8/11/2019 8. Il Perch Della Specificit Enzimatica

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Questo meccanismo spiega

lattivit catalitica della

chimotripsina ma non la suaspecificit!!

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Similitudine strutturale tra chimotripsina e tripsina

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La risposta sta nella tasca di

specificit

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Digestion Serine proteases are poorly specificDi

gestion Serine proteases are poorly specific

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SUBSTRATE RECOGNITION SITESSUBSTRATE RECOGNITION SITES

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Catalytic Triad

FVa BindingHelix

Tyr225Asp189

Internal

Salt Bridge

DX 9065a

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Queste interazioni non

sono sufficienti a garantire

la specificit di taglio dimolte serin proteasi !!!!

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Blood Coagulation:Blood Coagulation:

A Highly SpecificA Highly Specific ProteolyticProteolyticCascadeCascade

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Cleavage Sites for Natural Thrombin Substrates

Fibrinogen A !

GGGVRGP RVVERHFibrinogen B " NEEGFFSA RGHRPLDK

Factor XIII TVELEGVP RGVNLQQ

Factor VIII NSPSFIQI RSVAKKH

Factor VIII LSNNAIGP RSFSNQSR

Factor VIII QNFVTQSK RALKQFRL

Factor VIII DEDENQSP RSFQKKTRH

Factor V RLAAALGI RSFRNSSLN

Factor V THHAPLSP RTFHPLRLSFactor V DNIAAWYL RSNNGNRRN

Protein C DQGDQVDP RLIDGKMTR

Thrombin Receptor ATNATLLDP RFLLRNPNDKYEPFWEDEEKNESGLTEY

VVYTDCTESGQNLCLCDGSNVCGQGNKCILGSDGEKNQCVTGEGTPKPQSHNDGDFEEIPEEYLQ

Hirudin

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Interazioni macromolecolari estese

rendono conto di queste differenti

specificit

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Interazioni macromolecolari estese

rendono conto di queste differenti

specificit

COMPLESSI MACROMOLECOLARI

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Extrinsic

Xase

Intrinsic Xase

Prothrombinase

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Scheme IScheme I

ProthrombinaseProthrombinase

Coagulation enzyme complexes act on their proteinCoagulation enzyme complexes act on their protein

substrates with marked and distinctive specificity. substrates with marked and distinctive specificity.

What is the molecular basis for this specificity?

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Enzyme

Active Site Extended

Recognition

Site (Exosite)

Oligopeptidyl

Substrate

Protein Substrate

S S

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So, the importance of cofactors

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ProthrombinaseProthrombinase

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Km

(!M)

Vmax/ET (s-1)

Relative

Rate

131 0.01

0.6 0.04

1.0 30

1

11

139,000

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Extended interactions atExtended interactions at exositesexositesdrivedrive

substrate affinity and contribute tosubstrate affinity and contribute to

substrate specificity.substrate specificity.

Active site docking of macromolecularActive site docking of macromolecular

substrates significantly influences thesubstrates significantly influences the

catalytic rate (catalytic rate (kkcatcat).).