• Divisione in gruppi di tre persone

• Assegnazione di tre articoli originali per gruppo. Gli articoli sono divisi in tre tematiche (A, B, C)

• Ciascun componente del gruppo sceglie uno dei tre articoli da presentare in un breve seminario secondo un calendario prestabilito. Gli altri due componenti del gruppo dovranno prepararsi a rispondere a domande (semplici) sull’articolo alla fine del seminario dei compagni di gruppo

• Seminario da 0 a 6

• Domande ai componenti dello stesso gruppo di chi presenta (una per seminario) da 0 a 2

• Esame finale da 8 a 20

• Altri elementi che potranno contribuire al voto finale: 1) interventi durante la discussione dei seminari, 2) presenze

VALUTAZIONE

CELL 32.44

EMBO J 13.999

EUR J BIOCHEM 2.852

J BIOL CHEM 7.368

MOL CELL BIOL 9.666

NATURE 25.814

SCIENCE 23.872

IMPACT FACTOR

articoli originali

rassegne “reviews”

libri di testo

Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

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Schema trasferimento e

ibridazione

Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

Altre tecniche di analisi

•Estensione del primer (primer extension)

•Protezione dalla S1/RNasi (mapping)

•RT-PCR

•Real time PCR

mRNA totale

oligo antisenso marcato

mRNA globina

cap

5’3’

ibridazione

estensione con RT

Analisi dei frammenti estesi su gel di sequenza

frammento protetto

Estensione del primer

(primer extension)

Protezione da RNasi (RNase Protection)

Protezione da RNasi

(RNase Protection)

mRNA totale

sonda RNA antisenso

mRNA globina

cap

5’3’

ibridazione

trattamento con RNasi

Analisi dei frammenti protetti su gel di

sequenza

frammento protetto

Protezione da RNasi (RNase Protection)

Analisi interazioni

DNA-proteine:

saggio di footprinting

Analisi interazioni

DNA-proteine:

saggio EMSA

Coimmunoprecipitazione

Affinity co-purification(pull down)

Sistema dei due ibridi

Sistema dei due ibridi

Sistema dei tre ibridi

Chromatin immunoprecipitation (Chip)

Biologia molecolare - Robert F. Weaver Copyright © 2005 – The McGraw-Hill Companies srl

An example of a ChIP assay done in yeast using an antibodies raised against the gene-specific transcription factor Gal4 and the general transcription factor and proteasome constituent Sug1. Different PCR primers (amplifying DNA segments A-E) were employed to probe for the presence of the two proteins along the GAL1 gene under non-inducing (raffinose) or inducing (galactose) conditions. Gal4 is known to be localized to the promoter. Therefore, the ChIP signals in regions B and C for this protein reflect the presence of longer DNAs in the sample which are co-IP’d with Gal4 and amplify using the B and C region primers. This reflects the relatively low resolution of the ChIP assay. Sug1 is an elongation factor and is therefore found throughput the gene.

Sistemi di espressione

•In vitro: - estratti cellulari

•In vivo: - cellule in coltura - animali transgenici

Gene reporter

Vettori di clonaggio per lievito

Ricombinazione omologa

Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

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Vettori episomali

•transiente

•stabile

•vettori episomali

•vettori virali

Trasfezione di cellule in coltura

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