Introduzione a Pubmed161214

1Biblioteca medica “Vincenzo Pinali” – Polo di Medicina

Introduzione a

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Cos’è Pubmed - 1

• Banca dati bibliografica, cioè archivio di citazioni, curato dal National Center of Biotechnology (NCBI) presso la National Library of Medicine di Bethesda e messo a disposizione gratuitamente nel 1996

• E’ aggiornato giornalmente

• Contiene circa 24 milioni di citazioni da più di 5600 riviste scientifiche (dic.2014) prevalentemente da paesi anglofoni, e da un piccolo numero di monografie online.

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Cos’è Pubmed - 2

• Le citazioni sono in inglese indipendentemente dalla lingua in cui è scritto l’articolo e per l’82% circa accompagnate da riassunto (se fornito dall’autore in inglese)

• Sono presenti collegamenti ad altre risorse di biologia molecolare, ad articoli a testo integrale, a siti di editori, a biblioteche e a servizi di recupero di articoli

• Contiene tutti i records di Medline oltre a citazioni in fasi diverse di elaborazione o non destinate ad alimentare Medline

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La citazione bibliograficaUna citazione bibliografica rappresenta un articolo di rivista.È composta da campi che forniscono informazioni sull’articolo:

• Titolo del periodico abbreviato• Coordinate bibliografiche (anno, volume, etc.)• Titolo dell’articolo (tra parentesi quadre se non in inglese con

indicazione della lingua di pubblicazione)• Nomi degli autori• Istituto di appartenenza degli autori• Riassunto (abstract)• Keywords (dal 2013): parole chiave fornite dall’autore• PMID: codice identificativo della citazione in Pubmed• Status• Termini chiave secondo il vocabolario controllato (Mesh terms) e/o

altre specificazioni (sostanze, tipo di pubblicazione, etc.) – se lo status della citazione è [PubMed - indexed for MEDLINE]

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I campi della citazione bibliograficaTitolo rivista abbreviato

Autori

Dati bibliografici: anno,volume, fascicolo, pagine…

Link ad affiliazione autori

Titolo dell’articolo

Riassunto, solo se fornito in inglesedall’autore

PMID =codiceidentificativodella citazione

Status del record

AIREGO: link a servizi dell’ateneo sulla citazione

Specificazioni attribuite dagli indicizzatori:parole chiave (Mesh), tipodi pubblicazione, sostanze, etc.I Mesh con l’asterisco indicanogli argomenti principalitrattati (Major)

Related citations:citazioni affini


Status del record


Status del record


Status del record



Status del record




Status del record




Status del record




Status del record




Status del record

Titolo rivista abbreviato




Status del record





Status del record






Status del record






Status del record






Status del record

Autori






Status del record


Autori






Status del record


Autori






Status del record

AIREGO: link a servizi dell’ateneo sulla citazioneTitolo dell’articolo

Autori






Status del record

AIREGO: link a servizi dell’ateneo sulla citazioneTitolo dell’articolo

Autori






Status del record



Autori






Status del record

Keywords:parole chiavefornite dall’autore





Autori






Status del record

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Ricerca di una citazione - 1

N.B. Non esagerare inserendotutti i dettagli della citazione,Less is more!

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Ricerca di una citazione -2Ci sono diversi modi per cercare una citazione in Pubmed:

• In Single Citation Matcher inserendo gli elementi noti (non troppi!)

• Peculiarità di Pubmed: autocompletamento (occhio al box in cui si sta scrivendo, i suggerimenti aiutano a evitare errori didigitazione)

• Il titolo del periodico si può inserire sia per esteso che in forma abbreviata.

• Nel box principale di Pubmed:– digitando il PMID, se noto;– digitando alcuni tipici elementi di una citazione, la funzione

“citation sensor” abbina gli elementi dati con citazioni in Pubmed

• Search builder: da Advanced si apre la pagina dove èpossibile la ricerca di una citazione combinando i campi

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INDICIZZAZIONE• Appena disponibili, gli articoli vengono inviati alla NLM e le citazioni controllate e rese

subito visibili in Pubmed. Dal 2014 l’aggiornamento dei records è quotidiano.

