Universita' degli Studi di Roma "Tor Vergata"

Corso di Laurea in Ingegneria Medica

DOMANDE DI ESAME DIVISE PER CAPITOLO

PARTE I: IL REGNO DELLA BIOCHIMICA

Domande sul Capitolo 1: Di che cosa si occupa la biochimica

Principal i d i f ferenze tra cel lu le procar iot iche ed eucar iot iche. (pag 15)

Domande sul Capitolo 2: La matrice della vita: le interazioni deboli in ambiente acquoso.

Repulsione molecolare a distanze estremamente ravvic inate: i l raggio di Van

Der Waals. (pag 29)

Molecole anf ipat iche in soluzione acquosa. (pag 36)

Sistema tampone del sangue..(pag 43)

Raggio ef fet t ivo del l 'atmosfera controionica dei macroioni in soluzione secondo

la teor ia di Debye-Huckel . (pag 47)

Def in iz ione di forza ionica e ef fet to "sal t ing in" . (pag 47)

Tipi pr incipal i d i legami idrogeno present inel le molecole di importanza biologica.

(pag 31)

Equazione di Henderson-Hasselbach per la reazione HA . . . . . (pag 41)

Esempio di interazione dipolo-dipolo e dipendenza del l 'energia dal la distanza. (pg 27)

Domande sul Capitolo 3: L'energetica della vita.

Stabi l izzazione per r isonanza del lo ione ortofosfato (con formule).(pag 75)

La molecola di ATP (con formula).e le sue reazioni d i idrol is i . (pg 75)

Isoelet t rofocal izzazione.(pg 52)

PARTE I I : L'ARCHITETTURA MOLECOLARE DELLA MATERIA VIVENTE

Domande sul capitolo 4:

Forme amino e imino del la c i tosina (con formule). (pag 90)

Model lo di Watson e Cr ick del DNA. (pag 97)

Appaiamento di basi secondo Hogsteen, t r ip le el iche e DNA H. (pag 113)

Unita ' r ipet i t ive del l 'RNA e del DNA (con formule). (pag 87)

Formula di strut tura del la c i t id ina 5 ' - monofosfato. (pag 89)

Dif ferenze strut tural i t ra DNA-A e DNA-B.(pag 101)

Formule di strut tura e legami H tra A e T e t ra C e G. (pag 96)

Strut tura e formule del l 'ur id ina-5' -monofosfato (UMP). (pag 89)

Scr ivere le formule del le forme amminiche e imminiche di adenina. (pg 90)

Ut i l izzo del l 'assorbimento di luce ul t raviolet ta per seguire la denaturazione

del DNA. (pg 115)

Scr ivere le formule del le forme amminiche e imminiche di adenina. (pg 90)

Scr ivere le formule del le forme chetoniche e enol iche del la t imina.

Strut tura pr imaria degl i acidi nucleic i . (pg 92)

Dif ferenza tra le struture secondar ie di pol inucleot id i in forma A e forma B. (pg101)

Domande sul capitolo 5

DNA forcina e DNA cruci forme. (pag 112)

Strut tura del l ' insul ina bovina. (pag 145)

Che cosa e' la denaturazione del DNA (Pag 115)

Cromatograf ia l iquida ad al ta pressione. (pag 154)

Descr ivere con formule tut te le possibi l i forme di d issociazione del l 'arginina, del l 'acido

aspart ico, del la t i rosina, del la l is ina. (pag 132)

Strut tura e carat ter ist iche (con esempio) del legame pept id ico (pag 141)

Scr ivere la formula di strut tura del pentapept ide Asp-Val-Tyr-Len-Arg a pH=7

e calcolarne i l punto isoelet t r ico assumendo che =9.8, pKASP =3.9, pKTYR=10.1,

pKCOOH=2.1, pKARG =12.5.(pag 132)

Scr ivere la formula di strut tura del tetrapept ide Arg-Tyr-Val-Asp a pH=7 e calcolarne

i l pI (punto isoelet t r ico) assumendo che =9,8 =3,9 =10,1

=2,1 =12,5.(pag 132)

Scr ivere la formula di strut tura del pentapept ide Glu-Thr-Tyr-Val-Arg a pH=7

e calcolarne i l punto isoelet t r ico assumendo che pKCOOH=2.0, pKGLU=4.2, =9.8,

pKTYR =10,1, pKARG =12.5.(pag 132)

Scr ivere la formula di strut tura del pentapept ide Met-Asp-Thr-Tyr-Ala a pH7

e calcolarne i l punto isoelet t r ico (pKCOOH=2.0, pKASP=3.9, =9.1, pKTYR =10,1). (pag 132)

Descr ivere (con formule) tut te le possibi l i forme di d issociazione del la

c isteina (pKCOOH=1,8; pKL=8,3(del la catena laterale ionizzabi le) ; = 10,8). (pag 132)

Formazione e strut tura del legame pept id ico t ra 2 aminoacidi (con esempio).(pag 132)

Scr ivere le formule di strut tura del la t i rosina a pH1, a pH7 e a pH14 e calcolarne i l punto

isoelet t r ico.

