By NA

Famiglie di DNA ripetuto

Lezione 7

By NA

DNA RIPETUTO IN TANDEM: i blocchi possono mappare su piu’ cromosomi a seconda delle dimensioni medie delle unita si suddivide in:

DNA satellite DNA minisatellite DNA microsatellite

DNA RIPETUTO INTERSPERSO: Le singole unita’ sono sparse nel genoma. Contengono sequenze che possono essere retrotrasposte attraverso un intermedio di RNA.

Famiglie di DNA ripetuto non genico

By NA

Il DNA satelliteAl pari del DNA codificante si distingue in:

ripetuto in tandemintersperso

RIPETUTO IN TANDEM

MICROSATELLITE, 2-4 bp ripetuti in tandem. Espansioni di triplette sono responsabili di alcune patologie

MINISATELLITE, monomero 6-64bp, altamente polimorfico. Utilizzato per esami di fingerprint del DNA.Es.DNA telomerico (TTAGGG)

SATELLITE, tipico delle sequenze centromeriche (a-satellite, monomero di 171 bp)

By NA

DNA ripetuto in tandem

By NA

DNA ripetuto in tandem

By NA

Origine DNA ripetuto

By NA

HSA C-BANDE

By NA

PTR Eterocromatina

By NA

GGO C-BANDE

By NA

Il centromero

cinetocore

By NA

central domain:CENP-B-satellite DNA

kinetochoremicrotubules

outer plate:CENP-ECENP-FDyneinMad’sBub’s

kinetochore

inner plate: cenDNA

CENP-CCENP-ACENP-GCENP-HCENP-I

pairing domain: INCENPcohesin

middle plate

Struttura del centromero

By NA

CENP-C

CENP-A/CENP-C

CENP-B Central domain

Inner Plate

Le proteine centromeriche

By NA

Human centromeric satellitesClassical satellitesSat. 1: chr. 3 - 4 - 13 - 14 - 15 - 21 - 21 [42bp]Sat. 2: chr. 1 - 2 - 10 - 16 [(ATTCCATTCG) 2 ] Sat. 3: chr. 1 - 9 - 13 - 14 - 15 - 21 - 22 - Y [ATTCC] satellite [171 ]bpβ satellite . chr 1 - 3 - 9 - 10 - 13 - 14 - 1 5 - Y [68 ]bpγ satellite . 8 - chr X [220 ]bp

SATELLITI CENTROMERICI UMANI

By NA

DNA ALFOIDE

HOR: higher order repeat

By NA

pBR12

DNA alfoide organizzazione genomica

Dimero

Tetramero

Decamero

Enzimi di restrizione diversi su genomico totale umano

By NA

pBR12

DNA alfoide:mappaturaGenomico totale di ibridi somatici uomo-hamster digeriti con lo stesso enzima

HSA CHO

By NA

pBR12 23 kb

9.46.5

4.3

2.32.0

Variabilta’ dell’alfoide nella popolazione

Genomici totali di individui diversi digeriti con lo stesso enzima

By NA

pLAY5.5

Alfoide specifico per il crom.Y

By NA

pDMX1

Alfoide specifico per il crom.X

By NA

pMC15

Alfoide specifico per il crom.15

By NA

p21ZA

2121

13

13

Alfoide per i crom.13,21

Questi cromosomicondividono l’alfoideanche ad alta stringenza

By NA

14

14

22

22

Alfoide per i crom.14,22

Questi cromosomicondividono l’alfoideanche ad alta stringenza

By NA

PRINS 12PCR in situ:un ciclo di estensione con primers costruitisulla sequenza consensus

si vedono alfoidi anchein regioni non centromeriche

sono le tracce di riarrangiamenti avvenuti durante l’evoluzione recente

By NA

Un po’ di dati sulle divergenze:HSA-PTR (Pan troglodytes) 5.5

myaHSA-GGO (Gorilla gorilla) 6.7

myaHSA-PPY (Pongo pygmeus) 8.2

mya

Alcune differenze citogenetiche:inversioni pericentriche e paracentrichefusione per dare l’attuale cromosoma 2traslocazione reciproca in GGO tra 5 e 17

Localizzazione dell’eterocromatina

PPY

GGO

HSA PTR

L’uomo e le great apes

By NA

Il cariotipo comparativo

By NA

Il cromosoma 2 di HSA HSA=uomo

PTR= scimpaze’GGO=gorillaPPY=orango

2

HSA PTR GGO PPY

HSA PTR GGO PPY

By NA

probe chr.pBR12 12p14.1 14+22 pMC15 15 pZ16A 16 pZ17-14 17 2Xba 18 pZ20 20 pZ21A 21+13 pI90.22 22 pDMX1 X pLAY5.5 YpTRI-6Sat.IpTRI-2Sat.III

probe chr.pAL1 1 pBS4D 2 pAE0.68 3 p4n1/4 4 pZ4.1 4+9 pZ5.1 5+1+19 pG-A16 5+19pEDZ6 6 pZ7.5 7 pZ8.4 8 pMR9A 9 pZ101.3 10 pRB11 11

LISTA DI ALFOIDI

Ognuna di queste sonde e’ diversa per organizzazione genomica, HOR anche quelle che mappano sullo stesso cromosoma: questo vuol dire che ogni cromosoma ha piu’ di un subset, inoltre a bassa stringenza.....

By NA

pDMX1 (fam 3)

p2Xba (fam.2)

FISH a bassa stringenzaUna sonda specifica per un cromosoma riconosce anche altri centromeri....

Ma sempre gli stessie ogni alfoide specificoper uno di loro, vedeanche gli altri e solo quelli

By NA

Famiglie sopracromosomiche

1: 1-3-5-6-7-10-12-16-19

2: 2-4-8-9-13-14-15-18-20-21-22

3: 1-11-17-X

4: Y

Alexandrov et al.1993

Questa classificazione e’ operativa, probabilmente evidenzia unmeccanismo evolutivo che ha generato questi raggruppamenti

By NA

Monochr. hybrid (#19)

Sonde alfoidispecifiche per

(1-5-19)(5-19)

Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma

Fibre

By NA

Cromosoma 18

Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma

Fibre

By NA

Cromosoma 15

Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma

Fibre

By NA

Cromosoma 4

Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma

Fibre

By NA

Cromosoma 1

Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma

Fibre

By NA

Sonda alfoide p82H su cromosomi di babbuino

By NA

Cromosomi di topo

By NA

Cosa succede se si ibridano le sonde umane su cromosomi di

Great Apes?

pDMX1

HSA

X

X

GGO

X

By NA pBR12

Cosa succede se si ibridano le sonde umane su cromosomi di

Great ApesHSA

12

12GGO

12

12