Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate...

61
Metode de determinare a activității enzimatice http://www.medicilon.com/ Polarimetria Hidroliza zaharozei folosind soluții de diluții 1:250, 1:500, 1:1000 de invertază din drojdie McIntosh,. K.A. et al. (1998), J. Pharm. Biomed. Anal., 17, 1037-1045

Transcript of Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate...

Page 1: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Metode de determinare a activității enzimatice

http://www.medicilon.com/

Polarimetria

Hidroliza zaharozei folosind soluții de diluții 1:250, 1:500,

1:1000 de invertază din drojdieMcIntosh,. K.A. et al. (1998),

J. Pharm. Biomed. Anal., 17, 1037-1045

Page 2: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Monitorizarea activității enzimatice

Metode de determinare a activității enzimatice

-D-glucoză + O2 acid D-gluconic + H2O2

Polarimetria

Determinarea activității glucoz-oxidazei

530 12,70

Ganapathy Subramanian, Chiral Separation Techniques: A Practical Approach, Wiley-VCH, 2007

Kim, E. et al., Optics Communications249(1–3), 2005, 351

Page 3: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Ganapathy Subramanian, Chiral Separation Techniques: A Practical Approach, Third EditionChapter 16 Polarimeter Chiral Detectors in Enantioseparations Wiley-VCH, 2007

Monitorizarea activității enzimatice

Metode de determinare a activității enzimatice

Polarimetria

Page 4: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Monitorizarea activității enzimatice

Metode de determinare a activității enzimatice

Metode electrochimice

Bisswanger, H. (2012) Practical Enzymology

Wiley-Blackwell, Weinheim, Germany Ramsay, R. R. and Tipton, K. F. (2017)

Molecules, 2017, 22, 1192

Page 5: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Monitorizarea activității enzimatice

Metode de determinare a activității enzimatice

Metode electrochimice

Matt,D.J.L., et al., Food Chemistry, 239, 15, 2018, Pages 268

https://slideplayer.com/slide/1391968/

Page 6: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Metode potențiometrice

NAD(P)+/NAD(P)H

FAD/FADH2

Fe2+/Fe3+(citocrom).

Detecția potențiometrică a pesticidelor organofosforiceZdrachek, E. and Baker, R., Anal CHem, 2019, 91, 2-26

Monitorizarea activității enzimatice

Metode de determinare a activității enzimatice

Page 7: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Monitorizarea activității enzimatice

Metode de determinare a activității enzimatice

Alte metode

Diferența dintre reactivitatea chimică (structurile)S/P

Stoparea reacției enzimatice

Cuantificare specifică – reacție (extracție selectivă?)

Detecție ușoară

T, pH, solv. Organic,SDS, inhibitori - ioni ai metalelor grele, EDTA

Metode discontinue: radiometrice, HPLC

Page 8: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Disfuncții ale intestinului pentru pacienți cu EED

https://www.pinterest.co.uk/pin/

Etichetarea radioactivă

Metodă discontinuă de măsurare a activității enzimatice (P pe filtru)

Rossomando, E.(Ed) HPLC in Enzymatic Analysis,

Capitol 1, Willey & Sons (1998)

Monitorizarea activității enzimatice

Metode de determinare a activității enzimatice

Page 9: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Etichetarea radioactivă

Monitorizarea activității enzimatice

Metode de determinare a activității enzimatice

Page 10: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Etichetarea radioactivă

Monitorizarea activității enzimatice

Metode de determinare a activității enzimatice

https://www.creative-enzymes.com/

Acil transferaze

https://www.promega.ro

https://www.hartmann-analytic.de/

Page 11: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Alte metode (HPLC)

Separarea substratului și produșilor unei reacții catalizate de adenozin kinaza

pe HPLC (fază inversă)Rossomando, E.(Ed) HPLC in Enzymatic Analysis,

Capitol 1, Willey & Sons (1998)

Monitorizarea activității enzimatice

Metode de determinare a activității enzimatice

Detecția 254 nm

Page 12: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Evaluarea calității preparatelor enzimatice

Parametri:

Activitatea

Puritatea

Stabilitatea

Modul de

preparare/împachetare

activitatea specifică

activitatea catalitică /conținut de proteină

totală.