Scr ivere la reazione di formazione del la c ist ina (con formule)

Scr ivere le formule di strut tura del l 'acido aspart ico a pH1, a pH7 e a pH14 e calcolarne i l punto

isoelet t r ico

Scr ivere le formule di strut tura del l 'arginina a pH1, a pH7 e a pH14 e calcolarne i l punto

isoelet t r ico.

Scr ivere le formule di strut tura del la l is ina a pH1, a pH7 e a pH14 e calcolarne i l punto

isoelet t r ico.

DNA circolare e superavvolgimento. (pg 103)

Cristal lograf ia a raggi X. (pg 123)

Formule a pH 2, pH 7 e pH 10 del l 'acido glutammico. (pg 132)

Scrivere le formule di strut tura del l 'acido aspart ico a pH1, a pH7 e a pH14 e calcolarne i l punto

isoelet t r ico.

Domande sul capitolo 6:

Quale e ' la funzione del le proteine "Chaperonine". (pag 193)

Strut tura pr imaria del le proteine. (pag 196)

Strut tura secondar ia del le proteine. (pag 196)

Strut tura terz iar ia del le proteine. (pag 196)

Strut tura quaternar ia del le proteine. (pag 196)

Legame crociato t ra molecole di t ropocol lagene. (pag 179)

Prediz ione del la strut tura secondar ia nel le proteine. (pag 195)

Strut tura del col lagene. (pag 178)

Graf ico di Ramachandran.(pag 171)

Dicroismo circolare. (pag 206)

La strut tura del la f ibroina del la seta. (pag 177)

Spetrofotometr ia e legge di Lambert-Beer (pag 206)

Strut tura dei fogl iet t i paral le lo e ant iparal le lo.(pag 171)

Strut tura del col lagene e formazione dei legami crociat i (con formule).(pag 178)

Perche' nel graf ico di Ramachandran vi sono del le ragioni non permesse. (pag 174)

Formule e ruolo del legame disol furo nel le proteine. (pag 190)

Perche' la prol ina (scr ivere le formule) non favor isce l ' -e l ica? (pag 195)

Descr ivere un omodimero con simmetr ia C. (pag 195)

Legge di Beer. (pag 206)

Centr i fugazione. (pag 152)

Cromatograf ia. (pag 154)

Rottura dei pont i d isol furo nel le proteine mediante ossidazione con acido performico (con

formule). (pg 161)

Strut tura e formule del :

-D-Ribofuranosio e -D-Ribopiranosio

-D-Ribofuranosio e -D-Ribopiranosio

-D-Ribofuranosio e -D-Ribopiranosio

Domande sul capitolo 7:

Effet to del b isfosfogl icerato (BPG) (con formule) sul l 'af f in i ta ' per l 'O

del l 'emoglobina. (pag 231)

Effet to Bohr nel l 'emoglobina. (pag 230)

Trasporto del la da parte del l 'emoglobina mediante formazione di

carbammati (con formule).

Ef fet to del b isfosfogl icerato (BPG) (con formule) sul l 'af f in i ta ' del l 'emoglobina

per l ' .

Le ta lassemie: ef fet t i prodott i da geni non funzional i del l 'emoglobina.

(PAG 243)

Meccanismo del la t ransiz ione T R nel l 'emoglobina. (pag 229)

Elet t roforesi in SDS.