• Le citazioni da periodici Medline vengono indicizzate (suddivise in campi con assegnazione di parole chiave controllate e altri elementi che permettono una ricerca mirata)

• Gli indicizzatori della NLM esaminano gli articoli e assegnano i Mesh headings piùspecifici atti a descrivere i principali concetti trattati nell’articolo

• Quando non esiste un Mesh specifico per un concetto, l’indicizzatore userà il Mesh disponibile più vicino e più generale.

• Tutte le citazioni sono accompagnate da un tag di status, quelle completamente indicizzate acquisiscono status [Pubmed – indexed for Medline]

• Non tutte le citazioni acquisiscono status Medline

• Dal 2005 è iniziata la mappatura delle vecchie citazioni Pubmed ai Mesh attuali

• I Mesh sono i termini chiave che useremo per cercare citazioni relative all’argomento che ci interessa

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Pubmed e Medline - 1• Pubmed indica sia la piattaforma di visualizzazione che i

contenuti dell’intero archivio

• Medline si riferisce al sottoinsieme di Pubmed costituito dalle citazioni indicizzate aventi status “Indexed forMedline” caratterizzate dalla presenza di parole chiave (Mesh) appartenenti a un vocabolario controllato e da altri elementi che ne definiscono il contenuto (i record Medline costituiscono il 90% dell’archivio).

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Pubmed e Medline - 2MEDLINE: records indicizzati, status “Indexed for Medline”;

In process: status temporaneo dei records in via di indicizzazione;Altro: citazioni con diversi status, es. [PubMed - as supplied bypublisher], Pubmed, [PubMed –OLDMEDLINE].N.B. Può essere presente accanto ai dati bibliografici la dicitura [Epub ahead of print]: si riferisce citazioni relative ad articoli resi disponibili in web in versione non sempre definitiva.

MEDLINE 90%In process 2%

Altro 8%

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La ricerca in Pubmed

La ricerca dalla mascheraprincipale di Pubmed (ricerca con parola libera) saràtrattata dopo averedescritto l’uso dei Meshavendo a quel punto elementi utili a capire come il sistemainterpreta e traduce le stringhedi ricerca.

La ricerca dalla mascheraprincipale di Pubmed (ricerca con parola libera) saràtrattata dopo averedescritto l’uso dei Meshavendo a quel punto elementi utili a capire come il sistemainterpreta e traduce le stringhedi ricerca.

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Vocabolario Mesh: descrizione e uso

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• Lo strumento con cui le banche dati bibliografiche affrontano lavariabilità del linguaggio è l’adozione di un Thesaurus ovvero un vocabolario strutturato di termini che rappresentano un modo coerente di reperire informazioni che possono usare una terminologia variabile per esprimere uno stesso concetto

• Il vocabolario controllato di Medline è il Mesh (Medical SubjectHeadings): corrisponde a un sistema di parole-chiave che rappresentano i concetti fondamentali della letteratura biomedica e, applicati a ogni citazione, permettono di eseguire ricerche mirate

• Il vocabolario Mesh ha una struttura ad albero con 16 rami principali che esprimono concetti molto generali e si dividono in concetti via via più specifici

• Il vocabolario Mesh è aggiornato ogni anno

MESH - 2

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MeSH Tree StructureA. AnatomyB. OrganismsC. DiseasesD. Chemical and DrugsE. Analytical, Diagnostic and Therapeutic Techniques and EquipmentF. Psychiatry and PsychologyG. Biological SciencesH. Natural SciencesI. Anthropology, Education, Sociology and Social PhenomenaJ. Technology, Industry, AgricultureK. HumanitiesL. Information ScienceM. Named GroupsN. Health CareV. Publication CharacteristicsZ. Geographic Locations

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Elementi del vocabolario Mesh

I Mesh (da 5 a 15 per citazione) comprendono:• Concetti trattati nell’articolo (Headings)• Aspetti su cui si focalizza la ricerca (Subheadings)• Gruppo di età della popolazione studiata• Studi sull’uomo vs animale• Tipo di articolo (Publication Types es. clinical trial,

comment)• Sostanze / azione farmacologica (Supplementary

Concept)

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Esempio di termine Mesh -1

I Subheadings sono aspetti specifici del Meshsu cui si può focalizzare la ricerca

Link a pagina descrittivadei Subheadings

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Esempiodi termineMesh - 2

Per cercare citazioni in cui il meshdefinisce concetti fondamentali dell’articolo

Per inibire la ricerca conesplosione (N.B. l’esplosioneè l’opzione di default)

Entry terms: sinonimi o terminivicini al Mesh, che digitati nel boxportano ad esso tenendo cosìin considerazione le variazionidel termine ricercato.