U/mg sau U/g

Lipaza

Fractions

Total

activity

(U)

Total

protein

(mg)

Specific

activity

(U/mg)

Purification

fold

Yield

(%)

Crude 139.4 3.84 36.28 1 100

A.S.

fraction a

(35- 85%)

45.21 1.17 38.7 1.07 32.43

PEG

fraction b

(20%

w/w)

74.07 0.54 138.3 3.81 53.14

Monitorizarea activității enzimatice

Conținut de proteină totală

absorbție UV

metoda biuretului

metoda cu acid bicinconinic

metoda Lowry

legare de coloranți

(Coomassie Brilliant Blue G

250)

analiza Kjeldahl

Page 13: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Stabilizare enzime

Agenți stabilizare (soluție):

glicerină (50%)

sulfat de amoniu (3,2 M)

clorură de sodiu (3M)

liofilizare

+ alți stabilizatori

BSA

inulină

U/mg sau U/g

Monitorizarea activității enzimatice

Păstrarea

endonucleazelor temperaturi < -20 0C

Metalo-enzimele EDTA dezactivare

Enzimele cu -SH ioni ai metalelor grele dezactivare

Page 14: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Clasificarea enzimelor

Shewale – Enzyme everywere - 1996

Enzyme classification

Page 15: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date generale

Baze de date specifice

Baze de date pentru enzime

General databases

Database for special enzymes classes

Available enzyme databases

Enzyme Commission / International Union for Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB)

Comisia de Enzimologie /Uniunea Internațională de Biochimie și Biologie Moleculară (IUBMB)

Page 16: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

http://www.enzyme-database.org/

Bazele de date generale

ExplorEnz

General enzyme databases

Page 17: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Bazele de date generale

General enzyme databases

Page 18: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Bazele de date generale

Raportare de enzime necatalogate → a sugereza modificări

Page 19: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Conținutul din ExplorEnz apare și pe pagina de web a IUBMB / secțiunea nomenclatura enzimelor

https://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/

o rules for naming enzymes

o nomenclature of biochemical molecules

Page 20: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Bazele de date generale

UniProt https://www.uniprot.org

SIB-ENZYME conectează nomenclatura cu secvența (UNIPROT)

SIB-ENZYME connects the nomenclature with sequence (UNIPROT)

General enzyme databases

SIB Swiss Institute of Bioinformatics https://enzyme.expasy.org/

Compresive catalog of protein sequence/ functional annotation

It has four components

UniProt Knowledgebase (UniProtKB)

UniProt Archive (UniParc)

UniProt Reference Clusters (UniRef)

UniProt Metagenomic and Environmental Sequences(UniMES)

Page 21: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Bazele de date generale

https://enzyme.expasy.org/

General enzyme databases

Page 22: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Bazele de date generale

http://www.ebi.ac.uk/intenz/

IntEnz – Integrated relational Enzyme database (nomenclatura)

General enzyme databases

Contain enzyme data – enzyme name / reaction – NC- IUBMB

Page 23: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Bazele de date generale

IntEnz General enzyme databases

Some enzyme data

ChEBI

ChEBI – dictionary of Chemical Compound of Biological Interest

Hosted by EBI European Bioinformatics Institute

ChEBI provide links to protein sequences (UniProt)

Page 24: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Bazele de date generale

IntEnz

Browse EC 7 Translocases EC 7.3. (translocare anioni)

EC 7.3.2 (hidroliza nucleozid trifosfaților) EC 7.3.2.7 ATPaze ce transportă arsenit

Page 25: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Bazele de date generale

IntEnz

EC 7.3.2.7 ATPaze ce transportă arsenit

ChEBI (dicționar pentru compușii de interes biochimic)

Page 26: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date pentru enzime

http://www.brenda-enzymes.org/index.php

BRENDA

Enzyme-Fuctional databases

Page 27: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

o clasificare și nomenclatură

Baze de date pentru enzime

BRENDA - gamă largă deproprietăți enzimatice

o reacții și specificitate(substrate naturale/artificiale)

Enzyme-Fuctional databases

o classification și nomenclature

BRENDA – full range of enzyme properties

o reactions și specificiy(natural / artificial substrates)

Inhibitori, cofactori,ioni metalici, activatori

Inhibitors, cofactors,metal ions, activators

o Posedă un dictionar pentruliganzi Chemical Identifier(INChI)

o Equipped with a thesaurus forligand namesChemical Identifier (INChI)

o Compuși care interacționează (grafic)

o Compounds interacting (graphical representations)

Page 28: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date pentru enzime

BRENDA - gamă largă deproprietăți enzimatice

o izolarea și preparareaorganism, tesut saulocalizare celulară

o fiecare intrarereferințe bibliografice

Enzyme-Fuctional databases

o structura enzimelor

o parametri funcționali

o informații legate deorganismul din care provinTaxTree explorer

o Functional parameters

o organism-relatedinformationsTaxTree explorer

BRENDA – full range of enzyme properties

o isolation and preparationsource of enzymeorganism, the tissue,subcellular localization

o enzyme structure

o Each entry linked withliterature refereces

Page 29: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date pentru enzime

BRENDA - gamă largă deproprietăți enzimatice

Page 30: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date pentru enzime

o aplicații și inginerie

o enzimele - responsabilepentru anumite boli

Enzyme-Fuctional databases

o application and engineering

o Enzyme – disease relationships

Două baze complementareAMENDAFRENDA

Two supplements to BRENDAAMENDA

(Automatic Mining of ENzyme DAta)FRENDA

(Full Reference ENzyme DAta)