Formule del la Porf i r ina (pag 217)

Formule del la Protoporf i r ina IX. (pag 217)

Formule del la Ferroprotoporf i r ina (eme). (pag 217)

Graf ico di Hul l per i l legame del l 'ossigeno al la mioglobina e al l 'emoglobina. (pag 222)

Effet to del la var iazione del PH nel l 'emoglobina (Effet to Bohr) . (pag 230)

Effet to del la var iazione del la concentrazione del 2,3-bisfosfogl icerato (con formule)

sul l 'emoglobina. (pag 231)

Emoglobina "S" e anemia fa lc i forme. (pag 241)

Effet to del la var iazione del PH nel l 'emoglobina (Effet to Bohr) . (pag 230)

Ruolo del l ' is t id ina nel legame del ferro e del l 'ossigeno nel la mioglobina. (pag 217)

Model lo di Monod-Wyman e Changeux del la t ransiz ione al loster ica del l 'emoglobina. (pag 224)

Formula chimica del 2,3-Bisfosfogl icerolo e suo ef fet to sul l 'af f in i ta ' del l 'emoglobina per

l 'ossigeno

Trasporto di CO mediante carbammati . (pg 231)

Ciclo del l 'energia nel la biosfera. (pg 279)

Domande sul Capitolo 9:

Aminozuccher i : -D-Glucosamina e -D-Galat tosamina (con formule).( pag 293)

Ruolo del Si nei complessi del proteogl icano (con formule). (pag 306)

Formule del furano, del l ' -D-Ribofuranosio e del -D-Ribofuranosio. (pag 286)

Formazione del lat tosio a part i re dal -D-Galat tosio e -D-Glucosio.(pag 298)

Strut tura secondar ia del l 'ami losio. (pag 301)

Formule di strut tura del D-Er i t ru losio e L-Er i t ru losio. (pag 283)

Formule di strut tura del maltosio:

. (pag 296)

Def in iz ione di enant iomeri e formule del D-treosio e l - t reosio. (pag 290)

Formula del saccarosio: . (pag 296)

Strut tura secondar ia del l 'ami losio. (pag 301)

Scr ivere le formule del l ' -D-Ribofuranosio e del -D-Ribofuranosio. (pag 286)

Formule di strut tura del lat tosio -D-galat topiranosi l (14) -D-glucopiranosio. (pag 297)

Scr ivere nome e formule di strut tura di due monosaccar id i enant iomeri f ra loro. (pag 290)

Strut tura r ipet i t iva con formule del la condroi t ina sol fato. (pag 305)

L'epar ina e ' un gl icosoaminogl icano al tamente sol fatato. Scr iverne la

formula del l 'uni ta ' r ipet i t iva. (pag 306).

Formula e ruolo del la Acet i lg lucosamina. (pg 293)

Strut tura c ic l ica del l ' -D-Ribulosio. (pg 288)

Strut tura ami lopect ina. (pg300)

Domande sul Capitolo 10:

Strut tura generale di un ceramide. (pag 324)

Model lo del le proteine canale nel t rasporto faci l i tato. (pag 338)

Formula del la sf ingosina, un aminoalcol a lunga catena. (pag 324)

Shema di strut tura e di funzionamento del la pompa sodio-potassio. (pag 341)

Scr ivere le formule di strut tura di una fosfat id i letanolammina. (pag 323)

I due pr incipal i model l i per i l t rasporto faci l i tato: a) Proteine canale; b) molecole

t rasportatr ic i . (pag 338)

Composiz ione di un gener ico gl icosf ingol ip ide. (pag 325)

Sistema di cotrasporto sodio-glucosio. (pag 344)

Model lo a mosaico f lu ido del le membrane biologiche (pag 326)

Scheletro proteico del l 'er i t roci ta (pag 333)

Composiz ione di un gener ico gl icosf ingol ip ide. (pag 325)

Scheletro proteico del la membrana er i t roci tar ia. (pag 333)

Model lo a mosaico f lu ido del le membrane biologiche. (pag 326)

Ester i f icazione di un acido grasso con i l g l icerolo. (pag 319)

Formula del la fosfat id i lser ina. A che gruppo di compost i appart iene? (pag 323)

Le piu ' important i proteine integral i d i membrana del l 'er i t roci ta. (pag 333)

Trasporto di membrana faci l i tato mediato da t rasportator i . (pag 339)

Model lo del cotrasporto sodio-glucosio. (pag 344)

Scr ivere la formula del la fosfat id i letanolamina. (pg 323)

Descr ivere i due pr incipal i model l i del t rasporto faci l i tato per: a) proteine canale

b) molecole t rasportatr ic i . (pg 338)

Scr ivere la formula del la fosfat id i letanolamina. (pg 323)

Dimostrazione sper imentale del la f lu id i ta ' del la membrana. (pg 327)

PARTE I I I : DINAMICA DELLA VITA: CATALISI E CONTROLLO DELLE REAZIONI BIOCHIMICHE

Domande sul Capitolo 11:

Che cosa e' una reazione cinet ica del pr imo ordine? (pag 362)

Quale e ' i l s igni f icato del la costante di Michael is ? (pag 377)

Qual i reazioni vengono catal izzate dal le "Ligasi"? (pag 396)

Def in iz ione di (con dimensioni e s igni f icato). Perche' v iene anche detta "numero

di turnover"? (pag 378)

Inibiz ione compet i t iva mediante " legame non produtt ivo".(pag 385)

Regolazione a " feedback negat ivo" di un enzima al loster ico.(pag 399)

Model lo chiave-serratura e model lo del l 'adattamento indotto per l ' interazione enzima substrato.