In questo caso, se digitoMyocardial infarction o qualsiasialtro entry term presente arrivocomunque a Myocardial ischemia,il Mesh designato per indicare lacondizione in esame.

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Esempiodi termineMesh - 3

Il segno + indicapresenza di terminipiù specifici

I termini mesh possonoappartenere a più rami

La ricerca di default avviene inModalità Esplosione (reperimento siadel mesh che dei suoi termini più specifici)

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La ricerca da Mesh in pratica :

• Selezione del Mesh• Add to search builder• Search Pubmed• Opzioni:

– Restrict to MeSH Major Topic oppure– Do not include MeSH terms found below this

term in the MeSH hierarchy– Selezione di Subheadings

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Mesh: come si usa• Selezionare un termine

Mesh per fare una ricerca significa cercare tutte le citazioni a cui è stato attribuito quel Mesh

• Come si fa? Si dà “Add tosearch builder” e poi “Search Pubmed” così la ricerca viene lanciata dal vocabolario Mesh alla banca dati Pubmed

• Il risultato sono records in Pumed in formato Summary

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OPERATORI BOOLEANI

• Si usano quando cerchiamo più terminicontemporaneamente

• Vanno sempre scritti in MAIUSCOLO perdifferenziarli dalle stopwords (parole nonsignificative del testo).

AND, OR, NOT

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AND

smoking bronchitisAND = smoking bronchitis

Cerca le citazioni che contengono entrambi i termini di ricerca.

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OR

binge-eatingdisorder

bulimianervosa

OR binge-eatingdisorder

bulimianervosa

Cerca tutte le citazioni che contengono almeno uno dei termini di ricerca

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NOT

Headache Disorders, Primary

Tension-TypeHeadacheNOT Headache Disorders,

Primary

Per eliminare un elemento da un insieme

es: articoli che trattino di sostanze psicotrope, ma non di antidepressivi

ATTENZIONE: da usare con cautela per evitare di perdere citazioni importanti contenenti il temine che cerchiamo presente insieme aquello che vogliamo evitare

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Esempio di uso di operatori booleani con subheadings

• 1^ es: cerco citazioni contenenti Leukemia e alcuni strumenti diagnostici: radiography, radionuclide imaging, e ultrasonography. Mi interessa che ogni record ne contenga almeno uno.

• 2^ es: cerco citazioni contenenti Leukemiaed entrambi gli aspetti psicologico e infermieristico.

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Es.1)

1. Seleziono i tre subheadings

2. Clicco Add to search builder (N.B. I subheadings hanno l’operatore OR)

3. Search Pubmed

N.B. Se seleziono i subheadingsuno alla volta si presentano nel Search Builder con l’operatore AND. Non è importante come si procede, alla fine verificare che gli operatori booleani siano corretti e eventualmente correggere.

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Es.1) I risultati: visualizzare i records in formato abstract (da Display settings selezionare Abstract), aprire il link Mesh terms: ogni record conterrà il Mesh selezionato Leukemia (o meshpiù specifici dello stesso ramo) accompagnato da almeno uno dei tre subheadings selezionati.