Extrase din PubMedAbstacte

Extracted from PubMed abstract(US National Library of Medicine)

Page 31: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date pentru enzime

KEGG - gamă largă de proprietăți enzimatice

Enzyme-Fuctional databases

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Gene and Genomes)

Informații despre enzime - parte a bazei de date LIGAND

Enzyme information is stored as a part of the LIGAND database

Conține Consisting of

compusi compound

medicamente drug

glicani glycan

reactii reaction

Interactiuni reactanti Rpair (reactant pair alignment)

enzime enzymes

Page 32: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date pentru enzime

Enzyme-Fuctional databases

Page 33: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date pentru enzime

Enzyme-Fuctional databases

KEGG – mentinuta de Kanehisa Laboratories in the Bioinformatics Center of Kyotoși de Human Genom Center of the University of Tokyo

KEGG – developed and mantained byKanehisa Laboratories in the Bioinformatics Center of Kyoto and the Human Genom Center of the University of Tokyo

DateNomenclaturaSubstrateProdusiReactiiNume de geneStructura metabolitiDiagrame reactieCăi metabolice

Data compriseNomenclatureSubstrates ProductsReactionsGene namesChemical structure of metabolitesReactions diagramsMetabolic pathways

Page 34: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date specializate pentru unele enzime

Special Enzyme Databases

MEROPS (https://www.ebi.ac.uk/merops/)

Baza de date pentru peptidaze(proteaze, proteinaze sauenzime proteolitice)

Resourse for peptidase (proteases, proteinases orproteolytic enzymes)

ClasificareaCompararea secvențelor(proteolitic / de legare inhibitor)

The ClassificationSequence comparisonsDomains (peptidase / inhibitor unit)

O proteină a cărei secvență este cunoscută și care este caracterizată biochimicreprezentativă

A proteine that has been sequenced and characterized biochemically Representative (“holotype”)

Page 35: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date specializate pentru unele enzime

Special Enzyme Databases

MEROPS (https://www.ebi.ac.uk/merops/)

SecvențeleVariante ale secv. reprezentativeSpecii proteice

All sequencesVariants of holotype“Protein species”

Secvențele proteiceasemănătoare statisticFamilie

The sequences of statistically related protein species“Family”

Familia 3D asemănătoare str. primară situs activ similarăascendent comun → Clan

Familysimilar 3D structureactive site residues same ordercommon ancestor → “Clan”

Page 36: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date specializate pentru unele enzime

Special Enzyme Databases

MEROPS (https://www.ebi.ac.uk/merops/)

Page 37: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date specializate pentru unele enzime

Special Enzyme Databases

MEROPS

Descrierea specificitățiipentru substratPeptidaze cu > 10 scindăriO prezentare a preferințelorsi de clivare

The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavagesA display – the amino acids preferred at its substrate binding sites

AminoaciziiVerde polariRosu aciziAlbastru baziciNegri nepolari

Amino acidsgreen polarred acidicblu basicblack hydrophobic

Page 38: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date cu enzime specializate

MEROPS – specificitate de clivare cleavage specificity

aminopeptidase A (Homo sapiens)

Ectoenzimădegradează

angiotensina II

Dostal, D.E. Baker, K. M.

Circulation Research.

1999;85:643-650

Special Enzyme Databases

Ectoenzymedegrades

angiotensin II

Page 39: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date cu enzime specializate

MEROPS substrate cu relevanță fiziologică (P)

sau nu (N)

substrate sintetice (S)

Special Enzyme Databases

MEROPS artificial (S) substrate pathologicaly relevant (P)

or not (N)

Page 40: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

MetaCyc (https://metacyc.org)

Special Enzyme Databases

metabolismul moleculelorde dimensiuni mici

conține căi metabolice(microbiane sau vegetale)dovedite experimental

informații - enzimele ce asistă anumite reacții

Enzyme-Fuctional databases

Page 41: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

MetaCyc – căutare după cod

Special Enzyme Databases

Enzyme-Fuctional databases

Search by EC number / names

orzbarley (Hordeum vulgare)

Enzima-marker pt dezvoltarea embrionară a semințelor de grâu(în decursul germinației)The enzyme serves as a marker of embryonic development in germinating wheat grains