(pag 369)

Cos'e ' i l rapporto / e perche' e ' una misura del l 'ef f ic ienza di un enzima?

(pag 378)

Legge di Michael is-Menten nel caso del l ' in ib iz ione compet i t iva. (pag 383)

Fattor i entropic i ed entalpic i nel la catal is i enzimat ica. (pag 368)

Equazione di Michael is-Menten ( formula, d imensioni e uni ta ' d i misura). (pag 375)

Come sono gl i in ib i tor i enzimat ic i i r reversibi l i? (pag 386)

Model lo del l 'adattamento indotto nel l ' interazione enzima-substrato. (pag 369).

Definiz ione, dimensioni e s igni f icato del la Kcat nel la c inet ica di Michael is-Menten (pag 378)

Cosa sono i r ibozimi ? (pag 397)

Effet to di un catal izzatore sul l 'energia di at t ivazione. (pag 367)

Model lo del l 'adattamento indotto per l ' interazione enzima-substrato. (pag 369)

Speci f ic i ta ' del la chimotr ipsina. (pag 373)

Dipendenza di dal la concentrazione totale di enzima. (pag 377)

Equazione di Michael is - Menten in presenza di in ib i tore compet i t ivo.(Pag 384)

Esempio di un enzima " isomerasi" . (pag 395)

Dif ferenza tra e nel l ' equazione di Michael is - Menten. (Pag 377)

Esempio di in ib iz ione i r reversibi le (con formule). (pag 387)

Def in iz ione di l iasi e l igasi . (pag 393)

La tecnica del sal to di temperatura (T- jump) nel la misura del la veloci ta ' d i reazioni enzimat iche.

(pag 413)

Meccanismo "ping - pong" nel le reazioni a piu ' substrato con esempio.(pg 381)

Schema cinet ico e equazione di Michael is-Menten (con graf ico) nel l ' in ib iz ione non compet i t iva.

(pg 386)

Meccanismo del l 'adeni lazione (con formule) per i l control lo del l 'at t iv i ta ' enzimat ica. (pg 428)

Come agisce un catal izzatore. (pg 367)

Regolazione del l 'aspartato carbammil- t ransferasi da parte di ATP e CTP. (pg 402)

Funzione del le ossidor idut tasi , con esempio. (pg 395)

Att ivazione di enzimi mediante scissione, con esempio. (pg 405)

Formula del NADP+. (pg 424)

PARTE IV:DINAMICA DELLA VITA: ENERGIA, BIOSINTESI E UTILIZZO DEI PRECURSORI

Domande sul Capitolo 13

Reazione n.3 del la gl icol is i : i l secondo invest imento di ATP. (pag 453)

Reazione n.2 del la gl icol is i : isomerizzazione del g lucosio - 6 - fosfato (con formule). (pag 452)

Reazione n.9 del la gl icol is i : s intesi del fosfoenolpiruvato (con formule). (pag 457)

Reazione n.5 del la gl icol is i : isomerizzazione del d i idrossiacetone fosfato. (pag 454)

Scr ivere l 'equazione chimica bi lanciata del la gl icol is i anaerobica ( fermentazione lat t ica). (pag

462)

Reazione n.4 del la gl icol is i : scissione dei due tr iosi fosfat i (con formule). (pag 453)

Fermentazione alcol ica: dal p i ruvato al l 'etanolo (con formule). (pag 461)

Reazione n 3 del la gl icol is i : seconda fosfor i lazione del f rut tosio-6-fosfato (con formule). (pag

453)

Reazione n 10 del la gl icol is i : seconda fosfor i lazione a l ivel lo del substrato (con formule). (Pag

457)

Produzione di etanolo a part i re dal p i ruvato (con formule). (pag 462)

Spettroscopia di f luorescenza.

Conversione del p i ruvato ad etanolo (con formule) nel la fermentazione alcol ica.