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Es.2) I risultati: ciascun record conterrà il Mesh Leukemia (o più specifico) accompagnato dal subheading Nursing insieme allo stesso Mesh Leukemia accompagnato dal subheadingsPsychology: sia l’aspetto psicologico che quello infermieristico vengono trattati nell’articolo

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Ricerca di citazioni relative a più concetti

Esempio con operatore booleano AND• Es. ricerca sul ruolo dell’infermiere nell’educazione del

paziente• Nel Mesh cerco Nurse’s role -> Add to Search Builder• Nel Mesh cerco Patient education as topic -> Add to

Search Builder• Verifico che i termini siano presenti entrambi nel box di

ricerca e siano collegati dall’operatore AND• Search Pubmed• I risultati: ogni citazione conterrà entrambi i termini• La stringa: ("Nurse's Role"[Mesh]) AND "Patient

Education as Topic"[Mesh]

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Esempi di records

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Citazioni relative a più concetti: NESTING

Es.: cerco citazioni in cui siano presenti piùoperatori:

Gli standard del consenso informato in alcuni stati: Italia, Spagna, Francia

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NESTING -11. Seleziono Informed consent nel vocabolario Mesh2. Seleziono il subheading Standards3. Cerco gli stati a uno a uno nel vocabolario Mesh e li porto nel box dando Add to

search builderN.B. per il momento non mi preoccupo degli operatori booleani che controllerò solo

dopo avere acquisito tutti gli elementi di ricerca

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Ho cercato i tre stati nel vocabolario Mesh e li ho aggiunti nel box.N.B. Non c’è bisogno in questo caso di aprire la pagina del termine,è sufficiente dare la spunta allo stato e dare Add to search builder

NESTING - 2

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NESTING -3correzione della stringa di ricerca

((("Informed Consent/standards"[Mesh]) AND "Italy"[Mesh]) AND"France"[Mesh]) AND "Spain"[Mesh]

Elimino le parentesi in eccesso, chiudo tra parentesi tonde i tre stati e li collegocon l’operatore OR perché formano un insieme omogeneo

Stringa corretta:

("Informed Consent/standards"[Mesh]) AND("Italy"[Mesh] OR "France"[Mesh] OR "Spain"[Mesh])

Ogni citazione avrà sia un elemento della prima parte della stringa ("Informed Consent/standards"[Mesh]) che un elemento dellaseconda parte in quanto sono collegate con AND.L’elemento della seconda parte sarà uno qualsiasi (o più) degli statiin quanto collegati con OR e chiusi tra parentesi.

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NESTING 4 – esempi di records

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Ricerca con parola libera - 1Non sempre è possibile fare una ricerca partendo dal vocabolarioMesh e allora si ricorre alla ricerca per parola libera che consistenell’inserire uno o più termini nel box di ricerca senza qualificarlo/i.Tale modalità è indispensabile quando:

• non esiste alcun descrittore controllato per definire un concetto

• quando il descrittore disponibile non è sufficientemente specifico

• per cercare articoli non indicizzati con i termini MESH(status non “PubMed - indexed for MEDLINE” : PubMed - as supplied by publisher, PubMed - in process,PubMed – OLDMEDLINE).

N.B. Tra questi ci sono gli articoli di più recente introduzionein Pubmed

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Ricerca con parola libera - 2Il sistema automaticamente (automatic term mapping)cercherà il termine inserito con questo ordine in:

• una tabella dei MESH (comprendente subheadings,entry terms, supplementary concepts e loro sinonimi, …)

• una tabella dei nomi delle riviste• un indice degli autori e ricercatori• All fields• Se si tratta di una frase sarà cercata sia intera

che con gli elementi collegati da AND

PubMed ignora le stopwords (parole non significativenel testo)

N.B. Vedo come il sistema ha interpretato la mia stringa diricerca nel box Search details (aprire il link See more… pervedere meglio)

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Ricerca con parola libera - 3• Per effettuare una ricerca per frase esatta è necessario

mettere l’espressione tra virgolette es.:“myocardial infarction”

Senza virgolette Pubmed inserisce l’operatore AND tra i due termini

• Un asterisco * sostituisce zero o più caratteri di un termine,sia parola libera che MeSH.

es.: risk* per risk, high-risk, risks, risk-taking, risk-factors, etc.

