BIOINFO3 - Lezione 381 ESERCIZIO Dato un programma con la sola istruzione: $a=Hasta la vista! Quanto...

BIOINFO3 - Lezione 38 11

ESERCIZIOESERCIZIO

Dato un programma con la sola istruzione:

$a=“Hasta la vista!”

Quanto vale length($a) ? 15

substr($a,0) ?

substr($a,$b) ?

Hasta la vista!

Hasta la vista!

length(substr($a,$c,1) ) ? 1 (ovvio!)

substr($a,lenght($a)-1) ? !

index ($a,’ ‘) ? 5

index ($a,’ ‘) ? -1


ESERCIZIO (TIPO ESAME?)ESERCIZIO (TIPO ESAME?)

Dato un programma con la sola istruzione:

$a=10;

Quanto valgono $b e $a dopo $b=++$a; ? $a=11 e $b=11

Quanto valgono $b e $a dopo un ulteriore $b=$a++; ?

Quanto vale $c dopo $c=“Formula $b”; ?

$a=12 e $b=11

$c=“Formula 11”

Quanto vale $d dopo $d=‘Formula $b’; ? $d=“Formula $b”

Quanto vale $c dopo $c.=$d ? $c=“Formula 11 Formula $b”


ESERCIZIO (TIPO ESAME?)ESERCIZIO (TIPO ESAME?)

Quante volte viene eseguito il seguente ciclo? Quali numeri stampa?

for ($i=0;$i<10;$i){

print “$i\n”;

}

Il ciclo non termina mai perché $i non viene mai modificata e non sarà mai > o = a 10. Stampa una colonna interminabile di 0, finchè non viene ucciso con ^CQuante volte viene eseguito il seguente ciclo? Quali numeri stampa?

for ($i=0;$i<10;$i++){

print “$i\n”;

$i++;

}

Stampa i numeri pari da 0 a 8. Il ciclo è eseguito 5 volte!

Primo ciclo $i=0 e alla fine del ciclo $i=2 …

Quinto ciclo $i=8 e alla fine $i=10;


ESERCIZIOESERCIZIO

Leggere un file di sequenze EST in formato FASTA. Considerare solo le righe che contengono il pattern “>gi|numero”. Inserire in un array questi numeri. Copiare l’array in altri 2 array. Eseguire un ciclo su tutti gli elementi di questi 2 array incrementando di 1 tutti i numeri del primo e raddoppiando tutti i numeri del secondo


Il pattern che ci interessa è descritto dall’espressione regolare

/^>gi\|(\d+)/

Ovvero tutte le stringhe che iniziano con > seguito da gi e da un | (ricordarsi di anteporre \ davanti a |, altrimenti conserva il suo significato di alternativa). Segue quindi un numero di almeno una cifra.

Ci interessa catturare questo numero, pertanto racchiudiamo il pattern relativo tra parentesi. In esecuzione ritroveremo la parte di stringa che soddisfa il pattern tra parentesi nella variabile di perl $1. N.B. Non è possibile fare assegnamenti a $1. Se avessimo avuto altri pattern tra parentesi li ritroveremo in $2, $3, ecc…

/^>gi\|(\d+)/

>gi|8777287|gb|AB044776.1|

$1=“8777287”


Notare come $1, se la riga letta ($r) contiene il pattern descritto dall’espressione regolare, sia aggiunto alla lista @lista.


Il pattern è ritrovato nella stringa $r, quindi ( $r=~ /^>gi\|(\d+)/ ) è VERA e si entra dentro all’if per eseguire la push


Per queste tra altre righe lette successivamente il pattern descritto dall’espressione regolare non viene trovato (infatti non iniziano con il maggiore, non contengono gi| ed un numero).Quindi l’espressione ( $r=~ /^>gi\|(\d+)/ ) è FALSA e non si entra nell’if per eseguire la push.


Nel debugger si possono fissare dei “breakpoint”, tipicamente quando si devono eseguire dei cicli molto lunghi e non vogliamo premere decine o centinaia di volte il tasto invio.

b numero-di-linea Fissa un breakpoint alla riga dal numero specificatoc Fa procedere il programma fino al prossimo breakpoint

L’esecuzione fino al breakpoint ci posiziona alla fine del ciclo di lettura delle righe del file. Si può notare il contenuto dell’array @lista a fine del ciclo (22 elementi)

BREAKPOINT NEL DEBUGGERBREAKPOINT NEL DEBUGGER

Fissa un breakpoint alla riga 11


L’assegnamento ai 2 array @p e @d crea 2 array identici a @lista, anch’essi di $n elementi (con indice da 0 $n-1)


Ora viene eseguito un ciclo, controllato dalla variabile $i sui $n elementi dei array @p e @d. All’interno del ciclo viene incrementato di 1 l’i-esimo elemento di @p ($p[$i]) e raddoppiato l’i-esimo elemento di @d ($d[$i])

$p[$i] prima …

…e dopo

$d[$i] prima …

…e dopo? Perché non viene il doppio?


Dando un altro comando “c” al debugger facciamo ripartire l’esecuzione. Non essendoci altri break-point settati dopo la riga 11, l’esecuzione procede fino alla fine del programma. Notare la stampa dei tre array come desiderato.