(pg 462)

PARTE IV:DINAMICA DELLA VITA: ENERGIA, BIOSINTESI E UTILIZZO DEI PRECURSORI

Domande sul Capitolo 13

Processo di deramif icazione nel catabol ismo del g lucosio (pag 473).

Metabol ismo dei d isaccar id i (senza formule) (pag 470).

La regolazione al loster ica del la fosfofrut tochinasi (pag 464).

Digest ione di amido e gl icogeno (pag 471).

At t ivazione a " feedforward" del la piruvato chiansi da parte del f rut tosio-1,6-bisfosfato (con

formule) (pag 465).

Metabol ismo del g l icerolo (con formule) (pag 470).

Domande sul Capitolo 14

Prima decarbossi lazione ossidat iva del c ic lo di Krebs (con formule) (pag 496).

Reazione 8 del c ic lo di Krebs: r igenerazione del l 'ossalacetato (con formule) (pag 500).

Pr ima decarbossi lazione ossidat iva del c ic lo di Krebs (pag 496).

Ossidazione del p i ruvato (pag 485).

Sintesi del malato a part i re dal g l iossi lato (pag 509)

Passaggio n.6 (succinato fumarato) del c ic lo di Krebs (o del l 'acido c i t r ico) con formule (pag

499).

Fase ossidat iva del la v ia dei pentosi fosfat i (con formule) (pag 511).

Formula e funzione del la t iamina pirofosfato (TPP) (pag 486).

Pr incipal i fat tor i che control lano la piruvato deidrogenasi e i l c ic lo del l 'acido c i t r ico (pag 501).

Passaggio n.2 del c ic lo del l 'acido c i t r ico: isomerizzazione del c i t rato (con formule) (pag 494).

Formula e funzione del la l ipoammide (pag 489).

Conversione del p i ruvato ad acet i l -CoA (con formule) (pag 485).

Sintesi del l 'ossalacetato a part i re dal p i ruvato (con formule) (pag 504).

Riduzione dei perossidi da parte del g lutat ione (con formule) (pag 516).

Carbossi lazione del p i ruvato (con formule). (pg 504)

Reazioni del c ic lo di g l iossi lato (senza formule). (pg 507)

Domande sul Capitolo 15

Meccanismo di azione del l 'ATP sintasi F1(pag 543).

Resa energet ica totale del metabol ismo ossidat ivo (gl icol is i , p i ruvato deidrogenasi e c ic lo

del l 'acido c i t r ico) (pag 547).

Meccanismi di protezione cel lu lar i nei confront i del danno ossidat ivo

(pag 551).

Meccanismo del la fosfor i lazione ossidat iva: l 'accoppiamento chemiosmot ico (pag 539).

Breve descr iz ione del la NADH deidrogenasi (pag 528).

L 'ef f ic ienza del la fosfor i lazione ossidat iva: i l rapporto P/O (pag 535).

Formula del g lutat ione ( -Glu-Cys-Gly) e ruolo ant iossidat ivo del la glutat ione perossidasi (pag

551).

Trasporto vet tor ia le dei protoni da parte dei complessi del la catena respirator ia. (pg 524)

Dimostrare che la s intesi d i t r ipalmit ina ( g l icerolo + 3 ac. palmit ico) r ichiede 7 molecole di ATP

( la reazione deve passare per gl icerolo 3 P e per 3 molecole di palmit i lCoA).

Strategia generale del la v ia dei pentoso fosfat i .

Assumendo che per ogni NADH si producano 2.5 ATP e per ogni FADH 1.5 ATP, calcolare

esattamente gl i ATP prodott i in totale dal l 'ossidazione completa di 1 molecola di l inolei lCoA.

Domande sul Capitolo 16

Metabol ismo del l 'etanolo nel fegato (senza formule)(pag 562).

Biosintesi del la glucosammina-6-fosfato (con formule)(pag 573).

Cic lo di Cor i (pag 560).

Formula del l 'AMP cic l ico e suo ruolo nel la regolazione del la gl icogeno sintasi (pag 570).

Equazione bi lanciata per l 'ossidazione mitocondr ia le del NADH(pag 536).

I l processo di ramif icazione nel la s intesi del g l icogeno (pg 568)

Domande sul Capitolo 17

Processi fondamental i del la fotosintesi (pag 589).

Domande sul Capitolo 18

Resa energet ica del l 'ossidazione degl i acidi grassi (pag 637)

Ossidazione degl i acidi grassi a numero dispar i d i carbonio (con formule) (pag 640).

At t ivazione degl i acidi grassi (pag 632).

Ossidazione degl i acidi grssi insatur i (con formule).(pag 638).