N.B. Sia il troncamento con l’asterisco che l’uso di virgolette inibiscono la mappatura automatica pertanto, pur essendo unamodalità che dà risultati, è necessario controllare attentamentese le citazioni trovate contengano dei Mesh utili ad alimentare laricerca

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Ricerca con parola libera – esempi 1

• Ricerca di un termine, es. tuberculosisSearch details: "tuberculosis"[MeSH Terms] OR

"tuberculosis"[All Fields]

• Ricerca di più temini, es. hepatic failureSearch details: "liver failure"[MeSH Terms] OR ("liver"[All

Fields] AND "failure"[All Fields]) OR "liver failure"[AllFields] OR ("hepatic"[All Fields] AND "failure"[All Fields]) OR "hepatic failure"[All Fields]

N.B. Entrambi i concetti esposti possono essere espressi con un Mesh che il sistema ha individuato grazie alla mappatura automatica

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Ricerca con parola libera – esempi 2• "ward round" = 241 recordsSearch details: "ward round"[All Fields].La mappatura automatica è inibita, ma il concetto non ha unMesh che lo identifica e perciò è da cercare con le virgolette(per frase esatta).

N.B. La criticità della ricerca per frase esatta è che non tieneconto di varianti o sinonimi che pertanto devo individuare pernon perdere risultati utili.

• Qui il suggerimento è di usare anche il plurale:“ward round” OR “ward rounds” (571 records) ,

che in questo caso equivale a ward round* (571 records).

• Altro esempio:“procedural pain”= 661 records,“procedure pain” = 90 records,

“procedural pain” OR “procedure pain” = 745 records.

In sintesi: nella ricerca con parola libera attenzione a inserire forme varianti e sinonimicombinando le ricerche parziali con OR

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Ricerca con parola libera – in sintesi 1

• La ricerca con parola libera è un modo istintivo di impostare una ricerca, ma dà risultati ridondanti in quanto trova records in cui i termini ricercati sono Mesh, insieme a citazioni in cui i termini non rivelano una trattazione significativa dell’argomento, in particolare quando inseriamo più termini che vengono cercati con l’operatore AND.

• La ricerca con virgolette può essere utile per trovare citazioni che contengono un’espressione esatta, ma, eliminando la mappatura automatica impedisce di recuperare le citazioni che sono state indicizzate con un Mesh adeguato compromettendo pesantemente la ricerca.

• E allora? Una strategia può essere di usare le virgolette, individuare nei risultati i mesh corretti reimpostando poi con questi una nuova. Infine incrociare con OR le due ricerche fatte.

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Ricerca con parola libera – in sintesi 2

• N.B. La ricerca con parola libera o con virgolette è comunque utile per recuperare i records più recenti che, non essendo ancora stati indicizzati, non sono ricercabili con i mesh. Conviene dunque sempre integrare una ricerca con mesh con una senza mesh di cui tenere solo il materiale non indicizzato (che include quello più recente).

• Suggerimento: Quando si imposta una ricerca con parola libera a scopo di integrare una ricerca con Mesh può essere utile ricorrere al subset medline[sb]:

Medline[sb] identifica l’insieme delle citazioni con status [Pumbed –indexed for Medline]. Posso usarlo per selezionare o eliminare una porzione di risultati.

Esempio: hospital infections NOT medline[sb] Questa strategia sottrae dai risultati della ricerca con parola libera HOSPITAL INFECTIONS tutte le citazioni non indicizzate ancora senza Mesh (comprendenti le più recenti)

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Visualizzazione dei records• I risultati di ricerca di default

vengono visualizzati in formato Summary

• Per cambiare il formato di visualizzazione, andare su Display settings e scegliere un’altra opzione.

• N.B. L’opzione Abstract permette di visualizzare il link ai Mesh e l’icona AIRE GO che, visibile in rete di ateneo (anche via proxy) dà accesso ai servizi presenti sulla citazione.

• Da Display settings è anche possibile cambiare il numero di records visualizzati per pagine e l’ordine di visualizzazione.