ESERCIZIOESERCIZIO

Passare al programma un argomento. Verificare che l’argomento sia esattamente uno, altrimenti far morire il programma con un messaggio d’errore.

L’argomento è il nome di un file di nomi da aprire in lettura. Se il file non esiste far morire il programma con un messaggio d’errore.

Leggere con un ciclo while le righe del file una alla volta fino alla fine del file, inserendo le righe in coda ad una lista.

Stampare la lista ordinata, un elemento per riga (ciclo con l’istruzione foreach) in un file aperto in scrittura assegnandogli un nome uguale a quello letto, con in più il suffisso “.ord”


Vediamo passo passo l’esecuzione del programma. L’array @ARGV contiene gli argomenti passati da linea di comando (N.B. non i nomi dei file di redirezione)

nomi 1@ARGV

$ARGV[0] $ARGV[1]

@ARGV in un contesto scalare (!=1) vale 2, che è diverso da 1 e quindi si entra nell’if che termina il programma


Ora @ARGV=(“nominonesiste”)


Ora @lista=(“Marta”,”Anna”)


Ora @lista=(“Marta”,”Anna”,”Lucia”)


Alla fine della lettura delle righe del file @lista=(“Marta”,”Anna”,”Lucia”,”Elda”,”Irma”,”Sonia”)

La lettura successiva restituisce la stringa vuota ($riga=<I>=“”) cioè falso e quindi si esce dal while


Dopo l’istruzione di sort

@lista=(“Anna”,” Elda”,” Irma”, ”Lucia”,” Marta”,”Sonia”)

Si apre quindi il file nomi.ord in scrittura (viene creato se non esiste) associandolo alla handle O

O

nomi.ord


@lista=(“Anna”,” Elda”,” Irma”, ”Lucia”,” Marta”,”Sonia”)

Il foreach esegue un ciclo per ogni elemento della lista quindi farà 6 cicli. In ogni ciclo $a prende il valore di uno degli elementi della lista.

Le istruzioni di print sono eseguite sulla handle O e quindi sul file “nomi.ord”

2

1

3


Terminati i 6 cicli il foreach termina non trovando più altri elementi in @lista

Si può poi verificare il contenuto del file nomi.ord

4

5

6


ESEMPIO (Esercitazione 5 – es. 3)ESEMPIO (Esercitazione 5 – es. 3)

Leggere un file di nomi (uno per riga) e stampare la frequenza dei nomi (quante volte compare ogni nome). Suggerimento: usare un array associativo avente come indici i nomi e come valori la frequenza

L’array associativo è indicato come %freq nel suo complesso.

1

3 1%freq

Marco Matteo

6

Luca

Quanto vale $freq{Matteo}?

Quanto vale $freq{Marco}? 3

Quanto vale $freq{Giovanni}? 0 oppure la stringa vuota (dipende dal contesto)

Quanto vale keys (%freq) ? (“Marco”,”Matteo”,”Luca”)

Quanto vale sort ( keys (%freq)) ? (“Luca”,” Marco”,” Matteo”)


$riga dopo il chop vale “Luca”

$freq{$riga}=$freq{Luca}=0

$freq{$riga}++ equivale a

$freq{$riga}= $freq{$riga}+1

$freq{Luca}++ equivale a $freq{Luca}=$freq{Luca}+1=0+1=1

%freq 1

Luca


1%freq

Marco

2

Luca


1%freq

Matteo

5

Luca

3

Marco

Alla fine del ciclo di lettura


ESEMPIO (Esercitazione 6 – Esercizio 2)ESEMPIO (Esercitazione 6 – Esercizio 2)

Leggere tutti i nomi dei file della directory corrente, inserirli in una lista solo se non contengono il carattere “.”. Ordinare e stampare la lista (un nome per riga)

Il file . indica la directory correnteIl file .. indica la directory padre della corrente

L’opendir è l’equivalente della open per le directory anziche per i file normali

I nomi dei file contenuti nella directory vengono letti con la funzione readdir anziché con < >, sempre facendo riferimento alla handle con cui abbiamo aperto la directory


Il primo file letto è “.” che però non verifica la condizione dell’if.

Analogamente per il secondo: “..”

Pattern matching: VERO se $f non contiene punti. /\./ indica tutte le stringhe che contengono puntiCon !~ il pattern matching è VERO se la stringa $f non contiene punti (si fa il not della condizione)


Poi si continua a ciclare. Tutti i file $f che contengono “.” non fanno entrare nell’if


Dopo molti cicli in cui vengono letti file contenenti un punto finalmente si trova un file, “sequenze” senza il punto che viene inserito nell’array @lista


Finalmente si riesce a terminare l’elenco dei file e quindi a far diventare falsa l’istruzione $f=readdir(D).

A questo punto @lista contiene 7 nomi di file: (“sequenze”, “nomi”, “numeri”, “nomi1”, “nomi2”, “seqfasta”, “nn”)


Dopo l’esecuzione della sort @lista contiene diventa: (“nn”, “nomi”, “nomi1”, “nomi2”, “numeri”, “seqfasta”, “sequenze” )

Si eseguono quindi 7 cicli col foreach usando la variabile $f come indice del ciclo. $f viene in ogni ciclo stampata sullo STDOUT ovvero a video

1

2

3

4

5


Al termine del programma avremo

6

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