Cic lo del la carni t ina (pag 634).

Formula del la carni t ina e suo ruolo nel t rasporto degl i aci l -CoA al l ' interno del mitocondr io (pag

634).

Formula del l 'AMP cic l ico e suo ruolo nel l 'at t ivazione del la t r iaci lg l icerolo l ipasi (pag 631).

Formazione del l 'Aci l -Carni t ina a part i re dal l 'Aci l -CoA e dal la Carni t ina (pag 634).

Sintesi del Maloni l -CoA (con formule) (pag 645).

Ossidazione degl i acidi grassi a numero dispar i d i atomi di carbonio. (pg 640)

Domande sul Capitolo 20

Pir idossal fosfato: formule e ruolo.(pag 711).

Produzione del l 'urea a part i re dal l 'arginina (pag 719).

Biosintesi del la glutammina mediante glutammina sintetasi (con formule)(pag 705).

: Transaminazione (pag 711).

Strut tura e ruolo del p i r idossal fosfato nel la t ransaminasi (pag 711).

Trasporto del l 'ammoniaca al fegato (pag 720).

Reazione complesiva del c ic lo del l 'urea (pag 720).

Coenzimi del la v i tamina (pag 729).

Aminazione r idut t iva del l ' -chetoglutarato (con formule) (pag 704).

Meccanismo e ruolo del la ubiqui t inazione (pag 715).

Reazione di t ransaminazione tra i l g lutammato e un -chetoacido (con formule) (pag 711).

Formula di strut tura e ruolo del p i r idossal fosfato nel la t ransaminazione(pag 711).

Trasporto del l 'ammoniaca dal muscolo al fegato(pag 721).

Sintesi e formula del carbammil fosfato(pag 709).

Ubiqui t inazione e veloci ta ' d i r icambio proteico (pag 715).

Domande sul Capitolo 21

Biosintesi degl i ormoni t i ro idei e . (pag 759).

Riduzione del lo zol fo inorganico (pag 743).

Aminoacidi e loro metabol i t i come neurotrasmett i tor i e regolator i b io logic i (senza formule) (pag

773).

Ut i l izzo del la t i rosina nel la s intesi degl i ormoni t i ro idei (pag 759).

Sintesi del la 3 ' - fosfoadenosina-5' - fosfosol fato (PAPS) (con formule) (pag 743).

L 'arginina come precursore del l 'ossido di azoto (con formule) (pag 740).

Domande sul Capitolo 23

Effet t i b iochimici e f is io logic i del l 'adrenal ina.(pag 824)

Dosaggi radioimmunologic i (RIA).(pag 858)

Effet t i b iochimici e f is io logic i del g lucagone (pag 824).

Azioni del l ' insul ina (pag 824).

Ruolo del le proteine G nel la t rasduzione del segnale (pag 838).

Schema di funzionamento generale del le proteine G (pag 839).

Carat ter ist iche e ruolo del g lucagone (pag 825).

Schema del la regolazione del la gl icemia a opera del la secrezione di insul ina

e glucagone (pag 825).

Natura gerarchica del l 'azione ormonale (pag 834).

PARTE V: INFORMAZIONE

Domande sul Capitolo 24

Strut tura del la DNA pol imerasi I (pag 876).

Forcel la repl icat iva di DNA (pag 867).

Model lo di Okazaki nel la repl icazione del DNA (pag 865)

Descr iz ione sommaria del repl icone (pag 874).

Strut tura del DNA pol imerasi I (pag 876).

Reazione a catena del la pol imerasi (PCR) (pag 903).

Natura sequenziale del la repl icazione del DNA (pag 871).

Schema di repl icazione dei genomi retroviral i (pag 899).

Ruolo del la DNA l igasi (pag 882).

Di f ferenze di azione tra le topoisomerasi d i t ipo I e di t ipo I I (DNA girasi) (pag 886).

Come agisce l 'uraci l -DNA-N-gl icosi lasi sul DNA per r imuovere l 'uraci le?

Nei bat ter iofagi a s ingolo f i lamento quale è i l f i lamento più e quale i l

f i lamento meno?

Uraci l DNA N- gl icosi lasi : descr ivere i l meccanismo di azione

Quale proteina di in iz io s i lega a Ori C per in iz iare la repl icazione di

E. Col i?

Quale è la di f ferenza nel meccanismo di azione del le topoisomerasi d i t ipo

I e di t ipo I I?

Quale è la forma chimica del l ’ innesco nel la repl icazione del DNA?