Page 42: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

MetaCyc

Special Enzyme Databases

Enzyme-Fuctional databases

Diagramă grafică a reacțieiA graphycal reaction diagram

Page 43: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

REBASE (http://rebase.neb.com/rebase/rebadvsearch.html)

Special Enzyme Databases

Enzyme-Fuctional databases

enzimele de restricțieADN metiltransferazele proteinele înrudite Procesele biologice de restricție-modificare

restriction enzymesDNA methyl transferasesrelated proteinsRestriction-modification process

Informații bibliografice situsurilor de recunoaștere

de legaredisponibilitatea comercială sensibilitatea la metilare, cristalizarea secvențelor acestora

Referenced informationrecognition and cleavage sitescommercial availabilitymethylation sensitivitycrystal datasequence data

Page 44: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

REBASE

Special Enzyme Databases

Enzyme-Fuctional databases

Page 45: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

REBASE

Enzyme-Fuctional databases

Special Enzyme Databases

Page 46: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

Enzyme-Fuctional databases

Special Enzyme Databases

REBASE

Date cinetice Kinetic data

Page 47: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

http://www.cazy.org/CAZY – Carbohydrate-Active enZYme Database

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

Enzyme-Fuctional databases

Special Enzyme Databases

familii de “module” enzimatice legare carbohidrațilorFormare/modificare/clivarelegături glicozidiceGlicozil transferaze

Formare de di-, oligo- sau polizaharide

Families of structurally related catalytic and carbohydrate-binding modulesDegrade/modify/create new glycosidic bondsGlycosyl transferase (EC 2.4.a.b.)

https://www.sbhsciences.com/

Page 48: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

CAZY

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

Enzyme-Fuctional databases

Special Enzyme Databases

Page 49: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

CAZY

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

Enzyme-Fuctional databases

Special Enzyme Databases

Alte clase de enzime Liazeesteraze

Enzime active la carbohidrațiidentificarea in genom

Page 50: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

Enzyme-Fuctional databases

Special Enzyme Databases

CAZYpedia http://www.cazypedia.org/

Page 51: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

http://bioinf.man.ac.uk/phosphabase/index.html

PhosphaBase (PhB) – baza de date pentru fosfataze

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

Enzyme-Fuctional databases

Special Enzyme Databases

T. Igawa, International journal of urology, 2017DOI:10.1111/iju.13197aria

Page 52: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

Enzyme-Fuctional databases

Special Enzyme Databases

resorufin-based substratesprotein tyrosine phosphatase (PTP) activity in vitro and in living cellsacidic and neutral pH.

Substrate pe bază de resorufinprotein tirozin fosfataze (PTP) activitatea in vitro și in vivopH acid / neutru

Biswa et. al, Chemical Communication, 14, 2017

Page 53: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

PhosphaBase (PhB) – baza de date pentru fosfataze

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

Enzyme-Fuctional databases

Special Enzyme Databases

Page 54: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

DEPOD – baza de date pentru fosfataze umanehttp://depod.bioss.uni-freiburg.de/

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

Enzyme-Fuctional databasesSpecial Enzyme Databases

The human EPhOsphorylation Dtabase

Page 55: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

DEPOD

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

Enzyme-Fuctional databases

Special Enzyme Databases

Substrate experimentale testate

Proteic and nonproteic substrates

Metabolic PathwayKEGG

Cai metabolice

Page 56: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

http://www0.nih.go.jp/mirror/Kinases/

PKR – the Protein Kinase Resource (old)

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

Enzyme-Fuctional databases

Special Enzyme Databases

Page 57: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

3000 de gene pentru kinazegenomul uman

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

Enzyme-Fuctional databases

Special Enzyme Databases

3,000 protein kinase genes in human genomes

FuncțiileEvoluțiilediversitatea Factoricomportarea celulară “kinome”

functionevolutiondiversitykey controlerscell behaviorkinome

Page 58: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

https://randr.nist.gov/enzyme/Default.aspx

TECRDBThe Thermodynamics of Enzyme-catalyzed Reactions Database

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

Enzyme-Fuctional databases

Special Enzyme Databases

Page 59: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

TECRDB

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

Enzyme-Fuctional databases

Special Enzyme Databases

Page 60: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

TECRDB

Baze de date pentru enzime

Baze de date cu enzime specializate

Enzyme-Fuctional databases

Special Enzyme Databases

codECmetoda tamponulreactia Enzimacofactorul

IDECmethodbufferreactionenzymecofactor

Page 61: Metode de determinare a activității enzimatice Polarimetria · si de clivare The substrate specificity Any peptidase with > 10 cleavages A display –the amino acids preferred at

Baze de date pentru enzime

http://enzymefunction.org/projects

EFI (Enzyme Function Initiative)