Post on 03-May-2015
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HE L’approccio genomico non tiene conto di modificazioni
post-traduzionali
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APPROCCIO PROTEOMICO
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PREFRAZIONAMENTO
1-Estrazione differenziale2-Frazionamento subcellulare3-Cromatografia
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PREFRAZIONAMENTO:ESEMPIO 1
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PREFRAZIONAMENTO:ESEMPIO 2
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PREFRAZIONAMENTO:ESEMPIO 3
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PREFRAZIONAMENTO:ESEMPIO
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ANALISI PROTEOMICA: TECNOLOGIE
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ELETTROFORESI BIDIMENSIONALE
•Efficace procedura di preparazione del campione•Proteine denaturate e solubili (urea,Detergenti,…)
1° dimensione: Fino a 4 mg di proteine totali per strip Il campione viene comunementepre-adsorbito sulle strip durante la loro reidratazione, permettendo anche alle HMW proteins di entrare nel gel. Questo processo dura almeno 11 ore, dopodichè si può passare alla focalizzazioneDurante la corsa elettroforeticala conduttività del gel cambia dipendentemente dal numero di specie cariche, diminuendo mano a mano che le varie specie si focalizzano.2° dimensione:La transizione dalla prima alla seconda dimensione coinvolge l’equilibrazione della striscia focalizzata in tampone contenente SDS, la deposizione di essa sul gel di corsa e l’inglobamento in un gel di agarosio.COLORAZIONE
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COLORAZIONE PROTEINE
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COLLEGAMENTO A BANCHE DATI
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COLLEGAMENTO A BANCHE DATI
COMPARAZIONE CON 2D IN BANCA DATI
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Detection of protein alterations in male breast cancer using 2D-gel electrophoresis and mass spectrometry.The involvement of several pathways in tmorogenesisK. Chahed et al. Clinica Chimica Acta (2007)
ANALISI DIFFERENZIALE
N=normaleT=tumore
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Detection of protein alterations in male breast cancer using 2D-gel electrophoresis and mass spectrometry.The involvement of several pathways in tmorogenesisK. Chahed et al. Clinica Chimica Acta (2007)
ANALISI DIFFERENZIALE
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ANALISI DEL GEL
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IDENTIFICAZIONE DELLO SPOT
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IDENTIFICAZIONE DELLO SPOT
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TECNICHE MS E POTENZIALITA’
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PROTEIN MICROARRAY
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PROTEOMICA CON SELDI-TOF
SELDI= Surface-Enanched Laser Desorption-Ionization Time-of-FlightMass-Spectometer
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PROTEOMICA CON SELDI-TOF