Qual i sono le proteine present i nel la forca repl icat iva?

Qual i sono le carat ter ist iche general i del la repl icazione del DNA?

Che accade quando un f rammento di Okazaki raggiunge i l 5 ' del

f rammento di Okazaki seguente?

Qual i sono i nomi e le funzioni conosciute del le DNA pol imerasi

eucar iot iche

Nomi e funzioni conosciute del le DNA pol imerasiche eucar iot iche.

Qual i sono i passaggi nel la repl icazione di E.Col i d i ret ta da OriC?

Domande sul Capitolo 25

Meti lazione del DNA (pag 907).

Dimeri d i p i r imidine e fotor iat t ivazione (pag 916).

Dimeri d i t imina (con formule) e azione del la fotol iasi (pag 916).

Come funziona l ’ O6-alchi lguanina alchi l t ransferasi nel la r iparazione del DNA in E. Col i?

Nel la r iparazione di DNA non corret tamente appaiat i come fa E. Col i

a ident i f icare i l corret to f i lamento da r iparare?

Quante c lassi d i enzimi di restr iz ione esistono? I l lustrare brevemente

le di f ferenze.

Qual i sono i possibi l i t ip i d i tagl io del le endonucleasi d i restr iz ione?

Quale è la base pr incipalmente met i lata nel DNA dei procar iot i e in

che modo?

Cosa r iconosce i l complesso uvrA-uvrB nel DNA di E. Col i?

Qual i sono i possibi l i t ip i d i tagl io dopo tagl io con gl i enzimi

di restr iz ione?

Qual i geni d i E. Col i sono coinvol t i nel meccanismo di r iparazione

per excis ione?

Qual i geni d i E.Col i partecipano nel la r iparazione degl i appaiament i non

complementar i?

Quale proteina di r iparazione E.Col i è necessar ia s ia nel la r iparazione per

r icombimazione che nel la r isposta SOS? Descr ivere i l meccanismo di azione di questa

proteina.

Quale gene si t rova nel la c lasse I I e I I I dei t rasposoni bat ter ic i ma non nel la

classe I?

Qual i processi b io logic i fondamental i coinvolgono la met i lazione del

DNA?

Quale è la carat ter ist ica comune dei t rasposoni composi t i?

Quale è l 'enzima che i l bat ter iofago usa per la r icombinazione si to -

speci f ica?

Qual i sono le endonucleasi d i restr iz ione maggiormente usate nel la

tecnologia del DNA r icombinante? Perché?

Quale ruolo gioca i l FADH2 nel meccanismo di fotor iat t ivazione?

Quale sequenza è comunemente met i lata nel DNA di E.Col i?

Qual i sono i t re geni comunemente t rovat i nei retrovirus?

Qual i sono le due proteine r ichieste per l ' integrazione si to-speci f ica del

bat ter iofago l nel genoma di E. Col i?

In quale t ipo di r icombinazione di E. Col i è coinvol ta la proteina recA?

Perché le mutazioni GC verso AT sono più f requent i r ispet to ad al t re

mutazioni?

Qual i e quant i sono i s istemi di correzione degl i error i nel DNA?

Quant i t ip i d i e lement i t rasponibi l i esistono? Qual i sono?

Classi f icazione degl i e lement i genet ic i t rasponibi l i .

Come si svolge la repl icazione dei retrovirus? Che t ipo di innesco ut i l izzano?

Domande sul Capitolo 26

RNA pol imerasi DNA-dipendente (pag 960).

Terminazione fat tore- indipendente del la t rascr iz ione nei bat ter i (pag 971).

Mutagenesi s i to-speci f ica (pag 955).

Maturazione del t -RNA (pag 995).

Funzione del la pol inucleot ide fosfor i lasi e del la RNA pol imerasi DNA-dipendente (pag 960).

Da quale estremità in iz ia la degradazione del l ' RNA messaggero batter ico?

Spiegare come trova l 'RNA pol imerasi bat ter ica i l promotore?

Qual i sono le t re fasi del la t rascr iz ione?

Qual i e quante sono le subuni tà del l 'RNA pol imerasi d i E. Col i?

Quale è la direzione del la t rascr iz ione?

Quale è la relazione tra le sequenze consenso del le regioni -35 e -10 dei promotor i bat ter ic i e

l 'ef f ic ienza

del l ' in iz io del la t rascr iz ione?

Descr ivere la strut tura del l 'RNA pol imerasi d i E.col i .

Che carat ter ist iche presenta i l pr imo nucleot ide di una molecola di RNA?