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Filtri• I filtri, che permettono di

impostare dei limiti alla ricerca, sono presenti in una barra laterale

• Si possono visualizzare ulteriori opzioni oltre a quelle presenti

• Per impostare un filtro, esso va prima visualizzato e poi selezionato

• La selezione di più filtri della stessa categoria equivale a impostarli con l’operatore OR

• N.B. I filtri impostati vengono mantenuti in ricerche successive, vanno perciò tolti se non più necessari

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RICERCA AVANZATAPermette di:• gestire le ricerche

effettuate combinandole in nuove strategie

• impostare ricerche per campo selezionando i qualificatori di campo da un menùpredisposto

• Consultare l’Index

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Advanced search: costruire una stringa di ricerca combinando ricerche precedenti

Es. la pianificazione dell’assistenza del pz nel trapianto di fegato

Da Pubmed vado su Advanced

Clicco sul numero corrispondente alla prima ricerca da inserire e scelgo un qualsiasi operatore booleano, che porterà la ricerca nel box dove si compone la nuova stringa

Clicco sul numero corrispondente alla seconda ricerca da inserire: ora clicco sull’operatore booleano corretto, qui AND, e poi allo stesso modo su altre eventuali ricerche da combinare

1

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2

Progressivamente si costruisce la nuova stringa di ricerca

3

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Ricerca avanzata: ricerca per campi -1È’ possibile eseguire una ricerca per campi selezionando i campi dai menùa tendina e selezionando opportunamente gli operatori booleani. A mano a mano che viene riempito un box, ne compare uno successivo che può essere utilizzato. Il box sopra mostrala strategia che si sta costruendo e su cui si può intervenire dopo avere cliccato EditEs. Cerco gli articoli di Lapolla A pubblicati nella rivista Atherosclerosis

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La ricerca per campi può essere utile per cercare rassegne della Cochrane (banca dati di revisioni sistematichee trattata in Pubmed come una rivista e pertanto ricercabile nel campo Journal)Esempio: ricerca di revisioni della Cochrane su cardiopulmonary resuscitation

1. Seleziono dal menù il campo di ricerca, qui Journal,

e nel box adiacente il titolo del journal

2. Seleziono il secondo campo, qui All fields,

ma potrebbe essere Mesh, e nel box adiacente

il termine di ricerca

3. Cliccando Index list dopo avere digitatoil termine nel box, vedo quante volte esso èpresente in Pubmed nel campo selezionato.Poi si dà Hide Index list per nasconderla

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Salvare i dati con My NCBI

• Registrazione in My NCBI, impostazione preferenze

• Creare e alimentare collezioni (max 5000 records per collezione in mancanza di selezione – dal 2011)

• Salvare strategie di ricerca• Aggiornamento delle ricerche automatico e

manuale

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Registrazione in NCBI per gestire un proprio spazio

Entrare in NCBI

Link per la registrazione

52Compilare i campi e dare Create account

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Ho cliccato MyNCBI:

Dopo la registrazione si consiglia di gestire le preferenze

In particolare selezionare una colorazione che evidenzi i termini di ricerca all’interno dei records, utile soprattutto nella ricerca con parola libera

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GESTIONE DEI RISULTATI• Display settings• Related citations• Limits• Save search• Send to:

– Clipboard (salvataggio temporaneo – 8 ore – max 500 item)

– Collections– File (records selezionati o intero set senza limiti, ok

per uso con citation managers, es. Refworks)– E-mail (max 200 records, N.B. scegliere di mandare

n° > dei record selezionati per l’invio, un solo destinatario)

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Related citations

Related citations: link a un elenco di citazioni particolarmente affini a quella di partenza, particolarmente utile per individuare i Mesh utilizzati nei record ritrovati in modo da alimentare la ricerca in corso.

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ClipboardMemoria temporanea (max 8 ore) in cui archiviare dei records che possono poi essere archiviati in modo definitivo in collections nel proprio account (My NCBI)

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Collections

3

1

2

Si possono salvare i records in collezioni selezionandoli, o salvando ricerche intere, o recordsinseriti temporaneamente in Clipboard.

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Save search - 1

Si possono salvare le strategie di ricerca, così da riproporre la stringa al sistema per avere gli aggiornamenti senza ricomporla ex novo. Si possono ricevere in automatico nella propria mail o cercare in MyNCBI quando si desidera.

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Aggiornamento delle ricerche

Aggiornamento automaticoda impostare secondo la frequenza, il formato e numero dei records

Aggiornamento manuale: dopo avere dato Save search, si cercherà l’aggiornamento in My NCBI nell’area delle ricerche salvate dove andrò a cliccare Manage saved searches e poi What’s new per avere gli aggiornamenti

THE END

Grazie! [email protected]

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