentati tutti (incluso quelli negativi o non significativi, spesso messi nei dati supplementari)

Il testo dovrebbe descrivere la ricerca

Le tabelle dovrebbero far risaltare le evidenze

Le figure/grafici dovrebbero illustrare i punti salienti

35

La Discussione si dovrebbe focalizzare sull’interpretazione e il significato dei risultati della ricerca.

Un commento obiettivo che ne descriva la relazione con altri studinella stessa area di ricerca, sarebbe opportuno.

Non dovrebbe ripetere informazioni date nei risultati e dovrebbemenzionare i diversi modelli consistenti con i dati, se presenti.

Il paragrafo finale (spesso a parte come Conclusioni) dovrebbe evidenziare le principali conclusioni e dare alcune indicazioni sulla direzione futura che il lavoro potrebbe prendere.

Discussione

36


Discussione

Cosa potrebbero significare i nostri risultati?

Forza dello studio

Comparazione con altri studi

Limiti della ricerca

Significato dei risultati

Domande irrisolte

37

E’ la sezione piu’ importante dell’articolo. Qui c’èl’opportunita’ di “vendere” il messaggio!

La Discussione deve corrispondere ai Risultati. ..ma non ripetere i risultati

Nella Discussione bisogna comparare i risultati con quelli gia’ pubblicati. Non ignorare i lavori in disaccordo con il nostro, ma fare un

confronto onesto e supportare la nostra ipotesi.

Discussione – significato dei risultati

38

Le conclusioni dovrebbero chiaramente e in modo conciso dare una spiegazione dell’importanza e della rilevanza dello studio riportato.

Dire come, allo stato dell’arte, i risultati aggiungano qualcosa al campo di ricerca.

È utile concludere suggerendo che tipo di ricerca sviluppare in futuro.

Conclusioni

39

Conclusioni

40


Chi ha provveduto a sostenere la ricerca tramite finanziamenti, farmaci, attrezzature

Le persone che hanno aiutato nella stesura dell’articolo, delle tabelle o delle figure

Ringraziamenti

41


Lista dei lavori, in coda all’articolo, citati nel testo a supporto delle enunciazioni dell’autore.

L’Autore è responsabile dell’accuratezza dei riferimenti bibliografici

Una bibliografia approssimata si riflette negativamente sull’articolo

Controllare che il formato della bibliografia rispetti le richieste della rivista (Harvard o Vancouver style…).

Bibliografia (References)

42

Vancouver system

� Utilizza riferimenti numerati in apice all’interno del testo

� La bibliografia è riportata nell’ordine con cui appare nel testo

43

Harvard system� Utilizza il nome del primo autore e la data di pubblicazione

� La bibliografia è riportata in ordine alfabetico

44

Revisioni della letteratura (Review)- Riassumere precedenti studi per informare il lettore

sullo stato attuale della ricerca

- Definire e chiarire un problema specifico

- Identificare le relazioni, le contraddizioni, le mancanze, l’inconsistenza della letteratura

Molecular or Metabolic Reprograming: What triggers tumor subtypes?Cancer Res

Trends and advances in tumor immunology and lung cancer immunotherapyJECCR

45

Sono focalizzate su un articolo precedentemente pubblicato su quella rivista

…per criticare, supportare, correggere, dare ulteriori informazioni o spiegazioni circa i risultati presentati

Sono brevi (500 parole max.) e riportano l’opinione originale dell’Autore/i (max. 4-6) su quell’argomento

Lettere all’Editore

46

- Sono la forma più antica e basilare di comunicazione in medicina

- Sono focalizzati sulla descrizione di casi di pazienti di interesse per la diagnosi, il trattamento, ecc.

Casi clinici (Case Reports)

Case-reportUnusual case of paraparesis in a patient with Cushing’s syndromeBMJ Case Reports

Case ReportAirway obstruction caused by rapid enlargement of cervicalLymphoangioma in a five-month-old boyClinical Case Reports

48

Linguaggio Scientifico

• Presente per fatti noti e per ipotesi :“The average life of a honey bee is 6 weeks”

• Passato per descrivere i risultati di un esperimento:“The average life span of bees in our contained environment was 8 weeks…”

49

La stesura di un articolo scientifico

La stesura di un articolo scientifico NON è scritturacreativa;

deve essere concisa, logico e precisa;

se la chiarezza si ottiene con n parole, non usare main+1.

5050

Uniform Requirements

� L’ICMJE (International Commitee of Medical Journals Editors)ha definito dei requisiti di uniformità per gli articoli, fornendo raccomandazioni specifiche di pubblicazione e stile.

� Lo scopo è di aiutare gli autori e gli editori nel preparare articoli su studi biomedici che siano accurati, chiari e facilmente accessibili .

Principi etici legati al processo di valutazione e pubblicazione dell’articolo

Aspetti tecnici della preparazione e invio dell’articolo

5151

Potrebbe essere utile …

Leggere attentamente le linee guida per gli autori della rivista scelta(es.:Un manoscritto non ha una lunghezza standard, ma dipende

dalle Istruzioni agli autori della rivista presa in considerazione)

Vedere i numeri recenti per capire qual è il tipo di articoli che viene normalmente pubblicato

Scegliere la rivista prima di iniziare a scrivere l’articolo

5252

Conflitto di interesse

� Si ha quando un reviewer o un editor ha interessi finanziari, personali, commerciali, politici o accademici che potrebbero influenzarne le azioni

� Tutti i partecipanti al processo di pubblicazione devono dichiarare relazioni che potrebbero presentare / essere viste come un potenziale conflitto di interesse

5353

� Chiedete a un collega di leggere l’articolo per assicurarci che sia comprensibile

� Il collega dovrebbe leggere criticamente e appuntare le debolezze dell’articolo come farebbe un revisore

�Tenete l’articolo da parte per qualche giorno e rileggetelo: troverete un numero sorprendente di errori!

Prima di spedire l’articolo..

54

Importante da ricordare

• Sottomettere alla giusta rivista (scopo, prestigio e pertinenza)

• Sottomettere ad una sola rivista per volta

• Controllare l’Inglese

• Controllare la struttura

• Controllare le istruzioni agli autori della rivista scelta

• Essere onesti con i propri dati e le spiegazioni

55

Spedizione e Revisione

Corso ECM Pubblicare in ambito...

Documents

Transcript of Corso ECM Pubblicare in ambito...