Quale subuni tà del l 'RNA pol imerasi d i E. Col i è essenziale per legare

l 'enzima al promotore?

Qual i due proteine sono impl icate nel la correzione degl i error i d i

t rascr iz ione di E. Col i?

Qual i due t ip i d i terminazione del la t rascr iz ione possono avvenire in

E. Col i?

Qual i sono i passaggi del la maturazionedi un tRNA in E.Col i?

Come funziona la terminazione r- indipendente?

Domande sul Capitolo 27

Strut tura di r ibosomi procar iot ic i (pag 1013).

Veloci tà ed energet ica del la t raduzione nei procar iot i (pag 1026).

Ridondanza del codice genet ico (pag 1005).

Processo di a l lungamento nel la t raduzione procar iot ica (pag 1021).

Strut tura degl i mRNA procar iot ic i e sequenze di Shine-Dalgarno (pag 1007).

A che estremità s i at tacca l 'aminoacido at t ivato al tRNA?

Come è r i lasciato i l pol ipept ide dal r ibosoma al la f ine del la t raduzione?

Quant i aminoaci l tRNA sintetasi sono present i in E. Col i?

Qual i sono le basi modif icate comunemente t rovate nei tRNA?

Qual i sono i t re passaggi del la t raduzione?

Qual i fat tor i sono r ichiest i per la formazione del complesso di in iz io del la t raduzione nei

procar iot i?

Quale è i l segnale per terminare la t raduzione nei procar iot i?

Che cosa è la Shine Dalgarno? A che serve?

Quale rRNA cont iene la sequenza complementare al la sequenza di Shine Dalgarno presente

negl i mRNA procar iot ic i?

Qual i sono i passaggi nel l ' in iz io del la t raduzione dei procar iot i?

Qual i sono i passaggi nel la f ine del la t raduzione dei procar iot i?

Domande sul Capitolo 28

Dopo i l nucleosoma qual i sonoi l ivel l i s t rut tural i successiv i del la

cromat ina?

Come fanno a compensare le cel lu le eucar iot iche la dimensione più

grande del genoma con la veloci tà di repl icazione più bassa del le DNA pol imerasi?

Come r iesce la te lomerase ad al lungare le estremità l inear i dei cromosomi

eucar iot ic i?

Nel la t rascr iz ione in cosa di f fer isce l ’RNA pol imerasi I I eucar iot ica

dal l ’RNA pol imerasi procar iot ica?

Che cosa è i l Cap presente negl i mRNA eucar iot ic i?

Che cosa sono i “grani” del la cromat ina osservat i nel la microscopia

elet t ronica?

Qual i sono le fasi del la mitosi?

Quale zona del cromosoma ha una più al ta concentrazione di DNA

satel l i te?

Tra le proteine non- istoniche qual i c lassi d i proteine possiamo trovare?

Sotto che forma possiamo trovare i l DNA eucar iot ico?

Che ruolo ha i l cap nel la t raduzione?

Che di f ferenze aminoacidiche possiamo trovare se compariamo la

traduzione dei procar iot i con quel la degl i eucar iot i?

Nel complesso di in iz io del la t rascr iz ione ol t re al l ’RNA pol imerasi che

al t re proteine si t rovano?

Come è chiamata l ’uni ta r ipet i t iva del la cromat ina? Descr ivere.

Quale è i l segnale nel pre-mRNA usato per speci f icare la pol iadeni lazione?

Quale ruolo gioca nel la “giuntatura” o “spl ic ing” l ’ snRNA?

Qual i sono le due pr incipal i carat ter ist iche che dist inguono un mRNA

eucr iot ico di uno procar iot ico?

Dove avviene la pol iadeni lazione, i l “capping” e la giuntatura del l ’mRNA

eucar iot ico? A cosa servono quest i processi?

Qual i is toni s i r i t rovano nel l ’ot tamero nucleosomico? Che carat ter ist iche

presentano?

Perché i te lomeri eucar iot ic i sono più cort i?

Perché la epl icazione degl i eucar iot i è più lenta che nei procar iot i?

Come sono classi f icate le proteine che si legano al la cromat ina?

Qual i sono i passaggi d i in iz io nel la t rascr iz ione degl i eucar iot i?

Qual i sono i passaggi d i terminazione nel la t rascr iz ione?

Descr ivere brevemente le fasi del meccanismo di “g iuntatura”.

Cosa è un plasmide e quale è un suo possibi le ut i l izzo nel le tecniche del

DNA r icombinante?